从线粒体DNA控制区核苷酸序列论达式鲟、亚洲和北美洲中吻鲟的分类地位

尽管古老的鲟形目鱼类的分类及系统演化一直是中外学者感兴趣的研究课题,但迄今仍有诸多谜团未解。其中,关于亚洲远东地区和北美地区的中吻鲟(Acipenser medirostris)的分类地位争论已久。长江水系的达式鲟(A.dabryanus)和中华鲟(A.sinensis)及其它鲟属(Acipenser)鱼类之间的亲缘关系近年来也有异议。为了给上述争议提供更多的科学依据,作者测定了线粒体DNA(mtDNA)控制区 (D-loop) 的核苷酸序列,并进行了分子系统学和遗传差异分析。研究结果表明：⑴UPGMA,NJ和MP分子系统学分析方法以及遗传差异分析都支持了亚洲远东地区中吻鲟和北美中吻鲟为一个有效种的观点;⑵同样研究方法并结合相关群体遗传资料表明,长江达式鲟与中华鲟关系最近,提出了达式鲟为中华鲟的一陆封类群的假说。最后,作者认为本文提出的观点和假说还需要更多的研究来证实。     

扬子鳄饲养种群线粒体DNA控制区的序列多态性

扬子鳄(Alligator sinensis)是中国特有的珍稀爬行动物,至2000年,野生扬子鳄的个体数已不足150条,作为保护这一物种的措施之一,先后于80年代初建起了2个养殖场,现人工繁殖的扬子鳄总数已达9000余条。为揭示扬子鳄种群遗传多样性,从两个饲养种群中采集了42个个体的样品,其中宣州样品33个(xZSP),长兴样品9个(CxSP),用PCR方法扩增mtDNA控制区,扩增产物纯化后直接用ABI310全自动遗传分析仪荧光标记测序,得到其中39个个体的血DNA控制区5’端462bP的序列。经比对发现,39个个体间的5’端mtDNA控制区没有任何变异位点,共享一种单元型,提示扬子鳄饲养种群的遗传多样性非常贫乏,造成这一结果的主要原因是近50年来,扬子鳄种群衰退和数量迅速减少导致的遗传多样性丢失,其次是人工繁殖的群体同时受到始创者数量较少产生的瓶颈效应影响。针对扬子鳄遗传多样性的现状,作者最后就这一濒危动物遗传多样性的保护对策提出3点建议。     

基于线粒体DNA控制区序列变异探讨黑龙江和图们江细鳞鲑属鱼类的分类地位

基于细鳞鲑属Brachymystas鱼类的线粒体DNA控制区基因序列变异,对分布于黑龙江水系中国境内的尖吻细鳞鲑(sharp-snouted lenok)和钝吻细鳞鲑(blunt-snouted lenok),及分布于图们江的图们江细鳞鲑B.tumensis进行分子系统关系研究,为进一步确定黑龙江水系2种细鳞鲑的分类学地位、有效命名及图们江细鳞鲑物种地位性提供分子生物学依据.分布于黑龙江水系的细鳞鲑种群在系统发育树中明显构成2个独立的进化分支,分别对应可经形态鉴别而差异显著的尖吻细鳞鲑和钝吻细鳞鲑,平均序列分歧为1.9%,在属内已达到种间分化水平;图们江细鳞鲑与尖吻细鳞鲑的呼玛河、乌苏里江、奎勒河等种群共同构为1个进化分支,与尖吻细鳞鲑的序列分歧(平均为1.2%)远低于与钝吻细鳞鲑的序列分歧(平均为2.2%).结合形态学的初步研究结果(图们江细鳞鲑的主要形态特征偏向于尖吻细鳞鲑),不支持图们江细鳞鲑独立种的分类地位,建议为尖吻细鳞鲑B.lenok的同物异名,也不支持普遍认为的钝吻细鳞鲑的有效学名为B.tumensis,其有效命名还待商榷,暂属未定名种.综上所述,基于基因序列分析的遗传学结果进一步验证了形态学的分类结论,即在黑龙江水系细鳞鲑属有2个独立的种,分别为尖吻细鳞鲑B.lenok和钝吻细鳞鲑B.sp.,而图们江细鳞鲑B.tumensis应归为尖吻细鳞鲑B.lenok的同物异名.     

人癌细胞线粒体DNA控制区序列特征分析

为了探讨癌细胞mtDNA控制区序列的变化特征, 采用PCR产物限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析与直接测序相结合的方法,对比分析6株人癌细胞系、 6例癌患者及4例健康成人白细胞mtDNA控制区序列。发现第16519位T→C、16 534位A→G、46位T→G和49位A→C突变, 在癌细胞系和癌患者白细胞mtDNA中分别占50%(3/6)和33.3%(2/6), 健康成人白细胞mtDNA中未见此类型突变;第16 278位C→T突变,在癌细胞系mtDNA中占50%(3/6),显著高于正常人群mtDNA中此位点的多态性变异。表明癌细胞和癌患者白细胞mtDNA重链复制起点及其 相邻D环区的特征性突变可能与细胞癌变/或癌的易感性有关。 Abstract：　To explore the sequence feature of mitochondrial DNA(mtDNA) control region in human carcinoma cells, polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism(PCR-RFLP) and direct sequence techniques were used to analyze the sequence of mtDNA control region of 6 human carcinoma cell lines versus white blood cells which from 6 tumor patients and 4 normal adults. The T to C mutation at np 16 519, A to G mutation at np 16 534, T to G mutation at np 46, and A to C mutation at np 49 was found in 50% (3/6 cases) of carcinoma cell lines and in 33.3%(2/6 cases) of tumor patients, but it was not found in normal adults. The C to T mutation at np 16 278 was found in 50%(3/6 cases) of carcinoma cell lines, it was significantly higher than that of the polymorphism of normal population. These findings suggest that the typical mutation in the starting area of heavy-strand replication and the first half of D-loop region might probably be associated with carcinogenesis or susceptibility of carcinoma.     

人癌细胞线粒体DNA控制区序列特征分析

为了探讨癌细胞mtDNA控制区序列的变化特征, 采用PCR产物限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析与直接测序相结合的方法,对比分析6株人癌细胞系、 6例癌患者及4例健康成人白细胞mtDNA控制区序列。发现第16519位T→C、16 534位A→G、46位T→G和49位A→C突变, 在癌细胞系和癌患者白细胞mtDNA中分别占50%(3/6)和33.3%(2/6), 健康成人白细胞mtDNA中未见此类型突变;第16 278位C→T突变,在癌细胞系mtDNA中占50%(3/6),显著高于正常人群mtDNA中此位点的多态性变异。表明癌细胞和癌患者白细胞mtDNA重链复制起点及其 相邻D环区的特征性突变可能与细胞癌变/或癌的易感性有关。 Abstract：　To explore the sequence feature of mitochondrial DNA(mtDNA) control region in human carcinoma cells, polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism(PCR-RFLP) and direct sequence techniques were used to analyze the sequence of mtDNA control region of 6 human carcinoma cell lines versus white blood cells which from 6 tumor patients and 4 normal adults. The T to C mutation at np 16 519, A to G mutation at np 16 534, T to G mutation at np 46, and A to C mutation at np 49 was found in 50% (3/6 cases) of carcinoma cell lines and in 33.3%(2/6 cases) of tumor patients, but it was not found in normal adults. The C to T mutation at np 16 278 was found in 50%(3/6 cases) of carcinoma cell lines, it was significantly higher than that of the polymorphism of normal population. These findings suggest that the typical mutation in the starting area of heavy-strand replication and the first half of D-loop region might probably be associated with carcinogenesis or susceptibility of carcinoma.     

韩国与中国东北地区松鼠线粒体DNA控制区的序列变异

为了研究松鼠东北亚种(Sciurus vulgaris manchuricusThomas)不同种群的序列变异水平并进一步确定分类地位,我们分析了韩国5个地点和中国东北2个地点的松鼠标本的线粒体DNA控制区的全序列(1 058 bp)。39个韩国松鼠标本显示出21种单倍型,这些单倍型间的平均Tamura-Nei距离为1·0%; 24个中国松鼠标本显示21种单倍型,单倍型间的平均Tamura-Nei距离为1·4% (1 058 bp的全序列中发生变异的位点有119个,占11·2%)。韩国松鼠和中国松鼠间的平均距离为1·3%。并且韩国和中国松鼠的所有42个单倍型形成了一个单系分支,Fst值为0·04,表明在两个国家的松鼠间没有发生遗传分化。因此,序列分析的分子生物学的结果支持现行的分类,即来自韩国的朝鲜亚种(S·v·coreae)是中国北部地区松鼠东北亚种(S·v·manchuricus)的同物异名。这还需要进一步对北朝鲜和中国东北其它地区更多标本的分子和形态学分析来验证这一结论。     

龙种金鱼和蛋种金鱼线粒体DNA控制区的序列分析

利用PCR技术扩增了红龙睛、墨龙睛、虎头和水泡眼4种金鱼线粒体DNA控制区部分核苷酸序列,长度分别为724、724、720、722bp.测序结果显示,龙种金鱼红龙睛、墨龙睛的线粒体DNA控制区的序列完全相同,同源性为100%;蛋种金鱼虎头、水泡眼的序列相差4个碱基,同源性为99.4%.研究表明,这4个金鱼品种之间的同源性都很高,而同品系金鱼的亲缘关系相对较近.引用Genbank中鲫鱼的序列,构建了金鱼和鲫鱼的NJ分子系统树,从分子水平证实了金鱼起源于鲫鱼.     

基于线粒体DNA序列探讨斑头鱼分类地位

测定了斑头鱼Agrammus agrammus和大泷六线鱼Hexagrammos otakii的线粒体COⅠ、Cyt b和16S rRNA基因的部分序列,结合从GenBank中获得的六线鱼属3种的同源序列,以单鳍多线鱼Pleurogrammus monopterygius为外群,运用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)和贝叶斯法(BI)构建了分子系统树。同时联合了3个基因片段序列,运用贝叶斯联合模型综合探讨了六线鱼类的系统发育关系。结果显示:除16S rRNA基因外,其余2个基因片段以及联合模型所构建的系统树拓扑结构完全一致,即斑头鱼与大泷六线鱼亲缘关系最近,应归为六线鱼属,拉丁学名应为Hexagrammos agrammus。Cyt b基因片段序列分析结果显示,斑头鱼和大泷六线鱼分歧时间约为175万年。结合形态学研究资料,支持将斑头鱼归为六线鱼属的观点,斑头鱼和大泷六线鱼亲缘关系最近,属于六线鱼科中分化较晚的种类。     

新疆3种雅罗鱼线粒体DNA控制区序列的差异和系统进化关系

对分布在新疆的准噶尔雅罗鱼(Leuciscus merzbacheri)、贝加尔雅罗鱼(Leuciscus leuciscus baicalensis)和高体雅罗鱼(Leuciscus idus)3个鱼种共24尾个体的线粒体DNA D-loop控制区核苷酸序列进行了测定,获得24条长度为667—669bp的同源基因序列。3种雅罗鱼之间的序列差异在6．39％—9．89％之间,贝加尔雅罗鱼与高体雅罗鱼种间序列同源性高,变异程度小;贝加尔雅罗鱼与准噶尔雅罗鱼种间序列同源性最低,变异程度最大。所采集的贝加尔雅罗鱼两个地理群体(赛里木湖和额尔齐斯河)内mtDNA的平均核苷酸碱基序列差异为1．07％和1．08％;两群体间的序列差异为1．07％,显示两个地理群体间无明显分化。DNA序列数据显示,这3种鱼类线粒体DNAD-loop序列变异丰富,24尾个体呈现独自的单倍型。同源基因序列平均含AT碱基64．1％,GC碱基35．9％,显示准噶尔雅罗鱼、贝加尔雅罗鱼、高体雅罗鱼的线粒体DNAD-loop区核苷酸组成的不均一性。分子系统树提示,贝加尔雅罗鱼与高体雅罗鱼亲缘关系较近,准噶尔雅罗鱼是3种雅罗鱼中较古老的鱼种。     

湖鲟微卫星DNA引物应用于中华鲟亲子关系分析的初步研究

利用湖鲟(Acipenser fulvescens)的4对微卫星引物对中华鲟随机个体样本进行PCR扩增,分析电泳结果发现,4对引物均可在中华鲟个体中得到稳定的同源序列,其中2对引物所探测到的等位基因数目较多,在个体间表现出较高的多态性,利用它们产生的DNA指纹图谱,能够对1999年度获得的中华鲟亲鱼样本进行有效的个体区分。并且这两对湖鲟的微卫星引物在对1999年度已知亲本的同一家系中的中华鲟随机个体的分析中,表现为按照孟德尔方式进行共显性遗传。证明这2对微卫星引物可以用于鉴别中华鲟人工放流个体和自然繁殖个体。     

中华鲟人工繁殖放流现状评价

1984-1998年,在长江葛洲坝水利枢纽下游江段,中国集团公司中华鲟研究所共捕捞663尾中华鲟亲鱼用于人工繁殖。各年的捕捞量变动在31—60尾之间。实际用于人工催产的亲鱼年利用率变动在3.1—91.7％之间。平均28.4％。催产卵的年受精率变动在0—85.0％之间,平均66.5％。年人工孵化鲟苗量变动在5—151.9万尾之间,平均54.3万尾。历年合计向长江放流初孵鲟苗4258万尾、幼鲟6.28万尾。经过多年的实践,中华鲟的人工催产,幼鲟孵化、培育和放流等方面的技术已经发展成熟。     

温度对中华鲟幼鱼代谢酶和抗氧化酶活性的影响

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条纹原海豚mtDNA控制区序列变异分析

条纹原海豚( Stenella coeruleualba )是一种暖水性的小型鲸类,在50°N～40°S之间有分布,在其分布区内的许多水域,均受到渔业误捕或直接捕捞的影响(Jefferson et al .,1993).但由于缺乏该物种全面而系统的种群生物学知识,IUCN红皮目录将其保护生物学地位定为"不清楚"(Hilton-Taylor,2000),需要进一步开展保护生物学研究.     

沙鳅亚科鱼类线粒体DNA控制区结构分析及系统发育关系的研究

对沙鳅亚科鱼类3属14个代表种的线粒体DNA控制区序列的结构进行了分析。通过与鲤形目鱼类的控制区序列进行比较,将沙鳅亚科鱼类的控制区分为终止序列区、中央保守区和保守序列区三个区域。同时识别了沙鳅亚科中一系列保守序列,并给出了它们的一般形式。以胭脂鱼为外类群,对比条鳅亚科、花鳅亚科、以及平鳍鳅科的代表性种类,采用NJ、MP和ML法构建沙鳅亚科的分子系统树。分子系统发育分析表明,沙鳅亚科为一单系,包括3个属:沙鳅属、副沙鳅属和薄鳅属,各属均构成单系。根据分子系统学、形态学的结果及地理分布推断,沙鳅亚科中沙鳅属可能为最为原始的属,副沙鳅属其次,而薄鳅属最特化。       

基于线粒体DNA控制区基因讨论雉鸡阿拉善亚种分类地位

雉鸡阿拉善亚种的分类地位存在争议.采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序方法讨论雉鸡阿拉善亚种是否确立.共测定了雉鸡12个种群132个样本的线粒体DNA(mtDNA)控制区(control-region)1 078个碱基长度的基因序列,61个变异位点产生68个单倍型.系统发育树和单倍型网络图结果显示,雉鸡阿拉善亚种是单系枝.雉鸡阿拉善亚种与甘肃亚种的分歧时间(0.15 ～0.23百万年)发生在晚更新世,中国西部干旱化、腾格里沙漠的形成以及贺兰山的存在导致分歧形成.结合系统发生树、单倍型网络图、Fst值(P＜0.001)以及基因流(Msohokhotensis to strauchi=0.006,Mstrauchi to sohokhotensis=0.014),雉鸡阿拉善亚种在其分布区内独立进化.     

壳聚糖对俄罗斯鲟幼鱼生长性能及免疫功能的影响

在基础饲料中分别添加浓度为0对照组）、1.25、2.5、5、7.5和10 g/kg的壳聚糖,投喂12 g左右的俄罗斯鲟50d,每组设3个重复,每个重复30尾,研究不同浓度的壳聚糖对俄罗斯鲟（Acipenser gueldenstaedti）幼鱼的生长性能及免疫力的影响。结果表明,与对照组相比,添加2.5和5 g/kg的壳聚糖可显著提高俄罗斯鲟幼鱼的增重率和特定生长率,降低饲料系数（P < 0.05）,而当添加量超过10 g/kg时会抑制其生长（P < 0.05）;1.25和2.5 g/kg组血清超氧化物歧化酶活性显著高于对照组（P < 0.05）,其他试验组则显著低于对照组（P < 0.05）;2.5和5 g/kg组溶菌酶活性显著高于对照组,当壳聚糖添加量超过7.5 g/kg时则会抑制血清溶菌酶活性（P < 0.05）;1.25和5 g/kg组酸性磷酸酶活性、碱性磷酸酶活性和补体C3含量都显著高于对照组（P < 0.05）;各试验组IgM含量不受壳聚糖的影响,与对照组差异不显著（P>0.05）。在试验条件下,添加适量的壳聚糖能提高俄罗斯鲟幼鱼的生长性能,增强其免疫能力,以增重率、特定生长率及非特异性免疫为综合评价指标,壳聚糖添加量以2.5 g/kg为宜。