2种太岁样品中微生物的分离和鉴定

目的：太岁是自然界中一种组成及分类尚不明确的生物体。采用分子生物学方法对2种不同来源地的太岁样品进行菌种分离培养和分子鉴定。方法：太岁表面经75％乙醇消毒处理后,用麦芽汁培养基分离可培养菌株,提取太岁及分离菌株基因组DNA,以之为模板,用16SrDNA、18SrDNA和ITS通用引物进行PCR扩增,扩增片段连入pMD18T载体并测序,通过序列比对对太岁菌种组成进行初步鉴定。结果：从太岁l号样品中分离到假丝酵母（Can-dida）和粘质红酵母（Rhodotorula mucilaginosa）,从太岁2号样品中分离到根癌农杆菌（Agrobacterium tumefaciens）和粘质红酵母。结论：2种来源不同的太岁样品中均存在可培养的粘质红酵母。     

克氏原螯虾源致病性豚鼠气单胞菌的分离及其生物学特性

从患病的克氏原螯虾体内分离到一株致病菌L2M-A, 经生理生化鉴定和16S rDNA序列分析, 证实菌株L2M-A为豚鼠气单胞菌(Aeromonas caviae) (GenBank登录号: KF446251), 其16S rDNA序列与基因库中气单胞菌属菌株的16S rDNA序列有99%100%的同源性, 而且与豚鼠气单胞菌JXZ-3株(GenBank登录号: JF496552)的亲缘关系最近。此外, 菌株L2M-A在pH59内均能够生长良好, 最适生长温度为30℃, 最适生长转速为200 r/min, 但浓度6.25 g/mL的双氟沙星对其生长具有显著的抑制作用, 可作为防治用药的依据。       

芦笋老茎堆肥中嗜热细菌的分离与鉴定

利用稀释涂布法对芦笋老茎堆肥不同发酵阶段6个样品中的嗜热细菌进行分离,并采用16S rDNA序列分析方法对分离得到的菌落形态有明显区别的22株细菌进行鉴定.根据16S rDNA序列分析结果,22株细菌菌株中13株属于芽胞杆菌属(Bacillus),1株属于类芽胞杆菌属(Paenibacillus),4株属于假黄色单胞菌属(Pseudoxanthomonas),1株属于肠杆菌属(Enterobacter),1株属于副球菌属(Paracoccus),1株属于短芽胞杆菌属(Brevibacillus),菌株D-b2在GenBank数据库中未找到与其相似的已知细菌属的序列,分类地位待定.从以上鉴定结果可以看出,芦笋老茎堆肥中的优势嗜热细菌主要是芽胞杆菌(Bacillus spp.)和假黄色单胞菌(Pseudoxanthomonas spp.).     

海洋细菌A78的鉴定及褐藻胶裂解酶特性的研究

对分离自日本海域海带的产褐藻胶裂解酶的细菌A78菌株进行鉴定,通过生理生化特征及16S rDNA基因序列分析,鉴定为假交替单胞菌(Pseudoalteromonas nigrifaciens).不同浓度褐藻酸钠诱导实验表明,菌株A78产酶最佳诱导物浓度为1％褐藻酸钠.不同的温度梯度(20～55℃)及pH值梯度(4～10...     

广东中山地区气单胞菌环境株的分离、鉴定及系统发生关系

从广东省中山市的池塘水样、底泥、健康鱼、肠道及稻田土样中用Aeromonas的选择培养基分离到10株气单胞菌。通过生理生化测试、16S rDNA序列测定、与气单胞菌典型菌株的16S rDNA序列进行比对和聚类分析,对它们进行了鉴定,并研究了它们之间的系统发生关系。结果显示该地区环境中气单胞菌的优势种除A.hydrophila(HG1组)外,还有A.caviae(HG4组)、A.jandaei(HG9组)和A.veronii(HG10组),其中后两种是国内新记录。这是国内首次对环境中气单胞菌多样性进行研究。     

嗜盐菌HBCC-2的16S rRNA基因测序分析及其培养特性

从连云港台南盐场海盐生产区中分离纯化到一株嗜盐古菌HBCC-2,该菌株经PCR扩增后,测定其16S rRNA基因序列,采用BLAST软件对基因库中基因序列进行同源性比较,选取其相似性序列,采用Clustalx1.8和MEGA3.1软件对其16S rDNA序列进行了系统发育分析研究,结果表明HBCC-2菌株与菌株Halorubrum sp.GSL5.48的相似性达99%,结合其形态观察及生理生化反应特性,初步确定该菌株属于嗜盐红菌属(Halorubrum),菌株HBCC-2的16S rDNA序列已登陆到GenBank,其序列号为EF687739.通过比较不同NaCl浓度、pH和培养温度对该菌株生长的影响情况,研究了该菌株的生长特性,结果表明NaCl浓度为4mol/L、温度为35℃和pH为7.0的培养条件下其生长最佳.     

16S rDNA克隆文库方法分析太岁样品中细菌的多样性

通过构建16S rDNA克隆文库的方法,分析太岁样品中细菌的群落结构及多样性。太岁样品中的细菌归属于4个门9个目,优势类群依次是芽胞杆菌目(Bacillales,33.01%)、柄杆菌目(Caulobacterales,32.04%)和伯克霍尔德氏菌目(Burkholderiales,12.62%);优势属为短波单胞菌属(Brevundimonas,30.10%)、葡萄球菌属(Staphylococcus,29.13%)和食酸菌属(Acidovorax,7.77%)。并且其中的5个目中含有未培养的细菌,红杆菌目(Rhodobacterales)、伯克霍尔德氏菌目和红环菌目(Rhodocyclales)的11个克隆子的细菌16S rDNA序列同源性低于97%。研究表明太岁样品中细菌多样性较丰富,且蕴藏着许多未知的微生物资源。     

鲟源维氏气单胞菌分离鉴定及药敏特性研究

从发病的鲟肝、胰、肾脏及血水分离到5株细菌,命名为4s-11,4s-12,4s-13,4s-14及4s-15。经人工感染,菌株4s-15具有致病性,鲟感染发病症状与自然发病症状相似,并再次分离到此菌株,故菌株4s-15是鲟此病病原菌。菌株4s-15经生理生化细菌鉴定,16S rDNA基因序列分析,结果为维氏气单胞菌。菌株4s-15对左氧氟沙星等13种抗生素高度敏感,本研究为防治鲟此病提供了理论依据。     

磷尾矿土壤中解磷细菌的筛选及解磷能力的测定

以贵州瓮福磷尾矿土壤为原料,从中分离纯化得到具有较高解磷能力的细菌。利用溶磷圈试验筛选出具有明显溶磷圈的细菌,通过形态学特征、生理生化试验、16S rDNA基因序列分析及系统发育树对其进行初步鉴定。再以磷酸三钙为唯一磷源对筛选所得菌株进行液态培养,探索不同菌株解磷能力与培养液pH值之间的关系,并通过钼锑抗比色法测定3株细菌的最大解磷能力。从分离纯化得到的4株细菌筛选出具有明显溶磷圈的细菌PSB1、PSB3和PSB4,初步鉴定菌株PSB1为普城沙雷氏菌(Serratia plymuthica),PSB3为嗜麦芽窄食单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia),PSB4为泡囊短波单胞菌(Brevundimonas vesicularis),最大解磷能力分别为148.87μg/mL、153.84μg/mL和146.76μg/mL。与国内已报道的文献相比,实验筛选所得的3株细菌都是具有较高解磷能力的菌种。菌株PSB1和PSB4培养液中pH值与其解磷能力存在显著的负相关性,而菌株PSB3不存在,其解磷机理还需进一步研究。     

一株微囊藻毒素降解辅助菌的分离和鉴定

以从太湖蓝藻中提取的微囊藻毒素作为微囊藻毒素降解菌的筛选物质, 通过稀释平板涂布法从腐烂的蓝藻中富集分离到一菌株, 经形态特征、生理生化特征和16S rDNA 序列分析将该菌株(GenBank 序列登录号为GQ143751)鉴定为藤黄微球菌(Micrococcus luteus); 微囊藻毒素降解实验结果表明该菌株几乎不能降解微囊藻毒素, 但可以明显促进一株微囊藻毒素降解菌微嗜酸寡养单胞菌(Stenotrophomonas acidaminiphila)对微囊藻毒素的降解能力, 将筛选菌株与微嗜酸寡养单胞菌混合培养, 混合菌对微囊藻毒素的降解能力比微嗜酸寡养单胞菌单独培养时提高66.7%。     

广西传统发酵米粉中乳酸菌的分离鉴定

对广西传统米粉发酵液中的乳酸菌进行分离筛选,获得6株纯培养优势菌株。通过形态学鉴定及16S rDNA序列分析,结果表明其中4株乳酸菌属于戊糖片球菌(Pediococcus pentosaceus),另外2株鉴定为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)。这2种乳酸菌均为对人类及动物安全的益生菌,该结果将为传统发酵米粉中有益微生物资源的挖掘和利用奠定基础。     

鱼源类志贺邻单胞菌的分子鉴定及耐药性分析

为对患病黄颡鱼分离的菌株(L-1)进行鉴定及耐药性分析,通过形态学观察、生理生化特性分析、16S rDNA基因和23S rRNA基因PCR扩增及系统进化树构建鉴定该菌,药敏试验和耐药基因检测确定菌株耐药性。结果表明:菌株L-1为革兰氏阴性菌,呈短杆状。明胶液化、七叶灵及阿拉伯糖等反应为阴性,精氨酸、色氨酸及葡萄糖等反应为阳性。16S rDNA基因扩增获得长度为1 461 bp的序列片段。BLAST比对结果显示,菌株L-1拼接序列与NCBI中类志贺邻单胞菌相似性为99%。在系统发育树中,菌株L-1与类志贺邻单胞菌亲缘关系最近。23S rRNA基因扩增,仅菌株L-1扩增出大小为280 bp的目的条带,其他菌株均为扩增出。综合判定菌株L-1为类志贺邻单胞菌。菌株L-1对头孢哌酮、庆大霉素等敏感,对四环素中度敏感,对苯唑西林、氨苄西林等耐药。菌株L-1中检测出Sul2、TEM、ant(3')-Ⅰa和aac(6')-Ⅰb共4种耐药基因,Sul1、Sul3、aph(3')-Ⅱa和aac(3)-Ⅱa未检出。     

一株藤黄单胞菌属细菌HF-1127的分离与鉴定

目的：鉴定从富含废弃右旋磷霉素的土壤中分离得到的一株代谢产物抗大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的好氧细菌HF-1127。方法：研究该菌株的形态、培养特征、生理生化特征和遗传特性,并将此菌株的16S rDNA序列在GenBank中进行序列比对。结果：菌株HF-1127与藤黄单胞菌（Luteimonassp.）的特征一致,16S rDNA序列比对结果显示其与藤黄单胞菌（Luteimonassp.）的序列的相似性为99%;以相似性性为基础构建系统发育树,分析表明菌株与Luteimonassp.同源关系最近。结论：细菌HF-1127为一株藤黄单胞菌（Luteimonas）,且其代谢产物具有抗菌活性。     

斑马鱼肠道中一株红酵母(Rhodotorula)的分离与鉴定

目的:分离及鉴定来自于斑马鱼肠道中的酵母菌.方法:采用马铃薯葡萄糖培养基( PDA),从斑马鱼肠道中分离到1株酵母菌,编号为ZF -2,进行形态学观察、生理特征、PCR扩增26S rDNA D1/D2区以及基因测序分析,并构建系统发育进化树.结果:ZF -2分离株为粉红色菌落、菌体呈椭圆形,芽殖;可以同化利用葡萄糖、乳糖、蔗糖等糖类;PCR扩增获得26S rDNA D1/D2区序列长度为642bp( HQ323251),序列比对分析表明与斯鲁菲亚红酵母(Rhodotorula slooffiae)相似性在99％-100％之间,构建的系统发育进化树显示菌株ZF-2与R.slooffiae( EU583485)关系最近,且位于同一分支.结论:首次从斑马鱼肠道中分离到斯鲁菲亚红酵母.     

中药中耐辐射微生物的分离与鉴定

从中成药(金锁丸)中分离获得一种耐辐射的细菌。经过形态观察、生理生化特征分析及16 S rDNA碱基序列测定和同源性分析,鉴定该菌株为弯曲芽孢杆菌(Bacillus flexus),该菌株的16 S rDNA序列已在Gen-Bank中注册,登录号为AB021185.1。     

内蒙古碱湖中紫色非硫光合细菌的分离和鉴定

从内蒙古碱湖水样中分离得到一株紫色非硫光合细菌,命名为JH1-6.对该菌株进行了形态学观察、生理生化鉴定、活细胞吸收光谱以及16S rDNA序列分析.16S rDNA序列分析结果表明该菌株与沼泽红假单胞菌的16S rDNA序列同源性高达99%,结合形态特征和生理生化特性以及活细胞吸收光谱特征等,确定菌株JH1- 6在分类地位上属于沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris).     

大熊猫肠道纤维素分解菌的分离鉴定及产酶性质

【目的】从健康大熊猫新鲜粪便中分离具有纤维素酶活性的菌株,并对其进行菌种鉴定及产酶性质研究。【方法】利用羧甲基纤维素钠培养基分离纯化具有较高纤维素酶活性的菌株,根据形态学特征、生理生化特性以及16S rDNA分析对其进行分类鉴定,研究影响该菌株纤维素酶的产酶条件,以及对不同纤维素底物的降解情况。【结果】分离得到一株纤维素酶产生菌株P2,该菌株为好氧的革兰氏阳性细菌,生长温度范围20-50℃(最适温度37℃),pH范围6.0-9.0(最适pH7.0),NaCl浓度范围0%-15%(最适2%NaCl),培养24h达到产酶高峰。16S rDNA基因序列分析显示,菌株P2与解淀粉芽胞杆菌(Bacillusamyloliquefaciens)NBRC15535相似性为99.66%。该菌株对四种纤维素底物(滤纸、脱脂棉、秸秆、竹纤维)均有不同程度的降解,内切葡聚糖酶、外切葡聚糖酶、β-葡萄糖苷酶和总酶活具有不同的酶活变化。【结论】本研究首次从大熊猫粪便中分离出了好氧纤维素分解菌,并鉴定为解淀粉芽胞杆菌,对上述四种纤维结构均有一定的破坏和分解作用,为进一步研究大熊猫竹纤维消化机制提供了菌源。     

一株产虾青素酵母菌株的鉴定

从市售海水鱼内脏中分离得到一株产虾青素的酵母,编号为NZ- 01.采用传统形态学鉴定方法及rDNA序列分析法分别对从NZ- 01进行鉴定.形态学鉴定结果表明该菌为胶红酵母(Rhodotorula mucilaginosa),分别用特异性引物对rDNA 序列的18S rDNA D1/D2区、26S rDNA D1/D2区和ITS区进行扩增,PCR产物测序,将测序结果登录GenBank进行BLAST分析,结果均与形态学观察结果一致,NZ- 01为胶红酵母.     

乙醇消耗菌的分离鉴定及其对基因工程集胞藻乙醇产量的影响

为研究产乙醇基因工程集胞藻培养液中的乙醇消耗菌污染情况及其对乙醇产量的影响,从污染的培养液中分离出4株乙醇消耗菌,通过16S rDNA、26S rDNA序列分析对分离出的菌株进行鉴定,并研究其乙醇消耗能力及对基因工程集胞藻乙醇产量的影响。结果表明,分离出的4株菌分别为红酵母(Rhodotorula sp.)、季也蒙酵母(Meyerozyma guilliermondii)、短波单胞菌(Brevundimonas sp.)、微杆菌(Microbacterium sp.)。其中乙醇消耗能力最强的是红酵母,乙醇比消耗速率达到391 g/(1015 cfu?d);其次为季也蒙酵母,乙醇比消耗速率为80.1 g/(1015 cfu?d);短波单胞菌和微杆菌的乙醇比消耗速率远低于红酵母和季也蒙酵母。将分离出的菌株与产乙醇集胞藻共培养7d后,污染红酵母、季也蒙酵母、短波单胞菌、微杆菌的实验组乙醇产量分别下降了53.8%、23.6%、40.7%、27.3%。4株菌对基因工程集胞藻的生长无明显影响,均通过直接消耗乙醇而降低集胞藻的乙醇产量。     

广西沿海地区红树林根系土壤中放线菌的分离与鉴定

本研究通过分离纯培养,从广西北海及防城港红树林根系土壤中分离出放线菌并提取其总DNA,用放线菌通用引物对获得菌株的16S rDNA进行PCR扩增,对获得的扩增产物进行DNA序列测定及菌株鉴定.研究结果表明,从红树林根系土壤样品中分离出15株典型放线菌菌株.16S rDNA测序比对鉴定结果显示,15株典型放线菌菌株中有12株属于链霉菌属(Streptomyces),是常见菌属;3株属于拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis),为稀有放线菌.本研究分离纯化获得15株典型放线菌,初步揭示了广西沿海地区红树林土壤中放线菌的多样性.