16S rDNA技术研究新生腹泻仔猪粪样细菌区系的多样性变化

用PCR/DGGE技术跟踪一窝5头新生腹泻仔猪自然康复、补饲、断奶过程中粪样细菌区系的演变,构建3头仔猪42日龄粪样的16S rDNA克隆库,分析匹配于DGGE优势谱带23个克隆的16S rDNA序列。结果表明,DGGE图谱由简单(2日龄)到复杂(10日龄),再回复简单(16日龄)到复杂(断奶),最后趋于稳定。2、16日龄DGGE图谱最简单、相似,最优势谱带为大肠杆菌;10日龄(补饲后3天)图谱复杂,大肠杆菌存在但不是最优势谱带,补饲前后图谱的相似性低,补饲导致了粪样细菌区系结构的显著变化;断奶前(27日龄)和后(35、42日龄)图谱复杂,优势谱带、图谱相似性均趋向稳定。序列分析表明,23个克隆中除5个与未知细菌最相似外,其余最相似菌分属于肠球菌(Enterococcus),链球菌(Streptococcus),梭菌(Clostridium),消化链球菌(Peptostreptococcus)和乳酸杆菌(Lactobacillus)。     

16S rRNA基因序列分析在临床微生物学中的应用

20世纪70年代前,生物类群的区分主要是根据形态和结构、生理和生化特征、行为习性表现以及少量的化石资料来进行的.这种通过表型特征鉴定的方法对细菌之间的亲缘性判断有时不够准确.随着分子生物学的发展,人们开始利用生物大分子特别是蛋白质和核酸的结构特征,作为判断生物进化关系的主要特征.其中Woese等[1]通过寡核苷酸编目的方法,在20世纪70年代逐渐发展出1种新的鉴定细菌的标准,即通过比较1段稳定的遗传编码--16S rRNA基因序列来分析和鉴定细菌的种系发生关系,判断其亲缘性,对细菌进行分类.     

油藏水样细菌群落16S rRNA基因的RFLP分析

通过16S rRNA基因的限制性酶切片段长度多态性分析(RFLP)方法,考察了油藏水样中细菌群落及多样性。从水样中分离纯化微生物总DNA,选择性扩增细菌16S rRNA基因,并构建16S rDNA克隆文库。337个16S rDNA克隆片段分别用限制性内切酶HinfⅠ和HaeⅢ酶切分析,得到74个操作分类单元(OTUs),其中数量最多的4个OTUs共占克隆子总数的73.6%,另外70个OTUs的丰度均处于较低水平,有57个OTUs仅含有1个克隆子。结果表明,运用RFLP方法分析16S rDNA克隆片段能够有效评估油藏水样中的细菌群落和多样性。     

耐热嗜盐菌的分离及16S rRNA基因序列分析

从位于西藏自治区澜沧江边一个47℃的盐井中分离筛选到一株耐热嗜盐菌菌株YJ0238, 对其进行了生理生化特性研究, 采用PCR方法扩增其16S rRNA基因序列, 并进行了测定。基于生理生化特性和16S rRNA基因序列的同源性比较, 以及系统发育分析, 发现菌株YJ0238是Idiomarina属中成员zobellii的一个亚种, 其16S rRNA基因序列已被GenBank数据库收录, 序列号为EF693953。迄今为止, 国内极少有关高温、高盐环境中微生物研究的报道, 本研究可为今后研究同类极端环境中新的物种资源以及微生物多样性提供素材和参考。     

基于16S rRNA基因序列分析法比较苏尼特双峰驼和阿拉善双峰驼自然发酵酸驼乳的微生物多样性

【目的】传统发酵乳制品是一类未经任何处理自然发酵而成的,其微生态环境未遭破坏,从而乳酸菌的生物学特性和基因多样性得到了很好的保留,具有开发和利用价值。自然发酵酸驼乳常用来治疗多种疾病且效果良好,与其中丰富的乳酸菌资源有着密不可分的联系。然而,目前有关自然发酵酸驼乳微生物菌群及多样性相关研究甚少。因此进一步挖掘内蒙古地区双峰驼自然发酵酸驼乳微生物群落结构和多样性是至关重要的。【方法】本研究采用IlluminaMiseq测序技术,测定了苏尼特和阿拉善双峰驼的自然发酵酸驼乳中微生物16S rRNA V3–V4区序列,并对群落结构和多样性进行了比较分析。【结果】多样性分析表明,苏尼特双峰驼酸驼乳中微生物群落丰富度和种群差异性比阿拉善双峰驼酸驼乳大,细菌多样性也高。在门水平上,苏尼特和阿拉善双峰驼酸驼乳中的菌群均以厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为主。在属水平上,苏尼特双峰驼酸驼乳主要以乳杆菌属(Lactobacillus)和乳球菌属(Lactococcus)为优势菌群,阿拉善双峰驼酸驼乳以乳杆菌属(Lactobacillus)和醋酸杆菌属(Acetobacter)为优势菌属。此外,肠杆菌属(Enterobacter)、拉乌尔菌属(Raoultella)和明串珠菌属(Leuconostoc)等的含有食源性致病菌和环境污染菌的菌属被检出。综上所述,不同地区不同品种酸驼乳的乳酸菌种类及优势菌群有较大差异,存在显著的地理差异。【结论】通过本研究,不仅对苏尼特和阿拉善双峰驼自然发酵酸驼乳乳酸菌的组成和种类有了明确的认知,为评估发酵酸驼乳微生物群落对消费者身体健康的影响提供了数据基础的同时为今后筛选优势菌群和挖掘新型益生菌奠定基础。     

耐热嗜盐菌的分离及16S rRNA基因序列分析

从位于西藏自治区澜沧江边一个47℃的盐井中分离筛选到一株耐热嗜盐菌菌株 YJ0238.对其进行了生理生化特性研究,采用PCR方法扩增其16S rRNA基因序列,并进行了测定.基于生理生化特性和16S rRNA基因序列的同源性比较,以及系统发育分析,发现菌株YJ0238是Idiomarina属中成员zobellii的一个亚种,其16S rRNA基因序列已被GenBank数据库收录,序列号为EF693953.迄今为止,国内极少有关高温、高盐环境中微生物研究的报道,本研究可为今后研究同类极端环境中新的物种资源以及微生物多样性提供素材和参考.     

细菌分类与鉴定的新热点：16S—23S rDNA间区

随着分子生物学的迅速发展,细菌的分类鉴定亦从传统的表型分类进入到各种基因型分类水平、如（G＋C）mol%、DNA杂交、rDNA指纹图、质粒图谱和16S rDNA序列分析等。rRNA存在于所有细菌中,rRNA基因由保守区和可变区组成,在细菌中高度保守。rRNA基因包含5‘端到3‘端的若干种成分,分别是16S rDNA、间区、23S rDNA、间区和 5S rDNA。16S－23S rDNA间区近年来在细菌系统发育学,特别是相近种和菌 区分和鉴定方面倍受关注。作为细菌分类和鉴定中的一个热点,本文将就16S－23S rDNA间区的一些特性及其胡细菌分类鉴定方面的作用做一简要的介绍。     

16S rDNA克隆文库方法分析太岁样品中细菌的多样性

通过构建16S rDNA克隆文库的方法,分析太岁样品中细菌的群落结构及多样性。太岁样品中的细菌归属于4个门9个目,优势类群依次是芽胞杆菌目(Bacillales,33.01%)、柄杆菌目(Caulobacterales,32.04%)和伯克霍尔德氏菌目(Burkholderiales,12.62%);优势属为短波单胞菌属(Brevundimonas,30.10%)、葡萄球菌属(Staphylococcus,29.13%)和食酸菌属(Acidovorax,7.77%)。并且其中的5个目中含有未培养的细菌,红杆菌目(Rhodobacterales)、伯克霍尔德氏菌目和红环菌目(Rhodocyclales)的11个克隆子的细菌16S rDNA序列同源性低于97%。研究表明太岁样品中细菌多样性较丰富,且蕴藏着许多未知的微生物资源。     

1株耐氯霉素腐败微生物的16S rRNA基因序列与碳源代谢指纹图谱分析

从污染的化妆品中分离到1株具有氯霉素抗性的革兰阴性菌213#。通过16S rRNA基因同源性比较,表明分离菌与GenBank中洋葱伯克霍尔德(Burkholderia cepacia)标准菌株同源性为100%,通过Biolog GN2MicroPlate分析该病原菌对95种碳源的利用能力,发现分离菌与Biolog数据库中的B.cepacia具有最相似的特征代谢指纹。     

小鲵科线粒体16S rRNA基因序列分析及其系统发育

To study the phylogeny of Hynobiidae, we amplified DNA fragments of 470 bp 16S ribosomal RNA (16S rRNA) gene on mitochondrial DNA from Ranodon sibiricus and Ranodon tsinpaensis. PCR products were cloned into PMD18 T vector after purification. These sequences were determined and deposited in the GenBank (accession numbers: AY373459 for Ranodon sibiricus, AY372534 for Ranodon tsinpaensis). By comparing the nucleotide differences of 16S ribosomal RNA sequences among Liua shihi, Pseudohynobius flavomaculatus and Batrachuperus genus from GenBank database, we analyzed the divergences and base substitution among these sequences with the MEGA software. The molecular results support that B. tibetanus, B. pinchonii and B. karlschmidti are classified into three valid species. Liua shihi has closer phylogenetic relationships to Ranodon tsinpaensis than to other species. More our results reveal that Pseudohynobius flavomaculatus is not a synonym of Ranodon tsinpaensis. [Acta Zoologica Sinica 50 (3) : 464 - 469,2004].     

河北承德地区两个温泉中细菌的多样性分析

通过构建16S rDNA克隆文库,对承德地区两温泉中的细菌多样性水平及系统发育关系进行了初步研究。研究表明:68°C的A11文库中阳性克隆的16S rDNA序列分属5个细菌类群,分别为Firmicutes(6.25%)、Deinococcus-Thermus(25.0%)、Gammaproteobacteria(12.5%)、Betaproteobacteria(50.0%)、Alphaproteobacteria(6.25%);而74.5°C的A12文库仅属于一个细菌类群:厚壁菌门(Firmicutes)。两温泉中细菌多样性的差异表明,温度是影响温泉中细菌多样性水平的重要因素。此外,A11文库中克隆的16S rDNA序列与许多已知的可产色素的好氧菌相似性很高,而A12文库中的细菌多数为专性厌氧或兼性厌氧型,其中厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)中的Anoxybacillus flavithermus可以作为研究泉华形成的理想材料。     

Changes in the bacterial populations of the highly alkaline saline soil of the former lake Texcoco (Mexico) following flooding

Flooding an extreme alkaline-saline soil decreased alkalinity and salinity, which will change the bacterial populations. Bacterial 16S rDNA libraries were generated of three soils with different electrolytic conductivity (EC), i.e. soil with EC 1.7 dS m⁻¹ and pH 7.80 (LOW soil), with EC 56 dS m⁻¹ and pH 10.11 (MEDIUM soil) and with EC 159 dS m⁻¹ and pH 10.02 (HIGH soil), using universal bacterial oligonucleotide primers, and 463 clone 16S rDNA sequences were analyzed phylogenetically. Library proportions and clone identification of the phyla Proteobacteria, Actinobacteria, Acidobacteria, Cyanobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes and Cloroflexi showed that the bacterial communities were different. Species and genera of the Rhizobiales, Rhodobacterales and Xanthomonadales orders of the α- and γ-subdivision of Proteobacteria were found at the three sites. Species and genera of the Rhodospirillales, Sphingobacteriales, Clostridiales, Oscillatoriales and Caldilineales were found only in the HIGH soil, Sphingomonadales, Burkholderiales and Pseudomonadales in the MEDIUM soil, Myxococcales in the LOW soil, and Actinomycetales in the MEDIUM and LOW soils. It was found that the largest diversity at the order and species level was found in the MEDIUM soil as bacteria of both the HIGH and LOW soils were found in it.     

产蓝色素放线菌细胞化学组分及16S rDNA序列分析

对分离自南京土壤中的一株高产水溶性蓝色素的放线菌菌株Streptomyces sp.进行了细胞化学组分及16S rDNA序列分析。细胞化学组分分析结果表明待定菌株的细胞壁含LL－DAP及甘氨酸,全细胞水解物含葡萄糖及核糖,全细胞脂肪酸组分主要为14－17碳的脂肪酸,其中anteiso-15和iso-16为主要组分,应归入链霉菌属。基于16S rDNA序列的聚类结果表明所选菌株基本分成9个分支,能够产生可溶性蓝色素的菌株聚成其中两个分支,即以S.coelicolor为代表的分支和以S.cyaneus为代表的分支,待定菌株与Streptomyces in-digocolor的相似性为99.4%,属于S.cyaneus分支。     

Molecular typing of Yersinia frederiksenii strains by means of 16s rDNA and gyrB genes sequence analyses

The phenospecies Yersinia frederiksenii is known to comprise three genospecies, indistinguishable on the basis of phenotypic characteristics. In previous works, 13 strains, identified biochemically as Y. frederiksenii, were characterized using Multilocus enzyme electrophoresis and Ribotyping. In order to elucidate the phylogenetic position of these strains we performed their molecular typing by means of 16S rDNA and gyrB sequences analyses. Results demonstrated that gyrB is a better phylogenetic marker than 16S rDNA. The classification achieved by gyrB sequences analyses was in agreement with results obtained with more laborious methods. Moreover, a good phylogenetic identification could be reached also with partial gyrB sequences of only 350 bp.     

一株神经节苷脂内切糖苷酶产生菌的分离、鉴定及系统发育分析

从土壤微生物中筛选得到一株产神经节苷脂内切糖苷酶的菌株YW2112, 该酶能特异性水解神经节苷脂中连接神经酰胺和寡糖链之间的糖苷键,是研究神经节苷脂结构与功能的重要工具酶。对分离菌株YW2112进行了形态、生理生化鉴定及16S rDNA序列分析。菌株YW2112为细菌,革兰氏染色阴性,直杆状, 鞭毛周生,菌体大小为(0.6μm～1μm)×(1μm～3μm),V-P实验阳性,甲基红阴性,利用葡萄糖产酸产气。以16S rDNA同源性为基础构建了包括11株相关种属细菌在内的系统发育树,在系统发育树中,分离菌株YW2112 与Enterobacter cloacae 在同一分支,二者的序列相似性为98.6% ,结合形态和生理生化鉴定,将其鉴定为阴沟肠杆菌（Enterobacter cloacae）。     

蛭弧菌类菌株JU-PX1的生物学特性和16S rDNA序列分析

[目的]研究蛭弧菌类菌株JU-PX1的噬菌特性、形态特征,并分析16S rDNA序列从而对其进行种属鉴定.[方法]采用双层平板法和三角瓶培养法研究蛭弧菌类菌株JU-PX1的噬菌特性,通过光镜和电镜观察其形态,利用16S rDNA序列的蛭弧菌类特异性引物以及细菌通用引物进行PCR扩增.[结果]JU-PX1对10株宿主菌中的6株具有噬菌作用,特别对大肠杆菌和副溶血弧菌侵噬能力较强.菌体呈弧状或杆状,单极鞭毛,大小为(0.2-0.5) μm×(0.8-1.2) μm,在其增殖阶段也有长约3.2 μm的较长个体.扩增后分别获得了一段长为831 bp和1 515 bp的DNA序列,进一步通过NCBI BLAST和MEGA 5.10等软件分析并构建了系统发育树.[结论]蛭弧菌类菌株JU-PX1属于噬菌弧菌属(Bacteriovorax),与海岸噬菌弧菌(Bv.litoralis)亲缘关系最近,两者的16S rDNA序列相似性为93％.     

The phylogenetic position of Dictyoglomus thermophilum based on 16S rRNA sequence analysis

Abstract The phylogenetic position of Dictyoglomus thermophilum has been determined by comparative sequence analysis of in vitro amplified 16S rRNA genes from the type strain as well as from a Dictyoglomus isolate. Results indicate that it forms a deep branch within the phylum of Thermotogales or may even represent its own phylum. It does not contain signature sequences within the 16S rRNA which could relate it to the Thermotogales group.