广西药用野生稻遗传多样性分析及SSR引物数量对遗传多样性结果的影响研究

采用25对SSR分子标记,对广西境内采集的1610份药用野生稻材料进行遗传多样性和聚类分析,其中检测到等位变异181个,有效等位基因数Ae范围为1.0094(RM240)~2.2674(RM488),平均值为1.3568;期望杂合度He范围为0.0093(RM240)~0.5591(RM448),平均值为0.2112;Shannon多样性指数I在0.0393~0.9296之间变动,平均值为0.3624。数据表明,广西药用野生稻遗传多样性较为丰富,12个药用野生稻地理居群按遗传多样性指数大小排序为:梧州-3南宁-1梧州-2梧州-1南宁-2玉林-2贵港-2梧州-4玉林-3玉林-1贺州贵港-1,其中指数高的居群均分布于梧州市和南宁市两地,因此确定了这两地为广西药用野生稻的遗传多样性中心。通过不同数量的SSR引物对药用野生稻材料间相似系数矩阵进行相关性测验,结果显示当引物按照PIC值降序排列时,10对引物即达到较好聚类效果,升序排列时,21对引物即达到较好聚类效果。研究表明,在进行药用野生稻大居群聚类分析时,SSR引物适宜数量应多于21对,最低不得少于10对。     

用RAPD标记评估我国棉花品种遗传多样性

利用ＲＡＰＤ标记对１７个不同来源的我国棉花品种（系）进行遗传多样性评估。２００个随机引物扩增出１１３条多态性片段。１７个品种（系）依据染色体组的不同可以分为３大类。它们之间遗传相似性系数从０．２０００到０．８４５１。３个大面积推广品种鄂荆１号,中棉所１２号和苏棉３号遗传基础十分相近。陆地棉与阔叶棉杂交产生的野生种质系７５８１,与其他陆地棉品种（系）遗传差异显著。不同育种单位在育种过程中种质使用具有     

缢蛏遗传多样性的RAPD分析

用RAPD(Random amplified polymorphic DNA)技术对大连的养殖缢蛏(Sinonovaeula constrict)群体35个个体的遗传多样性进行了分析。结果表明,14个随机引物,平均每个引物扩增出6条带;共检测到的86个位点,其中多态位点数为43个(占50.0%);个体间遗传距离在0.1503～0.3768之间,平均遗传距离为0.2107;16号和25号缢蛏个体聚类成一大类,另33个缢蛏个体聚成一大类。     

8份广西产绞股蓝种质的RAPD引物筛选及其遗传多样性分析

本研究的目的在于筛选合适的RAPD随机引物,应用RAPD技术对药用植物绞股蓝进行遗传多样性分析,并构建DNA指纹图谱。研究结果表明,我们利用生物信息学方法挑选出的20条引物中有19条引物的扩增条带清晰且多态性好;在清晰稳定出现的354条带中,294条具有多态性;其中有3条引物的扩增条带可清楚区分绞股蓝与混淆品种乌蔹莓,可建立其DNA指纹图谱。按UPGMA法进行聚类分析,计算其遗传相似系数,结果显示,8份绞股蓝供试材料聚为两类,聚类结果与其地理区域远近和生长环境一致。本研究中筛选出的19条引物适用于绞股蓝遗传多样性分析,且获得的DNA指纹图谱可用于鉴别绞股蓝。     

桃遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD技术,利用200个引物筛选的22个10碱基随机引物对桃182个变种,类型,品种进行DNA扩增。对扩增位点上的带型分析,观察到有的引的在某一位点上明显有带的分离,且S65,S459,S167,S60引物在这一位点可以包含一个类群或几个类群全部的供试品种,变种或类型,但各类群都没有各自独特的特征带。聚类图分析表明,来源无性系的品种遗传一致度最大达0．990;有的品种也表现出较大遗传一致度的为0．985;也有的品种的遗传一致度较低,范围在0．686－0．831之间。对桃的分类,以水蜜桃,寿星桃,垂枝桃作为类群划分较明晰,其它品种的类群划分则较困难,从而也说明了原产中国的桃种质资源的遗传多样性丰富。     

乌龟遗传多样性的RAPD分析

运用RAPD技术对乌龟的遗传多样性进行了分析。用20个随机引物对24个个体的基因组DNA进行了PCR扩增,一共扩增出3288条DNA片段,平均每个个体扩增出137条带。在检测到的137个位点中,多态位点数为119个,占869%,标记的分子量在0.2kb-3kb之间。个体间最大的遗传距离为0467,个体间最小的遗传距离为0168。24个个体的平均遗传距离为0324+00631。表明乌龟的遗传多样性水平较高。采用类平均聚类法(NJTREE)构建了24个个体相互关系的分支图。24个个体被分为几个类群,显示种内遗传差异较大,可能存在不同种群。本研究为乌龟的种质保护、合理开发利用以及选择育种提供了新的分析参数。     

多叶重楼遗传多样性的RAPD分析

应用RAPD技术检测了多叶重楼(Paris polyphyfzo)2个变种4个居群的遗传多样性,并与1个凌云重楼(P．cronquistii)居群进行了比较。选择的16个随机引物在5个居群中共检测到246个多态位点。在居群水平上,滇重楼2个居群的多态位点百分比(PP鳓分别为57．43％和54．67%,Shannon指数分别为0．3080和0．2830;七叶一枝花2个居群的PPB分别为56．33％和57．75%,Shannon指数分别为0、3080和0．3293。在变种水平上,滇重楼的PPB为75．14％,Shannon指数为0．3922,遗传分化系数(Gst)为0．3085;七叶一枝花的PPB为80．31％,Shannon指数为0．3992,遗传分化系数(Gst)为0．3726;在种的水平PPB达92．05%,遗传分化系数Gst达0．5151。聚类分析显示滇重楼和七叶一枝花有较近的亲缘关系,而与凌云重楼遗传距离较远。此结果从分子水平上支持了过去将滇重楼和七叶一枝花划分为1个种下2个变种的形态分类观点。     

宁夏枸杞遗传多样性的RAPD分析

利用13个经筛选在样品间具多态性的10碱基随机引物,对宁夏枸杞(Lycium barbarum L.)4个主要栽培品种及3个宁夏野生枸杞的总DNA进行PCR扩增。在样品间共产生123条RAPD标记带,其中多态性带68条,多态性百分比为55.28%;以Ntsyspc2.1软件计算样品间的遗传相似系数,并进行UPGMA聚类分析。结果表明宁夏枸杞栽培品种间遗传关系较近,特别是宁杞1号和宁杞2号,相似性系数达81.82%;而野生枸杞与栽培品种间遗传关系较远。     

苍术DNA分离及RAPD遗传多样性分析

用新鲜的或－７５℃保存的苍术〔Ａｔｒａｃｔｙｌｏｄｅｓｌａｎｃｅａ（Ｔｈｕｎｂ．）ＤＣ．〕叶片提取ＤＮＡ,产量分别为４０ｎｇ／ｍｇ鲜重和１０ｎｇ／ｍｇ鲜重左右,分离出的ＤＮＡ的ＯＤ２６０／ＯＤ２８０值均大于１９,可用于ＲＡＰＤ试验。用８种引物对苍术４个居群的ＤＮＡ进行扩增,单个１０碱基的引物扩增出的ＲＡＰＤ标记在１～１５之间,多态位点百分率南苍术为４７５０％,北苍术为４５４０％,遗传相似度值南苍术为０８５,北苍术为０８７。结果表明,南苍术的遗传多样性略高于北苍术。     

应用RAPD标记技术对树鼩遗传多样性的分析

目的建立树鼩RAPD（random amplified polymorphic DNA）遗传标记分析方法,了解中缅树鼩种群的遗传多样性。方法采用PCR技术对40条随机引物进行优化,筛选出能有效用于树鼩群体遗传分析的RAPD位点,对48只树鼩个体的基因组DNA进行PCR扩增,并应用Popgene 1.32与RAPDistance Package Version 1.04等软件进行数据处理,分析树鼩的群体遗传特性。结果20个RAPD引物共检测到113个位点,平均每个引物可扩增出5.65个位点,其中多态位点数为69个（占61.1%）。个体间的遗传相似系数平均为0.8307,个体间遗传距离在0.09-0.27之间,平均遗传距离为0.1693。雄性群体的遗传多态度（H0）（0.1864）略高于雌性群体（0.1470）,平均遗传多态度（Hpop）为0.1667;树鼩遗传多态度所占的比例在群体内为48.29%,而雌、雄群体间为51.71%。NJ法进行聚类分析得出T15、T33和T47号树鼩个体聚类成一大类,其余45只树鼩个体聚成另一大类,雌、雄个体呈相互交叉现象。结论实验所筛选的随机引物可有效用于中缅树鼩种群的遗传结构分析。本树鼩群体具有较好的遗传多样性。     

海南主要普通野生稻的调查及利用RAPD技术进行鉴别分析

通过对海南现存的主要普通野生稻资源进行考察,报道了海南主要普通野生稻的最新生存状况;并用RAPD技术对其进行分析。从供试材料中筛选出具有多态性的RAPD引物13条,共扩增出155条带,其中多态性条带120条,多态性条带比率(PPB)值为77.42%。UPGMA聚类结果表明:海南主要普通野生稻之间遗传关系较复杂、差异较明显,并将海南主要普通野生稻资源划分为5个小类群,可以很好地将海南本地野生稻与收集保存的野生稻鉴别开来,为海南普通野生稻资源的合理利用与有效保护提供了重要依据。     

应用随机PCR方法鉴定一株真养产碱杆菌

采用随机引物PCR技术从新建细胞培养室空气中获得一段长414bp的片段,通过克隆测序及序列分析,结果表明所测序列与真养产碱杆菌主要参考菌株的同源性分别高达79%-83%,由其推导的氨基酸序列与真养产碱杆菌主要参考菌株的同源性高达86.4%-89.1%,从而确定所分离菌株为真养产碱杆菌。     

采用RAPD标记探讨瓣蕊唐松草(毛茛科唐松草属)的遗传多样性及其地理分布格局

采用随机扩增多态DNA(RAPD)标记对瓣蕊唐松草(Thalictrum petaloideum L.)(毛莨科)11个居群246个体的遗传多样性及居群遗传结构进行了检测.20个随机引物扩增出125个用于分析的条带.结果表明:瓣蕊唐松草在物种水平上具有极高的遗传多样性,多态条带比率(PPB)为96%,Nei的基因多样度(h)为0.3502,Shannon多样性指数(I)为0.519 9;居群间分化比较明显,基因分化系数(GsT)为0.351 1,分子方差分析(AMOVA)表明居群间遗传变异占总遗传变异的38.88%;根据条带频率与平均分类距离和Nei遗传距离分别进行UPGMA聚类,结果基本一致,并且反映出与该种地理分布有一定相关性;长江流域分布的两个居群表现出较高的相似性,并与北方分布的各居群构成独立的两支,显示出这两个居群的特殊性,从而对该物种独特分布区成因是由于冰退回迁造成的观点提供了一定的支持.     

采用RAPD标记探讨瓣蕊唐松草(毛茛科唐松草属)的遗传多样性及其地理分布格局(英文)

Random amplified polymerphic DNA(RAPD)method was applied to assessg enetic variation and population structure of Thahctrum petalotdeum L(Ranunoulaceae),Two hundred and forty-six individuals from 11 populations of the species were investigated by RAPD profiles Twenty selected RAPD primers generated 125 bands．in which 120 were polymorphic Ther esults revealed a high level of genetic variation(ercentage of polymorphIc bands(PPB was 96％．Nei’s gene diversity(りwas 03502 and shannon’s information index(I) was 0．5199 at the species level) The differentiation among the populations was high(Gst=0．3511)in this species．Result of analyzing of molecularvariance(AMOVA)showedthat38．88％of genetic variance was found among the populations Positive correlation withr r=01945(P=00002)was found between genetic distance and geographic distance amongpo pulations Two populations distributed in the drainage basin of YanELz River affined genedcally and formed one clada and the rest nine populations formed the other clade in both unweighted pair-group method using arithmetic average(UPGMA)trees made by two different method different methods. It was yen/clear that these two populations were very special, andmust be closely related in history, despite the fact that they now share quite weak link to the restpopulations through gene communication.     

有性生殖对栗疫病菌群体结构的影响

采用RAPD方法对来源于栗疫病菌8个不同子囊壳的子囊孢子后代和无性生殖的对照群体各23个菌株进行了群体结构的比较。从RAPD随机引物中筛选出扩增多态性丰富的4条引物,共扩增出条带73条,多态性检测率为100%。研究结果表明,在8个子囊壳和无性生殖群体中的基因多样性,64.27%由群体内部引起,只有35.73%的多样性由群体之间的基因差异引起。各子囊壳群体间存在的基因流动很小(Nm=0.8994)。有性群体和无性群体之间的遗传距离为0.1389,基因流动值为3.4212,说明子囊壳群体和无性生殖群体之间存在一定的系统关系。分析表明栗疫病菌子囊孢子后代在自然界的传播对自然界的病菌的多样性起重要的作用。     

真鲷自然群体和人工繁殖群体的遗传多样性

采用RAPD技术对真鲷野生群体及人工繁殖群体各23个个体进行了DNA多态性检测。实验选取OPK组16个10 bp随机引物用于两群体的遗传多样性分析。在野生群体和人工繁殖群体中分别获得131和123条扩增片段,两群体的多态片段比例分别为62.60%和54.47%,平均杂合度分别为0.4786和0.3633,可见真鲷野生群体及人工繁殖群体的遗传多样性较为丰富,在选择育种和遗传改良方面具有较大的潜力。人工繁殖群体的多态片段比例和平均杂合度都低于野生群体,意味着在生产过程中要采取行之有效的管理保护措施以避免或减少遗传多样性水平的降低,确保真鲷增养殖业的可持续发展。     

应用RAPD分子标记技术探讨3种石斛属植物的种间关系

采用RAPD分子标记技术,分析了金钗石斛、铁皮石斛和齿瓣石斛三种石斛属植物的种间关系。10个引物产生的113条DNA扩增片段中,106条（93.81%）具有多态性,利用113个RAPD标记,计算遗传距离,利用非加权组平均法建立聚类图。结果表明,RAPD标记技术较好地从分子水平揭示金钗石斛、铁皮石斛和齿瓣石斛三种石斛属植物的遗传背景、亲缘关系,并为后期在DNA水平上对药用石斛的开发利用提供资料。     

濒危植物浮叶慈姑遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD分子标记技术,对内蒙古二卡河(EK)和黑龙江库都尔(KDE)的浮叶慈姑居群进行了遗传多样性分析。 从60个随机引物中筛选出14个引物对2个居群共48个样品进行扩增,得到93条清晰的条带,其中70条具有多态性,即物 种水平上的多态位点百分率(PPB)为75.27%。POPGENE分析结果表明:二卡河居群的PPB为66.67%,库都尔居群的PPB 为72.04%。两个居群间基因分化系数(Gst)为0.0628,即遗传变异有很大一部分是来自居群内(93.72%)。结合相关的分析 表明生态学因素可能是浮叶慈姑濒危的主要原因。