HLA系统D区基因分型和中国汉族人特有的RFLP

HLA II类抗原在外来抗原提呈中起重要作用,在DNA水平进行II类抗原基因分型有更强的多态性鉴别能力,有利于检出新的特异性,根据白种人纯合分型细胞（HTC）和中国人部分纯合细胞DRB和DQA基因的RFLP格局,我们对上海地区90名随机健康人进行了HLA－D区基因分型,并将结果与血清学分型相比较,证明了它的可靠性和优越性。此外,通过与白种人格局相比,我们还发现了中国人特有的HLA－D区RFLP格局。     

实验用SPF大白猪和长白猪SLAⅡ类基因多态性研究

目的研究实验用SPF大白猪和长白猪SLA II类基因的多态性。方法分别采集15头SPF大白猪和22头长白猪抗凝血,分离外周血淋巴细胞,提取总RNA,反转录后RT-PCR扩增DQB1、DRB1和DQA基因并进行测序,分析获得的SLA II类等位基因序列多态性。结果 3个基因共获得25个等位基因,包括8个DQB1,10个DRB1和7个DQA,全部获得ISAG SLA命名委员会的官方命名,其中3个等位基因首次提交完整序列,命名为DQB1*02:12(KU754590)、DQB1*02:03(KU754591)和DRB1*06:07(KU754601),3个DQA等位基因为新发现等位基因。SPF大白猪和长白猪DQB1等位基因与外源性抗原结合的15个氨基酸中,共有5个氨基酸具有高度保守性;DRB1等位基因的16个外源性抗原识别位点中,仅1个位点高度保守;DQA等位基因19个抗原结合位点中,有11个高度保守。SLA II类基因氨基酸序列分子进化树表明,3个基因分别聚为两大类,与国外Yucatan小型猪具有较近的亲缘关系,而与其他猪种未表现明显遗传距离相隔。结论成功鉴定了大白猪和长白猪的25个SLA II类等位基因,发现其具有较为丰富的多态性,所获得SLA II类等位基因在其他品种猪也广泛分布,具有多样性,这一研究结果对大白猪和长白猪发展为经典实验动物模型具有重要作用。     

猪白细胞Ⅱ类抗原基因多态性研究进展

本文对SLAⅡ类基因的染色体图谱定位、分子结构、基因分型及其多态性的研究进展作了介绍。重点介绍了SLAⅡ类基因的RFLP基因分型及其多态性研究。猪的主要组织相容性复合物Ⅱ类抗原基因座位存在不同程度的等位基因多态性。RFLP技术是一种简便而快捷的SLAⅡ类等位基因分型方法。SLAⅡ类基因的多态性和抗原肽结合位点密切相关,这些位点能结合处理过的抗原,然后递呈给T细胞。另外,在编码β1链的SLA-DRB1基因和SLA-DQB基因中有4个富含GC序列区。 Abstract:This article gave a detailed introduction about regional map,molecular structure,genotyping and polymorphism of SLA class Ⅱ genes.The pig major histocompatibility complex (MHC) class Ⅱ antigens have been known to exhibit a different degree of allelic polymorphism.The locus-specific oligonucleotide primers and RFLP analysis provide a simple and rapid method for genotyping expressed SLA class Ⅱ from genomic DNA.SLA class Ⅱ polymorphism was related to the antigenic peptide binding sites.Detailed analysis of sequences showed that there were 4 GC-rich sequences in exon 2 of SLA-DQB and SLA-DRB1 genes.     

SLA—DQB和DRB的生物信息学分析

对Genbank中猪的白细胞抗原（SLA）Ⅱ类抗原基因DQB及DRB序列进行了SNP及氨基酸序列多态性分析,并对SLA—DQB及DRB分子进行了蛋白质序列模式分析（Prostie motif search）。结果表明：β1功能区存在较大的变异,特别是位于抗原肽结合槽的氨基酸位点中,其变异程度更大。SLA—DQB及DRB蛋白质序列中,主要存在8种类型的蛋白质序列模式位点,其中3种类型的磷酸化位点存在蛋白模序的改变,都位于β1功能区（前94个氨基酸）,且多数位点突变频率较高。     

HLA—DRB1等位基因的多态性及其应用

HLA系统参与和调节机体免疫功能,是人类重要叫遗传标志,具有种族、地域差异。HLA—Ⅱ类系统中DRB1等位基因的多态性最丰富,它的准确分型直接影响器官移植的供体选择、法医学个体认定、HLA与疾病相关性及人类学等研究。本文综述了HLA—DRB1分型检测方法,不同种族人群HLA-DRB1等位基因的多态性,HLA—DRB1多态性研究在探讨人类起源、民族融合方面的价值,HLA—DRB1与肝炎、系统性红斑狼疮等疾病的相关性等。     

应用PCR-SSOP技术研究中国汉族、维吾尔族HLA-A基因座基因多态性

人类白细胞抗原（Human Leukocyte Antigen,HLA)基因复合物位于6p21.3,有220多个不同的功能基因,是人类基因组最复杂的遗传多态系统。HLA等位基因的变异在医学、法医学、人类学等领域具有重要的意义。自从1964年以来,HLA分型一直采用经典的微量淋巴细胞毒实验,但该方法是血清学水平的分,不能识别很多特异性的等位基因,而且高质量的抗体也不易获得。从20世纪90年代起,在国家自然科学基金的资助下,首先开展HLAⅡ类位点基因分研究及大规模群体多态性调查,所获得的中国主要民族基因数据已应用于多个领域。相比之下,HLAⅠ类基因数量更丰富,包含了A、B、C、E、F、G和假基因H、J、K、L等10个位点;基因分子结构更复杂,更具多态性。因此,HLAⅠ类DNA分型比HLAⅡ类分型及行多困难。直至目前中国人群HLA－A基因座基因多态性和分布频率的研究尚未充分进行。而任何DNA标记用于遗传分析、法医鉴定等领域之前,必须先进行群体调查,建立不同民族基因数据库,这是不可逾越的基础工作。鉴于此,采用灵敏而非同位素污染的PCR－SSOP基因分型技术,对165个汉族和162个维吾尔族个体的HLA－A基因座多态性进行调查。结果在汉族群体中发现22种等位基因,频率最高的是HLA－A＊1101（19．7％）,其次是＊201（12．72％）;在维族群体中发现22种等位基因,频率最高的是＊2407（17．90％）,等位基因＊0101、＊0201和＊3301的频率均大于10％;HLA－A＊0203、＊0205、＊0302、＊2403和＊3302仅在汉族群体中检出;HLA－A＊0205、＊0211、＊2301、＊2502、＊68012和＊6802仅在维族群体中检出。按照Hardy-Weinberg平衡定律检验,两个民族各等位基因型频率的预期值与实际观察值相吻合（P＞0．05）,证明了所获得汉族、维吾尔族HLA－A位点基因频率具有可靠性;同时也表明各等位基因的遗传特征符合符合孟德尔规律。经计算机统计分析,汉族群体HLA－A基因座杂合度（Heterozygosity,H)、个体识别率（Discrimination Power,DP)和非父排排率（Proba-bility of Paternity Exclusion,EPP)分别为0．9029、0．9776和0．8592;维族群体H、DP和EEP分别为0．9063、0．9379和0．7885。和其他遗传标记（如VNTR、STR、SNP）的单一位点相比,HLA－A具有高度的杂合率、个体识别率和非父排除率。因此,HLA－A等位基因在法医个体识别、亲权鉴定、基因诊断、人类学等领域具有重要的应用价值。     

HLA—DRB1基因多态性与溃疡性结肠炎的相关性研究进展

溃疡性结肠炎（Ulcerativecolitis,uc）是一种直肠和结肠的慢性非特异性炎症性疾病,其病因至今仍未完全阐明,普遍认为与遗传因素和自身免疫异常有关。人类白细胞抗原（Humanleukocyteantigen,HLA）是人类主要组织相容性复合体（MHC）基因的编码产物,是调控人类免疫应答的关键因素之一,其中HLAII类基因参与外源性抗原的递呈,是目前研究的最为广泛的与炎症性肠病相关的区域。HLAII类基因中以HLA—DRB1等位基因的多态性最丰富,国内外大量研究均显示HLA—DRB1基因不仅与uc的发病密切相关,而且与UC的临床特点有关联,但研究的结果并不完全一致,而且其导致特定人群UC易感的分子生物学机制也不十分清楚。本文主要综述HLA．DRB1基因多态性与uc相关性的研究进展。     

寡核苷酸DNA Microarray用于HLA DRB1基因分型的研究

对寡核苷酸DNA Microarray用于HLA DRB1基因分型的技术进行研究。常规的酚/氯仿法提取标准血样基因组DNA,在DRB1的exon2区域设计一对引物,经PCR扩增基因组相应区段并用Cy5-dCTP进行标记。设计寡核苷酸分型探针,将探针固定在APS-PDC法制作的DNA Microarray上,用标记的PCR产物与之杂交,扫描仪对杂交效果进行扫描,Imagene软件对杂交图像进行分析。共检测了33例标准血样的HLA DRB1基因型。检测结果证明研制的DNA Microarray准确、灵敏。DNA Microarray技术可以有效地检测DRB1等位基因,对比常规的PCR-SSP和PCR-SSO方法、分型基因芯片方法更为直观,并有集成化优势。     

中国人群主要组织相容性复合物基因多态性及其与疾病相关性的研究

人类的主要组织相容性复合物(major histocompatibility complex,MHC)又称为人类白细胞抗原系统(human leukocytc antigens,HLA)。 MHC基因位于第6号染色体短臂,分布于2—3×10~6bp长度的DNA链上。根据结构和功能,HLA抗原可分为三类。HLA-Ⅰ类抗原,主要是HLA-A,-B,-C基因产物,存在于所有有核细胞的表面,这类也是经典的组织抗原,是淋巴细胞排斥带有异己抗原或病毒感     

中华白海豚3 个MHC 基因座位遗传变异的初步分析

主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex,MHC) 基因是由一组紧密连锁的基因组成,是哺乳动物免疫系统中最重要的组成部分。本文选择3 个MHC 基因座位的第二外元,即:MHC-I 类基因和II 类基因的DRA 和DQB 座位,初步调查濒危物种中华白海豚的遗传变异。共鉴定了2 个DRA、2 个DQB 和7 MHC-I等位基因。DRA 座位遗传变异非常低,而DQB 和MHC-I 座位具有相对较高水平的遗传变异。并且,在DQB 和MHC-I 基因座位的假定的抗原结合位点(Antigen binding sites,ABS),非同义替代明显大于同义替代,提示平衡选择(Balancing selection)维持这两个座位的多态性,而在DRA 座位上,并没有检测到平衡选择。系统发生分析表明中华白海豚的MHC 等位基因没有聚在一起,而是和其他的物种聚在一起,符合MHC 跨种进化(Transspecies evolution)的模式。     

内蒙古地区蒙古族HLA-A、B、DRB1基因座多态性分析

应用序列特异性寡核苷酸探针反向斑点杂交技术对内蒙古地区蒙古族106名无关健康个体的HLA-A、B和DRB1 基因座进行基因分型, 以研究内蒙古地区蒙古族人群HLA-A、B、DRB1基因座的等位基因及其组成的单倍型频率分布特征。 采用最大数学预期值算法计算HLA基因座的等位基因频率和单倍型频率。106 名内蒙古地区蒙古族个体的HLA-A、B、DRB1基因座分别检出13、29、13个等位基因。高频单倍型分别为 HLA-A*02-B*46 (0.0510); HLA-A*02-B*13(0.0495); HLA-A*02-B*51(0.0442); HLA-B*13-DRB1*07 (0.0555); HLA- B*46-DRB1*09(0.0378); HLA-B*35-DRB1*13(0.03300); HLA-A*02-B*13-DRB1*07(0.033019); HLA-A*02-B*46- DRB1*09(0.031985)。研究表明: 内蒙古地区蒙古族人群HLA基因座的等位基因和单倍型具有较高的遗传多态性。HLA- A*24-B*14, HLA-A*32-B*63在该民族具有极强的连锁不平衡。     

用PCR-RFLP方法研究藏族HLA-DQA1和-DQB1基因多态性

应用目前HLA研究领域中成熟的,有效的PCR-RFLP基因分型技术,从DNA水平对藏族健康群体进行了HLA-DQA1(49人)和-DQB1(49人)基因分型,这在国内外属首次。所采用的PCR-RFLP基因分型技术是在HLA-DQA1和-DQB1各等位基因全部序列已知的情况下,对其第2个外显子碱基序列扩增进而进行RFLP分析的方法。这种方法得到的RFLP的所有片段都是已知序列,因而精确度很高,同时为发现新的等位基因提供了成熟而有效的分析方法。研究结果表明,在藏族DQA1的8个等位基因,DQA1*0301的基因频率最高(36.74％)。DQA1*0601(4.08％)、*0103(4.08％)和*0401(5.10％)最低。在DQB1的16个等位基因中,OQB1*0302(16.33％)、*0303(15.31％)和*0602(15.31％)为最常见,没有观察到*0504。统计分析表明,在DQA1各等位基因分布上,藏族与新疆汉族、北方汉族、上海汉族十分相近;与维吾尔族和哈萨克族也没有明显差异。在OQB1各等位基因的分布上,藏族与汉族、维族、哈族之间略有差异,而汉族、维族、哈族之间也存在一些差异。     

HLA-DR和DQ cDNA亚探针减少由限制片段长度多态性作DR分型的复杂性

在DNA水平上鉴定HLA-DR等位基因是一种适用于任何有核细胞的分型技术。DNA分型的主要问题是解释Southern印迹分析中杂交片段的复杂格局,这在杂合个体尤为困难。为此,我们从DRβ、DQβ和DQα全长cDNA探针建立了亚探针,以便减少杂交片段的数目,从而降低限制片段长度多态性(RFLP)的复杂性。我们发现内切酶PvuⅡ和DRβ3'端不翻译区亚探针,而对一些DR等位基因作出鉴定。这些简化了的杂交片段格局有利于对一些杂合个体作DNA分型。     

HLA-DRB1 等位基因的多态性及其应用

HLA系统参与和调节机体免疫功能,是人类重要的遗传标志,具有种族、地域差异.HLA-Ⅱ类系统中DRB1等位基因的多态性最丰富,它的准确分型直接影响器官移植的供体选择、法医学个体认定、HLA与疾病相关性及人类学等研究.本文综述了HLA-DRB1分型检测方法,不同种族人群HLA-DRB1等位基因的多态性,HLA-DRB1多态性研究在探讨人类起源、民族融合方面的价值,HLA-DRB1与肝炎、系统性红斑狼疮等疾病的相关性等.     

青蟹线粒体COI假基因的分离和特征分析

线粒体DNA标记在遗传结构和系统进化研究中得到广泛应用,然而核假基因的存在对此有很大威胁。本文以中国东南沿海的青蟹(Scylla paramamosain)为研究对象,利用线粒体COI基因的通用引物和特异性引物进行扩增,分别得到34个假基因（nuclear mitochondrial pseudogenes, Numts）和5个线粒体COI基因序列。在所获得的34个假基因中共定义了29种单倍型,根据序列的相似度,这些假基因可以分为2类,每类假基因都有各自保守的核苷酸序列。第Ⅰ类假基因存在2处插入序列和1处8 bp的缺失序列,这些位点导致了整个阅读框的移位;在第Ⅱ类假基因和5个线粒体COI序列中只有碱基替换,未发现插入和缺失序列。实验结果分析表明,这两类假基因分别代表了2次核整合事件,即核转移事件的最低值。研究结果提示了     

用聚合酶链反应和生物素寡核苷酸探针分析HLA-DQα的基因型

 来自不同人的染色体DNA经聚合酶链反应(PCR)将其HLA-DQα基因的多态区242bp人工地扩增30个循环。用1/10扩增产物点在尼龙膜上。将四种不同的等位基因特异的寡核苷酸(ASOs)经Bio-11-duTP进行3'末端标记得生物素探针。以此探针对不同扩增标本做狭缝印迹杂交。结果表明用此种非放射性的方法能探测出人白细胞表面抗原DQα基因的微多态性,从而得到不同个体的基因型。ASO分型是对血清HLA分型的重要补充和发展,它在骨髓或器官移植以及法医的个人识别中有一定实用价值。     

白癜风的HLA等位基因遗传学研究进展

白癜风的病因尚不明,国内外研究表明其发生与遗传因素相关,其遗传特征不符合孟德尔遗传规律,而是属于多基因遗传的范畴.主要与人类白细胞抗原HLA-Ⅰ类、Ⅱ类及Ⅲ类基因及其产物相关,以往文献报道认为HLA-Ⅱ类基因与白癜风的关系最为密切.HLA基因的多态性决定HLA分子的多样性.充分认识HLA基因水平的多态性,有助于白癜风的基因诊断和治疗.     

黑麂MHC - DQA2 基因多态性

利用牛特异性扩增DQA2 第2 外显子的嵌套引物,对黑麂基因组DNA 进行PCR 扩增和克隆测序,基于该
序列设计出黑麂DQA2 基因第2 外显子特异性引物。利用该引物,通过PCR - SSCP 以及克隆测序技术,从40 个
黑麂样品中获得4 个不同的DQA2 等位基因。没有一个个体同时具有2 个以上的等位基因,所有序列均不含插入
或缺失突变,不含终止密码子,因此,本研究所扩增的DQA2 基因可能是表达的单基因座位。抗原结合区(Peptide
binding region,PBR)非同义替换率(dn)显著大于同义替换率(ds) (P <0.05),暗示该座位曾经历过明
显的正选择作用;进一步利用CODEML 程序中的相关模型以及贝叶斯法检测出4 个受选择作用的氨基酸位点
(α11、α58、α62、α66),这4 个位点均位于PBR 区。基于NJ 法构建的部分偶蹄类DQA 外显子2 系统发生关系
显示,黑麂4 个DQA2 等位基因与牛、羊以及梅花鹿的DQA2 等位基因构成独立的进化枝,在该进化枝内,黑麂
DQA2 等位基因优先与牛DQA2 等位基因聚类,暗示黑麂DQA2 基因在进化过程中存在跨物种进化现象。上述结
果表明平衡选择是维持黑麂DQA2 基因多态性的主要机制。然而,本研究从40 个样品中仅检测出2 个杂合子,
黑麂DQA2 等位基因之间的频率存在显著差异,推测可能是所检测的样品来源于不同种群,由于华伦德效应
(The Whalund effect)导致杂合度降低,也不排除本文所设计的引物在PCR 扩增过程中存在无效等位基因。     

SLAⅠ类基因研究新进展

SLAⅠ类基因编码细胞表面高度多态的糖蛋白, 负责将内源性抗原肽递呈给T细胞, 激发特异的免疫反应。文章介绍了近年来SLAⅠ类基因分子结构、组织中的表达、表达调节、基因分型、多态性及进化研究的新进展, 重点介绍了SLAⅠ类基因分型方法及多态性研究。SLAⅠ类基因分型方法主要包括血清学法、DNA序列测定、PCR-SSP、PCR-SSOP、微卫星法, 其中PCR-SSP法快速简便, 在SLAⅠ类基因分型研究中应用广泛。文章对SLAⅠ类基因在基因功能、肽疫苗、异种移植等方面的研究和应用前景进行了讨论。     

HLA-Ⅱ类基因DRα及DRB1 *0401转基因小鼠模型的遗传与繁殖

采用类系祖建系的方法 ,对HLA -Ⅱ类基因DRα 和DRB1 　 0 4 0 1转基因小鼠模型进行了繁育。通过PCR和Southernblot分子杂交的方法 ,检测小鼠尾组织的DNA样品 ,以确定DR基因的整合和复制情况。结果表明 ,HLA -Ⅱ类基因DR已稳定地遗传至第五代(F5) ;共产仔 32 6只 ,PCR检测出阳性小鼠 95只 ,阳性率为 2 9.1 %。PCR—Southern印迹杂交检测 ,发现 68只仔鼠整合有DR基因 ,总有效率为 2 0 9%。经Nothern杂交和RT -PCR检测HLA -DR基因在脾脏和肾脏中均有表达。