尿蛋白质组学在疾病标志物研究中的应用

尿液是重要的疾病标志物来源. 本文介绍了当前尿蛋白质组学的研究进展和尿液中疾病标志物研究的主要问题, 并对未来的发展进行了展望. 由于实际的临床问题通常是对症状相似的多种疾病进行鉴别诊断, 仅仅比较某一种疾病组和健康人对照组的尿蛋白质组差异不足以找到具有诊断能力的标志物. 另外, 尿蛋白质组在个体间和同一个体的不同生理条件下的变化也为疾病标志物的寻找带来了困难. 本文提出, 进行正常人群个体间和不同生理条件下尿蛋白质变化范围的研究可以为鉴定疾病标志物提供参考标准, 从而帮助研究者发现由疾病、而不是生理学差异引起的蛋白的变化. 比较蛋白在血浆和尿液中丰度的变化可以揭示肾脏的生理学功能和发现疾病标志物. 最后提出, 建立一个数据共享平台, 收集和整合已有的疾病标志物研发成果, 将大大推动尿蛋白质组研究的发展.     

蛋白质组技术及其在胰腺疾病研究中的应用

蛋白质组技术由于具有大通量研究蛋白质组成和蛋白质差异的作用,已有研究将其应用于胰腺疾病的相关研究中,并为胰腺癌、急慢性胰腺炎、胰腺纤维瘤等研究提供了新的思路.介绍了蛋白质组样品提取技术、蛋白质组分离技术、蛋白质组分析技术、生物信息学及其在胰腺疾病的差异表达蛋白、诊断标记物、相关疾病鉴别标记物、发病机制、治疗敏感性研究中的应用.     

蛋白质组学在肝病研究中的应用

蛋白质组学已被广泛应用于疾病相关研究. 综述了最近几年来蛋白质组学在肝脏疾病研究中特别是肝脏肿瘤、肝硬化、毒/药物肝损伤等方面的进展, 其研究结果将对生物标记物和药靶的寻找, 以及致病机理的阐述具有重要意义.     

蛋白质组学在信号转导研究中的应用

新近发展起来的蛋白质组学高通量技术引入到信号转导通路研究中,产生了一个新的研究领域：信号转导蛋白质组学。其作为功能蛋白质组学的一个重要组成部分,以研究信号转导通路以及其中的信号分子改变的蛋白质组学。克服了传统地针对单条信号转导通路以及其中的单个信号分子研究策略的局限性,能够在一次实验中系统地研究多条信号转导通路中的蛋白质一蛋白质间的相互作用、蛋白质磷酸化等翻译后修饰和下游靶蛋白的改变,有助于全面阐述信号转导通路,已成为一个新的研究热点。     

蛋白质组学在妊娠期高血压疾病中的研究进展

蛋白质组学的兴起能快速筛选并鉴定疾病的特异性生物标志物,有助于研究妊娠期高血压疾病的病因、发生机制,通过特异性生物标志物进行早期诊断,从而改善母儿结局,降低母儿严重发病率和死亡率。本文综述近年来与妊娠期高血压疾病相关的蛋白质研究及其在妊娠期高血压疾病患者血液、脑脊液、尿液、羊水、滋养细胞中差异蛋白质谱的分析,为进一步研究提供思路。     

蛋白质组学在神经科学中的应用

蛋白质组学是指对基因组编码的所有蛋白质进行大规模分析的一门学科,它分为表达蛋白质组学和功能蛋白质组学。新的蛋白质组学工具将为高度复杂的神经科学的研究提供便利。作者简述了表达蛋白质组学和功能蛋白质组学在这一领域的应用。     

临床蛋白质组学———蛋白质组学在临床研究中的应用

临床蛋白质组学是将蛋白质组学技术应用于临床医学研究,它主要围绕疾病的预防、早期诊断和治疗等方面开展研究,其中,恶性肿瘤是临床蛋白质组学研究的一个重点研究对象.由于肿瘤生物标志物对早期诊断具有重要价值,所以临床蛋白质组学的主要目标之一是寻找合适的肿瘤生物标志物,多分子生物标志物已成为寻找肿瘤生物标志物的一个研究趋势.简要介绍了临床蛋白质组学的基本概念,实验设计,临床样本收集与预处理以及蛋白质组学技术在临床研究中的应用与进展.     

数据挖掘在蛋白质组学研究中的应用

介绍蛋白质组学研究的背景;阐述数据挖掘的原理、方法,重点讲述数据挖掘技术在蛋白质组学研究中取得的新的进展。最后,对数据挖掘目前存在的问题作分析,并对它的发展的前景作展望。     

蛋白质组学在肥胖症研究中的应用

在世界范围内,肥胖及其相关代谢性疾病的发生率逐年增加,尤其是儿童肥胖症的普遍存在引起了广泛关注。过度肥胖是2型糖尿病、心血管疾病和一些肿瘤的重要危险因素。有关肥胖症的研究过去主要集中在脂肪组织功能改变,脂肪细胞分化,棕色脂肪转化,线粒体功能失调,以及肠道营养物质吸收这些方面的分子生物学研究。肥胖作为一种复杂的代谢紊乱性疾病,基因层面的探索并不能全面体现肥胖的机体内各种参与能量代谢的蛋白质功能的变化。高通量蛋白质组学的应用为研究肥胖的机体蛋白质表达和功能变化提供了可能,并为进一步理解肥胖症的发病机理,寻找疾病相关干预靶点提供了重要的帮助。本综述,总结了近年来关于蛋白质组学在肥胖症病理生理变化中的相关研究,并讨论参与肥胖症发生的可能机制和干预作用靶点。     

蛋白质组学在干细胞研究中的应用

蛋白质组学技术通过整合多项技术来分析生物体的全部蛋白质成分,通过考察不同状态下细胞或组织蛋白质组的变化情况来了解细胞活动的分子机理。干细胞分化过程中受外界条件的影响其蛋白表达模式也表现出一定的差异,对干细胞分化过程中进行蛋白质组学研究将有利于从蛋白质分子水平上阐明干细胞的分化机理。本文对蛋白质组学及其在干细胞研究中的应用加以评述。     

非酒精性脂肪性肝病蛋白质组学研究进展

非酒精性脂肪性肝病(nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD)是一种常见慢性肝脏疾病,其发病率呈逐年上升趋势,但发病机制尚未明确,诊疗手段仍不完善.蛋白质组学(proteomics)的出现使NAFLD研究有了进一步的发展,相关研究已达21个.目前,蛋白质组学技术可以研究疾病相关的分子改变,从而寻找新的生物标志物和治疗靶标.在此,对蛋白质组学在NAFLD诊断及分期、发病机制和其他相关领域研究进展作一个较为全面的综述.首先,对研究中遇到的研究对象、样本种类、实验方法和标志物特征选择进行经验性总结.其次,除了介绍如何运用蛋白质组学研究病因、危险因素和重要分子在NAFLD发病机制中的作用,还介绍NAFLD发病机制的亚细胞蛋白质组学、修饰蛋白质组学以及蛋白质组学与转录组学相结合的研究实例.此外,对差异蛋白质的分析策略和价值作了重点阐述,收集到一些有望成为NAFLD治疗靶标的候选分子.最后,结合新技术展望研究新空间,以期能够有助于推动蛋白质组学在寻找新的疾病标志物、探索疾病分子机制和治疗靶标中开辟新的途径.     

Application of Extracellular Vesicles Proteomics to Cardiovascular Disease: Guidelines,Data Analysis,and Future Perspectives

Extracellular vesicles (EVs) are a heterogeneous population of vesicles composed of a lipid bilayer that carry a large repertoire of molecules including proteins, lipids, and nucleic acids. In this review, some guidelines for plasma‐derived EVs isolation, characterization, and proteomic analysis, and the application of the above to cardiovascular disease (CVD) studies are provided. For EVs analysis, blood samples should be collected using a 21‐gauge needle, preferably in citrate tubes, and plasma stored for up to 1 year at ?80°, using a single freeze–thaw cycle. For proteomic applications, differential centrifugation (including ultracentrifugation steps) is a good option for EVs isolation. EVs characterization is done by transmission electron microscopy, particle enumeration techniques (nanoparticle‐tracking analysis, dynamic light scattering), and flow cytometry. Regarding the proteomics strategy, a label‐free and gel‐free quantitative method is a good choice due to its accuracy and because it minimizes the amount of sample required for clinical applications. Besides the above, main EVs proteomic findings in cardiovascular‐related diseases are presented and analyzed in this review, paying especial attention to overlapping results between studies. The latter might offer new insights into the clinical relevance and potential of novel EVs biomarkers identified to date in the context of CVD.     

蛋白质组学技术在网络药理学中的应用

蛋白质组学发展至今已日趋成熟,在生物医药相关领域研究中的应用显著增加,与之相关的样品制备技术、蛋白定量方法及先进的质谱仪器也得到了快速发展。网络药理学是近年来提出的新药发现新策略,是药理学的新兴分支学科,它从整体的角度探索药物与疾病的关联性,发现药物靶标,指导新药研发。将蛋白质组学技术应用于网络药理学研究,能使研究人员系统地预测和解释药物的作用,加速药物靶点的确认,从而设计多靶点药物或药物组合。综述了蛋白质组学技术的新近研究进展,并简单概述了其在网络药理学中的应用。     

果蝇蛋白质组学研究进展

蛋白质组学旨在阐明基因组所表达的真正执行生命活动的全部蛋白质的表达规律和生物功能。随着人类基因组学计划的逐渐成熟,分子水平的实验技术不断发展,蛋白质组学的研究被提高到了前所未有的高度。果蝇是生命科学领域最为常用的一种模式生物,长期的系统研究也使果蝇的基因组成为至今注释最好的基因组之一,为功能基因组研究奠定了基础。但由于技术的限制,迄今有关果蝇蛋白质组学研究的报道尚不多见。近年来果蝇蛋白质组学的研究主要包括表达谱、修饰谱、比较蛋白质组学和疾病模型蛋白质组等四个方向,为进一步开展人类疾病临床蛋白质组学研究奠定了基础。     

应用蛋白质组学的方法筛选胰腺干细胞标记物

探索利用蛋白质组学的方法筛选胰腺干细胞的标记物.通过大鼠胰腺大部分切除(Px)的方法建立胰腺增生模型,采用双向电泳(2DE)分离比较Px术后第3天大鼠增生胰腺组织与假手术(Sx)非增生胰腺组织蛋白质的表达谱差异,用基质辅助激光解吸离子化飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)和肽质量指纹图谱(PMF)的方法对差异蛋白进行鉴定,进一步经生物信息学检索,筛选与胚胎发育和细胞分化相关的蛋白质分子.蛋白质印迹分析蛋白质HSP47、Vimentin在Px大鼠胰腺组织中的表达,以验证2DE的结果.2DE显示Sx和Px大鼠胰腺组织平均蛋白质点数分别为(1369±31)和(1315±28)个,其中共有91个蛋白质点出现1.5倍以上的表达差异.所有差异蛋白质点PMF鉴定出53种蛋白质,其中Vimentin,cytokeratin8(CK8),lymphocytecytosolicprotein1(L-plastin),heterogeneousnuclearribonucleoproteinA2/B1(hnRNPA2/B1)和L-arginine:glycineamidinotransferase(AGAT)与胚胎发育和细胞分化有关,这些蛋白质可能是胰腺干细胞潜在的候选标记物.总之,蛋白质组学的方法利用其高通量的特点能有效发现潜在的胰腺干细胞生物学标记物.     

蛋白质组学技术在精子蛋白研究中的应用

从蛋白质组学研究的技术手段、蛋白质组学在人类不育及精卵相互识别并结合的机理研究、免疫法开展男性避孕方法的研究及蛋白质组学研究方法在家畜繁殖环节中的应用等几个方面阐述了蛋白质组学在人类生殖及动物繁殖环节相关研究中的重要作用。说明蛋白质组学已经成为生命科学未来发展的主要分支之一,为揭示生命个体的蛋白质动态变化提供了技术手段和理论基础,并将在药物开发,生命活动机理研究等方面发挥巨大作用,也必将会在家畜繁殖学领域发挥其应有的作用。     

Elevated levels of circulating pancreatic polypeptide in inflammatory and infectious disorders

Circulating levels of pancreatic polypeptide (PP) were found to be elevated when compared to healthy controls in 54% of patients with chronic inflammatory connective tissue disorders (SLE, rheumatoid arthritis, scleroderma, mixed connective tissue disease and temporal arteritis) and in 96% of patients with acute viral or bacterial infections. Significant positive correlations were obtained between the serum values of PP and those of haptoglobin or orosomucoid. Accompanying successful anti-inflammatory treatment of patients with autoimmune disorders, a reduction of PP levels was observed. The findings suggest that the magnitude of increase in PP was associated with the degree of the inflammatory activity. Raised PP levels may contribute to the alterations in carbohydrate and lipid metabolism observed during active inflammatory diseases in man.     

Proteomics in atherothrombosis: a future perspective

Atherothrombosis is the primary cause of death in Western countries. The cellular and molecular mechanisms underlying atherosclerosis remain widely unknown. The complex nature of atherosclerotic cardiovascular diseases demands the development of novel technologies that enable discovery of new biomarkers for early disease detection and risk stratification, which may predict clinical outcome. In this review, we outline potential sources and recent proteomic approaches that could be applied in the search of novel biomarkers of cardiovascular risk. In addition, we describe some issues raised in relation to the application of proteomics to blood samples, as well as two novel emerging concepts, such as peptidomics and population proteomics. In the future, the use of high-throughput techniques (proteomic, genomics and metabolomics) will potentially identify novel patterns of biomarkers, which, along with traditional risk factors and imaging techniques, could help to target vulnerable patients and monitor the beneficial effects of pharmacological agents.     

蛋白质组学技术及其在肺脏疾病研究中的应用

蛋白质组学是旨在研究蛋白质表达谱和蛋白质与蛋白质之间相互作用的新领域,其研究必须依赖高通量、高自动化的技术.简要介绍了蛋白质组分离技术(双向电泳、色谱),蛋白质组分析技术(质谱分析、氨基酸组成分析、蛋白质芯片,Edman降解法测N端序列),蛋白质相互作用技术(酵母双杂交系统、表面等离子共振)以及生物信息学.并从寻找差异表达的蛋白质,寻找用于诊断的疾病相关的标记分子,研究疾病的发病机制三方面介绍了蛋白质组技术在肺脏疾病研究中的应用.