加权ceRNA网络筛选乳腺癌生物标志物

竞争性内源RNA (competing endogenous RNA, ceRNA)作为生物标志物和潜在的治疗靶点,在探究肿瘤的发病机制中,表现出了巨大的研究价值和临床应用前景。本文对乳腺癌ceRNA网络进行了系统的分析,首先通过差异分析获得差异miRNA、mRNA和lncRNA,其次利用网络的边聚集系数(edge clustering coefficient,ECC)和皮尔逊相关系数(Pearson correlation coefficient, PCC)计算ceRNA网络节点的权重,最后采用基于随机森林的逐步特征选择(stepwise feature selection based on random forest, SFS-RF)方法筛选出一组可作为乳腺癌生物标志物的RNA——LINC00466、CHL1-AS2和LINC00337,并利用GEO数据库验证了该组RNA对乳腺癌样本的识别情况。此外,通过GO和KEGG通路富集分析探索了该组RNA在乳腺癌中的生物学功能。结果显示:这些RNA作为生物标志物,在识别乳腺癌样本方面具有高精度和高效率等特性,在乳腺肿瘤细胞的增殖及遗传物质的合成等过程中具有重要生物学意义。     

基于TCGA和GEO数据库的胃癌lncRNA筛选与ceRNA网络构建

胃癌(gastric cancer,GC)是我国最常见的恶性肿瘤之一,严重危害人类健康。胃癌发病机制复杂,缺乏特异性预后生物标志物。长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)可作为竞争性内源RNA (competing endogenous RNA,ceRNA),影响microRNA (miRNA)与mRNA的结合,从而影响胃癌的发生、发展。基于TCGA和GEO数据库的转录组数据,筛选GC 中差异表达的 lncRNAs,并构建基于 6 条 lncRNAs(HAGLROS、TMEM92-AS1、LINC01745、HOXC-AS3、SEMA3B-AS1、FEZF1-AS 1)的lncRNA-miRNA-mRNA网络。网络核心基因的KEGG/GO富集和蛋白质互作分析结果显示,lncRNA可能通过miRNA海绵吸附作用,调控胃癌的发生、发展与转移。AC011352.1、AC087636.1、AC093627.1、GAS1RR与胃癌患者的预后相关性具有统计学意义(P<0.05),并可能成为胃癌患者潜在的预后生物标志物。     

PRKAG2-AS1通过AMPK抑制缺氧所致心肌细胞凋亡

目的:探讨PRKAG2-AS1在缺氧所致心肌细胞凋亡中的作用及其可能机制。方法:以人心肌细胞系作为主要研究对象,使用RNA核质分提的方法检测PRKAG2-AS1在细胞中的表达分布模式。将人心肌细胞系分为常氧对照组及低氧组,分别置于常氧环境(21% O2)和低氧环境(1% O2)培养12小时,构建心肌细胞缺氧模型,AnnexinV-FITC/PI流式细胞学检测细胞凋亡,Real-time PCR检测模型中SOD mRNA及PRKAG2-AS1基因表达。对常氧培养条件下心肌细胞通过siRNA及反寡义核苷酸方法分别靶向敲低胞质及胞核内PRKAG2-AS1的表达水平,AnnexinV-FITC/PI流式细胞学检测细胞凋亡,观察PRKAG2-AS1对心肌细胞凋亡的影响;Real-time PCR检测SOD mRNA表达,Western blot检测AMPKγ2亚基蛋白的表达,观察PRKAG2-AS1对SOD mRNA及AMPKγ2蛋白表达的影响。结果:PRKAG2-AS1在心肌细胞胞质及胞核中均有表达,且以胞核为主。PRKAG2-AS1基因表达水平在心肌细胞缺氧模型中明显降低(P<0.05)。对常氧培养条件下心肌细胞,敲低PRKAG2-AS1基因表达,将导致细胞凋亡增加(P<0.05),且敲低胞核中表达细胞凋亡更为明显,同时,敲低PRKAG2-AS1能够引起SOD mRNA表达水平改变(P<0.05),且AMPKγ2蛋白表达水平降低(P<0.05)。结论:PRKAG2-AS1可能通过AMPK途径影响SOD表达,从而调控心肌缺氧损伤中的细胞凋亡。     

肺癌中LncRNA的表达及其与预后的相关性

[目的]筛选出在肺癌组织中特异性表达的长链非编码RNA(lncRNA),并探讨其在肺癌中的表达水平与患者预后的相关性。[方法]从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)下载肺癌临床病理和基因表达谱信息。以|Fold Change|>2和校正后的P值(FDR)<0.05为标准筛选差异表达的lncRNA。对差异表达显著的FOXD3-AS1进行RNA结合蛋白(RBP)预测,并用关联矩阵法构建差异表达的lncRNA-RBP-mRNA共表达网络,继而对共表达mRNA进行Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路富集分析;通过Kaplan-Meier Plotter方法研究FOXD3-AS1与预后相关性。[结果]共筛选出1 362个在肺癌中差异表达的lncRNA,其中表达上调的1 184个,表达下调的178个。与FOXD3-AS1具有共表达关系的mRNA共有11个。KEGG分析这些共表达的mRNA主要富集在黏着连接、结肠直肠癌和松弛素信号通路,RBP预测发现FOXD3-AS1可以与人丝氨酸/精氨酸富有剪接因子SRSF1结合。FOXD3-AS1与肺癌患者生存曲线具有极显著相关性(P<0.01)。[结论]SRSF1居于lncRNA-RBP-mRNA共表达网络的核心位置,在肺癌的发生、发展中起到重要的调控作用,有望成为肺癌免疫治疗的分子靶标。差异表达的FOXD3-AS1可以很好地判断肺癌患者的预后,因此,可以作为潜在的肺癌检测分子标志物。     

SLC2A1-AS1在卵巢癌中的表达及临床意义

摘要 目的：探究lncRNA SLC2A1反义RNA 1（SLC2A1 antisense RNA 1,SLC2A1-AS1）在卵巢癌中的表达情况及与卵巢癌患者预后之间的关系,为卵巢癌的诊断和预后提供一种新的生物标志物。方法：通过多个数据库中的卵巢癌样本信息及其实时荧光定量PCR（Real Time Quantitative PCR,RT-qPCR）分别探究SLC2A1-AS1在卵巢癌中的表达情况及其与卵巢癌患者预后之间的关系,通过免疫荧光实验和划痕实验探究SLC2A1-AS1的表达对卵巢癌细胞的增殖和迁移的影响。通过基因本体(Gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）分析寻找SLC2A1-AS1影响卵巢癌恶性进程的可能机制。结果：基于多个数据库中的生物信息学分析和RT-qPCR验证发现SLC2A1-AS1在卵巢癌中异常低表达,且SLC2A1-AS1低表达与卵巢癌患者的不良预后密切相关。SLC2A1-AS1过表达可明显抑制卵巢癌细胞的增殖和迁移能力。基于GO和KEGG分析,发现SLC2A1-AS1可能通过调控细胞外基质（extracellular matrix,ECM）组分以及ECM受体的相互作用通路抑制卵巢癌的恶性进程。结论：SLC2A1-AS1可能作为一种关键的潜在的生物标志物抑制着卵巢癌的恶性进展。     

LncRNA与肝疾病的研究现状

经过多年探索,对肝脏疾病的研究已取得重大进展,但其发病机制复杂,目前仍未完全阐明。长链非编码RNA(long noncoding RNA,lnc RNA)是非编码RNA中的一种,不具有蛋白编码功能。研究发现,lnc RNA参与调控多种肝脏疾病的生理和病理过程,能在表观遗传、转录和转录后水平发挥重要的调节作用,提示我们lnc RNA可能成为一个新的治疗突破口。本文针对当前lnc RNA在肝疾病中的功能及作用机制进行综述。首先介绍了lnc RNA的功能,再将计算机与生物学相结合概括lnc RNA的四个研究步骤,包括筛选、鉴定、预测及验证,重点阐述lnc RNA与肝纤维化、肝硬化、肝癌及肝移植的近期研究成果,并进一步探讨未来lnc RNA在肝病中的研究方向和应用前景。充分了解肝病的研究现状以及与肝病发生发展有关的lnc RNA分子和生物学功能,为后续研究肝病的机制和治疗提供理论依据和借鉴。     

宫颈鳞状细胞癌组织LncRNA DCST1-AS1、LncRNA MCM3AP-AS1表达与增殖侵袭基因和预后的关系

摘要 目的：探讨宫颈鳞状细胞癌（CSCC）组织长链非编码核糖核酸（LncRNA）DC-STAMP结构域1-反义1（DCST1-AS1）、LncRNA MCM3AP反义RNA 1（MCM3AP-AS1）表达与增殖侵袭基因和预后的关系。方法：选择2018年1月至2020年1月苏州大学第二附属医院收治的124例CSCC患者,取CSCC组织及其癌旁正常组织,实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）检测LncRNA DCST1-AS1、LncRNA MCM3AP-AS1以及增殖基因（YAP1、Piwil2、EZH2、PKCε）和侵袭基因（Rab11、TUG1、Gli1、FoxM1）mRNA表达。患者出院后随访3年。Pearson相关性分析Lnc RNA DCST1-AS1、Lnc RNA MCM3AP-AS1表达与增殖基因、侵袭基因的相关性。分析Lnc RNA DCST1-AS1、Lnc RNA MCM3AP-AS1表达与临床病理特征的关系。绘制Kaplan-Meier曲线分析预后情况,多因素COX回归分析影响CSCC患者预后的因素。结果：CSCC癌组织中Lnc RNA DCST1-AS1表达高于癌旁组织（P＜0.05）,Lnc RNA MCM3AP-AS1表达低于癌旁组织（P＜0.05）。YAP1、Piwil2、EZH2、PKCε、Rab11、TUG1、Gli1、FoxM1 mRNA水平与CSCC癌组织中Lnc RNA DCST1-AS1表达呈正相关（P＜0.05）,与Lnc RNA MCM3AP-AS1呈负相关（P＜0.05）。低中度分化、FIGO分期Ⅲa期、盆腔淋巴结转移CSCC患者癌组织中Lnc RNA DCST1-AS1表达高于高度分化、FIGO分期Ⅰ～Ⅱ期、无盆腔淋巴结转移宫颈癌患者（P＜0.05）,Lnc RNA MCM3AP-AS1表达低于高度分化、FIGO分期Ⅰ～Ⅱ期、无盆腔淋巴结转移宫颈癌患者（P＜0.05）。Lnc RNA DCST1-AS1高表达、Lnc RNA MCM3AP-AS1低表达CSCC患者3年总生存率低于Lnc RNA DCST1-AS1低表达、Lnc RNA MCM3AP-AS1高表达患者（P＜0.05）。多因素COX回归分析显示盆腔淋巴结转移、Lnc RNA DCST1-AS1高表达是CSCC患者预后不良的危险因素（P＜0.05）,Lnc RNA MCM3AP-AS1高表达是保护因素（P＜0.05）。结论：CSCC组织中LncRNA DCST1-AS1表达上调,LncRNA MCM3AP-AS1表达下调,且与CSCC增殖侵袭和预后不良有关。     

新疆食管癌中Myc、TP53表达及其与临床病理因素相关性研究

目的:检测Myc和TP53在食管癌组织和远端无癌组织的表达情况,并分析其与临床病理因素之间的关系,初步探讨Myc和TP53在新疆食管癌发生发展中可能存在的特点。方法:经Trizol一步法提取88例新疆地区食管癌组织及其远端无癌组织标本总RNA,m RNA逆转录为c DNA,经聚合酶链式反应生成产物,运用光密度值即半定量RT-PCR技术检测88例新疆地区食管癌组织、远端无癌组织中Myc和TP53的m RNA表达情况及二者阳性表达率,并分析Myc和TP53的表达与临床病理因素之间的相关性。结果:1 Myc的m RNA相对表达量在食管癌组织中高于远端无癌组织,差异有显著性(P0.01);TP53的m RNA相对表达量在远端无癌组织中高于癌组织(P0.05);2 Myc的阳性表达率在88例食管癌组织中高于远端无癌组织(P0.05);TP53的阳性表达率在远端无癌组织中高于癌组织(P0.05);3Myc的表达与分化程度(P0.01)、TNM分期(P0.01)、淋巴结转移(P0.05)、侵犯深度(P0.05)和族别(P0.05)有关,与性别无关;TP53的表达与侵犯程度(P0.01)有关,与性别、分化程度、TNM分期、淋巴结转移和族别均无关;4 88例食管癌组织中,Myc和TP53的表达呈现负相关(r=-0.501,P0.0 1)。结论:Myc在新疆地区食管癌组织中表达上调,TP53则表达减弱。说明Myc参与食管癌的发生和发展,而TP53则可能保护正常组织不发生癌变。     

长链非编码RNA的免疫调节机制研究进展

真核生物的基因表达受多个层面调控,包括染色体水平、DNA水平、转录水平和转录后水平的调控等.长链非编码RNA(lnc RNA)是一类转录本超过200 nt的非编码RNA,其对基因表达的调控涉及上述各个层面,如组蛋白修饰、DNA甲基化的调控、转录的促进和抑制、m RNA的剪辑及对转录因子的调控等.其作用方式复杂多样,可与DNA、mRNA和蛋白质等相互作用而发挥调节作用.LncRNA保守性较差,但其表达却有较高的细胞、组织和分化阶段特异性.免疫系统的发育和分化受到精密的调控,且具有较高的阶段性和特异性.因此研究lnc RNA的功能及作用机制,免疫系统是较好的选择,这能促进我们对免疫调控的理解,为免疫性疾病的治疗提供新的思路和方法.本文主要介绍lnc RNA的分类和lnc RNA作用的一般分子机制,及其对T细胞、B细胞、固有免疫细胞和炎症因子的分子调控机制及其进展.     

MYC、PTEN和TP53表达与哈萨克族食管癌相关性研究

[目的]检测MYC、PTEN、TP53在哈萨克族食管癌组织和远端无癌组织的表达,分析与临床病理因素的关系,探讨它们在哈萨克族食管癌发生发展中可能存在的关系。[方法]Trizol一步法获取组织标本总RNA,逆转录为c DNA,运用半定量RT-PCR技术检测食管癌组织、远端无癌组织中三个基因mRNA表达量及阳性表达率。[结果]1 MYC mRNA表达量在食管癌组织中高于远端无癌组织(P0.01);PTEN、TP53 mRNA表达量在远端无癌组织中高于癌组织(P0.01,P0.05);2 MYC阳性表达率在食管癌组织中高于远端无癌组织(P0.01);PTEN、TP53阳性表达率在远端无癌组织中高于癌组织(P0.01,P0.05));3MYC表达与分化程度(P0.05)、TNM分期(P0.05)、淋巴结转移(P0.01)和侵犯深度(P0.05)有关;PTEN表达与分化程度有关(P0.05);TP53的表达与上述指标无关;4 MYC和PTEN、TP53表达呈负相关(r=-0.494;r=-0.428);PTEN、TP53表达呈正相关(r=0.531)。[结论]哈萨克族食管癌组织中MYC表达上调,PTEN、TP53低表达或不表达。上述结果说明MYC参与哈萨克族食管癌的发生和发展,PTEN、TP53则是阻止食管组织发生癌变的保护性基因。     

Recent advances in the study of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus replication and pathogenesis

It has now been over twenty years since a novel herpesviral genome was identified in Kaposi's sarcoma biopsies. Since then, the cumulative research effort by molecular biologists, virologists, clinicians, and epidemiologists alike has led to the extensive characterization of this tumor virus, Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus(KSHV; also known as human herpesvirus 8(HHV-8)), and its associated diseases. Here we review the current knowledge of KSHV biology and pathogenesis, with a particular emphasis on new and exciting advances in the field of epigenetics. We also discuss the development and practicality of various cell culture and animal model systems to study KSHV replication and pathogenesis.     

The structure, reproduction and taxonomy of Vidalia and Osmundaria (Rhodophyta, Rhodomelaceae)

Comprises species occurring mostly in subtidal habitats in tropical, subtropical and warm-temperate areas of the world. An analysis of the type species, V. spiralis (Sonder) Lamouroux ex J. Agardh, a species from Australia, establishes basic characters for distinguishing species in the genus. These characters are (1) branching patterns of thalli, (2) flat blades that may be spiralled on their axis, (3) width of the blade, (4) primary or secondary derivation of sterile and fertile branchlets and (5) position of sterile and fertile branchlets on the thalli. Application of the latter two characters provides an important basic method for separation of species into three major groups. Osmundaria , a genus known only in southern Australia, was studied in relation to Vidalia , and its separation from the Vidalia assemblage is not accepted. Species of Vidalia therefore are transferred to the older genus name, Osmundaria. Two new species, Osmundaria papenfussii and Osmundaria oliveae are described from Natal. Confusion in the usage of the epithet, Vidalia fimbriala Brown ex Turner has been clarified, and Vidalia gregaria Falkenberg, described as an epiphyte on Osmundaria pro/ifera Lamouroux, is revealed to be young branches of the host, Osmundaria prolifera.     

New or rare chromosome counts in Artemisia L. (Asteraceae, Anthemideae) and related genera from Kazakhstan

Fifteen chromosome counts of six Artemisia taxa and one species of each of the genera Brachanthemum, Hippolytia, Kaschgaria, Lepidolopsis and Turaniphytum are reported from Kazakhstan. Three of them are new reports, two are not consistent with previous counts and the remainder are confirmations of very scarce (one to four) earlier records. All the populations studied have the same basic chromosome number, x = 9, with ploidy levels ranging from 2x to 6x. Some correlations between ploidy level, morphological characters and distribution are noted.     

肝癌中HBV和HCV基因和抗原的分布及意义

采用原位分子杂交方法检测HCV RNA及HBV X基因;采用免疫组织化学方法研究HCV核心抗原,非结构区C33c抗原及HBxAg在肝细胞肝癌中的定位及分布.结果表明(1)HCV RNA、HBV X基因在肝细胞肝癌组织检出率分别为40%(55/136)和82%(112/136).HCV RNA定位于癌细胞的胞浆内,阳性细胞呈散在、灶状及弥漫分布三种形式;HBV X基因在肝癌细胞中的分布呈胞浆型、核型及核浆型,阳性细胞也呈上述三种分布形式;(2)HCV C33c抗原、核心抗原在肝细胞肝癌中的阳性率为81%(133/164)及86%(141/164).C33c抗原定位于癌细胞及肝细胞的胞浆内;核心抗原既定位于癌细胞核中,又可定位于胞浆中.C33c抗原阳性细胞以灶状分布为主;而核心抗原阳性细     

Selection with two alleles and complete dominance

For a plant selection model with frequency-independent viabilities, fertilities and selfing rates, it is shown that apart from global fixation, for certain parameter combinations a protected polymorphism and facultative fixation (either allele may become fixed according to initial frequencies) may both occur. Facultative fixation requires different selling rates for the dominant and recessive type. Protection of the polymorphism requires resource allocation for male and female function. In this connection the problem of purely genetically caused population extinction is discussed.
For general frequency dependence and regular segregation, the chances for establishment of a completely recessive gene are compared to those of a completely dominant gene. It is proven that the process of establishment of the recessive gene, despite a fitness advantage, may be considerably endangered by drift effects if random mating prevails. The recessive gene may reach the same effectivity in establishment as a dominant gene, only if the recessive homozygote mates exclusively with its own type during the period of establishment.