丙型肝炎病毒（HCV）广东株包膜蛋白区cDNA的序列测定

采用微粒吸附法从广东省一慢性丙型肝炎病人血清中提取现型肝炎病毒（ＨＣＶ）ＲＮＡ,经随机引物逆转录为ｃＤＮＡ,再经聚合酶链反应（ＰＣＲ）,获得包膜蛋白区（Ｅ１,Ｅ２／ＮＳ１）两个部分重叠的产物片段,分别为４８９ｂｐ和８０６ｂｐ。其中,４８９ｂｐ片段主要位于Ｅ１区,小部分位于Ｃ区;８０６ｂｐ片段位于Ｅ２／ＮＳ１区。将４８９ｂｐ片段插入ｐＵＣ１９载体,再亚克隆进ｐＵＣ１８质粒载体。８０６ｂｐ片段则插入到     

HCV5＇端非编码区cDNA的体外转录

采用逆转录聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）从广东省一例慢性丙型肝炎病人血清中获得丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）５＇端非编码区（５＇ＮＣＲ）３０２ｂｐ的ｃＤＮＡ片段,经补齐和提纯后插入ｐＵＣ１９质粒,获得的重组体ｐＵＮ进行序列测定。将ｐＵＮ的目的基因亚克隆进体外转录载体ｐＳＰＯＲＴＩ多克隆位点的ＥｏｏＲＩ和ＰｓｔＩ切点之间,所得重组体ｐＳＮ线性化后由Ｔ＿７ＲＮＡ多聚酶及ＳＰ６ＲＮＡ多聚酶引导体外转录反应,产物经凝胶电泳及特异引物ＲＴ－ＰＣＲ,证实ＳＰ６引导的是正义ＲＮＡ,Ｔ７合成的是反义ＲＮＡ,其大小分别力４２９ｂｐ和３６２ｂｐ。并证实所得ＲＮＡ力ＨＣＶ５＇ＮＣＲｃＤＮＡ转录而来。获得的ＨＣＶ５＇ＮＣＲｃＤＮＡ和ＲＮＡ在常规逆转录和ＰＣＲ步骤中用于设立有效的模板对照,对消除假用性及评估试剂有重要意义。同时,ＨＣＶ５＇ＮＣＲ体外转录载体的构建可用于制各ＲＮＡ探针和反义ＲＮＡ,改进后还可作为定量ＰＣＲ的竞争性模板。     

HCV5′端非编码区cDNA的体外转录

采用逆转录聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）从广东省一例慢性丙型肝炎病人血清中获得丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）５′端非编码区（５′ＮＣＲ）３０２ｂｐ的ｃＤＮＡ片段,经补齐和提纯后插入ｐＵＣ１９质粒,获得的重组体ｐＵＮ进行序列测定,将ｐＵＮ的目的基因亚克隆进体外转录载体ｐＳＰＯＲＴＩ多克隆位点的ＥｃｏＲｆｆＩ和ＰｓｔＩ切点之间,所得重组体ｐＳＮ线性化后由Ｔ７ＲＮＡ多聚酶及ＳＰ６ＲＮＡ多聚酶引导体外转录反应,产物     

肝癌病人血清中丙型肝炎病毒E2／NS1基因区cDNA的克隆及序列分析

从一个抗丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）阳性的肝细胞癌（ＨＣＣ）病人血清中提取ＲＮＡ,随机引物逆转录为ｃＤＮＡ后,用ＨＣＶ特异引物进行聚合酶链反应。将扩增产的７８０ｂｐ插入ｐＵＣ１８和ｐＵＣ１９质粒载体,双脱氧链末端终止法测定其序列。与慢性丙型肝炎病人或携带者血清中的ＨＣＶ序列比较,核苷酸同源性介乎６９．２３％－８９．１０％,氨基酸同源性介乎７４．５９％－９０．５７％,分析表明,此序列属于１组Ⅱ型。本文结果     

棉铃虫核型多角体病毒p35基因的PCR扩增和克隆及其在原核细胞中的表达

用苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒（ Ａｃ Ｎ Ｐ Ｖ） 凋亡抑制基因ｐ３５ 的合成引物,从棉铃虫核型多角体病毒（ Ｈａ Ｎ Ｐ Ｖ） 基因组中用 Ｐ Ｃ Ｒ 扩增到了１ｋｂ 片段。采用 Ｐ Ｃ Ｒ－ 双脱氧核苷酸链终止银染法,测定了所扩增到的１ ０１０ｂｐ 全序列,发现其开放阅读框完整,长８９７ｂｐ ,编码２９９ 个氨基酸。用 Ｄ Ｎ Ａ Ｓ Ｉ Ｓ 和 Ｐ Ｒ Ｏ Ｓ Ｉ Ｓ 软件分析发现,此片段与 Ａｃ Ｍ Ｎ Ｐ Ｖ ｐ３５ 基因同源区核苷酸同源性为９１ ％ ,氨基酸同源性也达８１ ％ ,证明了所扩增的片段是 Ｈａ Ｎ Ｐ Ｖ 的ｐ３５ 基因。为了研究此ｐ３５ 基因的功能及其效应机制,克隆了这一基因并在大肠杆菌细胞中实现了表达。     

抗原捕获聚合酶链式反应（AC—PCR）直接分型检测单纯疱疹病毒

用抗单纯疱疹病毒（ＨＳＶ）型共同性ｇＣ和ｇＤ单克隆抗体（ＭｃＡｂ）,包被Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ管,捕捉ＨＳＶ,同时加入３个引物：一个是ＨＳＶ－１／ＨＳＶ－型共同性上游引物,另两个分别是ＨＳＶ－１和ＨＳＶ－２型特异性下游引物。借此建立了能直接分型检测ＨＳＶ的抗原捕获聚合酶链式反应（ＡＣ－ＰＣＲ）。ＨＳＶ－１的扩增产物为４７７ｂｐ,ＨＳＶ－２的为３９９ｂｐ,两型病毒经ＡＣ－ＰＣＲ扩增后产生分子量不同的ＤＮ     

抗原捕获聚合酶链式反应（AC－PCR）直接分型检测单纯疱疹病毒

用抗单纯疱疹病毒（ＨＳＶ）型共同性ｇＣ和ｇＤ羊克隆抗体（ＭｃＡｂ）,包被即Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ管,捕捉ＨＳＶ,同时加入３个引物：一个是ＨＳＶ─１／ＨＳＶ─２型共同性上游引物,另两个分别是ＨＳＶ─１和ＨＳＶ─２型特异性下游引物。借此建立了能直接分型检测ＨＳＶ的抗原捕获聚合酶链式反应（ＡＣ─ＰＣＲ）。ＨＳＶ─１的扩增产物为４７７ｂｐ,ＨＳＶ─２的为３９９ｂｐ两型病毒经ＡＣ─ＰＣＲ扩增后产生分子量不同的ＤＮＡ片段,致使ＡＣ─ＰＣＲ能直接分型检测ＨＳＶ。ＨＳＶ─１和ＨＳＶ─２扩增产物的克隆和序列分析表明,本方法特异性好。用本法检测Ｂａｌｂ／ｃ幼鼠中枢神经系统ＨＳＶ感染的脑标本,进一步证实本方法不仅敏感、特异,而且分型准确。     

用PCR技术克隆细小病毒H－1部分非结构蛋白基因

应用ＰＣＲ技术定向克隆了细小病毒Ｈ－１的非结构蛋白（ＮＳ）部分基因片段。自行设计并合成了ＰＣＲ引物△Ｐ３和△Ｐ４,在两个引物中分别引入两个突变碱基,使扩增后的ＤＮＡ片段的两端含有限制性核酸内切酶ＨｉｎｄⅢ或ＢａｍＨＩ的酶切位点,经双酿切法把该ＤＮＡ片段重组到ｐＵＣ１１８质粒中。对插入片段的ＤＮＡ序列测定和分析结果证实该片段为Ｈ－１ＮＳ－１基因序列。以此重组质粒为探针,采用分子杂交的方法,分别测定了Ｈ－１及ＭＶＭＤＮＡ在细胞内的复制水平。这一基因的克隆为制备Ｈ－１的质量监测、Ｈ－１及ＭＶＭＮＳ－１蛋白抑瘤作用机理及其在肿瘤细胞及正常组织中的转录表达等研究奠定了基础。     

同型HCV不同分离株NS5基因片段的比较分析

对同一地区两例输血后丙型肝炎进行ＰＣＲ分型,结果为Ⅱ型。分别将其ＮＳ５区基因部分片段克隆到ｐＵＣ１８和Ｍ１３ｍｐ１８中,序列分析结果表明在ＮＳ５区基因相同区段,二者的核苷酸同源性为８９．０４％,氨基酸同源性为９０．７５％。而且在分离株Ｖ中第７０￣７２位发现阅读框内终止密码子ＴＧＡ。与Ⅱ型代表株ＨＣＶ ＢＫ序列相比,相同区段的核苷酸和氨基酸同源性分别为：９１．５％,９１．９２％和９１．９１％,９１．     

同型HCV不同分离株NS5区基因片段的比较分析

对同一地区两例输血后丙型肝炎进行ＰＣＲ分型,结果为Ⅱ型。分别将其ＮＳ５区基因部分片段克隆到ｐＵＣ１８和Ｍ１３ｍｐ１８中,序列分析结果表明在ＮＳ５区基因相同区段,二者的核苷酸同源性为８９．０４％,氨基酸同源性为９０．７５％。而且在分离株Ｖ中第７０～７２位发现阅读框内终止密码子ＴＧＡ。与Ⅱ型代表株ＨＣＶＢＫ序列相比,相同区段的核苷酸和氨基酸同源性分别为：９１．５％,９１．９２％和９１．９１％,９１．９１％。对比分析表明,在同一地区基因型相同的不同分离株间ＮＳ５区基因仍存在较大变异,分离株Ｖ可能为缺陷性病毒     

登革病毒NS3全基因的扩增与克隆

登革热(ＤＦ)、登革出血热及登革休克综合征(ＤＨＦ/ＤＳＳ)是由登革病毒所致的两种不同临床类型的急性传染病,广泛流行于全球热带及亚热带地区。ＤＨＦ/ＤＳＳ以高热、出血、休克、高病死率为主要特征,近年来其发病率有迅速增加的趋势,已成为严重影响人类健康的公共卫生问题。迄今,ＤＨＦ/ＤＳＳ的发病机制仍不清楚,亦无有效的特异性预防方法[1]。登革病毒属于黄病毒科的黄病毒属,有Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ四个血清型,基因组为单股正链ＲＮＡ,全长约11ｋｂ,编码三种结构蛋白和七种非结构蛋白。基因组顺序为5′ＣＰｒＭＥＮＳ1ＮＳ2ａＮＳ2ｂＮＳ3Ｎ…     

丙型肝炎病毒基因组C区、NS3区、NS4区基因的融合、表达及初步应用

通过PCR技术从HCV全长基因组中扩增并克隆到Core区、NS4区的部分优势表面抗原肽的基因和C33a基因。再将它们以Core\,CC3c\,NS4的顺序和C33c、NS4的顺序分别拼接融合成融合抗原CCN、CN。片段之间以Gly-Gly-Gly-Gly柔性连接肽连接。经核苷酸序列分析表明,拼接点序列正确。将融合抗原CN、CCN基因分别克隆至T7启动子控制下的表达质粒PET24(a)+,PET22(b)+中,转化至大肠杆菌BL21(DE3)后,经IPTG诱导可高表达分子量约为43kD、58kD的融合抗原,表达产物以包涵体形式存在。表达产物经Ni²⁺IDA亲和柱纯化后,并对融合抗原CN、CCN的抗原性做了初步的鉴定。     

文山松毛虫质型多角体病毒（DpwCPV）NS5蛋白基因的cDNA克隆及序列分析

通过对文山松毛虫质型多角体病毒(Dendrolimus punctatus Wenshanensis cytoplasmic polyhedrosis virus, DpwCPV)的增殖、纯化,获得一株单一类型的质型多角体病毒。提纯的病毒粒子经SDS热酚法抽提得到基因组dSRNA,使用低熔点琼脂糖凝胶电泳分离并回收纯化第九片段S9。S9 RNA双链经高温变性,逆转录合成cDNA双链。根据DpwCPV与BmCPV1的同源性设计引物,将S9进行PCR扩增后,克隆到PMD18T载体上。最终获得一个977bp的序列,其中包含一个963bp的开放阅读框(ORF)。推测DpwCPV S9基因编码一个320个氨基酸的蛋白,分子量约为35560。     

牛免疫缺陷病毒（BIV）92044毒株的分离及鉴定

从一头标号为９２０４４４的进口奶牛分离外周血淋巴细胞,将此淋巴细胞与正常胎牛肺细胞进行共培养。一个月后共培养物出现合胸体。此外电镜观察可见病毒的出芽过程。免疫染色显示,此培养物可与牛免疫缺陷病毒外膜蛋白的单克隆抗体特异性结合。     

垃圾填埋场中厌氧真菌18SrDNA的PCR扩增及鉴定

采用机械破壁法直接从来自7个不同地区的垃圾填埋场滤液样本中提取真菌DNA,应用真菌通用引物NS1和NS8扩增18SrDNA（约1800bp),多聚酶链式反应（PCR）产物的琼脂糖凝胶电泳结果表明所有的样本均得到了扩增;以PCR产物作为模板,采用厌氧真菌Chytridiomycetes科的专用引物Chyt-719和Chyt-1553进行二次PCR扩增（约857bp),该阳性扩增产物克隆和测序结果首次表明在食草动物瘤胃中存在的厌氧真菌Chytridiomycetes也存在于垃圾填埋场中,且为Neocallimastix属。     

Ⅲ型中国株HCVE2/NS1基因与已知分离株的同源性比较

利用逆转录套式ＰＣＲ扩增Ⅲ型中国株ＨＣＶＥ２／ＮＳ１基因片段,将其克隆到ｐｃＤＮＡ３载体上．采用双脱氧链终止法测定插入片段的核苷酸序列．并与已知分离株的相应区域进行同源性比较．首次克隆出Ⅲ型中国株ＨＣＶＥ２／ＮＳ１基因（ＨＣ－Ｗ１４）,其核苷酸序列与Ⅲ型日本株ＨＣＶ（ＨＣ－Ｊ６）该区域同源性为８８．３７％,其推定的氨基酸同源性为８９．２９％．而与已知的非Ⅲ型株ＨＣＶ该区域相比,核苷酸及氨基酸的同源性均相对较低．Ⅲ型中国株ＨＣＶ与Ⅱ型中国株ＨＣＶ在Ｅ２／ＮＳ１区域有较大的变异,揭示研制我国的ＨＣＶ疫苗应该考虑这种基因型之间的变异性．     

HCV非结构蛋白(NS2/NS3)基因表达载体的构建及其一级结构分析

应用逆转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）技术,从ＨＣＶ感染者血清中扩增编码ＨＣＶ病毒蛋白酶的ＮＳ２－ＮＳ３ｃＤＮＡ片段,在其５′和３′端分别引入ＥｃｏＲⅠ和ＸｂａⅠ限制性内切酶位点,定向克隆至真核表达载体ｐｃＤＮＡ３,构建重组载体ｐｃＤＮＡ－ＮＳ２３,重组表达载体经限制性内切酶消化鉴定．用ＳＰ６和Ｔ７通用引物对目的基因片断进行序列分析．序列同源性分析结果表明,与ＨＣＶ－Ｊ、ＨＣ－Ｃ２有高度的同源性,与ＨＣＶ－１、ＨＣＶ－Ｊ６、ＨＣＶ－Ｊ８同源性差,提示所克隆的基因属ＨＣＶⅡ型．该区内重要的功能位点如Ｚｎ２＋依赖性金属蛋白酶催化中心、丝氨酸蛋白酶催化中心等均高度保守     

丙型肝炎病毒CS,NS3 NS4区抗原融合基因的构建及其在大肠杆菌中的表达

丙型肝炎病毒是与输血有关的非甲非乙肝病毒[1] ;是全世界输血后获得性肝炎的重要病因之一 ,并与急慢性肝炎、肝硬化和肝癌有关。由于主要通过输血的传播 ,会给人民的身体健康尤其输血事业带来极大危害。采用基因工程技术 ,表达含有多段抗原的融合蛋白作为ＨＣＶ检测试剂的抗原 ,可以简化多种抗原的表达及纯化过程 ,并提高了试剂的均一性[2 ] 。研究表明 ,在ＨＣＶ的抗原基因中 ,核心蛋白Ｃｏｒｅ、ＮＳ3区的Ｃ33ｃ抗原、ＮＳ4区基因编码的抗原免疫原性最强 ,相应抗体出现早 ,分布广 ,亲和力强。因此 ,我们构建了含有中国人ＨＣＶ序列的Ｃｏ…     

A Sensitive Serodiagnosis of Hepatitis C Virus (HCV) Infection with Two Non-Fused Peptides: Comparison of Antibody Responses Detected with a Newly Developed Assay and a Commercial Second-Generation Test

An enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) was developed for the detection of anti-HCV antibody. We assayed for antibodies against either oligopeptide (S29-1) deduced from the nucleocapsid gene or the product of nonstructural region (NS3) synthesized in a recombinant Escherichia coli (S4). To reduce false-positive results induced by non-specific binding of antibodies with a carrier protein and to increase the sensitivity of an immunoassay, non-fused S4 peptide was prepared by the recombinant DNA technique and site-specific proteolysis (by factor Xa). In 71 non-A, non-B hepatitis patients with chronic liver disease, 70 (98.5%) were positive by S29-1/S4 ELISA as well as by a second-generation test (Abbott II). On the other hand, of 40 serum samples from blood donors, in which anti-N14 (core) and C100-3 antibodies were not detected but hepatitis C virus (HCV) RNA was detectable by polymerase chain reaction (PCR), 24 (60%) were positive by S29-1/S4 ELISA, whereas only 18 (45%) were diagnosed by Abbott II. In addition, based on results in a small group of 92 blood donors, detection of anti-S29-1/S4 antibody correlated well with HCV viremia as confirmed by PCR. These results indicated that the preparation of non-fused protein (S4) by recombinant DNA technique and a combination of S29-1 and S4 as immobilized antigens in an ELISA provide a sensitive and specific diagnosis for HCV infection with good correlation with the presence of viral RNA as confirmed by PCR.     

Cloning of the nitrile hydratase gene from Nocardia sp. in Escherichia coli and Pichia pastoris and its functional expression using site-directed mutagenesis

To obtain a recombinant Rhodococcus or Nocardia with not only higher enzymatic activity but also better operational stability and product-tolerance ability for bioconversion of acrylamide from acrylonitrile, an active and stable expression system of nitrile hydratase (NHase) was tried to construct as the technical platform of genetic manipulations. Two NHase genes, NHBA and NHBAX, from Nocardia YS-2002 were successfully cloned, based on bioinformatics design of PCR primers, and inserted into plasmid pUC18 and pET32a, respectively. Then, two recombinant Escherichia coli strains, JM105 (pUC18-NHBA) and BL21 (DE3) (pET32a-NHBAX) were constructed and their expressions of NHase were focused. The induction results showed that there was either no NHase activity in JM105 (pUC18-NHBA), or as low as 0.04 U (1 U=1 μmol acrylamide min⁻¹ mg⁻¹ dry cell) in BL21 (DE3) (pET32a-NHBAX). SDS-PAGE results showed that the -subunit of NHBA and NHBAX could not be efficiently expressed in both recombinant E. coli strains. The novel Pichia pastoris system was also applied to express NHase, but the expression level remained quite low (0.5–0.6 U) and the protein was unstable. For solving this problem, a possible genetic strategy, site-directed mutagenesis of the -subunit of the NHase was carried out. After the successful mutagenesis of the original rare start codon gtg into atg, a new recombinant strain, E. coli XL1-Blue (pUC18-NHBA^M), was screened and the NHase activity stably reached as high as 51 U under the same induction conditions.