红色原鸡和中国家鸡遗传多样性及亲缘关系

对红色原鸡（Gallus gallus）和中国家鸡（Gallus domesticus）之间的遗传多样性和亲缘关系进行系统分析,可以为中国家鸡的起源进化、种质资源保护以及科学开发利用等研究提供理论依据,但迄今尚未见用微卫星标记进行分析比较的公开报道．本研究利用29对微卫星引物对红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种和Gallus gallus gallus亚种以及14个中国家鸡品种的568只个体进行扫描,共检测到286个等位基因,平均值为9．86±6．36;所有群体的期望杂合度为0．6708±0．0251,皖南三黄鸡的期望杂合度最高（0．6442）,固始鸡的最低（0．4532）．单个位点偏离Hardy-Weinberg平衡的群体数从0-7不等．整个群体平均遗传分化为17．9％（P〈0．001）,约有16．7％的遗传变异源自群体间的差异,所有的位点都极显著地贡献于这一结果（P〈0．001）;杂合子缺失的水平很高,为0．015（P〈0．01）,有8个位点显示显著的杂合子缺失．群体间的Reynolds’遗传距离从0．036（萧山鸡-鹿苑鸡）～0．371（泰国红色原鸡-河南斗鸡）不等,而Nm值变异范围为从0．583（泰国红色原鸡-河南斗鸡）～5．833（萧山鸡鹿苑鸡）．NJ系统发生树中,鹿苑鸡、萧山鸡、北京油鸡、河南斗鸡、淮南麻黄鸡、狼山鸡等重体型的鸡种首先形成一大类;鹿苑鸡与萧山鸡以及茶花鸡与藏鸡有着较近的遗传关系;茶花鸡和藏鸡与两个红色原鸡亚种亲缘关系较近,中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种与所有中国家鸡品种的亲缘关系比泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种要近．结果表明：29个微卫星位点均具有较高的多态性,红色原鸡和中国家鸡群体间存在着极显著的遗传分化;中国家鸡和红色原鸡两个亚种的亲缘关系从近到远的排序是：进化型品种-原始型品种（茶花鸡与藏鸡）-中国红色原鸡亚种（Gallus gallus spadiceus）-     

家鸡腺苷琥珀酸裂解酶基因多态性与肌苷酸含量的关联及其与红原鸡的亲缘关系

根据腺苷琥珀酸裂解酶(adenylosuccinate lyase, ADSL)基因外显子2的序列设计引物, 用PCR-SSCP的方法对隐性白羽鸡、丝羽乌骨鸡、白耳鸡、藏鸡以及红色原鸡两个亚种进行了单核苷酸多态性分析, 并检测到了多态性, 表现为3种基因型, 对两种纯合子进行直接测序, 结果发现3484位碱基处发生C→T突变。对3种基因型的肌肉肌苷酸含量的最小二乘分析结果显示TT型(突变型)个体的肌肉肌苷酸含量极显著地高于CT型、显著地高于CC型个体, CT型个体也稍高于CC型, 但差异不显著, 初步推测该位点可能与肌肉肌苷酸含量有关。根据该多态位点的基因频率, 基于Nei氏的遗传距离运用NJ聚类法构建系统发生树, 进行家鸡与原鸡的亲缘关系分析, 结果发现, 丝羽乌骨鸡与白耳鸡的亲缘关系最近, 藏鸡和中国红原鸡亚种的亲缘关系也较近, 中国地方家鸡品种与中国红原鸡亚种的亲缘关系较近,而与泰国红色原鸡的亲缘关系较远,隐性白羽鸡与原鸡亲缘关系最远, 初步得出中国家鸡有自己独自的血缘来源的结论。     

云南地方鸡种的遗传多样性及其与中国家鸡起源的关系

云南地方鸡种在生境、形态外貌、细胞遗传和血液蛋白等方面均表现出多样性,但mtDNA的遗传变异单一。云南地方鸡种有其独特的基因类型,由于所处的特殊地理位置和生态条件差异,形成了与我国其它鸡种相对独立的鸡种。从血液蛋白、细胞遗传和mtDNA等方面进一步证明红色原鸡为家鸡的祖先。云南可能是中国家鸡的起源中心之一。     

中国家鸡的起源探讨

测定了6个家鸡品种30个个体的线粒体D0环区539bp的碱基序列,并与GenBank中的红原鸡、灰原鸡、绿原鸡、黑尾原鸡及鹌鹑的相应序列作比较分析,构建了分析系统树。结果表明,原鸡属4个种间差异较大,其中家鸡与泰国及邻近地区红原鸡关系最近,与印尼红原鸡、黑尾原鸡、灰原鸡、绿原鸡及鹌鹑的关系依次变远。提示中国家鸡可能起源于泰国及邻近地区的红原鸡。结果还显示,该原鸡的两个亚种（G.g.gallus和G.g.spadiceus)间的遗传分化程度显著低于家鸡亚种内的分化程度,这两个亚种似乎可以归为同一亚种。     

2005年《动物学研究》封面“原鸡”简介

原鸡 (Gallusgallus ,RedJungleFowl)俗名野鸡、红原鸡、茶花鸡 ,鸡形目 (Galliformes)原鸡属(Gallus) ,属国家Ⅱ级重点保护鸟类。一般体形与家鸡十分相似 ,但稍小些 ,全长约 70 0mm。雄性头顶具红色锯齿缘肉冠 ;上体大都红色和亮橙红色 ;尾羽黑色 ,中央两枚尾羽较长而向下弯曲 ;下体黑色。雌性上体大都黑褐色 ,上背黄而满布黑色纵纹 ;后颈和颈侧羽缘金黄色 ,胸棕色 ;腹浅棕色。栖息于海拔 2 0 0 0m以下的热带、南亚热带森林及灌丛地带 ,凡有植被可供隐蔽和觅食的地方均有分布 ,常结群活动。以植物性食物为主 ,也取食昆虫等小型无脊椎动…     

原鸡生活习性点滴

在西双版纳橄榄坝的村寨附近的次生鉄刀木林内,有原鸡的活动踪迹。秋收时节,原鸡也三五成群至林边田间为害谷物。原鸡夜间多在树上的矮枝上过夜。每日黎明(上午5时左右)在滇南山区,几乎到处都可以听到原鸡报晓的声音。音调与家鸡相仿而略尖,尾声不拖长。声音象“茶花两朶,茶花两朶……。”所以滇南的各族人民都俗称原鸡为“茶花鸡”。据我们在西双版纳勐养的井伞听到,原鸡报晓时间(4月上旬)较家鸡早,每天早上往往由于原鸡在山上报晓,引起全山寨的家鸡的和鸣。繁殖季节,此种情况更为明显。     

鸡SNP多样性的比较研究与群体有效规模的估算

以红色原鸡(Red Jungle Fowl, RJF)、丝羽乌骨鸡(Taihe silk Chicken, TS)、隐性白洛克鸡(White Recessive Rock, WRR)为资源群, 在鸡一号染色体的Contig.060226.1上选取了一个200 kb的区域, 比较研究了3个群体的SNP (single nucleotide polymorphism)多样性、估算了鸡的初始群体有效规模大小(effective size of population, Ne)。红色原鸡、丝羽乌骨鸡、隐性白洛克鸡3个群体的平均杂合度分别为0.28533±0.03475、0.32926±0.03919、0.30168±0.04038。显著性检验差异不显著(P=0.2368>0.05)。根据Latter 和Nei的方法对鸡的群体有效规模进行了估算, 鸡的初始群体有效规模大小为20 000～150 000。鸡在驯养的早期阶段经历过严厉的瓶颈效应, 但瓶颈效应对鸡各品种SNP的多样性并未产生显著影响。笔者认为, 鸡在驯养的早期阶段群体有效规模足够大, 品种分化过程中群体迅速扩张, 品种间的广泛杂交(特别是和红色原鸡之间)以及鸡基因组的高重组率等因素是导致家鸡和原鸡以及各家鸡品种间SNP多样性没有显著差别的重要原因。     

藏鸡线粒体全基因组序列的测定和分析

通过PCR扩增,测序,拼接,获得藏鸡（Tibetan Chicken）线粒体全基因组序列并进行数据分析处理。藏鸡线粒体全基因组序列全长16783bp,共有13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个D-loop区。模拟电子酶切结果显示,藏鸡DraI酶的酶切结果和先前报道的原鸡,茶花鸡,尼西鸡和大理漾濞黄鸡的酶切结果都不相同,为藏鸡特有。基于D-loop区全序列和13个蛋白质编码基因序列,采用N-J算法与原鸡属4个种,3个亚种和3个家鸡品系构建系统进化树：初步确定藏鸡起源于红原鸡,与家鸡中的来航鸡、白洛克鸡亲缘关系最近,但是藏鸡的进化与来航鸡、白洛克鸡这两个家鸡品系又显得相对独立。推测可能原因是藏鸡的祖先在进入高原以后处于相对封闭的环境,从而形成了独特群体遗传特性。     

鸡基因组研究取得重大突破

中国科学院北京基因组研究所在国际合作的框架下,参与和主持完成的原鸡基因组和家鸡基因组多态性研究于12月在NATURE杂志上,以主题科学论文的形式发表。由中国科学院北京基因组研究所主持、中国、美国和欧洲科学家组成的研究小组参考红原鸡基因组框架图,分别对肉鸡、蛋鸡和乌鸡三种家鸡品种基因组进行了测序分析,     

家鸡和原鸡的线粒体DNA多态性比较

本文运用１１种限制性内切酶分析了家鸡（茶花鸡、尼西鸡、大理漾濞黄鸡）和原鸡共１０只个体的线粒体ＤＮＡ限制性片段长度多态性（ＲＦＬＰ）,平均每个个检测到的片段为４０条左右。但仅发现３种变异的限制性片制性格局,即ＳｔｕＩ－Ｂ,Ｅｃａ－Ｉ－ｂ和ＲＩ－Ｂ．其中ＳｔｕＩ－Ｂ和ＳｃａＩ－Ｂ为首次报道,而且均为原鸡所物有,ＥｃｏＲＩ－Ｂ则为大理漾濞黄鸡所特有。茶花鸡和尼西鸡拥有完全相同的限制性格局。经过计算,原     

华东地区地方鸡品种mtDNA控制区遗传多样性

为了探明我国华东地区地方鸡品种的遗传多样性和群体遗传结构,追溯其母系起源和进化过程,利用PCR技术扩增了11个地方鸡品种的线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)序列,并结合NCBI数据库中已发表的红色原鸡(Gallus gallus)D-loop区全序列,分析了它们的遗传多样性与亲缘关系,构建了11个品种与红色原鸡系统发生邻接树。结果表明:11个地方品种mtDNA D-loop区全长为1,231或1,232 bp,其中1,231 bp的序列有196条,1,232 bp的序列有123条,经过比对发现,两者在859 bp处存在单碱基缺失。11个地方品种319个个体共计检测到变异位点37个,总体单倍型多样度核苷酸多样度和平均核苷酸差异分别为0.901±0.009、0.00573±0.000001和6.833。按照鸡mtDNA单倍型分类通用标准,共包含35种单倍型,可以分为A、B、C和E共4个分支(单倍型群),分别包括11、10、9和5个单倍型。中介网络图中11个鸡品种也很明显地分成了4个支系,分别含有100、118、47和54条序列。系统发育树分为4个大枝,海南亚种(G.gallus jabouillei)自成一枝;C单倍型群与4个亚种的红色原鸡聚为一枝;E单倍型群与2个亚种红色原鸡聚为一枝;A和B单倍型群只与滇南亚种(G.gallus spadiceus)聚为一枝。11个品种中,除了狼山和丝羽乌骨鸡2个标准化品种外,都有很高的遗传多样性,可开发选择潜力很大。没有发现线粒体品种特异性DNA序列。华东地区地方品种至少有4个母系起源,部分品种可能受到了欧美高产品系的渗入。     

家鸡与原鸡

家鸡是重要的农业动物,为人们提供大量蛋、肉等优质食品,而且在生理、发育、衰老和疾病等研究领域也是重要的模式动物,与人们文化生活也有着密切的联系．自达尔文1868年提出家鸡起源于原鸡以来,人们从考古、形态学、生物化学和分子生物学等方面对家鸡的起源进行了持续不断的研究,产生了单起源学说和多起源学说。由于人类长期以来对家鸡的喜好,形成了大量外貌多姿多彩的标准品种。20世纪初人类对家鸡的经济价值有了全面认识,通过长期系统的商业育种,分化出蛋鸡和肉鸡两大专门化生产系统,并推出了许多生产性能优异的商业品种．     

鸡年说鸡

20 0 5年是乙酉鸡年 ,在十二生肖中 ,鸡是唯一的鸟类 ,而鸡能够成为十二生肖中的一员 ,不能不说与中国长期饲养家鸡的历史以及丰富的野生雉鸡类资源有关。家鸡是人类最早驯化的动物之一 ,在分类上属于鸟纲鸡形目。古文记载 ,距今 30 0 0多年前我国就有驯养的家鸡了。近年来 ,在河北武安县磁山新石器时代早期文化遗址中发现了类似家鸡的骨骼 ,这个发现表明 ,我国驯养家鸡的历史很可能可以追溯到 70 0 0多年前。家鸡的祖先一般认为是一种称为红原鸡的野生鸡类 ,它在体形、羽色、习性及鸣声等方面都与家鸡最为相似。世界上的野生鸡类共有 2 81…     

说鸡迎鸡年

我国民间认为,鸡年是轻松、快活的一年。鸡年的代表,自然是家鸡,这是人们非常熟悉的禽类,我们的祖先很早以前就利用野生鸡类进行饲养与驯化,使得野生鸡类的一支逐渐演变为家鸡。野生鸡类是家鸡的"远房亲戚"野生鸡类的历史可谓悠久,最早发现于始新世地层中的化石,称为古     

福建武夷山保护区的珍稀动物（二）

（续1997年第9期第23页）武夷山的珍稀鸟类福建武夷山自然保护区的鸟类已知有195种（包括亚种）,约占全省鸟类种数（495）的40％。其中属于国家重点保护的有22种;模式标本产于武夷山的有35种;武夷山特产的（国内其他地方和国外均无分布）有6种。下面介绍几种珍稀鸟类：（1）黄腹角雉国家一级保护动物,我国特产。别名角鸡。隶于鸡形目、雉科、角雉属。黄腹角雉是古尔德（G。Uld）于1857年根据采自福建省武夷山挂墩的标本计名的。全长460～615mm,体形似家鸡,雌雄异色。雄马体重可达Zkg,上体粟红色夹杂黄色卵圆斑,腹部羽毛黄色,头顶…     

远祖鸡和家鸡基因组“双图”破壳而出

1只刚刚出壳的雏鸡“跃”上了最新出版《自然》杂志封面：由多国科学家组成的两个小组发表封面文章,宣布绘出原鸡基因组框架图和家鸡遗传差异图谱。科研人员认为,这项成果在禽流感防治、改良家禽和增进人类健康等领域都将有应用价值。     

家鸡染色体的制备及其组型观察

长期以来,对鸡的染色体数目、微小染色体数目和结构、雌性W染色体的结构和性质等问题一直是有争论的。六十年代以后,通过一系列的工作,对下列三个问题似乎明确了:家鸡的染色体2n=78;微小染色体和大染色体在结构、性质和遗传行为上没有本质不同;雌鸡的     

红色原鸡外周血单个核细胞IFN-γ的诱导表达及其荧光定量PCR检测

为建立检测红色原鸡外周血单个核细胞(PBMC)中干扰素γ(IFN-γ)mRNA表达水平的方法,通过优化刀豆蛋白A(Con A)诱导PBMC表达IFN-γ的条件,采用RT-PCR方法以3-磷酸甘油脱氢酶(GAPDH)基因为内参扩增IFN-γ基因,插入克隆载体pMD18-T分别构建重组质粒pMD-IFN-γ和pMD-GAPDH,以其作为标准品采用SYBR Green I染料法建立荧光定量PCR检测方法,并将该方法应用于34只红色原鸡PBMC IFN-γ表达量的检测。结果发现,PBMC在20μg/mL Con A刺激培养12-25 h时IFN-γ处于高表达水平;标准品质粒pMD-IFN-γ和pMD-GAPDH分别在拷贝数6.72×102-6.72×109、3.94×102-3.94×109范围内与其对应的Ct值呈现良好的线性关系(R20.99),扩增产物的熔解曲线均只有特异的单峰,表明所用引物特异性强。在优化Con A诱导红色原鸡PBMC表达IFN-γ条件的基础上,建立了可用于定量检测红色原鸡PBMC IFN-γmRNA表达水平的荧光定量PCR方法。     

美绘制出原鸡基因组图

AgBiotech Reporter 2004年21卷4期7页报道：美国圣路易斯市华盛顿大学医学院的科学家Richard Wilson及其同事,已于最近绘制并发表了家鸡的祖先原鸡（Gallus gallus）的基因组图。这是迄今为止,首次发表的鸟类基因组图。     

美绘制出原鸡基因组图

AgBiotech Reporter 2004年21卷4期7页报道：美国圣路易斯市华盛顿大学医学院的科学家Richard Wilson及其同事,已于最近绘制并发表了家鸡的祖先原鸡（Gallus gallus）的基因组图。这是迄今为止,首次发表的鸟类基因组图。