水稻(籼稻)全基因组框架序列研究简介

水稻为世界一半以上的人口提供了主要食物。水稻基因组的常染色质部分长约 43 0个ｍｂ ,是拟南芥基因组长度的 3 .7倍 ,约为人类基因组长度的七分之一。我们最近完成了水稻的籼亚种——— (ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａＬ .ｓｓｐ .ｉｎｄｉｃａ)中的全基因组序列草图的绘制 (Ｓｃｉｅｎｃｅ ,2 96 :79～ 92 ,2 0 0 2 )。籼稻在中国与东南亚广泛种植。我们分析的籼稻品种 93＿1 1就是袁隆平院士培育的超级杂交水稻两优培 9(ＬＹＰ9)的父本。水稻基因组全长 46 6ｍｂ ,包含有 46 0 2 2～ 5 5 0 1 5个基因。在已测序的序列中功能区占 92 .0 %。通过…     

水稻ADP—葡萄糖焦磷酸化酶的cDNA基因克隆和结构分析

用ＰＣＲ技术从我国水稻品种“中花１０ 号”（Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ ｖａｒ． ｊａｐｏｎｉｃａ ｃｖ． Ｚｈｏｎｇｈｕａ １０）的未成熟种子中克隆到ＡＤＰ－葡萄糖焦磷酸化酶基因,进行了全序列分析,并与国外已报道的同类基因进行了核苷酸及推导氨基酸序列的同源性比较。结果表明,作者克隆的ＡＤＰ－葡萄糖焦磷酸化酶基因全长１４６１ ｂｐ,编码１个由４８３ 个氨基酸组成的多肽,与国外基因的核苷酸和推导氨基酸同源率分别为９９．６％ 和９９．７％ 。此外,还对该基因进行了结构及进化分析。     

一种水稻酰基辅酶A结合蛋白cDNA的鉴定

对一水稻ｃＤＮＡ克隆（Ｒ１９０８）的分析表明,其可能编码水稻酰基辅酶Ａ结合蛋白（ａｃｙｌ－ＣｏＡ－ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ,ＡＣＢＰ）。Ｓｏｕｔｈ－ｅｒｎ杂交显示水稻（Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ）基因组中仅有一个该基因的拷贝。Ｎｏｒｔｈｅｒｎ分析表明水稻的ＡＣＢＰ基因在水稻的根、茎、叶、叶鞘、黄化苗和幼穗中皆表达,而以黄化苗的绿苗叶鞘中的表达高于绿苗叶片。     

水稻重复DNA顺序克隆pRRD3的研究

用ＤＮＡ复性动力学方法克隆到一个水稻（ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａＬ．）中度重复ＤＮＡ顺序。不同限制性内切酶消化和Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交分析显示,这段重复ＤＮＡ顺序以串联加散布的形式存在于水稻基因组中;序列分析表明在它内部含有一个典型的植物启动子序列ＴＧＴＡＴＡＡＡＴＡ;以ｐＲＲＤ３克隆片段作探针,对水稻３４个品种进行拷贝数测定,在野生稻与栽培稻、籼稻与粳稻之间均存在拷贝数上的明显差异;对ＡＡ基因组不同亚型水稻ＤＮＡ进行Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交分析,得到基因组亚型特异的杂交带谱,说明该重复顺序是研究水稻进化和分类的一个有用探针。     

水稻脂质转移蛋白基因的分离和分析

用水稻脂质转移蛋白（ｌｉｐｉｄｔｒａｎｓｆｅｒｐｒｏｔｅｉｎ,ＬＴＰ）的ｃＤＮＡ（ｐＦＤＲＳＣ１１０）为探针,从水稻（ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａＬ．ｓｐ．ｉｎｄｉｃａ）“广陆矮４号”基因文库中筛选出ＬＴＰ基因,完成了１．８ｋｂ长片段的序列测定。该基因编码一个１２１个氨基酸组成的肽,编码区中间有一个９０ｂｐ的内含子,基因的调控区除有２个ＴＡＴＡｂｏｘ和ｐｏｌｙＡ加工信号外,还存在多个回文序列和逆向重复序列。该基因编码的蛋白质Ｎ端是由２８个氨基酸组成的信号肽,同源性比较表明它具有典型的植物ＬＴＰ特征。     

一种水稻酰基辅酶A结合蛋白cDNA的鉴定(英文)

对一水稻ｃＤＮＡ 克隆（Ｒ１９０８） 的分析表明, 其可能编码水稻酰基辅酶Ａ 结合蛋白（ａｃｙｌＣｏＡｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ,ＡＣＢＰ）。Ｓｏｕｔｈｅｒｎ 杂交显示水稻（ Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ．） 基因组中仅有一个该基因的拷贝。Ｎｏｒｔｈｅｒｎ 分析表明水稻的ＡＣＢＰ基因在水稻的根、茎、叶、叶鞘、黄化苗和幼穗中皆表达,而以黄化苗的绿苗叶鞘中的表达强度高于绿苗叶片。     

The Second Editorial Board of Chinese Journal of Biotechnology

ＡＤＶＩＳＯＲＪＩＡＯＲｕｉ Ｓｈｅｎ (Ｊ .Ｓ .Ｃｈａｏ)　　Ｐｒｏｆｅｓｓｏｒ(ＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＰｌａｎｔＰｈｙｓｉｏｌｏｇｙａｎｄＥｃｏｌｏｇｙ ,ＳｈａｎｇｈａｉＩｎｓｔｉｔｕｔｅｓｆｏｒＢｉｏｌｏｇｉｃａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ ,ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙｏｆＳｃｉｅｎｃｅｓ ,Ｓｈａｎｇｈａｉ 2 0 0 0 32 ,Ｃｈｉｎａ)ＥＤＩＴＯＲ ＩＮ ＣＨＩＥＦＹＡＮＧＳｈｅｎｇ Ｌｉ　　Ａｃａｄｅｍｉｃｉａｎ(ＳｈａｎｇｈａｉＲｅｓｅａｒｃｈＣｅｎｔｅｒｆｏｒＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ,ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａ…     

水稻D1snoRNA及其基因的鉴定和功能分析

测定和比较了籼稻（ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａＬ．ｓｐ．ｉｎｄｉｃａ）、粳稻（Ｏ．ｓａｔｉｖａＬ．ｓｐ．ｊａｐｏｎｉｃａ）和多年生野生稻（Ｏ．ｒｕｆｉｐｏｇｏｎＷ．Ｇｒｉｆｉｔｈ）ｈｓｐ７０基因第一个内含子中Ｄ１ＤＮＡ以及部分上游序列,并通过Ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交及ｃＤＮＡ序列分析对Ｄ１ＤＮＡ编码的Ｄ１ｓｎｏＲＮＡ进行了实验鉴定。Ｄ１ｓｎｏＲＮＡ属于反义ｓｎｏＲＮＡ家族,它与水稻２５ＳｒＲＮＡ互补序列为１４个核苷酸长。根据理论计算,Ｄ１ｓｎｏＲＮＡ具有指导水稻２５ＳｒＲＮＡ中第８０７位的核糖甲基化功能。Ｄ１ＤＮＡ与Ｃ１ＤＮＡ相隔仅１０５个核苷酸,在内含子中如此短的距离内连续编码两种ｓｎｏＲＮＡ是罕见的,这一结构为研究串联结构的ｓｎｏＲＮＡ转录后加工机制提供了一个良好的研究体系。     

用基因表达连续分析进行基因组转录图谱分析

20 0 0年 6月 ,公用基金资助的人类基因组计划 (ｈｕｍａｎｇｅｎｏｍｅｐｒｏｊｅｃｔ,ＨＧＰ)和Ｃｅｌｅｒａ公司在美国白宫宣布了人类基因组草图的完成。这是关于人类基因组研究的标志性成果 ,象征成基因组的研究从结构基因组(ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｇｅｎｏｍｉｃｓ)过渡到功能基因组 (ｆｕｎｃ ｔｉｏｎａｌｇｅｎｏｍｉｃｓ)的研究。他们的论文分别在Ｎａｔｕｒｅ[1] 和Ｓｃｉｅｎｃｅ[2 ] 上发表。他们从基因组预测的基因数分别为 31 778(ＨＧＰ的估计 )和2 6 588(Ｃｅｌｅｒａ公司 )条。这比预先估计的 6 00 0 0～ 1 0 0 0 0 0要少。…     

光抑制条件下水稻籼粳亚种及其正反交F_1杂种的PSⅡ光化学效率和CO_2交换特点

测定了水稻（ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａＬ．）不同正反交组合的ＰＳⅡ电子传递活性、Ｄ１蛋白量、叶绿素ａ荧光、净光合速率（ＰＮ）、光呼吸速率（ＰＲ）、ＲｕＢＰＣａｓｅ／Ｏａｓｅ活性,并对ＲｕＢＰＣａｓｅ进行了动力学分析。结果表明：光抑制条件下粳（ｊａｐｏｎｉｃａ）亚种中Ｄ１蛋白净降解少,ＰＳⅡ电子传递活性和光化学效率高,表现耐光抑制,而籼（ｉｎｄｉｃａ）亚种则相反,籼、粳正反交Ｆ１的上述指标介于双亲值之间且偏向其母本。进一步观察它们的ＣＯ２交换特点,所有基因型水稻ＰＲ保持稳定、ＰＮ降低,因而ＰＲ／ＰＮ增加。与耐光抑制的粳亚种相比,对光抑制敏感的籼亚种中ＰＮ降低较多、ＰＲ／ＰＮ增加较多。正反交Ｆ１杂种的ＰＲ／ＰＮ介于双亲值之间且偏向其母本。ＣＯ２交换的关键酶ＲｕＢＰＣａｓｅ／Ｏａｓｅ活性和ＲｕＢＰＣａｓｅ动力学参数没有变化且在基因型间无差异。相关分析表明,Ｄ１蛋白量与Ｆｖ／Ｆｍ、ＰＲ／ＰＮ的相关系数分别为０．９５０１和－０．９７６８。看来,质基因编码的Ｄ１蛋白是籼粳杂种稻光抑制特性及其生理遗传的分子基础。     

斜纹夜蛾核多角本病毒（SpltNPV）基因组4.73Kb片段的？…

报道了斜纹夜蛾核多角体病毒（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｌｉｔｕｒａ ｎｕｃｌｅｏｐｏｌｙｈｅｄｒｏｖｉｒｕｓ,ＳｐｌｔＮＰＶ）基因组ＥｃｏＲＩ－Ｅ片段中长４７３０ｂｐ的序列分析结果。该序列上含有完整的ＳｐｌｔＮＰＶ ｏｄｖ－ｅ６６基因,一个开入读码框ＯＲＦ １０８６（ＡｃＭＮＰＶＯＲＦ１０９的同源区）和一类似亮氨酸拉链蛋白的基因（命名为ｐ３４基因）。序列比较分析表明,ＳｐｌｔＮＰＶ ｏｄｖ－ｅ６６基因     

抑制根癌土壤杆菌生长和转移的水稻信号分子的鉴定

从水稻（ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａＬ．ｃｖ．ＩＲ７２）根中分离出一种高效抑制根癌土壤杆菌（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｔｕｎｅｆａｃｉｅｎｓ（ＳｍｉｔｈｅｔＴｏｗｎｓｅｎｄ）Ｃｏｎｎ）生长及抑制根癌土壤杆菌在水稻细胞表面附着的水稻信号分子：乙基４－（邻硝基苯基）－３－硫代脲酸酯（Ｔ）,该化合物是一种新发现的天然的硫脲化合物,对根癌土壤杆菌生长和根癌土壤杆菌在水稻细胞表面附着具有较强抑制作用,水稻对根癌土     

一个新的水稻MADS—box基因的克隆及表达分析

根据ＭＡＤＳ－ｂｏｘ基因保守区结构,设计简并性引物,利用３＇ＲＡＣＥ从水稻（Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ．）中克隆了１个新的水稻ＭＡＤＳ－ｂｏｘ基因的ｃＤＮＡ片段,同时利用５＆ＲＡＣＥ获得了全长ｃＤｎＡ命名为ＦＤＲＭＡＤＳＳ。序列分析表明,该ｃＤＮＡ全长１４０６ｂｐ,开放阅读框共编码２３３个到,具有典型的植物ＭＡＤＳ－ｂｏｘ基因的结构。推测的氨基酸序列与拟南芥的ＭＡＤＳ－ｂｏｘ基因,ＡＧＬ１４同     

水稻DH群体的分子连锁图谱及基因组分析

利用扩大的籼粳杂交来源（窄叶青８号×京系１７）的水稻（ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａＬ．）加倍单倍体（ＤＨ）群体,构建了包含４４４个位点的分子连锁图谱,覆盖水稻基因组１９６２ｃＭ（ｃｅｎｔｉＭｏｒｇｏｎ）,标记间的平均图距小于５ｃＭ。此图谱包括２７６个ＲＦＬＰ标记、３４个ＲＡＰＤ标记、８９个微卫星标记、１０个ＡＦＬＰ标记、２６个端粒重复相关序列（ＴＡＳ）标记以及９个同工酶标记。该遗传图谱与其它的水稻高密度遗传图谱具有较高的可比性,并有自己的特点,适于进行各种持续性的遗传学研究     

玉米中哺乳动物细胞凋亡相关基因rb同源序列的检出及其荧光原位杂交

细胞凋亡 (ａｐｏｐｔｏｓｉｓ)是当今发育生物学研究的热点之一。成视网膜细胞瘤 (ｒｅｔｉｎｏｂｌａｓｔｏｍａ ,ｒｂ)基因是动物中第一个被克隆的肿瘤抑制基因 ,当细胞中缺失ｒｂ产物时 ,导致细胞凋亡。本研究采用Ｓｏｕｔｈ ｅｒｎ杂交技术 ,进一步证明玉米和水稻基因组中具有ｒｂ基因的同源序列 ,并利用染色体原位杂交技术 ,首次确定了这一序列在玉米染色体上的位置。1　材料和方法1 1　实验材料供试玉米 (ＺｅａｍａｙｓＬ .)品种为“黄早四”和“大红袍” ,供试水稻 (ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａＬ .)品种为“鄂早 6号”。人ｒｂ基因的…     

水稻Xa21基因在水稻和玉米中的比较物理定位

比较基因组分析证明,禾本科不同种基因组间存在广泛的同线性和共线性。对水稻（ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａＬ．）这一模式植物与其它禾本科植物基因的原位杂交比较定位可以揭示禾本科植物基因组结构的共同特点和进化规律。利用含Ｘａ２１基因的ｐＢ８２２作探针筛选水稻的细菌人工染色体（ＢＡＣ）文库,建立了一个包含３个ＢＡＣ克隆的重叠群。用生物素标记其中一个ＢＡＣ克隆,对水稻“广陆矮４号”和玉米自交系黄早四进行了染色体荧光原位杂交。同时,用ｐＢ８２２也作了原位杂交检测。在水稻第１１染色体长臂中间检出了杂交信号,信号与着丝粒的百分距离约为２４。在玉米的第１、３和第８染色体长臂观察到杂交信号,表明玉米基因组中具有三个Ｘａ２１的同源序列座位。ＢＡＣＦＩＳＨ的信号检出率达在４０％以上,大大高于质粒探针ｐＢ８２２的检出率（１５％）,而且可在同源染色体和姊妹染色单体上同时检出杂交信号的比例较高,证明了利用ＢＡＣ克隆荧光原位杂交进行比较物理定位的可行性和优越性。在ＢＡＣＦＩＳＨ中必须用相应基因组的ＣｏｔⅠＤＮＡ封阻,以排除重复序列的干扰。     

一个AA基因组特异的串联重复序列的克隆及其在中国普通野生稻和栽培稻中的分化特征

从籼稻（ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａＬ．ｓｐｐ．ｉｎｄｉｃａ）“窄叶青”中克隆到了１个重复序列（ｐＯｓ１３９）。经分子杂交证明,ｐＯｓ１３９为一稻属内ＡＡ基因组特异的串联重复序列。序列分析表明,ｐＯｓ１３９以３５５ｂｐ为一重复单位。以ｐＯｓ１３９为探针对２９份中国普通野生稻和４３份中国栽培稻的基因组ＤＮＡ进行的分子杂交表明,籼、粳亚种之间具有明显的差异,籼稻杂交带数明显多于粳稻,普通野生稻与籼稻相似,具有较多的杂交带数。拷贝数测定结果表明,ｐＯｓ１３９在普通野生稻和籼稻中丰度均较高,在粳稻中丰度较低。结合ｐＯｓ１３９的Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交结果和以前的ＲＡＰＤ结果,认为籼稻和粳稻共同起源于普通野生稻。     

豌豆钙调蛋白基因的克隆及七种来源钙调蛋白基因的分析

从豌豆（Ｐｉｓｕｍ ｓａｔｉｖｕｍ Ｌ．）中提取总ＲＮＡ, 逆转录出ｃＤＮＡ 第一条链后, 以大麦钙调蛋白结构基因两端的寡聚核苷酸为引物, 用ＰＣＲ方法合成豌豆钙调蛋白基因, 克隆到Ｂｌｕｅ－ｓｃｒｉｐｔ 载体上并测定其全序列。结果与已知的苜蓿（Ｍｅｄｉｃａｇｏ ｓａｔｉｖａ Ｌ．）、水稻（Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａＬ．）、大麦（Ｈｏｒｄｅｕｍ ｖｕｌｇａｒｅ Ｌ．）、电鳗（Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｉｄａｅ）、根瘤（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓ）、酵母（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ） 钙调蛋白基因相比,同源性较高（９１．３％ —６０．８％ ）,其不同部分则常常是Ｃ和Ｔ相替换。进一步分析发现,上述七种来源的钙调蛋白基因之间,常有某些核苷酸替换方式占优势,它们对于氨基酸密码子的使用也各有偏爱     

The Second Editorial Board of Chinese Journal of Biotechnology

ＤＶＩＳＯＲＪＩＡＯＲｕｉ Ｓｈｅｎ (Ｊ .Ｓ .Ｃｈａｏ)　　Ｐｒｏｆｅｓｓｏｒ(ＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＰｌａｎｔＰｈｙｓｉｏｌｏｇｙａｎｄＥｃｏｌｏｇｙ ,ＳｈａｎｇｈａｉＩｎｓｔｉｔｕｔｅｓｆｏｒＢｉｏｌｏｇｉｃａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ ,ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙｏｆＳｃｉｅｎｃｅｓ ,Ｓｈａｎｇｈａｉ 2 0 0 0 32 ,Ｃｈｉｎａ)ＥＤＩＴＯＲ ＩＮ ＣＨＩＥＦＹＡＮＧＳｈｅｎｇ Ｌｉ　　Ａｃａｄｅｍｉｃｉａｎ(ＳｈａｎｇｈａｉＲｅｓｅａｒｃｈＣｅｎｔｅｒｆｏｒＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ,ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄ…     

茉莉酸甲酯对水稻幼苗光合作用的影响

２．５×１０－４ｍｏｌ／Ｌ茉莉酸甲酯处理水稻（ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａＬ．）幼苗叶片,可明显地降低Ｃｈｌａ、Ｃｈｌｂ的含量及叶片的光合速率,抑制ＲｕＢＰＣａｓｅ的活性,抑制幼苗叶片中ＲｕｂｉｓＣＯ大亚基的合成,降低小亚基的含量。对幼苗叶片中叶绿素含量、叶片的光合速率及ＲｕＢＰＣａｓｅ的活性没有影响。