基于SSH技术的青稞低温诱导cDNA文库的构建(简报)

青稞（Hordeum vulgare L．var．nudum HK．f）．因其果实成熟后可从颖壳中脱落．所以又称裸大麦（hulless barley）．是一种禾本科作物，主要分布于青藏高原地区。由于海拔高，其生长环境的温度相对较低。在青稞生长期间．经常出现霜冻以及雪、雹等天气，夜间温度往往低于0℃，但青稞仍生长良好。因此．青稞具有较强的抗低温胁迫的遗传特性．是一个潜在的遗传资源库。研究开发这些抗低温相关基因及其调控机制将具有重要的理论和实践意义．     

应用抑制消减杂交和cDNA芯片技术筛选流行性感冒病毒感染相关基因

病毒基因组有限的编码能力和以病毒蛋白为靶的抗病毒药物易出现耐药性,使从病毒感染宿主筛选病毒感染相关生物大分子作为抗病毒药靶和诊断标志物成为新的研究方向。为了筛选流行性感冒（流感）病毒感染相关基因,采用抑制消减杂交（suppression subtractive hybridization,SSH)技术,以流感病毒A／鲁防／93－9（H3N2）感染的MDCK细胞及正常MDCK细胞为材料,构建病毒感染特异性差减cDNA文库。从文库中随机挑取约800个克隆,PCR扩增其中插入片段,经纯化、紫外定量后,用基因芯片自动点样仪点在氨基片上,制备cDNA芯片。将流感病毒感染的MDCK细胞和正常MDCK细胞的总RNA分别用Cy3、Cy5反转录荧光标记后,与cDNA芯片杂交,用芯片扫描仪扫描获得芯片杂交信号,经阳性对照校正和归一化处理后,以如下条件作为判定基因差异表达的标准;（a)Cy3与Cy5的信号比值大于1．5（正常细胞用Cy5标记）或小于0．67（正常细胞用Cy3标记）;（b)Cy3和Cy5信号值之一必须大于1000。经cDNA芯片筛选获得了18个流感病毒感染特异性克隆,经测序和生物信息学分析发现均为流感病毒感染相关新基因EST。流感病毒感染相关基因cDNA片段的获得,为新型病毒药靶诊断标志物发现和功能研究提供了基础。     

差减抑制杂交技术在植物研究中的应用

差减抑制杂交技术在医学研究中应用较多,而在植物研究中的应用较少,近几年有所增加。本文介绍了目前差减抑制杂交技术在植物发育、逆境胁迫或人为诱导条件下差异基因表达以及不同组织中差异基因表达和突变等研究方面的应用。随着研究的不断深入,差减抑制杂交技术将在植物新基因的发现和克隆中发挥更大作用。     

植物抗病虫SSH文库的EST分析

抑制差减杂交技术广泛应用于植物抗病虫(真菌、细菌和线虫)机理研究。本文在归纳出植物抗病虫SSH文库中ESTs的总体情况之基础上,重点分析了表达频率高的抗病、防御和信号转导基因,并展望了SSH的发展前景,有利于认识植物抗病虫分子机理的普遍规律和推广应用该技术。     

差减杂交方法的原理和应用

本文结合胡场盐诱导基因和盐抑基因的筛选，介绍了差减杂交技术的试验原理，设计思想和应用方法。     

低密度cDNA芯片技术的优化

为了建立稳定的低密度cDNA芯片技术平台,研究靶基因的最适长度、浓度、点样溶液种类及杂交反应动力学,并了解该芯片的重复性与可靠性.结果表明,杂交具有较好的特异性,不同长度(189～1078bp)、浓度(0.5g/L、1.0g/L、1.5g/L)的同一靶基因杂交信号强度无明显差别;以50%DMSO为点样溶液者杂交信号最好(P=0.0001).60℃杂交18h信号最佳(P<0.001).重复2次检测结果差异无显著性(P=0.348),重复性较好,其相关系数为0.588.与RT-PCR结果相比,相关系数为-0.778(P<0.0001),特异性为100%,灵敏度为80%(16/20),可靠性较好.     

cDNA微阵列技术在植物功能基因组学研究中的应用

cDNA微阵列 (cDNAMicroarrays)技术是近年发展起来的分子生物学研究新型工具 ,以分子杂交为基本原理 ,在检测植物基因表达水平、研究基因表达图谱、特异基因检测以及发现新基因和分离差异表达基因等方面有着独特的优势 ,已成为植物功能基因组学研究的重要手段。     

差减杂交技术在细菌学研究中的应用

差减杂交技术是一种用于寻找基因组之间差异的有效的方法。其通过去除被比较的两组基因组之间的共有序列,富集差异序列的方法来达到寻找差异基因的目的。其操作简便,价格低廉,且避免了已知细菌基因组信息匮乏对其应用的限制,从而在细菌学方面得到了广泛的应用,包括鉴定可能与毒力有关的致病基因岛/遗传岛、查找细菌的致弱机理、鉴定可移动的遗传成分、寻找毒力基因、寻找与导致宿主差异有关的基因、检测基因表达上的变化等多个方面。从而为病原的鉴定,疾病的诊断,预防,细菌的致病机理等方面的研究奠定了坚实的基础。     

cDNA芯片阳性对照的制备及在芯片敏感性分析中的应用

cDNA芯片是一种高通量基因表达谱分析技术,在生理病理条件下细胞基因表达谱分析,新基因发现和功能研究等方面具有广阔应用前景。CDNA芯片阳性对照的选取以及CDNA芯片检测敏感性是芯片成功应用的关键问题之一。以在系统发育上与人类基因同源性小的荧火虫荧光素酶基因材料,制备了用于人类和其他动物基因表达谱CDNA芯片的通用型阳性对照探针和相应的mRNA参照物,经反转录对mRNA参照物进行Cy3荧光标记并与DNA芯片杂交后发现,mRNA参照物能特异性地与荧光酶基因cDNA片断杂交,而与人β-肌动蛋白基因,人G3PDH基因以及λDNA/HINDⅢ无杂交反应。把mRNA参照物以不同比例加入HepG2总RNA中,以反转录荧光标记后与CDNA芯片杂交,结果发现当总RNA中的MRNA含量为1/10^4稀释（即mRNA分子个数约为10^8个）时,CDNA芯片基本检测不出mRNA标记产物的杂交信号。而且,cDNA芯片检测的信号强度与芯片上固定的探针浓度密切相关,当探针浓度为2g/L时,杂交信号最强,随着探针浓度下降芯片的杂交信号趋于减弱。CDNA芯片通用型阳性参照物的制备以及应用于CDNA芯片检测敏感性研究为CDNA芯片应用于人和其他动物基因表达谱高通量分析和新基因功能研究提供了技术基础和理论依据。     

cDNA文库技术在植物抗旱机制研究中的应用

cDNA文库是指生物不同生长发育时期特定组织或器官所转录的全部mRNA经反转录形成的cDNA与载体连接后形成的克隆的集合,在基因分离、克隆及功能研究中具有重要作用.就cDNA文库构建及其在植物抗旱机制研究中的应用进行综述.     

无核荔枝果实形成差异表达基因cDNA的克隆

采用抑制差减杂交技术(Suppression Subtractive Hybridization,SSH)分离与海南无核荔枝果实形成相关的差异表达基因的cDNA片段,为克隆相关基因提供研究基础。分别以无核荔枝的有核幼果为driver;无核幼果为tester,建立差减cDNA文库。经Reverse Northern Dot-Blot筛选该文库,共获得61个阳性克隆,随机选取17个克隆进行测序,共获得10条非重复序列,对其中较长的7个序列进行同源分析,结果表明:有6个序列在荔枝中为首次报道。     

文昌鱼性腺差减cDNA文库的构建

本研究以日本文昌鱼(Branchiostoma japonicum)性腺cDNA为材料,应用抑制性差减杂交技术构建文昌鱼雌雄性腺的差减cDNA文库.正向差减杂交以卵巢为试验方、精巢为驱动方,反向差减杂交以精巢为试验方、卵巢为驱动方,将所获差减cDNA片段克隆插入质粒表达载体,转化大肠杆菌DH5α,最后获得的正、反向差减文库分别含459、243个重组子.PCR 扩增鉴定正、反向差减cDNA文库的插入片段,其中90%左右的克隆皆能扩增出有效产物,插入片段范围为200-600 bp,符合差减文库PCR产物片段的大小.随机选取30个阳性克隆测序分析,得到26有效基因片段,进一步从中选取16个序列,用实时定量PCR对文库质量进行验证,结果表明所建文库能够达到富集雌雄性腺差异表达基因的目的.文昌鱼性腺差减文库的构建,为进一步分离、鉴定性腺分化和发育相关基因奠定了基础[动物学报 54(3):482-48 8,2008].     

光敏生物素标记cDNA探针在肾综合征出血热实验诊断中的初步应用

本文用光敏生物素标记的R3 cDNA探针杂交检测了HFRS患者外周血淋巴细胞、血清和尿沉淀细胞中HFRS病毒核酸。结果42份淋巴细胞标本中30份为阳性,48份血清标本中有24份出现阳性杂交信号,81份尿沉淀细胞标本中53份为阳性,表明将此光敏生物素标记的cDNA探针用于HFRS实验诊断和致病机理的研究是可行的。     

cDNA末端快速扩增技术及其应用*

摘要：cDNA末端快速扩增（RACE）技术是一种快速获得cDNA的3′和5＇端的方法。本文从RACE的原理出发,指出其技术本身存在的优缺点,阐述了RACE操作中须注意和不容忽视的技术要点,并对前人对RACE技术所做的改进加以总结,最后对RACE技术的应用前景给予了展望。Abstract: Rapid amplification of cDNA end (RACE) technique is a method of which the 3’ and 5’ fragments of cDNA can be rapidly obtained. In this review, the advantages and shortcomings RACE manipulation were pointed out and some important technical points in RACE protocols in the previous literatures were summarized.     

番茄茎腺毛差异表达序列分离与分析

腺毛是参与植物防御性反应与次生代谢挥发物合成的特异化器官,了解腺毛专一性表达序列标签将有助于我们进一步认识植物腺毛的特异性功能.本文应用磁珠介导的抑制消减杂交方法(SSH),以番茄茎腺毛为检测子(tester),去除腺毛的番茄茎为驱动子(driver),构建番茄茎腺毛差异表达cDNA文库,分离腺毛差异表达基因.随机挑选了108个差异ESTs进行测序,测序结果使用Blast2go程序进行blastx比对、功能注释和KEGG代谢路径分析.结果表明,绝大部分ESTs功能与胁迫响应、物质代谢、生物及非生物刺激反应相关,具有结合、催化功能.这些分离的差异ESTs为进一步研究番茄腺毛的植物防御性机制奠定了基础.     

Isolation and Analysis of Differential Expressed ESTs from Stem Trichomes of Lycopersicon esculentum (Solanaceae)

Glandular trichomes are special organs involved in plant defense response and synthesis of volatile secondary metabolites, analyzing trichome specific expressed sequence tags will help us further understand the specific function of plant trichomes. In this paper, suppression subtractive hybridization（SSH） based on magnetic beads technology was used to isolate differential expressed genes of the glandular trichomes in Lycopersicon esculentum. The differential expressing cDNA library was constructed using the glandular trichomes cDNA as tester and the cDNA from the stem without glandular trichomes as driver. After randomly sequencing 108 differential ESTs, Blast2go program was used to do blastx, functional annotation and metabolism analysis. The results show that most ESTs are related to substance metabolism, response to stress, biotic or abiotic stimulus, and have binding and catalytic function. These differential genes lay the foundation for further research on defense mechanism of the tomato trichomes.     

性逆转石斑鱼脑垂体差异表达基因克隆的筛选

以17α甲基睾丸酮投喂赤点石斑鱼(Epinephelusakaara),成功地获得了性逆转的有功能的雄鱼。用SMARTcDNA合成和长片段PCR技术构建了性逆转前后脑垂体cDNA文库;用抑制消减杂交技术建立了性反转前后抑制性差减文库。对获得的560个雄鱼脑垂体PCR阳性克隆和350个雌鱼脑垂体PCR阳性克隆进行斑点杂交,共筛选到103个差异表达cDNA片段。对其中29个克隆进行了测序,与GenBank中的已知基因序列进行同源性比较,发现有6个片段为促性腺激素α亚基前体基因(GenBank注册号:AY207430),与同属不同种的石斑鱼促性腺激素α亚基前体基因有97%的同源性;1个片段为生长激素前体(GenBank注册号:AY207431),与同属不同种的石斑鱼生长激素前体基因有99%的同源性;其余22个cDNA片段与GenBank中的序列无明显同源性 。     

DNA芯片与应用

DNA芯片就是利用光导原位化学合成或液相合成自动化点样,将数以万计的寡核苷酸固定于固相支持物硅片、尼龙膜上,与荧光素或同位素标记的特检样本DNA/cDNA杂交,通过对杂交信号分析反映样本中的DNA序列信息。它广泛应用基因表达、DNA测序、基因分型、基因突变与多态性检测和遗传作图等生物医学研究领域。     

中华绒螯蟹卵巢差减cDNA文库的构建

应用抑制性差减杂交技术构建中华绒螯蟹卵巢两个发育时期的差减cDNA文库。正向差减杂交以Ⅲ期卵巢为试验方、Ⅱ期卵巢为驱动方,反向差减杂交以Ⅱ期卵巢为试验方、Ⅲ期卵巢为驱动方;将所获差减cDNA片段克隆入质粒表达载体,转化大肠杆菌JM109。最后获得的正、反向差减文库分别含863、360个重组子。PCR扩增鉴定正、反向差减cDNA文库的插入片段平均大小分别为360和160bp,表明所构建的差减言语库适合进一步研究中华绒螯蟹卵巢发育相关基因。