海拔对乌拉山油松根围真菌群落结构的影响

为了解海拔对油松Pinus tabulaeformis根围土壤真菌多样性及群落结构的影响及探究真菌群落结构对土壤理化性质变化的响应,采用Illumina Miseq高通量测序平台对内蒙古乌拉山国家森林公园油松根围土壤真菌群落组成进行了研究。结果表明,4个海拔的土壤样本测序得到油松根围真菌有效序列共256 991条,划分为1 026个OTU,分属于13门、37纲、84目、145科、192属。在门水平上,油松根围优势真菌主要分布于子囊菌门Ascomycota、担子菌门Basidiomycota和被孢霉门Mortierellomycota;在属水平上,主要归属于青霉属Penicillium（14.4%）、被孢霉属Mortierella（7.6%）、双担菌属Geminibasidium（5.3%）、丝盖伞属Inocybe（1.8%）、枝孢霉属Cladosporium（1.6%）、棉革菌属Tomentella（1.6%）、异多棒菌属Xenopolyscytalum（1.4%）、镰刀菌属Fusarium（1.3%）、蜡蚧菌属Lecanicillium（1.3%）、土赤壳属Ilyonectria（1.1%）、热子囊菌属Thermoascus（1.0%）、蜡壳耳属Sebacina（1.0%）和一些未定名属。对油松根围土壤真菌的α多样性指数分析以及NMDS聚类结果的分析表明,海拔1 700m和1 800m的油松根围土壤真菌群落结构相似,而与1 500m的真菌群落结构差异显著,在海拔相对较高的1 700m-1 800m的真菌多样性及丰度显著高于海拔较低的1 500m处。对油松根围优势真菌与土壤理化性质的冗余（RDA）分析及相关性分析表明,土壤真菌的群落结构受土壤理化性质（硝态氮NN、含水量WC、速效钾AK、铵态氮AN、pH值、有效磷AP、含碳量CC和总氮TN）的显著影响,其中NN和WC对油松根围土壤真菌群落结构的影响最为显著。     

不同连作年限草莓根际细菌和真菌多样性变化

【目的】以不同连作年限草莓根际土壤为材料,探讨不同连作年限土壤细菌、真菌多样性的变化,以期为草莓连作障碍调控提供理论依据。【方法】将没有连作(CK)、连作1年(1Y)、连作8年(8Y)的土壤分别与珍珠岩以3:1的体积充分混匀装盆,"宁玉"草莓苗于2016年9月10日定植于盆栽土壤中,定植后50 d时(开花前)进行土壤取样,提取基因组DNA,通过PCR扩增建立文库,利用Mi Seq平台Illumina第二代高通量测序技术并结合相关生物信息学方法,分析土壤细菌16S rRNA基因V4+V5区域和真菌ITS1+ITS2区域的丰富度和多样性指数以及群落结构。【结果】从9个草莓根际土壤样本中获得3 192个细菌分类操作单元OTU和762个真菌OTU,其中,变形菌门、厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和蓝藻门为草莓根际土壤的优势菌种,在CK、1Y、8Y草莓根际土壤中分别占细菌总数的87.86%、64.83%和61.79%;子囊菌门和担子菌门为优势真菌,在CK、1Y、8Y草莓根际土壤中分别占真菌群落的69.17%、69.06%和76.18%。从门的分类水平看,酸杆菌门、放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、绿弯菌门、蓝菌门、浮霉菌门、芽单胞菌门、变形菌门以及真菌担子菌门、接合菌门、壶菌门的比例在不同连作年限的草莓根际土壤中显著改变(P0.05)。属水平的分析也表明,共有29个细菌属和19个真菌属的比例发生改变(P0.05)。【结论】随连作年限的延长,草莓根际土壤生态系统中细菌和真菌群落各门类组成的比例会发生显著变化。     

灌木林土壤古菌群落结构对地表野火的快速响应

为了评价地表野火对土壤古菌群落结构的即时影响,在灌木林火发生18h后,于火烧迹地和未烧地采集土壤样品,通过构建两个土壤古菌16S rDNA基因文库,研究火烧后小时尺度下土壤古菌群落结构的变化。从火烧和对照未烧土壤古菌文库中共得到19个古菌的操作分类单元 (Operation taxonomic units,OTUs),其中对照未烧林地土壤文库中存在9个OTUs是火烧土壤中缺失的类群,占克隆总数的5.91%。未烧林地中3个优势古菌克隆YMar-F25（GQ304791）、YMar-F32（GQ304792）及YMar-F21（GQ304789）系统发育归类为泉古菌门亚群GroupⅠ,分别占克隆总数的15.50%,18.18%,41.36%;而在火烧迹地中这3个古菌分类群仍为优势群,分别占克隆总数的15.59%,22.58%,46.24%。多样性指数分析显示对照土壤古菌文库Shannon-Wiener指数为1.87,而火烧土壤古菌文库为1.40。结果表明,在小时尺度上,高强度灌木林火使土壤古菌多样性立即降低,低丰度土壤古菌种群对火干扰敏感,高丰度古菌的种群结构火烧后无明显变化。     

黑老虎内生真菌及根际土壤真菌的群落结构与生态功能分析

为探讨黑老虎(Kadsura coccinea)根际土壤和组织内生真菌菌群的组成及其生态功能，该研究采用ITS高通量测序技术对成熟黑老虎(根、茎、叶)内生真菌及根际土壤真菌群落结构、多样性和生态功能进行了分析。结果表明：(1)从12个样品中共获得2 241个可操作分类单元(OTU),涉及10门、41纲、95目、212科、367属，内生真菌(根、茎、叶)和根际土壤真菌OTU数分别为386、536、258、1 435个，其中共有的OTU为18个。在门水平上，黑老虎内生真菌及根际土壤真菌优势群落均为子囊菌门和担子菌门，其中子囊菌门在叶和茎中占比分别高达96.99%和95.37%;在属水平上，黑老虎根际土壤真菌中腐生真菌被孢霉属占比较高(为13.5%),叶和茎等生长旺盛的组织中子囊菌门未分类属和痂囊腔菌属占比较高。(2)α多样性分析结果显示，黑老虎根际土壤真菌群落的丰度和多样性明显高于内生真菌，茎中内生真菌丰度显著高于根和叶，而根、茎和叶组织间内生真菌多样性差异不显著；PCoA分析结果显示，叶和茎的真菌群落结构相似性更高。(3)利用FUNGuild数据库进行的功能预测分析结果显示，黑老虎根际土...     

土地利用变化对土壤真菌群落结构的影响

应用PCR-RFLP和测序分析对川西亚高山米亚罗林区不同土地利用类型的土壤真菌18S rDNA基因进行了多样性和系统发育研究,探讨了土地利用变化对土壤真菌群落结构的影响。在20a龄云杉(Picea likiandensis var balfourianan)人工林和菜地两种类型土壤中,共得到238个阳性克隆,限制性内切酶MspI和RsaI进行RFLP分析后得到56个不同的分类操作单元(OTUs),其中20a龄云杉人工林样地获得137个阳性克隆和37个OTUs,而菜地样地获得101个阳性克隆和19个OTUs。在两类样地中具有不同的优势种群,其中20a龄云杉人工林样地有1个明显优势种群,占总克隆数的20.4%;菜地样地有2个明显优势种群,分别占总克隆数的25.7%和21.8%。对14个克隆进行了序列测定,序列的相似性在86%~99%之间,与GenBank数据库中的序列进行比对,与已知序列的相似性在92%~100%之间。系统发育分析表明,所有的18SrDNA基因被分为3个主要的簇,其中20a龄云杉人工林样地的克隆都聚集在第一和第三簇中,而菜地样地的克隆都聚集在第二簇中。结果说明,两类土壤中具有较为丰富的真菌多样性,而土地利用变化引起了土壤真菌群落结构的明显变化。     

青藏铁路沿线唐古拉山口土壤微生物的ARDRA分析

通过构建16S rDNA文库及文库的限制性片段长度多态性分析（ARDRA）,对青藏铁路沿线唐古拉山口的土壤微生物多样性进行了研究。采用限制性内切酶HaeIII和RsaI对克隆文库中的90个克隆子进行了酶切分型,根据ARDRA酶切图谱的不同,可将其分为23个OTUs。16SrDNA序列分析结果表明,该克隆文库中主要包括变形菌门（Proteobacteria）的alpha、beta、detla亚类、厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、酸杆菌门（Acidobacteria）及浮霉菌门（Planctomycetes）等8类细菌及未培养细菌。Alpha变形细菌为该文库中的主要菌群,占克隆总数的33.3%;其次为未培养细菌,占克隆总数的22.2%,Bradyrhizobium为优势菌属。研究结果揭示,青藏铁路唐古拉山口的土壤微生物种群不仅具有丰富的多样性,还存在丰富的潜在新菌种。     

竹叶兰根系共生真菌群落结构及生物学功能初探

为研究竹叶兰Arundina graminifolia根系共生真菌的群落结构及对寄主的营养作用,采用高通量测序技术对野生竹叶兰根围土壤、根表、根内3个生态位真菌的种类及生物学功能进行鉴定与预测。所测竹叶兰根系共生真菌的平均辛普森指数为根围0.972、根 表0.905、根内0.703,说明3个位点都具有丰富的共生真菌;根围土壤真菌香农指数7.393显著高于根表和根内香农指数4.728和2.872,根表真菌多样性显著高于根内（P<0.05）。根表、根内有子囊菌门、担子菌门、罗兹壶菌门、壶菌门、毛霉菌门和被孢霉门,较根围土壤缺少球囊菌门和梳霉菌门;分子方差分析（AMOVA）证实3个生态位的真菌群落结构差异极显著（P=0.004）。各生态位丰度最高的20个真菌仅属于子囊菌和担子菌的40个属,其中子囊菌有30个属,种类数量占优势,而担子菌的单个种类丰度高于子囊菌。根围土壤腐生型真菌占优势（44.07%）;根表主要有腐生、病原、共生型真菌;根内真菌营养类型差异大,样品M1的共生型真菌为优势类型（97.21%）,M2、M3以腐生型占优（90.96%）。优势共生型真菌有革菌属Threlephora、根须腹菌属Rhizopogon和Dentiscutata,腐生型真菌主要有长毛孔菌属Funalia和Vuilleminia,均为担子菌。研究结果为揭示竹叶兰与根系真菌的营养关系以及共生真菌的开发提供了依据。     

新疆天然胡杨林地区根际微生物的种群分析

】在新疆塔里木河流域的现存世界上面积最大的天然胡杨林采集了根际土壤样品,共分离纯化得到140个菌株,并真空冷冻干燥保存于中国典型培养物保藏中心。随机选取其中53株细菌的基因组进行16S rDNA测序,并通过NCBI进行比对来初步鉴定。以16S rRNA基因相似性低于97%时作为不同的分类单元定义,这些菌株可以划分为47个不同的分类单元。系统发育树将这些菌株聚类于厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门和疣微菌门等5个门。其中优势种群为变形菌门（Proteobacteria）细菌。分离菌株中潜在的新分类单元（相似性< 97%）所占比例较高,约占分离总数的26.4%。其中,菌株R37与T44相关的多相分类数据已经发表于国际系统与进化微生物学杂志上,分别代表了一个新属（Parasegetibacter luojiensis gen. nov., sp. nov.）与一个新种（Niastella populi sp. nov.）。该研究一方面对胡杨林根际土壤可培养微生物进行了种群分析,了解了其微生物群落的多样性;另一方面获得了大量新的菌种资源,为进一步的开发利用提供条件。     

基于高通量和传统培养法分析白首乌根际真菌多样性

探讨白首乌根际土壤真菌群落组成结构与分布规律,为优选根际促生菌、提高仿野生种植技术提供科学理论依据。综合Illumina MiSeq高通量测序技术和传统分离培养技术,分析测定3个产地2个根茎深度的白首乌根际土壤真菌群落的丰富度和多样性,分离鉴定可培养根际真菌的种类。6个样品共得到真菌1 589个OTUs,分属于11门35纲84目142科237属,子囊菌门（Ascomycota）和被孢霉门（Mortierellomycota）是样品共同的优势菌门;6个样品通过传统培养法共分离得到103个形态型,分为3门8纲10目12科16属37种,优势菌属为木霉属（Trichoderma）和镶刀菌属（Fusarium）。综合比较,高通量测序技术可以得到更全面的菌落数据,传统分离培养技术可以纯化出适应性强的菌株;不同产地和根茎深度样品间土壤真菌群落存在显著差异性。     

不同生境黑老虎根际和内生真菌多样性分析

为探究不同生长条件下黑老虎根际和根部内生真菌群落组成和多样性及其与土壤环境因子的相关性,该文应用Illumina高通量测序方法对贵州3个不同生境下黑老虎根际和根部内生真菌进行了研究。结果表明:(1)3种生境下,根际土壤真菌OTU数量(3 867)远多于根部内生真菌(801),其中根际土壤真菌共有的OTU为72个,共注释到5个门、49个属,大多为子囊菌门; 属水平上被孢霉属、外瓶柄霉属、 柱孢属占比较高; 根部内生真菌共有的OTU为14个,共注释到2个门、11个属,子囊菌门(13个,占比92.9%)占绝对优势,属水平上被孢霉属、外瓶柄霉属、 柱孢属和丛赤壳属占比最高; 所有样本中,共有的OTU仅为6个,注释到2个门、5个属,子囊菌门(5个,占比83.3%)为优势门; 在属水平上,占比最高的为外瓶柄霉属(2个,33.3%),其余分别为被孢霉属、柱孢属和丛赤壳属 。Alpha多样性分析表明,根际土壤的真菌群落多样性和丰富度均显著高于根部内生真菌,而野生生境的真菌多样性高于栽培生境。(2)在门水平上,3个生境下主要内生真菌类群均为子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota),占总菌群的88.28%; 在属水平上,不同生境条件下,根际和根部内生真菌群落结构差异明显; 栽培生境下,根部内生真菌菌群具有一定的偏好性,而野生生境下,根部内生真菌菌群均匀度更高; FUNGuild真菌群落功能预测显示,栽培生境下的病理-腐生营养型(pathotroph-saprotroph)在根部内生真菌中占比较高,而野生生境下的腐生营养型(saprotroph)及共生营养型(symbiotroph)占比较高。(3)土壤环境因子对根部内生真菌和根际真菌的影响方式不同,其中土壤总钾(TK)和土壤总磷(TP)与黑老虎根部内生真菌香农指数和辛普森指数显著正相关,而土壤有机质(SOM)、总氮(TN)和速效氮(AN)与黑老虎根际土壤真菌Ace指数和Chao1指数显著正相关。综上表明,土壤有机质、总氮、速效氮是影响黑老虎根际土壤真菌群落的主要土壤环境因子。     

黑里河和贺兰山自然保护区华北落叶松根区土壤中外生菌根真菌群落

为了解华北落叶松外生菌根（ectomycorrhiza,ECM）真菌的群落组成及探究土壤理化性质对其造成的影响,本研究选取内蒙古黑里河自然保护区道须沟与大坝沟以及贺兰山自然保护区南寺,采集华北落叶松林下根区土壤,利用Illumina MiSeq测序平台对真菌DNA扩增子ITS1区进行高通量测序。共获得ECM真菌序列65 859条,划分为436个OTU,隶属于2门6纲12目26科41属,主要分布于担子菌门Basidiomycota。3个采样地共有优势ECM真菌OTU 17个,归属于红菇属Russula、丝膜菌属Cortinarius、阿太菌属Amphinema、Piloderma、锁瑚菌属Clavulina、丝盖伞属Inocybe、空团菌属Cenococcum、棉革菌属Tomentella和Meliniomyces;黑里河自然保护区道须沟与大坝沟的根区土壤ECM真菌群落组成相似：热图表明两地在ECM真菌属水平的组成方面相似,PerMANOVA分析表明两地群落组成差异不显著,而与贺兰山自然保护区南寺存在显著差异（P=0.0234）,优势ECM真菌的多样性与丰度都较南寺低;土壤理化性质TP与pH产生的协同作用与采样地的ECM真菌群落组成具有显著相关性（P=0.0383）,对南寺华北落叶松ECM真菌群落组成造成正相关影响,对道须沟与大坝沟造成负相关影响。     

内蒙古地区白桦根围土壤外生菌根真菌群落结构

为了解白桦外生菌根真菌的群落结构,本研究选取了内蒙古赤峰市黑里河、赛罕乌拉以及阿拉善盟贺兰山3个国家自然保护区,采集白桦林下根围土壤,利用Illumina MiSeq测序平台对扩增子真菌ITS1区进行高通量测序。测序共获得外生菌根真菌序列 1 041条,划分为404个OTU,隶属于2个门、6个纲、11个目、25个科、38个属,主要分布于担子菌门Basidiomycota。3个采样地共有优势外生菌根真菌OTU 21个,归属于红菇属Russula、乳菇属Lactarius、锁瑚菌属Clavulina、丝膜菌属Cortinarius、蜡壳耳属Sebacina、丝盖伞属Inocybe、Amphinema属、蜡伞属Hygrophorus,其中Russula占绝对优势。在黑里河与赛罕乌拉,Russula和Clavulina为绝对优势属;在贺兰山,Cortinarius和Sebacina为绝对优势属。土壤环境因子对群落中优势外生菌根真菌的影响程度依次为pH>Na>Ca>Mg>TN>K>TP>TC,其中pH、Ca与Mg对3个采样地的优势外生菌根真菌的分布差异造成显著影响。黑里河与赛罕乌拉的白桦外生菌根群落结构在属水平和优势属水平上相似性高于这两个采样地与贺兰山的白桦外生菌根群落结构。     

Phylogenetic analysis of 16S rRNA gene sequences reveals distal gut bacterial diversity in wild wolves (Canis lupus)

The aim of this study was to describe the microbial communities in the distal gut of wild wolves (Canis lupus). Fecal samples were collected from three healthy unrelated adult wolves captured at the nearby of Dalai Lake Nature Reserve in Inner Mongolia of China. The diversity of fecal bacteria was investigated by constructing PCR-amplified 16S rRNA gene clone libraries using the universal bacterial primers 27 F and 1493 R. A total of 307 non-chimeric near-full-length 16S rRNA gene sequences were analyzed and 65 non-redundant bacteria phylotypes (operational taxonomical units, OTUs) were identified. Seventeen OTUs (26%) showed less than 98% sequence similarity to 16S rRNA gene sequences were reported previously. Five different bacterial phyla were identified, with the majority of OTUs being classified within the phylum Firmicutes (60%), followed by Bacteroidetes (16.9%), Proteobacteria (9.2%), Fusobacteria (9.2%) and Actinobacteria (4.6%). The majority of clones fell within the order Clostridiales (53.8% of OTUs). It was predominantly affiliated with five families: Lachnospiraceae was the most diverse bacterial family in this order, followed by Ruminococcaceae, Clostridiaceae, Peptococcaceae and Peptostreptococcaceae.     

蒙古栎根内及根围土壤中共生真菌和细菌群落组成分析

为探究中国东北地区森林根系和根围土壤中共生真菌的分布状况,分析了黑龙江省五大连池市蒙古栎Quercus mongolica纯林中根内及根围土壤中共生真菌和细菌群落的组成。结果表明,根内真菌的1 295个OTUs中有209个OTUs为共生真菌,隶属于36属,相对丰度25.46%;根围土壤真菌1 513个OTUs中有285个OTUs为共生真菌,隶属于40属,相对丰度59.91%;根内与根围土壤共同拥有共生真菌33属,根内特有3属,根围土壤特有7属。其中,外生菌根真菌为根内和根围土壤中共生真菌的主要类群,分别占共生真菌的98.82%和99.80%。定殖根内的细菌共获得5 550个OTUs,隶属于400属;根围土壤细菌获得8 406个OTUs,隶属于436属,根内细菌群落的Shannon指数和Chao1指数均低于根围土壤的。PICRUSt功能预测分析结果表明,根内的信号转导通路与信号分子和相互作用通路（包括CAM配体、ECM-受体相互作用等通路）的丰度低于根围土壤,而膜运输通路与信号分子和相互作用通路（包括细菌毒素、细胞抗原等通路）的丰度高于根围土壤。根内与根围土壤中菌根辅助细菌组成差异分析结果表明,除慢生根瘤菌属 Bradyrhizobium外,根内其余9属的相对丰度均高于根围土壤,尤其假单胞菌属 Pseudomonas的相对丰度远高于根围土壤。     

百里杜鹃保护区马缨杜鹃土壤真菌群落特征

近年来,贵州百里杜鹃保护区戛木管理区发现有部分马缨杜鹃感染根腐病,造成其大量死亡,致病机制尚不明确。为了研究马缨杜鹃根腐病发病区土壤真菌群落结构组成,探讨真菌微生物种类组成变化与根腐病发病的关联,以感病马缨杜鹃根部土壤和未感病马缨杜鹃根部土壤的土壤为对象,利用高通量测序技术进行测序,发现2份感病杜鹃根部土壤中分别有846和911个操作分类单元(operating taxonomic unit, OTUs),而未感病杜鹃根部土壤仅有439个OTUs。通过分析土壤真菌物种丰度和分类、α-多样性、β-多样性、主成分(principal component analysis, PCA)分析和聚类分析。结果表明:感病马缨杜鹃和未感病马缨杜鹃根部土壤真菌多样性和群落结构存在较大差异,未感病杜鹃根部土壤的真菌微生物种类明显少于感病杜鹃根部土壤。     

西北沙区梭梭根系深色有隔内生真菌等微生物时空分布及对根际土壤环境的响应

为揭示西北沙区不同时空尺度梭梭Haloxylon ammodendron根系深色有隔内生真菌（dark septate endophyte,DSE）分布规律及其环境驱动机制,分别于2019年7月、9月和12月在安西极旱荒漠国家级自然保护区和民勤连古城国家级自然保护区采集根系和土壤样品,根据真菌形态学特征、组织化学等方法,研究了梭梭根系DSE真菌定殖规律、定殖特征及其与土壤环境因子间的相互关系。结果表明,DSE真菌在自然生境梭梭根系广泛定殖,形成具有时空异质性的典型暗色有隔菌丝和微菌核结构。梭梭根系DSE真菌定殖受季节和空间分布影响,其中总定殖率在生长旺季7月最高（85.6%）,且菌丝隔间距显著大于9、12月;安西样地菌丝定殖率（71.5%）和总定殖率（85.6%）显著高于民勤样地（40.7%,60.0%）,但民勤样地微菌核直径显著高于安西样地。相关性分析表明,DSE定殖率及形态特征受土壤理化性质影响,温度、有效磷是影响DSE真菌定殖率的主要土壤因子,湿度和碱解氮是影响DSE真菌定殖形态的主要土壤因子。相比空白土壤,梭梭根际革兰氏阳性细菌含量、土壤脲酶活性以及安西样地有效磷含量均更高,预示其对荒漠土壤具有改善作用。本研究对梭梭DSE真菌时空分布和影响因素的系统性调查有助于为荒漠化治理和生态恢复提供依据。     

Soil fungal diversity in three nature reserves of Jiuzhaigou County,Sichuan Province,China

Jiuzhaigou County is located at the southern transition zone of Sichuan Basin and the Qinghai–Tibet Plateau and is the site of three famous nature reserves, namely, the Jiuzhaigou Nature Reserve (JZNR), Baihe Nature Reserve (BHNR) and Wujiao Nature Reserve (WJNR). The soil fungal diversity in this region has not yet been investigated. In this study, we collected 25 soil samples from these three nature reserves. Soil fungi were isolated using the soil dilution plate technique and Rose Bengal agar medium. The culturable soil fungal density based on analysis of the 25 samples ranged from 2.18 log to 4.38 log CFU g^?1 dry weight soil, with the fungal density being highest in samples from JZNR and lowest in those from BHNR. Based on morphological characters and the results of phylogenetic analysis of the internal transcribed spacer (ITS) of the rDNA operon, we identified 38 genera (two genera could not be identified) belonging to Ascomycota, Zygomycota and Basidiomycota. The dominant genera were Penicillium, Humicola, Aspergillus and Trichoderma. The species richness index S, biodiversity index H′ and evenness index E of the 25 sampling sites were in the range 10–29, 1.96–3.05 and 0.74–0.95, respectively. The highest mean values of the S, H′ and E indices were in soil samples from BHNR, where the values of these indices were 20.00, 2.66 and 0.90, respectively. These results indicate that the diversity of culturable fungi in these three nature reserves was high. Furthermore, a total 14 Trichoderma isolates were tested for their antagonism activity against mycelium growth of three pathogens: Bipolaris maydis, Curvularia lunata, Rhizoctonia solani. The results showed that six Trichoderma isolates had good antagonistic effects on the three pathogenic fungi.     

宝天曼国家级自然保护区三种林型土壤的亮孢黏菌多样性

黏菌是土壤原生生物的重要组成部分,但其群落组成与多样性格局信息目前还不全面。本研究采用18S rRNA基因高通量测序的方法,研究了宝天曼自然保护区内落叶阔叶林、针叶林和针阔混交林土壤中的亮孢黏菌多样性,并通过多元统计方法分析了其群落结构与土壤环境因子之间的关系。结果表明,30份土壤样品中共获得26个亮孢黏菌的可操作分类单元（OTUs）,隶属团毛菌目Trichiales下的7个属。4个OTUs可注释到种,分别为球圆团网菌Arcyria globosa、蛇形半网菌Hemitrichia serpula、刺丝团毛菌Trichia scabra和高山团毛菌Trichia alpina。亮孢黏菌群落α多样性在不同林型间有显著差异,其中在针叶林最高,落叶阔叶林最低。不同林型土壤的亮孢黏菌群落结构也显著不同,冗余分析显示,不同林型间黏菌群落结构差异与土壤含水量、碳氮比、有效钾和有机碳显著相关,但总体土壤环境因子对群落结构差异的解释量有限,占比10.18%。本研究丰富了土壤黏菌多样性信息和生态分布理论。     

Microbial diversity and heterogeneity in sandy subsurface soils

Microbial community diversity and heterogeneity in saturated and unsaturated subsurface soils from Abbott's Pit in Virginia (1.57, 3.25, and 4.05 m below surface) and Dover Air Force Base in Delaware (6.00 and 7.50 m below surface) were analyzed using a culture-independent small-subunit (SSU) rRNA gene (rDNA)-based cloning approach. Four to six dominant operational taxonomic units (OTUs) were identified in 33 to 100 unique SSU rDNA clones (constituting about 40 to 50% of the total number of SSU rDNA clones in the clone library) from the saturated subsurface samples, whereas no dominant OTUs were observed in the unsaturated subsurface sample. Less than 10% of the clones among samples from different depths at the same location were identical, and the proportion of overlapping OTUs was lower for the samples that were vertically far apart than for adjacent samples. In addition, no OTUs were shared between the Abbott's Pit and Dover samples. The majority of the clones (80%) had sequences that were less than 5% different from those in the current databases. Phylogenetic analysis indicated that most of the bacterial clones were affiliated with members of the Proteobacteria family (90%), gram-positive bacteria (3%), and members of the Acidobacteria family (3%). Principal component analysis revealed that samples from different geographic locations were well separated and that samples from the same location were closely grouped together. In addition, the nonsaturated subsurface samples from Abbott's Pit clustered together and were well separated from the saturated subsurface soil sample. Finally, the overall diversity of the subsurface samples was much lower than that of the corresponding surface soil samples.     

川西亚高山岷江冷杉外生菌根形态随海拔梯度的分化

外生菌根真菌是一类有助于植物生长及应对环境变化的重要共生真菌类群。深入认识外生菌根特征有助于理解植物对环境变化的响应规律。本研究在四川省卧龙自然保护区巴郎山脉设置海拔2850、3000、3194、3413和3593 m 5个样地,利用中心象限法进行土块样品(10 cm×10 cm×10 cm)采集,通过分析各海拔每土块中岷江冷杉外生菌根形态个数、形态多样性及养分获取类型等指标,研究岷江冷杉外生菌根形态特性随海拔的变异特征及土壤环境因子的作用。结果表明: 1) 菌根形态为橘黄色或橘色、单轴羽状分支或不分支、菌套表面光滑、无或少见外延物、根尖直筒型或膨大的菌根类型是卧龙自然保护区岷江冷杉外生菌根的主要形态类型。该形态类型在研究区内的侵染率最高,为12.4%;2) 随着海拔的升高,岷江冷杉外生菌根形态多样性下降,每土块内的形态个数减少;3) 单因素方差分析结果表明,不同海拔上无外延菌丝或极少外延菌丝的紧密接触类型(CE)和短距离养分获取类型(SDE)外生菌根侵染率有显著差异,CE类型外生菌根侵染率随着海拔的升高而增加;4) 土壤环境因子对岷江冷杉外生菌根形态在海拔上的变异有一定的影响,冗余分析(RDA)表明,土壤全氮含量、全磷含量、土壤温度、土壤含水率、pH值及酸性磷酸酶活性对岷江冷杉外生菌根形态在海拔上的变异有显著影响,其中土壤全氮含量和土壤温度的影响最大,分别解释了岷江冷杉形态特征变异的5.4%和4.9%。本研究揭示了岷江冷杉外生菌根形态形成在海拔上的差异,为进一步研究亚高山针叶树种菌根策略对环境变化的响应机制提供了科学依据。