基于SNP标记的玉米自交系类群划分方法和分群功效评估指标的比较

随着高通量测序技术的不断进步带来的SNP标记成本的持续下降,可用于种质资源分群和分子育种应用中基因型鉴定的SNP位点数越来越多,亟需系统地比较不同分群方法以便找到最合适的分群法和最可靠的分群功效评估指标。本研究比较了4个分群方法(包括目前常用的邻接算法(NJ法)、SNPhylo法、ADMIXTURE+SNPs和在ADMIXTURE+SNPs基础上开发的ADMIXTURE+Tag SNPs分群法),以及4个分群功效评估指标(PCA散点图、群体遗传指标GD和PIC及贝叶斯统计指标BIC)在利用GBS简化基因组测序产生的525141个SNPs位点数据将490份玉米自交系划分成3个和6个亚群时的表现。结果表明:4个评估指标中的PCA散点图和BIC指标(BICBW,SBIC)探测亚群间变异的能力强,是评估不同分群方法分群功效的可靠指标,而GD和PIC探测亚群间变异的能力差,不适合用作分群功效的评估。结果还表明,4个分群法均为有效分群法,所以都可用于种质资源分群,但ADMIXTURE+Tag SNPs分群法划分的亚群边界清晰,亚群间个体混杂少,相对群间变异度大,综合表现最好,而SNPhylo法的综合表现最差。考虑到ADMIXTURE+Tag SNPs需要输入的SNP标记数显著少于其他3种分群法,因而实际应用中基因型鉴定的成本最低,所以建议在遗传资源研究和分子育种应用中首选该分群法。     

黄胸散白蚁分群活动的研究

通过对21年黄胸散白蚁分飞资料的研究,在宜昌地区其分群活动有如下特点:1.分群期为2～4月,高峰期3～4月初,始飞期2月下旬至3月底,常现期为3月中旬;2.起飞时间最早为9时,最迟为18时30分,起飞时间的迟早与温窿密切相关;3.每个巢群一般飞两次以上,最多有飞5次的;4.分群具有间断性;5.影响分群期迟早的前期 气象因子主要是分群前一年的气压和降水量;6.分群时对近期气象条件有严格的要求,其中温度是主要的;7.喜在多云和晴天的天气分群。     

90株链球菌血清学及生化特征分群鉴定的研究

本文报告90株链球菌血清学和生化特征分群鉴定结果。研究结果表明,90株链球菌用血清学分群,属A群的63株,B群3株,C群12株,D群10株,G群2株。采用生化鉴定,对链球菌属的确认有参考价值。对分群鉴定无鉴别意义。我国过去沿用的非血清学推测性分群法,只适用于B、D群和绝大部分A群菌的鉴定,对C群和G群菌无鉴别意义。因此,在链球菌分群鉴定时,要采用血清学方法,对非血清学推测性分群需进一步完善,以提高其鉴定的准确性。     

杭州黄胸白蚁(Reticulitermes flaviceps Oshima)分群期预测

1.黄胸白蚁的大翅蚁分群观察尚系初次报道。 2.黄胸白蚁大翅蚁的分群期在杭州一般在3月中旬,特殊气候情况下可提早至2月底或延迟到4月底出巢。 3.本观察初步掌握黄胸白蚁大翅蚁于春雨后,天气转暖,气温到达20℃的晴天,于中午12时—下午2时(有时可延迟到4时)气压急速下降到760毫米以下(一般在750—755毫米间)便进行分群。大翅蚁较少的蚁群一般一次分群完毕,较大窝可连续进行几日,如次日天气条件不符合(如天转冷及阴雨或气压上升等)则可延至条件足够时再进行分群。 4.由于近时天气预告的进步,对天气情况如气温,气压等变化已能预测,故对黄胸白蚁大翅蚁的出巢分群也能预测。 5.黄胸白蚁大翅蚁的分群期既能预测,提供了地板下蚁巢位置的确定,故对及时扑灭白蚁工作创造了良好的有利条件。     

家白蚁(Coptotermes formosanus Shiraki)分群生物学的初步研究

家白蚁分群是分期分批进行的,一个群体内的成虫出现期表现出先后差异,若虫甚至有重叠现象。 分群时对温度、湿度和气压均有比较严格的要求。在广东地区,分群一般在每年4月下旬或5月初为始飞期,5月中为高峰期,分群末期则发生在5月下旬到6月之间。分群时气温在21.7—29.4℃的范围,多数在26—27℃;大气相对湿度介于82—99％之间,以85—90％最为常见;气压低于一个大气压;降水量的条件要求不甚严格。     

V型分泌系统(T5SS)在禽致病性大肠杆菌中的分布及流行情况

【背景】禽致病性大肠杆菌(Avian pathogenic Escherichia coli,APEC)可引起禽的大肠杆菌病,严重危害养禽业。V型分泌系统(Type V secretion system,T5SS)在APEC感染过程中发挥重要作用。【目的】分析不同致病型大肠杆菌的T5SS在APEC中的分布规律,探讨T5SS与APEC的大肠杆菌进化分群及其他毒力因子的关联性。【方法】根据大肠杆菌的15个T5SS序列设计特异性引物,采用PCR检测T5SS在APEC临床分离株中的分布;分析APEC菌株的系统进化分群及毒力因子分布,探讨T5SS分布和APEC系统进化分群及毒力因子的相关性。【结果】T5SS在APEC临床分离株中广泛分布,其中ydeK和pplfP的分布率最高,分别为98.55%和92.03%;而upaC和pic的分布率均低于10%。系统进化分群结果显示,APEC主要属于A、B1和D进化分群,B2群较少;T5SS分布和进化分群分析发现ehaA、ehaB、pic、vat在D进化分群APEC菌株中分布率较高,而ehaG、ag43/flu、apaC主要分布于A及B1群APEC中。然而,T5SS和APEC其他毒力基因分布无明显的关联性。【结论】T5SS广泛存在于APEC分离株中,且部分T5SS分布与大肠杆菌系统进化分群存在关联性。     

黄翅大白蚁的分群孔图象与主巢方位的关系研究

前言 我国南方诸省危害土质堤坝的主要白蚁危害种,一般多为黑翅土白蚁Odontotermes formosanus(Shiraki),其次是黄翅大白蚁Macrotemes barneyi Light。然而也有些水库则以黄翅大白蚁为主,如广东湛江志满水库1982年据分群孔普查出黄翅大白蚁21巢,其中分群孔图象标记清楚的有12巢例;黑翅土白蚁只有一巢例;海南土白蚁7巢例;黄翅大白蚁占该坝白蚁危害种数的72.41％。 为提供堤坝白蚁找巢技术,从1978—1982年对黄翅大白蚁的分群孔分布图象与主巢方位的关系进行了研究。     

家白蚁分群活动的若干特点

分群飞翔是家白蚁Coptogermes formosanus Shiraki进行分群迁移的重要生物学现象。掌握家白蚁分飞的特点,对于研究家白蚁的生物学、生态学及提高防治效果,都是很必要的。我们根据21年249天共591次分飞记录进行研究,发现有些问题与以往的某些报道有所出入,特作报道,供参考,供讨论。     

根瘤菌多相分类的研究进展

根瘤菌可以入侵豆科植物形成根瘤或茎瘤,并可固定空气中的氮为其宿主植物提供必需的氮素营养。根瘤菌的分类系统可分为早期根瘤菌的分类系统和现代根瘤菌的分类系统两个阶段。根瘤菌的多相分类技术包括表型的分群方法和遗传型的分群方法两大类。     

聚合酶链反应法在溶脲脲原体分群鉴定中的应用进展

溶脲脲原体包括14个血清型,分为2个生物群。溶脲脲原体可以引起绒毛膜炎、早产、流产、新生儿肺炎、慢性肺病等疾病。许多研究认为溶脲脲原体2个生物群的致病性是有差异的。因此．临床上需要一种能够对溶脲脲原体分群鉴定的诊断方法。鉴于聚合酶链反应在微生物学领域的广泛应用,本文对近年来各种聚合酶链反应在溶脲脲原体分群鉴定中的应用进行了综述。     

解脲脲原体分子生物学分群和分型

解脲脲原体(Uu)常寄居于人泌尿生殖道,可引起绒毛膜羊膜炎、新生儿脑膜炎,尿道炎等疾病,也可引起呼吸道疾病和死亡.研究表明,Uu的某个群或型与疾病相关,所以研究Uu的分群和分型方法对理解疾病的发病机制和临床治疗有重要作用.本文对Uu的分子生物学分群和分型方法作一综述.     

海南土白蚁的生物学特性

海南土白蚁是我国南方诸省土质堤坝的重要危害种类.本文较详尽地研究了该种的形态、初级群体和分群活动.     

黑胸散白蚁(Reticulitermes chinensis Snyder)在西安市的为害概况及其分群预测

西安市近年来黑胸散白蚁为害日增,每年有不少房屋需加修缮或拆除。我对其为害地点和分群时的条件,作了些观察和记录,今将初步结果整理介绍于下。     

应用分群孔分布图象判断巢位技术中出现的差误商榷

<正> 在应用黑翅土白蚁的分群孔分布图象判断主巢方位技术中,在论出现误差之前,必须再进一步明确该项技术研究成果的条件和适用范围(详见李栋等1983昆虫学报26(1):30。 该项研究是在正常的特定堤坝环境条件(未经加高培厚)下进行的,因此,鉴定的黑翅土白蚁的分群孔分布图象判断巢位技术成果,也只能适用于未经加高培厚的匀质土堤坝上。     

利用微卫星遗传标记对恒河猴进行遗传同质性分群的探索

目的探索建立利用微卫星遗传标记对中国恒河猴免疫遗传学同质性分群的方法。方法根据已报道的中国恒河猴和印度恒河猴微卫星标记和与MHC基因高度连锁的微卫星遗传标记,对52只恒河猴进行了微卫星检测和遗传同质性分群。结果依据判断标准,可以将检测的恒河猴分为印度恒河猴,中国恒河猴和无法判定来源的恒河猴3个地理类别,并根据MHC附近的微卫星遗传标记将其分为若干MHC基因相同的同质性群体。结论此方法的建立将有利于恒河猴参与的实验分组,也为恒河猴繁殖管理提供了参考。     

多能造血干细胞的表面抗原

多能造血干细胞表面存在四类抗原,即小鼠脑相关抗原、与淋巴细胞共有的抗原、组织相容性抗原以及其它一些抗原。本文简要介绍了这些抗原对多能造血干细胞分群以及对调节造血干细胞增殖、分化过程的作用。     

羚牛防御行为的观察

1995年8月到1996年8月对陕西佛坪自然保护区境内的72群次羚牛(独牛31只次, 羚牛群41次) 的防御行为进行了观察。羚牛的防御行为包括发现、警觉、示警、御敌4种方式。羚牛通过视觉、嗅觉和听觉发现异常情况, 但其听觉更为敏锐。羚牛十分警觉, 稍有异常就会进入警觉状态, 警觉行为持续的时间为18.26±18.08 s。所有的羚牛个体均能通过声音和动作向同伴进行示警, 但3龄以下的个体发出的示警行为往往不能得到重视。御敌行为包括聚集、威吓、护幼、攻击、逃跑。逃跑是羚牛躲避敌害的主要手段, 在72群次中逃跑的羚牛占95.8%。羚牛逃跑时往往进行长距离的迁移并具有分群的现象, 但仍会返回原地。群体的大小对羚牛的分群行为有影响, 群体越大, 分群逃跑的可能性也越大。羚牛具有明显的护幼行为, 当群体中有幼仔时羚牛的攻击性增大。独牛攻击人的可能性要比群牛大。     

宜昌市的黄胸散白蚁及其防治

黄胸散白蚁 Reticulitermes flaviceps (Oshima)对建筑物的危害,在宜昌市仅次于家白蚁。几年来,我们在防治家白蚁的同时,对黄胸散白蚁也进行了一些观察和防治工作,摸索了一些经验。现将其为害情况、分群活动及防治体会整理如下。     

大鵟对不同数量布氏田鼠越冬洞群的选择偏好

布氏田鼠(Lasiopodomys brandtii)在冬季会形成数量不同的越冬集群,不同大小的集群会面临着不同的捕食风险。2004年秋季在内蒙古锡林郭勒盟典型鼠害草场,采用鼠洞口数量多少作为布氏田鼠秋季集群大小的指标,分析了大鵟(Buteo hemilasius)对不同大小集群的布氏田鼠集群的捕食选择偏好。结果表明：大鵟优先选择集群数量高的布氏田鼠集群,这表明数量高的布氏田鼠集群更容易吸引猛禽类天敌的捕食,该结果可以解释布氏田鼠在秋季出现的分群行为。由于捕食风险的存在,布氏田鼠借助秋季的分群行为以降低冬季集群大小和被捕食风险,从而避免成为捕食性天敌首要攻击的目标,该结果验证了最优集群理论。     

广州地区207株乙型溶血性链球菌血清学分群及对药物敏感性试验

乙型溶血性链球菌能引起急性咽炎、扁桃腺炎、猩红热和化脓性疾病等。也是继发风湿热和肾炎的主要病因。为了给链球菌所致疾病的防治工作提供科学依据,我们对广州地区207株乙型溶血性链球菌进行了血清学分群和药物敏感试验,现将试验结果报道如下: