卵巢癌相关长链非编码RNA的生物信息学挖掘

探讨卵巢癌中差异表达的长链非编码RNA,从NCBI基因芯片数据库GEO下载卵巢癌基因芯片数据GSE14407,用SAM软件输出差异表达的基因,对其进行重注释并筛选出其中的长链非编码RNA,用Gene Cluster和Tree View软件验证SAM软件分析结果。针对该芯片数据,筛出133个在卵巢癌中表达有差异的长链非编码RNA,其中112个上调,21个下调,且这些长链非编码RNA的表达倍数均2或0.5,差异有统计学意义(q值0.05)。用生物信息学方法挖掘普通基因芯片中卵巢癌相关长链非编码RNA是十分有效的方法,可为卵巢癌相关长链非编码RNA的探索提供新途径。     

非小细胞肺癌组织中mir-483-5p的差异表达

目的:寻找非小细胞肺癌组织中微小RNA(miRNA)表达谱的差异,并鉴定非小细胞肺癌组织与癌旁组织差异表达的miRNA。方法:应用miRNA芯片分别检测非小细胞肺癌组织与癌旁组织的miRNA表达丰度,并比较两者中差异表达的miRNA;挑选mir-483-5p通过荧光定量PCR进行验证。结果:非小细胞肺癌组织与癌旁组织检测的miRNA表达谱存在较大差异。其中,鳞癌组织中有16条miRNA上调,22条miRNA下调;腺癌组织中有40条miRNA上调,51条miRNA下调。对mir-483-5p进行了定量PCR验证,发现其在非小细胞肺癌组织中的表达丰度显著高于癌旁的正常组织。结论:mir-483-5p在非小细胞肺癌组织中高表达。     

长非编码RNA THOR在肿瘤中的作用

长非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）是一类长度超过200 nt并且缺乏蛋白质编码潜能的RNA分子。最初lncRNA被认为是由RNA聚合酶Ⅱ转录的副产物,且无生物学功能。随着转录组测序技术的发展,大规模的lncRNA被鉴定出来。越来越多的证据表明,lncRNA参与多种生物学过程,包括基因印记、基因组重排、染色质修饰、细胞周期调控、转录、剪接、mRNA降解和翻译。lncRNA异常表达与人类多种疾病相关,尤其是增生性疾病,包括胃癌、肝癌和直肠癌等。其中,睾丸相关的高度保守的致癌长非编码RNA（testis-associated highly-conserved oncogenic long non-coding RNA,THOR）是一种非常保守的非编码RNA,在睾丸中特异性表达,并广泛存在于人的多种肿瘤组织中,如肝癌、胃癌、鼻咽癌、肾细胞癌、骨肉瘤、视网膜母细胞瘤、黑色素瘤、非小细胞肺癌和舌鳞状细胞癌中,在其发生和发展过程中发挥重要作用。在鼻咽癌、肾细胞癌、骨肉瘤、黑色素瘤、非小细胞肺癌和舌鳞状细胞癌中,THOR主要通过与胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白1（insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1,IGF2BP1）相互作用,促进肿瘤细胞的增殖。在肝癌中,THOR分别通过PTEN/AKT和β-联蛋白信号促进癌细胞的增殖和肝肿瘤干细胞的扩增。在胃癌和骨肉瘤中,THOR主要通过提高SOX9的表达增强癌细胞的干性。在视网膜母细胞瘤中,THOR主要通过提高c-myc的表达促进癌细胞增殖。在鼻咽癌中,THOR主要通过提高YAP的表达增强癌细胞的干性。     

长非编码RNA THOR在肿瘤中的作用

长非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）是一类长度超过200 nt并且缺乏蛋白质编码潜能的RNA分子。最初lncRNA被认为是由RNA聚合酶Ⅱ转录的副产物,且无生物学功能。随着转录组测序技术的发展,大规模的lncRNA被鉴定出来。越来越多的证据表明,lncRNA参与多种生物学过程,包括基因印记、基因组重排、染色质修饰、细胞周期调控、转录、剪接、mRNA降解和翻译。lncRNA异常表达与人类多种疾病相关,尤其是增生性疾病,包括胃癌、肝癌和直肠癌等。其中,睾丸相关的高度保守的致癌长非编码RNA（testis-associated highly-conserved oncogenic long non-coding RNA,THOR）是一种非常保守的非编码RNA,在睾丸中特异性表达,并广泛存在于人的多种肿瘤组织中,如肝癌、胃癌、鼻咽癌、肾细胞癌、骨肉瘤、视网膜母细胞瘤、黑色素瘤、非小细胞肺癌和舌鳞状细胞癌中,在其发生和发展过程中发挥重要作用。在鼻咽癌、肾细胞癌、骨肉瘤、黑色素瘤、非小细胞肺癌和舌鳞状细胞癌中,THOR主要通过与胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白1（insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1,IGF2BP1）相互作用,促进肿瘤细胞的增殖。在肝癌中,THOR分别通过PTEN/AKT和β-联蛋白信号促进癌细胞的增殖和肝肿瘤干细胞的扩增。在胃癌和骨肉瘤中,THOR主要通过提高SOX9的表达增强癌细胞的干性。在视网膜母细胞瘤中,THOR主要通过提高c-myc的表达促进癌细胞增殖。在鼻咽癌中,THOR主要通过提高YAP的表达增强癌细胞的干性。     

长链非编码RNA Dleu2 对宫颈癌细胞增殖、迁移及侵袭的影响

目的:研究长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)Dleu2对宫颈癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。方法:利用高通量Lnc RNA芯片技术检测10例宫颈癌组织及对应的癌旁组织,筛选得到一批表达水平具有显著差异的Lnc RNA,进一步针对可能具有生物学功能的Lnc RNA-Dleu2,利用q-PCR验证其在癌组织样本中的相对低表达。再通过在细胞内过表达Lnc RNA-Dleu2研究其对宫颈癌Hela和Caski细胞系增殖、迁移和侵袭的影响。结果:q-PCR结果验证了Lnc RNA芯片筛选的结果,即相较于癌旁组织和正常宫颈上皮细胞系,Lnc RNA-Dleu2在宫颈癌组织和细胞中均低表达。CCK8和克隆形成实验结果显示,过表达Lnc RNA-Dleu2能显著抑制Hela和Caski细胞增殖能力(P0.01);细胞划痕实验结果显示,过表达Lnc RNA-Dleu2能显著抑制Hela和Caski细胞增殖和迁移能力;Matrigel细胞侵袭实验结果显示,过表达Lnc RNA-Dleu2能显著抑制Hela和Caski细胞的侵袭能力(P0.01)。结论:Lnc RNA-Dleu2在宫颈癌中相对低表达,提高Dleu2表达水平能够抑制宫颈癌细胞系Hela和Caski的增殖、迁移和侵袭能力。     

长链非编码RNA(lncRNA)在氧化型低密度脂蛋白诱导血管内皮细胞损伤中表达谱的变化

目的:探讨长链非编码RNA(long noncoding RNA,lnc RNA)在氧化型低密度脂蛋白(oxidized low-density lipoprotein,ox-LDL)诱导的损伤人脐静脉内皮细胞(human umbilical vein endothelial cells,HUVEC)与正常HUVEC中表达谱的差异。方法:采用lnc RNA芯片检测ox-LDL诱导的损伤HUVEC与正常HUVEC中lncRNA及mRNA的表达差异,筛选出HUVEC损伤相关的lncRNA。结果:相对于正常HUVEC,在ox-LDL诱导的损伤HUVEC中表达上调和下调超过2倍的lncRNAs和m RNAs分别有139种和113种,上调和下调超过4倍的lncRNAs和mRNAs分别有35种和28种。结论:与正常HUVEC比较,ox-LDL诱导的损伤HUVEC中lncRNA的表达谱显著变化,lncRNA可能在血管内皮细胞损伤过程中发挥一定作用。     

喉癌发生相关特异基因筛选与验证

 为了检测喉鳞状细胞癌相关的基因表达变化特征,筛选与喉癌发生相关的特异基因. 从3名患者体内分别取正常喉上皮组织和喉鳞状细胞癌组织.应用基因芯片技术进行基因表达差异分析及系统聚类分析,并进行半定量RT PCR验证部分基因芯片结果.本实验基因芯片包括7 26条探针,其中,在3对样本中,表达发生显著差异的基因共有94条,有31条上调,63条下调,并且系统聚类分析将正常和癌组织各分为一类,半定量RT-PCR结果与芯片结果一致.实验表明,细胞的代谢、生长、信号传递相关基因(如RAN、PDCD10、zyxin、TACSTD1等)参与了喉癌的发生、发展,并可能扮演了重要角色     

大肠癌长非编码RNA的研究进展

长非编码RNA(long noncoding RNA,lnc RNA)是长度大于200 nt,因缺少完整的阅读编码框而不编码蛋白质的一种功能性分子。研究发现,长非编码RNA在众多肿瘤的发生、发展过程中发挥着重要的作用。已有研究报道,在大肠癌细胞中,大量长非编码RNA的表达水平与正常细胞相比有显著差异,在功能上表现为抑癌或促癌作用,广泛参与大肠癌细胞的转移,有些长非编码RNA甚至可以作为大肠癌诊断或预后的潜在标记以及治疗的靶标。该文就在大肠癌发生发展中起重要抑癌或促癌作用的长非编码RNA作一综述,讨论它们在大肠癌中的功能作用及调节机制。     

长链非编码RNA H19促进肝癌细胞增殖和侵袭

目的:肝癌是严重危害人类健康的一类恶性肿瘤,但其发病机制目前仍不明确.虽然长链非编码RNA的异常表达与多种肿瘤的发生密切相关,但在肝癌中的报导尚不多见.因此,本文将探讨长链非编码RNA H19在肝癌组织和正常组织中表达差异,进一步检测其对肝癌细胞增殖和侵袭活性的调控及其分子机制,为开发长链非编码RNA的临床诊断试剂提供实验依据.方法:收集20例肝癌手术患者的癌变组织和20例正常组织,通过real time PCR检测H19的表达差异.在转染或干扰掉该H19后,采用MTT的方法检测HepG2细胞的增殖活性,通过Transwell小室的方法检测HepG2细胞的侵袭活性.结果:real time PCR检测发现H19 mRNA在肝癌组织中高表达,而在正常组织中低表达.过表达H19导致HepG2细胞过度增殖,敲除该lncRNA,细胞增殖和侵袭活性被抑制.结论:H19在肝癌组织中的表达明显高于正常肝组织,并且过表达H19导致肝癌细胞增殖活性增加,而敲除H19会导致肝癌细胞的增殖和侵袭活性明显减弱.该LncRNA在肝癌组织中的过量表达有助于肝癌的临床诊断,同时H19在肝癌的恶性肿瘤生物活性中发挥着重要的作用,因此,H19是一个潜在的治疗肝癌的药物作用靶点,为开发新的抗肿瘤药物提供了新的治疗靶点.     

LncRNA MIR4435-2HG靶向TGF-β1对NSCLC细胞的影响

[目的]探讨长链非编码RNA MIR4435-2HG(LncRNA MIR4435-2HG)靶向上调转化生长因子-β1(TGF-β1)对非小细胞肺癌(NSCLC)细胞迁移、增殖的作用及其初步机制。[方法]检测NSCLC癌组织及其癌旁组织、NSCLC细胞株及正常人支气管上皮细胞(HBE)中MIR4435-2HG和TGF-β1表达。将pcDNA-MIR4435-2HG和pcDNA质粒转染至A549细胞,CCK-8法、Transwell法检测细胞增殖、迁移能力。Western Blot法检测细胞TGF-β1表达。免疫共沉淀验证MIR4435-2HG与TGF-β1靶向作用。[结果]NSCLC组织MIR4435-2HG(1.89±0.52 vs 0.76±0.48)和TGF-β1相对表达量(1.43±0.22 vs 0.37±0.18)均高于癌旁组织(P<0.05);与HBE细胞比较,NSCLC细胞株MIR4435-2HG相对表达量升高(P<0.05),且其中A549细胞高于H226细胞(P<0.05);与阴性对照组比较,MIR4435-2HG过表达组细胞MIR4435-2HG...     

长链非编码RNA与肿瘤的关系及其临床价值

长链非编码RNA（long non-coding RNA,IncDNA）是指长度超过200个核苷酸、具有调控基因表达作用的非编码RNA。近年来研究表明,长链非编码RNA在肿瘤的发生、发展过程中发挥着促癌或抑癌作用,它们参与了细胞凋亡调控、肿瘤浸润与转移等过程;另外,它们还通过表观遗传调控的方式影响肿瘤细胞的生长。它们有希望成为新型肿瘤标志物和肿瘤治疗的靶点,在肿瘤诊断和治疗方面显示出良好的临床应用前号。     

长链非编码RNA在心肌肥厚中的研究现状及进展

长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)的结构、功能存在多样性,参与多种生理及病生理过程,具有重要的功能,是近期的生物医学研究热点之一。长链非编码RNA与多种心血管疾病密切相关,最新的报道发现长链非编码RNA在心肌肥厚的发生和发展中发挥重要作用。本文主要结合长链非编码RNA在心肌肥厚领域的研究现状,综述其在疾病发生发展中的作用和意义。     

REV感染DF-1细胞分泌外体的生物信息学分析

该研究探讨了REV感染DF-1细胞分泌外体携带表达差异的蛋白质和微RNA(micro RNA,mi RNA),及其基因功能和参与的信号通路,为病毒致病机制研究提供了基础。通过蛋白组学和转录组学检测技术,筛选病毒感染组与对照组DF-1细胞分泌外体的差异蛋白质和mi RNA,并利用在线软件数据库对其进行GO功能富集和KEGG信号通路分析。结果筛选到101个差异表达蛋白质,其中56个表达上调,45个表达下调,共参与155条信号通路,参与蛋白质最多的是肿瘤相关通路;并筛选到3个表达上调的mi RNA,其中mi RNA-155、mi RNA-146a-3p编码的靶蛋白(整合蛋白)与差异蛋白质肌动蛋白相关2/3复合体(actinrelated 2/3 complexs,Arp2/3)共同参与肌动蛋白细胞骨架信号通路;差异蛋白质及mi RNA编码靶基因均含有病毒成分,并参与细胞信号转导、免疫、黏附、运动、生物调节等过程。该研究结果表明,REV感染DF-1细胞来源外体表达差异的蛋白质和mi RNA及其参与的生物学过程和信号通路与肿瘤形成密切相关,外体途径可能在REV致瘤机制中具有重要作用。     

非编码RNA在喉癌发生中的作用及其临床意义

喉癌是头颈部最常见的恶性肿瘤之一,喉癌患者吞咽、呼吸及发音功能均可受到严重影响,患者经受“有苦难言”的折磨,生活质量极差。因此,揭示喉癌发病的分子机制,以期提高喉癌早期诊断水平和防治效果一直是该研究领域的热点之一。近年来,随着基因测序技术、转录组学技术和生物信息学技术等分子生物学技术的应用,越来越多的与喉癌发生相关的非编码RNA先后被发现。实验证明,一些短链非编码RNA（如：上调的miR-16、miR-21、miR．106b和miR-1297,下调的let．7a、miR．1、miR．24、miR．34a／c、miR-137、miR-203和miR-206）以及长链非编码RNAf如：H19、HOTAIR和MALAT-1）均被发现参与了喉癌的发生、发展过程,它们发挥着促癌或者抑癌作用,影响细胞的增殖、浸润、转移和凋亡。这些非编码RNA将有可能为喉癌诊断和治疗分别提供新的标志物和治疗靶点。     

牵张应力刺激介导间充质干细胞的信使RNA和长链非编码RNA表达谱变化

目的探讨信使RNA和长链非编码RNA在牵张应力刺激间充质干细胞（MSC）成骨分化中的作用。 方法分离培养正常人骨髓MSC,分为应力组与无应力组,应力组通过FlexCell应力系统对其施加外源性应力（5﹪形变、频率0.1 Hz、作用时间4 h/d）,无应力组不予以外源性应力刺激,通过茜素红实验和碱性磷酸酶实验检测其成骨分化能力改变。提取应力刺激下第7天RNA,进行全基因组及长链非编码芯片表达谱检测,通过生物信息学方法分析和鉴定关键长链非编码RNA。采用两样本t检验进行统计学分析。 结果成骨第14天应力组MSC茜素红定量OD值为1.46±0.19,高于无应力组MSC 0.62±0.08,差异具有统计学意义（t?= -1.99,P < 0.05）。此外,成骨第14天应力组MSC碱性磷酸酶结果（265.3±31.2）U/L,较无应力组（121.2±21.2）U/L升高（t = -12.23,P < 0.05）。通过芯片表达谱检测,牵张应力刺激下成骨第7天共有差异表达信使RNA 598个,差异表达长链非编码RNA 329个。通过KEGG分析提示WNT信号通路是差异表达最明显的信号通路,其中WNT5a表达变化最为明显（6.74倍,P?< 0.01）。通过共表达分析提示lnc-RNA-SSR是调控WNT5a表达的主要长链非编码RNA。 结论牵张应力刺激下MSC的信使RNA和长链非编码RNA表达谱明显改变,其中lnc-RNA-SSR可能通过WNT5a影响MSC成骨分化能力。     

人辅助性T细胞分化过程中长非编码RNA的表达和功能

<正>长非编码RNA(long noncoding RNAs,lncRNAs)是一种长度大于200个碱基,且由于序列中含大量的终止密码因此基本不会翻译成为蛋白的RNA。哺乳动物基因组预计可以编码超过10,000个长非编码RNA。长非编码RNA发挥作用的方式包括转录激活或抑制蛋白编码基因、与mRNA结合影响其翻译、与蛋白结合影响其功能等等,进而参与机体的多种生理和病理过程。已报导在人体和动物模型中,长非编码RNA水平的升高或降低与多种病生理状态相关。初始T细胞分化为效应辅助性T细胞包括TH1,TH2和TH17等亚型。不同亚型的辅助性T细胞表达不同的关键转录因     

肺癌中LncRNA的表达及其与预后的相关性

[目的]筛选出在肺癌组织中特异性表达的长链非编码RNA(lncRNA),并探讨其在肺癌中的表达水平与患者预后的相关性。[方法]从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)下载肺癌临床病理和基因表达谱信息。以|Fold Change|>2和校正后的P值(FDR)<0.05为标准筛选差异表达的lncRNA。对差异表达显著的FOXD3-AS1进行RNA结合蛋白(RBP)预测,并用关联矩阵法构建差异表达的lncRNA-RBP-mRNA共表达网络,继而对共表达mRNA进行Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路富集分析;通过Kaplan-Meier Plotter方法研究FOXD3-AS1与预后相关性。[结果]共筛选出1 362个在肺癌中差异表达的lncRNA,其中表达上调的1 184个,表达下调的178个。与FOXD3-AS1具有共表达关系的mRNA共有11个。KEGG分析这些共表达的mRNA主要富集在黏着连接、结肠直肠癌和松弛素信号通路,RBP预测发现FOXD3-AS1可以与人丝氨酸/精氨酸富有剪接因子SRSF1结合。FOXD3-AS1与肺癌患者生存曲线具有极显著相关性(P<0.01)。[结论]SRSF1居于lncRNA-RBP-mRNA共表达网络的核心位置,在肺癌的发生、发展中起到重要的调控作用,有望成为肺癌免疫治疗的分子靶标。差异表达的FOXD3-AS1可以很好地判断肺癌患者的预后,因此,可以作为潜在的肺癌检测分子标志物。     

长链非编码RNA PCGEM1促进胰腺癌细胞增殖和迁移

该文的目的为探讨长链非编码RNA PCGEM1(long non-coding RNA PCGEM1,lnc RNAPCGEM1)对胰腺癌细胞增殖和迁移的影响。通过荧光定量PCR检测三种胰腺癌细胞以及人胰腺癌组织和癌旁组织中PCGEM1的表达水平,分别在Bx PC3和Pa Tu8988细胞中转染p CDH-PCGEM1及其空载质粒p CDH,在SW1990细胞中转染si RNA和其对照si RNA,分别上调或下调PCGEM1在不同胰腺癌细胞中的表达;细胞克隆形成、CCK-8实验检测细胞增殖能力;Transwell实验检测细胞迁移能力;Western blot法检测MMP2、MMP9和E-钙黏着蛋白的蛋白表达以及荧光定量PCR检测MMP2和MMP9水平。结果表明,PCGEM1差异性表达于三种胰腺癌细胞中,其中SW1990表达水平相对较高,Bx PC3和Pa Tu8988表达水平相对较低。胰腺癌组织中PCGEM1水平高于癌旁组织。过表达PCGEM1后,细胞增殖和迁移能力增强,MMP2和MMP9的蛋白质水平增加,E-钙黏着蛋白的蛋白质水平降低;相反,降低PCGEM1表达,细胞增殖和迁移能力减弱,MMP2和MMP9的蛋白质水平降低,E-钙黏着蛋白的蛋白质水平升高。由此说明,lnc RNA PCGEM1可促进胰腺癌细胞的增殖和迁移。     

中华蜜蜂6日龄幼虫响应蜜蜂球囊菌侵染的长链非编码RNA应答研究

[目的]本研究旨在探究长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)在中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)6日龄幼虫应答蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)侵染过程中的差异表达谱及调控作用.[方法]利用链特异性cDNA建库的RNA-seq技术对未被...