红细胞的毛细管区带电泳

系统研究了毛细管区带电泳对红细胞测定的操作条件和方法特点。对人、鸡、兔和猪的红血球进行了分析,结果与经典方法无异。在半小时内可一次测定10⁵个细胞,简便、精确。保留值的变异系数小于2％。实验中发现了间歇时间现象并予解释。     

用于串联质谱鉴定多肽的计量方法

目前已有多种对串联质谱与数据库中多肽的理论质谱的一致性进行评估的高通量计量算法用于鸟枪法蛋白质组学 (shotgunproteomics)研究。然而这些方法操作时存在大量错误的多肽鉴定。这里提出一种新的串联质谱识别多肽序列的计量算法。该算法综合考虑了串联质谱中不同离子出现的概率、多肽的酶切位点数、理论离子与实验离子的匹配程度和匹配模式。对大容量的串联质谱数据集的测试表明 ,根据算法开发的软件PepSearch比目前最常用的软件SEQUEST有更好的鉴定准确性。PepSearch可从http : compbio.sibsnet.org projects pepsearch下载。     

毛细管电泳非放射分析蛋白质和多肽磷酸化

本文建立了运用毛细管电泳同时非放射分析蛋白质或多肽中的各种Ｏ－磷酸化氨基酸方法。将蛋白或多肽部分水解成自由氨基酸,然后衍生为ＰＴＨ－氨基酸,再用毛细管电泳仪分离分析ＰＴＨ－磷酸化氨基酸。在２５至２５０ｐｍｏｌ／μｌ浓度范围内,３种Ｏ－磷酸化氨基酸的浓度对其衍生物ＵＶ吸光值的线性相关系数均大于０．９９２。方法均在ｆｍｏｌ水平。运用该方法对３个模型磷酸化肽及天然的磷酸化蛋白β－酪蛋白和卵黄高磷蛋白的磷     

蛋白质和多肽研究的毛细管电泳技术

毛细管沈阳东大迪克化工药业有限公司电泳（capillary　electrophoresis，CE）也常称高效毛细管电泳（high performance capillary electrophoresis．HPCE）．是以内径20-200μm的柔性毛细管柱作为分离通道、以高压直流电场为驱动力对各种小分子、大分子以至细胞等进行高效分离、检测或微量制备等有关技术的总称（参见图1）。     

串联质谱数据从头解析与蛋白质的数据库搜索鉴定

蛋白质的鉴定是蛋白质组学研究中必不可少的一步。用串联质谱（ｔａｎｄｅｍ ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ,ＭＳ／ＭＳ）可以进行多肽的从头测序（ｄｅ ｎｏｖｏ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）,并搜索数据库以鉴定蛋白质。用图论以及真实谱－理论谱联配（ａｌｉｎｇｍｅｎｔ）的方法对串联质谱得到的多肽图谱进行从头解析,得到了可靠的多肽序列,并应用到数据库搜索中鉴定了相应的蛋白质。同时,还用统计的方法对ＳｗｉｓｓＰ     

规模化蛋白质鉴定中的串联质谱数据评价方法

随着蛋白质组学研究的蓬勃发展,尤其是近年来对规模化表达谱作图的重视,促使大量蛋白质被鉴定出来,但同时带来了数据质量控制的问题,如何有效去除假阳性结果,提高数据的可靠性,并使得来自不同技术路线、不同质谱仪器以及不同实验室的数据具有可比性是蛋白质组学研究领域的一个热点和难点,文章就目前所使用的数据质量评价方案进行了综述。     

串联质谱数据的从头解析与蛋白质的数据库搜索鉴定

蛋白质的鉴定是蛋白质组学研究中必不可少的一步。用串联质谱 (tandemmassspectrometry ,MS/MS)可以进行多肽的从头测序 (denovosequencing) ,并搜索数据库以鉴定蛋白质。用图论以及真实谱 理论谱联配 (alignment)的方法对串联质谱得到的多肽图谱进行从头解析 ,得到了可靠的多肽序列 ,并应用到数据库搜索中鉴定了相应的蛋白质。同时 ,还用统计的方法对SwissProt以及TrEMBL蛋白质数据库进行了详细的分析。结果表明 ,3个四肽或者 2个五肽或者 1个八肽一般可以唯一地确定一个蛋白质     

毛细管区带电泳法测定油菜蜂花粉中黄酮苷元含量

本文研究了芦丁、槲皮素、山萘酚、异鼠李素四种黄酮类化合物在毛细管区带电泳中的迁移行为,考察了缓冲溶液pH值、其离子浓度、有机添加剂、电压、温度等对分离的影响。结果发现在35mmol／L硼砂缓冲溶液,pH8．4,10％乙腈作为添加剂,20℃,25kV条件下,四种黄酮在14min内实现了基线分离。利用该方法测定青海产油菜蜂花粉中黄酮苷元含量,结果令人满意。     

高效毛细管电泳在蛋白质分析上的应用

高效毛细管电泳（ＨＰＣＥ）是继高效液相色谱技术之后的又一新型分析及分离技术,本文应用高效毛细管电泳技术对基因工程干扰素、疫苗、动物脏器提取物等蛋白质产品进行了分离分析和纯度鉴定,并与凝胶电泳的分析结果进行对比。实验结果表明,ＨＰＣＥ可以用于生物产品分离、生物遗传研究和医学临床等领域的蛋白质定量分析、组分测定和纯度鉴定,是一种很有应用前途的新技术。     

毛细管电泳及其在蛋白质折叠研究中的应用

简要介绍了毛细管电泳的常用分离模式及其原理,并对毛细管电泳在蛋白质化学领域中的新应用——研究蛋白质折叠和发展前景作了评述。     

Combination of Micropreparative Capillary Electrophoresis and Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry for Peptide Analysis

Signal suppression is a problem in matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry of peptides prepared by capillary electrophoresis. Many common electrolytes that are efficient for separation, such as sodium phosphate, also are strongly suppressive during laser desorption/ionization. We have tested individual electrolytes for highest performance in each step of separation and collection, respectively. Suppression is not observed if citrate, trifluoroacetic acid, or hydrochloric acid is used for collection, while phosphate still can be employed in the capillary providing excellent resolution. Low concentrations of hydrochloric acid added to the sample/matrix mixture generate mass spectra with better ion intensities than if trifluoroacetic acid or citrate is used.     

天花粉蛋白胰酶肽图谱的毛细管区带电泳法分析

目的:以天花粉蛋白胰蛋白酶解肽段为测定对象,用毛细管区带电泳法(CZE)研究天花粉蛋白的肽图谱分离条件。方法:采用未涂层石英毛细管(长50cm,内径75μm,有效长度42cm),以50mmol/L磷酸盐和150mmol/L三氟乙酸溶液为运行缓冲液,在25℃、pH2.0和压力为3447.4Pa(×10s)的条件下进样,以12kV恒压电泳分离,检测波长214nm。结果:运用CZE也能较好地对天花粉蛋白进行肽图谱分离,在缓冲体系中加入离子对试剂三氟乙酸,可极大地改善多肽的峰形和分辨率;同时运用反相高效液相色谱(RP-HPLC)技术,也很好地鉴定了部分肽段在CZE和RP-HPLC肽图谱中的对应关系。结论:与传统的RP-HPLC分析天然或重组蛋白肽图谱相比,CZE也不失为一种鉴定蛋白肽图谱的有效、快速和简单的方法。     

Whole-Cell Protein Identification Using the Concept of Unique Peptides

A concept of unique peptides(CUP)was proposed and implemented to identify whole-cell proteins from tandem mass spectrometry(MS/MS)ion spectra.A unique peptide is defined as a peptide,irrespective of its length,that exists only in one protein of a proteome of interest,despite the fact that this peptide may appear more than once in the same protein.Integrating CUP,a two-step whole-cell protein identification strategy was developed to further increase the confidence of identified proteins.A dataset containing 40,243 MS/MS ion spectra of Saccharomyces cerevisiae and protein identification tools including Mascot and SEQUEST were used to illustrate the proposed concept and strategy.Without implementing CUP,the proteins identified by SEQUEST are 2.26 fold of those identified by Mascot.When CUP was applied,the proteins bearing unique peptides identified by SEQUEST are3.89 fold of those identified by Mascot.By cross-comparing two sets of identified proteins,only 89 common proteins derived from CUP were found.The key discrepancy between identified proteins was resulted from the filtering criteria employed by each protein identification tool.According to the origin of peptides classified by CUP and the commonality of proteins recognized by protein identification tools,all identified proteins were cross-compared,resulting in four groups of proteins possessing different levels of assigned confidence.     

Sequencing of Gel-Isolated Proteins Using Microblotter Capillary Liquid Chromatography-Electrospray Mass Spectrometry

Enzymatic digests of proteins isolated by sodium dodecyl sulfate–polyacrylamide gel electrophoresis (SDS–PAGE) were separated by capillary high-performance liquid chromatography (HPLC). The column eluate was split to an electrospray mass spectrometer on one side and to both a UV detector and a microblotter on the other side. Using the microblotter, the peptides eluted from the column were collected directly onto a polyvinylidene difluoride (PVDF) membrane for Edman sequencing. Thus, a peptide mass map from the mass spectrometric analysis and a prepared PVDF membrane for subsequent Edman sequencing were generated in a single experiment. The addition of molecular mass information to the blotted LC eluate is useful for determining the most important peaks to undergo Edman sequencing. Coupling the capillary HPLC with a microblotter to electrospray mass spectrometry provides an integrated system for separation, collection, and structural analysis of protein digests. It provides high levels of sensitivity, recovery, and convenience for protein characterization. Proteins loaded onto SDS–PAGE at low picomole levels can be analyzed by the new integrated system.     

利用串联质谱鉴定氨基酸突变的生物信息学算法

氨基酸突变能够改变蛋白的结构和功能,影响生物体的生命过程.基于串联质谱的鸟枪法蛋白质组学是目前大规模研究蛋白质组学的主要方法,但是现有的质谱数据鉴定流程为了提高鉴定结果的灵敏度往往会有意压缩数据库中的氨基酸突变信息.因此,如何挖掘数据中的氨基酸突变信息成为当前质谱数据鉴定的一个重要部分.当前应用于氨基酸突变鉴定的串联质谱鉴定方法大致可以分为3大类:基于序列数据库搜索的方法、基于序列标签搜索的算法以及基于图谱库搜索的算法.本文首先详细介绍了这3种氨基酸突变鉴定算法,并分析了各种方法的特点和不足,然后介绍了氨基酸突变鉴定的研究现状和发展方向.随着基于串联质谱的蛋白质组学的不断发展,蛋白序列中的氨基酸突变信息将被更好地解析出来,从而得以深入探讨由氨基酸突变引起的蛋白结构和功能改变,为揭示氨基酸突变的生物学意义奠定基础.     

利用毛细管电泳法分析甜菊糖苷的含量

本文介绍了一种用毛细管区带电泳法筛选甜菊糖苷突变体的有效方法。根据实验结果,优化的电泳条件为60mmol/LTris-硼酸缓冲液(pH8.0),柱温30℃,工作电压25kV。优化条件下,甜菊苷(Stevioside)迁移时间的R.S.D为0.45%(15次),且在7.45×10     

串联质谱图谱从头测序算法研究进展

近年来,基于质谱技术的高通量蛋白质组学研究发展迅速,利用串联质谱图谱鉴定蛋白质是其数据处理中一个基础而又重要的环节．由于不需要利用蛋白质序列数据库,从头测序方法能够分析新物种或者基因组未测序物种的串联质谱数据,具有数据库搜索方法不可替代的优势．简要介绍高通量串联质谱图谱从头测序问题及其研究现状．归纳出几种典型的计算策略并分析了各种策略的优缺点．总结常用的从头测序算法和软件,介绍算法评估的各种指标和常用评估数据集,概括各种算法的特点,展望未来研究可能的发展方向．     

高效液相色谱-串联质谱检测基因组DNA甲基化方法的建立

目的:建立高效液相色谱-串联质谱(HPLC-ESI-MS/MS)检测基因组DNA甲基化水平的方法。方法:以5-mdC和dG为标准品,采用全自动高效液相色谱系统进行分离,串联电喷雾质谱检测,选择多反应监测模式(MRM)测定标准品,绘制标准工作曲线。结果:在MRM模式下选取5-mdC(m/z 241.9→126.3)和dG(m/z 268.1→152.3)分别作为定量检测的母子离子对,各化合物能实现良好的基线分离;5-mdC和dG碰撞能均为15 eV,去簇电压分别为40和45 V,最低定量限分别为1.65和2.47 fmol;标准品的响应值比为90%~110%;5-mdC含量的天内相对标准偏差和天间相对标准偏差均小于8%。结论:HPLC-ESI-MS/MS是能应用于检测基因组DNA甲基化的一种高通量、高准确率、高分辨率、高灵敏度且重复性好的方法。