不同方法保存的蜜蜂基因组DNA提取的比较

目的:找出适合DNA提取的昆虫标本保存方法。方法:用几种常用的昆虫标本保存方法对蜜蜂处理不同时间后,用蛋白酶K法对其基因组DNA进行提取和纯化,然后对提取产物做琼脂糖凝胶电泳及紫外吸收分析。结果:75%乙醇及冻存处理材料的基因组DNA得率较高,为7.13～8.85μg/g,电泳条带较亮;甲醛处理材料的基因组DNA得率较低,为1.50～3.21μg/g。结论:用75%乙醇及冻存处理蜜蜂较适合于其基因组DNA的提取,不宜用甲醛。     

不同温度及时间对保存血液有效期和质量的影响

目的 :研究不同温度对血液液状保存时保存损伤机制的影响 ,并探讨相应的防范措施。方法 :取 10名健康献血员静脉血 ,混合于CP2D A保存液中 ,均分为 2组 ,分别保存于 0℃和 4℃环境条件下 ,分别于设定的时间 (第2 1d和第 4 2d)以shafiq UR rehman法检测膜磷脂 ,同步法检测Na K ATP酶、纯化PDE法检测CaM、分光光度法检测LPO等指标。结果 :固定温度条件下随时间的延长血液过氧化反应增强 ,保存损伤作用增加 ;同一时期内保存损伤作用随温度的降低而减轻 ,以 4℃组血液老化明显。结论 :血液保存损伤作用随保存期的延长而增强 ,随保存温度的降低而改善 ,并指出血液液状保存所存在的问题与展望。     

不同温度及时间对液状保存血液质量的影响

目的：研究不同温度对血液液状保存时保存损害机制的影响,并探讨相应的防范措施。方法：取10名健康献血员静脉血,置于CP2D－A保存液中,于0℃和4℃环境条件下,分别于设定的时间（第1周末、第3周和第6周末）内取样检测GSH－Px、LPO、TSH、红细胞膜收缩蛋白、膜脂流动性等指标。结果：固定温度条件下随时间的延长血液过氧化反应增强,保存损害作用增加;同一时期内保存损害作用随温度的降低而减轻,以4℃组血液老化明显。结论：血液过氧化反应随保存期的延长而增加,随保存温度的降低而改善,0℃组保存血液的质量优于4℃组。     

不同固定液对Vero E6细胞形态和染色的影响及在病毒噬斑分析中的应用

病毒噬斑形成实验是确定病毒滴度的重要方法,其中噬斑染色是非常关键的步骤,而良好的固定液不仅能够维持细胞形态,也能起到助染作用,是有效识别病毒噬斑的关键因素.为了研究不同固定液对Vero E6细胞形态和结晶紫染色效果的影响,本研究采用五种固定液对Vero E6细胞进行固定(100％甲醇、4％甲醛、10％甲醛、75％乙醇和95％乙醇).以只加PBS缓冲液的细胞作为对照组.细胞固定30 min后利用1％结晶紫进行染色.利用光学显微镜和肉眼观察细胞形态,从而评价固定和染色效果.结果 显示,10％甲醛的细胞固定效果最佳,细胞形态良好,细胞染色均匀且着色深,利用该固定剂能在病毒噬斑实验中很好的识别噬斑,是Vero E6较为理想的固定剂.     

不同保存液和保存期限下肠道微生物组的变化

肠道菌群与人体健康的关系密切,通过检测肠道菌群可以获得有关健康的信息。新鲜粪便不易获得,很难做到快速低温冷冻,在进行标准化和大规模人群采样时,可用于常温条件下采集和保存样本的保存液可以弥补采集样本数量多、地域分布广、现场采样条件多样、工作量大、运输条件差等条件不足。本研究招募了5名健康志愿者,采集他们的粪便样本后,通过对比不同市售微生物样本采集常温保存液对新鲜粪便样本的影响,评估了各类保存液的保存效果。在室温下把粪便放置于5种保存液,在第0、1、3、7、15、30天提取元基因组DNA,进行16S rRNA V3–V4区高通量测序,来分析不同保存液,在不同时间段对肠道菌群组成的影响。结果显示,不同保存液对肠道菌群的影响存在差异,与对照组相比,不同保存液对样本中的OUT数量影响不大;保存液A、B和C在菌群构成上更接近对照组,保存液D会明显改变肠道菌群组成,使放线菌门 (Actinobacteria) 和厚壁菌门 (Firmicutes) 增加;随着时间延长,各类保存液都有降低菌群多样性趋势,保存液E降低菌群多样性更明显;第30天时,5种保存液都会改变肠道菌群构成;肠道菌群组成存在个体差异,是影响各样本相似性的主要因素,来自不同志愿者的粪便样本,无论何种保存液和保存时间,彼此之间更接近。不同保存液对革兰氏阳性杆菌、革兰氏阳性球菌和革兰氏阴性菌的含量存在不同影响,保存液C、E会降低双歧杆菌 (Bifidobacterium) 丰度,而保存液D则相对升高;除保存液E相对降低乳酸杆菌 (Lactobacillus) 丰度之外,保存液A、B、C、D与对照都相当。各类保存液对链球菌 (Streptococcus) 的影响,除保存液D差异较大之外,保存液C与对照组最接近;保存液D比对照组降低瘤胃球菌科UCG 003 (Ruminococcaceae UCG 003),其他各类保存液与对照组差异不大;不同保存液都比对照组增加大肠-志贺氏杆菌 (Escherichia-Shigella) 丰度,保存液A、B会增加克雷伯氏菌 (Klebsiella) 丰度,而保存液C、D和E与对照组相当。整体来看,保存液C在稳定肠道菌群的组成上表现较好。文中通过对比国内外常用保存液在不同时间点对肠道菌群的影响,为进行大规模微生物样本采集、保存提供了参考,也为标准化的微生物组项目提供了可参考的数据。后续的研究可在此基础上选择针对性的保存液和保存时间。     

不同保存方式下蝗虫组织DNA的提取及RAPD分析

为了开展蝗虫分子系统学研究,分别对冷冻、乙醇浸泡(100%、乙醇、70％乙醇)和干制蝗虫标本用饱和NaCl法进行了基因组DNA的提取,并用随机引物进行扩增,结果表明：70％乙醇固定的标本和部分干标本提取的总DNA得率较低,在琼脂糖凝胶电泳检测中大音琏分有明显降解,导致PCR扩增中信息缺失,甚至无扩增条带;而保存完好的干标本、-20℃冷冻标本和100%,乙醇浸泡标本提取的总DNA带型整齐,无拖尾,PCR扩增结果的稳定性好,成为蝗虫分子系统学研究中首选的三种保存方式。     

一种提取动物基因组总DNA的野外样品保存方法

为了确定一种方便的野外动物样品保存方法,以新鲜材料作对照,从-20℃冰箱、70%乙醇、含50mmol/L EDTA的70%乙醇、95%乙醇、液氮处理的高原鼠肌肉和肝脏组织中提取基因组总DNA。通过琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计对提取的基因组总DNA质量进行检测。结果显示:相同处理的肝脏DNA产量大,肌肉组织提取的DNA质量好;各种保存方法提取的DNA降解程度依次为,-20℃冰箱、70%乙醇>含50mmol/L EDTA的70%乙醇、95%乙醇>液氮>新鲜。选择新鲜肌肉和95%酒精处理的肌肉样品提取的总DNA作模板,进行微卫星PCR扩增,均可获得清晰的电泳带。将该方法用于高原鼢鼠,进行线粒体12S rRNA、Cytb和D-loop区测序,结果显示该方法保存的样品与新鲜样品没有差别。因此,在野外用95%乙醇固定肌肉样品是一种可行的样品保存方法。     

符合大肠癌早期无创分子诊断要求的粪便DNA样本贮存条件考察

目的:考察在不同温度下储存时间和反复冻融对粪便中人基因组DNA含量的影响。方法:1.将粪便样本在室温、4℃、-40℃和-70℃条件下分别放置不同时间和-40℃条件下保存并反复冻融后,使用QIAamp DNA Stool Mini Kit试剂盒提取得到粪便DNA,通过实时荧光定量PCR体系对人KRAS基因定量确定人基因组DNA含量,评价粪便样本不同冻存条件对其中人基因组DNA含量的影响。2.将粪便DNA样本在4℃和-40℃条件下分别放置不同时间和-40℃条件下保存并反复冻融后,评价粪便DNA样本不同冻存条件下对其中人基因组DNA含量的影响。结果:1).粪便样本常温放置2小时,其中人基因组DNA即发生明显降解(P0.01),4℃可保存3天左右,-40℃可保存4周,-70℃可保存3个月以上,粪便反复冻融第3次,其中人基因组DNA降解具有统计学意义(P0.05)。2).粪便DNA 4℃可保存3天,-40℃可保存4周,粪便DNA反复冻融第4次,其中人基因组DNA降解具有统计学意义(P0.05)。结论:符合大肠癌早期无创分子诊断要求的粪便DNA贮存条件:粪便样本室温收集后尽快保存;短期可处理的粪便样本存放在4℃条件下(3天内);暂无法处理则存于-40℃(1个月内);粪便样本长期保存在-70℃条件下,可保存3个月。     

甲醛固定石蜡包埋组织4种DNA提取方法的比较分析

本研究以10例甲醛固定石蜡包埋组织（FFPET）作为疑难检材,将其制成蜡膜,分别以二甲苯-Chelex100法、脱蜡液-Chelex100法、脱蜡液-Vazyme FastPure FFPE DNA Isolation试剂盒（简称FP试剂盒）、脱蜡液-北京天根石蜡包埋组织基因组提取试剂盒法（简称天根试剂盒）提取DNA,进行紫外分光光度计测定（浓度、纯度）及短串联重复序列（STR）分型检测（23个常染色体）,通过比较分析FFPET在4种不同提取方法中的提取质量、STR分型质量和检出率,从而寻求一种高效简便、经济实用、方便快捷的甲醛固定石蜡包埋组织中DNA提取方法。结果表明：应用4种方法提取的石蜡包埋组织蜡膜DNA经紫外分光光度计测定后显示,应用2种Chelex100法提取的DNA浓度高于2款试剂盒,试剂盒提取的DNA的纯度优于另外2种方法,以上差异均具有统计学意义（P<0.05）;FP试剂盒提取DNA的平均浓度和纯度均优于天根试剂盒,无显著性差异（P>0.05）;STR分型普遍存在不同基因座和同一基因座不同等位基因之间的扩增不均衡,呈现前高后低状态;STR平均检出率为FP试剂...     

3种粪便标本保存方法对肠道菌群检测结果影响的比较研究

比较3种粪便标本保存方法对肠道菌群检测结果的影响,为采集粪便标本后短期保存方法的选择提供参考。收集10名志愿者的新鲜粪便标本,对每份标本分别采用4℃、室温(25℃)、无水乙醇保存4 h,然后统一放入-80℃低温冰箱冻存。随后进行细菌DNA提取,并对16S rRNA V4区基因进行扩增,应用Illumina MiSeq平台进行高通量测序,比较3种保存方法下肠道菌群多样性和组成差异。结果表明,3种保存方法下,肠道菌群在Alpha多样性方面无统计学差异(P0.05)。肠道菌群属水平比较,毛螺旋菌属(Lachnospira)在无水乙醇组中相对丰度高于4℃组和室温组(P0.05),萨特菌属(Sutterella)在无水乙醇组中相对丰度高于4℃组(P0.05),而真杆菌属(Eubacterium)在无水乙醇组中相对丰度低于室温组(P0.05)。PCoA分析发现,当UniFrac距离加权后,4℃和无水乙醇保存同一受试者粪便标本,菌群结果较为接近,而室温保存会导致个别受试者菌群出现离散现象。无水乙醇短期保存粪便标本,肠道菌群多样性、组成以及结构保持稳定,能满足不同研究的需要。此外,无水乙醇具备价格低廉、便于携带等优点。因此,在新鲜粪便标本不能立即低温冻存时,无水乙醇保存可以作为首要选择。