低背景、高分辨率PAGE简易银染法

聚丙烯酰胺凝胶电泳银染一直存在耗时长、步骤繁琐等缺陷, 是其批量应用的瓶颈。文章报道了一种低背景、高分辨率的PAGE简易银染方法, 该法在降低NaOH浓度和批量显带方面进行了有益的探索, 建立了节省时间、节约试材, 对批量显带尤为实用的简易银染法。     

双梯度超薄胶PAGE分离DNA及其银染与回收

双浓度梯度超薄胶PAGE分离DDRT-PCR扩增产物表明,在30cm长的凝胶板上能清晰分辨长度仅差1bp的DNA,清楚的显示出100多条分离谱带,并可直接从银染PAGE胶中回收DNA谱带。     

有效分离1kDa小肽的Tricine-SDS-PAGE方法

为了建立能有效分离 1kDa的特小分子肽的Tricine SDS PAGE方法 ,调整分离胶中聚丙烯酰胺凝胶的分子组成 ,使致密胶中丙烯酰胺和双丙烯酰胺的交联度为 5 %,并加入 36 5 %的尿素 ,用于分离小至 1kDa的小分子肽 ,并与常规的SDS PAGE和先前报道的Tricine SDS PAGE相比较。结果改进的致密胶可以有效分离分子量小至 1kDa的小肽 ,明显优于常规的SDS PAGE和现有的Tricine SDS PAGE方法。     

陈旧皮张中DNA提取的新方法

对传统的馆藏陈旧皮张标本DNA提取方法进行了改进,所提DNA分子量可达1kb,而且具有样品用量少（约0.01g),消化时间短（约14h)和操作步骤简单等优点,利用所提DNA,对小熊猫等珍稀动物线粒体DNA的细胞色素b和控制区序列的部分片段进行了PCR扩增,序列测定和比较分析,证实所提DNA合格而无污染,完全可以用于珍稀动物保护遗传学研究。     

两种外周血 DNA 提取方法的比较

目的:外周血DNA的提取是研究乙型肝炎病毒相关临床疾病的基础,所提取DNA的质与量直接关乎下游研究的成败,经济、高效、便捷的外周血DNA提取方法对于疾病分子水平的研究尤为重要,本实验旨在比较两种外周血DNA提取方法,从而为临床研究提供有力的参考。方法:以外周抗凝血为试验样本,分别采用改良盐析法和DNA提取试剂盒法(硅胶柱纯化)进行基因组DNA的提取,通过分光光度仪测量DNA浓度和纯度,并进行PCR扩增及电泳实验。比较改良盐析法与试剂盒提取法(硅胶柱纯化)的效果。结果:试剂盒提取法(硅胶柱纯化)标本用量甚微,省时,提取DNA纯度高,步骤繁琐,PCR条带单一、亮度差;改良盐析法操作步骤少,提取DNA浓度高,PCR条带亮度佳、杂带多,耗时长。结论:两组方法各有优缺点,试剂盒提取法(硅胶柱纯化)可靠、快速,但所获DNA量少、极易降解,改良盐析法耗时,但所获DNA浓度高、量多,可根据实验时间与经费,实验所需的DNA纯度与浓度,提供的样本体积等不同的临床研究需求及条件来综合选择适宜的提取方法。     

大鳞副泥鳅粗线期二价染色体分带研究

报道了一种鱼类二价体显带的新,采用ＰＨ值在７．２－７．４之间的低涌液对大鳞副泥鳅精巢进行整体长低渗、卡诺固定液处理方法得到粗线期二阶染色体的高分辨Ｇ带,其带纹特征和数目相对稳定且清晰可辨。与胰酶显和ＥＤＴＡ显相比具有操作简单,耗时短以及二价体分散相对较好等特点,这一方法在所有显带方法中最为简便。     

一种从少量细胞中高效制备DNA的简易方法

随着分子生物学技术对医学领域的渗透,利用DNA杂交技术进行基因诊断和研究,已逐渐进入临床各个学科。但常规提取细胞DNA的方法,不仅费力耗时,而且DNA在有机溶剂提取、透析和乙醇沉淀时丢失较多,因此不适合于临床大批标本制备DNA和标本量小的病例。本研究参照并改进Waldmann等人的方法,建立了从少量细胞中提取DNA的方法。经与常规方法比较以及在Southern杂交中的效果观察,证明这是简单易行,制备效率高的方法。     

人类基因组STR等位基因阶梯的研制

研究建立一种制备STR等位基因阶梯标准的新方法。以单一来源的DNA链为模板,采用槽式PCR扩增法,并经过PAGE胶回收纯化制备等位基因阶梯标准。结果：该方法适合等位基因阶梯标准的制备,所制备的等位基因阶梯基本无杂带,效果较理想。     

应用SDS—PAGE显示小分子多肽技术的探讨

为探讨显示小分子多肽技术,应用SDS－PAGE寻找更简单,快捷的分析小分子多肽的方法。采用8％,T,3％C的丙烯酰胺浓缩胶和含6mol/L脲（或含24％的甘油）的16％T,6％C的丙烯酰胺分离胶 的双层不连续SDS－PAGE和三羟基甘氨酸电泳缓冲液显示蛋白分子量标准（2．512－16．949KD）和待测样品,并对蛋白分子量标准在这两种分离胶中进行了回归分析。结果表明在这两种条件下均能显示分子量小至2．512KD的多肽;多肽样品在含脲和在含甘油的2L－T－SDS－PAGE中均有较好的显带,蛋白分子量标准的直线回归系数分别为r=-0.966和r=-0.964,它们是显示小分子多肽和估测其相对分 子质量及对多肽分子进行进一步分析和更为简便易行的方法。     

检测植物DNA扩增多态性方法的比较和改进

以辽东栎(Quercus liaotungensis Koidz.)、锦鸡儿(Cargagana ssp.)和野大豆(Glycine soja(L.)Sieb.etZucc.)为材料,比较了随机扩增多态DNA(RAPD)和DNA扩增指纹(DAF)方法。用RAPD的琼脂糖胶电泳和溴乙锭染色,RAPD和DAF谱一般不足10条带。用DAF的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)和银染,极大地提高了RAPD的灵敏度和分辨率,多达20～40个产物。用3＇末端完全相同的引物,RAPD和DAF有同样的扩增谱,说明两种方法有相似的机理。降低胶的浓度可提高RAPD和DAF的分辨率,达40～80条带。琼脂糖电泳分离的溴乙锭显示的单荧光带,用PAGE和银染可分辨出多个片段。分子克隆证实单荧光带的分子量异质性。在用Taq DNA多聚酶的条件下,RAPD和DAF的再现性均良好。     

聚丙烯酰胺凝胶快速、高效银染方法的建立

摘要: 聚丙烯酰胺凝胶电泳目前已经广泛应用在SSR标记、SNP标记以及遗传图谱的构建等过程中, 但是一直以来凝胶银染方法由于染色时间长、染色步骤繁琐, 使得对于开展大批量的实验研究极为不利。文章通过对常规方法的改良, 建立了一个银染步骤只需要10 min, 整个染胶过程只需约20 min的快速、高效的银染方法。     

迟钝爱德华氏菌RNA提取及痕量基因组DNA去除方法探究

迟钝爱德华氏菌EIB202是一类细胞壁结构特殊的革兰氏阴性菌,高质量RNA提取相对较难。为了从转录组水平研究这类致病菌的致病机理,需要摸索有效的RNA提取及RNA样品中痕量基因组DNA去除方法。对常规RNA提取步骤进行改进,增加PBS清洗、反复冻融及较高浓度溶菌酶处理等步骤;另外,利用小体系基因组DNA去除系统,Mg2+与Mn2+协同激活DNase I去除RNA样品中基因组DNA污染。利用优化方法提取的RNA在质量及浓度(1 740 ng/μL)方面均有了显著改善,并建立了一套完全去除RNA样品中痕量基因组DNA污染的程序。     

A large-scale preparative electrophoretic method for the purification of pyridine nucleotide-linked dehydrogenases.

A large-scale preparative polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) method that uses a 1.5- or a 2.0-cm-thick slab gel has been developed for the purification of NAD-dependent dehydrogenases. With the 2.0-cm-thick gel, a maximum volume (up to about 160 ml) of enzyme sample was applied to a gel plate, resulting in the application of a large amount of protein and enzyme. After the electrophoretic run, the enzyme band on the gel was detected by activity staining and recovered from the gel by extraction with a fairly loose-fitting glass-Teflon homogenizer. NAD-dependent alanine dehydrogenase, leucine dehydrogenase, and glycerol dehydrogenase were purified in high yields (more than 80%) by the preparative PAGE method. The method can be carried out using a simple slab gel apparatus, which is modified from the conventional analytical apparatus for the purpose of preparative PAGE under conditions used for routine analytical runs. Thus, the method may be suitable for use in purifying NAD(P)-dependent dehydrogenases and many other enzymes after conventional chromatography such as dye-ligand affinity chromatography or ion-exchange chromatography.     

Use of DNA ladders for reproducible protein fractionation by sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) for quantitative proteomics

In proteomics, one-dimensional (1D) sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) is widely used for protein fractionation prior to mass spectrometric analysis to enhance the dynamic range of analysis and to improve the identification of low-abundance proteins. Such protein prefractionation works well for quantitation strategies if the proteins are labeled prior to separation. However, because of the poor reproducibility of cutting gel slices, especially when small amounts of samples are analyzed, its application in label-free and peptide-labeling quantitative proteomics methods has been greatly limited. To overcome this limitation, we developed a new strategy in which a DNA ladder is mixed with the protein sample before PAGE separation. After PAGE separation, the DNA ladder is stained to allow for easy, precise, and reproducible gel cutting. To this end, a novel visible DNA-staining method was developed. This staining method is fast, sensitive, and compatible with mass spectrometry. To evaluate the reproducibility of DNA-ladder-assisted gel cutting for quantitative protein fractionation, we used stable isotope labeling with amino acids in cell culture (SILAC). Our results show that the quantitative error associated with fractionation can be minimized using the DNA-assisted fractionation and multiple replicates of gel cutting. In conclusion, 1D PAGE fractionation in combination with DNA ladders can be used for label-free comparative proteomics without compromising quantitation.     

Restriction analysis of the Streptomyces glaucescens genome by agarose gel electrophoresis

A method for the analysis of total DNA of Streptomyces glaucescens is described. The relevant steps are (a) extraction and purification of DNA, (b) restriction of DNA samples with type II restriction enzymes, (c) one dimensional separation of restriction fragments by agarose gel electrophoresis. A typical banding pattern was obtained for each wild type strain, independant of growth conditions or age of the culture. Mutant strains exhibited in most cases the same banding pattern as the parent wild type strain. Only in one specific mutant class a fragment of about 9 megadalton was missing.     

30个枣树种质资源遗传多样性的ISSR分析

取30个枣树品种进行ISSR分子标记分析,其扩增条带分别进行琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,以期获得不同产地品种之间的遗传多态性。从100条选择扩增的ISSR引物中筛选出17条扩增清晰、重复性和稳定性好的引物,选取其中8条扩增条带多态性强的引物进行遗传聚类分析。结果表明：（1）1％琼脂糖凝胶电泳和5％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测扩增总条带数分别为72和127条,其中多态性条带分别为51条和113条,多态性条带比率（PPB）分别为70．8％和88．9％。（2）基于UPGMA软件对30个品种的遗传差异性分析表明,8个ISSR引物可以将枣树品种之间遗传差异明显区分开来。两种电泳检测方法相比较,聚丙烯酰胺凝胶电泳检测可获得较为精细的枣树品种间遗传图谱。其遗传相似系数范围在0．56～1．00之间,以0．62为最低遗传相似系数,可将30个枣树品种分成3个大类,6个亚类,为进一步研究枣树品种间分类、起源进化关系和分子辅助育种奠定基础。     

香鱼基因组DNA提取方法的优化

为获得高质量的基因组DNA,分别采用传统酚-氯仿法、高盐法、试剂盒法和改进酚氯仿法提取香鱼肌肉基因组DNA。琼脂糖凝胶电泳检测结果表明,改进酚氯仿法提取的基因组DNA电泳条带整齐明亮且无降解。紫外分光度计测定DNA浓度和纯度,结果表明,改进酚氯仿法提取的鱼类基因组DNA浓度约为300μg/mL,A260/A280为1.80-1.86。用改进的酚氯仿法提取的DNA进行AFLP分析,扩增结果稳定,电泳条带清晰。综上所述,改进酚氯仿法能够获得高质量DNA,且可以用于进一步的分子生物学研究。     

改良聚丙烯酰胺凝胶电泳检测DNA

本文介绍了应用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测DNA的改进方法。与以往方法相比,本方法从配制凝胶储备液,无需封口的水平灌胶,适当地提高电泳的电压梯度,采用改良银染法检测,省却凝胶固定,银染法DNA的纯化方法,及溴化乙锭染色法的操作等一系列改进措施,使聚丙烯酰胺凝胶电泳检测DNA的操作得到简化,更便捷,并减小了对人与环境的毒害作用。     

BamHI DNA甲基化酶的提纯及物理化学性质

 通过硫酸铵盐析,DEAE-纤维素柱层析,磷酸纤维素亲和层析及SephadexG-100凝胶过滤法,从噬淀粉芽孢杆菌HI(Bacillus amyloliguefaciens HI)提纯了DNA甲基化酶。用聚丙烯酰胺凝胶电泳检查,已达电泳均一,比活力提高了326倍。并用聚丙烯酰胺梯度凝胶电泳和Sephadex G-100凝胶过滤法测得其天然酶的分子量为273000,又用SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳测得它的亚基分子量为34500,故该酶有8个分子量相同的亚基。用凝胶电聚焦法测得其pI_(22 c)=9.0。