化湿败毒方治疗新型冠状病毒肺炎的药理学机制探讨和网络药理学研究

本文旨在探讨化湿败毒方治疗COVID-19的现代药理学研究并运用网络药理学方法预测化湿败毒方治疗COVID-19的作用机制。通过查阅文献及临床报道,总结化湿败毒方治疗COVID-19现代药理学研究。通过TCMSP数据库获取化湿败毒方的主要活性化合物及对应靶点并利用GeneCards数据库获取COVID-19的疾病靶点。使用STRING数据库构建蛋白互作网络并对核心靶点进行GO富集和KEGG通路分析,利用Cytoscape3.7.0软件构建化合物-靶标网络。最后把主要核心化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2受体进行分子对接。现代药理学研究表明,化湿败毒方有抗炎、抗病毒和调节免疫作用。结果筛选到261个中药靶点,251个疾病相关靶点,药物和疾病靶点取交集得到关键靶点49个。GO富集包括1 547条生物过程、29条细胞组分以及86项分子功能,KEGG通路富集得156条通路与COVID-19相关(P0.05),涉及卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、甲型流感、IL-17通路、TNF通路、AGE-RAGE通路等相关通路。预测出主要的核心化合物有槲皮素、木犀草素、山奈酚、汉黄芩素、柚皮素、β-谷甾醇、黄芩素等,在整个网络中发挥着关键作用。分子对接结果显示槲皮素、木犀草素、山奈酚与3CL水解酶和ACE2均有较好的结合。本研究较为全面揭示了化湿败毒方治疗COVID-19"多成分、多靶点、多通路"的特点,为深入探讨化湿败毒方治疗COVID-19的作用机制提供参考依据。     

当归补血汤治疗糖尿病肾病潜在作用机制的网络药理学研究

采用网络药理学方法研究当归补血汤治疗糖尿病肾病(DN)的潜在物质基础和作用机制。利用TCMSP数据库筛选当归补血汤中28个活性成分以及DN相关作用靶点188个,使用Cytoscape软件构建"药物-化合物-靶点"网络图,利用CentiScaPe插件分析当归补血汤治疗DN的关键靶点,通过网络拓扑分析最终确定12个显著有效化合物和13个关键靶点,进一步使用R软件的ClusterProfiler软件包对关键靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。研究发现,当归补血汤中的活性成分如槲皮素、山奈酚、芒柄花素等显著有效化合物作用PTGS2、GABRA1、NCOA2等关键靶点调节AGE-RAGE、IL-17、HIF-1等162个相关通路上,涉及细胞因子受体结合、细胞因子活性、磷酸酶结合、丝氨酸水解酶活性、抗氧化活性、激酶调节活性等131个相关生物过程,协同发挥对DN的治疗作用。     

探析参附注射液治疗新型冠状病毒肺炎合并急性肾损伤的网络药理分子机制

本文旨在通过网络药理学和分子对接的方法,解析参附注射液治疗COVID-19合并AKI的作用机制,为中医药治疗COVID-19合并AKI提供理论依据指导,通过TCMSP数据库获得参附注射液中红参、附子的化学成分并结合文献补充;通过Swiss Target Prediction数据库预测活性化学成分的作用靶点;通过GeneCards数据库筛选COVID-19及合并症AKI的靶点;通过DAVID数据库分别进行GO和KEGG富集分析;运用Cytoscape 3.8.0软件构建中药-成分-靶点-通路网络;AutoDock 4.2.6和PyMol进行核心成分与Mpro、ACE2的分子对接以及可视化处理。结果挖掘出参附注射液中139种活性成分,参附注射液治疗COVID-19及AKI共同靶点共64个,关键靶点涉及TNF、IL6、MAPK3、CASP3等,涉及低氧诱导因子-1信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、PI3K-Akt信号通路、Toll样受体信号通路、细胞凋亡等67条。分子对接结果显示人参皂苷-Rc与ACE2、人参皂苷Rh2与Mpro有较好的结合能力。本研究揭示了参附注射液通过多成分、多靶点、多通路...     

基于HPLC-Q-TOF-MS/MS技术的蒲公英化学成分分析及其抗癌机制的网络药理学研究

为了探究蒲公英主要成分,分析其抗癌的可能机制及作用靶点,借助HPLC-Q-TOF-MS/MS技术对蒲公英提取物进行分析,利用SwissADME、Swiss Target Prediction和GeneCards数据库获取蒲公英主要活性成分和抗癌的作用靶点,通过String在线数据库构建靶蛋白相互作用网络,并利用DVIAD在线数据库对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。最终从蒲公英提取物中共鉴定出29个化合物,主要包括有机酸类、黄酮类等化学成分,筛选到10个活性成分,成分-疾病的共同靶点84个。网络分析显示,主要活性成分为槲皮素、木犀草素、芹菜素等,关键靶点为AKT1、EGFR、SRC、ESR1、PTGS2、MMP9、KDR、MMP2、PIK3R1,并且涉及氧化-还原、负调控凋亡、蛋白质自磷酸化、ATP结合、蛋白激酶活性、蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性、酶结合等过程,和癌症通路、癌症蛋白聚糖、PI3K-Akt信号通路等通路。综上,蒲公英是通过多成分、多靶点、多途径来发挥抗癌作用的。     

基于网络药理学及分子对接探讨桑叶-菊花治疗高血压的作用机制

本文旨在通过网络药理学和分子对接方法探讨桑叶-菊花治疗高血压的潜在分子作用机制。首先从GEO数据库下载基因芯片数据,使用R语言limma包筛选差异表达基因,通过中药系统药理学分析平台筛选桑叶-菊花有效成分及相应靶蛋白,利用Venn软件取药物与疾病交集靶点,运用Cytoscape3.7.2软件构建"化合物-靶点"网络及可视化分析,并用Bisogenet和CytoNCA插件对关键靶点进行蛋白网络互作及拓扑分析,通过David数据库和R语言clusterProfiler包对关键靶点进行GO功能富集及KEGG通路分析,应用AutoDock Vina软件对活性成分与关键靶点进行结果验证。结果显示桑叶-菊花成分作用于高血压的靶点41个,拓扑分析出156个核心靶点信息,GO分析共包含52条生物过程、13条分子功能、15条细胞组成等80条富集结果,KEGG通路分析发现39个条目,涉及IL-17信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、TNF信号通路等。分子对接结果显示与关键靶点对接较好的成分有槲皮素、木犀草素。本研究初步揭示了桑叶-菊花通过"多成分-多靶点-多途径"协同作用发挥降压作用,为深入研究其物质基础及作用机制奠定了基础。     

GEO芯片分析联合网络药理学探讨五味子-枸杞子保护放射性肝损伤的机制研究CSCD

利用转录组学、网络药理学和分子对接的技术预测五味子-枸杞子保护放射性肝损伤的活性成分、作用靶点及作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出五味子-枸杞子主要活性成分,从五味子中筛选出14个活性成分,枸杞子中筛选出25个活性成分,核心成分主要为槲皮素、黄豆黄素和去氧紫草素;通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库获得辐射损伤的靶点基因,利用UniProt对所获得的基因进行校正,共同关键靶点共66个,利用Cytoscape 3.8.0软件构建药物-活性成分-关键靶点-放射性肝损伤调控网络,将活性成分与疾病共同靶点上传至String数据库,构建药物靶蛋白-放射性肝损伤蛋白相互作用(PPI)网络,根据度值筛选关键核心靶点为CASP3、EGFR、ESR1;对关键靶点进行功能富集分析及通路富集分析,五味子-枸杞子活性成分主要参与化学致癌-受体激活、脂质与动脉粥样硬、PI3K-Akt、MAPK、凋亡等信号通路;分子对接结果提示3个活性成分与靶蛋白结合能力较强。本研究初步发现五味子-枸杞子可能通过槲皮素、黄豆黄素和去氧紫草素调节化学致癌-受体激活、脂质与动脉粥样硬、PI3K-Akt、MAPK、凋亡等多个信号通路发挥保护放射性肝损伤的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探究清震汤治疗偏头痛的作用机制

基于网络药理学及分子对接技术探究清震汤治疗偏头痛的作用机制。利用中药系统药理学平台,结合文献报道,获取清震汤中3味中药的活性成分和作用靶点,借助UniProt数据库对靶点蛋白名称进行规范。通过DrugBank、GeneCards等数据库获取偏头痛相关靶点。运用在线Venny作图平台,得到清震汤治疗偏头痛的潜在作用靶点。通过STRING平台构建潜在靶点PPI网络,将所得蛋白互作信息导入Cytoscape 3.7.1进行图像优化及提取核心基因,运用DAVID数据库对潜在作用靶点进行富集分析,采用Cytoscape 3.7.1构建“中药-化合物-靶点-通路”调控网络并进行拓扑分析,使用Autodock软件进行分子对接验证。网络药理学分析结果显示,清震汤中治疗偏头痛可能与槲皮素、山奈酚、豆甾醇等40个化学成分有关,IL6、CXCL8、TNF、PTGS2等为关键靶点。富集分析得到GO条目436条,KEGG通路92条,主要涉及TNF信号通路,神经信号传递通路等。分子对接结果显示,上述活性成分与相关靶点具有较好的结合活性。该研究初步表明,清震汤中多种活性成分通过作用于IL6、CXCL8、TNF、PT...     

枫香脂干预类风湿关节炎机制的分子对接研究

通过网络药理学和分子对接研究枫香脂治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制。在TCMID平台及相关文献,通过筛选得到枫香脂有效活性成分13种,从相关数据库查找到活性成分治疗RA靶点有27个。构建"成分-靶点"、"靶点相互作用"网络,利用Metascape平台进行基因通路的富集分析,结果显示枫香脂治疗RA,主要通过调控MAPK14、PTGS2等靶点以及白介素-2相关的信号通路、MAPK信号通路等对RA发挥治疗作用。采用LeDock对成分与靶点进行分子对接后,M19与CTSK、G6PD、MAPK14、PTGS2,M8与G6PD、MAPK14,M6与PTGS2,M23与PTGS2之间docking值较高。枫香脂对RA的治疗,体现了蒙药多成分、多靶点、多途径的特点。     

基于网络药理学和分子对接探究薰衣草治疗睡眠障碍的作用机制

目的：利用网络药理学和分子对接预测薰衣草治疗睡眠障碍（SD）的主要活性成分、作用靶点及潜在作用机制。方法：检索中国知网（CNKI）、Web of Science(WOS)数据库中关于薰衣草的相关文献,结合TCMSP数据库筛选主要活性成分,利用SwissTargetPrediction和PharmMapper 2个数据库获取活性成分的靶点,再利用GeneCards、OMIM、TTD和DrugBank 4个数据库检索疾病基因,并经Venn工具得到两者交集的潜在作用靶点。利用Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-成分-靶点”相互作用网络,利用STRING 11.5数据库筛选置信度≥0.9的靶点,构建PPI网络。利用Enrichr数据库对交集基因进行GO富集分析及KEGG通路分析。利用AutoDockTools 1.5.7软件对活性成分与核心靶点进行分子对接,利用PyMOL 3.8软件进行可视化分析。结果：共获得13个活性成分和192个潜在作用靶点,活性成分为亚油酸乙酯、木犀草素、乙酸芳樟酯、熊果酸及芳樟醇,hub基因为STAT3、MMP9、PTPN11、MAPK1及IL2;作用机制主...     

基于分子对接和系统药理学小青龙汤治疗哮喘的作用机制

为从分子层面阐述小青龙汤治疗哮喘的作用机制,探索小青龙汤的潜在靶标,本研究检索中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)并根据口服生物利用度(oralbioavailability,OB)、药物相似性(drug-likeness,DL)筛选出小青龙汤的活性成分,利用Pharmmapper数据库筛选小青龙汤潜在作用靶点,挖掘CTD、Genecards数据库以筛选与哮喘相关的作用靶点,利用Cytoscape 3.6.1软件构建小青龙汤的蛋白互作网络图、化合物靶点图,并通过计算拓扑学参数找到小青龙汤中关键的作用靶点和化合物。对小青龙汤对哮喘的作用靶点进行GO分析和KEGG分析。利用iGEMDOCK软件进行分子对接,预测作用靶点和主要化合物的结合度。通过筛选得到小青龙汤活性成分、潜在作用靶点;GO分析得到43个生物学过程、11个细胞组成和9个分子功能;KEGG分析包括PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路、Wnt信号通路等。初步验证和预测了小青龙汤对治疗哮喘的作用机制,并为进一步深入揭示其作用机制提供参考。     

基于网络药理学及分子对接探讨桦褐孔菌三萜类成分抗胃癌作用机制

本研究采用网络药理学与分子对接的方法探讨桦褐孔菌三萜类活性成分抗胃癌可能的作用机制。通过查阅文献、检索TCMSP数据库,经SwissADME筛选,得出桦褐孔菌三萜类活性成分24个,包括白桦脂酸、桦褐孔菌醇等。活性成分发挥作用的潜在靶标56个,主要有CASP3、MAPK1等;基于DAVID数据库,GO功能分析与KEGG通路富集分析结果表明,桦褐孔菌三萜类活性成分抗胃癌作用机制主要与改变DNA结合转录激活因子活性,信号转导等有关,参与的主要信号通路有TNF信号通路、癌症信号通路、MAPK信号通路等。对活性成分与关键靶点蛋白进行分子对接,结果显示,24个活性成分与CASP3、MAPK1、NFKB1、MAPK8、ALB 5个蛋白具有良好的结合性。综上,桦褐孔菌三萜类成分抗胃癌具有多成分、多靶点、多通路的调节作用。     

基于网络药理学研究南五味子对肝损伤的保护作用机制分析

通过网络药理学和分子对接的方式探究南五味子治疗肝损伤的作用机制。通过多个数据库检索并筛选出南五味子的活性成分和其治疗肝损伤的相关靶点。采用Cytoscape3.2.1软件构建活性成分-潜在靶点的网络图;运用String数据库做蛋白相互作用分析。使用R project对南五味子治疗肝损伤的关键靶点进行GO和KEGG的富集分析和网络构建,最后通过分子对接验证。最终筛选出南五味子有效化学成分31个,与肝损伤相关的靶点358个,KEGG富集分析主要在168条相关信号通路,分析表明南五味子可能通过PIK3CA、MAPK1、MAPK3、STAT3等核心靶点发挥作用,这些靶点主要富集Neuroactive ligand-receptor interaction、Proteoglycans in cancer、Prostate cancer、EGFR tyrosine kinase inhibitor resistance、Hepatitis B、ErbB signaling pathway等多条通路上,分子对接结果也显示良好的结合效果。本研究揭示了南五味子中的多成分作用于多靶点、多信号通路治疗肝损伤的作用机制,为生物实验提供理论基础。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨冬虫夏草治疗肾纤维化的潜在作用机制

为了探究冬虫夏草治疗肾纤维化的分子机制,本研究运用网络药理学方法筛选出冬虫夏草抗肾纤维化的活性成分、潜在作用靶点及相关信号通路,并对关键的化合物和靶点进行分子对接。结果表明,冬虫夏草共有22个化合物和364个潜在靶点参与治疗肾纤维化,蛋白互作（PPI）分析出IL-6、TNF-α、MAPK3、EGFR、SRC、CASP3和MAPK1等关键潜在靶点,KEGG通路富集筛选得到163条信号通路。分子对接结果显示,冬虫夏草治疗肾纤维化过程中,其核心化合物金色酰胺醇酯、啤酒甾醇、酒渣碱、花生四烯酸、11,14-二十碳二烯酸分别与PIK3CA、PIK3CB、PIK3CD、MAPK1、MAPK3、RELA等具有良好的结合性能。分析结果显示,冬虫夏草具有通过多成分、多靶点、多通路减缓肾纤维化的潜力,为其抗肾纤维化临床使用提供了一定的依据。     

基于网络药理学和分子对接探索荆芥-防风药对治疗冠状病毒肺炎的潜在机制

本文旨在通过网络药理学和分子对接探索荆芥-防风药对治疗冠状病毒肺炎的潜在药效物质和作用靶点。首先,通过检索TCMSP、ETCM、BATMAN-TCM数据库收集荆芥-防风中活性成分及其作用靶点,并在GeneCards、OMIM、NCBI Gene数据库收集冠状病毒肺炎相关靶点。然后,两者取交集运用STRING数据库分析关键靶点间蛋白相互作用,并利用DAVID数据库进行生物功能和通路分析。最后,利用Autodock软件对潜在药效物质和关键靶点进行分子对接。本研究共收集到28个活性成分、56个关键靶点。GO功能富集收集到176个生物过程(biological process)、47个分子功能(cell compound)、36个细胞组分(molecular function)(P0.05)。KEGG通路富集共收集到99条通路(P0.05)。分子对接结果显示,潜在药效物质与关键靶点及血管紧张素转化酶II、COVID-19 main protease对接结果能量低于-5 kcal/mol。本文揭示了荆芥-防风药对治疗冠状病毒肺炎可能的潜在药效物质和作用靶点,为荆芥-防风的开发和后续研究打下了基础。     

基于网络药理学联合分子对接对逍遥散干预原发性肝癌的作用机制研究

为探索逍遥散干预原发性肝癌(HCC)的作用机制。运用网络药理学的方法,通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)网站检索逍遥散的主要活性成分及对应的作用靶点,再利用GEO数据库筛选并分析原发性肝癌的差异基因,采用Cytoscape3.7.2软件构建活性成分—靶点网络图,利用Biso Genet插件分析筛选得出PPI蛋白互作网络和PPI网络的关键节点,然后运用生物信息学的方法对关键靶点进行基因功能分析和通路富集分析。最后使用分子对接技术对化合物核心成分与关键靶点进行对接验证。通过分析得到逍遥散作用于HCC的交集基因27个,GO富集显示逍遥散的生物功能主要设涉及无机物质细胞反应、趋化因子活动、细胞周期性蛋白依赖复合物等方面;KEGG通路富集显示逍遥散影响的通路主要有细胞衰老信号通路、甾类激素生物合成信号通路、p53信号通路等。分子对接结果显示逍遥散核心成分与HCC关键靶点亲和力良好。综上逍遥散改善HCC存在多成分、多靶点和多重药理作用,为进一步研究治疗HCC提供了线索。     

基于网络药理学的葛根抗肿瘤潜在机制探讨

本文采用网络药理学方法探讨葛根的抗肿瘤的作用机制。首先采用类药性评估筛选葛根的活性成分,然后反向分子对接法预测作用靶点,在pubmed数据库人工检索靶点是否与肿瘤相关。靶点信息导入到生物注释系统MAS3.0,结合KEGG数据库进行靶点分析和通路分析,cytoscape软件中分别绘制化合物-靶点、靶点-通路网络,最后合并生成成分-靶点-作用网络图。实验结果显示从葛根中筛选出16个活性化合物,并预测出34个靶蛋白和44条信号通路。网络分析发现葛根潜在作用通路有直接作用于多种肿瘤疾病,也有间接作用于多条与肿瘤形成发展有关的通路。综上,葛根通过多成分、多靶点、多通路的形式发挥着抗肿瘤作用,为后续作用药理实验提供了依据,也为其他中药的相关研究提供借鉴和参考。     

黄芪-苍术改善糖尿病肾病糖脂代谢的网络药理学研究

为探讨黄芪-苍术改善糖尿病肾病糖脂代谢的作用机制。运用网络药理学方法,通过中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选出黄芪、苍术的有效活性成分和作用靶点,再利用Drug Bank、Gene Cards、OMIM等数据库筛选出与糖尿病肾病相关的潜在作用靶点。采用Cytoscape 3. 6. 1软件和Metascape数据库构建活性成分-靶点网络图,利用KEGG和GO富集分析药物与糖脂代谢相关的信号通路。通过筛选得出黄芪和苍术有效活性成分29个,其中槲皮素、山奈酚、汉黄芩素、异鼠李素等成分可能是通过靶向PIK3CG、AKT1、MAPK1、IGF2等靶点,参与m TOR、胰岛素、脂肪细胞因子、Jak-STAT信号通路发挥调节糖尿病肾病糖脂代谢作用。综上,黄芪-苍术改善糖尿病肾病糖脂代谢存在多成分、多靶点和多重药理作用,为进一步研究治疗糖尿病肾病提供了线索。     

基于网络药理学和分子对接探索桑白皮治疗糖尿病周围神经病变的潜在机制

本研究运用网络药理学和分子对接方法对中药桑白皮治疗糖尿病周围神经病变(DPN)的活性成分、潜在作用靶点和信号通路进行研究,探索桑白皮治疗DPN的可能作用机制。首先从中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选出桑白皮的活性成分及靶点基因。通过GeneCards数据库及OMIM数据库筛选出DPN的疾病靶点基因,并用Cytoscape软件构建"药物-有效成分-靶基因-疾病"中药调控网络图。将有效成分靶标与疾病靶标上传到STRING数据库,构建蛋白互作网络图(PPI),并使用R语言对得到的PPI进行核心基因的筛选。运用R语言对关键靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。其次从活性成分及靶点基因中根据degree值筛选出前3个关键成分,并将该网络中的基因靶点以degree值高低进行排序,选择前3个核心靶点,然后从RCSB数据库下载相关蛋白的结构,使用Pymol软件去除溶剂分子与配体,使用AutoDock软件进行分子对接。最后通过酶联免疫吸附实验和荧光光谱实验验证网络药理学富集分析的结果。最终预测到31个桑白皮活性成分,312个活性成分相关靶点,120个桑白皮-糖尿病周围神经病变共同有效靶点。活性...     

基于网络药理学探讨溪黄草黄酮类成分对酒精性肝病的作用机制

基于网络药理学探讨溪黄草黄酮类成分对酒精性肝病(alcoholic liver disease, ALD)的作用机制。通过文献、PubChem、TCMSP、PharmMapper数据库收集成分及预测靶点,利用UniProt数据库规范靶点。再运用GeneCards数据库获取ALD疾病靶点,并经Venny2.1.0获得交集靶点。蛋白相互作用的PPI网络由STRING数据库构建,接着通过DAVID数据库对交集靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析。溪黄草黄酮类成分-靶点-通路的作用网络由Cytoscape3.7.0构建,最后对核心靶点进行分子对接验证。本文共收集溪黄草中12种黄酮类成分,这些成分涉及172个与ALD相关的靶点,筛选24个核心靶点。GO富集显示52条生物过程、24条细胞成分、16条分子功能,主要涉及转录调控、细胞凋亡调节、血管内皮生长因子、NF-κB调节、脂质稳态、DNA损伤凋亡等生物过程;KEGG富集27条通路,主要涉及PI3K/Akt信号、FoxO信号、P53信号等关键通路;分子对接显示HSP90AA1、VEGFA、CCND1核心靶点与活性成分有良好的结合效应。综上,本文揭示溪黄草黄酮类成分作用于多靶点,参与多通路的调控发挥治疗ALD的作用机制,为进一步验证溪黄草黄酮类成分治疗ALD的相关靶点及通路提供依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪治疗病毒性心肌炎的作用机制CSCD

本文基于网络药理学方法探讨黄芪治疗病毒性心肌炎的潜在作用机制。通过TCMSP数据库和疾病数据库,分别检索并筛选得到黄芪治疗病毒性心肌炎的潜在作用靶点,利用Cytoscape 3.7.1构建“黄芪活性成分-病毒性心肌炎-靶点”网络、蛋白互作网络,然后利用R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析,并通过Sybyl-X 2.0对重要黄芪活性成分和靶点进行分子对接。结果表明,黄芪活性成分22个,关键靶点97个,共涉及1327个生物学过程,29个细胞组分,66个分子功能及90条信号通路。分子对接结果显示异微凸剑叶莎醇与TP53结合最好。本研究初步探讨了黄芪治疗病毒性心肌炎的潜在作用靶点及重要信号通路,为后续提供了新的思路。