脑膜炎奈瑟球菌外膜蛋白NhhA研究进展

脑膜炎奈瑟球菌(Neisseriameningitides,Nm, 以下简称脑膜炎球菌),是引起流行性脑脊髓膜炎疾病的主要病原体。NhhA(Neisseria hia homologue)是Nm的一种寡聚外膜蛋白。研究表明,NhhA在宿主-病原体相互作用中具有重要功能,如参与Nm无症状鼻咽黏膜定植,诱导巨噬细胞凋亡,具有免疫刺激功能等。该蛋白表面暴露,并在许多Nm菌株中都能表达,表明它有希望作为候选疫苗。现对NhhA的分子结构、宿主-病原体相互作用中的功能以及作为疫苗候选物的研究现状等作一概述。     

脑膜炎奈瑟菌外膜蛋白NhhA研究进展

脑膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitides,Nm,以下简称脑膜炎球菌),是引起流行性脑脊髓膜炎疾病的主要病原体。NhhA(Neisseria hia homologue)是Nm的一种寡聚外膜蛋白。研究表明,NhhA在宿主-病原体相互作用中具有重要功能,如参与Nm无症状鼻咽黏膜定植,诱导巨噬细胞凋亡,具有免疫刺激功能等。该蛋白表面暴露,并在许多Nm菌株中都能表达,表明它有希望作为候选疫苗。现对NhhA的分子结构、在宿主-病原体相互作用中的功能以及作为疫苗候选物的研究现状等作一概述。     

尼帕病毒包膜糖蛋白及细胞融合机制研究进展

尼帕病毒(Nipah virus,NiV)是一种新发人兽共患病病原体,其传染性强,致死率高,不仅严重危害当地人群的生命财产,也对全球公共卫生安全构成严重威胁。本文从尼帕病毒包膜表面两种重要糖蛋白——附着蛋白G和融合蛋白F入手,简要介绍其结构形态和生理学功能,并联系尼帕病毒的组织趋向性,重点阐述G蛋白与其蛋白受体eB2/eB3(ephrin-B2/ephrin-B3)之间、G蛋白与F蛋白之间的相互作用机制,对近几年来国内外研究的最新进展进行回顾与展望。     

蛋白质泛素化修饰对流感病毒增殖和致病性的影响

流感病毒是一种全球流行的呼吸道病原体,在其与宿主相互作用的过程中,病毒运用各种各样的方法逃避宿主抗病毒免疫系统的追击,而同时宿主也在不断武装自身免受病毒入侵,在这一系列过程中,泛素系统作为能够通过单个泛素或可逆性的泛素链与靶蛋白连接,进而使靶蛋白激活或失活的一种翻译后修饰机制。泛素化修饰在流感病毒复制过程中起到了至关重要的作用。因此,本篇综述结合近些年在此研究领域的研究成果,阐述了泛素化修饰参与病毒-宿主之间相互作用的机制,并为今后抗病毒药物的研发提供一个新的思路。     

应用相互作用陷阱发现蛋白质——实例分析

为了了解某一特定蛋白的功能,通过识别与该蛋白相关的其它蛋白不失为一种有用的研究策略。研究两种蛋白之间相互作用的方法通常采用生化技术如偶联、免疫共沉淀等。1989年,Fields等首先创立了用遗传学方法研究蛋白之间相互作用。1991年,与Fields同实验室的Chien等在上述基础上进一步简化了该方法中的蛋白构建途径,并将这种方法称为双杂交系统(Two-hybrid system)。1993年,Gyuris等利用同样原理建立了研究蛋白之间相互作用的有效方法,将这种方法称为相互作用陷阱(Interaction trap)。随后研究者们纷纷采用这种方法去发现相互作用的蛋白质,相     

病原微生物毒力因子与宿主细胞信号通路相互作用研究进展

病原微生物与宿主的相互作用是感染性疾病发生的基础,涉及病原微生物在宿主体内的生存、复制、传播及致病等多个过程。病原菌在进化过程中发展了多种策略以攻击宿主,其中最重要的一种方式就是通过毒力蛋白影响宿主细胞信号通路,病原菌可以通过多种方式阻断宿主信号通路的激活,如乙酰化、β消除等。研究病原体与宿主细胞相互作用的规律,有望发现具有广谱作用的传染病防治药物。我们就病原体通过信号转导影响细胞功能的研究进展做简要综述。     

超级基因表达连续分析技术

转录过程分析在宿主与病原体相互作用研究中的应用已为发病机制的认识提供了重要的见解,并与宿主及其病原体基因组序列资料的累积同步发展。本文介绍基因表达连续分析的一种改良方法,即超级基因表达分析（SuperSAGE）,这种方法可应用于宿主与病原体相互作用中转录过程分析的研究。在SuperSAGE方法中所形成的26bp尾端序列可以译解“相互作用转录过程”,即可同时定量测定宿主体内真核细胞内病原体的基因表达。此外还讨论了靶基因的快速功能分析。     

生物信息学分析人类病毒互作广谱蛋白的特征

了解病毒与人类蛋白的相互作用对于理解病毒感染宿主机制非常重要，已有研究主要集中在病毒如何进入宿主细胞、复制、扩散和致病等方向上，对病毒与人类蛋白的相互作用模式缺乏系统研究。本研究中我们构建了迄今为止最全面的病毒与人类之间的蛋白相互作用网络，涵盖来自218种病毒的1 674种蛋白与来自人类的13 724种蛋白的108 832对蛋白相互作用；在此基础上鉴定出109个至少与12种病毒家族存在蛋白相互作用的人类蛋白，定义为人类的病毒互作广谱蛋白（简称广谱蛋白）；从结构、功能、蛋白互作网络以及组织表达量等四个方面系统地分析了广谱蛋白的特征，发现广谱蛋白相较于非广谱蛋白以及其它人类蛋白具有更密集的转角结构、更多的结构域、更高的网络中心度和组织表达量，表明它们可能在病毒感染宿主过程中起着重要作用。本研究有助于加深我们对于病毒感染人类模式的理解，同时也对进一步探究病毒与疾病之间的关联有一定的帮助。     

病毒衣壳蛋白的解离和重组

在生物微观世界中,某些病毒的结构形态是迄今为止研究得比较透彻的一种。病毒的衣壳蛋白在完成其生物功能——即和病毒核酸的相互作用,而后形成包裹衣壳,是自然界中蛋白质聚合成高级结构(四级结构)的一种典型的有序模型。目前,为数不少的病毒,包括植物、动物及细菌病毒的衣壳蛋白一级结构已经阐明,因此病毒的衣壳蛋白是研究蛋白质的解离、聚合、装配和重组,蛋白质各级结构之间的关系及蛋白质和核酸之间相互作用等问题的一个极好对象。对于病毒衣壳蛋白的解离和重组过程,已有不少研究报道、综述和专著     

甲型流感病毒非结构蛋白NS1功能研究进展

甲型流感病毒(influenza A virus,IAV)是每年季节性流感的主要病原体,也是全球儿童急性呼吸道感染的重要病毒性病原。非结构蛋白1(nonstructural protein 1,NS1)是由病毒基因组编码的蛋白,表达于被感染的细胞中,但不存在于病毒颗粒中。近年来,大量研究表明NS1是IAV的重要毒力因素,通过NS1-RNA之间、NS1-蛋白之间的相互作用,在拮抗宿主抗病毒反应、抑制宿主细胞凋亡、调节宿主及自身基因表达等多方面发挥作用。深入研究NS1与宿主细胞的相互作用,不仅可加深对IAV致病机制的理解,还可为预防和控制IAV的传播甚至暴发奠定理论基础,在新型抗病毒药物及疫苗研制中有着重要的应用价值。     

三种金属硫蛋白聚合体的疏水性相互作用研究

通过分子表面的计算考察了三类金属硫蛋白（大鼠金属硫蛋白亚型Ⅱ,兔肝金属硫蛋白亚型Ⅰ和Ⅱ）二聚体短聚体中组成单元之间的疏水性相互作用。计算结果表明二聚体和三聚体中各组成单元之间均可以形成较好的几何匹配。对于二聚体而言,单体和单体之间存在一定的疏水性相互作用,但作用力 三聚体中,单体和二聚体之间的疏水残基能通过好的空间匹配形成很强的疏水性相互作用。对于这三种金属硫蛋白,二聚体中单体和单体之间的疏水性相     

酵母蛋白质相互作用网络中Hub蛋白分类及作用规律的研究

在蛋白质相互作用网络层面研究蛋白质的生物学功能已成为系统生物学的一项重要工作。Hub蛋白是指蛋白质相互作用网络中连接数较高的蛋白,在生命活动中行使着极为重要的功能。然而仅仅依靠连接数并不能准确反映出蛋白质在生物学网络中的真实地位,连接数相近的Hub蛋白在生物网络中发挥的作用未必同等重要。依据Gene ontology数据库中的生物学注释信息,使用X均值聚类法将Hub蛋白分为系统、组分和过程Hub三类;对这三类Hub蛋白构成的子网络进行研究,发现系统Hub和非Hub蛋白子网络分布均匀,而组分Hub和过程Hub的子网络有明显的模块性;进一步引进描述各类Hub蛋白之间相互作用倾向性的参数并对其进行分析,结果表明:三类Hub蛋白之间(包括同一类Hub蛋白间)、非Hub蛋白与Hub蛋白间相互作用的倾向性强烈,而反过来,三类Hub蛋白与非Hub蛋白之间、非Hub蛋白内部相互作用的倾向性很弱。     

流感病毒诱导的糖皮质激素损害宿主针对继发细菌性感染的天然免疫防御

多细胞生物体持续暴露在多种不同的病原体下。由于不同类型的病原体需要不同类型的免疫反应,所以理解针对一种类型感染的免疫反应如何影响宿主针对另外一种类型病原体的反应是全面认识宿主一病原体相互作用的必要一环。本研究利用一个共感染的鼠模型以了解流感病毒感染对随后系统性细菌性感染的影响。研究发现流感病毒感染可以触发一般性的应激反应,造成血液中糖皮质激素水平持续性升高,从而导致系统性的机体免疫反应抑制。     

幽门螺旋菌的蛋白互作图谱

蛋白－蛋白相互作用是决定蛋白质功能的关键因素,因此科学家们对利用基因组序列建立蛋白质作用图谱很感兴趣。Nature 杂志409卷 6817期第211页（ 2001年1月11日出版）报道了人类胃脏病原体幽门螺旋菌的一个蛋白－蛋白相互作用图谱。这一新的互作图谱是以域、而不是以整体蛋白质的相互作用为基础的。它反映了1200多种潜在的蛋白质相互作用,涉及半数蛋白组由其基因组表达的全部蛋白成员。这类图件的用途是,建立用于在设计药物时分析修复失常过程可能性的方法。幽门螺旋菌的蛋白互作图谱@孙雷心     

PLK1是DNA内切酶CtIP的新相互作用蛋白

CtIP是DNA双链断裂修复中的关键蛋白之一,它能够促进断裂DNA末端切割,并且是一种已知的抑癌基因,与许多参与癌变过程的蛋白质如BRCA1,Rb等相互作用。为了更好地理解CtIP的分子网络,我们用在线工具PrePPI预测CtIP相互作用蛋白,发现PLK1是新的CtIP相互作用蛋白。PLK1在有丝分裂和癌症进展中发挥重要作用。我们进一步通过免疫沉淀法验证了它们的相互作用。 结果显示PLK1与CtIP有较强相互作用。此外,还采用Frodock 2.0工具对接CtIP和PLK1之间的蛋白质相互作用。最后,免疫沉淀测定和免疫荧光染色结果显示这两种蛋白质之间的相互作用与DNA损伤相关。基于这些结果,我们提出CtIP-PLK1相互作用可能在DNA损伤反应以及其他生物过程中发挥重要作用。     

流感病毒利用其神经氨酸酶蛋白逃避NK细胞激活受体的识别

<正>自然杀伤(NK)细胞在抗病毒感染和消灭转化细胞的过程中发挥核心作用。通过抑制和激活受体控制病原体感染细胞和肿瘤细胞的识别。曾表明NK细胞激活(杀伤)受体中的天然细胞毒性受体NKp44和NKP46,可与流感病毒感染的细胞表面表达的病毒血凝素(HA)蛋白相互作用。我们进一步发现,NKp44/NKP46和病毒的HA之间的相互作用     

沙眼衣原体包涵体膜蛋白的研究进展

沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis,Ct)是一种专性细胞内寄生的革兰阴性病原体,在宿主细胞内增殖形成包涵体,通过包涵体与宿主细胞发生相互作用。包涵体膜蛋白(inclusion membrane proteins,Inc蛋白)是一类定位于衣原体包涵体膜上的含独特双叶片状疏水性基序结构的衣原体蛋白。Inc蛋白广泛存在于衣原体属各个种内,每种衣原体既有各自独特的Inc蛋白,又有其关键Inc蛋白同系物,基于生物信息学方法,预测Ct有59个Inc蛋白。Inc蛋白在衣原体与宿主细胞相互作用过程中发挥重要作用。在过去的十年内,鉴定Inc蛋白并对其功能进行研究受到了重视,但对于Inc蛋白的功能仍知之甚少。衣原体基因操控技术的应用,推动了Inc蛋白等衣原体单个蛋白的功能研究。现就Ct Inc蛋白的鉴定及其功能研究进展作一概述。     

基因芯片在细菌基因组学和细胞微生物学研究中的应用

利用基因芯片可以鉴定病原菌在不同宿主微环境中受到差异调节的基因、直接或间接由转录因子控制的基因,以及编码多步骤代谢和生物合成途径中各种组分的基因;通过比较基因组学研究,评价相关菌种和菌株的自然群体内遗传多样性的范围和特性,并在ORF水平描述病原体和共生体之间的差异;同时也可进行感染组织细胞基因表达分析,研究病原体和宿主之间复杂的相互作用关系。     

竹花叶病毒卫星RNA编码P20蛋白的同型和异型相互作用

竹花叶病毒卫星RNA(satBaMV)是一个长度为836个核苷酸(不包括polyA)的单链正义RNA分子,可编码一20ku的卫星蛋白(P20).satBaMV的复制和包被需依赖竹花叶病毒(BaMV).P20是核酸结合蛋白,能促进satBaMV在寄主植物的长距离移动.利用细菌双杂交系统(BTH)和pull-downassays研究了P20自身、P20与BaMV蛋白以及BaMV蛋白之间的相互作用.研究表明:P20自身的相互作用是最强的;P20与甲基转移酶(MET)和衣壳蛋白(CP)之间有明显的相互作用;三基因连锁蛋白之间亦存在强的相互作用;CP与三基因连锁蛋白之间有明显的相互作用.删减分析表明,位于P20N端包括RNA结合位点在内的15个氨基酸是P20自身相互作用所必需的.N端缺失可导致P20间相互作用消失.P20的β折叠结构也是P20间相互作用所必需.此外,P20与烟草细胞色素C还原酶和β微管蛋白之间有较强的相互作用.BaMV蛋白与P20之间的同型和异型相互作用对BaMV及其卫星RNA在寄主植物中的移动起重要作用.     

DNA错配修复蛋白MutS和MutL的相互作用研究

MutL 和 MutS 是DNA错配修复系统中起关键作用的修复蛋白. 利用基因融合技术高效表达了MutL 和 MutS融合蛋白,并利用它们发展了一种研究二者相互作用的简便方法. 融合蛋白MutL-GFP (Trx-His6-GFP-(Ser-Gly)6-MutL),MutL-Strep tagⅡ (Trx-His6-(Ser-Gly)6-Strep tagⅡ-(Ser-Gly)6-MutL) 和 MutS (Trx-His6-(Ser-Gly)6-MutS) 被构建并在大肠杆菌中高效表达. 收集菌体细胞、超声波破碎后离心取上清进行SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳 (SDS-PAGE) 分析,结果表明有与预期分子质量相应的诱导表达条带出现,其表达量约占全细胞蛋白的30％且以可溶形式存在. 利用固定化金属离子配体亲和层析柱分别纯化融合蛋白,其纯度达到90％. 通过将MutS蛋白固定的方法研究两种MutL融合蛋白分别与MutS之间的相互作用. 结果表明：只有MutS蛋白与含有错配碱基DNA分子结合后才与MutL蛋白发生相互作用. 通过检测MutL融合蛋白标记的绿色荧光信号或酶学显色信号来鉴定相互作用的发生. 建立的融合分子系统方法也为研究其他的蛋白质或生物大分子之间的相互作用提供了一个技术平台.