铜绿假单胞菌耐消毒剂基因检测

目的了解深圳市人民医院临床分离的铜绿假单胞菌耐季胺盐类消毒剂基因(qac)的检出率及基因型。方法收集深圳市人民医院近几年铜绿假单胞菌临床分离菌株63株,应用PCR法检测菌株的qacA/B、qacC、qacG、qacJ和qacE△1基因。结果63株铜绿假单胞菌中,qacE△1基因阳性51株(80.9%),qacA/B基因阳性5株(7.9%),其余的基因型未检出。结论我院临床分离的铜绿假单胞菌中耐季铵盐类消毒剂基因检出率较高,主要为qacE△1型。     

铜绿假单胞菌环介导等温扩增技术检测方法在实验小鼠微生物控制中的应用

目的建立铜绿假单胞菌Pseudomonas aeruginosa环介导等温扩增技术(LAMP)检测方法并初步应用于实验小鼠微生物控制。方法根据铜绿假单胞菌oprL基因设计LAMP特异性引物,优化反应条件,确立LAMP的检测体系;再通过对小鼠血清样本的检测,与《GB/T 14926. 17-2001实验动物绿脓杆菌检测方法》对比,阳性结果再用PCR方法验证。结果新建立的LAMP方法特异性强,灵敏度比普通PCR高10~3倍;当反应温度为66℃,内引物和环引物的浓度分别为70μmol·L^-1和30μmol·L^-1时,LAMP反应体系最佳;利用建立的LAMP方法检测87份小鼠血清样本,铜绿假单胞菌检出率为11. 5%(10/87),比《GB/T 14926. 17-2001实验动物绿脓杆菌检测方法》的高(0/87),阳性结果与PCR方法一致。结论本研究建立的LAMP方法特异性强、灵敏度高、可重复率高、稳定性好,为检测铜绿假单胞菌提供了新的研究手段。     

铜绿假单胞菌抗生素耐药性及耐药相关基因检测

目的了解2011-2012年深圳市南山区医院患者,各医院诊所内环境、医护人员手涂抹样以及食品样中铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruinosa,PA）对抗生素耐药性及携带耐药基因情况。方法利用VITEK 2 compact全自动微生物鉴定仪对PA菌进行药敏试验。采用聚合酶链反应（polymeras chain reaction,PCR）技术检测PA的20种耐药基因：β-内酰胺TEM、VEB、CARB、OXA、SHV、PER、GES、GTX、SPM、GIM,金属β-内酰胺酶IMP、VIM,AmpC酶DHA,膜通道蛋白oprD,氨基糖苷类修饰酶Aac（6’）-Ⅰ、Aac（6’）-Ⅱ、Aac（3’）-Ⅰ、Aac（2’）-Ⅰ,耐消毒基因qacE1-sull与Ⅰ类整合子基因。结果药敏试验显示53株菌对11种抗菌药物阿米卡星、氨苄西林等耐药率为100%,对呋喃妥因、亚胺培南等耐药率为10%~30%。检出11种耐药基因：TEM、SHV、IMP、DHA、Aac（6’）-Ⅰ、Aac（6’）-Ⅱ、Aac（3’）-Ⅰ、Aac（2’’）-Ⅰ、qacE1-sull、Ⅰ类整合子及oprD基因,检出率分别为7.54%、5.66%、3.77%、11.32%、5.66%、15.09%、5.66%、58.49%、9.43%和9.43%,oprD基因缺失率为67.93%。结论部分分离自患者菌株呈多重耐药,且携带多种耐药基因,应引起高度重视。不同类型样本分离菌株携带耐药基因存在差异。     

耐亚胺培南铜绿假单胞菌相关耐药基因的检测

目的对耐亚胺培南（IMP）的铜绿假单胞菌（IRPa）相关耐药基因进行检测。方法 2003年至2009年从临床标本中分离到（P.aeruginosa）共220株,采用三维试验筛选产β-内酰胺酶的铜绿假单胞菌,应用普通PCR和多重PCR分别检测碳青霉烯酶基因和质粒携带的C类头孢菌素酶（AmpC酶）耐药基因,应用荧光定量RT-PCR的方法检测oprD2基因的表达情况。结果共检出43株产β-内酰胺酶的菌株,其中产AmpC酶、超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）、金属β-内酰胺酶（MBLs）和未知酶菌株的构成比分别58.14%（25/43）、18.60%（8/43）、4.65%（2/43）和16.28%（7/43）。74株耐亚胺培南的铜绿假单胞菌中,有2株菌携带IMP-9基因,1株菌携带DHA质粒型AmpC酶基因,其他碳青霉烯酶基因检测为阴性。40株菌株oprD2基因表达蛋白量降低,34株oprD2基因表达蛋白量正常。结论 oprD2基因的突变或蛋白表达量降低是IRPa对亚胺培南耐药的主要原因,AmpC酶可水解亚胺培南可能与铜绿假单胞菌对亚胺培南的耐药有一定的关系,而KPC-1酶和MBLs在铜绿假单胞菌对亚胺培南耐药机制中不是主要因素。     

铜绿假单胞菌czcCBA基因与生物修复

铜绿假单胞菌(Pseudomonas aerugionsa)的外排泵系统RND是它产生耐重金属离子胁迫的一个重要原因。阐述了编码RND外排泵czcCBA基因的作用机制,以期为下一步工作奠定基础。     

铜绿假单胞菌生物膜研究进展

生物膜（biofilm,BF）是细菌为了适应生存环境的需要而形成的与浮游细胞相对应的生存形式,是细菌生来具有的本领。不同的细菌形成生物膜的能力是不同的,铜绿假单胞菌极易形成生物膜,临床许多生物医学材料相关感染和某些慢性顽固性感染性疾病都与之密切相关,在生物膜中的细菌不仅耐抗生素还可耐抗体的杀菌作用,危害性严重。     

铜绿假单胞菌分型研究进展

铜绿假单胞菌（特别是多重耐药菌株）是引起医院内感染,甚至大规模暴发流行的重要条件致病菌,本文对铜绿假单胞菌流行病学研究常用的两种分型方法（表型分型法及基因分型法）的研究现况和进展进行了简要介绍。     

铜绿假单胞菌必需基因的研究进展

铜绿假单胞菌为专性需氧非发酵革兰氏阴性杆菌,是医院感染的常见条件致病菌之一,可引起呼吸道、泌尿道、烧伤创面和菌血症等严重感染.铜绿假单胞菌耐药形势日益严峻,给临床治疗带来困难.必需基因是生长过程中必不可少的看家基因,对铜绿假单胞菌必需基因进行深入研究,不仅有助于了解细菌的生长、毒力等基本特性,也有助于筛选新的抗菌药物靶...     

铜绿假单胞菌PIC—N萘降解基因的研究

铜绿假单胞菌ＰＩＣ－Ｎ对萘、邻苯二甲酸、水杨酸等有较强的氧化能力。发现该菌株以萘为底物可诱导产生芳香烃分解酶系。菌株中存在一个５７．４ｋｂ的质粒,经限制性内切酶ＨｉｎｄⅢ处理可产生７个片段,用限制性内切酶ＥｃｏＲ Ⅰ处理可产生８个片段。将以限制性内切酶ＨｉｎｄⅢ部分酶切的片段克隆至大肠杆菌持ｐＭＦＹ４３上,获得２９个克隆株。通过对含有菌株ＰＩＣ－Ｎ质粒ＨｉｎｄⅢ片段的７个重组闰进行限制酶分析,绘出     

基于颜色判定的环介导恒温扩增法快速检测副溶血性弧菌

利用DNA环介导恒温核酸扩增法（LAMP）针对副溶血性弧菌特异基因tlh基因设计4条引物,通过引物特异性识别tlh基因上的6个独立区域来快速检测副溶血性弧菌.LAMP反应的过程中会产生白色沉淀焦磷酸镁,故可以通过监测浊度来判定反应结果.实时浊度仪监测反应结果表明,LAMP反应在60～65℃恒温条件下50min内完成;如果在反应前添加羟基萘酚兰（HNB）,蓝色的阳性结果很明显区别于紫色阴性结果;LAMP方法的最低检出限为9.74pg/μL,PCR方法最低检出限为97.4pg/μL,LAMP方法检测灵敏度是PCR方法检测灵敏度的10倍,且具有良好的特异性.LAMP方法用于快速检测副溶血性弧菌具有检测过程简单、实验装置简便、反应结果肉眼可辨别、灵敏度高和特异性强的特点,所以LAMP方法检测副溶血性弧菌特别适合用于现场和基层检疫及医疗单位的快速诊断.     

绿脓杆菌感染肺炎大鼠模型中的PCR检测方法及IL23的动态变化

目的:探讨PCR技术在绿脓杆菌感染肺炎大鼠模型中进行检测的方法可行性以及大鼠体内IL23的表达水平变化。方法:将健康SD大鼠随机分为3组,空白对照组、实验对照组和肺炎感染组。在绿脓杆菌肺炎模型建立后,设计绿脓杆菌的特异性引物,进行3组大鼠体内绿脓杆菌感染的PCR鉴定,并用qPCR和ELISA技术检测大鼠体内IL23水平变化。结果:①PCR技术检测到肺炎大鼠模型中的绿脓杆菌,其中肺组织检出率为100%,而对照组的PCR结果是阴性。②绿脓杆菌感染肺炎大鼠模型建立后,大鼠的IL23 m RNA逐渐上升,在第3天达到最高值,相比对照组,有显著差异(分别是60852.9±1474.2和1987.7±246.4拷贝,P0.05);血清中的IL23蛋白水平也逐渐上升,在第1周到达最高值,相比对照组,有显著差异(分别是297.4±14.7和123.8±18.3pg/m L,P0.05)。结论:本研究建立了大鼠体内的高特异性、快速、简便绿脓杆菌感染检测PCR方法,发现大鼠IL23在绿脓杆菌感染后显著升高,在绿脓杆菌肺炎和IL23之间建立了联系。     

重组酶聚合酶等温扩增快速检测肺炎支原体方法的建立和初步应用

摘要 目的：建立基于重组酶聚合酶扩增技术（RPA）技术快速检测肺炎支原体的方法。方法：本研究以肺炎支原体编码P1黏附蛋白为靶基因,利用Primer Premier 5软件进行引物、探针的设计,最终筛选出最佳引物。同时设计相应的实时荧光定量PCR（RT-PCR）引物用于后续的验证试验。对反应体系试剂比例、反应时间、反应温度、引物探针浓度进行确定。肺炎支原体、解脲支原体、人型支原体、肺炎克雷伯菌、肺炎双球菌、大肠杆菌和链球菌作为对照评估RPA检测肺炎支原体的特异性及敏感度。结果：RPA快速检测肺炎支原体方法仅需14 min,检测灵敏度达200 copies/mL;6种非肺炎支原体均不能扩增,特异性较高。结论：本研究建立了肺炎支原体的RPA快速检测方法,具有迅速、简便、经济等优势,为肺炎支原体的快速检测提供一个新的有利工具。     

环介导逆转录等温扩增技术(RT-LAMP)在丙型肝炎病毒基因检测中的应用

该文介绍了一种便捷、灵敏而又特异的环介导逆转录等温扩增基因检测技术,该技术分别使用特异对应于靶序列中8个基因区段的3对特殊引物,并在反转录酶和Bst-DNA聚合酶的作用下对靶序列进行等温核酸扩增反应,整个检测反应只需1~2h。利用这种技术成功检测了丙型肝炎病毒基因,对60份经Real-time PCR或RT-PCR验证阳性的血清样品检测,阳性符合率为98%。同时,对扩增终产物进一步进行酶切分析,并与HIV、HBV和不同亚型流感病毒RNA进行交叉反应和特异性测试,均与预期结果吻合。将Real-time PCR定量后的RNA系列稀释后对检测方法的灵敏度进行了测试。结果显示,该技术的检测灵敏度在理论上可达到10个拷贝的RNA分子。以上结果证明,RT-LAMP扩增技术是一种检测程序简单、灵敏度和特异性较高的基因检测手段,在丙型肝炎病毒的快速检测方面具有一定的开发潜力。     

通用PCR法在痰标本真菌检测中的临床应用价值分析

目的:探讨通用PCR法在痰标本真菌检测中的临床应用价值。方法:选择2015年9月至2017年9月本院收治的免疫力低下患者178例作为研究资料,各收集痰标本2份,其中一份用于PCR扩增,另一份经培养后若观察到真菌或可疑菌落,则提取后在此进行PCR扩增测序。比较3种方法对真菌的检出情况、真菌阳性率,与组织病理学结果进行比较,分析3种方法的诊断效能。结果:178份痰标本经平板培养可观察到107份真菌生长,其余71份未见真菌生长。挑取真菌及可疑菌落行PCR结果显示阳性、阴性分别115、63份。对痰标本直接PCR结果显示,阳性、阴性分别124、54份。PCR扩增产物测序结果显示大多是白色念珠菌感染,仅3份是曲霉菌感染。内对照扩增验证结果显示有1份阴性标本存在扩增抑制现象。3种方法的真菌阳性率:直接PCR法痰培养后PCR法痰培养,但组间无显著差异(P0.05)。3种方法诊断效能总体趋势:直接PCR法痰培养后PCR法痰培养,其中直接PCR法与痰培养后PCR法的特异度、准确度均显著高于痰培养法(P0.05),直接PCR法的敏感度显著高于痰培养法(P0.05)。结论:通用PCR法在痰标本真菌检测中的临床应用价值较高,直接PCR具有操作简单、快速等优势。     

腹部超声检查对新生儿坏死性小肠结肠炎的临床应用价值研究

目的:探究腹部超声检查对新生儿坏死性小肠结肠炎(NEC)的临床应用价值。方法:选取2009年1月-2016年12月我院收治116例患有NEC的新生儿作为本次研究的对象,依据修正Bell-NEC分级标准将之分为确诊组(n=50)和疑似组(n=66),再依据临床转归分为手术组(n=37)和内科治愈组(n=79),对比确诊组和疑似组的腹部超声与X线检查结果,以及内科治愈组和手术组的腹部超声与X线检查结果。结果:在确诊组和疑似组中,腹部超声对肠壁积气、门静脉积气的检出率均高于X线摄片(P0.05)。腹部超声还发现了肠道蠕动缓慢、肠道蠕动消失和腹腔积液;内科治愈组腹部超声对肠壁增厚、肠管扩张和腹腔积液的检出率低于手术组(P0.05);内科治愈组X线摄片对肠管扩张的检出率低于手术组(P0.05)。结论:腹部超声能够提高NEC的检出率,且对NEC的临床转归有较好的预测作用。     

Specific and Sensitive Detection of Phytophthora nicotianae by Nested PCR and Loop‐mediated Isothermal Amplification Assays

Phytophthora nicotianae is an important soilborne plant pathogen. It causes black shank in tobacco and other commercially important crop diseases. Early and accurate detection of P. nicotianae is essential for controlling these diseases. In this study, primers based on the Ras‐related protein gene (Ypt1) of P. nicotianae were tested for their specific detection of the pathogen using nested PCR and LAMP assays. For specificity testing, DNA extracts from 47 P. nicotianae isolates, 45 isolates of 16 different oomycetes and 25 isolates of other fungal species were used; no cross‐reaction with other pathogens was observed. The sensitivity assay showed that the nested PCR and LAMP assays had detection limits of 100 fg and 10 fg genomic DNA per 25‐μl reaction, respectively. Furthermore, the nested PCR and LAMP assays were used for the detection of DNA from naturally P. nicotianae‐infected tobacco tissues and soil. Our results suggest that the LAMP assay has the greatest potential for the specific detection of P. nicotianae in regions that are at risk of contracting tobacco black shank disease and that the Ypt1 gene is a novel and effective target of P. nicotianae LAMP visual detection.