通过特异PCR扩增和16SrDNA序列分析检测动弯杆菌

细菌性阴道病(Bacterial Vaginosis,BV)是由于细菌过度生长所致阴道微生态非正常改变,从而导致的一类多微生物病(Polymicrobial Diseases)。动弯杆菌(Mobiluncus sp．)与BV发生有密切关系,但该菌为厌氧菌,营养要求苛刻,很难进行纯培养,国内鲜有研究报道。本文先对BV动物模型恒河猴阴道分泌物进行厌氧菌混合培养,抽提混合物染色体DNA,之后设计了一对动弯杆菌16SrRNA基因的特异性引物,用PCR的方法扩增出了特异片段。通过对扩增产物进行测序分析,确定检测出的为动弯杆菌,并且与羞怯动弯杆菌极为相似。     

细菌性阴道病肠道菌群与阴道菌群16S rDNA测序分析

目的通过对细菌性阴道病(BV)患者肠道菌群及阴道菌群16S rDNA扩增子测序,分析其结构、多样性、相关性以及BV对肠道菌群的影响,为今后治疗BV提供新的思路。方法选取符合纳入标准的BV患者11例(BV组),健康者9例(C组),留存阴道分泌物及新鲜粪便进行16S rDNA基因检测分析。结果C组阴道菌群以乳杆菌属为主,BV与加德纳菌属、普雷沃菌属、Sneathia、窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)、阿托波菌属、Shuttleworthia、巨型球菌属密切相关。BV组肠道、阴道菌群丰富度均高于C组。Alpha多样性分析中C组和BV组肠道菌群、阴道菌群的Shannon指数组间比较,χ²值为29.137, P=0.000<0.05,两组阴道菌群Shannon指数组间比较差异具有统计学意义(P<0.05),BV组高于C组。物种多样性曲线反映本研究样本测序数据量的合理性,表明BV组的肠道菌群多样性、丰富度均高于C组,主坐标分析表明C组肠道与阴道的菌群结构差距较大,BV组肠道与阴道的菌群结构有相似之处,且两组肠道菌群结构接近。BV组阴道菌群中厚壁菌门丰度较C组低,放线菌门、拟杆菌门较C组高;BV组肠道菌群中拟杆菌门丰度较C组低;C组肠道中拟杆菌门明显高于阴道,厚壁菌门明显低于阴道; BV组阴道菌群中放线菌门丰度高于C组,差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论BV阴道菌群与肠道菌群具有相关性,BV可能引起肠道菌群结构比例和多样性的改变。     

沙坡头地区根瘤菌DNA同源性及16SrDNA全序列

数值分类和多位点酶电泳分析表明,分离自宁夏沙坡头 地区的12株根瘤菌构成一个独立的表观群。对这一菌群进行了DNA同源性和群内中心菌株1 6SrDNA全序列分析。12个菌株的G+C mol%在56.4～62.2范围内;群内DNA同源性为72.3% ～9.5%,大于70%,属种内水平;中心株N220的16SrDNA全序列与参比菌株的序列比较,从 模拟系统发育树看出,它与三株土壤杆菌、三株根瘤菌的16SrDNA序列同源性在94.8%～99 .2%的相似性水平上构成一个分支,看来沙坡头地区这群根瘤菌是一个独立的新种群。     

健康妇女及3例细菌性阴道病患者阴道菌群的非培养分析

根据Amsel标准及Nugent标准, 确诊筛选健康妇女及细菌性阴道病(bacterial vaginosis, BV)患者各3例。提取其阴道分泌物样本的总DNA, 构建16S rRNA基因克隆文库, 并对阳性克隆进行ARDRA和测序分析。结果表明, 健康妇女样本的基因文库中, 分别以卷曲乳酸杆菌(L. crispatus)和惰性乳酸杆菌(L. iners)的克隆子占较大比例, 另外存在少量的阴道乳酸杆菌(L. vaginalis)或詹氏乳酸杆菌(L. jensenii)的克隆子。BV患者样本的基因文库中, 克隆子所代表的菌种类型明显增多, 但均以阴道加德纳氏菌(Gardnerella vaginalis)和阴道阿托波氏菌(Atopobium vaginae)的克隆子占较大比例, 且无乳酸杆菌克隆子。说明健康妇女阴道菌群的种类单一, 以乳酸杆菌占优势, L. iners为优势菌种之一; BV患者阴道菌群的种类复杂多样, 但均以Gardnerella vaginalis及Atopobium vaginae共同占优势。     

鸡眼草根瘤菌的１６SrDNA全序列分析

Based on the previous studies on numerical taxonomy, SDS-PAGE of whole-cell protein and DNA hybridization, the rhizobial strains isolated from Kummerowia sp. in semi-arid area of North-west constituted a new subgroup, the 16S rDNA sequence of representative strain SH714 were tested. The unrooted phylogenetic tree was produced. In this tree, the strain SH714 with Sinorhizobium xinjiangensis, S. fredii, S. meliloti, S. medicae, S. saheli and S. teranga constituted a branch of Sinorhizobium. Within this branch, the similarity valuse of 16S rDNA sequence between strain SH714 and S. xinjiangesis, S. fredii, S. meliloti, S. medicae, S. saheli and S. teranga were 97.4%, 97.5%, 96.8%, 96.7%, 97.2% and 95.6% respectively, the values were more than 95%, this indicated that these known species should belong to the same genus. The values of DNA homology between type strains of these species were less than 70%. Thus, the strain SH714 represented a new rhizobial species, and there were some diversity between SH714 and known rhizobial species in phenotypic feature and composition of protein.     

890例疑似细菌性阴道病患者阴道分泌物检测结果与分析

目的探讨BV三项检测法在阴道感染诊断中的价值。方法对890例阴道分泌物进行常规检查和BV三项检测。结果 890例疑似细菌性阴道病患者中,BV三项检测法检出BV患者772例(占总数的86.74%),常规镜检(Am sel标准法)检出BV患者763例(占总数的85.73%),二者的符合率为93.40%,具有中度一致性(Kappa=0.746,P0.05)。890例疑似细菌性阴道病患者中,BV合并VVC感染患者129例(占总数的14.49%),BV合并TV感染患者41例(占总数的4.61%),混合感染(BV+VVC、BV+TV)的发病率达到了19.10%(170/890)。结论 BV三项检测法不仅可初筛混合感染,而且与Am sel标准法在诊断BV方面具有较高的一致性,该检测方法快速准确,适宜临床推广与应用。     

细菌性阴道病及其合并盆腔炎患者的阴道菌群分析

目的 对比细菌性阴道病及其合并盆腔炎患者与健康个体的阴道菌群,分析阴道菌群的结构,为确定该疾病的特征细菌及研究致病机制奠定基础。方法 采用临床Amsel标准筛选的17例细菌性阴道病患者、13例细菌性阴道病合并盆腔炎患者和52例健康者,使用无菌拭子采集阴道后穹窿分泌物以提取细菌基因组DNA。采用PCR技术扩增上一步得到的16S rRNA片段,而后将扩增产物通过变形梯度凝胶电泳（DGGE）分离以得到阴道细菌种属结构图谱,应用Quantity One软件进行聚类分析,应用凝胶测序法进行特异条带分析。检测16S rRNA基因,具体研究样品中的物种分类。结果 细菌性阴道病及其合并盆腔炎患者的阴道菌群的构成与健康者相比较具有显著性差异。其中,Firmicutes等菌门细菌减少,Actinobacteria等菌门细菌增多;G. vaginallis、P. vaginallis等厌氧菌数量均增加,L.crispatus、L.iners等益生菌数量均有减少。结论 细菌性阴道病及其合并盆腔炎患者的生殖道内的合并感染改变了阴道内的原有微生态平衡。两组疾病组患者的阴道菌群构成相比于健康对照组变化明显。     

492例细菌性阴道病患者加德纳菌检测与药敏分析

目的了解当地女性细菌性阴道病(BV)患者中阴道加德纳菌(GV)的感染情况以及GV对常用抗菌药物的敏感性,为BV的诊断和治疗提供依据。方法对收集的492例BV患者和151例正常健康妇女的阴道分泌物进行GV的分离培养与鉴定,并对分离菌进行常用抗菌药物敏感性试验。结果 492例BV患者GV阳性率为27.8%,健康妇女GV阳性率为7.9%,两者比较差异有统计学意义(P<0.05)。分离的GV对万古霉素和克林霉素均较敏感,对头孢噻肟、四环素、左氧氟沙星、氨苄青霉素、红霉素、甲硝唑的敏感性依次降低。结论 GV为当地BV患者的重要病原菌之一,且对万古霉素和克林霉素均较敏感,对甲硝唑的敏感性最低。     

BV三联法在细菌性阴道病诊断中的应用与评价

目的探讨BV三联法在诊断细菌性阴道病中的临床价值方法用BV三联法（检测患者阴道分泌物中的过氧化氢浓度、唾液酸苷酶、白细胞脂酶）和Amsel法（检测阴道分泌物并对阴道分泌物进行涂片革兰染色镜检）。结果BV三联法与Amsel法结合涂片革兰染色结果差异无显著性（P〈0．05）。结论BV三联法是一种新型、简便、快速的方法,可用于临床辅助诊断细菌性阴道病。     

乳酸菌阴道胶囊干预对孕晚期细菌性阴道病患者阴道菌群及分娩结局的影响

目的 探讨乳酸菌阴道胶囊干预对孕晚期细菌性阴道病（BV）患者阴道菌群及分娩结局的影响。方法 2017年12月‒2019年2月在泰山医学院附属青岛医院接受治疗及分娩的BV患者136例,参照随机数表法分为对照组、研究组各68例。对照组患者接受甲硝唑治疗,研究组患者接受乳酸菌阴道胶囊＋甲硝唑治疗。持续1周后,对比两组患者的疗效、乳酸菌计数情况、用药不良反应发生情况的差异,记录两组患者分娩结局。结果 治疗1周后,两组患者的疗效分级差异有统计学意义（U=7.062、P=0.029）;治疗总有效率的差异无统计学意义（2=2.030、P=0.154）。两组患者的阴道乳酸菌计数分级差异有统计学意义（U=9.179、P=0.047）,研究组患者的乳酸菌计数正常率高于对照组患者（2=6.103、P=0.013）。用药期间,两组患者皮肤瘙痒、下腹疼痛、头晕头痛等不良反应发生率差异无统计学意义（2=0.341、1.007、0.208,P=0.559、0.316、0.649）。两组患者均无一例发生心律失常。研究组患者的胎膜早破、早产、产褥感染、子宫内膜炎发生率低于对照组患者（2=4.087、4.561、3.765、4.121,P=0.043、0.033、0.049、0.042）。两组患者的新生儿感染、新生儿高胆红素血症发生率差异无统计学意义（2=2.030、2.944,P=0.154、0.086）。结论 乳酸菌阴道胶囊干预对优化孕晚期BV患者阴道菌群、改善妊娠结局具有一定积极作用。     

需氧菌阴道炎、细菌性阴道病阴道菌群分析

用阴道分泌物直接涂片、革兰染色、选择性培养分离和细菌预成酶谱分析等微生物学方法和生物化学方法,分析了正常女性、AV、BV患者的阴道菌群。正常女性阴道中以乳酸杆菌为主,产H2O2乳酸杆菌的检出率89%,AV的致病菌主要是革兰阳性率需氧菌、检出率可达80%,其中金黄色葡萄球菌,粪肠球菌和埃希氏大肠菌较为常见,B族链球菌的检出率较低;BV的致病菌主要是厌氧菌,以革兰阴性厌氧菌的检出率最高,加德纳菌的检出率不足40%。48例BV患者中有8例合并AV感染,31例AV患者中有6例合并BV感染。细菌谱分析发现,AV患者易感染消化链球菌、普雷沃菌等厌氧菌和加德纳菌,BV患者易感染粪肠球菌、大肠埃希菌等需氧菌。     

16S rDNA library-based analysis of ruminal bacterial diversity

Bacterial 16S rDNA sequence data, incorporating sequences > 1 kb, were retrieved from published rumen library studies and public databases, then were combined and analysed to assess the diversity of the rumen microbial ecosystem as indicated by the pooled data. Low G+C Gram positive bacteria (54%) and the Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides (40%) phyla were most abundantly represented. The diversity inferred by combining the datasets was much wider than inferred by individual studies, most likely due to different diets enriching for bacteria with different fermentative activities. A total of 341 operational taxonomic units (OTU) was predicted by the Chao1 non-parametric estimator approach. Phylogenetic and database analysis demonstrated that 89% of the diversity had greatest similarity to organisms which had not been cultivated, and that several sequences are likely to represent novel taxonomic groupings. Furthermore, of the 11% of the diversity represented by cultured isolates (> 95% 16S rDNA identity), not all of the bacteria were of ruminal origin. This study therefore reinforces the need to reconcile classical culture-based rumen microbiology with molecular ecological studies to determine the metabolic role of uncultivated species.     

橡树岭军团菌的分离及用16S rDNA测序法的鉴定

军团菌属（Ｌｅｇｉｏｎｅｌａ）自１９７１年确定以来,现已有３９个成员。军团菌属主要分布于供水系统中,如空调冷却塔水和浴池淋浴水中。我们曾于１９９４年从北京某宾馆冷却塔水中分离出一株可疑军团菌,但因缺乏标准抗血清而未能定种。由于核酸分析技术和细菌鉴定观念上进步,使我们能根据１６ＳｒＤＮＡ序列比较推测细菌间进化关系,并进而对未知细菌进行鉴定和检测。我们用以１６ＳｒＤＮＡ为靶序列的ＰＣＲ和测定鉴定,确定了该分离株为橡树岭军团菌（Ｌ．ｏａｋｒｉｄｇｅｎｓｉｓ）。     

恢复阴道微生态对复发性老年性细菌性阴道病的疗效观察

目的 探讨用乳酸菌阴道胶囊恢复阴道微生态对提高复发性老年性细菌性阴道病的治愈率,降低复发率的临床疗效观察。方法 120例复发性老年性细菌性阴道病患者随机分成两组,对照组60例,研究组60例。对照组使用甲硝唑联合雌三醇乳膏,连续使用7 d;研究组是在对照组基础上再连续使用乳酸菌阴道胶囊和雌三醇乳膏10 d,停药后一周进行妇科检查及阴道分泌物复查,并对两组症状改善情况进行比较,停药后第1、2、3个月各随访一次,比较两组复发情况。结果 研究组患者临床症状改善情况明显好于对照组,差异有统计学意义（Ps<0.05）。研究组治疗后第1、2、3个月复发率分别为0.00%,5.00%,5.00%,对照组第1、2、3个月复发率分别为11.67%,20.00%,25.00%。研究组复发率明显低于对照组,两组比较Ps<0.05,差异有统计学意义。结论 在复发性老年性细菌性阴道病治疗中给予乳酸菌阴道胶囊恢复阴道微生态,可明显提高治愈率,降低复发率。     

Molecular characterization of Serratia marcescens strains by RFLP and sequencing of PCR-amplified 16S rDNA and 16S-23S rDNA intergenic spacer

AIMS: To establish the specific DNA patterns in 16S rDNA and 16S-23S rDNA intergenic spacer (IGS) regions from different kinds of Serratia marcescens strains using polymerase chain reaction (PCR), restriction fragment length polymorphism (RFLP) and sequences analysis. METHODS AND RESULTS: Two pairs of primers based on the 16S rDNA and 16S-23S rDNA IGS were applied to amplify the rrn operons of two kinds of S. marcescens strains. About 1500 bp for 16S rDNA and four fragments of different sizes for 16S-23S rDNA IGS were obtained. PCR-amplified fragments were analysed by RFLP and sequence analysis. Two distinct restriction patterns revealing three to five bands between two kinds of strains were detected with each specific enzyme. According to the sequence analysis, two kinds of strains showed approximately 97% sequence homology of 16S rDNA. However, there was much difference in the sequences of IGS between the two kinds of strains. Intercistronic tRNA of strains H3010 and A3 demonstrated an order of tRNA of 5'-16S-tRNA(Ala)-tRNA(Ile)-23S-3', but strain B17 harboured the tRNA of 5'-16S-tRNA(Glu)-tRNA(Ile)-23S-3'. CONCLUSIONS: The method was specific, sensitive and accurate, providing a new technique for differentiating different strains from the same species. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: This paper provided the first molecular characterization of 16S rDNA and 16S-23S rDNA IGS from S. marcescens strains.