两个鼻咽癌负相关新基因的分离与特性

8个通过 c DNA代表差异分析法 ( c DNA representational difference analysis,c DNA RDA)分离的新 c DNA序列中 ,经 RT- PCR验证 ,发现其中一 c DNA序列 (登录号 :AF0 91 51 7)在 40 %的鼻咽癌活检组织中存在表达缺失和下调 .Northern杂交显示 ,AF0 91 51 7代表转录本为 1 .1 kb和 1 .4kb大小的两个基因 ,进而采用文库筛选 ,成功分离出 3′端完全不同的两个基因 ,命名为 NAG1 1和 NAG 1 2 (登录号分别为 AF 1 70 30 7和 AF 1 94971 ) .经过计算机预测 ,NAG 1 1编码 87个氨基酸组成的跨膜蛋白 ,NAG1 2编码 1 36个氨基酸组成的可溶性的核蛋白 ,两者无任何同源性 .NAG 1 1蛋白含有 3个 ATP结合区、两个蛋白激酶 C磷酸化位点和两个 N-肉豆寇酸化位点 ,NAG 1 2含有POU结构域和多个功能位点 .结果说明 NAG1 1和 NAG1 2的表达的缺失与下调可能参与了鼻咽癌的进程 ;NAG1 1基因产物可能与 ATP的跨膜转运有关 ;NAG1 2基因产物可能与转录翻译有关 .     

两种新的凋亡诱发蛋白的聚合作用及其对细胞凋亡的调控

Asy (apoptosis /saibousi Yutsudo)是日本Yutsudo小组于1999年发现的一个新的人类细胞凋亡诱发基因. 2000年齐兵等人通过酵母双杂交系统从人肺细胞系(W1-38) cDNA 文库中克隆出一个能与ASY蛋白相互作用的蛋白的新基因hap (homologue of asy protein). 已经证明ASY能在酵母细胞和哺乳动物细胞中形成同源二聚体, ASY与HAP能在酵母细胞中形成异源二聚体, ASY和HAP均能诱发肿瘤细胞Saos2和CGL4凋亡. 通过酵母双杂交系统证明HAP能在酵母细胞中形成同源二聚体; 通过交叉免疫沉淀证明HAP与ASY能在人类细胞中形成异源二聚体. 通过AnnexinV, TUNEL, DNA Ladder和流式细胞计数等检测凋亡的技术, 对asy, hap单独转染或共转染的人类正常细胞或肿瘤细胞的凋亡进行定性或定量检测, 证明ASY和HAP不仅诱发人类肿瘤细胞凋亡, 而且能诱发人类正常细胞凋亡, 并且证明由ASY与HAP形成的异源二聚体可降低由ASY和HAP各自形成的同源二聚体诱发细胞凋亡的活性, 揭示ASY与HAP形成同源或异源二聚体是调控人类细胞凋亡的重要机制.     

人HAS3启动子的结构与功能初步分析

透明质酸合酶3（hyaluronan synthase 3,HAS3）,是一个参与透明质酸合成的酶分子,在上皮形成和肿瘤转移等过程中起重要作用.为了进一步研究HAS3基因的转录调控机制,本研究克隆鉴定了HAS3基因的启动子.首先应用5′RACE（rapid amplification of cDNA ends,cDNA末端快速扩增）技术鉴定了HAS3基因的转录起始位点,发现了丰度和转录起始位点不同的两种新的HAS3基因剪接变异体.通过PCR定向克隆策略,构建了覆盖HAS3基因5′端侧翼区起始密码子ATG上游约4.3 kb区域的一系列HAS3基因启动子荧光素酶报告基因重组体.启动子活性分析表明,HAS3基因启动子定位于转录起始位点附近约450 bp的区域内.转录因子结合位点分析表明,HAS3基因启动子缺乏典型的TATA盒,但含有典型的GC盒以及C/EBP等其它潜在的转录因子结合位点. 结果提示,Sp1和C/EBP等转录因子可能参与HAS3基因的转录调控.     

LRP16基因启动子克隆及特征分析

克隆LRP16基因启动子分子,并对启动子特征进行分析,预测启动子区调控元件,为深入研究LRP16基因的表达调控机制奠定基础。在NCBI的人类基因组数据库中截取并下载LRP16基因转录起始位点5′侧翼区2.7kb的基因组序列,设计PCR引物,从健康外周血单个核细胞中扩增,利用Genomatix程序对5′侧翼区近1000bp进行启动子特征分析,获得了与GenBank序列一致,长度为2.7kb的LRP16基因启动子DNA序列,该序列具有典型的真核生物RNA聚合酶Ⅱ启动子特征及多个核受体结合位点,如α视黄酸受体及RAR相关孤生受体。     

香蕉果实特异性ACC合酶基因启动子区的克隆及其功能初探

根据本实验室所获得的香蕉果实特异性ACC合酶cDNA序列,以改进的接头连接PCR方法通过两次步行从香蕉基因组中分别扩增并克隆了其基因5′旁侧区近端1.2kb和远端1.6kb的片段。通过拼接,构建出含有2505bp启动子区和转录起始位点下游86bp的共2591bp的基因5′旁侧区片段;其启发性动子区中34至28为推测的TATA盒序列,158至146为推测的CCAAT盒,与其它植物基因启动子结构相类似。将2.5kb启动子片段与β-葡糖苷酸酶(GUS)基因编码序列融合,用基因枪法将构建的嵌合基因转入香蕉叶、根和果实的细胞后,只在果实细胞中观察到报告基因的瞬时表达,从功能上证明了此25kb的启动子片段具有指导报告基因在香蕉果实中特异性表达的作用。同时构建5个含不同5′端缺失启动子与GUS融合基因的表达载体。瞬时表达结果表明可能负责果实特异性表达的调控区存在于转录起始位点至-1111的启动子区中,而在-1111至-608区间可能存在一个正控制区。     

人类新型Krüppel类转录因子hBKLF的cDNA克隆、亚细胞定位及表达特征

人胎肝cDNA文库FLD4585克隆可能编码一种造血相关的转录因子,本文旨在从22周孕龄人胎肝中获得其编码基因的全长cDNA序列,分析其编码蛋白的功能域、基因组结构、染色体定位、亚细胞定位及表达谱特征.采用5′RACE方法获得FLD4585克隆全长;生物信息学方法确定hBKLF基因结构、染色体定位及功能域特征;GFP融合蛋白技术确定hBKLF亚细胞定位;Northern 杂交、RT-PCR、Western印迹方法分析其表达谱.结果获得了FLD4585克隆编码的hBKLF cDNA全长序列,它含1810 bp,编码345个氨基酸,与小鼠BKLF同源,C端含3个特征性C2H2结构的锌指,是KLF转录因子家族的新成员.hBKLF基因跨越33 kb,含6个外显子和5个内含子,位于4号染色体4p15.2～p16.1.GFP-hBKLF融合蛋白在COS-7细胞中呈细小点状分布于核内,核仁区无分布.hBKLF含有两个转录本,大小为4.4 kb～7.5 kb和1.35 kb～2.4 kb.大转录本在成人及胎儿组织广泛表达,小转录本在外周血白细胞、肝脏和骨髓表达量最高,红系和粒系细胞均表达hBKLF.hBKLF表达量随肝脏发育成熟而下降,随红系、粒系成熟而升高.以上研究提示hBKLF可能是一种在体内广泛发挥作用的转录因子,在造血的调控中可能有重要作用.     

大黄鱼肝细胞肿瘤相关抗原-127基因克隆及分子特征分析

在构建大黄鱼肌肉组织cDNA文库的基础上,克隆了肝细胞肿瘤相关抗原-127基因.克隆到的基因全长l439bp,其中5′-UTR 124 bp,3′-UTR 640 bp,编码序列675 bp,编码224个氨基酸.生物信息学分析显示,大黄鱼HCA127基因存在多个功能位点,即N端糖基化位点、蛋白激酶C磷酸化位点、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和亮氨酸拉链结构位点.大黄鱼HCA127氨基酸序列具有较高的保守性,与斑马鱼、胡瓜鱼、大西洋鲑等多种鱼类的相似性在80％以上.在检测的9种组织中,肝细胞肿瘤相关抗原-127基因在肝、肾、肠、鳃、眼、脑组织中表达,其中在脑组织中表达最强,肝和鳃组织中次之,肾和眼组织中表达较微弱.     

一种新型锌指蛋白基因——人ZNF313的克隆、定位及表达(英文 )

运用正常可育男性和无精症病人睾丸组织的mRNA差异显示和cDNA末端快速扩增 (RACE)等方法 ,从人睾丸组织中分离了一个同时含有指环结构和C2 H2 结构域的新型锌指蛋白基因———人ZNF3 13。运用荧光原位杂交 (FISH)方法 ,将该基因定位到人染色体 2 0q13。该基因含 6个外显子 ,编码 2 2 8个氨基酸。基因组结构分析显示 ,外显子 6含有的 2个加尾信号 ,产生 2种不同的 3′端非翻译区。Northern杂交及多组织RT PCR的结果显示该基因含有 0 .75kb和 2 .4kb两种转录本 ,其中0 .75kb转录本在正常睾丸中高表达 ,而其他组织、无精症患者及胎儿睾丸组织中该基因低表达。结果提示 :人ZNF3 13基因对精子发生和男性可育性可能起重要作用     

人乳铁蛋白cDNA 基因乳腺表达载体的构建与鉴定

为了构建人乳铁蛋白基因 (hLF) 的乳腺表达载体并验证其在乳腺细胞中的表达情况,本载体以山羊β-casein基因上游包括启动子、外显子1、内含子1、部分外显子2作为5′端调控序列,下游包括部分外显子7、内含子7、外显子8、内含子8、外显子9及3′部分基因组片段作为3′端调控序列,长度分别为6.2 kb和7.1 kb,将hLF基因 (目的基因) 和Neo基因 (筛选标记) 分别插入到5′端调控序列和3′端调控序列的下游,构建成pBC1-hLF-Neo载体,其全长为25.348 kb。为了检测该载体的生物学     

彩叶草羟基丙酮酸还原酶基因CbHPR的克隆及分析

为研究C3植物彩叶草的光呼吸作用,根据获得的HPR EST片段,采用RACE和文库结合的方法,克隆了HPR蛋白的全长cDNA,命名为CbHPR(GenBank accession No.EF125078).序列分析结果表明,该cDNA全长为1 393 bp,包含一个1 161 bp的ORF框,编码386个氨基酸;其5′-UTR区含有2个终止子TGA,3′-UTR区具有推测的加尾信号AATAAA;CbHPR蛋白C端具定位于微体的转运信号S-K-L,具有1个保守的2-Hacid_dh_C domain结构域(D-异构体-羟基酸脱氢酶-NAD结合结构域)、5个S磷酸化位点、4个T磷酸化位点和6个Y磷酸化位点.PSORT定位分析显示,CbHPR定位于叶的过氧化物酶体中.多序列比较和进化树分析表明,CbHPR与其他植物HPR一致性高达87%～90%,与拟南芥AtHPR具有相似的功能.CbHPR基因的克隆与分析,为进一步研究该基因在彩叶草的光呼吸作用中的表达调控奠定了基础.     

核糖体蛋白基因上游转录调控元件协同作用的分析

在对酵母基因上游区调控位点的研究中发现,具有高转录水平的基因几乎都是编码核糖体蛋白的,在低转录水平的基因中却没有发现核糖体蛋白基因,这一现象似乎提示着核糖体蛋白基因上游序列中含有较多潜在的有利于基因转录的转录因子结合位点.为了能对核糖体蛋白基因上游序列有一个系统全面的认识,本文采用多种统计方法从不同角度探测了核糖体蛋白基因上游序列中潜在的转录正调控位点,并对它们之间可能存在的协同作用模式进行了分析.     

用S1核酸酶作图法测定蓖麻蚕18S rRNA基因的5′端位置

测定基因5′端位置是研究基因转录调控的一个重要前提。本文将蓖麻蚕18S rRNA基因DNA的5′端用~(32)P标记,然后与18S rRNA杂交,再用S1核酸酶水解掉非杂交区的DNA和RNA。分析放射自显影的结果,测出18S rRNA基因5′端的位置。在18S rRNA基因的BglⅡ_2位点向EcoRⅠ,方向延伸约220bp处,从这一结果,可知道蓖麻蚕rRNA基因的转录方向是5′EcoRⅠ_2→BglⅡ_23′。     

人类新型Krueppel类转录因子hBKLF的cDNA克隆、亚细胞定位及表达特征

人胎肝cDNA文库FLD4585克隆可能编码一种造血相关的转录因子,本文旨在从22周孕龄人胎肝中获得其编码基因的全长cDNA序列,分析其编码蛋白的功能域、基因组结构、染色体定位、亚细胞定位及表达谱特征。采用5′RACE方法获得FLD4585克隆全长;生物信息学方法确定hBKLF基因结构、染色体定位及功能域特征;GFP融合蛋白技术确定hBKLF亚细胞定位;Northern杂交、RT-PCR、Western印迹方法分析其表达谱。结果获得了Fld4585克隆编码的hBKLFcDNA全长序列,它含1810bp,编码345个氨基酸,与小鼠BKLF同源,C端含3个特征性C2H2结构的锌指,是KLF转录因子家族的新成员。HBKLF基因跨越33kb,含6个外显子和5个内含子,位于4号染色体4p15.2-p16.1。GFP-hBKLF融合蛋白在COS-7细胞中呈细小点状分布于核内,核仁区无分布。HBKLF含有两个转录本,大小为4.4kb-7.5kb和1.35kb-2.4kb。大转录本在成人及胎儿组织广泛表达,小转录本在外周血白细胞、肝脏和骨髓表达量最高,红系和粒系细胞均表达hBKLF。HBKLF表达量随肝脏发育成熟而下降,随红系、粒系成熟而升高。以上研究提示hBKLF可能是一种在体内广泛发挥作用的转录因子,在造血的调控中可能有重要作用。     

一种新型锌指蛋白基因——人ZNF313的克隆、定位及表达

运用正常可育男性和无精症病人睾丸组织的mRNA差异显示和cDNA末端快速扩增（PACE）等方法,从人睾丸组织中分离了一个同时含有指环结构和C2H2结构域的新型锌指蛋白基因——人ZNF313。运用荧光原位杂交（FISH）方法,将该基因定位到人染色体20q13。该基因含6个外显子,编码228个氨基酸。基因组结构分析显示,外显子6含有的2个加尾信号,产生2种不同的3‘端非翻译区。Northern杂交及多组织RT-PCR的结果显示该基因含有0.75kb和2.4kb两种转录本,其中0.75kb转录本在正常睾丸中高表达,而其他组织、无精症患者及胎儿睾丸组织中该基因代表达。结果提示：人ZNF313基因对精子发生和男性可育性可能起重要作用。     

C-myc基因表达调控的研究

本文利用cDNA探针,以Southern杂交在C-myc 5′上游区域发现了一段活跃转录的序列(文中称“旁侧基因”)。对该基因克隆及进一步分析表明,能与cDNA杂交的序列存在于距C-myc 5′端约2.4kb的Sma Ⅰ片段中。Northern杂交显示,该旁侧基因在不同组织均有表达,产物为5.8kb,推断该基因为15～3.5kb。以旁侧基因部分序列为探针,在不同种属的基因组中检测出单拷贝序列,提示该基因在进化上的保守性。RNase Mapping分析发现此旁侧基因与C-myc转录方向相同,转录终止在C-myc5’上游约2.4～3.4kb区域。根据基因领域效应及本文结果,我们推测,在正常细胞中,由于旁侧基因的领域效应,使C-myc保持相对静止状态,而在肿瘤细胞中,染色体转位或原病毒插入,破坏了旁侧基因的领域效应,使C-myc表达增高。     

感染羊瘙痒因子263K株或139A株仓鼠脑组织中tau蛋白和磷酸化tau蛋白变化的研究

为探讨朊病毒病的神经病理特征,应用Western blot方法检测了感染羊瘙痒因子263K株或139A株的仓鼠脑组织中总tau蛋白和Ser396和Ser404位点发生磷酸化tau蛋白表达水平的变化;并应用Real Time PCR方法检测了tau mRNAs转录活性的改变。结果表明总tau蛋白含量升高而Ser396和Ser404位点发生磷酸化的tau蛋白含量降低,该现象与羊瘙痒因子毒株类型和临床潜伏期无关;感染羊瘙痒因子的仓鼠脑组织中Tau2和Tau4这两个异构体的转录水平升高。这些结果表明tau蛋白在Ser396和Ser404位点的去磷酸化可能与朊病毒病发病相关。     

人类新型Krppel类转录因子hBKLF的cDNA克垄、亚细胞定位及表达特征

人胎肝cDNA文库FLD45 85克隆可能编码一种造血相关的转录因子 ,本文旨在从 2 2周孕龄人胎肝中获得其编码基因的全长cDNA序列 ,分析其编码蛋白的功能域、基因组结构、染色体定位、亚细胞定位及表达谱特征。采用 5′RACE方法获得FLD45 85克隆全长 ;生物信息学方法确定hBKLF基因结构、染色体定位及功能域特征 ;GFP融合蛋白技术确定hBKLF亚细胞定位 ;Northern杂交、RT PCR、Western印迹方法分析其表达谱。结果获得了FLD45 85克隆编码的hBKLFcDNA全长序列 ,它含 1810bp ,编码 3 45个氨基酸 ,与小鼠BKLF同源 ,C端含 3个特征性C2 H2 结构的锌指 ,是KLF转录因子家族的新成员。hBKLF基因跨越 3 3kb ,含 6个外显子和 5个内含子 ,位于 4号染色体4p15 2～p16 1。GFP hBKLF融合蛋白在COS - 7细胞中呈细小点状分布于核内 ,核仁区无分布。hBKLF含有两个转录本 ,大小为 4 4kb～ 7 5kb和 1 3 5kb～ 2 4kb。大转录本在成人及胎儿组织广泛表达 ,小转录本在外周血白细胞、肝脏和骨髓表达量最高 ,红系和粒系细胞均表达hBKLF。hBKLF表达量随肝脏发育成熟而下降 ,随红系、粒系成熟而升高。以上研究提示hBKLF可能是一种在体内广泛发挥作用的转录因子 ,在造血的调控中可能有重要作用     

一种新的蛋白酪氨酸磷酸酶基因的克隆、定位和组织表达谱研究

从人胎肝cDNA库分离出一长度为5248bp的cDNA克隆,该基因包含26个外显子和25个内含子,染色体定位于在某些肿瘤细胞中易缺失的3p21.1-21.33。其可读框编码1636个氨基酸,该蛋白属于蛋白酪氨酸磷酸酶（PTP）家族,其C端有一个典型的PTP结构域,N端含有约800氨基酸残基的BRO1样结构域及随后2个可能的SH3结构域结合位点,在这两个结构域之间及C末端还各有一个脯氨酸富集区。Northern杂交和点杂交分析显示,该基因以大约5.4kb的单一转录物广泛表达于人体各种组织,而且在人部分肿瘤细胞中高表达。结果提示,人源PTP－TD14是一个新的蛋白酪氨酸磷酸酶。     

人NFBD1启动子的鉴定与初步分析

NFBD1,也称MDC1,是一个参与细胞内DNA损伤后细胞应答反应的重要分子.为了进一步深入研究其转录调控机制,本研究克隆鉴定了NFBD1的启动子.首先应用5′ RACE技术鉴定了NFBD1的转录起始位点,首次发现NFBD1至少存在3种丰度和转录起始位点不同的转录变异体.然后,通过PCR定向克隆和酶切亚克隆策略,构建了覆盖NFBD1基因5′侧翼区起始密码子ATG上游5 kb区域的一系列NFBD1启动子荧光素酶报告基因重组体.启动子活性分析表明,NFBD1启动子区域定位于主要转录起始位点区域附近1.5 kb的区域内.采用转录因子结合位点预测分析软件分析表明,NFBD1启动子缺乏TATA盒,但含有典型的CCAAT盒和GC盒以及其它潜在的转录因子结合位点,提示Sp1和NF-Y等转录因子可能参与NFBD1的转录调控