斑点叉尾鮰Cbx基因家族的全基因组鉴定与进化分析

利用Cbx家族基因高度保守的Chromo结构域氨基酸序列作为种子序列,检索斑点叉尾鮰(Ictalurus punetaus)基因组注释的蛋白数据库,共鉴定分离出14个Cbx基因。并在全基因组水平对斑点叉尾鮰Cbx基因家族进行了保守结构域序列、进化、基因结构、染色体定位的系统分析。本研究中鉴定出的斑点叉尾鮰Cbx家族基因蛋白序列与已知的人类、小鼠、鸡、斑马鱼等物种Cbx蛋白序列构建系统进化树。根据系统进化树分析结果,14个斑点叉尾鮰Cbx基因分成两个亚族,5个隶属于Hp1s亚族,9个隶属于PcGs亚族。Cbx基因主要分布于斑点叉尾鮰7条染色体中,且呈不均匀分布。本研究对于后续斑点叉尾鮰Cbx基因家族深入的功能验证及分子作用机制研究具有重要的意义,也为日益丰富的水产基因组资源的挖掘利用提供了参考。     

斑点叉尾鮰源普通变形杆菌的分离、鉴定及药敏特性

【目的】对患病斑点叉尾鮰进行病原菌分离、鉴定及药敏实验,为斑点叉尾鮰肠道坏死病的防控提供参考。【方法】从患病斑点叉尾鮰病灶、肝、脾和肾分离纯化病原菌,经理化特性测定及16S rRNA基因序列分析对其进行鉴定,开展人工感染试验,并利用纸片扩散法进行药敏特性分析。【结果】分离菌株k1为本次引发斑点叉尾鮰病害的致病菌,其对斑点叉尾鮰的LD50为2.82×10~5 CFU/g。菌株k1理化特性与普通变形杆菌Proteus vulgaris基本一致,16S rRNA基因序列与普通变形杆菌相似性最高,综合判定分离菌株为普通变形杆菌。分离菌株k1对环丙沙星、头孢唑林及头孢拉定等12种抗生素高度敏感,对苯唑西林、阿莫西林及痢特灵等7种抗生素耐药。【结论】分离菌株k1是斑点叉尾鮰病原菌,养殖时可选用庆大霉素及氟苯尼考等药物进行防控。     

基于微卫星标记的斑点叉尾鮰家系鉴定技术及应用

研究旨在建立准确、高效且经济的斑点叉尾鮰(Ictalures punctatus)家系亲缘鉴定体系, 以期为斑点叉尾鮰的遗传评估及家系育种提供科学依据。选用10对具有较高多态性SSR标记, 建立两个5重PCR反应体系。应用建立的斑点叉尾鮰家系亲缘鉴定体系对来源于13个全同胞家系和8个半同胞家系的333尾个体进行亲权鉴定。结果表明: 10个位点平均等位基因数为9.8、平均观测杂合度0.8591、平均期望杂合度0.8092、平均多态信息含量0.7845; 3种情况下的累积排除概率分别为: 0.99996806、0.99833267和0.99999998; 验证群体的鉴定结果与系谱高度一致, 真实鉴定率达到99.1%, 子代与父母本三者之间配对平均LOD值介于13.30—24.70, 且置信度均达到95%。研究选择的微卫星位点等位基因数目较多, 多态性较高, 可以快速、准确地对斑点叉尾鮰混养群体进行家系鉴定。     

斑点叉尾鮰巨噬细胞移动抑制因子(MIF)基因多态性及表达分析

巨噬细胞移动抑制因子(MIF)是一类主要由T细胞产生、负责机体在环境协迫和炎症反应中进行免疫应答的细胞因子。根据斑点叉尾鮰MIF基因EST序列,应用RACE技术克隆了MIF 3'UTR和5'UTR序列,利用Genome Walking技术克隆了MIF启动子序列,通过特异PCR克隆MIF内含子序列,并对多个体MIF基因组序列进行多态性分析,利用荧光定量PCR研究MIF的组织分布。结果显示,斑点叉尾鮰MIF基因组序列共3 918 bp,其中编码区348 bp,编码115个氨基酸,5'UTR为70 bp,3'UTR为434 bp,启动子为1 382 bp,共有2个内含子,分别为243 bp和1 441 bp。MIF基因组序列中包含4个重复单元序列和60个多态性位点,其中共有6个SNP位于转录因子结合位点上。斑点叉尾鮰MIF mRNA在肠中表达量最高,肌肉中表达量最低。     

斑点叉尾鮰鱼油脂成分分析

采用铁锅炼制提取斑点叉尾鮰内脏鱼油,然后加酸使其甲酯化,以气相色谱/质谱法分析鱼油中的脂肪酸.结果斑点叉尾鮰内脏纯油脂中鱼油达到99%.从鱼油中共鉴定出15种成分,有饱和脂肪酸及不饱和脂肪酸,还有少量烷烃类物质.不饱和脂肪酸含量为76.40%,其中多不饱和脂肪酸为18.03%,以C18∶ 2(16.23%)为主,单不饱和脂肪酸为58.37%,以C18∶ 1(54.88%)为主.饱和脂肪酸含量为20.91%,主要有C16∶ 0 (15.84%)和C18∶ 0(4.29%),多是低于C18以上的中长链脂肪酸.因此斑点叉尾鮰油脂可作功能性脂肪酸的重要膳食来源.     

斑点叉尾鮰LEAP-2和NK-lysin抗菌肽在毕赤酵母中的串联表达

[目的]合成密码子优化的斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)LEAP-2与NK-lysin成熟肽的串联基因(LN),构建真核重组表达载体p PICZαA-LN,实现LN在毕赤酵母中的重组DNA表达并对其纯化。[方法]参考编码斑点叉尾鮰LEAP-2和NK-lysin成熟肽的c DNA序列,根据毕赤酵母(Pichia pastoris)的密码子偏爱性,优化合成LEAP-2与NK-lysin成熟肽的串联基因LN,两者之间通过α因子信号肽酶切位点对应的核苷酸序列连接;选择表达载体p PICZαA,构建重组表达载体p PICZαA-LN;电转化至毕赤酵母X-33,29℃、p H 6.0条件下,采用1.0%甲醇诱导表达目的蛋白;采用阳离子交换层析对表达产物进行分离纯化。[结果]Tricine-SDS-PAGE分析显示,培养72 h的表达产物经阳离子交换层析,获得了重组体LEAP-2成熟肽、NK-lysin成熟肽和两者的串连表达物;LEAP-2成熟肽的分泌表达效率较NK-lysin成熟肽的高。[结论]实验构建了斑点叉尾鮰LEAP-2与NK-lysin串联基因的真核重组表达载体,并在毕赤酵母X-33中成功表达。     

基于重组毕赤酵母的斑点叉尾鮰β-防御素表达

β-防御素是斑点叉尾鮰Ietalurus punetaus抵御病原微生物侵染的首要蛋白质免疫因子,其一级结构包含氨基端24个氨基酸组成的信号肽和羧基端43个氨基酸组成的成熟肽,该成熟肽赋予β-防御素的生物学活性。文中首次构建了产斑点叉尾鮰β-防御素的毕赤酵母Pichiapastoris重组菌株,实现了基于真核表达的斑点叉尾鮰β-防御素的生物合成。首先通过RT-PCR从斑点叉尾鮰皮肤中分离β-防御素成熟肽基因"IPBD",将其与表达载体p PICZαA连接并转入毕赤酵母X-33后,获得重组毕赤酵母菌株;经含1 000μg/m L博来霉素的培养基筛选,获得高拷贝重组菌株。以BMM培养基(无氨基氮源培养基)替代BMMY培养基(含氨基氮源培养基),对重组菌株的发酵培养条件进行优化,确定其产斑点叉尾鮰β-防御素的最适条件为:28℃、250 r/min、1.0%甲醇诱导表达96 h。重组菌株产物经镍离子亲和层析获得分子量为5.98k Da的纯化蛋白,基于MALDI-TOF-TOF的质谱分析证明该纯化蛋白为重组IPBD。抑菌活性测定结果表明重组IPBD对革兰氏阳性的金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus、单增李斯特菌Listeria monocytogenes以及革兰氏阴性的铜绿假单胞菌Pseudomonas aeruginosa的抑菌率分别为69.6%、71.6%和65.8%。本研究为鱼类来源天然小分子抗菌肽的开发提供了可参考的重组DNA技术。     

斑点叉尾鮰病毒实时荧光LAMP检测方法的建立

斑点叉尾鮰病毒(Channel catfish virus,CCV)属于大DNA病毒,是一种能引起斑点叉尾鮰(Letalurus punetaus)病毒性疾病的重要病原.研究以编码产物为磷酸激酶的CCV ORF77基因为靶标,设计了能识别靶基因上的8个独立区域的6条特异引物,利用基于环介导等温扩增技术(Loop-med...     

饥饿对小规格斑点叉尾鮰体重及鱼体生化组成的影响

将180尾初始体重为（41.9 ± 0.5）g的斑点叉尾鮰放养于18个室内容积为300L的水族箱中进行饥饿处理12周,每箱放10尾,每2周取样一次,研究长期饥饿胁迫下斑点叉尾鮰生长和鱼体生化组成的变化,尤其是肌肉氨基酸和脂肪酸组成的变化。实验结果表明：斑点叉尾鮰的体重、肥满度、脏体比、肝体比和脂体比随着饥饿时间的延长显著降低（p < 0.05）;饥饿过程中全鱼的蛋白质、脂肪含量显著下降（p < 0.05）,水分含量显著增加（p< 0.05）,而灰分含量变化不大;肌肉中蛋白质含量前6周变化不显著（p > 0.05）,而6周后显著降低（p < 0.05）,脂肪、糖原和灰分含量随着饥饿时间的延长显著降低（p < 0.05）,水分含量显著增加（p < 0.05）;肝脏中的蛋白质和水分含量随饥饿时间的延长显著上升（p < 0.05）,粗脂肪和糖原的含量则显著下降（p < 0.05）;在12周的饥饿时间内,总的必需氨基酸所占的百分比变化不显著（p > 0.05）,而总的必需氨基酸和总的非必需氨基酸的比值显著增加（p < 0.05）;斑点叉尾鮰肌肉中总饱和脂肪酸、总单不饱和脂肪酸和n-6 系列脂肪酸的百分含量显著下降（p < 0.05）,而总的n-3系列脂肪酸含量显著增加（p < 0.05）。n-3/n-6脂肪酸的比值随饥饿时间的延长而显著升高（p < 0.05）。以上结果说明：斑点叉尾鮰在饥饿条件下优先动用机体的贮存性物质（脂肪和糖原）作为能源的供给物,而后才被迫动用组织或器官中的功能性物质蛋白质;长期饥饿胁迫下斑点叉尾鮰优先保留必需氨基酸及EPA、DHA等高度不饱和脂肪酸。     

不同地区斑点叉尾鮰种内遗传多样性分析

采用RAPD方法对来源于美国三个地区的30条斑点叉尾鮰进行遗传多样性的分析。对60个随机引物进行筛选,选出能够区分地区内以及地区间种群遗传多态性的引物。通过统计学的方法计算分析得出三个地区各自种群内遗传相似率,德克萨斯州为82.52%,阿纳巴马州为80.46%,密西西比州为83.71%。对地区之间种群的遗传分化情况进行t检测分析得出三个地区之间斑点叉尾鮰种群的遗传特性各不相同,其中差异最大的是阿纳巴马州和密西西比州,差异最小的是德克萨斯州和密西西比州。