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柽柳金属硫蛋白基因的克隆及序列分析 总被引:2,自引:0,他引:2
用木麻黄(Casuarina glauca)的金属硫蛋白基因(metallothionein 1)氨基酸序列对柽柳ESTs序列本地数据库进行tBlastn检索,获得了柽柳金属硫蛋白基因全长cDNA序列,去除polyA后该基因全长366 bp,其中5′非翻译区97 bp,3′非翻译区59 bp,开放读码框(ORF)长210 bp,编码70 个氨基酸组成的多肽,蛋白分子量为6.793 kD,理论等电点为4.99,含10个Cys,集中分布在肽链的N端和C端。BlastP同源性分析表明该基因与花生同源性最高,与小豆同源性最低。该基因的EST序列在GenBank登录(登录号:CV792539)。 相似文献
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从建兰花叶病毒 (CyMV)石斛兰分离物中提取病毒RNA ,用反转录———聚合酶链式反应 (RT PCR)方法获得约 5 0 0bp的运动蛋白基因片断 ,插入 pGEM T载体克隆并测序。序列分析表明 ,该基因片断由 474个核苷酸组成 ,和CyMV美国夏威夷分离物、新加坡分离物相应基因核甘酸序列分别具有 97.8%同源性 ;根据核酸序列推导该片断含有 3个部分重叠的开放阅读框架 (ORF) ,分别编码 14kD、12kD和 10kD的多肽 相似文献
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建兰花哇病毒运动蛋白基因克隆及序列分析 总被引:1,自引:0,他引:1
从建兰花叶病毒(CyMV)石斛兰分离物中提取病毒RNA,用反转录--聚合酶链式反就(RT-PCR)方法获得约500bp的运动蛋白基因片段,插入pGEM-T载体克隆并测序,序列分析表明,该基因片数由474个核苷酸组成,和CyMV美国夏威夷分离物、新加坡分离物相应基因核甘酸序列分别具有97.8%同源性;根据核酸序列推导该片断含有3个部分重叠的开放阅读框架(ORF),分别编码14kD、12kD和10kD的多肽。 相似文献
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用PEG6000对白花柽柳进行渗透胁迫,以其叶部cDNA为试验方(tester),正常生长的白花柽柳叶部cDNA为驱动方(driver),利用抑制性消减杂交技术(SSH)构建了渗透胁迫下白花柽柳的消减文库。提取重组质粒经PCR检测,插入片段大部分集中在250~650 bp之间。通过对文库阳性克隆的随机测序,获得了如脯氨酸转移蛋白、钙依赖蛋白激酶、亮氨酸拉链蛋白、类转录起始因子蛋白等23个与渗透胁迫有关的EST,它们涉及了植物的渗透调节、信号传递、基因调控、活性氧清除、新陈代谢等生理生化过程。 相似文献
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柽柳(Tamarix androssowii)Tadir基因的克隆及分析 总被引:1,自引:0,他引:1
在柽柳cDNA文库测序中获得了Tadir基因的全长cDNA序列,去除PolyA后,该基因全长724bp。其中5′非翻译区26bp,3′非翻译区143bp,开放阅读框(ORF)长555bp,编码184个氨基酸。基因编码蛋白的分子量为19.69kD,理论等电点为6.96。疏水性分析表明,蛋白的前41个氨基酸为亲水性的。该基因的Genbank登录号为DQ462418(基因),ABE73781(蛋白)。实时荧光定量PCR分析结果表明,0.4mol·L-1NaCl和NaHCO3胁迫后该基因表达量发生变化,其可能与柽柳的耐盐性有关。 相似文献
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柿果实ACC合成酶cDNA的克隆及其序列分析 总被引:7,自引:0,他引:7
根据其它植物ACC合成酶(1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid synthase,ACS)氨基酸保守区,设计1组简并引物,用RT-PCR法,从柿(Diospyros kaki Thunb.)果实扩增出3个约1kb左右的cDNA片段,将其克隆至pGEM-T载体上,对这些重组克隆进行序列测定和氨基酸序列推导,DK-ACS1由1101个碱基组成,编码364个氨基酸;DK-ACS2是1086个碱基,编码359个氨基酸;DK-ACS3为1089个碱基,编码363个氨基酸。它们均具有其它植物ACS合成酶中存在的7个保守区和11个不变氨基酸残基,且在多肽水平上有较高的同源性。与番茄LE-ACS2的同源性DK-ACS1是60.5A%,DK-ACS2是70.7%,DK-ACS3为66.9%,与甜瓜CM-ACS1的同源性依次分别是60.4%,72.1%和64.4%。 相似文献
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昆虫中肠膜上的类钙粘蛋白(cadherin-like protein)是Bt毒素的一类重要受体,它与Bt毒素对昆虫的杀虫作用机制以及昆虫对Bt毒素的抗性等密切相关。本研究根据已报道的其它昆虫的类钙粘蛋白基因的保守区设计简并引物,应用RT-PCR和RACE技术克隆了迁飞性重要害虫甜菜夜蛾Spodoptera exigua(Hübner)类钙粘蛋白基因全长cDNA序列(命名为SeCAD,GenBank登录号为HQ647122),全长5582bp,编码1739个氨基酸,推导的氨基酸序列包括1个信号肽、1个前蛋白区、11个钙粘蛋白重复、1个近膜区、1个跨膜区和1个胞质区。预测的分子量和等电点分别为196.447ku和4.47。该蛋白与同科的大螟Sesamia inferens、蛀茎夜蛾S.nonagrioides、烟芽夜蛾Heliothi svirescens、烟夜蛾Helicover paassulta亲缘关系更近,氨基酸序列一致性分别为61.28%、60.34%、60.14%、60.08%。这些结果对于揭示转Bt基因作物对非靶标、迁飞性甜菜夜蛾的杀虫作用机制以及评价其潜在的对Bt毒素抗性机制等奠定了基础。 相似文献
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锌带蛋白(zinc ribbon protein )是锌指类蛋白的一种,它的Cys4 Zn(2+)结合位点由3个β2片层折叠而成,而不是α螺旋结构。锌带结构与锌指结构同为转录因子结合核酸的结构域,锌带蛋白作为转录相关因子在调节基因表达活性等方面具有重要作用。在对家蚕 Bombyx mori蛹cDNA文库测序中,发现一个新的编码家蚕锌带蛋白基因的EST序列(GenBank 登录号DY230964),以此序列为信息探针检索家蚕EST数据库,通过同源筛选,获得一个新的家蚕锌带蛋白基因cDNA全序列并经RT-PCR检测和克隆、测序验证,结果表明与电子克隆序列完全一致。我们将其命名为 BmZNRD1 (Zinc Ribbon Domain Containing 1)(GenBank登录号DQ432055)。该基因全长为675 bp,由363 bp的开放阅读框序列(ORF)、10 bp的5′端非翻译区序列(5′UTR)和302 bp 的3′端非编码区序列(3′ UTR)组成,其编码的120个氨基酸序列与其他真核生物间具有较高的同源性(达60%左右),预测分子量为13.54 kD, 等电点为6.8。BmZNRD1编码的氨基酸序列是一种锌带蛋白,推测有2个功能结构域,分别是位于N-端的Cx2Cx14Cx2C和C-端的Cx2Cx24Cx2C,其中C-端保守氨基酸序列Cx2Cx6Yx3QxRSADEx2TxFx2Cx2C在生物进化中保守性很高,从酵母、果蝇、线虫到两栖类、哺乳类都有发现该结构域的存在,与酵母RNA聚合酶A亚单位9和转录相关蛋白有很高的相似性,推测其具有相同的功能。将BmZNRD1基因cDNA序列与家蚕基因组序列进行比对,结果表明该基因具有3个外显子,2个内含子,外显子/内含子边界符合经典的GT-AG规则。
关键词: 家蚕; 锌带蛋白基因; 电子克隆; 基因克隆; 序列分析 相似文献