新款桌式基因组测序仪Ion Torrent发布

2011年3月17日,Life Technologies公司在北京科技会堂举行2011年生命科学新技术报告会并发布了利用半导体芯片实现高通量测序的Ion Torrent个人化操作基因组测序仪。     

通往个性化医疗的新一代测序技术：Ion Torrent

自1977年第一代Sanger测序法诞生以来,测序技术经历了突飞猛进的发展,第二代和第三代测序技术相继出现。随着测序仪代次的更迭,实现测序目的的技术权重已逐渐由偏重生化反应转向偏重物理学、材料学等非生物学科。Life Technologies公司推出的Ion Torrent Personal Genomic Machine（PGM）就是这类技术转型的代表。我们对测序技术的发展和Ion TorrentPGM的特点及应用做简要综述。     

Life Technologies在中国推出台式基因测序仪,实现1000美元解码人类基因组

2012年3月28日,总部位于美国加利福尼亚州的生命科学厂商Life Technologies公司（NASDAQ：LIFE）今日宣布在中国推出新的台式基因测序仪Ion Proton。借助该技术产品,只需1000美元即可在一天时间内完成个人全基因组测序。     

美国Life Technologies公司的新测序仪：1000美元一天内解读1个人的基因组

2012年1月10日,美国Life Technologies公司宣布开始接受采用半导体测序技术的新产品、台式离子-质子“Ion Proton”高速测序仪的订货。这款仪器旨在一天内完成1个人基因组的测序,耗资约为1000美元。 Ion Proton测序仪的价格为14．9万美元,该机型采用了在世界市场上以高速而畅销的测序仪“Ion Personal Genome Machine（PGM）”曾使用过的半导体测序技术的新生代技术。     

Life Technologies推出台式基因测序仪,实现1000美元解码人类基因组

近日,Life Technologies公司推出了新型台式基因测序仪Ion ProtonTM。该款测序仪采用新一代半导体测序技术,拥有快速、简单及可扩展等特征,能有效推进临床研究在癌症及遗传性疾病等诊断中的发展。借助该技术产品,只需1000美元即可在一天时间内完成个人全基因组测序。目前,使用传统的光学测序技术对人类基因组进行     

Life Technologies基因分析仪获SFDA批准

<正>近日,Life Technologies公司的3500xL Dx系列基因分析仪获得了我国国家食品药品监督管理局(SFDA)的批准,同时该公司与达安基因组建的合资公司推出了10种检测试剂盒。这些进展标志着Life Technologies在采用基     

Life Technologies在中国建设DNA检测产品制造基地

美国生物技术公司Life Technologies生产尖端DNA检测产品的制造基地近日在北京竣工。该基地生产的DNA检测试剂盒,包括Life Technologies最新发布的GlobalFilerTM(GlobalFilerTM仅适用于法医鉴定和亲子鉴定),可     

高通量测序技术及其应用

高通量测序技术是DNA测序发展历程的一个里程碑,它为现代生命科学研究提供了前所未有的机遇。详细介绍了以454、Solexa和SOLiD为代表的第二代高通量测序技术,以HeliScope TIRM和Pacific Biosciences SMRT为代表的单分子测序技术,以及最近Life Science公司推出的Ion Personal Genome Machine (PGM)测序技术等高通量测序技术的最新进展。在此基础上,阐述了高通量测序技术在基因组测序、转录组测序、基因表达调控、转录因子结合位点的检测以及甲基化等研究领域的应用。最后,讨论了高通量测序技术在成本和后续数据分析等方面存在的问题及其未来的发展前景。     

高通量测序技术在细菌耐药中的应用

细菌耐药已成为威胁全球人类公共健康的重要因素之一,快速、准确明确细菌耐药的特性、机制及传播特征对疾病治疗及控制耐药菌的传播具有重要意义。高通量测序技术可以同时平行检测多个基因序列的状态,已广泛应用于细菌耐药检测。目前高通量测序技术在细菌耐药领域的应用主要有:全基因组测序技术、目标区域测序技术和宏基因组测序技术。所采用的测序平台主要为Illumina、Ion Torrent、BGI等二代测序和Pacific Biosciences、Oxford Nonopore 等三代测序平台。通过细菌耐药基因预测细菌耐药表型的准确性在很大程度上依赖于成熟的专业耐药基因数据库,各种通用型、特异型及隐马尔可夫模型耐药基因数据库的建立和完善,为高通量测序技术在细菌耐药领域的应用提供了坚实的基础。本文简要介绍了高通量测序技术、数据分析方法及相应测序平台在细菌耐药领域中的应用进展,并同时介绍了细菌耐药数据库的现状。     

从基因组计划到个体化医疗

[本刊讯]2011年4月19日,在"对话生命"——Life Technologies新任大中华区总裁媒体见面会上,"个体化医疗"成为本次会议的热点话题。来华履新刚一周的Life Technologies大中华区总裁Siddhartha Kadia博士、中国医学科学院副院长詹启敏教授、中国科学院北京基因组研究所副所长于军教授与近40家媒体激情"对话生命",探讨生命科学在中国发展的现状与未来。首先,詹启敏教授作了专题报告。他说:重大疾病防治的迫切性和社会需求非常大。以恶性肿瘤为例,目前全球新     

Life Technologies大中华区新一代测序数据解决方案中心成立

<正>2010年11月3日,美国Life Technologies所属爱普拜斯应用生物系统公司在北京设立其大中华区新一代测序数据解决方案中心。借助生物信息技术的深化应用,该中心旨在帮助使用SOLiDTM基因测序系统的客户进行系统运行之后建立数据分析方案,从而更加有效地利用研究数据结果。     

北京同仁医院基因测序技术临床应用学术研讨会

来自中华医学会北京分会、首都医科大学附属北京同仁医院、江苏省中医院、Life Technologies等医疗和技术机构的专家,在近日召开的“北京同仁医院基因测序技术临床应用学术研讨会”上纷纷表示欢迎基因测序技术进入临床。本次研讨会由中华医学会北京分会检验分会主办,首都医科大学附属北京同仁医院承办,     

难提取细菌基因组DNA提取方法的比较与优化

目的:比较并优化2种试剂盒提取以巨型球菌为代表的难提取细菌基因组DNA的方法,以获得高质量的DNA用于高通量测序,探索高通量测序样品的前期处理方法。方法:用Life Technologies公司的Charge Switchg DNA Mini Bacteria Kit和Roche公司的High Pure PCR Template Preparation Kit提取制备困难的巨型球菌基因组DNA,然后通过添加溶葡球菌酶和增加溶菌酶、RNase A、Protein K的投入量及延长消化时间优化2个试剂盒,对4种方法提取的细菌基因组DNA进行浓度、纯度和基因组完整性测定,选取质量良好的基因组进行高通量测序。结果:改良后的2个试剂盒提取的巨型球菌DNA浓度较高,分别达到78.4和67.8 ng/μL,可满足高通量测序的需求,并获得基因组全序列。结论:改良后的2种方法是提取制备困难的巨型球菌基因组DNA更好的方法。     

中国医学界专家欢迎基因测序技术走入临床——记“北京同仁医院基因测序技术临床应用学术研讨会”

由中华医学会北京分会检验分会主办,首都医科大学附属北京同仁医院承办,Life Technologies公司协办的"北京同仁医院基因测序技术临床应用学术研讨会"近日在京召开。300多位医学领域的专家、学者、临床医生、     

头低位卧床期间人体肠道益生菌多样性变化

目的观察了解头低位卧床期间人体肠道益生菌双歧杆菌属、乳酸杆菌属的数量及多样性的变化趋势。方法采集受试者-6°头低位连续卧床30d期间肠道便样,通过平板可培养技术、浓度梯度凝胶电泳技术和Ion Torrent基因组测序技术平台等实验方法,检测分析肠道粪便益生菌。结果卧床期间,可培养肠道菌群中的双歧杆菌、乳杆菌数量显著减少,益生菌中双歧杆菌出现不规律的缺失与恢复,肠道菌群多样性指数下降。结论头低位卧床期间肠道益生菌多样性发生了改变。益生菌数量减少,多样性指数下降,头低位卧床对肠道菌群有不利的影响。     

粪肠球菌噬菌体vB_E. faecalis_IME196的生物学特性及其全基因组分析

【目的】从医院污水中分离一株能裂解多耐药粪肠球菌的噬菌体,分析该噬菌体的生物学特性,并进行全基因组测序和分析,为治疗和控制多耐药粪肠球菌感染提供基础。【方法】以耐药粪肠球菌为宿主,从医院污水分离噬菌体,双层平板法检测噬菌体效价、最佳感染复数(MOI)和一步生长曲线,纯化后负染法电镜观察噬菌体形态;蛋白酶K/SDS法提取噬菌体全基因组,酶切处理后琼脂糖凝胶电泳分析,使用Ion Torrent测序平台进行噬菌体全基因组测序,测序后进行噬菌体全基因组序列组装、注释、进化分析和比较分析。【结果】分离到一株粪肠球菌噬菌体,命名为v B_E.faecalis_IME196(IME196);其最佳感染复数为0.01,一步生长曲线显示IME196的潜伏期为30 min,暴发量为50 PFU,电镜观察该噬菌体为长尾噬菌体,结合BLASTp分析确定其属于尾病毒目长尾噬菌体科,基因测序表明,噬菌体IME196核酸类型为DNA,基因组全长为38 895 bp,G+C含量为33.9%。【结论】分离鉴定一株粪肠球菌噬菌体,进行了全基因组测序和分析,为以后预防和控制粪肠球菌的感染提供了一个新的途径,为噬菌体治疗多重耐药细菌奠定了基础。     

Life Technologies：＂Shaping Discovery,Improving Life＂

对于国内生物行业的大多数人来说,Life Technologies或许还是一个相对陌生的公司。而提及Invitrogen和ABI（Applied Biosystems）的名字,想必大家都十分熟知。在2008年11月25日,世界领先的生物技术试剂公司Invitrogen和生物技术仪器公司ABI宣布合并,成立了Life Technologies公司。这一“组合拳”出击,     

高通量测序及其在食物网解析中的应用进展

高通量测序是DNA测序技术发展中的重大突破,它的出现为现代生物科学研究提供了前所未有的机遇,例如基于猎物和寄主植物DNA分子解析生态系统的食物网研究已逐渐成为捕食性动物与植食性动物食物网研究的新型模式。在简要总结Roche 454、Illumina和Ion Torrent为代表的第二代测序技术的原理及最新进展的基础上,综述了近年来利用高通量测序技术在捕食性和植食性动物食物网解析构建研究方面取得的最新进展及存在的问题,以期为探索捕食性和植食性动物的猎物/寄主范围、猎物/寄主转换、资源分配、生物防治、生物保护和生态恢复新方法提供思路和启发。     

下一代测序技术数据分析进展

<正>简要综述了序列读取后对基因组的定位和比对后的分析进展,结合RNA测序、miRNA测序、捕获测序探讨了基因组数据分析及其应用。下一代测序(NGS)技术正在极大地改变生物学家进行研究的方式。不同的NGS平台如Illumina Solexa、Life Tech SOLiD和Roche 454提供了前所未有的大规模并行测序能力,短时间内对生物样     

粪肠球菌噬菌体vB_EfaP_IME195的生物学特性及其全基因组分析

【目的】以粪肠球菌为宿主菌,从医院的污水中筛选出相应的粪肠球菌噬菌体v B_Efa P_IME195,简称IME195,研究其生物学特性;并通过高通量测序得到其全基因组,深入研究其基因组学特征。【方法】以临床的耐药粪肠球菌为宿主菌,利用医院污水筛选噬菌体并纯化;对噬菌体IME195生物学特性进行了深入研究,包括电镜观察噬菌体形态、最佳感染复数、一步生长曲线、噬菌体IME195对紫外线的敏感度、对温度的耐受程度、对p H的耐受程度、对氯仿是否敏感;通过蛋白酶K/SDS法提取噬菌体IME195全基因组;Ion Torrent高通量测序;测序后进行噬菌体全基因组序列组装、注释、进化分析和比较分析。【结果】通过噬菌体梯度稀释,双层培养基平板法得到噬菌斑边缘分明、斑体透明的裂解性噬菌体IME195,最佳感染复数为0.01,一步生长曲线显示IME195的潜伏期为30 min,暴发量为11。该噬菌体对紫外线比较敏感,对5%浓度的氯仿不敏感,噬菌体对高温比较敏感,该噬菌体在p H 6.0-8.0范围内具有良好的裂解活性;电镜观察结果显示该噬菌体属于尾病毒目短尾噬菌体科;全基因组分析表明:噬菌体IME195基因组大小只有18 607 bp(Gen Bank登录号为KT932700),G+C含量仅为33%。BLASTn比对结果表明,该噬菌体和Gen Bank中的噬菌体v B_Efae230P-4只有82%的相似性。对噬菌体IME195进行了全基因组功能注释和进化分析。【结论】分离鉴定了一株粪肠球菌噬菌体,进行了生物学特性、全基因组测序和生物信息学深入分析,为噬菌体治疗多重耐药细菌奠定了基础。