链格孢属小孢子种的RAPD分析

用筛选出的12个随机引物,对链格孢属Alternaria13个小孢子种和作为对照的3个大孢子种共55个分离系(isolates)进行RAPD分析。大孢子种Alternariasolani、A.porri和形态独特的A.leucanthemi在树状聚类图上遗传距离0.44处与所有供试小孢子种区分开,它们彼此之间在遗传距离0.25处相区分,表明所采用的RAPD分析方法适于链格孢种间亲缘关系的研究。所有供试的链格孢小孢子种在遗传距离0.31水平上被聚在一起,表明它们之间的亲缘关系较近。A.infectoria与其它链格孢小孢子种之间遗传距离较远;A.longipes的3个分离系和A.brassicicola的7个分离系在较低的遗传距离上被聚在一起,表明它们是独立的种。其它供试链格孢小孢子种的不同分离系在树状聚类图上未显示明确区分。     

链格孢属小孢子种的RAPD分析

用筛选出的12个随机引物,对链格孢属Alternaria13个小孢子种和作为对照的3个大孢子种共55个分离系(isolates)进行RAPD分析。大孢子种Alternaria solani,A.porri和形态独特的A.leucanthemi在树状聚类图上遗传距离0．44处与所有供试小孢子种区分开,它们彼此之间在遗传距离0．25处相区分,表明所采用的RAPD分析方法适于链格孢种间亲缘关系的研究。所有供试的链格孢小孢子种在遗传距离0．31水平上被聚在一起,表明它们之间的亲缘关系较近。A.infectoria与其它链格孢小孢子种之间遗传距离较远;A.longipes的3个分离系和A.brassiciola的7个分离系在较低的遗传距离上被聚在一起,表明它们是独立的种。其它供试链格孢小孢子种的不同分离系在树状聚类图上未显示明确区分。     

小孢子链格孢OPA2-1核苷酸序列分析及系统发育研究

本研究采用引物对OPA2-1L/OPA2-1R对供试小孢子链格孢菌株OPA2-1区段进行扩增,所有菌株都可获得PCR产物。核苷酸序列分析表明:不同小孢子链格孢种OPA2-1核苷酸序列存在明显差异。利用邻近结合法构建系统发育树,供试菌株被分为8个组,梨黑斑链格孢Alternaria gaisen、长柄链格孢A.longipes、树状链格孢A.arborescens明显被归于不同分支,显示OPA2-1核苷酸序列对这些种均具有区分能力;链格孢A.alternata的一些不同分离物被聚在不同组中,说明链格孢A.alternata存在明显遗传差异,可能为一个复合体。OPA2-1核苷酸序列富于变化,可作为小孢子链格孢系统发育研究的一种有用的手段。     

应用5.8S rDNA及ITS区序列分析链格孢种级分类

对9个链格孢小孢子种和3个大孢子种共20个链格孢菌株的5.8S rDNA及其两侧的ITS1区和ITS2区进行了序列分析。聚类分析结果表明形态差异大的种可以明确加以区分,而供试的9个小孢子种之间差异很小,不能根据对所选区段的序列分析加以区分。传统分类上的滨菊链格孢不属于Alternaria, 其分类地位需进一步研究。     

应用5.8S rDNA及ITS区序列分析链格孢种级分类*

对9个链格孢小孢子种和3个大孢子种共20个链格孢菌株的5.8S rDNA及其两侧的ITS1区和ITS2区进行了序列分析。聚类分析结果表明形态差异大的种可以明确加以区分,而供试的9个小孢子种之间差异很小,不能根据对所选区段的序列分析加以区分。传统分类上的滨菊链格孢不属于Alternaria, 其分类地位需进一步研究。     

应用5．8SrDNA及ITS区序列分析链格孢种级分类

对9个链格孢小孢子种和3个大孢子种共20个链格孢菌株的5．8SrDNA及其两侧的ITS1区和ITS2区进行了序列分析。聚类分析结果表明形态差异大的种可以明确加以区分,而供试的9个小孢子种之间差异很小,不能根据对所选区段的序列分析加以区分,传统分类上的滨菊链格孢不属于Alternaria,其分类地位需进一步研究。     

小孢子链格孢endoPG基因核苷酸序列分析及系统发育研究

对供试小孢子链格孢菌株的内聚半乳糖醛酸酶(endoPG)基因进行扩增,大部分菌株都可获得PCR产物。核苷酸和氨基酸序列比较表明:不同种小孢子链格孢endoPG基因核苷酸序列存在明显差异,甚至表现在氨基酸水平,这些差异可以作为一些种如梨黑斑链格孢、长柄链格孢区分的分子性状。利用邻近结合法构建系统发育树,所有菌株被分为8个聚类组。在系统发育树上,链格孢的一些不同分离物被聚在不同组中,而细极链格孢、链格孢的部分菌株、苹果链格孢、柑橘链格孢、粗柠檬褐斑链格孢、橘树链格孢被聚为一组,显示根据形态学特征划分的这些种与分子性状的不一致性。endoPG基因核苷酸序列富于变化,为小孢子链格孢系统发育研究提供了一种有用的手段。     

小孢子链格孢endoPG基因核苷酸序列分析及系统发育研究

对供试小孢子链格孢菌株的内聚半乳糖醛酸酶(endoPG)基因进行扩增,大部分菌株都可获得PCR产物。核苷酸和氨基酸序列比较表明:不同种小孢子链格孢endoPG基因核苷酸序列存在明显差异,甚至表现在氨基酸水平,这些差异可以作为一些种如梨黑斑链格孢、长柄链格孢区分的分子性状。利用邻近结合法构建系统发育树,所有菌株被分为8个聚类组。在系统发育树上,链格孢的一些不同分离物被聚在不同组中,而细极链格孢、链格孢的部分菌株、苹果链格孢、柑橘链格孢、粗柠檬褐斑链格孢、橘树链格孢被聚为一组,显示根据形态学特征划分的这些种与分子性状的不一致性。endoPG基因核苷酸序列富于变化,为小孢子链格孢系统发育研究提供了一种有用的手段。     

链格孢菌酯酶同工酶分析及其分类学意义

分析了20株链格孢菌的酯酶同工酶聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱,并将酶谱进行聚类分析。结果发现:20株链格孢菌在37%的相似系数处明显分为大孢子组和小孢子组;大孢子组在52%的相似系数处分为6组,每组代表1个种,小孢子组在较高的相似性水平上分组与形态分组结果基本一致。本试验结果还表明:酯酶同工酶电泳方法简单易行,能准确反映种间的微小差异,适用于链格孢属真菌的种级分类,可作为传统形态学分类的一个重要辅助手段。     

玉米弯孢叶斑病菌的形态学分类与RAPD分析

对16个供试弯孢分离株根据其分生孢子的形态进行分类,其中12个为新月弯孢(Curvularia luna-ta),其余4个是画眉草弯孢(C.eragrostidis)。对这些分离株基因组DNA进行RAPD分析发现,一些分属于两种不同弯孢菌的分离株间比同种弯孢的分离株间具有更近的遗传距离,即具有更近的亲缘关系。因此,根据弯孢菌的形态分类和利用RAPD标记的分类结果存在不一致现象。     

河北鸭梨病果上链格孢分离系的形态及分子特性研究

A total of 123 Alternaria isolates were obtained from roting fruits of Pyrus bretschneideri "Ya Li" collected in Hebei Province, China. The isolates, according to morphological characteristics of conidia and sporulation patterns, were segregated into four groups: A. alternata group, A. tenuissima group, A. yaliinficiens group and Alternaria sp. group. Molecular characteristics of part of the isolates were determined using random amplified polymorphism DNA (RAPD) analysis. Based on cluster analysis of RAPD data, large-and small-spored Alternaria spp. were evidently distinguished, and the small-spored species can form five clusters that fundamentally paralleled the morphological groupings.     

Molecular systematics of citrus-associated Alternaria species

The causal agents of Alternaria brown spot of tangerines and tangerine hybrids, Alternaria leaf spot of rough lemon and Alternaria black rot of citrus historically have been referred to as Alternaria citri or A. alternata. Ten species of Alternaria recently were described among a set of isolates from leaf lesions on rough lemon (Citrus jambhiri) and tangelo (C. paradisi × C. reticulata), and none of these isolates was considered representative of A. alternata or A. citri. To test the hypothesis that these newly described morphological species are congruent with phylogenetic species, selected Alternaria brown spot and leaf spot isolates, citrus black rot isolates (post-harvest pathogens), isolates associated with healthy citrus tissue and reference species of Alternaria from noncitrus hosts were scored for sequence variation at five genomic regions and used to estimate phylogenies. These data included 432 bp from the 5' end of the mitochondrial ribosomal large subunit (mtLSU), 365 bp from the 5' end of the beta-tubulin gene, 464 bp of an endopolygalacturonase gene (endoPG) and 559 and 571 bp, respectively, of two anonymous genomic regions (OPA1-3 and OPA2-1). The mtLSU and beta-tubulin phylogenies clearly differentiated A. limicola, a large-spored species causing leaf spot of Mexican lime, from the small-spored isolates associated with citrus but were insufficiently variable to resolve evolutionary relationships among the small-spored isolates from citrus and other hosts. Sequence analysis of translation elongation factor alpha, calmodulin, actin, chitin synthase and 1, 3, 8-trihydroxynaphthalene reductase genes similarly failed to uncover significant variation among the small-spored isolates. Phylogenies estimated independently from endoPG, OPA1-3 and OPA2-1 data were congruent, and analysis of the combined data from these regions revealed nine clades, eight of which contained small-spored, citrus-associated isolates. Lineages inferred from analysis of the combined dataset were in general agreement with described morphospecies, however, three clades contained more than one morphological species and one morphospecies (A. citrimacularis) was polyphyletic. Citrus black rot isolates also were found to be members of more than a single lineage. The number of morphospecies associated with citrus exceeded that which could be supported under a phylogenetic species concept, and isolates in only five of nine phylogenetic lineages consistently were correlated with a specific host, disease or ecological niche on citrus. We advocate collapsing all small-spored, citrus-associated isolates of Alternaria into a single phylogenetic species, A. alternata.     

中国大豆疫霉菌遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,利用13个引物对75个中国大豆疫霉菌分离物和11个美国分离物进行PCR扩增。在78个RAPD标记中,多态性标记为68个,占87.2%。RAPD指纹聚类分析表明,当以相异距离0.3为阈值,86个分离物被划为12个RAPD遗传组,其中J组有54个分离物,占总数的62.8%,包括44个中国分离物和10个美国分离物。在中国大豆疫霉菌群体内,多数分离物之间遗传相似性较低,在DNA水平上存在显著的遗传变异,具有较丰富的遗传多样性。RAPD分组结果未表明大豆疫霉菌DNA多态性特征与病原菌毒力基因构成之间和分离物地理来源之间存在相关性,证明中国不同地区的大豆疫霉菌群体在与大豆品种的互作中发生了广泛的遗传变异,具有DNA遗传进化方向和毒力基因演变的多样性。美国大豆疫霉菌分离物间遗传距离较近,而中国分离物在总体上与美国分离物的遗传距离较远,表明中国大豆疫霉菌具有比较独特的遗传背景。     

中国大豆疫霉菌遗传多样性的RAPD分析*

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,利用13个引物对75个中国大豆疫霉菌分离物和11个美国分离物进行PCR扩增。在78个RAPD标记中,多态性标记为68个,占87.2%。RAPD指纹聚类分析表明,当以相异距离0.3为阈值,86个分离物被划为12个RAPD遗传组,其中J组有54个分离物,占总数的62.8%,包括44个中国分离物和10个美国分离物。在中国大豆疫霉菌群体内,多数分离物之间遗传相似性较低,在DNA水平上存在显著的遗传变异,具有较丰富的遗传多样性。RAPD分组结果未表明大豆疫霉菌DNA多态性特征与病原菌毒力基因构成之间和分离物地理来源之间存在相关性,证明中国不同地区的大豆疫霉菌群体在与大豆品种的互作中发生了广泛的遗传变异,具有DNA遗传进化方向和毒力基因演变的多样性。美国大豆疫霉菌分离物间遗传距离较近,而中国分离物在总体上与美国分离物的遗传距离较远,表明中国大豆疫霉菌具有比较独特的遗传背景。