从石蜡包埋和甲醛浸泡组织中提取DNA进行PCR扩增的研究

如何从石蜡包埋组织中高质量的提取DNA从而进行分子生物学特别是基因工程方面的科研工作,目前在国内尚未见报道。我们采用二甲苯或水浴法对2块胃癌石蜡包埋组织进行脱蜡,并提取、纯化了DNA,进行PCR扩增,获得了成功。另外对用甲醛浸泡的组织其DNA的受损程度与上述进行了比较,现报告如下。     

甲醛固定石蜡包埋组织4种DNA提取方法的比较分析

本研究以10例甲醛固定石蜡包埋组织（FFPET）作为疑难检材,将其制成蜡膜,分别以二甲苯-Chelex100法、脱蜡液-Chelex100法、脱蜡液-Vazyme FastPure FFPE DNA Isolation试剂盒（简称FP试剂盒）、脱蜡液-北京天根石蜡包埋组织基因组提取试剂盒法（简称天根试剂盒）提取DNA,进行紫外分光光度计测定（浓度、纯度）及短串联重复序列（STR）分型检测（23个常染色体）,通过比较分析FFPET在4种不同提取方法中的提取质量、STR分型质量和检出率,从而寻求一种高效简便、经济实用、方便快捷的甲醛固定石蜡包埋组织中DNA提取方法。结果表明：应用4种方法提取的石蜡包埋组织蜡膜DNA经紫外分光光度计测定后显示,应用2种Chelex100法提取的DNA浓度高于2款试剂盒,试剂盒提取的DNA的纯度优于另外2种方法,以上差异均具有统计学意义（P<0.05）;FP试剂盒提取DNA的平均浓度和纯度均优于天根试剂盒,无显著性差异（P>0.05）;STR分型普遍存在不同基因座和同一基因座不同等位基因之间的扩增不均衡,呈现前高后低状态;STR平均检出率为FP试剂...     

狭叶坡垒基因组总DNA的提取和纯化方法研究

以狭叶坡垒叶片为材料,对基因组总DNA的提取和纯化方法进行了研究,并对改良CTAB法、高盐低pH法和改良SDS法进行比较.结果表明,改良的CTAB法更适合狭叶坡垒基因组总DNA的提取,且硅胶干燥30 d的叶样和新鲜叶样所得的DNA几乎没有区别.再对改良CTAB法的水浴时间进行探索,发现150 min是较为合适的水浴时间.对比酚纯化法和试剂盒纯化法,发现试剂盒纯化损失的DNA少,得率高,是一种简便、快速、安全的纯化方法.     

石蜡包埋组织的DNA提取及其在免疫球蛋白基因重排分析中的应用

基因重排分析在淋巴瘤诊断中具有重要意义.文章应用改良DNA提取方法,从30例淋巴增生性病变石蜡包埋组织获得的DNA虽有不同程度的降解,但适于PCR扩增Ig重链基因重排分析;约1/3病例提出高分子量DNA,可用于DNA印迹杂交.因此,石蜡包埋组织同样可为某些疾患,如淋巴瘤疑难和罕见病例的回顾性分子病理学研究提供基因诊断的DNA来源.     

Bst DNA聚合酶大片段在全基因组扩增中的应用

Bst DNA聚合酶大片段作为一种常用的DNA聚合酶,因其独特的特点:能引发链置换反应、高保真、耐高温等,而成为一种重要的DNA多重置换扩增酶。目的:为减少成本,设计一种高产,方便且扩增活性高的Bst DNA聚合酶大片段表达体系;探究该酶应用于胃癌石蜡包埋组织基因组DNA的扩增条件。方法:采用p TWIN1质粒作为载体克隆表达Bst DNA聚合酶大片段,应用几丁质亲和层析柱纯化该酶,使用该酶对人类基因组DNA进行不同温度下扩增,探究其最适反应温度,并据此对胃癌石蜡包埋组织基因组DNA进行扩增。结果:由此得到的Bst DNA聚合酶大片段能运用于胃癌石蜡包埋组织基因组DNA的扩增,扩增效率可达200倍,并能应用于a CGH芯片。结论:扩增得到保真性高,覆盖基因组范围大的DNA扩增产物。该应用与a CGH结合,使得对少量的癌症石蜡包埋组织DNA样本进行全基因组扩增,并进行其基因拷贝数变异研究成为可能。     

DNA提取的应用与相关技术分析

为了分析影响提取DNA的有关因素,采用标准酚—氯仿抽提法和蛋白酶消化法提取DNA。结果表明,平均每mL全血可提取200 ~ 300μgDNA;新鲜组织及OCT包埋冰冻组织提取DNA,平均每0.2g组织可获得200~300μgDNA;直接将石蜡标本提取物制作模版,PCR扩增良好。从4种组织中均获得较为纯净的DNA;OCT对组织DNA无不良影响。 Abstract:To explore influence factors of DNA extraction,the protease and phenol-chloroform method was used to extract DNA in whole blood,fresh tissues,frozen tissues embedding with OCT and tissues embedding in paraffin.It results that 200~300μg DNA was extracted from 1ml whole blood or 0.2g fresh tissues or frozen tissue embedding with OCT.DNA extracted from paraffin specimen can be directly used in PCR amplification.Purity DNA can be extracted from four kinds of different tissues.OCT hasn't harmful effect on tissue DNA extraction.     

头颈部肿瘤基因组中HPV16DNA的同源序列

利用头颈部肿癌临床活检新鲜组织和石蜡包埋组织的两种处理标本,分别采用核酸分子杂交和聚合酶链反应(PCR)两种技术,分析了头颈部肿瘤组织基因组中人乳头瘤病毒16型的同源序列,并研究HPV16的感染同头颈部肿瘤发生发展的关系。结果表明:1.喉鳞状细胞癌DNA中有HPV16 DNA同源序列,检测频率在20.0％以上。2.PCR扩增石蜡包埋肿瘤组织DNA中HPV16的URR(病毒基因上游调控区)中的序列,电泳分析扩增产物在喉乳头状瘤、喉癌、鼻腔内翻性乳头瘤和口腔癌中检测率分别是11.1％、20.0％、42.9％和27.3％。3.研究表明HPV16 DNA阳性率与喉癌原发部位,分化程度和临床分期之间可能有一定的相关性。人乳头瘤病毒可能是头颈部肿瘤的病毒病因之     

不同处理方式及试剂盒对石蜡包埋组织提取DNA影响

目的:比较石蜡包埋组织三种不同的前处理方式用不同试剂盒提取DNA效果,以期达到能根据各自实验室条件差异,选择合适的样本处理方式及相应的试剂盒,获得高质量DNA。方法:在提取DNA前,对石蜡块包埋的组织分别进行三种前处理,形成三种组织形式:切片机连续切片,手动刮取石蜡组织块后获得手刮片和切片后烤片制成的玻片,用Qiagen和Tiangen试剂盒提取DNA,并用琼脂糖电泳,PCR扩增和测序进行鉴定。结论:如果样本是玻片形式的石蜡包埋组织,可以选择改良过的Qiagen试剂盒提取DNA;样本如果是石蜡块包埋的组织,有切片机的,切片之后用Tiangen试剂盒提取DNA;而没有切片机的实验室可以选择用刀片刮取石蜡块组织,用Tiangen试剂盒提取DNA。     

两种外周血 DNA 提取方法的比较

目的:外周血DNA的提取是研究乙型肝炎病毒相关临床疾病的基础,所提取DNA的质与量直接关乎下游研究的成败,经济、高效、便捷的外周血DNA提取方法对于疾病分子水平的研究尤为重要,本实验旨在比较两种外周血DNA提取方法,从而为临床研究提供有力的参考。方法:以外周抗凝血为试验样本,分别采用改良盐析法和DNA提取试剂盒法(硅胶柱纯化)进行基因组DNA的提取,通过分光光度仪测量DNA浓度和纯度,并进行PCR扩增及电泳实验。比较改良盐析法与试剂盒提取法(硅胶柱纯化)的效果。结果:试剂盒提取法(硅胶柱纯化)标本用量甚微,省时,提取DNA纯度高,步骤繁琐,PCR条带单一、亮度差;改良盐析法操作步骤少,提取DNA浓度高,PCR条带亮度佳、杂带多,耗时长。结论:两组方法各有优缺点,试剂盒提取法(硅胶柱纯化)可靠、快速,但所获DNA量少、极易降解,改良盐析法耗时,但所获DNA浓度高、量多,可根据实验时间与经费,实验所需的DNA纯度与浓度,提供的样本体积等不同的临床研究需求及条件来综合选择适宜的提取方法。     

Shotgun法测序制备高纯度水稻基因组DNA的方法探讨(英)

在用散弹 (shotgun)法测定水稻 (OryzasativaL .ssp .indica)基因组全序列的过程中 ,叶绿体和线粒体DNA的污染问题非常严峻 .应用脉冲场电泳 (PFGE)技术对水稻基因组DNA进行纯化 ,结果表明它能够有效去除叶绿体和线粒体DNA ,使其污染率从 3%降低到 0 2 % .同时 ,比较了水稻绿苗和黄化苗的DNA得率 ,以及HB法和NIB法制备大分子质量(HMW)DNA的异同 .最后提出一套制备水稻基因组DNA的方法 ,包括黄化苗培养 ;细胞核的分离、包埋和裂解 ;脉冲场电泳纯化、回收聚集在低熔点 (LMP)胶中的水稻HMWDNA .用该方法所得的水稻基因组DNA ,纯度高 (无叶绿体和线粒体DNA污染 )、基因组完整 (机械剪切和降解少 )、回收率高 (操作过程中DNA损失少 ) .另外 ,首次报道在融化的低熔点(LMP)胶中对水稻HMWDNA于 38℃进行超声波处理 ,能够获得用于shotgun文库和梯度文库构建所需要的各种DNA片段(1 5～ 3kb ,3～ 12kb) ,并且效果优于在TE中进行操作