实验室生物安全备案及管理系统模型的建立与应用研究

目前对BSL-1和BSL-2级病原微生物实验室国家规定需向市级政府卫生主管部门或者兽医主管部门备案,对其实验操作内容、仪器设备情况、人员培训考核等均有相应的考核监督机制,但强调不够。病原微生物实验室生物安全管理工作是关系到经济发展、社会稳定、人民群众身体健康和生命安全的大事,任何疏忽都可能造成难以弥补的损失。本研究借鉴、整合目前国际上较有效的病原微生物实验室生物安全管理方法、制度等,根据国内病原微生物实验室的实际情况,利用先进的计算机技术,针对BSL-1和BSL-2级病原微生物实验室建立一套能够对实验室生物安全进行规范化管理的系统模型,根据本单位内部考核相关指标验证体系,使得病原微生物实验室的生物安全问题得到统一规范管理。     

高校实验室病原微生物管理现状调查及对策

【背景】近年来埃博拉病毒等病原微生物大范围传播引发了严重的公共安全问题,生物实验室安全管理受到各国政府的高度重视。【目的】了解国内高校病原微生物的管理状况,为实验室生物安全管理提供针对性举措。【方法】在查阅资料、与生物安全管理人员座谈的基础上设计调查问卷,对50所高校的341名师生进行调查并统计分析。【结果】国内高校实验室在病原微生物的安全教育、安全管理制度建设、实验室规范化建造、生物废弃物处置、实验室安全设施维护等方面存在明显不足。【结论】高校应严格落实安全管理责任制,采取措施消除各类安全隐患。     

新冠疫情下野生动物资源保护与利用的生物安全问题思考

自2019年底以来,全球范围内爆发了新型冠状病毒SARS-CoV-2引起的COVID-19大流行。SARS-CoV-2与蝙蝠来源的严重急性呼吸综合征(SARS)样冠状病毒高度同源,且穿山甲等野生动物中也鉴定出了同源性高的SARS样冠状病毒,提示SARS-CoV-2的源头与野生动物有关,野生动物资源利用与保护相关的生物安全问题凸显。在此背景下,本文介绍了常见的人畜共患病毒,提出了人类在利用野生生物资源时如何预防此类病毒的建议和思考。呼吁全社会应高度重视野生动物资源生物安全问题,形成"动物的健康即人类的健康、坚决不吃野味"的全民共识。     

人间传染的病原微生物菌(毒)种保藏机构运行与管理探讨

2017年我国人间传染的病原微生物菌(毒)种保藏机构完成指定工作,作为国家生物安全工作的重要组成部分,做好病原微生物菌(毒)种保藏机构运行与管理,确保国家生物安全,已成为坚持和落实总体国家安全观一项重要内容和具体体现。保藏机构运行管理应将病原微生物菌(毒)种的合理利用和安全管理两方面相结合,在确保国家生物安全的前提下,统一病原微生物保藏技术标准和数据规范体系,提升保藏机构能力和水平,不断适应国家生物安全战略,以及传染性疾病防控、生物技术和生物产业发展需求。     

新冠肺炎疫情防控常态化背景下医院信息化建设的实践与探索

摘要：近年来随着信息化技术的深入发展,其在人们的生产生活中的作用日益突出,对提高工作效率方面作用显著。2020年新年伊始,湖北省武汉市爆发新冠肺炎（COVID-19）疫情并迅速蔓延全国,国家高度重视,医务人员迅速行动,积极投入到这场与病毒作战的没有硝烟的战争中。经过全国上下艰苦努力,我国新冠肺炎疫情防控向好态势进一步巩固,防控工作已从应急状态转为常态化防控状态。医院信息化建设是医院现代化建设和新冠疫情防控的客观要求,在新冠肺炎疫情防控常态化背景下有重要意义。本文从新冠肺炎疫情背景下医院信息化建设概述,医院信息化建设存在的问题,医院信息化建设实践和医院信息化建设探索四个方面进行阐述,致力于探索出疫情防控背景下医院信息化建设的整体思路。     

北美国家大动物生物安全实验室的建设与管理

目的 为提高动物实验室生物安全意识,供大动物生物安全实验室设计、施工、使用和管理借鉴.方法 采用考察和分析的方法了解了北美国家大动物生物安全实验室的设计理念、设备、设施、动物试验及动物实验室管理.结果 大动物生物安全实验宝与我国畜牧业健康发展和社会稳定密切相关,我国与国外大动物生物安全实验室存在较大的差距.结论 我国应借鉴国外大动物生物安全实验室设计的理念,完善大动物实验室基础设施,增设相应的设备和提升动物实验室工作人员的生物安全意识.     

关于高级别生物安全实验室若干管理要素的探讨

目前,我国已有两家生物安全四级实验室和五十多家生物安全三级实验室完成建造并通过实验室认可。生物安全管理体系的技术要素和管理要素是确保高级别生物安全实验室生物安全的关键。本文探讨了高级别生物安全实验室区别于其他体系实验室(如ISO 17025检测和校准实验室与ISO 15189医学实验室)的若干个特征性管理要素,这些要素包括潜在污染的周期性评估、失活验证实验、分子诊断实验的无生物风险的阳性对照、微生物的不同封闭措施及生物安全文化。潜在污染的周期性评估与失活验证实验是高级别生物安全实验室日常管理的强制性措施。分子诊断实验的无生物风险的阳性对照与微生物的不同封闭措施应用于微生物实验(尤其是病毒学实验)从而降低暴露风险。生物安全文化应全面施行,以预防生物安全事件的再次发生。     

从新型冠状病毒疫情看生物安全三级实验室的应急能力及内涵建设

面对突发疫情,生物安全三级（biosafety level 3,BSL-3）实验室是否能及时启动并稳定、安全运行,为科研攻关提供安全、可靠的技术平台,是对实验室应急能力的考验。针对2019年12月爆发的2019冠状病毒病疫情,复旦大学BSL-3实验室在接到任务后,立即按照国家规定,启动实验室冠状病毒新实验活动申请流程。经国家合格评定认可委员会（China National Accreditation Service for Conformity Assessment,CNAS）和国家卫生委员会批准,实验室在开展实验活动一周内就从来自上海患者标本中分离到新型冠状病毒毒株,体现了平时实验室内涵建设的重要性。BSL-3实验室的内涵建设包括实验室风险评估及管理、不同人员针对性培训、设施和设备管理等生物安全管理体系的建设。本文将介绍复旦大学BSL-3实验室在应急能力及内涵建设方面的经验和体会,期望对BSL-3实验室的建设和管理提供参考。     

生物安全三级实验室人员管理相关问题的探讨

在生物安全三级(BSL-3)实验室日常管理工作中,实验人员的管理是实验室安全运转的关键,可保证生物安全管理体系文件的准确执行,减少安全隐患.我们总结了数年来管理BSL-3实验室的经验和教训,对人员管理有关问题提出想法和建议,以供参考.     

新冠肺炎疫情防控背景下医院文化建设的思路与方法探析

摘要：随着疫情的不断蔓延，新冠肺炎目前已成为全球范围内共同关注的重大公共问题。新冠肺炎疫情出现之后，医院广大医务人员积极响应党和国家的号召，义无反顾地投入疫情防控"战役"之中，将救死扶伤以及大爱无疆等新时代医疗卫生职业精神内化成"抗疫精神"；该精神不但反映了医务人员的责任以及担当，而且是医院可持续发展的有效动力，更是医院文化建设的关键内容。医院文化主要是指各级医疗机构在开展医疗工作过程中潜移默化所形成的一种特殊文化氛围和价值观，不仅在公共卫生体系中占据重要地位，同时可能直接或间接影响医院长期竞争力的发展。尤其是在目前新冠肺炎疫情防控之中，文化建设可发挥着特殊的作用，有效提高服务效率以及服务质量。本文结合疫情防控背景下的医院相关疫情防控措施，探析医院抗疫文化建设的思路和策略，以提高医院品牌形象以及业内影响力，继而促进医院整体文化建设的更深、更高层次发展。     

湖北省实验动物设施环境控制中存在的问题

目的分析总结湖北省2012年度实验动物许可单位年检中环境设施的检测结果,找出问题,提出促进湖北省实验动物环境设施可靠运行的建议。方法各实验动物环境设施采用30%区域抽检方式,依据GB14925-2010《实验动物环境及设施》,进行环境指标检测。结果除气流速度、沉降菌最大平均浓度外,其他技术指标均存在不符合国家标准的情况。结论应针对实验动物设施管理加强培训,提高实验动物设施管理人员的管理水平,从而保证实验动物设施的正常运行。     

深圳城市生态大数据智慧管理和服务平台技术集成与应用研究

生态环境是人类赖以生存和发展的基础,城市生态大数据智慧管理和服务平台建设是生态城市和美丽城市建设的需要。以深圳市为例,借助物联网、移动互联网、计算机、数据库和网络地理信息系统技术,以及时空地理大数据整合和共享、大数据挖掘分析和云端一体化业务协同等关键技术,结合城市生态系统评估分析决策模型/方法/对策库,在实现深圳市“空-地-网-统计-众源”等多源异构生态大数据有效集成的基础上,搭建了 “数据采集-信息提取-知识发现-决策生成-快速服务”全流程、一体化的深圳市生态大数据智慧管理和服务平台,构建了面向业务部门和科研人员等专业用户的生态野外数据调查采集系统和城市生态监测与评估管理决策分析系统,以及面向社会大众的深圳生态大调查APP。平台首次揭示了深圳市1979年以来不同生态系统的格局、构成、过程、服务和健康状况的变化,提升了深圳市生态环境综合决策科学化、生态环境监管精准化、生态环境公共服务便民化水平。平台有效降低了用户数据收集与处理和操作专业模型的难度,突破了原始数据应用的瓶颈和难点,提高了专业模型在业务部门中的使用率。未来,依靠“生态大数据+生态专业模型”的技术方案实现从数据到知识的挖掘,是实现城市生态大数据智慧化和专业化管理的关键,也是全面提高城市生态环境保护信息化服务水平的重要途径。     

MendeLIMS: a web-based laboratory information management system for clinical genome sequencing

Background

Large clinical genomics studies using next generation DNA sequencing require the ability to select and track samples from a large population of patients through many experimental steps. With the number of clinical genome sequencing studies increasing, it is critical to maintain adequate laboratory information management systems to manage the thousands of patient samples that are subject to this type of genetic analysis.

Results

To meet the needs of clinical population studies using genome sequencing, we developed a web-based laboratory information management system (LIMS) with a flexible configuration that is adaptable to continuously evolving experimental protocols of next generation DNA sequencing technologies. Our system is referred to as MendeLIMS, is easily implemented with open source tools and is also highly configurable and extensible. MendeLIMS has been invaluable in the management of our clinical genome sequencing studies.

Conclusions

We maintain a publicly available demonstration version of the application for evaluation purposes at http://mendelims.stanford.edu. MendeLIMS is programmed in Ruby on Rails (RoR) and accesses data stored in SQL-compliant relational databases. Software is freely available for non-commercial use at http://dna-discovery.stanford.edu/software/mendelims/.

Electronic supplementary material

The online version of this article (doi:10.1186/1471-2105-15-290) contains supplementary material, which is available to authorized users.     

网络教学平台在研究生“高级微生物学”教学中的应用实践

网络教学平台资源丰富,功能强大,越来越多地运用于高校教学。探索将网络教学平台引入研究生"高级微生物学"课程的教学改革。结果表明,"高级微生物学"网络教学平台激发了研究生的学习兴趣,提高了学生的自主学习能力,增加了师生互动,增强了学生的创新意识。     

Guidelines for the prevention of simian immunodeficiency virus infection in laboratory workers and animal handlers

The authors are members of a working group that formulated guidelines to minimize transmission of simian immunodeficiency virus (SIV) infection to man. Biosafety level (BSL) 2 standards are recommended for handling of clinical specimens and housing of SIV inoculated animals. Manipulation of SIV preparations may be performed in a BSL 2 facility with additional BSL 3 practices and equipment; for large volume or concentrated preparations of SIV BSL 3 containment is necessary. Written policies regarding management and testing of workers exposed to SIV are recommended.     

PROTEOMER: A workflow‐optimized laboratory information management system for 2‐D electrophoresis‐centered proteomics

In recent years proteomics became increasingly important to functional genomics. Although a large amount of data is generated by high throughput large‐scale techniques, a connection of these mostly heterogeneous data from different analytical platforms and of different experiments is limited. Data mining procedures and algorithms are often insufficient to extract meaningful results from large datasets and therefore limit the exploitation of the generated biological information. In our proteomic core facility, which almost exclusively focuses on 2‐DE/MS‐based proteomics, we developed a proteomic database custom tailored to our needs aiming at connecting MS protein identification information to 2‐DE derived protein expression profiles. The tools developed should not only enable an automatic evaluation of single experiments, but also link multiple 2‐DE experiments with MS‐data on different levels and thereby helping to create a comprehensive network of our proteomics data. Therefore the key feature of our “PROTEOMER” database is its high cross‐referencing capacity, enabling integration of a wide range of experimental data. To illustrate the workflow and utility of the system, two practical examples are provided to demonstrate that proper data cross‐referencing can transform information into biological knowledge.     

Phred/Phrap/Consed/Polyphred:类Unix平台的测序数据管理和SNP识别软件包

尽管二代基因组测序技术日渐流行,Sanger测序依旧是SNP识别和分析的金标准。传统对于Sanger测序结果的分析多依赖Seq Man等软件进行。然而这类软件大多依靠人工操作来识别和记录测序结果中的SNP位点,效率低下且容易发生错误。此外,当对多个个体进行序列测定时,这类软件无法完成对群体数据的管理和输出,给研究人员造成了一定的不便。Phred/Phrap/Consed/Polyphred是华盛顿大学开发的基于类Unix平台的软件包,在大规模测序数据的管理和SNP自动识别、标记与输出方面具有强大的功能。然而,由于其安装和使用较为复杂,在国内较少使用。本研究对该软件包的功能、使用流程、特点等进行了介绍,并将其安装于Ubuntu12.04操作系统并置于VMware虚拟机中,方便遗传学者的下载和使用。     

Codon Usage Database自动寻错平台CUDer的组建与应用

密码子用法数据库(CUD)是密码子用法与密码子优化研究领域的一个重要的在线服务,为了找出该数据库中潜在的两种不再适用的记录,即已过期的陈旧记录和在遗传密码类型上实际无法有效支持的记录(简称不支持记录),本文通过结合前期自主研发的两个软件BestCodon与CUDassist,组建了CUD自动寻错平台CUDer,并应用于上述问题的研究。结果发现,CUD中存在317条陈旧记录与4条不支持记录。对于陈旧记录,这些记录的物种分类号在NCBI中已发生变更,研究者应该避免使用这些记录的相关数据;对于不支持记录,本文借助CUDer计算得到这些记录正确的密码子用法表(CUT),弥补了当前CUD的不足。此外,该平台也为面向CUD的自动化数据处理,提供了一个新的软件框架,具有一定的借鉴意义。