水稻端粒相关序列的克隆及鉴定

端粒不仅包括简单的端粒重复序列 ,也包括较复杂的端粒相关序列 .参照拟南芥菜的端粒重复序列 (TTTAGGG) _n,设计了 2个引物 :(TTTAGGG) ₃ 和 (CCC TAAA) ₃ CCC .利用单引物采取 2种方法在水稻中进行PCR圹增 ,得到了 8个片段 .然后用Bal31酶解和RFLP图谱定位的方法检测了它们的亚端粒特性 .用此方法鉴定了 6个端粒相关序列 ,分别定位于水稻第 5 ,6 ,7,9号染色体 .     

甜菜碱改善水稻高GC含量DNA序列的PCR扩增北大核心CSCD

聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)作为一项基本的分子生物学技术,是DNA序列扩增的强有力工具。水稻作为人类最重要的粮食作物之一被广泛研究,然而由于水稻基因组序列的GC含量相对较高,而高GC含量DNA序列的PCR扩增一般比较困难,使得水稻高GC含量序列的功能研究受阻。通过使用不同的添加剂,发现相比于二甲基亚砜和甘油等,甜菜碱对于水稻高GC含量片段的PCR扩增的增强效果最明显。通过对多个高GC含量的水稻DNA片段进行PCR扩增,发现1-2 mol/L甜菜碱对于增强PCR扩增效果显著。此外,甜菜碱对于多种DNA聚合酶作用下的PCR扩增均有增强效果。     

甜菜碱改善水稻高GC含量DNA序列的PCR扩增

聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)作为一项基本的分子生物学技术,是DNA序列扩增的强有力工具。水稻作为人类最重要的粮食作物之一被广泛研究,然而由于水稻基因组序列的GC含量相对较高,而高GC含量DNA序列的PCR扩增一般比较困难,使得水稻高GC含量序列的功能研究受阻。通过使用不同的添加剂,发现相比于二甲基亚砜和甘油等,甜菜碱对于水稻高GC含量片段的PCR扩增的增强效果最明显。通过对多个高GC含量的水稻DNA片段进行PCR扩增,发现1-2 mol/L甜菜碱对于增强PCR扩增效果显著。此外,甜菜碱对于多种DNA聚合酶作用下的PCR扩增均有增强效果。     

筛选和定位含水稻端粒相关序列的BAC克隆

根据水稻的端粒重复序列 ,设计了 2个引物 :(TTTAGGG) ₃ 和 (CCC TAAA) ₃ CCC ,利用单引物在水稻总DNA中进行PCR扩增 ,分别得到Tas1和Tas2 .这 2个片段在定位亲本间均无多态性 .Tas1的原位杂交表明该序列位于 2对染色体端部 .以Tas1为探针在所构建的水稻基因组BAC文库中筛选到 1个克隆 ,South ern杂交证明此克隆也包含序列Tas2 ,取该克隆中的单拷贝序列利用ZYQ/JX1 7DH群体将其定位在第 6号染色体的端部 .并对Tas1和Tas2在此克隆中的排列进行了初步研究     

鸡端粒酶RNA基因的克隆

本研究采用扩增条件优化的PCR扩增技术,以MDCC-MSBl细胞基因组DNA为模板扩增出鸡端粒酶RNA(chicken telomerase RNA,chTR)全长基因,克隆到pMD18-T载体中,经酶切鉴定和PCR鉴定后测定序列.序列分析表明所克隆的鸡端粒酶RNA基因全长465 bp,其中模板区的11个核苷(5'-CUAACCCUAAU-3')合成端粒亚单位(TTAGGG)n.chTR基因的克隆为进一步研究chTR在马立克氏病发病过程中的作用以及马立克氏病的发病机制提供可能的序列基础.     

水稻同源盒序列的扩增、分析及染色体定位

广泛存在的同源盒基因家族与生物的发育控制过程有关 .用特异PCR扩增获得同源盒保守序列 ,并通过LM PCR方法获得保守序列的侧翼序列 ,进而对克隆的扩增片段进行序列分析和Southern分析 ,并在水稻的分子连锁遗传图上定位了 6个同源盒序列 .它们分别被定位在水稻第 3 ,4和第 7染色体上 ,在第 3染色体上共定位了 4个同源盒序列 .值得注意的是水稻同源盒序列定位的结果与玉米已知的同源盒基因的定位结果相当符合 .     

一个含端粒序列的水稻BAC克隆的分析和定位

对一个含 (TTTAGGG) _n 同源序列的水稻BAC克隆 (BAC2 )进行了分析 ,揭示出水稻近端区DNA的组成 .BAC2的插入片段中除含有大量的以串联形式存在的称之为TA35 2序列的卫星DNA外 ,还含有TTTAGGG或其变体组成的简单重复 .荧光原位杂交 (FISH)将含 (TTTAGGG) _n 序列的 0 .8kbPstⅠ片段定位在至少 5对染色体的端粒区 .通过对BAC2中低拷贝序列的RFLP分析 ,BAC2被定位在水稻第 6号染色体端部 .这些结果说明水稻的端粒序列可能也是TTTAGGG或其变体构成的简单重复 ,而与其相连的卫星DNATA35 2则属于端粒相关序列 .     

应用PCR进行水稻染色体末端区域作图

利用RAPD引物介寻的不对称复性温度PCR的方法（RM－PCR）,发展了一种基于端粒重复序列的新型分子标记。并在一个籼粳杂交来源（窄叶青8号×京系17）的水稻双单倍体群体中进行了端粒重复相关顺序的遗传定位。在23个定位位点中,有12个定位在水稻8个染色体臂的最远端,并将所在染色体分别向外延长了7．7～22．6cM。其中有些可能是定位在亚端粒区。有5个位点被定位在着丝粒区,另外6个位点定位于染色体内其他区域。     

转基因水稻T—DNA侧翼序列的扩增与分析

利用现有的转抗白叶枯病基因Xa21的水稻材料,通过TAIL－PCR技术扩增出携带Xa21基因的T－DNA的侧翼序列,对24个有效扩增片段的序列分析结果表明,其中14个侧翼序列是水稻DNA,9个含载体主干序列,1个是外源基因Xa21片段,14个T－DNA侧翼的水稻DNA序列与直接转化法外源基因整合位点的基因组序列具有不同的特点,这些T－DNA在水稻染色体上整合后其两端序列的特点类似于在转基因双子叶植物中观察到的现象,在含主干序列的侧翼序列（37．5％,9／24）,中,载体主干序列是以不同的类型出现的。     

中科灵芝核糖体大亚基(LSU)基因组的序列测定和分析

采用先进的CTAB法提取中科一号灵芝菌株的基因组DNA,经过LSD序列的扩增,引物设计,PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳检测后用试剂盒回收,转化大肠杆菌感受态细胞,获得正确的转化子后,测序,获得新的灵芝rDNA序列.