Sabin-IPV抗原性及免疫原性分析

目的比较3个不同厂家的Sabin-IPV抗原性及免疫原性特点。方法采用ELISA方法,利用血清型和抗原位点特异性的单克隆抗体检测Sabin株脊髓灰质炎病毒疫苗D抗原含量,分析疫苗相对D抗原含量和单克隆抗体的相对反应性,评估疫苗抗原性;利用大鼠体内效力试验分析Sabin株脊髓灰质炎病毒疫苗的免疫原性,评估疫苗效力。结果与英国国家c IPV标准品Pu91相比,3个厂家的Sabin株脊髓灰质炎病毒疫苗相对D抗原含量存在差异,其中C厂家的相对D抗原含量最高;3个厂家的血清Ⅰ型Sabin株脊髓灰质炎病毒疫苗抗原性差异无统计学意义;血清Ⅱ型中,除B厂家的Sabin株脊髓灰质炎病毒疫苗的抗原位点1的抗原性较弱以外,A、C其2个厂家的Sabin株脊髓灰质炎病毒疫苗抗原性差异无统计学意义;血清Ⅲ型中,3个厂家的Sabin株脊髓灰质炎病毒疫苗与抗原性差异有统计学意义。接种Sabin株脊髓灰质炎病毒疫苗的大鼠血清对Sabin株及Salk株病毒具有良好中和效力。结论除血清Ⅲ型外,血清Ⅰ型和Ⅱ型Sabin株脊髓灰质炎病毒疫苗的抗原性与疫苗免疫原性一致。ELISA检测疫苗抗原性的方法有望替代疫苗动物体内效力评价试验。     

云南省疫苗衍生脊髓灰质炎病毒全基因组序列遗传特征分析

为了解云南省疫苗衍生脊髓灰质炎病毒(Vaccine-derived Poliovirus,VDPV)的基因组特征,对2010年及2012年监测到的4株VDPV进行全基因组序列测定。结果显示,2株Ⅱ型VDPV的基因组全长均为7439nt,与Sabin Ⅱ疫苗株全基因组核苷酸和氨基酸的序列同源性分别为95.4%和97.7%;2株I型VDPV基因组全长均为7441nt,与Sabin I疫苗株全基因组核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为93.9%和97.9%。减毒位点分析发现II型和I型VDPV毒株分别有两个(nt 481和nt 2909)和三个减毒位点(nt 480、nt 2795和nt 6203)发生了回复突变。VP1序列分析显示II型和I型VDPV毒株与相应Sabin株的变异分别为1%和2.3%,重组分析显示II型和I型VDPV的基因组结构分别为S2/S3和S1/S2/S1/S3,后者的重组次数高达3次,显示了重组的普遍性和复杂性,也表明了病毒在人体内复制和传播的持久性与重组的多样性成正相关。因此,从分子水平分析VDPV的特性,可掌握病毒的变异动态,为制定科学可行的VDPV控制策略提供理论依据。     

PCR法检测外环境水中脊髓灰质炎病毒Ⅰ型基因的研究

应用聚合酶链反应（PCR）技术检测外环境水中分离的脊髓灰质炎病毒Ⅰ型（PVⅠ）毒株基因型,发现所分离的22株病毒．均为疫苗SabinⅠ相关株．脊髓灰质炎病毒的温度敏感（T特征）试验亦提示为弱毒株,与PCR试验相吻合。表明在实施强化免疫和常规免疫后,外环境中的脊髓灰质炎病毒已被疫苗相关株循环所取代。同时证实用PCR作为环境中PVⅠ病毒株的基因型分析的检测方法是特异和敏感的。     

SYBR Green Ⅰ荧光RT-PCR法检测贝类中的诺如病毒

针对诺如病毒II型的保守区域设计引物,建立了SYBR Green I实时荧光RT-PCR检测诺如病毒II型的反应体系。此方法的病毒检测下限达到102拷贝,标准曲线的线形范围为102~106拷贝,相关系数为0.9952,斜率为?2.982,截距为35.84。对诺如病毒II型检测特异,与轮状病毒、腺病毒、甲肝病毒、星状病毒无交叉反应。针对质粒标准品检测的批内试验变异系数(CV)为0.95%~1.69%(n=5),批间试验CV为0.87%~1.24%(n=3)。运用此方法随机检测30份贝类水产品,检测出2份阳性样品。结果表明,SYBR Green I荧光RT-PCR检测诺如病毒II型的方法灵敏、特异、重复性好,可应用于贝类水产品的快速检测。     

不同脊髓灰质炎病毒株3CD蛋白酶在昆虫细胞中的表达及其对P1前体蛋白的剪切

目的获得在昆虫细胞中有效表达脊髓灰质炎病毒P1基因和3CD基因的重组杆状病毒,为制备脊髓灰质炎病毒样颗粒疫苗提供了科学依据。方法将I型脊髓灰质炎病毒(Mahoney株)的P1基因和3CD基因构建到供体质粒中,通过flash BAC ULTRATM系统制备重组杆状病毒;将Mahoney株的P1基因与Sabin株Ⅲ型的3CD基因组合,用同样方法构建重组杆状病毒。通过接种昆虫细胞草地贪夜蛾细胞(sf-9细胞)对两种病毒进行扩增,再接种昆虫细胞粉纹夜蛾细胞(High five细胞)扩大培养,并通过定量PCR对P1和3CD基因的表达进行验证,利用Western blot检测P1蛋白的表达及被3CD蛋白酶剪切的情况。结果获得了两株稳定表达脊髓灰质炎病毒P1和3CD基因的重组杆状病毒。其中,重组杆状病毒(Bac U-Mahoney-P1-3CD)在感染细胞后,3CD蛋白酶表达量较低,不能有效剪切P1前体蛋白;而重组杆状病毒(Bac U-Mahoney-P1-Sabin PV3 3CD)感染细胞后,3CD蛋白酶的表达量和对P1前体蛋白的剪切效力都有明显提高(P<0.05)。结论将Mahoney株P1基因和Sabin株Ⅲ型的3CD基因的组合构建重组杆状病毒,可有效地在昆虫细胞中表达P1和3CD基因,并且Sabin株Ⅲ型的3CD蛋白酶可有效地剪切Mahoney株的P1前体蛋白。     

急性弛缓性麻痹病例中Ⅱ型脊髓灰质炎疫苗病毒变异株基因特征分析

研究Ⅱ型脊髓灰质炎(脊灰)疫苗变异株的基因特征,为我国使用口服脊灰减毒活疫苗/脊灰灭活疫苗使用策略,维持无脊灰状态和全球最终消灭脊灰提供科学依据。根据型内鉴定的检测结果,从2000~2001年AFP病例分离到的Ⅱ型脊灰疫苗变异株中选取有聚集性的5株病毒进行全基因组序列测定(贵州省3株、山东省2株),并进行核苷酸、氨基酸同源性分析。贵州省3株病毒全基因组序列完全一致,但与SabinⅢ型病毒发生重组,重组区域在3A区(nt5343~5353);与疫苗株相比,Ⅱ型区域变异10个碱基,其中VP1区变异4个,与SabinⅡ型株核苷酸同源性为99·56%,氨基酸同源性99·34%;Ⅲ型区域变异9个碱基。山东省2株病毒全基因序列共享16个突变位点,没有发生重组,与SabinⅡ型株相比,VP1区分别变异7个和4个碱基,核苷酸同源性分别为99·22%和99·56%,氨基酸同源性分别为99·0%和99·67%。上述5株病毒在重要的减毒位点nt481、nt2909均发生突变。此研究中5株病毒分属于两个不同的传播链,但是共享nt481、nt2909、nt2992三个突变位点,这3个突变位点不在重组区域内,他们的共同作用可能是影响病毒传播力的重要因素,但目前尚无证据证明脊灰疫苗病毒型间重组会增加病毒的毒力及传播力。     

重新评价G-480位点变异对I型脊髓灰质炎疫苗病毒神经毒力的影响

在对分离于中国贵州省的9株I型循环的疫苗衍生脊髓灰质炎病毒(cVDPVs)进行全基因组核苷酸序列分析后,发现已知最重要的决定病毒神经毒力的位点G-480和U-525并没有发生回复野生型突变;另外一些已知的神经毒力决定位点,如A-2438、A-2795、C-6203和G-7441等均已经发生了回复野生型突变。根据核苷酸序列的不同,从9株I型cVDPVs毒株中选取5株病毒感染转人脊髓灰质炎病毒受体基因的小鼠进行神经毒力实验,发现它们的神经毒力都有所升高,其中CHN8184株和CHN8229-1.1株的神经毒力已经十分接近P1/Mahoney株,CHN8229-1.1株、CHN8229-2株和CHN8229-3株神经毒力依次递减,但仍处于较高水平,在它们的全基因组中分别只有7个和2个核苷酸的差异,而毒力却相差很多,提示有新的未鉴别的神经毒力决定位点的存在。对这些毒株5′非编码区(5′NCR)的第V结构域进行二级结构预测,发现它们的二级结构很稳定。在G-480位点没有发生回复突变的情况下,部分毒株的神经毒力已经非常接近P1/Mahoney的水平,提示先前的研究中关于G-480突变对I型脊髓灰质炎病毒神经毒力的作用可能被估计过高,G-480位点不是唯一重要的神经毒力决定位点,可能多个核苷酸联合突变才能达到减毒的效果。要真正全面了解P1/Sabin株的减毒机制,还需要进行更加深入的研究。     

SYBR Green I实时荧光定量RT-PCR测定猴免疫缺陷病毒RNA拷贝数方法的建立

目的建立SYBR Green I荧光染料实时定量RT-PCR方法,测定猴免疫缺陷病毒(SIV)RNA拷贝数。方法巢式RT-PCR扩增SIV病毒RNAgag基因上1360-1837之间的长度为477 bp的片段,将该片段克隆到pGEMT载体上,构建pGEM-SIVgag477质粒。该质粒经限制性内切酶NotⅠ酶切后,进行体外转录,转录出的RNA产物(RS)纯化后10倍系列稀释,作出标准曲线,作为SIV病毒RNA荧光定量检测的外标准品。结果应用Qiagen公司QuantiTect SYBR GREEN RT-PCR Kit,该标准品可精确定量到100 copies/μL。结论制备的RS外标准品纯度高,SYBR Green I荧光染料实时定量RT-PCR法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定猴免疫缺陷病毒(SIV)RNA拷贝数。     

戊型肝炎病毒荧光定量RT-PCR快速检测技术的建立和初步应用

利用DNAMAN软件对GenBank登录的戊型肝炎病毒四个主要基因型代表株的序列进行分析, 选择其高度保守的ORF2区域设计合成引物和探针, 并用包含有扩增区域的核苷酸片段进行体外转录制备标准品cRNA。在对荧光定量RT-PCR的反应条件优化的基础上, 建立了适用于戊型肝炎病毒主要基因型检测的荧光定量RT-PCR检测技术。该检测技术可以有效检测I型和IV型戊型肝炎阳性病料, 而对猪的其它几种疫病阳性病料则为阴性结果, 证实本技术的特异性强、可靠性好。对阳性标准品的检测结果表明, 所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR灵敏度可达2.0×101拷贝/反应, 相比于巢式RT-PCR方法, 其灵敏度高10~100倍以上。在对54份临床样品的检测中, 进一步证实了该方法快速、灵敏且重复性好, 可满足戊型肝炎病毒早期快速诊断的需要。     

戊型肝炎病毒荧光定量RT-PCR快速检测技术的建立和初步应用

利用DNAMAN软件对GenBank登录的戊型肝炎病毒四个主要基因型代表株的序列进行分析, 选择其高度保守的ORF2区域设计合成引物和探针, 并用包含有扩增区域的核苷酸片段进行体外转录制备标准品cRNA。在对荧光定量RT-PCR的反应条件优化的基础上, 建立了适用于戊型肝炎病毒主要基因型检测的荧光定量RT-PCR检测技术。该检测技术可以有效检测I型和IV型戊型肝炎阳性病料, 而对猪的其它几种疫病阳性病料则为阴性结果, 证实本技术的特异性强、可靠性好。对阳性标准品的检测结果表明, 所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR灵敏度可达2.0×101拷贝/反应, 相比于巢式RT-PCR方法, 其灵敏度高10~100倍以上。在对54份临床样品的检测中, 进一步证实了该方法快速、灵敏且重复性好, 可满足戊型肝炎病毒早期快速诊断的需要。     

SYBR Green I荧光RT-PCR法检测贝类中的诺如病毒

针对诺如病毒II型的保守区域设计引物,建立了SYBR Green I实时荧光RT-PCR检测诺如病毒II型的反应体系。此方法的病毒检测下限达到102拷贝,标准曲线的线形范围为102~106拷贝,相关系数为0.9952,斜率为?2.982,截距为35.84。对诺如病毒II型检测特异,与轮状病毒、腺病毒、甲肝病毒、星状病毒无交叉反应。针对质粒标准品检测的批内试验变异系数 (CV) 为0.95％~1.69％ (n=5),批间试验CV为0.87％~1.24％ (n=3)。运用此方法随机检测30份贝类水产品,检测出2份阳性样品。结果表明,SYBR Green I荧光RT-PCR检测诺如病毒II型的方法灵敏、特异、重复性好,可应用于贝类水产品的快速检测。     

脊髓灰质炎减毒活疫苗的高效纯化及特性研究

应用Q-Sepharose Fast Flow对Vero细胞基质制备的I型口服脊髓灰质炎减毒活疫苗悬液进行纯化.病毒液经滤过澄清和超滤浓缩,获得85%的病毒感染性滴度回收率,而经Q-Sepharose F.F.纯化的病毒悬液,病毒感染性滴度回收率达100%.纯化后的病毒液用α-32P dATP标记DNA探针膜杂交法测定,宿主Vero细胞基质DNA残余含量远低于100 pg/剂量的标准;rct/40特征、病毒形态及病毒衣壳蛋白组份等生物学性状无显著变化.研究结果提示,Q-Sepharose F.F.是Vero细胞制备口服脊髓灰质炎减毒疫苗的理想纯化材料.     

人3型副流感病毒滴度TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的利用TaqMan实时荧光RT-PCR(real-time RT-PCR)技术建立测定人3型副流感病毒培养物滴度的方法。方法根据人3型副流感病毒HN基因的保守序列设计引物及探针,采用10倍系列稀释的体外转录HN RNA为模板,建立定量标准曲线。验证方法的专属性、敏感性、重复性,并对人3型副流感病毒的病毒培养液滴度进行检测。结果建立的方法对HN RNA标准品的检出灵敏度为4.7 copies/μL,标准曲线相关系数为0.998,扩增效率为105%。标准品的实验内重复性CV均0.50%,实验间重复性CV3.60%。系列稀释HNRNA标准品在低温(-80℃)下保存3年后,所测标准曲线的斜率和截距差异均无统计学意义(P=0.673)。用该方法对人3型副流感病毒分离株LZ17、LZ1501和LZ1728进行检测,结果均为阳性,3个病毒分离株滴度检测重复性CV均10.00%;对7种呼吸道非人3型副流感病毒病原体检测均为阴性,表明该方法具有很高的专属性、敏感性和重复性。结论建立的TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR技术可以快速、准确地对人3型副流感病毒滴度进行检测。     

一种随机引物联合多特异性DNA片段检测结核分支杆菌的新方法

目的:针对目前结核性疾病实验室诊断的局限性,探索一种更为敏感和特异的结核分枝杆菌DNA检测新方法。方法:选取10株江苏地区流行的结核分支杆菌(MTB)菌株,选取临床其他常见菌株及分枝杆菌菌株作为对照组,分别提取DNA作为随机引物的模板。参考国内、外文献设计12条随机引物,并分别对MTB及对照菌株进行单个引物随机扩增,2%的琼脂糖凝胶电泳对扩增产物进行分离并切胶纯化,通过TA克隆将纯化片段连接到质粒pEASYTM-T5 Zero并进行测序,通过BLAST-nr比对验证是否为MTB DNA片段。按照所确定的MTB片段序列,在其内部设计、合成一对特异性引物。用此特异性引物扩增对应的随机引物扩增产物,获得MTB特异性条带图谱。并将该方法检测的敏感性和特异性与临床上常用的real-time PCR进行比较。结果:经BLAST-nr比对,随机引物IS986F,S535及IS986R扩增的条带与MTB DNA有高度同源性(均为99%)。随机引物IS986F、S535和IS986R分别联合其特异性引物可以检测稀释105倍、105倍和103倍的MTB DNA,其特异性分别为100%、90%和80%。常规real-time PCR可检测出稀释104倍的MTB DNA。结论:随机引物IS986F联合其特异性引物检测结核分枝杆菌的灵敏度和特异性优于S535、IS986R两组,特异性为100%,且灵敏度优于常规real-time PCR法。     

两种制备感染细胞DNA的内切酶图谱法用于单纯疱疹病毒分型的研究

用³²P标记单纯疱疹病毒Ⅰ型和Ⅱ型感染Vero细胞,抽提病毒DNA,然后以核酸内切酶BamHI酶切,电泳结果2个型别的病毒DNA的电泳图谱均不相同。用非同位素标记的疱疹病毒感染细胞DNA酶切,电泳与³²P-标记的病毒DNA图谱相比较,显示相同的结果。实验表明简单受染细胞DNA进行核酸酶切及电泳可用来进行疱疹病毒的分型。实验说明选择核酸内切酶进行酶切有重要的影响。     

江西一例iVDPV病例Ⅲ型脊髓灰质炎病毒基因特征分析

分析江西一例免疫缺陷患者体内连续采集的15份粪便标本中分离到的Ⅲ型脊髓灰质炎病毒的全长VP1区基因特征。将从15份标本中分离到的14株Ⅲ型iVDPVs进行噬斑纯化,每个病毒随机挑取10个噬斑,接着进行逆转录‐聚合酶链反应扩增,测定获取到的154株iVDPVs全长VP1区序列。通过系统发育分析和BEAST程序探究iVDPV病毒的进化特征,估算其进化速率和口服脊灰减毒活疫苗(attenuated oral polio vaccine,OPV)初始感染时间。14株iVDPVs与Ⅲ型脊髓灰质炎减毒疫苗株(Sabin Ⅲ)核苷酸和氨基酸同源性分别为97.8%～98.7%和97.6%～98.3%。相较于Sabin Ⅲ,14株iVDPVs VP1区第54位氨基酸发生了A→V的突变,这可能导致温度敏感表型和衰减表型的改变。根据拓扑结构系统发育树被划分为3个Lineages,其中17049‐1‐8,17049‐2‐2和17049‐2‐9分别属于Lineage 1和Lineage 2,其余属于Lineage 3。具有Lineage 3序列特征的克隆是优势克隆,呈现出随时间持续分化的特征。BEAST程序估算...     

牛血清中牛腺病毒3型EvaGreen qPCR检测方法的建立

目的 建立EvaGreen qPCR检测牛腺病毒3型(bovine adenovirus 3, BAV3)的方法,用于牛血清等牛源材料的检测。方法 依据GenBank公布的BAV3标准毒株WBR-1全基因序列,基于E2B区域高度保守序列设计引物,提取并制备DNA标准品,建立EvaGreen qPCR检测BAV3的方法,并对该方法的特异性、灵敏度及精密度进行验证。最后利用该方法检测牛血清中的BAV3,并与细胞培养法及荧光抗体检测对比,以验证该方法的适用性。结果 建立的EvaGreen qPCR检测BAV3的方法标准曲线R²>0.99,扩增效率处于90%～110%,可检测范围为0.2×10⁰～0.2×10⁷ copies/μL。实验内Ct值的CV<2.2%,在不同实验间Ct值的CV<1.8%。设计的BAV3引物与牛腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus, BVDV)、副流感病毒3型(parainfluenza virus 3, PI3)、呼肠孤病毒(reovirus, REO)、呼...     

肠道病毒、乙脑病毒和腮腺炎病毒多重RT-PCR检测方法的建立

为建立针对肠道病毒(enterovirus,EV)、乙脑病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)和腮腺炎病毒(mumps virus,MUV)的多重RT-PCR检测方法,分别选择肠道病毒的5′UTR基因、乙脑病毒的E基因和腮腺炎病毒M基因设计3对引物,建立同时检测肠道病毒、乙脑病毒和腮腺炎病毒的多重RT-PCR方法.以中国地区流行的与脑炎相关的麻疹病毒和风疹病毒cDNA为模板验证该检测方法的特异性,同时以梯度稀释的不同滴度的脊髓灰质炎病毒、乙脑病毒、腮腺炎病毒评估该检测方法的检出限.所建立的3种病毒的多重RT-PCR方法可同时或分别特异扩增肠道病毒、乙脑病毒和腮腺炎病毒的152 bp、429 bp和274 bp基因片段,基因序列分别与脊髓灰质炎病毒Sabin 1型5′UTR基因片段、乙型脑炎病毒SA-14-14-2株E基因片段及腮腺炎病毒S79基因片段序列一致;检出限分别达到78.1 CCID50/mL、312.5 PFU/mL、156.2 CCID50/mL;而对麻疹病毒和风疹病毒的扩增均为阴性.所建立的多重RT-PCR特异性和检出限良好,可用于上述3种脑炎病毒的快速检测.     

食品中脊髓灰质炎病毒RT-PCR检测体系的建立

目的:建立食品中脊髓灰质炎病毒的RT-PCR检测体系。方法:在脊髓灰质炎病毒基因组2A区保守序列设计引物,建立同时适于3种血清型脊髓灰质炎病毒的检测方法,并对人工接种病毒的贝类(生蚝、文蛤)、蔬果(草莓、樱桃和生菜)和水样等实际样品进行检测。结果:基于构建的分别适于3种血清型脊髓灰质炎病毒检测的参照分子,确定所建立方法的检测下限可达50拷贝参照分子DNA。针对各种食品基质建立的脊髓灰质炎病毒富集、RNA提取和RT-PCR方法检测3种血清型病毒可达10RT-PCR单位(RTU)。结论:建立的RT-PCR检测体系可用于食品中脊髓灰质炎病毒的检测。     

基于TaqMan实时荧光定量PCR技术的西花蓟马快速检测

西花蓟马Frankliniella occidentalis（Pargande）是世界性害虫,2003年在我国首次发生危害。针对西花蓟马与其他种类蓟马形态相似、难以快速区分的问题,本文在SCAR标记基础上,采用TaqMan实时荧光定量PCR技术,设计1对特异性引物和1条MGB探针,扩增出大小为138bp的特异片段。以质粒DNA为标准品建立了标准曲线（R2=0.9965）,种特异性检验结果显示,该引物和探针只能检测到西花蓟马的荧光信号,而对其他种类的蓟马不具有检测能力。并且可以定量检测西花蓟马不同虫态靶标DNA片段的拷贝数。该检测体系重复性强、稳定性高,在口岸检疫以及植物种苗及其产品调运中的有害生物检测和监测中具有重要意义。