茶树实时荧光定量PCR分析中内参基因的选择

选择合适的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析（qRT-PCR）准确性的先决条件。该文以茶树（Camellia sinensis）芽、叶、幼根、嫩茎、花瓣、种子和愈伤组织为材料,应用实时荧光定量PCR技术,分析了18S rRNA、GAPDH、β-actin和α-tubulin4个常用内参基因在茶树不同器官组织中的表达情况。经GeNorm和NormFinder软件分析发现,当利用荧光定量PCR分析比较茶树不同器官组织中的基因表达差异时,可选择β-actin作为校正内参基因;而比较不同成熟度的叶片和愈伤组织时,可以选择GAPDH作为校正内参基因。     

茶树实时荧光定量PCR分析中内参基因的选择

选择合适的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析(qRT-PCR)准确性的先决条件。该文以茶树(Camellia sinensis) 芽、叶、幼根、嫩茎、花瓣、种子和愈伤组织为材料, 应用实时荧光定量PCR技术, 分析了18S rRNA、GAPDH、β-actin和α-tubulin 4个常用内参基因在茶树不同器官组织中的表达情况。经GeNorm和NormFinder软件分析发现, 当利用荧光定量PCR分析比较茶树不同器官组织中的基因表达差异时, 可选择β-actin作为校正内参基因; 而比较不同成熟度的叶片和愈伤组织时, 可以选择GAPDH作为校正内参基因。     

黄梁木实时荧光定量PCR分析中内参基因的选择

为筛选黄梁木(Neolamarckia cadamba)实时定量PCR最佳内参基因, 该研究以黄梁木的根、芽、叶、花、果、皮及形成层为材料, 利用RT-qPCR技术对ACT、CAC、CYP和EF1α等21个管家基因家族43个候选内参基因进行表达量分析, 并利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件进行内参基因稳定性分析。geNorm的分析结果显示, UPL基因的稳定性最高(M=0.443), UBQ基因的稳定性最低(M=2.859); NormFinder的分析结果显示, UPL基因的稳定性最高(E=0.223), UBQ基因的稳定性最低(M=4.759); BestKeeper分析显示, UPL基因的标准偏差(SD=0.513)最低。研究结果表明, UPL基因作为内参基因稳定性最高, UBQ基因的稳定性最低。因此可以选择UPL基因作为黄梁木不同组织中RT-qPCR定量分析的内参基因。     

实时荧光定量PCR中内参基因的选择

实时荧光定量PCR技术是分析基因表达谱的一种常用方法,在分析中选择合适的内参基因对数据进行校正是得到可信数据的关键。以Lactobacillus helveticus H9为研究对象,应用实时荧光定量PCR技术,评价了5种常用内参基因ldh、recA、rpoB、gapdh和16S rRNA的表达稳定性,通过geNorm和NormFinder程序进行数据分析,结果表明5个候选内参基因在菌株不同的发酵时间点表达相对都较为稳定,结合两种分析得到其中最为稳定的基因是ldh,适合于用作后续实时荧光定量PCR试验中的内参基因。     

实时荧光定量PCR相对定量法检测循环miRNA的内参选择

microRNA(miRNA)是一类内源性非编码微小RNA,在调控细胞增殖、分化、凋亡等方面发挥重要作用。研究发现,miRNA能够稳定存在于细胞外液,被称为循环miRNA。在多种疾病状态下循环miRNA表达谱改变,具有成为非创伤性新型生物标志物的潜能。实时荧光定量PCR(RT-qPCR)是检测miRNA表达变化的确证实验,其中内参的选择关系到相对定量结果是否真实可靠。我们简要综述国内外实验室常用的RT-qPCR内参及其特点。     

红苞凤梨实时荧光定量PCR分析中内参基因的筛选

为筛选表达稳定的内参基因,以红苞凤梨(Ananas comosus var.bracteatus)不同发育时期的全绿、全白苗为材料,对10个组成型表达基因EF1、UBQ、ACT、GADPH、Histone、TUA、TUB、18S、elf-5A、α-tubulin进行筛选,并分析PetF基因的表达模式。结果表明,10个候选内参基因在红苞凤梨全绿、全白苗不同生长阶段中的表达稳定性不同。红苞凤梨不同生长时期以Histone和α-tubulin为最适内参基因,而全绿苗和全白苗的对比分析以18S、EF1和α-tubulin为最理想的内参组合。PetF基因在红苞凤梨发育过程及绿、白苗对比分析中的表达水平变化趋势一致,因此,所选的内参基因是合适的。     

羽衣甘蓝不同组织及柱头发育实时荧光定量PCR内参基因的筛选

以羽衣甘蓝(Brassica oleracea var.acephala)S_(13-b)S_(13-b)自交不亲和系为试材,利用实时荧光定量PCR(qRTPCR)技术检测Actin、Cpi6、EF-1β、GAPDH、Tub-α3、Tub-α6、Ubc7候选内参基因在不同组织和5个不同发育时期柱头的表达情况,并运用ge Norm和Best Keeper软件统计分析候选内参基因的表达稳定性。在不同组织中,ge Norm软件统计分析的结果表明Tub-α6和EF-1β的表达较稳定;Best Keeper软件统计分析的结果表明Ubc7和Tub-α6的表达较稳定。在不同发育柱头中,ge Norm软件统计分析的结果表明Actin和Ubc7的表达较稳定;Best Keeper软件统计分析的结果表明EF-1β和Tub-α6的表达较稳定。以筛选到的内参基因Tub-α6和Actin,分别分析羽衣甘蓝柱头S-位点糖蛋白基因(SLG)在不同组织和不同发育时期柱头的表达水平,结果显示出SLG主要在柱头中表达,而且SLG在柱头发育成熟时期表达量达到最高。     

五龄飞蝗不同发育时间实时定量PCR内参基因的筛选

【目的】筛选5龄飞蝗不同发育时间的最适内参基因,为相关研究提供基础数据。【方法】本文选取β-肌动蛋白(β-actin)、延长因子(EF-1α)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)、核糖体蛋白49(RP49)、α-微管蛋白(α-Tubulin)和18S核糖体RNA(18S rRNA)基因作为候选内参基因,运用实时定量PCR(qPCR)方法研究各基因在5龄飞蝗不同发育时间的相对表达量,用geNorm与Normfmder软件分析这6个基因表达稳定性。【结果】geNorm分析结果显示6个内参基因表达稳定度M值顺序为:β-actin(0.3720)>RP49(0.3750)>α-Tubulin(0.4030)>18S rRNA(0.4270)>EF-1α(0.4970)>GAPDH(0.6040)。M值越小表示基因表达稳定度越高,同时geNorm软件以标准化因子配对差异值(Pairwise variations)0.15默认为取舍值,由于V2/3=0.098<0.15,所以最适内参基因数目为2个。运用NormFinder软件也得出相似的结果。【结论】β-actin与RP49为5龄飞蝗不同发育时间的最适内参基因。     

绿豆象实时荧光定量PCR内参基因的筛选

绿豆象Callosobruchus chinensis是一种世界性分布的害虫,对绿豆、豇豆等豆科作物的产量与品质造成严重影响。本研究旨在筛选出适合分析绿豆象不同发育阶段以及成虫不同组织中稳定表达的内参基因,根据绿豆象转录组测序以及相关参考文献报道,筛选出8个候选内参基因(β-Actin、β-Tubulin、α-Tubulin、AK、GAPDH、RPL40、Hsc70、eEF1-α),采用qRT-PCR技术分析在绿豆象不同发育阶段(幼虫、蛹、雌雄成虫)以及成虫不同组织中的(触角、头、腹、足、翅)各候选基因的表达量;利用GeNorm、NormFinder、BestKeeper和在线网站RefFinder并结合△Ct值评估8个候选内参基因的稳定性。结果显示,在绿豆象不同发育阶段以及成虫不同组织中,各候选内参基因Ct值和跨度均不同,表明各候选内参基因表达量存在差异。不同算法综合比较内参基因稳定性以及GeNorm软件最佳内参基因数目的分析显示,在绿豆象虫不同发育阶段中推荐采用β-Act、β-Tub作为内参基因,而在绿豆象成虫不同组织中推荐采用β-Tub、α-Tub作为内参基因,这有利于在绿豆象的...     

Bt毒素诱导下小菜蛾实时定量PCR 内参基因的筛选

【目的】筛选出Bt毒素诱导后的小菜蛾Plutella xylostella (L.)的实时定量PCR最适内参基因。【方法】选取核糖体18S rRNA (18S rRNA)、 肌动蛋白（ACTB）、 延伸因子（EF1）、3-磷酸甘油醛脱氢酶（GAPDH）、 核糖体蛋白L32 (RPL32)、 核糖体蛋白S13 （RPS13）、 核糖体蛋白S20 （RPS20）和β-微管蛋白(TUB)基因作为候选内参基因, 以geNorm、 Normfinder和BestKeeper软件分析这8个基因在Bt毒素诱导后的小菜蛾不同品系中肠组织中的表达稳定性。并应用筛选出来的内参基因分析小菜蛾氨肽酶2（aminopeptidase N2, APN2）基因的表达水平。【结果】geNorm软件以RPS13和EF1为最稳定内参基因, NormFinder和BestKeeper软件均以RPS13和RPL32为最稳定基因。使用3种不同内参基因分析Bt毒素诱导后的小菜蛾Bt抗性和敏感品系中ANP2表达水平时, 新的内参基因EF1和传统内参基因RPL32表现了良好的稳定性, 二者作为标准化因子, ANP2表达量结果基本一致, 而使用18S rRNA作为内参基因, 却导致部分表达量分析结果有所误差。【结论】筛选出PRS13,RPL32和EF1可以作为小菜蛾某些试验条件下的内参基因, 对小菜蛾基因表达研究奠定了一定基础, 也对其他昆虫内参基因的筛选具有参考价值。     

人尿嘧啶糖基化酶cDNA的克隆及其在食管鳞癌组织中的检测

尿嘧啶糖基化酶是碱基切除修复过程的起始酶,对于维护基因稳定具有重要意义。在不同组织及不同细胞周期中,该酶的表达水平存在差异。通过反转录PCR克隆了人尿嘧啶糖基化酶的cDNA编码序列,进一步以克隆所得的已知UNG基因拷贝数的重组质粒作为定量标准,通过实时荧光定量RT-PCR测定了食管癌病人手术切除组织中尿嘧啶糖基化酶的mRNA水平,探讨了尿嘧啶糖基化酶表达水平与食管癌之间的联系。     

在发育性变化相关基因表达特性检测中内参基因的有效性和实时定量PCR解析方法的适用性

实时定量PCR技术(quantitative real-time PCR assay, rtQ-PCR)是一种快速检测核酸水平的方法.在多数相对定量法的运用过程中,会同时引入内参基因用以校正由于采样和操作误差所带来的样本之间核酸总量的差别.一个理想的内参基因的表达水平必须维持恒定或至少不受实际试验条件和机体发育变化的影响.由于作为候选内参基因的看家基因也可能会随着试验条件改变呈现出发育性变化和/或差异表达,故在相关研究中,内参基因的选择就成为试验的关键和难点.本研究采用rtQ-PCR技术,以鸭胚胎期和出雏早期肝脏中IGF-玉mRNA表达的发育性变化检测为例,探讨涉及发育性变化的基因表达解析过程中内参基因的选择,并评估绝对和相对定量两种解析方法的适用性.我们认为涉及发育性变化的基因表达解析过程中内参基因的选择时,采用2-△Ct法对内参基因的有效性进行的组间评价,比Genorm等方法对内参基因的有效性进行的整体评价更为科学;涉及发育性变化的基因表达解析过程中,如果难以找到一个理想的内参基因时,绝对rtQ-PCR解析方法将比随意选取一种内参基因作为内标的相对rtQ-PCR解析方法更为简单和适用,结果的解析也更为直观和可靠.     

Validation of Zebrafish (Danio rerio) Reference Genes for Quantitative Real-time RT-PCR Normalization

The normalization of quantitative real time RT-PCR (qRT-PCR) is important to obtain accurate gene expression data. The most common method for qRT-PCR normalization is to use reference, or house- keeping genes. However, there is emerging evidence that even reference genes can be regulated under different conditions, qRT-PCR has only recently been used in terms of zebrafish gene expression studies and there is no validated set of reference genes. This study characterizes the expression of nine possible reference genes during zebrafish embryonic development and in a zebrafish tissue panel. All nine reference genes exhibited variable expression. The β-actin, EF1α and Rp113α genes comprise a validated reference gene panel for zebrafish developmental time course studies, and the EF1α, Rp113α and 18S rRNA genes are more suitable as a reference gene panel for zebrafish tissue analysis. Importantly, the zebrafish GAPDH gene appears unsuitable as reference gene for both types of studies.     

Validation of Reference Genes for Quantitative Real-Time PCR in Bovine PBMCs Transformed and Non-transformed by Theileria annulata

Theileria annulata is a tick-borne intracellular protozoan parasite that causes tropical theileriosis, a fatal bovine lymphoproliferative disease. The parasite predominantly invades bovine B lymphocytes and macrophages and induces host cell transformation by a mechanism that is not fully comprehended. Analysis of signaling pathways by quantitative real-time PCR (qPCR) could be a highly efficient means to understand this transformation mechanism. However, accurate analysis of qPCR data relies on selection of appropriate reference genes for normalization, yet few papers on T. annulata contain evidence of reference gene validation. We therefore used the geNorm and NormFinder programs to evaluate the stability of 5 candidate reference genes; 18S rRNA, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), ACTB (β-actin), PRKG1 (protein kinase cGMP-dependent, type I) and TATA box binding protein (TBP). The results showed that 18S rRNA was the reference gene most stably expressed in bovine PBMCs transformed and non-transformed with T. annulata, followed by GAPDH and TBP. While 18S rRNA and GAPDH were the best combination, these 2 genes were chosen as references to study signaling pathways involved in the transformation mechanism of T. annulata.     

Simple Method of Zygosity Identification in Transgenic Mice by Real-time Quantitative PCR

To determine zygosity in transgenic (Tg) mice, a new technology, real-time quantitative PCR, has recently been introduced in transgenic research to overcome several drawbacks (time-consuming, specialized techniques and/or ambiguity in the results) of previously established methods, for example, Southern blot hybridization, dot blot hybridization, fluorescence in situ hybridization (FISH), etc. However, the previous real-time quantitative PCR method still possesses several drawbacks, for example, it needs two sets of primers/probes and the complicated setting up of appropriate conditions, both of which are expensive and remain time-consuming. We therefore developed an improved real-time quantitative PCR system for determination of zygosity, which is easy, rapid and less expensive, because the technique needs only two experimental processes: estimation of DNA concentration and CYBR Green PCR. We found that homozygous, hemizygous and non-Tg animals could easily be distinguished among F1 littermates in crosses of hemizygous EGFP- and DsRed2-Tg mice. Our improved method will be applicable to any Tg mouse strains, when a primer set is matched to the corresponding transgene.     

2种微小RNA实时定量PCR检测方法的比较

目的:对目前最常用的检测微小RNA(miRNA)的茎环实时定量PCR法和PAP实时定量PCR法进行比较。方法:分别用茎环实时定量PCR法和PAP实时定量PCR法检测人乳腺癌细胞MCF-7中U6和23种miRNA的表达,利用定量PCR分析软件和琼脂糖凝胶电泳方法,将2种方法在引物设计难度、特异性与灵敏度,以及检测通量方面进行比较。结果:茎环法的特异性和灵敏度比PAP法高,但引物设计难度大,检测通量低;PAP法引物设计难度较低,检测通量较高,但特异性和灵敏度较差。结论:茎环法实时定量PCR适于有针对性地检测小规模miRNA,而PAP法则适于大规模miRNA筛选实验。