基于短序列测序数据的四倍体拟南芥转录组研究

为了促进对四倍体拟南芥(A.suecica)的研究,阐明多倍体植物在染色体加倍过程中遗传物质的变化,从而在分子层面上解释多倍体植物的环境适应和进化机制,描述了一套基于第二代测序技术的转录组短序列组装和生物信息学分析方法.通过对23 000 000条来至于Illumina测序平台的序列数据进行SOAPdenovo组装,以...     

转录本组装与质量评价

转录本组装是基于第二代测序技术研究转录组的关键环节,其质量好坏直接影响到下游结果的可靠性,也是目前的研究热点与难点。转录本组装方法可以分为Genome-guided和de novo两类,它们在理论基础与算法实现方面各有优劣。转录本组装质量的高低依赖于PCR扩增错误率、第二代测序技术准确率、组装算法和参考基因组完整性等方面,而现有的算法还无法完全处理由这些因素带来的影响。本文从转录本组装方法与软件、影响组装质量的因素和对组装质量的评价指标等方面进行讨论,以期能指导纯生物学家对分析软件的选择。     

基于Illumina RNA Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化

利用公共数据库中果蝇F1代和栽培水稻基于高通量Illumina测序平台的RNA Seq短序列数据,比较了8个 (ABySS, Velvet, SOAPdenovo, Oases, Trinity, Multiple k, T IDBA and Trans ABySS) 转录组从头组装软件。结果显示,在基于单一k mer和多重k mer方法的两类软件中,Trinity和Trans ABySS分别表现出最好的组装性能,而其它软件性能比较接近。我们还发现基于多重k mer比单一k mer可以组装获得更多的总碱基数目,但是即使利用最好的多重k mer组装软件,所获得的数据质量也比研究人员所期望的要低。鉴于此,我们提出了“ETM”优化方法,将多重k mer方法组合到Trinity中,使其在具有最好的组装性能的基础上兼具了多重k mer的优势,测试结果显示了该方法具有一定的优越性。我们的研究结果为用户选择合适的软件提供了依据,对推动基于高通量Illumina测序的转录组研究具有重要意义。