分子系统发生学

内容简介:分子系统发生学是应用分子数据重建系统发生关系的学科。本书全面系统地论述了分子系统发生学的基础、原理、方法及应用。全书由18章组成,可以归纳为五大部分:第一部分包括第1～3章,分别介绍了系统发生和系统树的基本知识;第二部分包括第4～7章,是分子系统发生分析的基础,其中第4章和第5章是分子系统发生学的信息学     

基于分子数据的系统发生树构建

系统发生学是研究生物类群间进化关系的学科。随着测序技术、分析方法和计算能力的改进,分子数据被广泛应用,促进了系统发生学的快速发展。系统发生树已成为生态学和比较生物学等研究领域的有力工具。然而,许多研究在进行系统发生树构建时更侧重各种软件的使用,一些基本原则或注意事项有时会被弱化甚至忽视。该文详细介绍了基于分子数据进行系统发生树构建的工作流程和基本方法,包括类群取样、分子标记选择、序列比对、分区及模型选择、序列联合分析以及拓扑结构检验等关键步骤。此外,该文还为系统发生树构建常用的3种方法(最大简约法、最大似然法和贝叶斯法)提供了相应的软件操作流程和运行命令,以期为相关研究提供参考。     

中国近海牡蛎系统分类研究的现状和对策

探讨了中国近海沿岸牡蛎分类的诸多疑难和热点问题,回顾了国内外包括贝类等动物的分子系统发生学研究的主要进展,分析了中国近海牡蛎系统分类目前存在的问题,重点阐述了利用分子标记等手段解决形态相似种的鉴定和种系发生关系等问题的巨大潜力,报道了利用分子标记进行牡蛎分类研究所取得的最新进展。预期经典分类学和分子系统发生学研究的交叉综合,将大力推动中国近海牡蛎的系统分类和系统发生研究的发展。     

MATLAB 7.X生物信息工具箱的应用--系统发生分析(五)

MATLAB 7.X生物信息工具箱为广大用户提供了一个用于系统发生分析的综合环境,它能利用数据库资源,方便获取DNA/蛋白质序列数据,所有操作简单高效,结果可视化程度高。在工具箱提供的开放环境里,用户还可以根据自己的目标来设计和利用分析工具。本文介绍MATLAB7.X生物信息工具箱在构建系统发生树方面的应用,以人科线粒体基因序列作为分子标记构建一株人科系统发生树为例,说明在MATLAB环境下对系统发生树的分析和处理。     

蕨类植物起源与系统发生关系研究进展

蕨类植物是一群非常古老的植物,在其漫长的演化历史中丢失了大量的系统发生信息,因此重建其系统演化关系是蕨类植物学家所面临的重要任务之一.近年来的分子系统学研究已经确立了一些类群的系统关系,但现存的蕨类分类系统和系统发生关系还有很多谜团有待揭开.化石记录表明蕨类植物最早出现于大约4亿多年前,但大部分现代真蕨类缺少足够的化石证据.它们的起源时间和方式及其内部各类群的系统发生关系等诸多问题的解决,还有待于大量形态学和不同分子水平上的实验数据的进一步积累,并结合其直接的化石证据进行综合研究.     

鸡形目鸟类系统发生研究现状

综合形态学、行为学、分子系统发生等方面研究成果,对世界鸡形目鸟类科的系统关系以及属、种间系统发生的研究进展进行了阐述,侧重介绍与我国鸡形目鸟类相关类群的系统发生研究现状。与传统的系统关系比较,新的研究结果主要有:凤冠雉科和冢雉科不再是互为姊妹群;传统分类中的雉族和鹑族被证明并非单源而是多源的;雉族的原鸡属与鹑族的竹鸡属有很近的亲缘关系;灰山鹑、火鸡和松鸡类的系统发生关系可能很近。分子进化的研究表明雉科各属的起源主要集中在上新世。     

登革病毒的系统发生树

登革病毒在除欧洲以外的所有大陆都有流行,弄清登革病毒在全世界的流行趋势及其致病机理对控制登革流行非常重要。本文就登革病毒系统发生树的构建方法及系统发生树的登革病毒分子流行病学、致病机理研究中的应用作一综述。     

杉科、柏科的系统发生关系研究进展

杉科、柏科是松柏类裸子植物中的重要类群,其系统分类研究一直是裸子植物的研究热点之一.但是杉科与柏科之间及其内部各属之间的系统发生关系却一直存在争议.一般认为杉科、柏科单独成科.近年来的分子系统学及分支系统学研究结果证实:除了金松属以外,杉科和柏科为一单系群,应合并为一个科Cupres-saceae sensu　lato（广义柏科）,其主要分支类群的系统发生关系也已经基本确立,而金松属则单独成立金松科.     

科学出版社新书

<正>进化(英)巴顿等著宿兵等译978-7-03-027175-4$168.00元(含光盘)2010年4月出版内容简介:本书是一部全面、系统介绍进化生物学的教科书。本书的作者均是多年从事进化生物学研究并对本领域有卓越贡献的欧美学者。本书涵盖了进化生物学的产生和发展的历史,从西方早期的自然神学到达尔文的进化论。本书介绍了进化生物学的重要科     

单克隆抗体和功能细胞株的进展和应用

本书为专论单克隆抗体杂交瘤专著:这还是生物分析研究领域中开辟的新的领域。该书重点介绍了重组单克隆抗体和分子遗传分析技术,阐述了在分子水平上研究基因和基因产物的结构与功能的相互关系,并进一步介绍了单克隆抗体在医学领域中应用的潜力。本书可供遗传学、免疫学、生物工程学、医学、分子生物学等科研和教学人员参考。     

二代测序技术分析2018年济南市污水中的人星状病毒基因特征

人星状病毒（Human astrovirus,HAstV）是引起急性胃肠炎的主要致病病毒之一，为了解HAstV的型别分布和遗传变异特征，本研究于2018年在济南市按月采集12份生活污水样本，浓缩处理后提取RNA，进行HAstV部分ORF2编码区的PCR扩增，阳性产物进行下一代测序（Next generation sequencing, NGS）分析，探索HAstV各型别的动态变化和系统发生学特征。结果显示所有污水中均检出HAstV核酸，NGS分析显示所测读长分属于HAstV-1至HAstV-6共6个型别，其中HAstV-1型占比最大（27.4%），但不同月份的优势型别有所差别。系统发生学分析显示HAstV-1、HAstV-2、HAstV-5型山东株序列属于多个遗传分支，提示这些型别有多个传播链在当地循环。本研究描述了2018年济南市本地流行的人星状病毒基因型分布和序列特征，研究结果证明基于扩增子NGS的环境监测是探索人群中HAstV分子流行病学特征的有效手段。     

科学出版社生命科学编辑部新书推介

《蛋白质电泳实验技术》(第二版)郭尧君编著2005年5月出版,ISB N7-03-015283-2定价:38.00本书从介绍凝胶电泳的原理、电泳实验技术的发展简史和各种现代的电泳设备入手,重点阐述了8种蛋白质电泳技术的原理、方法、实验考虑和具体应用.为了满足蛋白质组研究的需要,本版特别对双向电泳及其相关技术进行了详细的介绍.本书是作者多年研究成果的总结,其指导性、实用性、可操作性很强,是一本非常好的电泳工具书.本书适用于生命科学实验室工作人员及相关领域的大专院校师生.《重组抗体》沈倍奋陈志南刘民培主编2005年5月出版ISB N7-03-014638-7…     

蕨类植物起源与系统发生关系研究进展

蕨类植物是一群非常古老的植物,在其漫长的演化历史中丢失了大量的系统发生信息,因此重建其系统演化关系是蕨类植物学家所面临的重要任务之一。近年来的分子系统学研究已经确立了一些类群的系统关系,但现存的蕨类分类系统和系统发生关系还有很多谜团有待揭开。化石记录表明蕨类植物最早出现于大约4亿多年前,但大部分现代真蕨类缺少足够的化石证据。它们的起源时间和方式及其内部各类群的系统发生关系等诸多问题的解决,还有待于大量形态学和不同分子水平上的实验数据的进一步积累,并结合其直接的化石证据进行综合研究。     

基于线粒体控制区序列探讨豹属分子系统发生关系

为探讨豹属Panthera物种间的系统发生关系,测定了虎Panthera tigris、豹Panthera pardus和雪豹Panthera uncia的线粒体控制区全序列,结合其它5种猫科动物的同源序列进行分析。分别采用最大似然法(Maximum Likelihood,ML)、邻接法(Neighbor-Joining,NJ)和贝叶斯法(Bayesian Inference,BI)重建了豹属物种的分子系统发生树。结果表明:豹属除由传统的物种狮Panthera leo、虎P.tigris、豹P.pardus、及美洲虎P.onca组成外,雪豹P.uncia应并归于豹属,不支持将雪豹另立为雪豹属Uncia的观点;云豹Neofelis nebulosa与豹属具有最近的亲缘关系而构成其姊妹群物种;云豹与豹属Panthera各物种间的系统发生关系为:云豹(豹(虎(狮(美洲豹、雪豹))))。     

从16S rRNA基因序列初步探讨拟壁钱属和壁钱属蜘蛛系统发生关系

拟壁钱属Oecobius和壁钱属Uroctea蜘蛛之间系统发生关系存在一定的争议.为从分子水平探讨两属间系统发生关系,本研究测定了5科6种蜘蛛的16S rRNA基因部分序列,并联合来自GenBank的8科8种蜘蛛16S rRNA基因序列数据重建分子系统树.结果表明,拟壁钱属和壁钱属间遗传距离(28.1%)明显大于复杂生殖器类(Entelegynae)蜘蛛属间遗传距离的平均值(22.9%);与目前大多数文献把拟壁钱属和壁钱属并在一个科的观点相反,本研究重建的系统发生树显示两属不是姊妹群.作者建议把拟壁钱属和壁钱属分别重新划回拟壁钱科Oecobiidae和壁钱科Urocteidae.系统发生树还验证了简单生殖器类(Haplogynae)蜘蛛、复杂生殖器类蜘蛛各自的单系性以及筛器类(Cribellate)蜘蛛的多系发生,同时本文的结果还对圆网蛛类(Orbiclariae)单系发生及RTA类群单系发生的有效性提出了质疑.     

进化

<正>(英)巴顿等著;宿兵等译978-7-03-027175-4$168.00元(含光盘)2010年4月出版内容简介本书是一部全面、系统介绍进化生物学的教科书。本书的作者均是多年从事进化生物学研究并对本领域有卓越贡献的欧美学者。本书涵盖了进化生物学的产生和发展的历史,从西方早期的自然神学到达尔文的进化论。本书介绍了进化生物学     

基于线粒体COⅠ基因序列分析宝贝科主要类群的系统发生关系

新测了分布于我国海南沿海的11种宝贝科软体动物的线粒体COⅠ基因序列,结合GenBank中17种该科动物的同源性序列片段,基于不同的数学模型,以邻接法、最大简约法和贝叶斯法构建了宝贝科分子系统树.结果表明:卵宝贝亚科Cypraeovulinae是一个单系群;宝贝亚科Cypraeinae和鼻贝亚科Nariinae并非姊妹群,其中,宝贝亚科明显为多系发生,而鼻贝亚科中除疹贝属而外的其他类群可能为单系发生;所有系统树均支持形态学上焦掌贝、绶贝、眼球贝、葡萄贝以及疹贝的单系性及属级分类阶元的界定.鉴于疹贝属在系统树中的特殊位置,建议将其归于宝贝亚科;而龟甲贝和林希那贝间的系统发生关系及其分类地位还有待于进一步探讨.     

两栖爬行动物的分子系统发生

介绍了两栖爬行动物分子系统发生研究中选用的分子信息的种类及已发表的蛙类,蟾蜍类,龟类,蜥蜴类和蛇类等的分子系统学研究,这些研究中使用的DNA信息主要为mtDNA序列,也使用了一些核DNA序列。其研究的内容涉及目间,科间等高级阶元的系统发生关系,以及属间,种间以及亚种或种群间的系统发生关系。     

补体成分C3的系统发生

补体系统是先天免疫系统的重要组成部分,在宿主抗感染防御过程中起着关键作用.补体成分C3（complement component 3）是补体激活途径的中心成分,其通过3条补体激活途径参与免疫监督和免疫应答过程.虽然补体成分C3的基因和蛋白已在许多不同物种中被克隆和鉴定,对其基因的结构、功能和表达也进行了很多研究,但对C3分子的演化进程目前还不清楚. 本文对近年来补体成分C3系统发生进行了分析,同时对C3的结构、作用机制和功能进行了综述.     

基于线粒体ND2和ND4基因合并序列探讨豹属的分子系统关系

为了探讨豹属(Panthera)物种间的系统发生关系,测定了虎(Panthera agm)、豹(Panthera pardus)和雪豹(Panthera uncia)的线粒体ND2和ND4编码基因序列,结合来自Ganebank的其他7种猫科动物的同源序列进行合并分析(2 417 bp).在2 417 bp比对位点中,其中有948个变异位点,632个简约信息位点.以犬为外群,分别采用最大简约法(Maximum Parsimony,MP)、最大似然法(Maximum Likelihood,ML)和贝叶斯推论法(Bayesian In-ference,Bl)重建分子系统树.结果表明:豹属除包括传统的虎、豹、狮、美洲豹(Panthera onca)和雪豹外,云豹(Neofetis nebulosa)应并归于豹属,不支持将云豹另立为云豹属的观点;豹属各物种间的系统发生关系总结为:云豹(虎(美洲豹(豹(狮、雪豹))))