湖州市GⅡ.P16-GⅡ.2型诺如病毒胃肠炎疫情的病原分子特征分析

鉴定湖州市2017年11月3起急性胃肠炎疫情的病原,并对病原进行基因特征研究。收集3起疫情中采集的患者粪便标本,采用荧光定量RT-PCR方法对其进行诺如病毒核酸检测,并对核酸阳性标本进行多聚酶和衣壳蛋白部分区域的RT-PCR扩增。选取阳性扩增产物进行序列测定和分子特征分析。同时收集疫情的相关流行病学资料。3起暴发疫情中15份标本经荧光PCR检测为GII型诺如病毒核酸阳性,其中9份标本成功测序。在线分型、系统进化和重组分析判定3起均是GII.P16-GII.2型重组株引起的诺如病毒感染聚集性疫情。系统进化分析显示,本研究中检出的GII.P16-GII.2与2016年底中国各地以及德国、法国检出的GII.P16-GII.2相聚在一起并区别于2016年以前的GII.P16-GII.2形成了一个相对独立的进化分支。提示2016年新出现的GII.P16-GII.2在多聚酶区和衣壳蛋白区都各自经历了一定进化获得了在人群中广泛流行的能力,具体机制有待进一步的研究。这也是首次在本地的诺如病毒胃肠炎疫情中检出GII.P16-GII.2重组株。     

湖州市非细菌性急性胃肠炎暴发中诺如病毒的分子生物学特点初步研究

本文初步研究了湖州市非细菌性急性胃肠炎暴发中检出的诺如病毒的分子生物学特征。收集湖州市2008年和2009年2起非细菌性急性胃肠炎暴发疫情中采集的患者粪便标本,采用荧光定量RT-PCR方法对其进行诺如病毒核酸检测,并对核酸阳性标本进行RNA多聚酶部分区域的RT-PCR扩增。选取阳性扩增产物进行纯化及序列测定,结合诺如病毒GI、GII各基因型参考株进行核苷酸序列遗传进化分析。结果2起疫情均同时检出了GI和GII型诺如病毒。随后对其中4份RNA多聚酶区扩增阳性的标本进行测序及序列分析,结果发现2008年检出的2株GI型诺如病毒均为GI/2基因型;而2009年检出的1株GI型诺如病毒为GI/3基因型,另一株GII型诺如病毒则与近些年欧洲和亚洲相继出现的遗传组GII的新基因型GIIb的各代表株同源性最高,为GIIb基因型。这说明湖州地区流行的诺如病毒存在很高的遗传多样性,并且不同时间流行的基因型也存在一定差异。这也是国内首次在急性病毒性胃肠炎暴发中检出诺如病毒GIIb变异株。     

2019-2022年南京市急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒分子流行病学分析

诺如病毒是引起急性胃肠炎的主要病原体之一，本研究通过分析2019-2022年南京市诺如病毒急性胃肠炎暴发的流行特征和主要基因型变化，为疫情防控提供依据。收集2019年9月至2022年8月南京市疑似诺如病毒急性胃肠炎暴发样本，通过荧光定量PCR和一步法RT-PCR检测，对阳性样本进行序列测定并分型，挑选48株南京代表株与国内外参考株进行同源性分析。2019-2022年南京市诺如病毒急性胃肠炎暴发的高峰为冬春季，场所主要分布在小学和幼儿园，暴发以诺如病毒GII为主，共检测到11种基因型，包括4种GI和7种GII。主要流行株在三个流行季间有所变化，GII.2[P16]为2019-2021年的优势流行株，2021/2022流行季中GII.4 Sydney 2012[P16]亚型、GII.17[P17]亚型占比最大，多种亚型毒株共存。同源分析发现，2021年2株GII.6[P7]南京株分属于两类不同来源的GII.6衣壳基因型，2019-2022年的GII.2[P16]和GII.4 Sydney 2012[P16]南京株的部分聚合酶区序列变化较衣壳蛋白区大。2019-2022年间南京市诺如病毒急性...     

GII.3型诺如病毒GZ31597株变异情况及与受体组织血型抗原结合模式分析

诺如病毒(Noroviruses,NoVs)是引起非菌型胃肠炎暴发流行的主要病原体之一。为了解我国GII.3型NoVs毒株的变异以及受体结合模式,本研究对来自2015年一起中国广州NoVs胃肠炎暴发的GII.3型毒株GZ31597株进行聚合酶区和完整VP1区基因扩增、序列测定和序列分析,并表达VP1突出区蛋白(P蛋白),通过P蛋白与不同血型唾液样本的酶免疫分析法(EIA)测定实验确定其组织血型抗原(Histo-blood group antigens,HBGAs)结合模式。GZ31597株聚合酶和VP1基因系统进化分析表明,GZ31597株为GII.P12/GII.3-SubD基因型(聚合酶/衣壳区),该毒株较先前的GII.3毒株相比,在既是抗原表位又是HBGAs受体结合位点的氨基酸385残基发生了氨基酸转换。根据Western Blotting结果,证实P蛋白成功表达。唾液结合分析结果显示,该毒株P蛋白与A、B、AB、O型分泌型以及O型非分泌型唾液均可以结合,但结合值相对低。本研究表明该GII.P12/GII.3-SubD亚型的GII.3毒株在长期的流行过程中,通过氨基酸的转换,改变抗原性和受体结合活性,使GII.3型毒株在人群中继续流行。通过探索GII.3型NoVs在人群中长期广泛流行的原因,为GII.3型诺如病毒性胃肠炎的预防和控制提供重要依据。     

深圳地区环境水体和人群中诺如病毒监测与分析

【目的】检测深圳地区环境水体和人群的诺如病毒(No Vs),探讨其是否在两者之间循环传播。【方法】2014年3月至2015年2月检测24份深圳茅洲河河水标本和287份腹泻患者粪便标本。河水标本经过混合纤维素酯膜和PEG法二次浓缩后提取核酸,粪便标本无需浓缩,稀释离心后直接提取核酸。应用实时荧光逆转录PCR初步分型,RT-PCR扩增ORF2保守区域衣壳蛋白(VP1)基因后测序确定亚型、分析不同来源病毒的同源性;同时建立基因进化树,进一步分析不同来源No Vs的亲缘关系。【结果】在河水标本和腹泻患者粪便标本中,No Vs阳性率分别为23.1%和17.4%,其中上下游河水标本阳性率分别为8.3%和41.7%,河水中No VGI型和No VGII型的阳性率为16.7%和8.3%。扩增阳性样本发现茅洲河水中检出No V主要是GI.6型,其次是GII.4 Sydney_2012型,而从腹泻胃肠炎患者粪便标本中检出No Vs主要是No VGII.4Sydney_2012型和少量的GII.3型。同时期水体和人群粪便标本来源的No VGII.4 Sydney_2012型VP1基因相似性98.2%–100.0%。【结论】No VGII.4 Sydney_2012型是深圳地区主要的流行株。No Vs在环境水体和人群中于某种程度上存在循环传播。     

西安市4起急性胃肠炎疫情中诺如病毒的分子特征分析

诺如病毒（Norovirus,NoV）属于杯状病毒科诺如病毒属,能造成急性肠胃炎暴发,在全球流行广泛,但其在西安市的流行情况不明。为明确2018年10月西安市4起幼儿园急性肠胃炎疫情的病原及其基因特征,本研究采集了患者肛拭子,用实时定量PCR检出诺如病毒阳性核酸,对其扩增部分多聚酶区和衣壳区基因并测序。将所得序列上传分型网站以明确基因型,并用软件分析系统进化、重组位点和正选择位点。共检出GII组阳性核酸31份,测序成功25份。4起疫情均由GII.2[P16]型诺如病毒引起。疫情株扩增序列全长、部分多聚酶区和衣壳区的序列与2018年美国流行株（MK773571）的核苷酸同源性分别为99.8%、99.5%和100%。疫情株与GII.2[P16]型中国参考序列（KY421122、KY806296和MG763377）的核苷酸同源性为99.6%,氨基酸同源性为100%。重组位点约在基因组的5 075bp。疫情株基因组的1 613～1 790aa没有正选择位点。及时的流行病学、分子流行病学研究和全基因组测序对控制诺如病毒相关疫情是必要的。     

广州地区GⅡ.17型诺如病毒GZ-L343毒株病毒样颗粒的构建与免疫特征的鉴定

【背景】人源诺如病毒是急性胃肠炎暴发的主要原因,GII.4是过去几十年的主要流行基因型。2014/2015年出现的GII.17型变异株是中国首例导致大规模暴发的非GII.4流行株。通过对来自华南地区的诺如病毒GII.17型毒株的完整基因组序列进行分析,证实了该GII.17型突变株与先前确定的GII型变异株不同。【目的】制备广州地区GII.17型诺如病毒GZ-L343的病毒样颗粒,并系统表征其免疫原性及功能特性。【方法】借助杆状病毒表达系统制备GII.17-GZ-L343的病毒样颗粒,并通过氯化铯梯度超速离心对其进行纯化,制备抗血清并对其免疫功能进行评价。【结果】聚丙烯酰胺凝胶电泳和蛋白质免疫印迹结果表明所得蛋白分子量大小约为58kDa;透射电镜结果表明病毒样颗粒直径约为30nm;酶联免疫吸附测定结果显示该病毒样颗粒具有较好的免疫原性;唾液组织血型抗原的体外受体结合测定表明,该病毒样颗粒与部分A型、B型、O型及AB型分泌及非分泌血型样本存在阳性结合;效价测定结果表明免疫所得血清效价在104以上;交叉反应结果表明该抗血清与异型病毒样颗粒不存在交叉反应。此外,体外阻断结果表明,该抗血清仅能阻...     

2005～2008年广东省诺如病毒胃肠炎暴发的分子流行病学特征

为研究广东省诺如病毒胃肠炎暴发疫情的分子流行病学特点,我们采集了2005～2008年期间24起急性暴发性胃肠炎患者的粪便和肛拭子标本,使用诺如病毒特异性引物,通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术进行检测,再经核苷酸序列测定以分析诺如病毒的基因型,同时收集急性暴发性胃肠炎患者的相关流行病学资料。结果显示:24起急性暴发性胃肠炎中19起由诺如病毒引起,时间主要集中在每年的10月至次年2月,2005年病毒胃肠炎暴发疫情是由GⅡ-3基因型病毒引起,主要为幼儿园和小学,发生地主要在内陆山区,2006年秋季疫情以后则均为GⅡ-4型的变异株2006b引起,主要为大学和社区,2007年疫情数比其他年份高1倍,发生地遍及广东全省。广东省诺如病毒变异株2006b在个别特殊的基因位点呈现出高度的地域一致性。随着诺如病毒流行株的基因型由GⅡ-3变为GⅡ-4型,广东省诺如病毒流行的强度大大增加,新出现诺如病毒变异株2006b引起的暴发波及地方多,涉及人群从低幼儿童为主扩展到全年龄组,表明GⅡ-4新变异株比其它毒株具有更高的侵袭力。     

诺如病毒新型GII.4流行株Sydney2012在上海地区的检出和鉴定

为了解上海地区诺如病毒相关急性胃肠炎疫情的流行病学特点及流行株基因型的演化情况,2012年3月至2013年2月,收集上海市两处哨点医院成人急性胃肠炎粪便样本进行诺如病毒的分子检测并对其基因特征进行系统分析。在502份样本中,GI群共检出19例,检出率3.78%,呈现低位流行、全年散发的状态,无明显的季节分布;GII群检出86例,检出率17.13%,在10¹2月出现高位流行,并发现中老年人群GII群诺如病毒检出率显著高于青年个体（P<0.05）。同时首次于2012年9月在上海地区检出新型GII.4变异株Sydney₂012,证实是该变异株引发了2012年秋冬季诺如病毒急性胃肠炎的高位流行。序列分析表明该变异株为GII.e型开放阅读框（Open reading frame,ORF）1与GII.4型ORF2的重组体,目前已成为本地区的优势流行株。研究发现,2012年上海地区出现GII.4新型变异株Sydney₂012,并引发秋冬季诺如病毒急性胃肠炎的高位流行。     

上海地区部分婴幼儿腹泻标本中诺如病毒基因分析

目的了解2006年上海哨点医院婴幼儿疑似病毒性腹泻散发病例中诺如病毒基因型别和基因特征。方法应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增标本中诺如病毒核酸,测序后使用DNAstar基因分析软件与Genbank中的参考株进行核酸序列分析。结果13份测序结果均属于诺如病毒GⅡ遗传组,以GⅡ.4基因型为主。其中2份核酸序列与2006年德国汉堡毒株序列同源性相近,分别为86.2%和88.2%;2份核酸序列与2006年荷兰乌得勒支毒株序列同源性相近,均为83.9%;其余9份核酸序列与2004年中国广西、2004年和2005年日本东京毒株序列同源性相近,为87.3%～97.5%。结论2006年上海哨点医院婴幼儿疑似病毒性腹泻标本中存在诺如病毒GⅡ.4基因型散发病例,不同病毒株之间差异较大。     

浙江省登革热暴发疫情的病原学和分子生物学研究

2004年浙江省慈溪市发生了由输入病例引起的登革热暴发,共报告病例113例。为查明病因,从分子水平分析流行毒株的生物学特征,对疑似患者血清测定了登革病毒IgM和IgG抗体,并用C6/36和BHK-21细胞分离登革病毒。同时采用RT-PCR方法扩增病毒E基因和NS1基因后又分别进行序列测定,并与不同国家和地区的登革热毒株进行同源性和进化树分析。结果表明,从患者血清中检测到登革病毒IgM和IgG抗体及登革I型病毒核酸;从18份疑似患者血清中分离到10株登革I型病毒;浙江登革I型分离株(ZJ/07/04)与登革I型夏威夷株、广东株和泰国株的E基因氨基酸同源性分别为96.3%、98.8%和99.2%,而与登革Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型毒株相同区域氨基酸同源性分别为68.3%、77.5%和62.8%。基因进化树显示浙江省登革病毒分离株与泰国株亲缘关系最近,在进化树的同一分支上。从病原学、血清学和分子生物学特征上均证实该次疫情的病因为由泰国输入的登革I型病毒。     

安徽省急性胃肠炎疫情相关GⅡ.P17-GⅡ.17基因型诺如病毒分子特征研究

诺如病毒(Noroviruses,NoVs)是引起病毒性胃肠炎的重要病原体,本研究旨在对2015～2016年春季安徽部分地区暴发的急性胃肠炎(Acute gastroenteritis,AGE)疫情标本进行病原检测和分子分型,分析病原的基因特征。收集2015年3月至2016年5月9起AGE疫情流行病学信息和采集病例粪便、肛拭子样本。采用Real-time PCR检测NoVs核酸和RT-PCR扩增RdRp与VP1区基因序列,基因测序后应用BLAST比对和NoVs在线分型工具分析结果。7起疫情发生在中、小学校(77.78%,7/9),2起疫情发生在乡镇,发病人数中位数为6人,男女发病比例为1.41∶1,临床表现主要以恶心、呕吐/腹泻、腹痛为主。77份临床病例样本中检出66份NoVs核酸阳性,基因序列测定获得76条序列,39条序列为RdRp区GⅡ.P17基因型,37条序列为VP1区GⅡ.17基因型。基因进化树分析显示:2015～2016年安徽地区39条RdRp区NoVs GⅡ.P17基因型序列Cluster III进化簇III b分支,与2015年广东、海南、中国台湾地区参考毒株序列有较近的亲缘性关系,核苷酸同源性为99%～100%。37条VP1区NoVs GⅡ.17基因型序列都处在Cluster III进化簇上,其中28条序列属于III a进化分支,与山东2015年LX09株、2016年广东GZ2016-L492株、江苏zj019株、中国香港CUHK-NS-942株以及日本2015年AichiF101毒株序列有较近的亲缘性关系。新型GⅡ.P17-GⅡ.17基因型NoVs是引起2015年和2016年春季安徽部分地区AGE暴发的主要病原体,需加强病毒性胃肠炎流行病学调查与病原监测及分子分型鉴定工作。     

广州地区GII.4 Sydney 2012[P31]型诺如病毒GZ2013-L10毒株病毒样颗粒功能和免疫原性鉴定

【背景】诺如病毒(Norovirus,NoV)是全球范围内引起急性胃肠炎暴发的主要病原体之一,其中GII.4型通过不断变异在人群中持续存在并占据诺如病毒感染的主导地位,尤其GII.4 Sydney2012[P31]变异株自2012年出现以来在全球各地持续流行至今。【目的】制备广州地区GII.4 Sydney2012[P31]型诺如病毒毒株GZ2013-L10的病毒样颗粒(virus like particle,VLP),并系统表征其功能及免疫原性特点。【方法】从毒株GZ2013-L10中扩增ORF2基因并克隆构建重组转座载 PFastBac1-L10-ORF2,进一步转化至大肠杆菌DH10Bac构建重组杆状病毒质粒,进而在昆虫细胞sf9中表达病毒样颗粒并通过超速离心纯化,最后经透射电镜、Western blotting和受体结合实验对病毒样颗粒进行表征。此外,将免疫小鼠获得的病毒抗血清通过间接酶联免疫吸附测定(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)和受体结合阻断试验进行验证。【结果】成功构建了重组杆状病毒质粒Bacmid-L10-ORF2并获得病毒样颗粒,电镜结果表明病毒样颗粒直径约为30 nm,SDS-PAGE和Western blotting显示蛋白大小约为58 kDa。受体结合实验结果显示,病毒样颗粒能与A/B/O等分泌型唾液受体及猪胃黏膜蛋白结合,而与非分泌型唾液受体均不结合。免疫小鼠获得效价为1.3×105的抗血清,但ELISA结果显示其与不同基因型诺如病毒衣壳蛋白无交叉免疫活性。此外,抗血清对同型病毒样颗粒具有受体中和阻断作用,但对不同型别病毒样颗粒(包括GII.8、GII.17和GII.3)无中和效果。【结论】本研究制备并系统表征了广州地区GZ2013-L10毒株的病毒样颗粒及其抗血清,其研究结果可为解析其流行原因以及疫苗研发提供参考。     

蓝舌病毒血清5型毒株S7基因编码区的分子克隆与序列分析

目的:对蓝舌病毒(BTV)血清5型毒株(BTV-5)的S7基因编码区(ORF)进行克隆和序列分析。方法:用TRIzol LS试剂提取病毒总RNA,经反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增BTV-5型毒株S7基因的编码区,将扩增片段克隆到pGEM-T Easy载体上,对阳性克隆进行核苷酸序列测定;采用DNAStar和DNASIS v2.5软件对环状病毒属不同种群的S7基因ORF序列及其推导的氨基酸序列进行同源性及系统进化树分析。结果:克隆的基因片段长1050bp,为S7基因开放性读码框的全长序列,编码349个氨基酸残基;与环状病毒属不同血清型毒株比较,核酸序列同源性范围为42.2%～96.6%,推导的氨基酸序列同源性范围为40.4%～99.7%。结论:蓝舌病毒与非洲马瘟病毒、鹿流行性出血热病毒分属于不同种群,群内不同血清型的S7基因ORF序列及其推导的氨基酸序列显示出很高的同源性,而不同种群之间的同源性很低。     

江苏省南京市和无锡市两地首次检出人星状病毒HAstV-1a基因亚型

了解江苏省南京市和无锡市两地夏秋季急性胃肠炎人星状病毒(HastV)的基因亚型。收集2015~2016年6~11月江苏省南京市和无锡市两地夏秋季急性胃肠炎患者粪便标本,采用real-time RT-PCR法检测粪便中HAstV的病毒核酸,对阳性标本ORF2区进行RT-PCR扩增及测序,与GenBank公开的序列进行比对,分析基因亚型情况。江苏省南京市和无锡市两地夏秋季急性胃肠炎HAstV感染的比例为15.26%,其中50%为合并其它急性胃肠炎病毒感染,HAstV感染以秋季流行为主,包含HAstV-1a(group 2)亚型和HAstV-4c基因亚型,并且这2个亚型在两地均有分布。HastV在婴幼儿人群中感染率较高;HAstV-1a亚型为在江苏省南京市和无锡市两地首次发现及报道的亚型,可能为欧美输入性毒株,本研究为进一步了解国内HAstV分子流行特征提供依据。     

我国诺如病毒易重组基因型GII.P12/GII.3毒株RNA聚合酶的表达与功能表征

[背景]诺如病毒是引起人类急性胃肠炎的主要食源性病原体.目 前尚无获批的诺如病毒疫苗和药物,诺如病毒RNA依赖性RNA聚合酶(RdRp)是当前抗诺如病毒药物开发的主要靶点.[目的]表达我国诺如病毒易重组基因型GII.P12/GII.3毒株的RdRp并系统地表征其复制特征.[方法]基于大肠杆菌系统表达并纯化得到高纯度可溶...     

福建省输入性D8基因型麻疹病毒分子流行病学特征

为分析福建省输入性D8基因型麻疹病毒分子流行病学特征,采集咽拭子标本采用实时荧光定量反转录-聚合酶链反应(Real-time RT-PCR)筛查麻疹病毒核酸.用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增麻疹病毒核酸筛查阳性咽拭子及Vero/Slam细胞培养阳性产物,对麻疹病毒核蛋白(Nucleoprotein,N)羧基(COOH)端634个核苷酸(Nucleotides,nt)片段进行测序分析,构建系统进化树.最终分离获得1株麻疹病毒株,26条麻疹病毒N蛋白羧基末端450个nt序列.亲缘性分析发现,所有福建麻疹毒株与WHOD8基因型参考株(MVi/Manchester.GBR/30.94)在亲缘关系树上同属一个大分支,两者核苷酸序列和氨基酸(Amino acid,aa)序列同源性分别为96.4％～99.1％和96.7％～98.0％.其中2014年的福建毒株 MVs/Fujian.CHN/28.14和 MVs/Fujian.CHN/30.14与越南胡志明市2014年分离株MVs/HoChiMinh.VNM/11.14及美国纽约2013年分离株MVs/New.York.USA/19.13的nt同源性为 100％;2019年的毒株MVs/Fujian.CHN/25.19与泰国龙仔厝府2018年分离株MVs/Samut.Sakhon.THA/8.18的nt同源性为100％;而剩余的23个监测毒株则与日本神户2019年分离株MVs/KobeC.JPN/28.19的核苷酸同源性和氨基酸同源性最高,分别为99.6％～100.0％和99.3％～100.0％.在病毒N蛋白羧基端150个氨基酸位点上,福建株与WHO D8参考株存在3～5个氨基酸位点差异.而与现用的疫苗株(Shanghai-191)相比,存在17～19个氨基酸变异位点,其中有14个氨基酸位点为所有福建株共有的变异位点,这些位点的变异总体上未对编码蛋白的氨基酸造成明显改变.结论是福建省成功分离获得1株D8基因型麻疹毒株.D8基因型为福建省发现的输入性麻疹基因型,病毒N蛋白羧基端氨基酸位点上与疫苗株相比均出现了差异位点.     

2007-2009年玉溪市流行性腮腺炎病毒的基因型分析

目的了解2007-2009年玉溪市流行性腮腺炎病毒流行株(MuV)的基因型分布及变异情况。方法采集玉溪市医疗机构部分临床诊断病例含漱液进行RT-PCR病毒核酸检测,对核酸检测阳性标本进行病毒培养病毒分离,将分离病毒株进行SH基因316 bp片段序列分析,并与其他基因型参考株进行同源性比较,构建亲缘进化树。结果采集流行性腮腺炎病例标本136份,RT-PCR病毒核酸阳性30份,阳性率为22.1%;vero细胞分离到6株,6株MuV属于F基因型,各流行株SH基因之间的核苷酸最大差异为2.6%;与其他各基因型代表株之间的核苷酸最大差异达到17.8%,与疫苗株的最大差异为17.4%,与国内F基因型代表株SP的基因差异为2.7%。结论玉溪市流行性腮腺炎病毒流行株为F基因型,针对基因型变异和疫苗效果评价的预防控制策略变得日益重要。     

我国新分离ECHO30病毒VP1序列分析

测定了引起2003年苏北地区无菌性脑膜炎暴发流行的病因病毒FDJS03分离株的VP1基因序列,并与国外同型流行毒株做比较,以了解本流行株的分子生物学特点及遗传变异规律。随机选取FDJS03分离毒株中的4株,用肠道病毒、VP1序列的特异性引物008／011进行RT-PCR,扩增产物经凝胶纯化后测序。将序列输入GenBank,用BLAgr程序进行核苷酸和氨基酸序列比对;选取32株不同地区不同年代的ECHO30分离毒株,在PHYLIP3．573C和TREE-PUZZLE5．0中构建进化树,比较它们完整VP1序列(876nt)的进化关系。核苷酸和氨基酸同源性比较结果证明：4株分离病毒均为ECHO30。进化树分析显示：本次FDJS03分离株与欧美20世纪70、80年代流行株亲缘关系最近,但自成一簇,与国外毒株仍然有地区差别。ECHO30的VP1基因进化有时间效应,但存在地区差异。本次流行的病原可能是单一基因型的ECHO30病毒。     

感染CDV的犬病料N、H、F基因的克隆与序列分析

目的了解病料中犬瘟热病毒（CDV）的变异情况,为犬瘟热的预防与治疗提供理论依据。方法采用RT-PCR方法对犬病料中CDV的血凝素蛋白（H）、融合蛋白（F）和核衣壳蛋白（N）基因进行扩增,将扩增产物克隆到pGEM-T-easy载体中测序,并进行序列分析。结果测定一株CDV的H、F和N基因大小分别为1863 bp、1653 bp和2235 bp。同源性分析表明,未发现碱基的插入和缺失。该病毒的H、F和N基因分别与国内强毒株BJ080127株的H基因、GN株的F基因和HL株的N基因亲缘关系最近,氨基酸同源性分别为97.3%、97.7%和99.3%。与国外标准野毒株A75-17在核苷酸水平上同源性依次为94.4%、93.8%和97.2%,与疫苗株CDV3在核苷酸水平上同源性分别为88.5%、88.8%和93.9%。系统进化树表明该病毒与国内强毒株在同一谱系。糖基化分析显示,该病毒在F基因3～5位氨基酸处多出1个糖基化位点。结论本研究从犬病料中成功克隆了犬瘟热病毒血凝素蛋白、融合蛋白和核衣壳蛋白,在F基因中新增了一个糖基化位点,为犬瘟热的遗传变异和流行学研究提供了分子生物学依据。