猪UCP2基因5′调控区和外显子1的遗传变异研究

解偶联蛋白家族(uncouplingproteins,UCPs)是线粒体内膜的转运蛋白,具有解离氧化磷酸化偶联的功能,对机体能量平衡涉及的体重(肥胖)、静止代谢率和食物转化效率等性状具有显著的影响.首次对猪UCP2基因外显子1及开放阅读框上游部分序列(-80～0)进行了多态性分析,通过PCR-SSCP发现猪群内存在3种单倍型,经测序分析发现存在3个SNPs位点,分别位于G-42A、C-50T和T-51C位点,这3个SNPs位点均是首次发现的.该研究表明,T-C-G紧密连锁,C-T-A突变也紧密连锁.利用转录因子在线分析软件TFSEARCH(ver1.3),对UCP2基因开放阅读框上游部分序列(-80～0)进行潜在转录因子结合位点预测,发现该片段中的碱基T→C(-51)、C→T(-50)和G→A(-42)突变,导致此处比野生型单倍型A(T-C-G碱基连锁)少了一个AML-1a转录因子结合位点.内江猪存在A、B和AB三种单倍型,而其他猪种仅有单倍型A,说明内江猪具有独特的种质特性.     

猪UCP2基因5′调控区和外显子1的遗传变异研究

解偶联蛋白家族 (uncoupling proteins,UCPs) 是线粒体内膜的转运蛋白,具有解离氧化磷酸化偶联的功能,对机体能量平衡涉及的体重 (肥胖)、静止代谢率和食物转化效率等性状具有显著的影响. 首次对猪UCP2基因外显子1及开放阅读框上游部分序列 (－80～0) 进行了多态性分析,通过PCR-SSCP发现猪群内存在3种单倍型,经测序分析发现存在3个SNPs位点,分别位于G-42A、C-50T和T-51C位点,这3个SNPs位点均是首次发现的. 该研究表明,T-C-G紧密连锁,C-T-A突变也紧密连锁. 利用转录因子在线分析软件TFSEARCH (ver 1.3),对UCP2基因开放阅读框上游部分序列 (－80～0) 进行潜在转录因子结合位点预测,发现该片段中的碱基T→C(－51)、C→T(－50) 和G→A(－42)突变,导致此处比野生型单倍型A (T-C-G碱基连锁) 少了一个AML-1a转录因子结合位点. 内江猪存在A、B和AB三种单倍型,而其他猪种仅有单倍型A,说明内江猪具有独特的种质特性.     

3个鸡种GARS-AIRS-GART基因第21号外显子的SNPs检测

采用PCR-SSCP和DNA测序法对安卡鸡、文昌鸡和如皋鸡中GARS-AIRS-GART基因的第21号外显子进行SNPs检测.结果发现该外显子含4个核苷酸多态位点:G29943A、C29968T、T30011C和C30017T,其中3处为非同义突变,分别为:29 943处天冬氨酸(Asp)→天冬酰胺(Asn)、30 011处色氨酸(Trp)→精氨酸(Arg)、30 017处精氨酸(Arg)→半胱氨酸(Cys);另一处为同义突变.对多态位点进行单倍型分析,发现12种单倍型,其中两种单倍型(5号和6号)的频率超过10%,分别为0.330 0和0.162 8,1号、3号、9号和10号单倍型频率介于1%～10%之间,其余都小于1%.另外共检测到11种基因型,存在5种等位基因,安卡鸡的D和E等位基因的基因频率较高,基因型与其它两个鸡品种之间都存在着极显著的差异(P<0.01),表明我国地方鸡种和外来鸡种在遗传组成上存在着差异.本研究将为鸡肉品质相关研究积累基础数据,为今后深入开展肉品质的开发利用奠定理论基础.     

猪Pitx2c基因4个SNPs的鉴定及其与肉质性状的关联分析

为研究猪Pitx2c基因与肉质性状的关系,在猪Pitx2c基因中共发现了8个SNPs位点,对其中的4个SNPs位点在4个商业猪种及8个中国地方猪种进行了等位基因频率检测,并在大白×梅山猪F2资源家系中进行了性状关联分析.结果显示,位点c.474C〉T（P〈0.01）及c.636C〉T（P〈0.05）与肉色（MCV1）存在显著或极显著相关;位点c.＊37G〉A及c.＊47G〉A与滴水损失（DLR）、系水力（WHC）及肉色（MCV1）均存在显著相关（P〈0.05）.连锁不平衡分析表明,临近的位点两两之间存在连锁不平衡（LD）.单倍型分析显示,存在两种主要单倍型,并且两拷贝的单倍型-CCGG-有利于肉质的改善.     

牙鲆MyoD基因单核苷酸多态性位点的筛选

运用PCR-SSCP技术研究100尾牙鲆(Paralichthys olivaceus)MyoD基因的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms, SNPs), 并将筛选到的突变位点与牙鲆生长性状进行相关性分析。结果表明, 在外显子1和内含子1上存在3个SNPs, 在外显子1 (MyoD2)基因座发现3种基因型AA、AB和BB, G863A突变, 属于同义突变。在内含子MyoD4基因座检测到DD、FF、CD、CE、DE和DF型个体。利用最小二乘法研究MyoD基因多态性位点对牙鲆生长性状的影响。结果表明, 外显子1的SNPs对生长性状无显著影响(P0.05)。内含子1的SNPs对牙鲆的生长性状影响均显著(P0.05)。研究结果为SNPs位点与牙鲆生长性能关联分析奠定了基础。       

牦牛TMEM-18基因多态性及其与生产性能关联分析

跨膜蛋白18基因(TMEM-18)是一个末端为低聚嘧啶的基因,与动物生长发育密切相关。为了研究牦牛TMEM-18基因多态性与生产性能的关系。以192头天祝雌性牦牛血样NDA构建混合池,扩增TMEM-18基因内含子1和外显子5的序列。运用BLAST和Chromas软件分析突变位点,运用高分辨率熔解曲线分析技术(HRM)统计基因型分型,采用SHEsis软件进行基因型频率和等位基因频率计算,同时对多态位点进行配对连锁不平衡和单倍型分析,运用SPSS21.0分析基因多态位点与生产性能关联。结果表明,牦牛TMEM-18基因内含子1处存在2个多态位点,分别是861(A/G)和1267(C/T),外显子5处存在1个多态位点为4 447(C/T)。关联分析表明,牦牛TMEM-18基因861(A/G)位点的不同基因型与牦牛的体高、体重、胴体重和屠宰率差异性显著(P0.05);1267(C/T)位点的不同基因型与牦牛的体高、体重和屠宰率差异性显著(P0.05),而牦牛TMEM-18基因4447(C/T)位点的不同基因型与牦牛的体斜长、管围、胸围、体重、胴体重、净肉重、净肉率和屠宰率均存在显著性差异(P0.05)。通过单倍型分析发现群体中存在3种单倍型组合,即ACC单倍型、GTC单倍型和GTT单倍型,其中ACC单倍型组合个体数目明显多于其他单倍型组合,为优势单倍型。本实验揭示TMEM-18基因可作为牦牛生产性能开发的候选分子标记,为牦牛遗传资源的利用、开发与新品种的选育提供依据。     

尼罗罗非鱼β2m基因SNP位点和单倍型与无乳链球菌抗性的关联分析

β₂-微球蛋白(β₂-microglobulin, β₂m)作为MHCⅠ类分子的亚基, 在鱼类的免疫系统中发挥重要作用。实验采用直接测序法从P₀代尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)的β₂m基因组序列中筛选到30个SNPs, 其中1个SNP位于5?UTR, 16个SNPs位于外显子区域(15个非同义突变位点, 1个同义突变位点), 9个SNPs位于内含子区域, 4个SNPs位于3?UTR。利用snapshot分型法对F₁代的102尾易感群体和102尾抗病群体进行基因分型, 并通过Popgen32和PIC-CALC软件统计分析尼罗罗非鱼β₂m基因序列的SNPs的H_e、H_o、N_e和PIC等遗传参数, 表明易感群体中7个SNPs属于中度多态水平(0.251代2个群体中的基因型频率和等位基因频率, 分析其与链球菌抗性或易感性状之间的相关性。结果表明: 24个SNPs的基因型和等位基因频率与无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)抗性/易感性状显著相关(P<0.05)。通过连锁不平衡分析发现30个SNPs构成4个单倍块和14种单倍型。其中, 4个单倍型与无乳链球菌抗性性状显著相关(P<0.05), 4个单倍型与易感性状显著相关(P<0.05)。标签SNP分析发现, 单倍块2中的4个SNPs和单倍块3中的13个SNPs彼此之间高度连锁(r2>0.9), 这意味着我们在β₂m基因中发现2个htSNPs。研究筛选到的与链球菌抗性/易感性状相关的SNP位点及单倍型具有辅助尼罗罗非鱼抗链球菌病品种选育的潜力。     

小型猪胰淀素基因的多态性分析

目的探讨我国3个特有的小型猪品系,巴马小型猪,五指山小型猪,中国农大小型猪胰淀素（IAPP）基因多态性分布,为我国小型猪在2型糖尿病及代谢性疾病研究中的应用提供基础资料。方法提取3个品系小型猪血液基因组DNA,针对IAPP基因外显子3~内含子3的部分序列进行PCR扩增,产物鉴定、测序,统计分析基因多态。结果在所扩增的片段中共检测出2个SNPs位点,SNPs1：43G→A,位于外显子上,未引起的氨基酸的改变,突变发生在五指山猪（G/A杂合突变为16.7%,A纯合突变为83.3%）和中国农大猪（G/A杂合突变60%,A纯合突变为20%两个品系中。SNPs2：214C→T,位于内含子上,发生在五指山猪（T/C杂合突变为16.7%,T纯合突变为83.3%）和中国农大猪（T/C杂合突变为20%,T纯合突变为60%）两个品系中。结论在IAPP基因外显子3-内含子3的部分扩增序列中发现了2个SNPs位点,在3个品系小型猪中的分布不同。     

TYR基因外显子1的序列变异

为了分析家猪与野猪的遗传多样性及起源,测定了来自１２个中国地方家猪品种、３个欧洲引进猪品种以及8个中国野猪和2个越南野猪共36个个体的酪氨酸酶基因（TYR）外显子1的序列,共检出６个单核苷酸多态性位点（SNPs）,且这6个位点的变异均为同义突变,根据这些变异可将酪氨酸酶基因DNA序列归结为４种单倍型。结合已发表的数据,构建了简约中介网络图。 在网络图中,单倍型TYR*2主要为欧洲家猪与欧洲野猪和三条亚洲家猪染色体。大部分亚洲家猪和野猪共享单倍型TYR*1,表明这是一个亚洲类型的单倍型;同时也有部分欧洲家猪与野猪携带这一单倍型。 而单倍型TYR*3和TYR*4为本研究检测到的稀有单倍型,这两种单倍型主要由中国家猪与亚洲野猪组成。这种网络图结构支持家猪的欧洲和亚洲独立起源学说,同时也表明相当部分的欧洲家猪品种受到亚洲猪的基因渗透,而少量中国家猪和日本野猪也受到了欧洲猪的基因渗透。     

合作猪SLA-DQA基因外显子2多态性分析

旨在研究合作猪DQA基因外显子2多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点、氨基酸多态位点及各个等位基因之间的遗传关系,分析其进化意义。选用PCR-SSCP对439只合作猪SLA-DQA基因外显子2的多态性进行检测;测序群体内因变异而产生的各等位基因序列,并分析序列数据。结果显示,在合作猪SLA-DQA外显子2中发现了7个新等位基因,共18个核苷酸多态位点,10个氨基酸多态位点。合作猪SLA-DQA外显子2具有较丰富的多态性,群体内可能蕴藏着更加丰富的遗传资源;合作猪SLA-DQA外显子2基因最初可能由一个等位基因突变分化成一大类基因;合作猪SLA-DQA外显子2序列与各个猪种的SLA-DQA外显子2序列具有较高的同源性,预示着这些猪种的SLA-DQA外显子2基因最早可能来源于其分歧之前的共同祖先原始序列;新发现的7个SLA-DQA外显子2等位基因,可能由遗传关系较近的两个等位基因突变产生。     

可乐猪ApoA5基因多态性及其对肉质性状的遗传效应分析

根据GenBank中报道的猪apoA5基因序列设计2对引物,应用PCR技术从可乐猪肌肉组织基因组中扩增出了apoA5基因第三外显子的特异片段,采用直接测序法对apoA5基因进行单核甘酸多态性检测,并分析该基因与可乐猪12项肉质性状的关联性,结果表明:在可乐猪apoA5基因第三外显子上共检测到3个SNPs-突变位点:A~(226)G、G~(535)C、和C~(1514)T,其中A~(226)G和G~(535)C突变发生在编码区内,没有引起氨基酸的改变,为沉默突变。C~(1514)T突变发生在3'-UTR,χ~2检验表明,发现的3个多态位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(p0.05)。A~(226)G位点为低度多态,其余两个突变位点均为中度多态。最小二乘分析显示,apoA5基因第三外显子226位点AA基因型个体的肌内脂肪显著高于AG基因型个体(p0.05),535位点GG基因型个体的肉色显著高于CC和GC型个体(p0.05),1514多态位点与可乐猪肉质性状没有显著关系(p0.05)。     

八眉猪SLA-DRA基因第4外显子多态性分析

[目的]研究八眉猪SLA-DRA基因第4外显子的多态性,确定其等位基因数以及核苷酸和氨基酸变异位点,探讨其遗传特性。[方法]采用PCR-SSCP和克隆测序的方法对八眉猪SLA-DRA基因第4外显子进行多态性检测。[结果]八眉猪SLA-DRA基因第4外显子共有3种等位基因(A、B、C),形成3种基因型(AA、BB、BC),其中B为优势等位基因,BC为优势基因型。序列对比结果表明,八眉猪SLA-DRA基因第4外显子共有3个核苷酸突变位点(c.4167AG、c.4246AG和c.4282CT),其中4 167 bp的突变导致谷氨酰胺(Q)突变为精氨酸(R)。群体遗传学分析表明,八眉猪SLA-DRA基因第4外显子的多态信息含量为0.3953,杂合度为0.7241,且八眉猪在SLA-DRA基因第4外显子上偏离了Hardy-Weinberg平衡(p0.01)。[结论]八眉猪SLA-DRA基因的第4外显子属于中度多态,并呈现出杂合子优势。     

斑点叉尾GHRH基因3个SNPs位点及其单倍型组合与生长性状的关联分析

研究旨在探讨生长激素释放激素基因(Growth hormone-releasing hormone,GHRH)对斑点叉尾(Ictalurus punctatus)生长性状的影响。采用DNA混池测序法筛选GHRH基因的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点,使用SNa Pshot法将筛选到的SNPs多态性位点进行分型,并对这些位点进行连锁不平衡和单倍型分析。结果表明,在GHRH基因内含子区域共检测到4个SNPs位点,并成功地对3个位点进行了分型,3个位点间均不存在强连锁不平衡;3个SNPs位点在176尾斑点叉尾中形成了6种有效单倍型。关联分析表明SNP位点g.6301 GA的AA基因型的体质量显著性地高于AG和GG型(P0.05),比群体的平均体质量高14%。单倍型组合H1/H4和H1/H5个体的体质量和体长极显著性地高于其他单倍型组合(P0.01),体质量比群体平均体质量分别高30%和15%,体长比群体平均体长分别高7%和6%。研究为斑点叉尾生长性状分子标记辅助选育和QTL定位提供了参考依据。     

吉林人群强直性脊柱炎6号染色体短臂上的HLA区域遗传易感基因定位研究

为了寻找中国人群中与强直性脊柱炎相关的新的易感基因及其所在位置, 在与强直性脊柱炎强连锁的6 号染色体短臂上的HLA基因区域内选取11个SNPs多态位点, 通过对中国吉林地区79名AS患者和132名正常对照者进行case-control分析, 发现TNF-a -850处TT突变基因型在AS组中的分布高于正常对照组（P=0.027）, 突变型T等位基因在AS组和正常对照组中的分布差异更为显著（P=0.002）。通过多位点之间的连锁不平衡分析发现, LTA基因、TNF-a基因、LST1基因和NCR3基因中的 5个SNPs多态位点之间存在连锁不平衡, 范围是15 kb, 在这5个SNPs多态位点组成的单体型中, TCTTC单体型在AS组和正常对照组中的分布有显著差异（c2=7.406, P=0.0065）,并且该单体型中含有具有统计学意义的TNF-a –850的突变型等位基因T。提示在LTA、TNF-a、NCR3和LST1 这4个基因构成的15 kb范围内可能存在增加AS患病易感性的位点, 可能是TNF-a –850 C→T突变, 也可能是在TNF-a –850附近的其他位点。     

猪13号染色体q41区的3个功能基因STS多态性与产肠毒素大肠杆菌F4ab／ac易感性相关

由产肠毒素大肠杆菌（Escherichia coli）F4（ETECF4）引起的断奶前仔猪腹泻病是一种常见细菌感染病,对养猪业造成了巨大经济损失．编码ETECF4ab／ac受体的位点已被定位于猪（Susscrofa）13号染色体（SSC13）q41区域,S0075为最紧密连锁的标记之一．本研究从S0075侧翼染色体区域选择了SLC12A8,MYLK和KPNAI3个基因,建立猪特异性序列标签位点（STS）．利用白色杜洛克×二花脸资源家系群体中的ETECF4ab／ac侵染抗性和易感个体,通过比较测序法,建立了这3个基因的STS,并鉴别到7个单核苷酸多态位点．进一步检测了白色杜洛克×二花脸资源家系群体祖代、亲本代和755头F2个体在SLC12A8g．159A〉G,MYLKg．1673A〉G和KPNA1g．306A〉G多态位点的基因型．传递不平衡检测（TDT）分析表明：这些多态位点和相应的单倍型与ETECF4ab／ac（特别是F4ac）刷状缘黏附表型存在显著相关,表明这些多态位点和单倍型与ETECF4ab／ac受体的编码基因因果突变存在连锁不平衡．本研究进一步证实了SSC13q41存在ETECF4ab/ac侵染易感性的遗传位点,为ETECF4ab／ac受体基因的精细定位提供了新型多态标记．     

中国美利奴羊MHC-DRB1 exon2单倍型构建及与布鲁氏菌病易感性关联分析

为研究中国美利奴羊MHC-DRB1基因exon2单倍型与布鲁氏菌易感性的关联性,本实验采用PCR直接测序法对40例布鲁氏菌血清检测阳性和阴性个体MHC-DRB1 exon2的单核苷酸多态性(SNPs)进行检测,而后运用SHEsis在线软件对筛选的SNPs构建单倍型并进行单倍型关联分析.结果显示,在270 bp的序列内共检测到41个SNPs,经Hardy-Weinberg平衡检测筛选出符合条件的SNPs有29个,连锁不平衡发现9个连锁不平衡域,而且每个block中的SNPs两两之间存在强连锁不平衡.单倍型分析显示,由于连锁不平衡存在,仅构建9种单倍型,其中只有Hap8和Hap9两种单倍型在病例-对照组中比较差异有统计学意义(P0.05).     

斑点叉尾GHRH基因3个SNPs位点及其单倍型组合与生长性状的关联分析

研究旨在探讨生长激素释放激素基因（Growth hormone-releasing hormone,GHRH）对斑点叉尾鲖（Ictalurus punctatus）生长性状的影响。采用DNA混池测序法筛选GHRH基因的单核苷酸多态性（Singlenucleotide polymorphisms,SNPs）位点,使用SNaPshot法将筛选到的SNPs多态性位点进行分型,并对这些位点进行连锁不平衡和单倍型分析。结果表明,在GHRH基因内含子区域共检测到4个SNPs位点,并成功地对3个位点进行了分型,3个位点间均不存在强连锁不平衡;3个SNPs位点在176尾斑点叉尾鲖中形成了6种有效单倍型。关联分析表明SNP位点g.6301 GA的AA基因型的体质量显著性地高于AG和GG型（P0.05）,比群体的平均体质量高14%。单倍型组合H1/H4和H1/H5个体的体质量和体长极显著性地高于其他单倍型组合（P0.01）,体质量比群体平均体质量分别高30%和15%,体长比群体平均体长分别高7%和6%。研究为斑点叉尾鲖生长性状分子标记辅助选育和QTL定位提供了参考依据。     

大口黑鲈IGFBP1基因SNPs的筛选及与生长性状的关联分析

本研究使用PCR技术扩增得到2 743 bp长度的大口黑鲈IGFBP1基因序列,序列含4个外显子和3个内含子,编码263个氨基酸。采用直接测序法在IGFBP1基因上筛选到4个SNPs位点,分别位于该基因核苷酸序列中的第147个、第791个、第2 436个和第2 676个碱基,其中2个位点位于外显子上,A-141C位点发生了同义突变,C-791T发生了错义突变,随机检测同批430尾实验个体中4个位点的基因型,均符合Hardy-Weinberg定律。其中A-2436G和C-2676T位点完全连锁,组成单倍型标记H1。分析H1标记中的AB和AA基因型实验群体,显示两者在尾柄长、全长指标上存在显著差异(p0.05)。综合分析表明,H1标记可用于大口黑鲈分子辅助育种研究。     

猪CAPN1基因部分外显子及3'UTR区的SNPs检测

以野猪.民猪和大白猪为研究对象,根据网上公布的序列设计了7对引物,采用测序,PCR-SSCP和PCR-RFLP方法对CAPN1基因的部分外显子和3'UTR区进行了单核苷酸多态性检测和基因型分析,探讨CAPN1基因多态性与瘦肉率和嫩度的关系.研究发现11个SNPs,其中5个位于外显子,4个位于内含子,2个位于3'UTR区,外显子中的突变有一处是错义突变,导致了蛋白质多肽链第260位氨基酸发生了M/V的替代.群体遗传学分析表明,在所检测的各多态位点上,野猪、民猪、大白猪3个品种间不同基因型的分布都存在着极显著的差异(P<0.01),而野猪和民猪之间各基因型的分布差异不显著(P>0.05),民猪和大白猪之间各基因型的分布存在着极显著的差异(P<0.01).结合品种特性分析表明,P4、P6引物和3'UTR区Hinf1位点所检测的不同基因型和瘦肉率具有一定的相关性.     

猪CAPN1基因部分外显子及3′UTR区的SNPs检测

以野猪、民猪和大白猪为研究对象, 根据网上公布的序列设计了7对引物, 采用测序、PCR-SSCP和PCR-RFLP方法对CAPN1基因的部分外显子和3′UTR区进行了单核苷酸多态性检测和基因型分析, 探讨CAPN1基因多态性与瘦肉率和嫩度的关系。研究发现11个SNPs, 其中5个位于外显子, 4个位于内含子, 2个位于3′UTR区, 外显子中的突变有一处是错义突变, 导致了蛋白质多肽链第260位氨基酸发生了M/V的替代。群体遗传学分析表明, 在所检测的各多态位点上, 野猪、民猪、大白猪3个品种间不同基因型的分布都存在着极显著的差异(P<0.01), 而野猪和民猪之间各基因型的分布差异不显著(P>0.05), 民猪和大白猪之间各基因型的分布存在着极显著的差异(P<0.01)。结合品种特性分析表明, P4、P6引物和3′ UTR区HinfⅠ位点所检测的不同基因型和瘦肉率具有一定的相关性。