基于线粒体细胞色素b基因的黑鳍鳈(Sarcocheilichthys nigripinnis)生物地理学过程分析

黑鳍鳈(Sarcocheilichthys nigripinnis)为广泛分布于东亚地区的小型淡水鱼类,是生物地理学研究的良好材料。该研究以线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列为分子标记,对中国8个水系20个采样点的黑鳍鳈共142尾个体进行遗传变异及生物地理学过程分析。遗传多样性分析结果表明,142条Cyt b基因序列共检测出56个单倍型,总体单倍型多样性较高(h=0.971),而核苷酸多样性较低(π=0.0212),平均遗传距离较小(2.2%)。分子系统发育树结果表明,黑鳍鳈种群分为7个谱系,以秦岭为界可分为南、北两大支系,北方支系分化时间较早(谱系Ⅰ)而南方支系分化程度较高(谱系Ⅱ~Ⅶ)。该研究结果进一步揭示了克氏鳈(S.czerskii)的物种形成过程,估算其祖先在较晚近时期(~1.03 Ma)由黄河水系的黑鳍鳈分化而来。谱系生物地理学分析显示,黑鳍鳈的各地理种群表现为由北向南逐渐演化的趋势,地理隔离可能是限制该物种扩散和基因交流的主要原因。分子钟分析显示,分化时间发生于0.95~3.92 Ma。种群历史动态结果则推测黑鳍鳈经历过种群扩张,且该过程可能与更新世冰期与间冰期的更迭相关。     

剑尾鱼线粒体细胞色素b基因的序列分析

目的　克隆和测定剑尾鱼 (Xiphophorushelleri)线粒体细胞色素b基因 (cytb)的全序列。方法　提取剑尾鱼肝脏的总DNA。设计合成特异引物进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后克隆到pGEM Teasyvectorsystem中的T载体上 ,筛选转化子 ,提取质粒 ,酶切鉴定。挑取重组质粒pGEM T xhcytb 11进行序列测定。结果　获得了剑尾鱼线粒体cytb基因的全序列 ,共 114 0bp。结论　用BLAST与GenBank中的线粒体DNA序列进行比较 ,显示剑尾鱼与其他鱼类的cytb基因具有较高的同源性 ;根据剑尾鱼与其他 13种鱼的cytb基因序列同源性所建立的进化树 ,与传统的分类地位基本吻合     

基于线粒体细胞色素b基因的中国大沙鼠系统地理格局

通过内蒙、新疆、甘肃的41个大沙鼠样品和1个伊朗撒拉克大沙鼠的mtDNA Cytb基因全序列的遗传分析,对我国大沙鼠(Rhombomys opimus)的分子系统地理学进行了初步探讨。结果表明,我国41个大沙鼠样品的Cytb基因包含了50个核苷酸变异位点(占全序列的4.39%),其中转换48个,颠换2个,共定义23个单倍型。在四个地理种群中,内蒙古中部半荒漠区和阿拉善荒漠区的单倍型多样性最高,甘新荒漠区的单倍型多样性最低;北疆荒漠区的核苷酸多样性最高,内蒙古中部半荒漠区的核苷酸多样性最低。分子变异分析(AMOVA)表明,种群间的遗传变异占51.68%,种群内的遗传变异占48.32%。FST统计结果表明,除内蒙古中部半荒漠区与阿拉善荒漠区地理种群之间差异显著外(P<0.05),其它地理种群间的差异均极显著(P<0.01)。基于单倍型的系统树显示,42只大沙鼠形成三支。其中,伊朗撒拉克地区大沙鼠和中国地区大沙鼠之间的亲缘关系比中国两支大沙鼠之间的亲缘关系远;分析表明,中国分布的大沙鼠两支之间分歧时间估计在0.093Ma前。嵌套支分析表明,大沙鼠历史种群曾发生过异域片段化、受阻碍基因流和持续种群扩张事件。种群扩张分析提示大沙鼠在0.0119Ma前曾经历过一次种群扩张事件,种群可能受到末次冰期波动的影响。     

犬科的线粒体细胞色素b DNA序列及其分子系统学研究

通过对犬科的赤狐、蓝狐、貉和狼４种的线粒体细胞色素ｂ约３７２ｂｐＤＮＡ片段序列分析,结合ＧｅｎＢａｎｋ中狗、西门豺和非洲野犬３种的该区段ＤＮＡ序列的比较,共发现１１３个核苷酸位点存在变异（约３０％）。ＮＪ法构建的分子系统树显示,非洲野犬最先从犬科动物中分化出来;犬属的我狼、狗和西门豺等３种为系统树上独立的一支,且其分歧的时间较赤狐、蓝狐和貉早;赤狐和蓝狐具有较近的亲缘关系。上述结果与形态的观点基本     

蜂猴线粒体细胞色素b基因变异特点及系统发育分析

测定了蜂猴属（Nycticebus)1个蜂猴（N.coucang)和2个矮蜂猴（N,pygmaseus)个体的线粒体细胞色素b(cyt-b)基因全序列,比较现有的司猴科其他种序列,分析了核苷酸序列差异和碱基替换特点,以指猴为外群重建了系统发育树,结果表明,在所研究的个体中,2个蜂猴物种碱基组成具有哺乳动物的共同特点,它们之间转换比（特别是密码子第3位）是颠换比的6倍多,大于其他种间比较;低的Ka/Ks值（＜0．1）,说明懒猴科cyt-b基因的异义突位点受到强的选择压力作用。由cyt-b基因构建的系统发育树符合懒猴科化石记录和形态学分类观点,根据化石记录和与分化时间有一定线性关系的第3位颠换和同义突变速率,估算蜂猴与倭蜂猴种间,蜂猴与蜂属间可能的分化时间分别为300和600万年。     

翘嘴鳜线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

测定了翘嘴鳜（Siniperca chuatsi）的线粒体细胞色素b基因编码区全序列1140个核苷酸序列,并且由此推导出对应的氨基酸序列,A/T所占比例为53.4％,G C约占46.6％。该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡,第2位核苷酸中T的使用率较高,G的使用率较低;而密码子第3位C/A的使用率高,而G的使用率仅为3.7％;在氨基酸序列中Leu所占比例16.36％,远高于其它氨基酸;而Cys使用比例仅为0.79％。本研究为鳜类的系统发育,资源保护和利用提供了核苷酸序列方面的资料,至于翘嘴鳜线粒体细胞色素b基本序列中密码子不同位置碱基使用比率以及氨基酸组成是翘嘴鳜特有还是鳜类共有特征,尚有待进一步研究。     

从线粒体细胞色素b基因探讨矮岩羊物种地位的有效性

用采自四川省的岩羊和矮岩羊共18个头骨或皮张标本，分析了线粒体Cyt6基因1140bp的全序列(其中一个样品只测到802bp的基因片段)。用NJ、MP、ML等系统发育分析法分别重建的系统发育树的拓扑结构完全一致，均不支持矮岩羊是单系群。结果提示：所研究的全部样品都属于同一个物种，即岩羊P．nayaur，不支持矮岩羊的物种地位。根据基于17个样品Cyt6基因全序列的系统发育树和遗传变异以及地理分布，这些岩羊样品聚为5支，根据地理区划和本文分析结果，四川的岩羊可分为摩天岭、川西、川西北、川西南和川北5个种群。基于17个样品Cyt6基因1137bp的编码区，共定义了岩羊的16种单元型，在5个种群间未发现共享的单元型。     

从线粒体细胞色素b探讨长臀鲃属三个种分类与进化的关系

本研究测定了长臀属(MystacoleucusG櫣ｎｔｈｅｒ）中的３个种 :月斑长臀(M.chilopterusFowler)、长臀[M.marginatus(CuvieretValenciennes)]和细尾长臀(M.lepturusHuang)共22个个体的线粒体细胞色素b部分基因片段 ,其序列为408bp,并选用亚科(Acheilognathinae)中华(RhodeussinensisG櫣ｎｔｈｅｒ）及亚科（Ｂａｒｂｉｎａｅ）中的云南倒刺(Spinibarbus.denticulatusyunnanensisTsu)作为外群。结果表明 :细尾长臀与月斑长臀、长臀间存在遗传分化 ,分化程度与鲤科其它鱼类相似 ;而月斑长臀和长臀却无法分开。结果提示 ,月斑长臀和长臀很可能为同一个种。此外 ,长臀属与云南倒刺的亲缘关系较近 ,表明有争议的长臀属归入亚科是合理的。     

汉寿中华鳖线粒体细胞色素b基因克隆及其遗传多样性分析

本文以汉寿中华鳖为研究材料,比较分析中华鳖线粒体细胞色素b基因(Cytb)与瑞鳖、砂鳖等的差异,为探讨其进化与遗传分子标记奠定实验基础。采用PCR技术,克隆汉寿中华鳖Cytb基因的序列,并检测其在不同组织以及不同生长发育时期的表达模式,最后通过分子进化树分析中华鳖与砂鳖的亲缘关系。通过克隆发现中华鳖细胞色素b基因的mRNA开放阅读框含有1 140 bp,其碱基组成为A+T的含量(61. 1%)高于G+C(38. 9%),编码379个氨基酸残基的序列。与山瑞鳖和砂鳖氨基酸序列比较发现,中华鳖与瑞鳖和砂鳖均存在一定差异; Cytb基因在中华鳖不同组织和各个不同发育时期中均有表达,且在精巢组织中表达量最高,在不同时期阶段呈"低-高-低"曲线表达模式;分子进化树分析发现汉寿中华鳖与砂鳖具有较强的亲缘关系,但是在Cytb中仍存在差异,所以能够很好的把它们区分开来。此外汉寿中华鳖与哺乳动物、鱼类和爬行类均存在巨大差异。结果表明,Cytb基因在探讨汉寿中华鳖的进化与遗传分子标记中具有重要意义,可作为分析中华鳖种属进化系统发育特性和群体遗传多样性的标记基因。     

从细胞色素b基因序列变异分析中国鲇形目鱼类的系统发育

采用PCR技术获得中国鲇形目鱼类11科24属27个代表种类细胞色素b基因1138bp全序列,比较分析了来自北美洲、非洲的部分鲇形目鱼类同一基因序列,并选取脂鲤目、鲤形目和鲱形目鱼类作外类群,采用Bayesian方法和最大简约法(MP)构建分子系统树。结果表明：(1)鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中,与脂鲤目、鲤形目以及鲱形目鱼类相比存在3bp的缺失;(2)鲇形目鱼类各科代表种类形成一单系群;(3)两种建树方法均支持铫科、粒鲇科和钝头鮠科形成一单系群;而胡子鲇科、刀鲇科、海鲇科、鮰科、长臀鮠科、鲢科、鲇科、棘脂鲿科、鲿科形成一大的单系群;但鳗鲇科的系统位置两种建树方法没有取得一致结果;而其中长臀鲍科与北美的鮰科形成姐妹群,胡子鲇、鮰科、鲇科、鲿科和鮡科是较明显的单系群。     

大鳍(鱼矞)基于细胞色素b基因序列的遗传变异及生物地理过程

对采集于长江水系、黑龙江水系及海南岛的36尾大鳍(鱼矞)(Acheilognathus macropterus)的细胞色素b基因序列进行了研究分析.发现有须个体和无须个体在分子系统树中处于混合分布状态,各个体相互间遗传变异远小于与外类群(A.chankaensis、A.tokinensis)间差异,统计了其主要形态度量数据,也显示各主要性状数据无显著差异,结果均支持有须个体和无须个体(曾经被鉴定为A.taenianalis)为同一物种,A.taenianalis为A.macropterus的同物异名.序列分析显示,36个个体明显聚合成5个大的分支,其中clade1分支全部由黑龙江水系类群组成,clade5分支由海南岛的1个个体组成,长江水系的所有个体分散在clade2、clade3、clade4这三个分支中,显示出一定的地理相关性.在clade2、3、4中,clade2包括了长江上游的5个个体和长江中游的2个个体,同时还包括了黑龙江的2个个体;clade3包括了中游的2个个体;clade4包括了中游的12个个体,三个分支间又存在明显的遗传变异率(均＞5%),从21个个体在三个分支中的分布情况来看,三者间这种较大的遗传变异率不能由地理隔离解释,故推测,造成同一水系的A.macropterus间出现较明显遗传分化的原因可能与其特殊的性选择生殖方式有关,该生殖方式限制了不同生殖集群间同种鱼类的基因交流.基于系统分支图,计算了各分支间的遗传距离,由结果推测大鳍(鱼矞)的生物地理过程为:海南岛水系类群同大陆类群较早产生隔离,黑龙江水系类群由长江水系类群在晚近时期向北扩散形成.     

蝮亚科蛇线粒体细胞色素b基因序列分析及其系统发育

对中国产蝮亚科（Crotaline)亚洲蝮属（Gloydius)6种蛇（其中短属蝮取自两个不同地区）[短尾蝮Gloydius brevicaudus (Stejneger).黑眉蝮Gloydius saxatilis(Emelianov),蛇岛蝮Gloydius shedaoensis(Zhao),雪山蝮Gloydius strauchii(Bedriaga),高原蝮Gloydius strauchii monticola monticlal (Werner),乌苏里蝮Gloydius ussurriensis(Emelianov)]与竹叶青属竹叶青蛇Trimeresurus stejnegeri Schmidt共7种蛇8个个体测定了789bp或744bp线粒体细胞色素b基因序列,用MEGA1．02软件分析了其碱基组成及变异情况,以游蛇科链蛇属半棱鳞链蛇Dinodon semicarinatus序列为外群,用PAUP4．0b2软件构建最简约分子系统树,结果显示,竹叶青蛇在全部受试物种中处于原始地位,分布于东北地区的蛇岛蝮,乌苏里蝮,黑眉蝮与浙江与陕西产的短尾蝮所组成的分枝与横断山区的高原蝮,雪山蝮聚集形居的分枝组成姐妹群,支持分布于中国境内的亚洲蝮属蛇种的两个起源及分化地的假说,同时探讨了蝮蛇的分类地位问题。     

毛冠鹿与3种麂属动物的线粒体细胞色素b 的系统进化分析

采用PCR直接测序法,获得毛冠鹿、小鹿、赤麂和黑麂等4种麂亚科动物线粒体细胞色素b核酸序列366bp,麂属动物之间的序列差异为3.5%-4.6%,毛冠鹿属与麂属之间的序列差异为9.29%-10.11%,麂属3种动物分歧时间约为142-184万年,毛冠鹿与麂属动物的分歧时间约为370万年。结合鹿科其余3亚科动物的同源序列,用MEGA软件的Neighbor-Joining Method(NJ法）和最大简约法构建系统进化树。结果表明,小麂、赤麂与黑麂组成一个单系群,毛冠鹿细胞色素b核苷酸序列与麂属的分化程度似已达到属间水平。     

黑脊倒刺鲃精巢结构和精子发生的研究

用光学显微镜和电子显微镜研究了黑脊倒刺鲃精巢的组织结构和精子发生过程。精巢属于小叶型,由精小叶、小叶间质、壶腹腔和输出管构成。精小叶由各期生精细胞和支持细胞构成。除初级精原细胞以外的各期生精细胞和支持细胞组成了精小囊。每一精小囊中的生精细胞发育同步。成熟的精子从精小囊中释放出来,进入小叶腔中。在精巢的腹侧,小叶腔与壶腹腔连接。在壶腹腔的外侧,有一条与壶腹腔平行的输出管。壶腹腔与输出管相通。在壶腹腔和输出管中都充满精子。精巢的后端与贮精囊相连。贮精囊中充满形状不规则的腔隙。腔隙中有精子分布。输出管从精巢延伸出来,进入贮精囊中,位于贮精囊的一侧。左右两个贮精囊通向一条共同的输精管。输精管上皮具有分泌功能。精子发生在精小叶中进行。精子发生经历了初级精原细胞、次级精原细胞、初级精母细胞、次级精母细胞和精子细胞阶段。精子细胞经过精子形成过程,形成精子。     

在线粒体DNA细胞色素b基因序列水平上对鬣羚系统发育的研究

测定了鬣羚在中国的7个地方种群的线粒体DNA细胞色素b基因的419bp的片段序列,并分析了其序列差异,构建了分子系统进化树。结果表明：鬣羚各种群间的序列差异在0－14．31％,鬣羚种群最早在大约5．7百万年有共同的母系祖先,并且在中国最早可能是从青藏高原东南缘的区域开始演化的。随后向周围地区辐射扩散,日本鬣羚的分化时间大约在3．1百万年前,并且可能是从中国大陆迁移过去的。白玉和道孚的鬣羚种群（与其它种群的碱基替换率＞11．21％）,日本鬣养分种群（与其它种群的碱基替换率＞7．63％）,洛扎的鬣羚种群（与其它种群的碱基替换率＞4．05％）的分化估计已接近或达到亚种水平。鬣羚在中国至少存在3个进化显单元：A．白玉和道孚种群;B．洛扎种群;C．隆子,陕西,皖南和德格种群,建议将它们分开管理,避免杂交,以保存遗传分歧较大的类群及其进化潜力。     

黑脊倒刺鲃生精细胞拟染色体的形成过程

电子显微镜观察了黑脊倒刺把生精细胞中拟染色体的形成过程。拟染色体在初级精原细胞中形成。在初级精原细胞的细胞核中,拟染色体前体物质先附着于核膜内侧,该处核膜崩溃并在拟染色体前体物质的内侧,新核膜形成。新核膜将拟染色体前体物质分隔出细胞核之外新核膜呈凹陷状。拟染色体前体物质集中于该凹陷中,并聚集成拟染色体。新核膜上有较大的空隙核内还有少量拟染色体前体物质通过该空隙进入核表面的凹陷中,并结合到拟染色体上黑脊倒刺鲃生精细胞拟染色体的形成方式与通常认为的核内物质通过核孔排出核外的方式不同,似可表明核内物质向外运输存在着另一种机制。拟染色体形成后不久就与线粒体结合,并离开核凹在以后的发育过程中,拟染色体又与线粒体分离。     

两种(鱼尝)科鱼类在长江和珠江流域Cytb基因序列变异性分析

采用PCR技术获得了长江和珠江流域的两种鲿科鱼类1137bp Cytb基因的片段,进行了序列测定,并用Mega软件进行了序列分析。研究发现两种鲿科鱼类的全序列从第十位碱基起有一个三联体密码子的缺失,推测为鲇形目鱼类Cytb序列所特有特征。黄颡鱼和大鳍鳠种群间的序列差异分别为0．4％和1．6％,介于一般淡水鱼类mtDNA种内序列的变异范围,而高于洄游鱼类序列变异。黄颡鱼属和鲮属Cytb基因序列间的差异为17．6％-18．0％,大大高于种间的序列差异率,也从分子水平上证实了二者属级分类单元的有效性。依据分子进化速率推测,长江和珠江两水系间大鳍鳠的分歧时间为距今27万年左右的更新世中晚期,黄颡鱼的分歧时间在距今7万年左右的更新世末期。推测造成二者有着不同分歧时间的可能原因是：大鳍鳠属暖水性鱼类,在第四纪冰川期间,由于全球性气候变冷,大鳍鳠退至长江以南,并在各水系间产生隔离,各自独立分化至今。而黄颡鱼具有很强的适应性,在第四纪数次冰川期间可能进行过广泛的交流。     

兰州鲇线粒体Cytb基因的克隆与序列分析

为克隆兰州鲇（Silurus lanzhouensis）线粒体Cytb基因全序列,根据欧洲鲇（Silurus glanis）线粒体基因全序列设计特异引物进行兰州鲇线粒体Cytb基因的PCR扩增,得到1138 bp兰州鲇线粒体Cytb基因序列。对兰州鲇和其他13种鱼的线粒体Cytb基因核苷酸和氨基酸序列之间进行同源性比较,结果显示具有较高的同源性,核苷酸同源性介于61.38%-91.12%,氨基酸同源性介于76.62%-95.52%。对兰州鲇、欧洲鲇、大口鲇（Silurus meridionalis）、鲇（Silurus asotus）、越南鲇（Silurus cochinchinensis）的Cytb基因之间进行碱基替代分析,结果显示兰州鲇Cytb基因与鲇之间替换率最低,值为8.87%,转换/颠换值为3.21;与越南鲇之间替换率最高,值为14.41%,转换/颠换值为1.83。对本文克隆的兰州鲇Cytb基因与王庆容等测定的兰州鲇线粒体Cytb序列进行序列差异分析,结果显示两者之间替换率为11.16%,存在127个变异位点,转换/颠换比为4.08,遗传距离为0.1230。由NJ法基于兰州鲇和其他13种鱼的Cytb基因序列构建的系统进化树,结果显示与传统的分类地位基本吻合。       

PHYLOGENY OF DINOFLAGELLATES BASED ON MITOCHONDRIAL CYTOCHROME B AND NUCLEAR SMALL SUBUNIT RDNA SEQUENCE COMPARISONS1

Despite their evolutionary and ecological importance, dinoflagellate phylogeny remains poorly resolved. Here we explored the utility of mitochondrial cytochrome b (cob) in inferring a dinoflagellate tree and focused on resolving the relationship between fucoxanthin‐and peridinin‐containing taxa. Trees were inferred using cob and small subunit rDNA alone or in combination as concatenated data and including members of the six major dinoflagellate orders. Many regions of the cob DNA or protein and rDNA trees were congruent with support for the monophyly of Symbiodinium spp. Freudenthal and of the Prorocentrales and the early divergence of Crypthecodinium cohnii Seligo in Grasse. However, these markers provided differing support for the monophyly of Pfiesteria spp. Steidinger et Burkholder (only supported strongly by rDNA) and of the fucoxanthin dinoflagellates with Akashiwo sp. (Hirasaka) Hansen et Moestrup (Gymnodiniales, only supported strongly by the cob data). The approximately unbiased (AU) test was used to assess these results using 13‐and 11‐taxon (excluding apicomplexans) backbone maximum likelihood trees inferred from the combined cob+rDNA data. The AU test suggested that our data were insufficient to resolve the phylogenetic position of Symbiodinium spp. and that the ancestral position of C. cohnii might have resulted from long‐branch attraction to the apicomplexan outgroup. We found significant support, however, for the association of fucoxanthin dinoflagellates with Akashiwo sp. The monophyly and relatively derived position of the Gymnodiniales in our cob DNA and protein trees and in the cob+rDNA tree is consistent with the tertiary endosymbiotic origin of the plastid in fucoxanthin dinoflagellates.     

露螽属四种昆虫Cyt b基因序列及系统进化研究(直翅目,露螽科)

研究了露螽属4种昆虫线粒体细胞色素b基因(Cyt b)的部分序列,分析了核苷酸序列组成与变异及氨基酸差异.在得到的432bp序列中,A T约占66.9%,其中102个核苷酸位点发生了变异(约23.8%),从每个氨基酸密码子来看,第3位点的A T含量较高,为79.7%.Cyt b基因编码的144个氨基酸由19种氨基酸组成,有12个发生了变异,占氨基酸总数的8.33%,其中亮氨酸(Leu)与苯丙氨酸(Phe)的含量较高,谷氨酸(Glu)、赖氨酸(Lys)与精氨酸(Arg)的含量较低,无半胱氨酸(Cys).以日本纺织娘和中华螽斯为外群构建的NJ分子系统树显示,镰尾露螽与齿尾露螽是分化较晚的类群,其次是瘦露螽,黑角露螽是分化较早的类群.