用16SrRNA基因PCR法对新生儿败血症细菌DNA的检测

新生儿败血症临床表现缺乏特征性,早期诊断非常困难,其诊断以往常常依靠标本的培养及微生物的生物化学和形态学等方面的特征。为了探索快速可靠的新生儿败血症诊断的新方法,我们设计并合成了对所有细菌均能扩增的引物,建立了PCR法。对24种标准菌株、12种27株临床分离细菌、人基因组DNA、巨细胞病毒和乙肝病毒进行了检测。现将结果报告如下。1材料与方法三．三菌株标准菌株选择引起新生儿败血症的常见的G”和G一细菌菌株,G”菌株有8种,分别为金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、白喉棒状杆菌、A群链球菌、D群链球菌、微球菌、肺炎链球…     

一株单环刺螠肠道电活性希瓦氏菌Shewanella marisflavi的生理学特性

【目的】探究以单环刺螠为代表的海洋环节动物肠道中电活性微生物的存在情况,并表征其生理学及电化学特性。【方法】采用平板划线法、16S rRNA基因测序技术分离纯化菌株并进行菌株鉴定。利用扫描电镜表征菌株形态。高效液相色谱(high performance liquid chromatography,HPLC)检测其无氧呼吸底物氧化及产物生成情况。通过菲啰嗪和甲醛肟显色法检测菌株的异化Fe(Ⅲ)和Mn(Ⅳ)还原能力。借助单室微生物燃料电池(single-chamber microbial fuel cells,SCMFCs)及循环伏安法检测菌株的电化学活性。【结果】从单环刺螠肠道中成功分离得到了一株兼性厌氧菌,16S rRNA基因序列比对结果显示该菌株与Shewanellamarisflavi的相似性达99.93%。扫描电镜结果显示其为杆状,长约2μm,宽度约为0.5μm。HPLC检测结果表明,该菌能以乳酸钠为电子供体,富马酸为电子受体进行无氧呼吸并伴随代谢产物乙酸钠和琥珀酸产生。菲啰嗪和甲醛肟显色法结果证实,该菌具有异化铁、锰还原能力。单室MFCs检测结果发现该菌的最大电流输出密度为146 mA/m2,循环伏安法检测结果显示该菌在0.14 V和–0.51 V位置处分别存在氧化峰和还原峰。【结论】本研究结果证实以单环刺螠为代表的海洋环节动物肠道中存在以Shewanella marisflavi UU-3-2为代表的电活性微生物。表明电化学活性微生物在海洋环节动物肠道中广泛存在。     

ε-聚赖氨酸发酵过程污染微生物的分离与鉴定

【目的】研究ε-聚赖氨酸发酵过程中污染微生物的种类。【方法】采用稀释涂布法、划线法、环境胁迫法和液体营养富集法等对污染样本进行微生物的分离与纯化,通过菌落形态和显微观察,再结合16S rRNA基因序列分析,确定分离菌株的系统发育地位,并对分离菌株的ε-聚赖氨酸耐受性进行考察。【结果】液体营养富集法实现了污染微生物的分离,通过16S rRNA基因序列分析鉴定其为一株Acinetobacter bereziniae,并证实该菌能在高浓度ε-聚赖氨酸条件下生长。【结论】Acinetobacter bereziniae是ε-聚赖氨酸发酵过程中的主要污染微生物,这为后期发酵污染防治提供了一定的指导作用。     

培养条件对产油微生物生长的影响

为了筛选出高产油菌株, 首先采用细胞形态学方法与细胞化学方法(苏丹III染色法)对4株高产油脂菌株进行初筛, 并通过索氏提取法对初筛菌株油脂含量进行分析, 确定M2菌株为实验菌株, 其油脂含量达53.09%。为了增加产油微生物油脂产量, 本试验考察了不同发酵条件对其细胞生长和油脂积累的影响。优化工艺参数为: 10° Bx玉米皮渣水解液为培养基质, 0.2% NaNO3为氮源, pH 6.0、28oC下发酵培养6 d, 微生物油脂含量75.21%, 菌体生物量30.40 g/L, 油脂产量22.86 g/L。气相色谱分析表明该油脂的脂肪酸组成与植物油相似, 主要含有16碳和18碳系脂肪酸, 可作为生物柴油的原料, 不饱和脂肪酸含量达68%, 可应用于医药化工领域。     

微生物肥料中大肠菌群的测定及鉴别

为了正确区分微生物肥料产品中的大肠菌群,对近期检测的样品在伊红美兰(EMB)平板上得到的52株细菌进行了验证,并根据菌落的颜色和形态挑选出18个菌株,用Biolog微生物自动鉴定系统进行鉴定,以大肠杆菌科的4属7株标准菌株进行对照,鉴定结果和标准菌株一致。同时对微生物肥料中常用的13株革兰氏阳性(或可变)菌株和8株革兰氏阴性菌株也作了大肠菌群检测试验。其中,革兰氏阳性(或可变)菌株在乳糖胆盐发酵管和EMB平板上结果均为阴性,革兰氏阴性菌8株中有3株能利用乳糖,但都不产气,可以通过验证试验加以区分。明确了微生物肥料产品中常用菌种利用乳糖的情况以及在EMB平板上经常出现的不同菌落的分类地位,对大肠菌群的判定具有指导意义。     

L-精氨酸生物合成机制及其代谢工程育种研究进展

L-精氨酸是人体半必需的氨基酸,在生命代谢过程中起着非常重要的作用,且具有广泛的应用价值及市场需求。目前,L-精氨酸主要采用微生物发酵法进行生产,为了提高L-精氨酸的产量和稳定性,最有效的方法是优化L-精氨酸生产菌株,通过代谢工程改造微生物菌株有望达到这一目的。本文分析了微生物中L-精氨酸的代谢途径和调控机制,并综述了构建高产L-精氨酸的代谢工程策略。此外,展望了菌株稳定性和底物扩展利用的未来研究方向。     

工业微生物：创新与突破专刊序言(2021)

工业微生物及其产品广泛用于工业、农业、医药等诸多领域,相关产业在国民经济中具有举足轻重的地位。高效的菌株是提高生产效率的核心,而先进发酵技术和仪器平台对充分开发菌株代谢潜能也很重要。近年来,工业微生物领域的研究取得了快速进展,人工智能、高效基因组编辑技术和合成生物学技术逐渐广泛使用,相关产业应用也在不断扩展。为进一步促进工业微生物在生物制造等领域的应用,《生物工程学报》特组织出版专刊,从微生物菌株的多样性和生理代谢、菌株改造技术、发酵过程优化和放大,高通量微液滴培养装备开发以及工业微生物应用等方面,分别阐述目前的研究进展,并展望未来的发展趋势,为促进工业微生物及生物制造等产业的发展奠定基础。     

酶标仪分光光度法在微生物耐性研究上的应用

微生物在环境中的耐性是该微生物在相应环境发挥作用的重要基础。为了获得一种用于微生物耐性分析的快速简便方法,传统平板分离法和酶标仪分光光度法被用于评估其在细菌和链霉菌紫外耐受水平检测中的差异,并分析了酶标仪分光光度法在微生物其他耐性水平检测中的适用性。结果显示,两种检测方法均能体现细菌和链霉菌对紫外线的耐受水平,前者经过稀释、涂布、培养、菌落计数,获得的是菌株在紫外线照射后的存活浓度,而后者经过接种96孔培养板、培养、吸光度检测,获得的是菌株经紫外线照射后的生长曲线,并从生长曲线获知菌株的生长速率、增殖能力等信息。此外,酶标仪分光光度法同样适用于细菌对pH和盐的耐受水平分析,对于链霉菌耐受性分析有一定的适用性。酶标仪法除了能获得与平板分离法相似的耐性水平检测外,还能获得菌株在不同耐性水平上的增殖潜力,且在操作上比平板分离法省时、省力,可用于微生物耐性分析、高通量筛选等研究工作。     

1株杀鲑气单胞菌杀鲑亚种对甲酸乙酯的降解研究

甲酸乙酯广泛存在于化工行业的废水中,对生物体及环境都具有很大的危害。微生物降解是处理甲酸乙酯的重要方法之一。采用富集培养法和平板划线法从活性污泥中筛选出一株能降解甲酸乙酯的菌株ETH-3。经形态观察、生理生化试验和16S rDNA鉴定,确定该菌株为杀鲑气单胞菌杀鲑亚种(Aeromonas salmonicida subsp.salmonicida)。通过摇瓶实验测定菌株ETH-3的最佳生长环境条件以及其对甲酸乙酯的降解能力,结果表明,该菌株最佳生长温度为25-30℃、最佳生长pH为8左右。该菌株具有较强降解甲酸乙酯能力,在30℃时,36 h内对0-10 500 mg/L的甲酸乙酯可达完全降解。经GC-MS对代谢产物的分析发现,甲酸乙酯会先被微生物代谢为甲酸和乙醇,后甲酸和乙醇会被微生物进一步降解为CO_2和H_2O。     

微生物自动化分析仪的毕业实习带教初探

对如何在微生物毕业实习教育中利用自动化仪器进行教学进行了初步探讨。从上机前的标本处理、正确使用仪器、仪器结果分析、认识仪器的局限性、发临床检测报告、利用VITEK软件的资料处理系统对医院感染进行监控和分析等 6大方面对学生进行培训。认识仪器鉴定的局限性和手工操作的重要性 ,把理论知识和实践工作有机地结合起来。     

油茶根际溶磷菌的分离、鉴定及溶磷能力研究

采用传统的微生物分离培养法,对油茶根际溶磷细菌进行了分离,共筛选得到17株溶磷细菌。利用透明圈法对油茶根际土壤中具有溶磷能力的细菌进行初筛;采用钼锑抗比色法测定发酵液的可溶性磷含量,对解磷菌株进行复筛,得出菌株6-Y-09溶磷活性最强。根据进行菌落形态特征、生理生化特征、16S r DNA序列和系统发育分析等研究,初步鉴定菌株6-Y-09为洋葱伯克霍尔德菌。该菌株在后续微生物菌肥研制中具有较大潜力,为通过生物途径改善油茶磷素供应,促进油茶生长提供了优良的菌株资源。     

基于流式细胞仪高通量分选的深海微生物单细胞培养

【目的】建立适用于海洋微生物的流式细胞分选与高通量单细胞培养的方法,通过该方法从印度洋深海样品中分离微生物纯培养菌株。【方法】利用流式细胞仪单细胞分选功能,以前向角(FSC)和侧向角(SSC)散射光信号代替荧光信号作为分选逻辑,对深海水体和沉积物样品中微生物进行单细胞高通量分选和培养。【结果】确定了流式细胞分选的区域和条件,发现所建立方法适于分离海洋水体微生物,而不是沉积物微生物。从印度洋深海水体样品中获得61个潜在新菌株,分属于6个新属种,占分离菌株总数的26.29%,其16S rRNA基因序列与已培养的模式菌株相似性为89.79%–95.37%。【结论】本研究所建立的方法有助于提高发现海洋微生物新物种的效率,获得更多新的海洋微生物资源。     

锥状斯氏藻藻华期间群体感应信号菌株的动态变化

群体感应信号(quorum sensing, QS)是细菌的一种特殊交流方式, 它具有调节种群密度、生物膜形成、毒素产生以及色素的形成等多种功能。藻菌关系是藻华过程中重要的一环, 为了探求藻华过程中信号微生物的动态变化, 我们以深圳大鹏湾的锥状斯氏藻(Scrippsiella trochoidea)藻华中的QS 菌株为研究对象, 应用报告菌株和环境微生物宏基因组方法, 监测了藻华爆发期间信号微生物的动态变化过程, 并构建了藻类、QS 微生物与其它微生物的相关性关系。结果表明:在筛选的QS 菌株中经去冗余和重复后成功鉴定了7 种不同的细菌, 分别是冷杆菌Psychrobacter cryohalolentis、普罗维登斯菌Providencia sneebia、假单胞菌Pseudomonas stutzeri、微小杆菌Exiguobacterium sp. AT1b、产酸克雷伯菌Klebsiellaoxytoca、球形赖氨酸芽孢杆菌Lysinibacillus sphaericus 和鲍氏不动杆菌Acinetobacter baumannii。相关性分析发现P.sneebia 的丰度与藻类数量变化呈正相关, 而L. sphaericus 和P. stutzeri 的丰度与藻类数量变化呈负相关, 其它QS 微生物中未见显著相关性。综合实验的结果来看, QS 微生物在藻际微生物的群体结构中扮演着一定的生态作用, 它帮助我们从一个新的视角了解藻华过程中QS 微生物的丰度变化和网络关系, 为认识藻菌关系提供了新的思路。     

诺卡氏菌型放线菌细胞中脂肪酸的气相色谱分析

采用Sherolock全自动微生物鉴定系统,用气相色谱法,分析测定了4株诺卡氏菌型放线菌分离菌株的脂肪酸成分和含量,结果表明,该法具有分辨率高,稳定、重现性好,简便易行等特点,在一定程度上与16S rRNA基因序列比较结果相一致,能在种及菌株水平上反映出放线菌的基因型,系统发育和分类关系,是一种较好的脂肪酸定量测定方法,尤其适用于分析大量的菌株或分离株,可应用于放线菌种水平的分类和快速鉴定.     

鸡肠道微生物菌群的建立发育、分布和生理学意义

鸡的胃肠道具有复杂的微生物菌群,该微生物菌群与宿主的肠道和整体健康密切相关,为了全面揭示鸡肠道微生物菌群的组成及其功能,本文对鸡肠道微生物菌群的建立发育、各肠段群落的分布及其生理学意义进行综述,从而为鸡肠道功能菌株的分离及有效利用,合理调控微生物菌群-宿主相互作用,提高饲料转化率和改善肠道健康提供理论依据。     

产糖乳酸菌的筛选、鉴定及其产糖条件的优化

微生物胞外多糖是一类由微生物产生的,有一定加工性能和/或人体健康增益效果的高分子聚合物。为了筛选胞外多糖高产的菌株并提高其多糖产量,以多糖含量为衡量指标,首先通过比较实验筛选目标菌株,然后采用生理生化和分子生物学的方法对该菌株进行菌种鉴定,最后运用单因素分析和响应面实验确定该菌株发酵脱脂乳产糖的最佳条件。结果表明,菌株B6的产糖能力显著高于其他常规乳酸菌,经鉴定为鼠李糖乳杆菌（CGMCC No.13310）。该菌株最优的产糖条件为发酵时间41 h,发酵温度39 ℃,脱脂乳浓度91 mg/mL,接种量5%（体积分数）。在此条件下获得的发酵乳中多糖含量可达354.5 mg/L,比优化前提高35.8%。     

基于比较基因组学的高地芽孢杆菌6ww6分子标识筛选及其快速鉴定

【目的】高地芽孢杆菌(Bacillus altitudinis) 6ww6是一株根际耐盐促生菌,可以作为微生物肥料的优选菌种。为了加强菌种知识产权保护,建立菌株快速检测方法。【方法】本研究通过基因组比对分析、TBLASTn检索、NR库检索验证并剔除有其他同源的结果序列,最终得到菌株6ww6的孤儿基因,设计引物进行PCR鉴定。【结果】筛选出5个特异性基因J939_13195、J9319_05960、J9319_13355、J9319_05965和J9319_13350。引物5960F和5960R可以单一性扩增出菌株6ww6的目的基因J9319_05960,确定其为菌株6ww6的特异性分子标识。【结论】本研究确定了菌株6ww6的唯一性身份编码,建立了以比较基因组学和孤儿基因为基础的菌株水平上的鉴定方法。该方法具有快速、精确、能鉴定到菌株水平的优点,对于有价值微生物的知识产权保护提供了有力的抓手。     

适用微生物法检测的农药敏感双歧杆菌菌株筛选研究

目的分离筛选出一株对甲胺磷敏感的双歧杆菌菌株。方法双歧杆菌菌株传代筛选,取一系列浓度(4.0、2.0、1.0、0.5和0.25μg/m L)的甲胺磷农药标准溶液30μL加入含TPY液体培养基的检测管溶液内,双歧杆菌菌株接种到检测管内,37℃厌氧培养12 h,测定检测管液体A值。结果筛选一株甲胺磷敏感的短双歧杆菌菌株LJM-006,微生物抑制法的最佳接种浓度107CFU/m L,最低检测限0.5 mg/L。结论筛选一株甲胺磷敏感的双歧杆菌LJM-006菌株,并可作为微生物法检测甲胺磷残留的菌株。     

红色荧光蛋白基因标记产鼠李糖脂铜绿假单胞菌SG及其在油藏中的应用（英文）

【背景】微生物在油田注采系统中的迁移直接影响到油藏微生物群落组成及其在油田生产中的应用。然而,由于缺少特异性标记,很难将目标微生物同众多的土著微生物区分开。因此,需要构建携带特异性基因的微生物菌株。【目的】为了有效追踪定位微生物在油田注采系统中的迁移,本文构建一株红色荧光蛋白标记假单胞菌。【方法】运用染色体同源重组的方法,将带有组成型表达启动子的红色荧光蛋白编码基因(red fluorescent protein gene,rfp)插入到一株分离自油藏环境且产鼠李糖脂的铜绿假单胞菌SG染色体上编码β-内酰胺酶基因内部,获得标记菌株SG-rfp。【结果】构建的菌株SG-rfp能够在非诱导条件下表达红色荧光蛋白,而且对氨苄青霉素、卡那霉素、链霉素和庆大霉素不具有耐受性。与野生型菌株SG相比,构建的SG-rfp菌株也能够在有氧和缺氧条件下产生鼠李糖脂,在岩芯驱油实验中能够较好地提高原油采收率。此外,应用菌株SG-rfp,本文研究并证实了微生物在含油多孔介质中的迁移扩散及所受限制。【结论】本文所构建的菌株SG-rfp为深入研究微生物在油田注采系统中的迁移及微生物在油田生产中的应用提供了有力工具...     

一株分泌型铁载体真菌分离鉴定及生物活性研究

从云南省国家自然保护区哀牢山原始森林土壤环境中分离1株分泌型铁载体真菌,并探讨了其对罹烟草青枯病土壤微生物生理生化功能的影响,为菌株的开发利用提供理论依据。稀释涂布法从土壤样品中分离纯化分泌型铁载体真菌菌株,形态学结合rDNA-ITS基因序列鉴定菌株分类学地位。铬天青S(chromeazurol S,CAS)液检测法结合全波段紫外光吸收法,判定铁载体化学结构类型,检测其活性。DNS比色法和Biolog-ECO分析法,分析菌株次生代谢产物对罹烟草青枯病土壤酶活性和微生物代谢的影响。结合形态学观察结果和序列对比分析鉴定该分泌型铁载体真菌为百岁兰曲霉(Aspergillus welwitschiae);菌株分泌型铁载体的化学结构类型为羧酸盐型(carboxylates),铁载体活性为78.79%。菌株次生代谢产物可显著提高土壤蔗糖酶和脲酶活性(P<0.05),分别提高13.7%和14.46%;菌株次生代谢产物亦可显著提高碳源利用能力：平均颜色变化率(average well color development,AWCD)和多样性指数(Shannon指数和Richness指数),分别提高...