利用rpoB基因芯片技术进行快速分枝杆菌菌种鉴定

利用rpoB基因芯片技术快速进行分枝杆菌菌种鉴定。以分枝杆菌rpoB基因编码序列为靶基因, 用基因芯片技术检测21种分枝杆菌标准株;8种其它细菌标准株;126株临床分离株。分枝杆菌与其它细菌标准株经PCR扩增后, 分枝杆菌标准株均扩增出360 bp DNA片段, 在其它细菌中, 除甲型溶血性链球菌和假白喉棒状杆菌出现同样片段外, 其它细菌均未见扩增。21种寡核苷酸探针除海分枝杆菌与偶然分枝杆菌的探针有交叉杂交外, 其余均为特异性杂交。对126株临床分离株进行鉴定, 89株为结核分枝杆菌, 占70.6％(89/126), 非结核分枝杆菌(NTM)占9.2％(9/98)。应用rpoB基因芯片技术鉴定分枝杆菌菌种, 是一种快速、准确的方法, 具有较高的临床应用价值。     

利用rpoB基因芯片技术进行快速分枝杆菌菌种鉴定

利用rpoB基因芯片技术快速进行分枝杆菌菌种鉴定.以分枝杆菌rpoB基因编码序列为靶基因,用基因芯片技术检测21种分枝杆菌标准株;8种其它细菌标准株;126株临床分离株.分枝杆菌与其它细菌标准株经PCR扩增后,分枝杆菌标准株均扩增出360 bp DNA片段,在其它细菌中,除甲型溶血性链球菌和假白喉棒状杆菌出现同样片段外,其它细菌均未见扩增.21种寡核苷酸探针除海分枝杆菌与偶然分枝杆菌的探针有交叉杂交外,其余均为特异性杂交.对126株临床分离株进行鉴定,89株为结核分枝杆菌,占70.6%(89/126),非结核分枝杆菌(NTM)占9.2%(9/98).应用rpoB基因芯片技术鉴定分枝杆菌菌种,是一种快速、准确的方法,具有较高的临床应用价值.     

建立液相芯片方法检测鉴别结核分枝杆菌复合群、鸟分枝杆菌与副结核分枝杆菌

运用液相芯片技术原理,以分枝杆菌菌种(群)特异基因序列IS6110、IS1081、IS1245和F57为目标基因,设计筛选4套扩增引物和杂交探针,建立同时检测鉴别结核分枝杆菌复合群、鸟分枝杆菌和副结核分枝杆菌的四重液相基因芯片检测方法。对13种共54株分枝杆菌菌株以及23种常见微生物样品的检测结果显示,四重液相芯片方法可特异检测鉴别目标菌种(群),与其它分枝杆菌菌种或微生物无非特异交叉反应;检测敏感性达2.1×101-2.5×102基因拷贝或0.06-0.74 fg DNA;组内检测变异系数和组间检测变异系数均<10%。采用四重液相芯片方法从临床结核疑似人痰样和牛组织样品中检出结核致病菌,检出率分别达75.6%(99/131)和94.9%(37/39),显著高于培养法(38.9%和53.8%)。对副结核疑似临床样品的检测试验结果显示,四重液相芯片方法与荧光PCR方法的阳性符合率为83%(24/29)。对四重混合模板的检测试验结果显示该液相芯片方法可鉴别不同菌种混合感染。四重液相芯片方法的检测周期<1 d,其中对纯化DNA模板的检测时间可在2-3 h内完成。     

新型Taq Man-MGB探针在结核分枝杆菌实时PCR检测中的应用

为建立一种比现有方法敏感、准确性高、重复性好的结核分枝杆菌DNA定性定量检测方法 ,以TaqMan探针技术为基础 ,运用TaqMan MGB探针 ,实时检测临床标本中的结核分枝杆菌DNA .用来自临床标本的DNA及克隆于载体的IS6 1 1 0序列检测所建立方法的有效性 .结果显示 ,所建立方法的最低检测限度为 1个基因拷贝 反应 ,在每反应 1 0 0 ～ 1 0 8拷贝范围内 ,Ct 值同DNA量的对数呈线性关系 .同一模板不同时间或同一时间不同管内扩增 ,所得Ct 值恒定 .用该方法检测 37例结核分枝杆菌培养阳性的痰液标本 ,敏感度为 1 0 0 % ;用该方法检测 1 6例TB系列阴性参考品 ,特异性为1 0 0 % .结果表明 ,所建立的方法是用于结核分枝杆菌定性定量检测较理想的方法     

应用专一性寡核苷酸微阵列可靠地检测结核分枝杆菌利福平耐药性

DNA微阵列代表聚合酶链反应产物诊断测序的发展方向 .根据结核分枝杆菌rpoB基因利福平抗药性决定区域内点突变及其它重排的特征 .研制一种快速地鉴定结核分枝杆菌利福平耐药菌株的中等密度微阵列方法 .利福平抗药性通过使荧光标记扩增遗传物质与微阵列杂交测定 .检测5 3株利福平耐药结核分枝杆菌和 15株利福平敏感结核分枝杆菌 .微阵列方法的检测结果与药物敏感性试验和DNA测序结果完全一致 .临床标本PCR扩增后仅 1 5h可检出利福平耐药临床分离株 .表明寡核苷酸微阵列是高效的、专一性的方法 ,可作为检测利福平抗药性的快速方法以弥补传统培养方法的不足     

结核分枝杆菌小RNA及其作用的研究进展

细菌小RNA是一类长度在50~500个核苷酸之间的不具有编码蛋白质功能,但具有转录后调控作用的RNA,在细菌中参与调控细菌多种生理和病理活动,如调节细菌代谢和毒力作用等过程。近年来,在结核分枝杆菌已经鉴定出近200种小RNA,并证明这些小RNA参与结核分枝杆菌的生理和病理过程。本文对结核分枝杆菌小RNA在细菌生长繁殖、毒力因子调控、细菌耐药和巨噬细胞内应激环境的适应等方面的作用进行综述。     

应用多重PCR方法检测石蜡包埋组织标本中的分枝杆菌DNA

应用多重PCR方法检测并鉴别石蜡包埋组织中的结核分枝杆菌复合体与非结核分枝杆菌DNA扩增片段类型 ,为结核分枝杆菌复合体感染与非结核分枝杆菌感染的病理学诊断提供一种补充的鉴别诊断方法。应用三对具有特异性的寡核苷酸引物 ,进行多重PCR扩增。这三对引物分别对应于分枝杆菌 6 5kD表面抗原、结核分枝杆菌插入序列IS6 1 1 0及人类β 珠蛋白基因的部分序列 ,其扩增产物分别为 3 83bp、1 2 3bp和 2 6 8bp。此种多重PCR方法检测的灵敏度为 0 6pg。经多重PCR扩增后进行凝胶电泳 ,结核分枝杆菌复合体 (结核分枝杆菌、牛型结核分枝杆菌、BCG)均可见 3 83bp、1 2 3bp片段 ,而非结核分枝杆菌 (鸟、龟、瘰疬、蟾蜍、堪萨斯、胞内、耻垢分枝杆菌 )仅见 3 83bp片段 (猿猴分枝杆菌与结核分枝杆菌复合体相同 )。与上述相比 ,分枝杆菌感染的临床标本分别增加了一条 2 6 8bp片段。对 2 0 9例临床初步诊断为淋巴结结核病人的石蜡包埋组织标本进行了多重PCR检测 ,1 93例病理诊断为淋巴结结核、结核性肉芽组织、结核性肉芽肿性炎症病人的标本 ,检测结果符合结核分枝杆菌复合体感…     

应用PCR扩增对分枝杆菌分类鉴定及标本检测的研究

用对结核分枝杆菌特异性很强的引物 b对 2 1种分枝杆菌和 13种非分枝杆菌进行 PCR扩增 ,并对扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳。结果表明 :受试菌种用引物 b在退火温度 6 1℃时 ,扩增的敏感性为 50 fg,且只能扩出结核分枝杆菌、胃分枝杆菌 ,且他们扩增片段的分子量也不相同。可见 ,用引物 b,必要时辅以引物a,对分枝杆菌 16 S～ 2 3S r DNA间隔区序列进行扩增 ,可以快速有效地鉴定分枝杆菌临床分离株 ,是分枝杆菌鉴定的一种新方法。     

应用基因芯片快速检测分枝杆菌

目的:将临床疑似分枝杆菌感染患者的标本用基因芯片方法进行分枝杆菌菌种鉴定,并将基因芯片检测的结果与传统的抗酸染色方法进行对比。方法:采用基因芯片PCR扩增、分子杂交、微阵列芯片扫描的方法检测379例临床疑似标本。结果:基因芯片阳性检出率为16.3%(62/379),涂片抗酸染色法阳性检出率为15.3%(58/379),两者差异无统计学意义(χ2=0.16,P>0.05);62例基因芯片检测阳性患者中有52例为结核分枝杆菌,另有10例为非结核分枝杆菌(其中3例偶然分枝杆菌,1例龟/脓肿分枝杆菌,1例堪萨斯分枝杆菌,4例浅黄分枝杆菌,1例海分枝杆菌)。结论:结合临床病例分析结果显示,基因芯片检测对鉴别结核分枝杆菌和非结核分枝杆菌分型具有快速、特异性高的特点,在分枝杆菌感染的早期诊断和治疗上具有重要的临床价值,值得推广和应用。     

核酸、核酸前体对结核分枝杆菌H37Ra和BCG生长的影响

在罗氏培基中添加嘧啶类化合物或其组合物,对结核分枝杆菌H37Ra和BCG菌株有明显的生长促进作用。这种生长促进作用在不利于生长的PH条件下更加明显。 种子斜面在4℃冰箱贮存的时间越久,嘧啶类化合物的生长促进作用越明显。鸟嘌呤和鸟嘌呤核苷酸对结核分枝杆菌的早期生长有促进作用。在罗氏培基中添加0．3—5mg/L的RNA或DNA,对菌株H37Ra和BCG的生长无刺激作用。     

结核分枝杆菌中插入序列的研究

用人型复合分枝杆菌的特异插入序列IS6110和IS1081制 备探针,对5种限制性内切酶消化的结核分枝杆菌DNA进行杂交。结果表明,经PvuⅡ酶消化 的结核分枝杆菌DNA,用IS6110制备的探针进行杂交呈现高度多态性,说明IS6110对于人型 复合分枝杆菌分型研究和结核病流行病学研究具有很大价值。用IS6110制备的317bp探针对4 6株人结核分枝杆菌分离株多态性分析研究证实,这些菌株呈现高度DNA多态性,而且所含拷 贝数也极为不同,一般含7～18个拷贝。     

结核分枝杆菌诱导IFN-β产生在免疫调控中的作用

结核分枝杆菌是导致结核病的病原体,也是影响全球数百万人健康的病原体之一。机体中多种模式识别受体(pattern recognition receptor,PRR)可识别入侵的结核分枝杆菌,如DNA和RNA传感器,从而激活天然免疫系统并诱导干扰素-β(interferon-β, IFN-β)产生。虽然IFN-β是先天抗病毒应答的主要效应因子,但其在结核分枝杆菌感染中的作用仍具有争议。结核分枝杆菌感染诱导的IFN-β产生可以促进细菌生长,并增强细菌在宿主中的存活率,但用IFN-β处理细胞后再感染结核分枝杆菌,则可增强抗菌作用,保护宿主。因此,本综述将重点关注可识别结核分枝杆菌并诱导的IFN-β产生的PRR及其下游信号通路,并着重探讨IFN-β在介导结核分枝杆菌调控免疫功能中的作用,尤其是IFN-β与IL-1β之间的相互抑制性调节,旨在为进一步揭示结核分枝杆菌致病机制及结核病治疗药物研发提供新思路。     

MTB新疆临床分离株MDR-TB和XDR-TB耐药情况初步调查

目的:分析新疆喀什地区结核分枝杆菌(MTB)临床分离株对4种一线和7种二线抗结核药物的耐药情况,初步探讨本地区耐多药结核病(MDR-TB)和广泛耐药结核病(XDR-TB)的流行情况。方法:收集2008.11.1~2009.10.31日期间新疆喀什地区结核病患者痰液标本,进行分离培养及菌种鉴定,并应用比例法对所分离得到的菌株进行耐药性检测。结果:102株分枝杆菌中,88株(86.3%)属于结核分枝杆菌复合群,7株(6.9%)属于牛型分枝杆菌,7株(6.9%)属于非结核分枝杆菌。对一种以上的抗结核药物具有耐药性的有20株,总耐药率为22.7%(20/88),耐多药率为6.8%(6/88),pre-XDR为33.3%(2/6),无XDR-TB病例。结论:新疆喀什地区结核病患者耐药率较高,在结核病治疗工作中应给予重视,尤其应加强对Pre-XDR的重视,以免发展成XDR-TB。     

大鼠造血组织RNA与DNA显色定量的方法

本实验在石井畅方法的基础上进行改进,用改进的二羟基甲苯法测定RNA,二苯胺法测定DNA重复性好,回收率高(DNA达99.55±0.3％),当待测样品浓度RNA在10—60μg/ml、DNA在10一100μg/ml范围内可明显提高测量灵敏度。同时探讨了正常大鼠脾脏、肠系膜淋巴结、骨髓和外周血液的RNA与DNA含量参考值,为机体造血组织核酸代谢障碍时RNA与DNA的显色、定量分析提供了较好的测检方法。     

以蛋白激酶G为靶点的抗结核药物筛选模型的建立和初步应用

结核分枝杆菌可以产生11种丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,其中蛋白激酶G(PknG)对于结核分枝杆菌在巨噬细胞内以"持留"状态长期存活有着重要作用。本研究以结核分枝杆菌基因组DNA为模板,在大肠杆菌中克隆表达了MTBPknG蛋白,并分离纯化得到PknG纯酶。本研究还采用三步级联反应方法测定了PknG酶活性,建立和优化了PknG抑制剂高通量筛选模型。利用此模型共筛选发酵液样品2120个,化合物样品2300个,筛选得到阳性化合物1个,阳性发酵液13个,阳性率0.32%。     

结核分枝杆菌Rv1884c基因的克隆及其原核表达

目的:构建结核分枝杆菌Rv1884c基因的原核表达质粒,获得结核分枝杆菌Rv1884c基因的表达蛋白。方法:制备结核分枝杆菌基因组DNA,采用聚合酶链反应技术扩增目的基因片段;通过pGEX-4T-1构建质粒载体pGEX-4T-1-Rv1884c,经序列测定证实正确后转化大肠杆菌DH5α,再经IPTG诱导表达GST-1884融合蛋白;用聚丙烯酰胺凝胶电泳分析重组蛋白的相对分子质量及表达形式。结果:扩增出了结核分枝杆菌Rv1884c基因,构建了具有正确基因序列的质粒载体pGEX-4T-1-Rv1884c,转化大肠杆菌DH5α后经诱导产生了高水平的表达产物。结论:构建了pGEX-4T-1-Rv1884c质粒载体,并诱导表达了GST-1884融合蛋白,为进一步研究Rv1884c蛋白的活性及其功能,探讨结核分枝杆菌快速促生长作用奠定了基础。     

结核分枝杆菌功能基因组研究的方法学

DNA芯片、基因中断、基因互补法、差示荧光诱导法、生物信息学、蛋白质组、DNA库免疫、细菌人工染色体库是结核分枝杆菌研究的主要方法。综合利用上述技术可能是我们开展结核分枝杆菌功能基因组学研究的最佳切入点。     

一种从PAXgene全血RNA管内提取基因组DNA的方法

目的:从同一生物样本同步提取RNA和DNA,能提高样本的利用率,而且对于基因组学、转录组学和表观遗传学检测数据之间的比对和匹配分析也十分重要。本研究在不影响RNA样品制备的前提下,建立一种从PAXgene全血RNA管内提取基因组DNA的方法。方法:取一定量PAXgene全血RNA管血液样本,使用QIAamp DNA试剂盒提取血细胞基因组DNA,系统优化提取过程中的离心参数、洗脱量以及初始血液样本量等实验参数,并对提取的基因组DNA质量进行检测。结果:用PAXgene全血RNA管3 mL血液样本能够提取出8.918±1.100μg基因组DNA,紫外分光光度计检测DNA样品的OD 260/280比值为1.89±0.09,琼脂糖凝胶电泳结果显示DNA样品完整无降解。结论:利用本方法提取的DNA样品能够满足下游DNA芯片、DNA甲基化测序等实验要求。该方法有助于从有限的临床血液样本中获取全面的遗传信息,并且提高后续不同实验方法所生成数据之间的可比性和匹配度。     

16S DNA用于结核性胸膜炎的快速诊断

目的建立聚合酶链反应—毛细管电泳（PCR-CE）的方法直接检测结核性胸膜炎患者胸水中的结核分枝杆菌,以达到快速诊断结核性胸膜炎的目的。方法在大连市结核病医院收集2006年11月至2007年2月结核性胸膜炎患者的胸水120份,所有标本都经过结核分枝杆菌抗酸染色镜检和结合菌培养,其中115份为阴性标本,5份为阳性标本。利用16S DNA集保守性和变异性于一体的特点,设计合成通用引物G1：5′-FAM-GGC GGACGG GTG AGTAA-3′,G2：5′-ROX-GGA CTG CTG CCTCCC GTA G-3′,然后将标本进行DNA提取并进行PCR扩增,扩增产物用限制性内切酶HaeⅢ消化,用毛细管电泳来检测结核分枝杆菌。结果115份阴性标本中检测出结核分枝杆菌的有19份,未检测出结核分枝杆菌的有96份,其阳性率为16.52%;5份阳性标本中检测出结核分枝杆菌的有5份,阳性率为100%。结论PCR-CE方法检测结核分枝杆菌具有快速、准确、灵敏的特点,可用于结核性胸膜炎的快速诊断。     

PCR在HBV核酸定量检测中的应用

目的:探索一种简便定量分析系统,通过检测HBV携带者血清中的HBV X区DNA,fRNA和trRNA拷贝数,为提高隐匿性感染期低复制状态HBV检测效果提供可能。方法:从血清中提取HBV DNA和RNA,对Core区、X区DNA进行PCR扩增,使用半巢式PCR法对fRNA、trRNA在同一离心管中进行反转录并扩增,选取大小相近的质粒作为竞争模板对其进行定量。并对拉米夫定干预治疗14周前后的患者血清中HBV XDNA、Core DNA、fRNA和trRNA拷贝数进行检测与比较。所有检测结果均通过southern杂交进行验证。结果:建立了针对DNA的定量分析系统及针对RNA的RT-PCR定量分析系统,并且阐明了阿米夫定治疗前后HBV DNA和X区RNA结构和数量的变化。治疗前治疗后DNA和RNA的拷贝数均下降。Core DNA下降显著,为103-104倍,而XDNA拷贝数下降102倍。而fRNA和trRNA仅有小幅下降,为10倍左右。结论:可以通过竞争性PCR方法对血清中HBV DNA和RNA进行定量检测,以期为HBV病毒的诊断提供更充足依据。