提高RAPD稳定性的几点经验与探讨

ＲＡＰＤ技术自 1 990年由Ｗｉｌｌｉａｍｓ和Ｗｅｌｓｈ建立以来 ,因其特异、快速、操作简便、敏感的优点 ,在微生物分型和检测[1,2 ] 、生物亲缘关系的鉴定[3 ] 以及遗传育种[4] 中已得到广泛应用 ,其原理与常规ＰＣＲ基本相同 ,但ＲＡＰＤ采取的是引物多为一条随机的十聚核苷酸序列 ,这种引物不属于已知遗传位点 ,它能通过ＰＣＲ介导所有与其互补的基因区段进行扩增 ,产生一系列大小不同的片断 ,并通过琼脂糖凝胶电泳而呈现不同的ＤＮＡ指纹图。由于ＰＡＰＤ不需要知道模板的序列 ,且引物序列无种属特异性 ,在对遗传背景所知甚少的物种的…     

RAPD在植物育种上的应用及其技术校正

ＲＡＰＤ(ＲａｎｄｏｍＡｍｐｌｉｆｉｅｄＰｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃＤＮＡ) ,是在ＰＣＲ的基础上发展起来的一种ＤＮＡ多态性检测技术 ,由Ｗｉｌｌａｍｓ[1] 和Ｗｅｌｓｈ[2 ] 于 1990年建立 ,原理是以一系列不同的 ,少数碱基组成的随机核甘酸序列为引物 ,对样本基因组ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增 ,每个ＲＡＰＤ片段的产生要求在可增范围内存在与引物匹配的反向互补序列。引物结合位点ＤＮＡ序列的改变以及两扩增位点之间碱基的缺失插入或转换都能导致扩增片段的数目和长度的差异 ,经ＰＡＧＥ或琼脂糖凝胶电泳分离和ＥＢ染色来检测ＤＮＡ片段的多态…     

RAPD技术及其在微生物学方面的应用

198 0年 ,Ｂｏｔｓｅｉｎ提出ＤＮＡ限制性片段长度多态性 (ＲＦＬＰ)可以作为遗传标记 ,从此开创了直接应用ＤＮＡ多态的新阶段。 80年代后 ,ＤＮＡ多聚酶链式反应 (ＰＣＲ)的发展 ,使直接扩增ＤＮＡ的多态性成为可能 ,并在此基础上产生了许多种新型分子标记 ,诸如扩增片段多态性 (ＡＬＦＲ)、串联重复序列(ＶＮＴＲ)、单链构型多态性 (ＰＣＲ ＳＳＣＰ)、序列特异扩增区域 (ＳＣＡＲ)、随机扩增多态性ＤＮＡ(ＲＡＰＤ)等。而ＲＡＰＤ是较为突出的一种。ＲＡＰＤ是由Ｗｉｌｌｉａｍｓ和Ｗｅｌｓｈ在 1 990年各自独立发现的一种ＤＮＡ多态检…     

烟草黑胫病菌株亲缘关系的RAPD分析

从２２０个ＲＡＰＤ（Ｒａｎｄｏｍ Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ＤＮＡｓ）随机引物中所选出的多态扩增性强的２１个引物对来源不同的３３个烟草黑胫病菌株进行全基因组ＤＮＡ遗传多样性分析和指纹构建。选用引物对受试菌株进行ＲＡＰＤ－ＰＣＲ扩增,共产生２４３条ＤＮＡ标记图带,其中１９１条为多态性图带,多态检测率为７８．６％。利用ＵＰＧＭＡ（Ｕｎｗｅｉｇｔｈｔｅｄ Ｐａｉｒ－ｇｒｏｕｐ Ｍｅｔｈ     

白鲢和镛鱼的扩增多态DNA分析

根据鱼类外周血细胞都有核的特点,采用从冷冻和低渗双重处理分离的细胞核的取基因组ＤＮＡ。以此法获得的白鲢和镛鱼的基因组ＤＮＡ为模板,和Ｏｐｅｒｏｎ公司生产的ＯＰＮ和ＯＰＭ两个组共４０个随机引物,对这两种鱼进行了随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分析;确定了对这两种鱼基因组相关区域可进行随机ＰＣＲ扩增的有效引物,特别是哪些可产生种群内或群体的ＲＡＰＤ遗传标记即可产生个体特异性和群体特异性ＲＡＰＤ带谱的引物     

大豆灰斑病菌生理小种的RAPD标记

运用随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲａｎｄｏｍａｍｐｌｉｆｉｅｄｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃＤＮＡ,ＲＡＰＤ）技术对发生于中国东北的大豆灰斑病菌（Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍｓｏｊｉｍｕｍ）的１０个生理小种进行基因组ＤＮＡ多态性分析,用１３个１０－核苷酸随机引物获得了１１１个ＲＡＰＤ标记,其中８６．５％具有多态性,通过聚类分析确定了供试小种间的亲缘关系,试验证明,ＲＡＰＤ技术分析大豆灰斑病菌遗传传变异可提供大量     

烟草黑胫病菌株亲缘关系的RAPD分析

从２２０个ＲＡＰＤ（ＲａｎｄｏｍＡｍｐｌｉｆｉｅｄＰｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ　ＤＮＡｓ）随机引物中所选出的多态扩增性强的２１个引物对来源不同的刀个烟草黑胫病菌株进行全基因组ＤＮＡ遗传多样性分析和指纹构建。选用引物对受试菌株进行ＲＡＰＤ－ＰＣＲ扩增,共产生２４３条ＤＮＡ标记图带,其中１９１条为多态性图带,多态检测率为７８．６％。利用ＵＰＧＭＡ（ＵｎｗｅｉｇｔｈｔｅＰａｉｒ－ｇｒｏｕｐ　ＭｅｔｈｏｄＷｉｔｈＡｒｉｔｈｍｅｔｉｃ　Ａｖｅｒａｇｅ）软件对受试菌株间的遗传距离进行聚类分析构建系统树状图,受试对个菌株被划分为５个遗传聚类组即（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ）。结果证明供试菌株具有丰富的遗传多样性,虽各自的遗传背景差异显著,但其亲缘关系相近,遗传聚类组的划分与菌株的地理来源未有明显的相关性。     

RAPD分子标记及其在作物遗传育种中的应用

ＲＡＰＤ分子标记是一种新型的分了遗传标记,其原理是采用１０个碱基的随机引物,以基因组ＤＮＡ为模板进行ＰＣＲ随机扩增。其优越性在于其方法简单;分析中的花费少,用时短;分析所需的ＤＮＡ用量也不多等。本文着重介绍以电泳技术和ＰＣＲ扩增技术为核心的分子标记以及在农作物遗传育种中的应用。     

RAPD应用于蕈菌研究中的条件优化探讨

在进行鹅膏菌属蕈菌遗传多样性的ＲＡＰＤ分析时,对ＲＡＰＤ分析过程中的ＤＮＡ提取方法、ＤＮＡ纯度、模板ＤＮＡ和ｄＮＴＰ浓度、循环次数、ＤＮＡ不同来源等影响因素进行了大量的实验探索,结果表明：ＤＮＡ不同提取方法具有相同的扩增产物,ＤＮＡ模板中的ＲＮＡ对扩增产物无影响,模板浓度在一个相当大的范围内（５０～４００μｇ）不影响扩增结果．ｄＮＴＰ浓度达０．７５ｍｍｏｌ／Ｌ时无带谱出现,引物浓度达１μｍｏｌ／Ｌ时出现非特异性带谱,从菌丝体和子实体中提取的ＤＮＡ可获得一致的扩增产物．扩增循环４０～４５周期条件下扩增效果较好,本实验证明了ＲＡＰＤ产物具有很好的重复性,建立了适合蕈菌ＲＡＰＤ分析的ＰＣＲ程序及条件,为ＲＡＰＤ应用于蕈菌的遗传研究打下了良好的基础．     

冬虫夏草的随机扩增多态DNA及其遗传分化

本文对来自青藏高原３个区域５个具有代表性地方的１３个冬虫夏草样本进行随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分析。１９个随机引物获得的ＲＡＰＤ谱带清晰并呈现多态,单个引物获得的ＲＡＰＤ片段数在３￣１０个之间。该１９个引物在每个样本中扩增的ＲＡＰＤ片段总数平均约为６５个。基于遗传距离分析,受试的１３个冬虫夏草样本中,来自同一地方的样本间遗传差异甚微,同一区域不同地方的样本间遗传差异较大,不同区域的样本间遗传差     

普通小麦细胞质雄性不育系及其保持系线粒体DNA和RAPD分析

应用随机扩增多态ＤＮＡ（Ｒａｎｄｏｍ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ＤＮＡｓ,ＲＡＰＤ）技术,对普通小麦细胞质雄性不育系（Ａ）及其保持系（Ｂ）线粒体基因组（ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ ｇｅｎｏｍｅ）的指纹图谱进行了分析。共使用引物４１个,其中２０个引物得到了扩增产物,部分引物扩增结果表现多态性。说明线粒体ＤＮＡ（ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ ＤＡＮ,ｍｔ,ＤＮＡ）序列在不育系和保持系之     

采用RAPD和ISSR标记探讨中国疣粒野生稻的遗传多样性

用随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）和ｉｎｔｅｒ－简单重复序列（ＩＳＳＲ０标记对分别来自中国海南和云南２０个居群的疣料野生稻（Ｏｒｙａｚ ｇｒａｎｕｌａｔａ （Ｎｅｅｓ ｅｔ Ａｒｎ． ｅｘ Ｗａｔｔ．））混合样品,以及海南（Ｍ５）和云南（Ｍ２７）２个居群各２０个植株的遗传多生进行了检测。在混合取样的居群中,２０个ＲＡＰＤ引物和１２个ＩＳＳＲ引物分别扩增出２０９个１２２条带,多态条带比率９ＰＰＢ）分别     

中国棉花枯萎菌生理小种的RAPD分析

利用随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分子标记方法对我国棉花枯萎菌３个生理小种（３、７、８号）进行遗传多样性分析,以筛选出的１０个随机引物对采自我国１１个省（自治区）的２６个代表菌株及国外３个不同生理小种对照菌株进行ＲＡＰＤ－ＰＣＲ扩增,共产生了１４０个ＲＡＰＤ分子标记,其中８７．８％具有多态性。通过聚类分析确定了供试小种间的亲缘关系,并寻找到了我国３、７、８号小种的特异条带,为确立我国棉花枯萎菌生     

随机扩增多态DNA影响因素的研究

随机拉多态ＤＮＡ分析受诸多因素的影响,我们发现不同厂家制造的ＰＣＲ扩增仪,不同厂家出品的ＴａｑＤＮＡ聚合酶和ＰＣＲ缓冲液,ＲＡＰＤ反应体系中的引物浓度,Ｍｇ＾２＋浓度,ｄＮＴＰ浓度,ＢＳＡ和明胶,以及模板ＤＮＡ的量等均可能对ＲＡＰＤ结果有不同程度的影响。     

北京东灵山辽东栎群落DNA多样性的研究

在同工酶研究基础上,利用随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）及ＤＮＡ扩增指纹（ＤＡＦ）方法,从生态学观点分析了北京东灵山区辽东栎（Ｑｕｅｒｃｕｓ ｌｉａｏｔｕｎｇｅｎｓｉｓ Ｋｏｄｄｚ．）种群的遗传和多样性。对１２个引物扩增产生的２０５个产物（部分）经,Ｓｈａｎｎｏｎ信息指数分析,结果表明：辽东栎群群内部存在丰富的遗传变异,中央种群的遗传多样性高于边缘种群的遗传多样性。总遗传多样性的９５％发生在种群内     

普通小麦细胞质雄性不育系及其保持系线粒体DNA的RAPD分析

应用随机扩增多态ＤＮＡ（ＲａｎｄｏｍａｍｐｌｉｆｉｅｄｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃＤＮＡｓ,ＲＡＰＤ）技术,对普通小麦细胞质雄性不育系（Ａ）及其保持系（Ｂ）线粒体基因组（ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌｇｅｎｏｍｅ）的指纹图谱进行了分析。共使用引物４１个,其中２０个引物得到了扩增产物,部分引物扩增结果表现多态性。说明线粒体ＤＮＡ（ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌＤＮＡ,ｍｔＤＮＡ）序列在不育系和保持系之间存在差异,进一步明确了小麦细胞质雄性不育（ｃｙｔｏｐｌａｓｍｉｃｍａｌｅｓｔｅｒｉｌｅ,ＣＭＳ）与ｍｔＤＮＡ的关系。     

快速克隆RAPD片段方法的研究

ＲＡＰＤ (ＲａｎｄｏｍＡｍｐｌｉｆｉｅｄＰｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍＤＮＡ ,ＲＡＰＤ)标记是由Ｗｉｌｌｉａｍｓ等于 1 990年提出的 ,一种检测ＤＮＡ多态性的方法 ,由于该方法中所选用引物的碱基是随机的 ,所用引物可达成百上千 ,所检测到的是生物体的整个基因组 ,既能检测有功能的基因编码区 ,又能检测到重复序列区 ,用同一套引物可对多个群体或物种进行分析 ,其所用引物的随机性和其所检测的结果具有更为可靠的统计性和更好的代表性 ,使ＲＡＰＤ标记在重要基因的标记、定位、系统进化、群体多样性和遗传演化等方面得到了广泛的应用。但…     

RAPD标记在紫菜遗传多样性检测和种质鉴定中的应用

用ＲＡＰＤ技术对４类紫菜（Ｐｏｒｐｈｙｒａ ｙｅｚｏｅｎｓｉｓ,Ｐ．ｈａｉｔａｎｅｎｓｉｓ,Ｐ．ｋａｔａｄｎｉ ｖａｒ．ｈｅｍｉｐｈｙｌｌａ和Ｐ．ｏｌｉｇｏｓｐｅｒｍａｔａｎｇｉａ）的１５个无性系丝状体进行了遗传多样履分析,从５０个ＯＰＥＲＯＮ引物中经过初筛,其中６个引物可以扩增出稳定的可重复的图谱。这６个引物共扩增出了６０条带,多态性比例达９７．１％。根据ＲＡＰＤ结果将这１５个无性了紫菜的ＤＮＡ     

鹅膏菌属真菌RAPD分析及亲缘关系的研究

本文对采自湖南莽山的２６种鹅膏菌属（Ａｍａｎｉｔａ）真菌进行了随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分析,４０个随机引物中筛选出扩增效果较好的６个引物,每个引物能产生１～１０条ＤＮＡ条带,获得的ＲＡＰＤ谱带清晰并呈现多态性ＯＰＧ１５、ＯＰＨ０４两个引物扩增的ＲＡＰＤ谱带能将２６种鹅膏菌完全区分开来,通过６个引物的ＲＡＰＤ分析获得的平均相似性系数表明种与种之间的相关系数在２０－６０％之间,平均链锁聚类分析     

不同经济类型高粱的RAPD分析

对四种不同经济类型高粱采用ＤＮＡ随机扩增多态技术（ＲＡＰＤ）进行了比较研究。１８种引物扩增后共得到５４个ＲＡＰＤ标记,其中２３个标记在进行４种高粱成对比较时呈多态。根据计算出的遗传距离值可以发现虽然不同种高粱之间差异虽然较小,但仍具有丰富的遗传多样性。