口腔念珠菌基因多态性检测

目的检测正常人群口腔念珠菌基因型,以了解口腔念珠菌基因多态性。方法采集162例正常人群口腔样本,用念珠菌显色培养基(CHROM agar)进行菌种分离培养鉴定,用玉米Tween80培养基进行真菌孢子形态学检查鉴定,随机抽取45个菌株样本进行内含子转录间隔区(internal transcribed spacer region,ITS)序列检测,并比对同源性,建立进化树,观察菌株进化分支情况。结果分离培养出念珠菌菌株57株(57/162,35.2%),其中白色念珠菌(Candida albicans)36株(36/57,63.1%)。进行ITS序列检测的45个菌株申请GenBank序列注册号为FJ697166-GQ280292。结论正常人群口腔念珠菌基因具有多态性。     

评估一种在最大似然系统发育估计中用于参数优化的连续近似计算方法的可行性

选择理由：最大似然法是一种重要的进化树构建方法。但由于运算量大,使它的应用受到限制。近似的算法可以减少最大似然法的运算量,从而加快运算速度。文章对这种近似方法的可靠性进行了评估。对于最大似然法的运用有重大影响。     

梅毒螺旋体外膜蛋白研究进展

梅毒是由梅毒螺旋体(Treponema pallidum)亚种苍白螺旋菌引起的性传播感染性疾病,主要通过母婴感染或性接触的方式传播.梅毒螺旋体的外膜蛋白在梅毒螺旋体的传播和宿主的黏附等方面起重要作用,因此,鉴定可以作为抗生素作用靶点的梅毒螺旋体外膜蛋白一直是梅毒疫苗开发的研究重点.本文重点阐述了梅毒螺旋体外膜蛋白的结构...     

中国南北方地区临床孢子丝菌菌种鉴定

目的对分离自我国南、北方地区50株临床孢子丝菌进行菌种鉴定。方法分离菌株分别进行25℃恒温培养和玻片小培养,肉眼和镜下观察形态特征;同时提取菌丝相基因组DNA,用PCR分别扩增部分微管蛋白(β-tubulin)基因和核糖体内部转录间隔区(Ribosomal Internal Transcribed Spacer,ITS),扩增产物进行测序,并采用最大似然法(maximum likelihood,ML)和邻接法(neighbor-joining,NJ)构建联合β-tubulin基因和ITS区域的系统发育树。结果结合形态学及系统发育分析,50株菌均鉴定为球形孢子丝菌(Sporothrix globosa,S.globosa)。结论球形孢子丝菌是目前我国南、北方地区孢子丝菌病的主要致病菌种,为进一步明确我国孢子丝菌病致病菌种的分布提供了依据。     

基于核糖体蛋白质标志物及MALDI-TOF MS技术快速鉴定伦茨菌属放线菌

【目的】伦茨菌属(Lentzea)放线菌(Actinobacteria)代谢产物具有广泛的生物活性,在医药领域展现出潜在的应用价值。本研究尝试建立以核糖体蛋白质为标志物,利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight masss pectrometry,MALDI-TOF MS)技术鉴定伦茨菌属放线菌的方法。【方法】检索基因组数据库,提取伦茨菌属菌种模式菌株15种核糖体蛋白质的序列并计算理论分子量;通过分子量比对分析伦茨菌属菌种模式菌株之间及其与邻近属菌种模式菌株之间15种核糖体蛋白质的匹配度,提出鉴定至菌种及属的核糖体蛋白质匹配数标准;选取目标属和非目标属菌种进行MALDI-TOFMS测试和分析并修正鉴定标准。【结果】将待测菌株的MALDI-TOF质谱峰与伦茨菌属各菌种模式菌株的15种核糖体蛋白质分别匹配,通过最大匹配数及质谱峰强度模式可鉴定至属或种。【结论】本研究建立了基于15种核糖体蛋白质标志物及MALDI-TOF MS技术鉴定伦茨菌属放线菌的方法,可为放线菌纲其他类群的快...     

分子系统进化关系分析的一种新方法--贝叶斯法在硬蜱属中的应用

距离矩阵邻接法、最大简约法和最大似然法是重建生物系统关系的3种主要方法。普遍认为最大似然法在原理上优于前二种方法，但其计算复杂费时。由于现行计算机的能力尚达不到其要求而实用性差，特别是在处理大数据集样本(即大于25个分类单元)时，用此方法几乎不可能。新近提出的贝叶斯法(Bayesianmethod)既保留了最大似然法的基本原理，又引进了马尔科夫链的蒙特卡洛方法，并使计算时间大大缩短。本文用贝叶斯法对硬蜱属(Ixodes)19个种的线粒体16S rDNA片段进行了系统进化分析。从总体上看，分析结果与现有的基于形态学的分类体系基本吻合。但与现存的假说相反，莱姆病的主要宿主蓖籽硬蜱复合种组并非单系。通过比较贝叶斯法与其它三种方法的结果，我们认为贝叶斯法是一种系统进化分析的好方法，它既能根据分子进化的现有理论和各种模型用概率重建系统进化关系，又克服了最大似然法计算速度慢、不适用于大数据集样本的缺陷。贝叶斯法根据后验概率直观地表示系统进化关系的分析结果，不需要用自引导法进行检验。可以预料，贝叶斯法将会被广泛地应用到系统进化分析上[动物学报49(3)：380—388，2003]。     

四种鹿属动物的线粒体DNA差异和系统进化关系研究

用聚合酶链反应 ,从水鹿、坡鹿、梅花鹿和马鹿等四种鹿属动物中分别扩增出线粒体DNA的细胞色素 b基因片段 ,并测定得到 367bp的碱基序列 ,它们之间的序列差异在 4 .0 9%～ 7.0 8%之间。用 NJ法、最大简约法和最大似然法进行分子系统进化树的构建和分析并得出 ,水鹿与坡鹿、梅花鹿和马鹿约在 2 4 0～ 2 80万年前分化的 ,梅花鹿和马鹿大约在 1 60万年前左右分化。     

木霉属2中国新记录种

[目的]明确我国南部地区土壤中分离得到的2株木霉菌的分类地位.[方法]采用PDAm培养基分离木霉菌菌株,通过形态学鉴定和内转录间隔区(ITS)序列、翻译延长因子1-alpha (Tef1-α)部分序列相似性分析对菌株进行初步鉴定;选取MEGA 4.0软件用Bootstrap最大简约法、水平3、重复1 000次来构建ITS、Tef1-α序列系统进化树并分析其亲缘关系.[结果]菌株CM01的ITS序列与GenBank基因库中Trichoderma intricatum strain GJS 02-78 ITS序列同源性高达99％,在ITS序列系统进化树中与模式菌株T.intricatum GJS 02-78、Trichoderma atroviride DAOM 179514亲缘关系最近;其Tef1-α序列与GenBank基因库中Hypocrea intricate strain GJS 02-78 Tef1-α序列同源性高达99％,在Tef1-α序列系统进化树中与模式菌株H.intricata GJS 02-78亲缘关系最近;其形态描述和模式菌株一致.菌株SCGA5003的ITS序列与GenBank基因库中Trichoderma stromaticum strain GJS 97-181 ITS序列同源性高达99％,在ITS序列系统进化树中与模式菌株T.stromaticum GJS 97-179、GJS 97-180、GJS 97-181、GJS 97-182、GJS 97-183亲缘关系最近;其Tef1-α序列与GenBank基因库中T.stromatieum strain GJS 97-183 Tef1-α序列同源性高达94％,在Tef1-α序列系统进化树中与模式菌株T.stromaticum CQSQ1032、GXNN7006亲缘关系最近;其形态描述和模式菌株一致.[结论]结合形态学特征与分子鉴定结果,判定菌株CM01为交织木霉(Trichoderma intricatum Samuels&Dodd/Hypocrea intricata Samuels et Dodd)、SCGA5003 为子座木霉(Trichoderma stromaticum Samuels & Pardo-Schulth/Hypocrea stromatica Bezerra,Costa & Bastos),即发现木霉属2个中国新记录种.     

基于核糖体蛋白质标志物及基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术快速鉴定糖丝菌属放线菌

【目的】糖丝菌属(Saccharothrix)是一类丝状稀有放线菌,在生物医药、工业酶制剂和环境修复等领域展现出应用价值。本研究尝试建立以核糖体蛋白质为标志物,利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)技术鉴定糖丝菌属放线菌的方法。【方法】检索基因组数据库,提取糖丝菌属测序菌株15种核糖体蛋白质的序列并计算理论分子量;通过分子量比对分析糖丝菌属不同菌种之间及其模式菌株与邻近属菌种模式菌株之间15种核糖体蛋白质的匹配度,提出鉴定至菌种及属的核糖体蛋白质匹配数标准;选取目标属和非目标属菌种进行MALDI-TOF MS测试和分析并修正鉴定标准。【结果】将待测菌株的MALDI-TOF质谱峰与糖丝菌属各菌种模式菌株的15种核糖体蛋白质分别匹配,通过最大匹配数、质谱峰强度模式及特征质谱峰鉴定至属或种。【结论】本研究建立了基于15种核糖体蛋白质标志物及MALDI-TOF MS技术鉴定糖丝菌属放线菌的方法,可用于定向筛选和快速鉴...     

正常人与胃病患者的口腔白色念珠菌基因型的比较

目的观察并比较正常人群与胃病患者口腔携带白色念珠菌菌株ITS基因型的差异情况。方法对162例普通人群和104例有不适症状就诊的胃病患者进行口腔念珠菌的采样、培养并鉴定,对分离培养出的白色念珠菌菌株进行内含子转录间隔区(ITS)测序,并建立进化树比对分析序列同源性,分析两组人群口腔携带的白色念珠菌菌株ITS基因型及其进化分支情况。结果正常人群口腔标本检测出白色念珠菌36株(36/162,22.2%),胃病患者口腔分离培养出白色念珠菌38株(38/104,36.5%),经ITS序列检测,正常人群18个菌株和胃病患者17个菌株申请Gen Bank序列注册号,两组人群携带菌株建立的进化树呈各自集中趋势。结论胃病患者口腔念珠菌携带率高于正常人口腔念珠菌携带率。正常人与胃病患者口腔中分离到ITS基因型进化关系不同的念珠菌菌株,且基因型具有多态性。     

Investigation of the mechanism of temperature sensitivity of the electroreceptors of ampullae of lorenzini

In experiments on Black Sea skates (Raja clavata), the potential of the receptor epithelium of the ampullae of Lorenzini and spike activity of single nerve fibers connected to them were investigated during electrical and temperature stimulation. Usually the potential within the canal was between 0 and –2 mV, and the input resistance of the ampulla 250–400 k. Heating of the region of the receptor epithelium was accompanied by a negative wave of potential, an increase in input resistance, and inhibition of spike activity. With worsening of the animal's condition the transepithelial potential became positive (up to +10 mV) but the input resistance of the ampulla during stimulation with a positive current was nonlinear in some cases: a regenerative spike of positive polarity appeared in the channel. During heating, the spike response was sometimes reversed in sign. It is suggested that fluctuations of the transepithelial potential and spike responses to temperature stimulation reflect changes in the potential difference on the basal membrane of the receptor cells, which is described by a relationship of the Nernst's or Goldman's equation type.I. P. Pavlov Institute of Physiology, Academy of Sciences of the USSR, Leningrad. I. M. Sechenov, Institute of Evolutionary Physiology and Biochemistry, Academy of Sciences of the USSR, Leningrad. Pacific Institute of Oceanology, Far Eastern Scientific Center, Academy of Sciences of the USSR, Vladivostok. Translated from Neirofiziologiya, Vol. 12, No. 1, pp. 67–74, January–February, 1980.     

Principles of organization and evolution of systems of regulation of functions

Evolution of living organisms is closely connected with evolution of structure of the system of regulations and its mechanisms. The functional ground of regulations is chemical signalization. As early as in unicellular organisms there is a set of signal mechanisms providing their life activity and orientation in space and time. Subsequent evolution of ways of chemical signalization followed the way of development of delivery pathways of chemical signal and development of mechanisms of its regulation. The mechanism of chemical regulation of the signal interaction is discussed by the example of the specialized system of transduction of signal from neuron to neuron, of effect of hormone on the epithelial cell and modulation of this effect. These mechanisms are considered as the most important ways of the fine and precise adaptation of chemical signalization underlying functioning of physiological systems and organs of the living organism