梭菌属分类研究进展:现状和展望（英文）

目前构成梭菌属的微生物在系统发育和表型特征上不一致。多相分类数据表明,梭菌属物种之间差异大。大量基于16S rR NA基因的系统发育研究表明,梭菌属应被限定为梭菌属类群I,作为狭义梭菌属(Clostridium sensu stricto)。尽管有这方面认识,梭菌属新物种仍持续增加,这些新物种并不能与梭菌属类群I和标准种丁酸梭菌(C.butryicum)形成一致分支,引发梭菌属分类上的混乱。本文明确了梭菌属物种的范围,即只包括模式种和梭菌属类群I。此外,4个物种念珠状真杆菌(Eubacterium moniliforme)、旋舞真杆菌(Eubacterium tarantellae)、最大八叠球菌(Sarcina maxima)和胃八叠球菌(Sarcina ventriculi)应被调至梭菌属,分别命名为念珠状梭菌(Clostridium moniliforme)、旋舞梭菌(Clostridium tarantellae)、最大梭菌(Clostridium maximum)和胃梭菌(Clostridium ventriculi)。一个新属哈撒韦氏菌属(Hathewaya)被提议成立,3个梭菌属物种溶组织梭菌(Clostridium histolyticum)、泥渣梭菌(Clostridium limosum)和解朊梭菌(Clostridium proteolyticum)重新归为溶组织哈撒韦氏菌(Hathewaya histolytica)、泥渣哈撒韦氏菌(Hathewayalimosa)和解朊哈撒韦氏菌(Hathewaya proteolytica),其中Hathewaya histolytica为模式种。     

小单孢菌属的分类及应用研究

小单孢菌在自然界分布广泛,但由于分离、分类方法所限,绝大多数还没有被人们所认识。在小单孢菌的分类学研究中,最初主要依据的是形态特征、培养特征及生理生化特征等表观分类学指征,随着“多相分类”的广泛应用,分子分类在小单孢菌的分类学研究中起到了越来越重要的作用。小单孢菌是寻找新的生物活性物质的重要菌源,某些种能产生抗生素,如庆大霉素、利福霉素、新霉素等;某些种能降解天然橡胶和纤维素。近年来的研究表明,小单孢菌能产生具有独特化学结构的生物活性物质,对肿瘤细胞有靶向和识别作用,并能有效地杀死肿瘤细胞。     

拟诺卡氏菌属放线菌研究进展

拟诺卡氏菌属是一个经典的丝状放线菌类群,在近十余年来获得了快速发展,目前已合格发表42个种、2个亚种。该菌群在土壤环境,尤其是天然高盐碱土样生境中广泛分布,同时从海洋、人居环境、临床样本、堆肥等生境中也能分离到。拟诺卡氏菌不仅能合成抗生素、酶抑制剂、生物表面活性剂等多种结构新颖的活性物质,而且还能产生多种具有潜在工业用途的酶,因此近年来引起了国内外学者的广泛关注。本文综述了拟诺卡氏菌分类学、生态分布与适应机制、代谢产物及遗传转化的研究进展,并对其研究趋势做了分析。     

葡萄属野生资源分类研究进展

葡萄属野生资源在整个葡萄属(Vitis L.)的系统演化中占有十分重要的地位。葡萄属野生资源分布广泛,种间杂交容易,形态变异较为复杂,造成分类工作难度较大。长期以来,部分野生种的分类一直存在争议。本文从世界葡萄属植物的分类历史出发,对葡萄属野生种分类研究进展进行了综述。传统的分类方法不能够很好地解决不同种之间的亲缘关系,近十几年来,多种分子标记被应用于葡萄属的系统发育研究,并构建了葡萄属系统发育的基本框架。但是,分子系统学研究工作开展的远远不够,而且多数研究仍然受到资源的限制。未来建议加强葡萄属野生资源的收集和保护,并开展更全面的分类学修订工作。同时,充分利用分子系统学的相关技术手段,进一步阐明各野生种的分类地位。     

肠道梭菌属与2型糖尿病的相关性研究进展

摘要：随着经济社会的发展和人类生活水平的提高,2型糖尿病及其慢性并发症不仅严重影响了患者自身的生活质量,而且也给其家庭和社会带来了沉重的负担,已逐渐成为全球突出的社会问题。如果人体内肠道菌群的结构和功能发生紊乱,则可能引起2型糖尿病的发生,因此肠道菌群成为备受关注的研究对象。相关文献指出肠道菌群中的梭菌属与肠黏膜完整性、内脏脂肪、免疫稳态、能量代谢、肠蠕动有关。本文总结了梭菌属的生物学特性、在机体内的生理功能及与2型糖尿病之间的相关性,旨在为进一步研究肠道梭菌属与2型糖尿病间的关系提供参考。     

假单胞菌属的分类现状

随着ＤＮＡ－ｒＲＮＡ杂交与１６ＳｒＲＮＡ测序等技术的使用,原来假单胞菌属的种除少数外,陆续分别转入重新建立的近１２个新菌属中,因此在分类命名上出现较大变动。本文了近１０年来有关种的这些变化。     

稻属植物分类研究的历史与现状

水稻 ( Oryza sativa L.)是我国乃至世界的主要粮食作物。是世界第二大谷类作物 ,目前年产量约5.8亿 t,是全球近一半人口的主要热量来源。在我国 ,其总面积、总产量和单位面积产量均居各类粮食作物的首位 〔1〕。据菲律宾国际水稻研究所 ( IRRI)的粗略估计 ,到 2 0 2 0年全世界对稻米生产量的需求将会由目前的5× 1 0 8t增加至 7.8× 1 0 8t,这是摆在稻育种家和稻农面前的艰巨任务〔2〕。水稻是世界上最古老的作物之一。我国是一个古老的农业国家 ,是世界上种稻最早的国家之一。据河姆渡与罗家角出土古稻的测定研究 ,我国至少已有 70 0 0…     

鸡枞菌属与华鸡枞属分类研究现状

鸡菌是一类世界著名珍贵食用菌。依据收集的标本和国内外大量的文献资料,归纳总结了世界鸡菌资源的概况,比较2个属及40个种的形态、分类特征及分布范围,提出了世界鸡菌的分类检索表。     

小单孢菌属的分类及应用研究*

小单孢菌在自然界分布广泛,但由于分离、分类方法所限,绝大多数还没有被人们所认识。在小单孢菌的分类学研究中,最初主要依据的是形态特征、培养特征及生理生化特征等表观分类学指征,随着“多相分类”的广泛应用,分子分类在小单孢菌的分类学研究中起到了越来越重要的作用。小单孢菌是寻找新的生物活性物质的重要菌源,某些种能产生抗生素,如庆大霉素、利福霉素、新霉素等;某些种能降解天然橡胶和纤维素。近年来的研究表明,小单孢菌能产生具有独特化学结构的生物活性物质,对肿瘤细胞有靶向和识别作用,并能有效地杀死肿瘤细胞。     

泸型酒窖泥中梭菌的分离及代谢产物分析

[目的] 分离窖泥中的梭菌微生物并对其代谢产物进行评估。[方法] 对窖泥中梭菌群落的16S rRNA基因进行高通量测序;利用高丰度的梭菌OTU序列在KOMODO数据库进行培养基的预测,定向分离窖泥中梭菌菌株;采用顶空固相微萃取结合气相色谱质谱联用仪对窖泥和代表性梭菌菌株的挥发性代谢产物进行检测。[结果] 利用KOMODO数据库预测的梭菌培养基共计筛选到31株梭菌微生物,分属于梭菌属的14个种;根据风味代谢特性,这些菌株主要分为两大类,一是C.carboxidivorans、C.sporogenes和C.tyrobutyricum等产酸为主的梭菌,二是C.beijerinckii、C.butyricum和C.sphenoides等产醇为主的梭菌。[结论] 利用测序序列预测培养基有助于从窖泥中分离获得丰富的梭菌菌株,其物种和代谢能力的多样性对解析白酒复杂风味形成机理奠定了一定的基础。     

Morphology and taxonomy of chain-forming species of the genus Cochlodinium (Dinophyceae)

The morphology of an unarmored chain-forming harmful dinoflagellate Cochlodinium polykrikoides and its similar species such as Cochlodinium catenatum, Cochlodinium fulvescens, and Cochlodinium convolutum was carefully observed, emphasizing the single cell stage for clarifying taxonomically important morphological features. To differentiate C. polykrikoides from C. convolutum, the shape and the position of the nucleus are useful characters. C. polykrikoides also differs from C. fulvescens in being smaller in size, possessing many rod-shaped chloroplasts and having the sulcus running just below the cingulum on the dorsal surface. Careful observation of the ichnotype of C. catenatum suggests that C. catenatum sensu Kofoid and Swezy collected from off La Jolla, CA, USA, is not identical to C. catenatum sensu Okamura and is probably a different species, in having no chloroplasts and a nucleus positioned at the center of the cell. In addition, C. polykrikoides has many morphological features in common with C. catenatum sensu Okamura except for slightly elongate cells and is probably a junior synonym of this species.     

人肠道梭菌和甲烷马赛球菌协同代谢甜菜碱和胆碱产甲烷研究

【目的】根据人肠道富含胆碱和甜菜碱,同时肠道微生物组中具有裂解胆碱和还原甜菜碱产三甲胺的细菌,以及利用三甲胺产甲烷的古菌,本研究探讨肠道细菌与古菌协同代谢甜菜碱和胆碱产甲烷的可能性。【方法】调查不同年龄段人群粪便中的16S rRNA基因多样性,分析肠道中古菌的菌群组成;利用定量PCR(quantitativePCR,qPCR)定量甲烷马赛球菌(Methanomassiliicoccus)特异的甲醇甲基转移酶基因mtaB和甲烷八叠球菌(Methanosarcina)及细菌的16SrRNA基因拷贝数,分析肠道中甲基营养型产甲烷古菌及总细菌的含量;宏基因组组装基因组(metagenome-assembled genomes, MAGs)分析携带甜菜碱还原酶基因grdH和胆碱裂解酶基因cutC的细菌组成。从粪便中分离代谢甜菜碱及胆碱产生三甲胺的细菌,并与分离自人肠道的甲烷马赛球菌构建共培养物,测定其协同转化甜菜碱和胆碱产甲烷的能力。【结果】年轻人粪便中含有甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae,82.16%)的甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter,49.18%)和甲烷...     

白粉菌BGP(TG)在不同抗性草地早熟禾叶片上的侵染过程观察

【背景】草地早熟禾(Poa pratensis)白粉病是气传性病害,种植抗病品种是防治白粉病最经济、环保和有效的方法。【目的】明确禾布氏白粉菌BGP(TG)在3个不同抗性草地早熟禾叶片上的侵染过程和乳突在草地早熟禾抗白粉病中起的重要角色。【方法】利用考马斯亮蓝染色结合显微镜观察的方法,对不同抗性的3个草地早熟禾品种进行白粉菌侵染过程观察,统计分生孢子形成次生芽管的速度、吸器和乳突的形成情况,分析白粉菌对不同抗性草地早熟禾侵染过程的差异。【结果】‘探险家’草地早熟禾病症较其他2个品种更为严重,禾布氏白粉菌BGP(TG)侵染不同抗性品种的侵染过程基本一致,但‘探险家’叶片上初生吸器形成早于其他2个品种;接菌1-2 d后,在‘太行’叶表面分生孢子形成5级芽管的速度显著低于‘探险家’和‘黑杰克’;接种1d后,‘太行’草地早熟禾有效乳突形成率显著高于‘黑杰克’(P<0.05),‘黑杰克’有效乳突形成率显著高于‘探险家’(P<0.05)。【结论】明确了白粉菌在草地早熟禾叶片上的侵染过程和乳突在草地早熟禾抵御白粉菌侵入过程中起的重要作用,为草地早熟禾白粉病的预防和防治提供了理论基础和参考...     

西葫芦CpWRKY2基因的分离、鉴定及其对非生物胁迫分析

为了解西葫芦(Cucurbita pepo)的WRKY2的功能,通过转录组测序技术从叶片中分离到1条长度为1 071 bp的c DNA,并对其进行序列分析。结果表明,该序列包含1个840bp的开放读码框,预测编码279个氨基酸,与中国南瓜(Cucurbita moschata,XM＿023091218.1)的WRKY核苷酸序列相似性为98.51%,命名为CpWRKY2 (GenBank登录号:XM＿023676898.1)。CpWRKY2定位于细胞核内,CpWRKY2蛋白包含有1个保守的WRKY结构域(第201～267位),206～266位为WRKY蛋白DNA结合区域,锌指结构域(第232～264位)为C2H2型,且含有1个保守RTGHARFRRAP (第76～86位)氨基酸序列,属于典型的Ⅱd亚类WRKY家族蛋白。CpWRKY2基因上游启动子区域(ATG前的1 513 bp的序列)含有ARE、ABRE、MBS、TCrichrepeat和W-box等可能的胁迫响应顺式作用调控元件。CpWRKY2具有组织表达特异性,在花中表达量最高,其次为根和茎,在叶片和果实中的表达量较低。经5℃、10...     

芽孢杆菌FJAT-55034的鉴定、生长特性及对梨轮纹病菌的抑菌活性

【背景】由葡萄座腔菌(Botryosphaeria dothidea)引起的梨轮纹病是梨栽培生产中的主要病害之一,造成巨大的经济损失。【目的】对梨轮纹病菌具有较高拮抗活性的菌株FJAT-55034进行鉴定、生长特性及抑菌活性评价,为梨轮纹病的生物防治提供菌种资源。【方法】采用形态学观察、生理生化测定和16S rRNA基因序列分析进行拮抗菌株FJAT-55034的鉴定;通过生长曲线、培养温度和pH测定,研究该菌株的生长特性。采用抑菌圈法测定该菌株的抑菌谱;采用共培养、显微镜观察和果实回接,测定菌株FJAT-55034对梨轮纹病菌生长的抑制作用。【结果】拮抗菌株FJAT-55034鉴定为贝莱斯芽孢杆菌(Bacillusvelezensis)。该菌株在20-50℃(最适温度30℃)和pH 5.0-9.0 (最适pH值7.0)均能够生长,NaCl添加量为0-5%时,该菌株均能够较好地生长。菌株FJAT-55034对6种果树不同病原真菌均具有不同程度的抑制作用,抑菌圈直径范围为19.8-29.1 mm;与梨轮纹病菌共培养后,菌株FJAT-55034对菌丝生长的抑制率为77.2%。菌株FJAT-5...     

Helicobacter pylori chromosomal DNA replication: current status and future perspectives

Helicobacter pylori causes gastritis, gastric ulcer and gastric cancer. Though DNA replication and its control are central to bacterial proliferation, pathogenesis, virulence and/or dormancy, our knowledge of DNA synthesis in slow growing pathogenic bacteria like H. pylori is still preliminary. Here, we review the current understanding of DNA replication, replication restart and recombinational repair in H. pylori. Several differences have been identified between the H. pylori and Escherichia coli replication machineries including the absence of DnaC, the helicase loader usually conserved in gram-negative bacteria. These differences suggest different mechanisms of DNA replication at initiation and restart of stalled forks in H. pylori.     

Morphological and molecular investigations of Paramecium schewiakoffi sp. nov. (Ciliophora, Oligohymenophorea) and current status of distribution and taxonomy of Paramecium spp.

Paramecium schewiakoffi sp. nov. is described from a pond in Shanghai, China. It is a freshwater species belonging to the “aurelia” subgroup of the genus. It is of similar size and shape to P. jenningsi, but has a single large micronucleus of the “chromosomal” morphological type, while P. jenningsi has two smaller micronuclei. The general morphology, morphometric characteristics and nuclear reorganization pattern, a random amplified polymorphic DNA (RAPD) fingerprint pattern, and the small subunit rRNA gene sequence are presented for the species. Comparison of P. schewiakoffi with the other species of Paramecium indicates that it is a valid new species of the genus. Geographical locations reported for many Paramecium species do not support the theory that all ciliates have a cosmopolitan distribution. It is proposed that, in an extension of Jankowski's earlier suggestion, the genus Paramecium should be subdivided into four subgenera: Chloroparamecium, Helianter, Cypriostomum and Paramecium, on the basis of morphometric, biological and molecular differences.     

一种寄生茶小绿叶蝉蜡蚧菌的鉴定及产孢条件优化

【目的】对寄生茶小绿叶蝉的丝状真菌进行鉴定和分生孢子培养研究。【方法】采用形态特征比较和转录间隔区(ITS)序列构建系统树进行分析,分生孢子培养通过单因素筛选和正交试验进行产孢条件优化。【结果】根据形态特征比较和系统发育分析表明,该真菌为渐狭蜡蚧菌Lecanicillium attenuatum ZareW.Gams。最优产孢条件(质量体积比)为:蛋白胨2%,麦芽糖1%,蚕蛹粉1%,氯化钾0.05%,磷酸氢二钾0.1%,七水硫酸镁0.05%,琼脂1.5%,蒸馏水1 000 m L,25°C。【结论】通过形态特征比较和分子序列分析表明,罹病茶小绿叶蝉上的真菌为已知种——渐狭蜡蚧菌,并对该菌株进行了产孢条件的优化。研究结果为该菌株应用到茶小绿叶蝉的生物防治研究提供基础资料。