癌症相关microRNA与靶基因的生物信息学分析

MicroRNAs(miRNAs)是一类长度约为22nt的内源性非编码RNA,通过与靶基因转录本互补结合调控基因的表达。近年来,研究发现miRNA与癌症发生密切相关,miRNA可以直接充当癌基因或者抑癌基因而影响肿瘤的发生和生长。为更进一步揭示癌症相关miRNA的特征及靶基因的功能,文章通过数据库搜索及文献检索,在人类基因组中发现了475个癌症相关miRNA,系统地比较了癌症相关miRNA与非癌症miRNA以及基因内和基因间区癌症相关miRNA在保守性、SNP位点分布、癌谱及转录调控等特性。研究发现,癌症相关miRNA比非癌症miRNA保守性要强,发生SNP概率比较低,同时发现miRNA所涉及癌症数目与保守性成正相关。基因组定位分析发现,癌症相关miRNA比非癌症miRNA更倾向于成簇存在。进一步对宿主基因、癌症相关miRNA及作用的靶基因与癌症发生进行关联分析,发现一些非癌症miRNA的宿主基因倾向于被癌症miRNA作用。本研究结果为深入理解miRNA与癌症之间的关系,以及进一步为miRNA作为癌症诊断指示物提供理论依据。     

细胞凋亡途径转向:肿瘤形成的发育生物学观

肿瘤学研究在癌基因论指引下取得了迅猛进展,然而癌症却日益成为人类第一杀手。究其原因,并非由于技术落后,而是研究方向有问题。20世纪50年代,Warburg曾对癌潜伏期进行过开创性的探索,提出了肿瘤起源的代谢观。到了70年代,癌基因论兴起,研究重点转到了成癌细胞,成为该研究领域的主流。分子肿瘤学的迅猛发展深入揭示了癌症的本质,同时也暴露出癌基因论的癌本位视角错位问题。人人都携带癌基因的宿命观点并不符合进化论自然选择原理。近期意外发现,促细胞凋亡的抑肿瘤因子却促进了肿瘤发生。结合细胞凋亡前期和肿瘤存在某些共性,以及生长因子既抑癌又促癌的双刃行为,引出了关于癌潜伏期本质的发育生物学观—细胞凋亡转向假说。结论是如果把主要研究资源,在分子肿瘤学成就基础上,重新配置到潜伏期的探索,便可能形成有效防治策略:当癌细胞尚处于癌前体阶段,便提前将其诊断和处理。     

实体癌及血癌中癌喋呤水平之研究

实体癌及血癌中癌喋呤水平之研究胡琦勇（武汉大学生物系,４３００７２）关键词癌喋呤（ｏｎｃｏｐｔｅｒｉｎ）自Ｒｕｓｓｅｌｌ发现癌症患者尿样中生物多胺水平高于正常值以来,该类物质（如精胺、亚精胺、腐胺等）即作为实体癌及血癌最重要的生比标志。癌症患者血清及...     

日本研究发现能遏制癌细胞增殖的基因

日本研究人员日前宣布,他们发现了能够遏制癌细胞增殖时必需的端粒酶发挥作用的基因。这一成果有助开发新的癌症诊疗方法。     

乳腺癌转移抑制因子BRMS1研究进展

癌转移是导致癌症患者死亡的主要原因, 因此, 研究癌转移的分子机制能为癌症的预后和治疗提供新的方法。癌转移抑制基因是一类只抑制癌细胞的转移而不影响肿瘤的发生与生长的基因。BRMS1是2000年在乳腺癌细胞中发现的癌转移抑制基因。它所编码的蛋白还可以抑制黑素瘤细胞和小鼠乳腺癌细胞的转移。BRMS1定位于核内, 与mSin3-HDAC复合体相互作用, 并且可以改变乳腺癌细胞的connexin表达特征, 从而恢复间隙连接介导的细胞间连接通讯。文章就BRMS1的研究进展做一综述, 对其相关的基因也给予简单的介绍, 并对它可能的作用机制进行了预测。     

整合分析基因表达与拷贝数变异识别癌症的驱动基因及调控子miRNAs

目的:通过整合分析基因的表达与拷贝数变异(CNV)识别癌症的驱动基因及调控子mi RNAs。方法:通过整合基因表达与CNV数据,分别计算了乳腺癌、结肠癌、肺癌、肾癌、膀胱癌、头颈癌六种癌症中mi RNAs的调控得分,提出了一个识别驱动基因和显著调控子mi RNAs的方法。结果:本文研究发现,CNV区域上编码的基因相比于非CNV区域上编码的基因更倾向于受mi RNAs调控。但是,癌相关CNV区域上的基因相比正常CNV区域上的基因更少受mi RNAs调控。本研究识别出了EXOSC4、ZNF7、BOP1等原癌基因,以及mi R-488、mi R-27a、mi R-454等在多种癌症中都起调控作用的调控子mi RNAs。结论:本文的方法为癌症研究带来了新的启发,这些具有调控扩增基因过表达作用的mi RNAs的发现,有助于我们更进一步了解癌基因表达的复杂调控机制,进而推动癌症的诊断、治疗和预后。     

食物与癌

过去30多年,在癌症研究方面取得了重大进展。其中最重要的发现之一,是对环境在癌形成中的作用程度的认识。据估计,全部癌中有80％—90％是由环境因素(包括饮食和其他的生活习惯方面的因素)引起的。因此,大多数癌是能够预防的。不少研究者认为,饮食对癌的发生的影响可能比吸烟还要大。据专家们估计,癌症中有35％是由饮食引起的。生物学教师要尽一切努力教育学生,使他们懂得如何减少癌的危险。下面就饮食与癌的发生问题提出一些看法。     

Cancer:癌症幸存者吸烟几率高于无癌史人群

正加尔维斯敦德州大学医学院的研究人员发现,相比没有患癌症的人群,在青少年和年轻成人群中确诊的癌症幸存者吸烟的机率很大。本研究发现发表在《Cancer》杂志上。吸烟是癌症的主要原因,但研究发现非吸烟者不一定就不患癌症。"吸烟者更容易患癌症,我们发现在我们的分析中许多青少年和青年人在     

科研快讯

《致癌基因》:研究发现新型通用癌生物标志物来自第四军医大学肿瘤生物学国家重点实验室的研究人员发现了我国首个新型通用癌生物标志物:HAb18G/CD147,这一标志物作为癌症的全新药靶,对临床诊断和预后判断具有重要意义。这一研究成果公布在《致癌基因》(Oncogene),《生物科学与生物工程期刊》(J Biosci Bioeng.)等杂志上。     

靶向攻击肿瘤的免疫疗法

用单克隆抗体治疗癌症一直是肿瘤免疫学研究的热点之一。以往的抗体治疗均以癌细胞表面蛋白为靶标,因为全抗体分子太大而不能穿过细胞膜。最近新加坡科技研究局下属的分子与细胞生物学研究所(IMCB)曾琦博士及其团队的研究发现,抗体治疗不仅能以胞外癌蛋白为靶标,也能以胞内癌蛋白为靶标,进入胞内杀死癌细胞,从而抑制癌细胞的生长;这些发现对癌症的免疫治疗具有突破性的意义。现将其主要内容摘录如下,供我国学者参考。读者有意阅读原文请看:[Ferrone S.Hidden immunotherapy targets challenge dogma,Sci Transl Med,2011,3(99):99ps38]     

顶- 底极性复合物与癌症的关系研究进展

顶-底极性是上皮细胞的一项主要特征,参与细胞形态、迁移、功能维持等多个生物学事件。上皮细胞顶-底极性复合物包括PAR复合物、SCRIB复合物和CRB复合物。丧失极性是细胞癌化的标志之一,并且在人类癌症中也发现了顶-底极性复合物的异常表达。本文将就目前有关顶-底极性复合物在癌症方面的研究进行综述,重点阐述顶-底极性复合物在肿瘤发生、发展过程中的作用及调控机制。     

SOX9基因在癌症发生发展中的作用机制研究进展

早期研究揭示,SOX9基因及其表达产物转录因子SOX9主要参与胚胎早期发育、性别决定和软骨发育。近期研究发现SOX9产物的表达水平与多种实体癌的发生、发展存在正相关关系,包括前列腺癌、结肠直肠癌等。上调SOX9的表达水平可以促进癌细胞的生长,SOX9基因是一种促癌基因。对于目前SOX9调节癌症发生发展的分子机制进行了综述,总结了已有的观点、假说及实验证据,并以此为基础分析了负调控SOX9基因表达的内源和外源性分子,进一步探讨了SOX9基因成为治疗癌症药物靶标的可行性,以期为后续基础机理研究和疾病治疗提供指导。     

缺乏蛋白质Myc可使肿瘤细胞休眠

癌症治愈的一个标准是杀灭恶性细胞 ,而医师判定治疗成功也是再无癌细胞存留 .然而 ,许多病人测试已无恶性细胞者 ,数年后癌重又出现 .现在 ,研究者对此作出一个解释 .科学家用小鼠研究发现 ,当启动一种称为Myc的蛋白质产生时 ,由于该蛋白质刺激肝肿瘤生长 ,故而阻止Myc大量制造则抑制肝肿瘤生长 .研究者发现 ,虽然癌退缩了 ,但并不是所有肿瘤细胞都已死亡 .有些分化为象似正常的肝细胞 ,但这些细胞当恰当插入新成分Myc后 ,其癌性倾向重又表现出来 .研究者在即将出版的Nature上作了报道 .如果能使癌长眠终身 ,即用一个休眠的癌来对付癌症 …     

癌症差异蛋白质组学研究中样品分离和鉴定分析技术

随着人类基因组测序的完成,癌症研究的重点从基因组学转移到蛋白质组学研究中。癌症研究中的差异蛋白质组学技术也飞速发展,包括癌症样品制备、分离,蛋白质鉴定分析、蛋白质组定量研究和翻译后修饰研究等。这些技术极大地推动了与癌症相关的差异蛋白质组学研究,使蛋白质组学在癌症早期诊断、治疗,监测以及发现新药物治疗靶标方面发挥更大的作用。本文主要综述了近年来癌症差异蛋白质组学研究中样品分离和鉴定分析技术。     

Nat Med:抑癌因子PTEN或可促癌

正最近,来自美国加州大学旧金山分校的研究人员发现在多种癌症类型中扮演抑制因子角色的PTEN并非总是发挥抗癌作用,该研究发现PTEN分子能够促进前体B细胞发生癌转化,因此靶向清除PTEN可能是治疗前体B细胞急性淋巴细胞白血病的一种新策略。许多研究表明PTEN是PI3K-AKT信号途径的一个负调控因子,也是一种强力的肿瘤抑制因子,许多癌症类型中都存在PTEN突变,PTEN     

乳腺癌癌旁组织特异性表达基因分析

癌症研究中常用癌旁组织(normal tissues adjacent to the tumour, NAT)作对照,而癌旁组织与无肿瘤的正常组织的基因表达谱是有差异的。癌旁组织特异性表达基因的存在通常会干扰传统的转录图谱研究,然而目前关于癌旁与无肿瘤组织的基因表达谱差异的研究相对较少。本研究对14例乳腺癌患者的癌组织、癌旁组织和对侧正常乳腺组织样本进行高深度RNA测序和分析,发现癌旁组织相比对侧正常乳腺组织有102个差异表达基因。基因富集和蛋白-蛋白互作分析揭示这些差异表达基因显著富集在肿瘤坏死因子(tumour necrosis factor,TNF)和上皮间质转化(epithelial-mesenchymal transition, EMT)等癌症相关的基因集中。通过比较癌旁组织与癌组织、癌旁组织与对侧正常乳腺组织的转录图谱,发现23个癌旁组织特异性高表达的基因,即癌旁特异性激活(tumour-adjacent specific activation, TASA)基因。这些基因显著富集在TNF基因集中,其中15个是新发现的基因。结果表明,TASA基因在乳腺癌癌旁组织中普遍存在,并且与免疫系统的TNF信号有关。癌旁中存在类肿瘤型表达模式的基因,这些基因可能与肿瘤形成有关,但是往往在肿瘤-癌旁成对研究中被遗漏。     

《细胞-干细胞》：新研究揭示肝癌复发“元凶”

来自香港大学的消息。近日香港大学李嘉诚医学院的研究人员在新研究中发现导致肝癌复发及产生化疗抗药性的元凶是一种癌干细胞。只要抑制为该干细胞传递消息的蛋白物,就可提升治疗肝癌的效果。这一新研究发现为了解肝肿瘤形成和未来癌症治疗带来了重大突破。研究结果发表在干细胞研究范畴最权威的学术期刊《细胞一千细胞》（Cellstemcell）上。     

利用组学数据建立针对四种女性癌症的基于机器学习方法的生存预测模型

乳腺癌、宫颈鳞状细胞癌、子宫内膜癌、卵巢癌是女性常见的癌症.由于癌症的恶性发展并缺乏有效的早期诊疗手段,这些癌症已成为当今世界女性患者的头号杀手.为了探索高通量组学数据能否促进癌症患者的预后,本研究利用美国癌症基因组图谱项目中四种女性癌症的1861个样本的临床数据和多维组学数据(包括DNA甲基化、mRNA表达、miRNA表达和基于芯片的蛋白表达组学数据),建立了Cox比例风险模型和随机生存森林模型用来回顾性地预测患者的生存率.本研究发现,在宫颈鳞状细胞癌中,通过整合临床与DNA甲基化及miRNA表达组学数据建立的模型,生存预测能力显著高于仅使用临床数据的模型(一致性指数c-index中位数提高了8.73%～15.03%).本研究虽然验证了有些组学数据对特定癌症生存模型的预测能力有提升作用,但也存在着相对于临床数据,组学数据对模型的预测能力无显著提升的情况.这些结果为系统地开展基于癌症基因组学的生存预测研究及提升临床生存分析的预测准确性提供了有用经验.     

关于癌病毒的探讨——从猴到人

<正>病毒作为癌症病原之一,是本世纪初,与化学物质同时提出来的问题。如果病毒能引起癌症,即使不同于一般病毒,也会有传染途径。那么,切断传染途径,能否预防。在免疫学上对病毒能否预防、诊断、治疗,这就是对所谓“癌病毒说”的一般期望。 但是,对癌症病毒的研究,特别是人癌病毒的研究,决不是容易研究的领域。1950年以前,停留在单纯的“癌病毒说”上,这     

发现糖尿病药物能杀死癌细胞

甲福明（二甲双胍）是一种广泛用于糖尿病治疗的药物。现在，来自美国宾西法尼亚大学医学院的研究人员发现，这种常用的糖尿病药物能杀死缺失重要抑癌基因p53的癌细胞。这项研究的发现可能为治疗人类癌症提供了可能的候选药物。该研究的结果刊登在近期的《Cancer Reseamch》杂志上。