少根根霉多样化的生长动力学模型

【背景】少根根霉物种内菌株间生理生化指标存在差异,相应的遗传背景不明,不利于少根根霉生产发酵的进一步应用。【目的】探究不同少根根霉菌株温度-生长动力学模型间的差异,为其群体遗传研究奠定基础,为生产菌株的筛选提供依据。【方法】选取来自欧亚各地的纯种少根根霉为实验材料,通过形态学鉴定,以及ITS和IGSrDNA分子系统发育重建进行分子鉴定,采用培养基平板培养直接测量法进行温度-生长动力学分析。【结果】少根根霉温度-生长动力学模型呈现丰富的多样性,与各形态和分子系统发育变种基本不具有相关性。菌株间温度-生长速度曲线具有显著性差异。少根根霉生长抑制低温范围、最适生长温度范围、生长抑制高温范围和致死高温范围分别为4-9、30-37、40-49和40-52°C。菌株XY00454和XY00469具有良好的高温适应性和较快的生长速度,有开发成为工业发酵菌的潜力。【结论】少根根霉物种仍然处于剧烈的演化之中,种内形态、分子和生理分化较为活跃,但尚未形成任何独立的种群。根据温度适应性的数据可以筛选出发酵生产潜力菌株。     

珠江源头入侵种波氏吻虾虎的遗传多样性分析

为了解入侵种波氏吻虾虎Rhinogobius cliffordpopei在珠江源头地区的遗传多样性分布特征及其影响成因,本研究以线粒体细胞色素b(cyt b)基因为分子标记,对珠江源头的9个水库自然种群进行了遗传多样性与遗传分化分析。获得该物种cyt b基因全序列1 141 bp,其中保守位点1 072个,变异位点69个,无插入和缺失位点。96只个体具有5个单倍型,群体单倍型多样性为0.359±0.059,核苷酸多样性为0.021±0.010,表现为低单倍型多样性与高核苷酸多样性的群体遗传特征。以外群子陵吻虾虎R.giurinus、褐吻虾虎R.brunneus和短吻红斑吻虾虎R.rubromaculatus构建的分子系统发育树和网络分支图显示,波氏吻虾虎群体的所有单倍型与外群物种分开,构成一个单系群,并分化为2个明显的系统分支。分子变异分析结果表明,种群间和种群内的遗传变异率分别为62.99%、37.01%,固定指数为0.630(P<0.01),证实波氏吻虾虎群体形成了显著的遗传分化结构。波氏吻虾虎在珠江源头入侵地具有较高的遗传多样性水平与显著的遗传结构,入侵种群可能受到了奠基者事件和遗传瓶颈效应的影响,而多次人为引入和水利大坝的隔离作用可能为该物种扩散分布和积累突变提供了条件。研究结果将为防治波氏吻虾虎的入侵危害及保护土著鱼类物种多样性提供科学指导。     

少根根霉产孢能力、变种与发酵产物的相关性

[目的]探究少根根霉不同生态环境、不同地理位置、不同产孢能力和不同分类学变种的发酵产物多样性及相关性,为工业生产提供指导.[方法]代表性的68株少根根霉菌株于糯米培养基中进行液态发酵,利用高效液相色谱法测定各种发酵产物浓度,计算发酵产物间的Pearson相关系数,通过多因素方差分析和主成分分析解析各类菌株与发酵特性的相...     

西南地区6种魔芋属植物基于cpDNA序列的遗传多样性研究

研究野生作物资源的遗传变异及分化机制对种质资源的收集与改良具有重要意义。魔芋是我国西南地区的特色经济作物,但由于受到人为活动干扰,野生种群不断衰退。为评估西南地区魔芋属(Amorphophallus)野生群体的遗传多样性,探究代表性物种的系统发育地位,该研究利用3个叶绿体DNA(cpDNA)片段,分析了魔芋6个物种的遗传多样性,重建了种间系统发育关系。结果表明:(1)西南地区野生魔芋群体的遗传多样性普遍较低,虽然单倍型多样性(H_d)均值为0.428,但近一半群体只有1个单倍型,6个物种整体水平上的单倍型多样性在0.704到0.983之间。(2)在6个物种间检测到高水平的遗传分化,遗传分化系数(F_ST)值在0.481到0.967之间。(3)系统发育分析表明,选取的27个魔芋种主要聚成3个分支:非洲分支、东南亚分支和东亚大陆分支。疣柄魔芋(A. paeoniifolius)隶属于东南亚分支,而东亚大陆分支A包含花魔芋(A. konjac)和西盟魔芋(A. krausei),东亚大陆分支B由东亚魔芋(A. kiusianus)、滇魔芋(A. yunnanensis)和东京魔芋(A. tonkinensis)构成。生境隔离与人为干扰造成了西南地区野生魔芋群体较低的遗传多样性,魔芋属东亚大陆分支的分化可能与早期的快速扩张和生态适应有关。该研究为西南地区魔芋资源的合理保护、可持续利用和杂交育种提供了参考资料。     

中国薄叶卷柏复合群的物种划分

卷柏属(Selaginella)是石松类植物中最大的属, 也是分类难度较大的类群之一。该属的物种划分主要基于形态特征, 但许多近缘种在形态上很难区分。近年来, 已有大量分子证据被用于各植物类群的分类学研究, 但目前未发现一套适合卷柏属物种鉴定的分子标记。薄叶卷柏复合群(S. delicatula group)是卷柏属下鉴定较为困难的类群, 包括了薄叶卷柏(S. delicatula)、黑顶卷柏(S. picta)和瓦氏卷柏(S. wallichii) 3个物种, 主要分布于亚洲的热带和亚热带地区。为了探讨薄叶卷柏复合群内物种的亲缘关系和评估不同分子标记在卷柏属分类学研究中的应用价值, 本研究对该复合群物种进行广泛取样, 共收集到73个个体, 并选取3个叶绿体基因(rbcL, psbA和atpI)和2个核基因(26S nrDNA和pgiC)片段进行系统树的构建及叶绿体单倍型分析。研究发现, 基于叶绿体和核基因构建的系统发生关系存在冲突: 叶绿体基因树上薄叶卷柏个体分为两个分支(A和B), 薄叶卷柏B分支与薄叶卷柏A-S. picta分支呈姐妹关系, 并且rbcL单倍型分析结果也表明薄叶卷柏A和B两个分支存在明显分化; 而核基因结果则支持该复合群3个物种各自的单系性, 其中, S. delicatula分支与S. picta分支为姐妹群, S. wallichii与S. delicatula-S. picta分支为姐妹关系。在对复合群分布区大量标本的观察以及野外群体调查的基础上, 评估了植株茎和枝的分枝方式、孢子叶、营养叶(侧叶、中叶和腋叶)和孢子表面纹饰等形态性状的分类学价值。结果表明, 薄叶卷柏A和B分支的样本仅在植株分枝方式和大孢子表面纹饰上存在差异, 但无法依靠小孢子表面纹饰、孢子叶穗和营养叶形态等特征进行区分。基于现有证据, 薄叶卷柏复合群至少可划分为薄叶卷柏、黑顶卷柏和瓦氏卷柏3种, 但彻底澄清该复合群的物种划分还需要获取模式标本产地的材料和细胞学证据。最后, 建议在未来卷柏属的分类学研究集中于该属分类复杂的复合群, 结合使用形态学、细胞学、分子生物学(同时使用核基因和叶绿体分子标记)及地理分布等整合证据来进行物种划分。     

云贵高原银星竹鼠的遗传多样性与遗传结构研究

作为一类营地下生活的啮齿动物,银星竹鼠Rhizomys pruinosus具有较高的食用价值和药用价值,已成为我国南方地区特种经济动物养殖业的重点发展物种。以核内重组蛋白激活基因1(RAG1)的基因片段为分子标记,采用分子生物学方法,本研究对来自12个采样点的173个银星竹鼠个体进行群体遗传分析,探讨该物种群体遗传多样性和遗传结构。序列多态性分析结果显示,银星竹鼠RAG1基因部分序列848 bp,共检测出多态性位点18个,其中单突变位点3个,简约信息位点15个。遗传多样性分析表明,173份样本共统计出RAG1基因单倍型11个,单倍型多样性为0.712±0.025,核苷酸多样性为0.002 64±0.003 71,显著低于其他啮齿动物。最大似然法、邻接法和贝叶斯法构建的系统发育树显示,银星竹鼠群体分化为3个分支,其谱系地理格局出现明显分化。同时,分子变异分析结果证实,银星竹鼠种群间的遗传变异极显著高于种群内的,说明该物种存在显著的遗传结构和遗传分化水平。上述研究结果综合表明,银星竹鼠群体的遗传多样性水平较低,遗传分化结构较为显著,这可能与该物种的地下生活方式、扩散能力弱、山脉河流阻隔作用、地质气候事件等因素有关。本研究结果将为云贵高原地区物种多样性、生物多样性保护提供科学的参考依据。     

中国新记录巴克斯霉属Backusella的两个分类单元(英文)

最近在中国十个省市发现了一个新记录属——巴克斯霉属Backusella,包括一个种的两个变种,即卷曲巴克斯霉原变种B.circina var.circina和卷曲巴克斯霉改级光孢变种B. circina var. lamprospora stat. nov. ≡ B. lamprospora。文章对这两个变种提供了形态描述和线条图,还提供了属内区分所有可以承认的分类群的检索表。把这两个分类群从种级降为变种级的理由亦有所讨论。ITS rDNA序列分析表明,卷曲巴克斯霉是一个多系类群,与放射毛霉属Actinomucor、毛霉属Mucor和根毛霉属Rhizomucor有着密切的谱系关系。这一结果暗示目前的卷曲巴克斯霉种的概念较大,可称为广义卷曲巴克斯霉B.circina s.l.;如果仅仅依靠分子数据,很有可能给出错误的分类学鉴定结果。     

中国科学院植物研究所系统与进化植物学开放研究实验室设备开放试行办法

本开放研究实验室以系统与进化植物学和保护生物学为主要方向,涉及生物多样性、系统发育、数量分类学、细胞分类学、居群(群体)生物学,物种生物学和分子系统学等研究领域。现由下列实验室组成:比较解剖与胚胎学实验室、细胞学实验室、同工酶实验室、DNA实验室、数量分类学与信息系统实验室。     

海链藻属一新变种艾伦海链藻肋纹变种

为了澄清海链藻属Thalassiosira的物种多样性, 采用毛细管复洗技术建立了单克隆培养株系。利用光镜和扫描电镜观察形态学特征, 并扩增其核糖体小亚基和大亚基序列, 用于分子系统树的构建。结合形态学和分子系统学数据, 发现艾伦海链藻株系之间存在一定的形态差异和遗传多样性。经过与原始文献的比对, 确认了艾伦海链藻原变种的特征, 并报道了该种的一个新变种艾伦海链藻肋纹变种Thalassiosira allenii var. striata X. H. Guo, Y. Q. Guo & Y. Li。该变种与原变种的形态特征基本相似, 区别在于壳面边缘具有肋纹结构, 原变种则无。基于核糖体小亚基和大亚基的系统树均显示, 肋纹变种与原变种聚在同一个分支上, 形成姐妹支(BPP>0.90), 表明两者之间具有最近的亲缘关系。2个变种的核糖体小亚基序列完全一致, 没有碱基差异。但用于分析的556个核糖体大亚基序列中, 两者存在11个差异碱基, 遗传距离为0.01。     

中国沿海日本囊对虾线粒体16S rRNA基因序列变异及遗传分化

对中国东南沿海4个日本囊对虾地理群体16S rRNA基因片段进行了序列测定和分析.在获得的467bp 序列中,共检测到45个变异位点,多态位点比例为9.64%.具有10种单倍型,三亚群体单倍型多样性最高(0.900±0.161).各群体的核苷酸多样性(π)为0.0007～0.0082,其中三亚群体核苷酸多样性最为丰富,远高于湛江、北海和海口群体.群体间遗传分化指数(F_(st))为0.000～0.945.结合已报道的16S rRNA基因序列,构建了NJ分子系统树,中国海域日本囊对虾可分为3支.香港至台湾沿岸所有单倍型聚集为一分支,湛江、海口和北海群体内的所有单倍型聚集成另一分支,两分支分别属于已报道的变种Ⅰ和变种Ⅱ,但三亚群体内的4个单倍型单独聚集成一分支,与前两分支的核苷酸序列差异大(7.95%～8.35%),遗传分化明显,可能为一亲缘关系很远的新种(或变种).研究结果可为日本囊对虾的资源管理和遗传选育提供参考.     

中国红菇属乳菇状亚组的三个新种

红菇属乳菇状亚组Russula subsect. Lactarioideae是一个形态特征较明显的类群,亚属内部分种类被认为是复合种。在对我国红菇属乳菇状亚组进行的分类学研究中,发现了3个新种：丝黄红菇Russula byssina、奶油色红菇R. cremicolor和白果红菇R. leucocarpa,均产自我国贵州省,生于针叶林下。基于形态详细观察和ITS序列系统发育分析的结果对其进行详细描述,对新种和近缘种间差异进行了比较和讨论,提供了新种与乳菇状亚组和淡孢亚组R. subsect. Pallidosporinae中近缘种的物种检索表。分子系统学结果显示奶油色红菇与Delica-Brevipes分支亲缘关系较近,白果红菇和丝黄红菇隶属于两个独立分支。     

中国南方变绿红菇近似种类“青头菌”的物种多样性

本研究以我国西南、华中和华东部分地区变绿红菇近似种类“青头菌”为研究对象,使用形态学和rDNA ITS区段核苷酸序列分析相结合的方法进行鉴定。结果表明,“青头菌”多数子实体属于变绿红菇Russula virescens复合群,其余子实体为绿桂红菇R. viridicinnamomea、红边绿菇R. viridirubrolimbata和本文描述的新种拟壳状红菇R. pseudocrustosa。在形态特征和ITS核苷酸序列方面,我国变绿红菇近似种R. aff. virescens与欧洲的变绿红菇R. virescens和北美的小变绿红菇R. parvovirescens均存在一定差异。变绿红菇近似种类在亚洲的分布范围较广,物种准确划分尚需进一步深入研究。     

中国云南省间座壳属两个新种

我国间座壳属真菌种类繁多,但对其分类研究滞后。通过对云南省间座壳属标本采集,基于形态学和核糖体内部转录间隔区、β微管蛋白基因、翻译延伸因子基因、钙调蛋白基因和组蛋白基因的DNA序列数据比较进行物种鉴定,描述了分别采集自八角黄皮和可可患病叶片上的间座壳属2个新种——八角黄皮间座壳和可可间座壳,并讨论了其与间座壳属物种的形态和系统发育关系。     

山西关帝山森林群落物种、谱系和功能多样性海拔格局

探索和揭示生物多样性的空间格局和维持机制是生态学和生物地理学研究的热点内容, 但综合物种、系统进化和功能属性等方面的多样性海拔格局研究很少。该文以关帝山森林群落为研究对象, 综合物种、谱系和功能α和β多样性指数, 旨在初步探讨关帝山森林群落多样性海拔格局及其维持机制。研究结果表明: 随着海拔的升高(1 409-2 150 m), 关帝山森林群落物种丰富度指数(S)、谱系多样性指数(PD)和功能丰富度指数(FRic)整体上表现出上升的趋势, 特别是海拔1 800 m以上区域。随着海拔的升高, 总β多样性(β_total)和更替(β_repl)上升趋势明显, 而丰富度差异(β_rich)则逐渐下降。不同生活型植物的物种、谱系和功能多样性海拔格局差异较大。随着海拔的升高, 草本植物S和物种多样性指数(H′)上升趋势高于木本植物。影响草本植物S分布的主要因素是地形因子, 而影响木本植物S分布的主要因素是历史过程。随着海拔的升高, 木本植物β_total上升趋势要比草本植物明显。随着海拔的升高, 木本植物β_repl和β_rich分别表现出单峰格局和“U”形格局, 而草本植物β_repl和β_rich则分别表现出单调递增和单调递减的格局。随着环境差异和地理距离的增加, 群落间物种、谱系和功能β多样性显著增加。环境差异(环境过滤)对木本植物的β多样性具有相对较强的作用; 而环境差异(环境过滤)和地理距离(扩散限制)共同作用于草本植物的β多样性。     

龙牙百合软腐病的病原菌

龙牙百合Lilium brownii var. viridulum是药食同源百合,为江西省主产百合。以采自江西省宜春市万载县龙牙百合生产基地的腐烂组培苗为研究对象,因发病时茎叶甚至整株组培苗腐烂,故定义该病为“软腐病”。本研究对其病原菌进行分离纯化、菌落生长状态、菌丝、分生孢子、产孢结构等形态学观察、致病性检测和多基因位点序列鉴定。根据形态学观察初步鉴定病原菌为Acremonium sclerotigenum。进一步对病原菌的rDNA-ITS、LSU、SSU和β-tubulin多基因位点进行序列分析,发现其与A. sclerotigenum同源性最高并聚为一支。综上所述,确定引起龙牙百合软腐病的病原菌为产核枝顶孢A. sclerotigenum。     

篮状菌属分类概述及三个中国新记录种

篮状菌属真菌在空气、土壤中分布广泛,有些种类是重要的工业酶及色素生产菌,有些则可以引起食品的污染变质,还有些种是引起浅层或散播性感染的条件致病菌,如马尔尼菲篮状菌。篮状菌属在传统分类学上是一个有性型属,随着多相分类以及“一种真菌一个名称”概念的广泛普及,该属的概念已经发生了较大的变化,目前全世界已报道177个种。本文基于国内外最新研究结果,对篮状菌属的分类现状、种的范围和形态学区分等进行了概述,同时基于多基因系统发育树以及形态学观察描述了3个中国新记录种Talaromyces amazonensis N. Yilmaz, López-Quint., Vasco-Pal.、T. chloroloma Visagie & K. Jacobs和T. minnesotensis Guevara-Suarez, Cano & Dania García,并详细比较了它们与模式菌株的形态学差别。     

我国主栽食用菌茶薪菇的物种概念

茶薪菇是我国广泛栽培的一种食药用菌,由于其形态特征与柱状环伞十分相似,分类地位至今尚不明确。本研究采用形态学和多基因分子系统发育分析相结合的方法,研究茶薪菇和柱状环伞的分类问题,结果表明：茶薪菇和柱状环伞是两个不同但亲缘关系密切的物种;在形态上,茶薪菇菌盖颜色浅褐色至深褐色,油茶味浓,菌环较薄易脱落,褶缘囊状体柱状、烧瓶状或纺锤状,易与柱状环伞相区别。因此,提出了该种新组合——茶薪菇Cyclocybe chaxingu,并指定了茶薪菇的新模式（凭证标本为HFJAU1332,保存于江西农业大学真菌标本馆）。     

中国燕山地区地星属2个新种

地星属Geastrum隶属于担子菌门Basidiomycota、伞菌纲Agaricomycetes、地星目Geastrales、地星科Geastraceae,因奇特的外观、生态和医药用价值吸引了国内外真菌工作者的关注.本研究对燕山地区地星种类进行了详细调查,通过形态学观察结合ITS-LSU-rpb1-atp6四基因系统...