HBV耐药变异及其与基因型的关系

目的:乙型肝炎病毒是乙性肝炎的病原体,极易引起慢性感染,其中部分可进展为肝硬化、肝功能衰竭或肝癌,严重危害人类健康。拉米夫定为新一代核苷类似物,能抑制病毒的复制,是当今较有效的抗病毒治疗药物。但长期用药可引起病毒基因突变,产生耐药变异株,特别易发生YMDD变异,影响疗     

丙型肝炎病毒治疗药物与耐药基因突变

丙型肝炎病毒（Hepatitis C virus,HCV）引起的慢性丙型肝炎全球广泛流行,严重影响人类健康,药物治疗是防控该疾病的唯一有效途径。在干扰素-利巴韦林联合疗法在丙型肝炎治疗方面获得较好成效的基础上,直接抗病毒药物（Direct-acting antiviral,DAA）尤其泛基因型靶向药物的使用,使病毒持续性应答率（Sustained virologic response,SVR）超过95%。靶向药物直接作用于病毒增殖的关键蛋白,大大提高病毒清除率,然而由于病毒基因变异产生耐药性成为治愈丙型肝炎的最大障碍。本综述围绕HCV流行与危害、现有丙型肝炎治疗药物、直接靶向抗病毒药物,从病毒多样性与耐药基因突变特征的角度,全面介绍丙型肝炎抗病毒治疗靶向药物与耐药发生。     

HBV定量检测对拉米夫定停药的指导意义

目的:探讨核苷类似物(NAs)拉米夫定(LAM)用药时间与乙型肝炎(CHB)患者体内HBV病毒血清HBV-DNA载量的关系。方法:选取214例HBeAg阳性患者,在LAM(100 mg/d)的36个月用药治疗前使用实时荧光定量PCR进行血清HBV-DNA载量进行测定,并使用特异性引物鉴定HBV病毒DNA保守位点YMDD的抗药性突变以及病毒株的变化情况。结果:(1)214例患者均对LAM产生应答,在治疗12-18个月后血清HBV-DNA载量稳定在较低水平。(2)病毒株在NAs治疗前已经出现耐药性突变(18%),用药加速了HBV病毒的耐药进化,18个月后耐药病毒数在214例样本中均超过10%的检测标准。结论:LAM治疗在9-18个月获得良好的治疗效果,建议24个月后停药更换临床处方防止耐药病毒株的进化。     

一株达菲耐药的甲型H1N1流感病毒全基因特征分析

目的分析1株甲型H1N1流感达菲耐药病毒株的全基因特征,为指导流感临床治疗与防控提供依据。方法采用鸡胚进行病毒分离,提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其全基因组8个基因片段,测定核苷酸序列,利用生物信息软件拼接全基因组序列,绘制基因进化树并分析重要基因位点变异情况。结果 A/Fuzhou/SWL11609/2013(H1N1)流感毒株的8个节段基因均处于2013-2014年度进化簇中,且与A/California/07/2009(H1N1)疫苗株高度同源,8个基因同源性均在97.4%以上;其HA和NA基因与A/Hubei-Wuchang/SWL1322/2013(H1N1)达菲耐药株同源性最高,分别为100.0%和99.6%;初步判断该毒株未发生重配现象,其重要致病性基因位点未发生变异;NA基因中具有H275Y典型达菲耐药位点特征,缺失一个糖基化位点(N386K),降低了基因结构的稳定性,同时在V241I和N369K的作用下降低了病毒的适应性。结论本次研究的甲型H1N1流感达菲耐药病毒株表现为低致病性流感病毒特征,但具备较好的人传人能力,需进一步加强监测,谨防耐药株的广泛流行。     

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)SNV分型检测技术

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的全球大流行对整个人类社会造成了重大影响,人类面临着财政刺激、金融压力、债务重整等挑战。在特效治疗药物与方法出现之前,大规模的人群筛查隔离成为现在疫情治理的最有效方法。然而,这一次的新冠病毒(SARS-CoV-2)展示出了极高的遗传变异性,截至2022年3月31日统计突变率超过了2.3‰,迄今为止高传染性的新病毒株不断出现,被世界卫生组织正式警告的变异株就达到了7个。因此,在接下来的病毒防控与研究中,不但需要检测SARS-CoV-2,更需要精准、实用的单核苷酸变异(single nucleotide variation, SNV)基因分型技术,特别针对大规模人群筛查中,不仅需要获得SRAS-CoV-2的信息,还需要精准快速区分具有更高传染性与毒性的变异株感染。对病毒的感染和突变机制进行了简要介绍,并着重对现有主要的SARS-CoV-2 SNV分型技术进行了分类综述,希望为新型检测技术的开发提供参考。     

丙型肝炎病毒高变区及其变异机制

丙型肝炎病毒(HCV)包膜糖蛋白E2所含的3个高变区(HVR1/2/3)是HCV基因组中变异程度最高的部分,参与病毒识别、黏附和入侵等过程。了解HVR的特点、变异规律及其生物学意义,不仅有利于阐明HCV持续感染及耐药机制,还可为未来HCV疫苗和新型治疗药物的设计提供理论依据。     

靶向AXL克服肺腺癌EGFR-TKIs获得性耐药

目的:探索AXL在肺腺癌细胞(Lung adenocarcinoma cell, LAC)EGFR-TKIs获得性耐药中的作用,为肺癌临床治疗和新型药物的研发提供实验依据。方法:构建EGFR-TKIs获得性耐药的肺腺癌模型并通过CCK-8法检测耐药株对肺腺癌靶向治疗药物吉非替尼(Gefitinib)、厄洛替尼(Erlotinib)和奥希替尼(Osimertinib)的敏感性。基于基因组学分析筛选出潜在的克服耐药的靶点AXL,通过Western blot和qRT-PCR技术检测AXL的表达情况,并同时检测上皮-间质转化(Epithelial-mesenchymal transition,EMT)分子标志物。R428是AXL的小分子抑制剂,通过CCK-8法、Transwell以及划痕实验等探究靶向AXL对肺腺癌亲本及耐药株增殖和迁移能力的影响。结果:AXL在构建的耐药株中显著高表达,其蛋白表达水平上调15-20倍(P0.001),m RNA水平上调2-5倍(P0.01);EGFR-TKIs耐药株发生上皮间质转化(EMT);靶向AXL选择性抑制耐药株的增殖能力并且恢复了耐药株对EGFR-TKIs的敏感性(P0.001);靶向AXL显著抑制耐药株增强的迁移能力,与亲本株相比最高抑制率可达80%左右(P0.001)。结论:用遗传学和药理学手段靶向AXL可以显著逆转肺腺癌对EGFR-TKIs耐药,逆转耐药株所增强的迁移等肿瘤生物学特征,对克服EGFR-TKIs获得性耐药有着重要的临床治疗价值以及转化医学前景。     

江苏省2017年新报告HIV感染者治疗前耐药分析及基因亚型分布

基于大样本量的亚型及治疗前耐药分析,更准确地掌握江苏省HIV-1流行亚型,更真实地评估江苏省治疗前耐药水平并为抗病毒治疗的开展提供依据收集2017年全年全江苏省新报告感染者治疗前血样.逆转录PCR扩增HIV-1蛋白酶区(pol)基因并送测序.ChromasPro剪辑,拼接,合成序列.MEGA7做序列比对并构建进化树分析亚型.序列在线比对耐药位点.治疗前耐药分析,耐药率达16.3％.蛋白酶区(PR)主要耐药位点是L33F,占44.4％.核苷酸逆转录酶区(NRTI)主要耐药位点是M184位点变异,占35％.非核苷酸逆转录酶区(NNRTI)耐药位点主要是V179位点变异,占59.2％.CRF01_AE亚型(456,37.7％)和CRF07_BC亚型(381,31.6％)仍为江苏省主要流行亚型;不同的是复杂重组体(CPXs)和独特重组体(URFs)数量极速上升至第三位(241,19.9％).江苏省HIV-1复杂重组体大量出现,提示新人病毒或病毒交叉重组频繁,艾滋病的防制依然任重道远.在治疗前耐药比例大幅上升的情况下,治疗前耐药检测成为个体选择抗病毒治疗方案的关键.     

基于液体活检与二代测序解析肺腺癌患者靶向药耐药机制

表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(EGFR TKI)是治疗非小细胞肺癌的一线药物,但在治疗过程中难以避免耐药性的产生.目前已知的获得性耐药机制主要包括EGFR T790M突变、HER2基因扩增、MET基因扩增、转分化等,并尚有15％～20％的患者的耐药机制不明.本研究发展了一种基于液体活检与高通量测序方式解析肺癌患者靶向药物耐药机制的方法.我们通过液体活检的方式取得了接受EGFR TKI治疗肺腺癌患者治疗前及EGFR TKI耐药后的胸腔积液样本,在对其中的肿瘤细胞进行富集后,通过基因组及转录组的高通量测序并结合生物信息学分析,解析耐药前、耐药后基因组变异以及基因表达的差异,进而探究该患者的靶向药物耐药机制,为制订新的治疗方案提供科学依据.     

新城疫不同毒株交叉鸡胚中和指数及其与F和HN基因变异的相关性

选取13株国内2001～2004年分离的新城疫流行病毒(Newcastle disease virus,NDV),经蚀斑纯化,克隆其融合蛋白(F)和血凝素.神经氨酸酶(HN)基因,结合疫苗株La Sota、Clone30和国内标准强毒株F48E9等的基因序列,进行遗传变异分析.利用纯化的病毒制备特异阳性血清,进行鸡胚交叉中和试验,确定不同NDV毒株之间的抗原相关性,并与NDV不同毒株之间的HN和F基因核苷酸(氨基酸)同源性进行相关比较.结果表明:病毒中和指数与HN基因的核苷酸(氨基酸)同源性显著相关(P<0.01,r=-0.35),与F基因呈弱相关(P<0.05,r=0.20),而与F基因前374bp的核甘酸同源性不相关.这表明,NDV的分子变异已经对NDV的抗原性变异产生了影响,研制新型的疫苗成为必然.     

疫苗接种导致免疫逃逸：艾滋病疫苗研究中的新问题

病毒的基因突变是一普遍存在的现象。物理、化学和生物的因素均可不同程度地诱导病毒基因突变。在人类免疫缺陷病毒(HIV)感染中,近一半以上的艾滋病病人经常规抗HIV化学药物治疗后,可引起HIV结构或非结构基因的改变,导致耐药株的……     

乙脑病毒持续感染株preM区序列分析

为了研究乙型脑炎病毒持续感染株preM区域基因序列变异及其意义,我们将两种乙脑病毒野生株(JaGAr-01株和Nakayama株)分别感染人肝癌KN73细胞,经过多次细胞传代后建立乙脑病毒持续感染模型,收集感染细胞经反复冻融获取变异病毒。利用preM区特异引物进行RT-PCR法得到两种病毒的preM区基因片段,应用基因测序反应进行序列分析,并对两种病毒株preM区序列进行比较。preM区基因测序结果显示,与JaGAr-01野生株比较,JaGAr-01持续感染变异株(JaG-per)有1个核苷酸上碱基发生变异(第26位U→G)并导致相应氨基酸发生置换(第9位亮氨酸→精氨酸);Nakayama持续感染变异株(Nak-per)与其野生株相比则有11个核苷酸上碱基存在差异(第26位U→G,第37位G→A,第39位C→U,第45位U→C,第51位U→C,第99位U→C,第126位U→C,第165位C→U,第189位C→U,第195位C→U,第198位U→C),但仅有其中第26位、第37位、第39位的碱基变异引起相应编码的氨基酸发生置换(第9位亮氨酸→精氨酸及第13位缬氨酸→异亮氨酸)。对比还发现变异后的JaGAr-01持续感染株与Nakayama持续感染株的基因序列相同。认为乙脑病毒持续感染变异株preM区存在基因变异,这种变异可能与该区参与病毒持续感染及维持病毒生物学特性有关。     

应用流式细胞术对白假丝酵母菌耐药机制的研究

目的 探讨流式细胞术研究白假丝酵母菌耐药机制的可行性.方法 临床分离对氟康唑敏感的白假丝酵母菌种,经体外诱导产生耐药.应用荧光染料PI(碘化丙啶)和罗丹明123染色,通过流式细胞术检测敏感株、耐药株、回复敏感株的细胞周期和药物外排活性.结果 与敏感株和回复敏感株比较,耐药株增殖活性明显下降,但是药物外排活性显著增强.结论 应用氟康唑能够体外诱导白假丝酵母菌产生耐药.流式细胞术应用于白假丝酵母菌增殖活性和药物外排活性研究是可行的.     

呼吸机相关性肺炎的常见病原菌耐药性分析

目的:探讨呼吸机相关性肺炎(VAP)的常见病原菌并分析其耐药性,为临床治疗提供依据。方法:选取我院收治的135例VAP患者的临床资料,分析其病原菌分布以及抗菌药物的耐药性。结果:135例患者中共分离出183株病原菌,其中革兰氏阴性菌135株(占73.77%),革兰氏阳性细菌33株(占18.03%),真菌15株(占8.20%)。革兰氏阴性菌主要为鲍曼不动杆菌,占35.52%,革兰氏阳性细菌主要为金黄色葡萄球菌,占9.84%,革兰阳性菌无一对万古霉素耐药,除了米诺环素总耐药率为42.42%外,其余病原菌对于常用的药物总耐药率均大于60.0%,革兰阴性菌普遍存在多药耐药现象。结论:引起VAP患者感染的主要致病菌为革兰阴性菌群,且存在严重的多重耐药现象,在临床上应加强对VAP疾病的预防和控制,合理应用抗菌药物。     

采用熔点曲线法研究乙肝病毒准种与拉米夫定临床耐药相关性

为了研究乙型肝炎病毒(HBV)准种与拉米夫定耐药的关系以指导临床用药,随机选取拉米夫定治疗后发生YMDD变异的慢性乙型肝炎(CHB)患者30例,以及停用拉米夫定后发生病毒反弹的CHB患者30例作为研究对象,同时以未经拉米夫定治疗的CHB患者30例为对照,采用聚合酶链反应(PCR)扩增这些病人体内HBV的P区,再用熔点曲线法分析3组患者体内的HBV准种情况。另外,采用相同方法对HBV C区、S区准种也进行了对比。结果显示,病毒变异组患者体内HBV P区准种数量为2.50±0.86个,病毒反弹组为5.30±0.95个,未治疗组为8.37±0.93个,3组间准种数量两两比较均有显著性差异(P<0.05)。HBV C区病毒变异组准种数量为6.10±1.86个,病毒反弹组为6.37±1.81个,未治疗组为6.33±1.64个,3组准种数量无显著性差异(P>0.05)。HBV S区病毒变异组准种数量为5.23±1.85个,病毒反弹组为6.17±1.93个,未治疗组为5.77±2.11个,3组准种数量无显著性差异(P>0.05)。HBV P区熔点曲线图显示,病毒变异组优势病毒群的熔点与病毒反弹组和未治疗组相比,已发生明显的偏移,而在HBV C区和S区熔点曲线图中,3组的波峰数和优势病毒群的熔点均没有明显变化。可见,在拉米夫定的作用下HBV P区准种数量减少,准种的性质也发生变化,发生变异后劣势耐药病毒株变为优势病毒株易被检测到。拉米夫定对HBV C区、S区作用不明显。     

乙脑病毒持续感染株preM区序列分析

为了研究乙型脑炎病毒持续感染株preM区域基因序列变异及其意义,我们将两种乙脑病毒野生株(JaGAr-01株和Nakayama株)分别感染人肝癌KN73细胞,经过多次细胞传代后建立乙脑病毒持续感染模型,收集感染细胞经反复冻融获取变异病毒.利用preM区特异引物进行RT-PCR法得到两种病毒的preM区基因片段,应用基因测序反应进行序列分析,并对两种病毒株preM区序列进行比较.preM区基因测序结果显示,与JaGAr-01野生株比较,JaGAr-01持续感染变异株(JaG-per)有1个核苷酸上碱基发生变异(第26位U→G)并导致相应氨基酸发生置换(第9位亮氨酸→精氨酸);Nakayama持续感染变异株(Nak-per)与其野生株相比则有11个核苷酸上碱基存在差异(第26位U→G,第37位G→A,第39位C→U,第45位U→C,第51位U→C,第99位U→C,第126位U→C,第165位C→U,第189位C→U,第195位C→U,第198位U→C),但仅有其中第26位、第37位、第39位的碱基变异引起相应编码的氨基酸发生置换(第9位亮氨酸→精氨酸及第13位缬氨酸→异亮氨酸).对比还发现变异后的JaGAr-01持续感染株与Nakayama持续感染株的基因序列相同.认为乙脑病毒持续感染变异株preM区存在基因变异,这种变异可能与该区参与病毒持续感染及维持病毒生物学特性有关.     

用非损伤微测技术研究肿瘤细胞的耐药性与其胞外H+流变性的相关性

介绍了人乳腺癌细胞(药物敏感株MCF-7/S及耐药株MCF-7/R)在化疗药物阿霉素(adriamycin,ADR)处理下,细胞外pH和H 流动方向和速率的变化.为此,建立了一种基于非损伤微测技术(non-invasive micro-test technique,NMT)的药物抗性研究方法(drug resistance study method,DRSM),该方法可用于研究器官/组织/细胞外离子/分子活性与肿瘤细胞耐药性之间的相互关系.结果显示存在一个持续的并以固有振荡形式出现的胞外H 流现象.此外,耐药株净H 流在加ADR前趋近于零,而敏感株净H 流呈明显内流.敏感株和耐药株加ADR后净H 均呈外流,但耐药株的净H 外流速率要高于敏感株5倍.与净H 流动速率结果相一致的是胞外的pH也产生了相应的变化.因此,实验为胞外H 活性与肿瘤耐药性的相互关联提供了直接证据.     

应用焦磷酸测序技术快速检测猪流感病毒金刚烷胺耐药性的分子标签

【目的】本研究旨在通过焦磷酸测序技术对我国分离的H1N1、H3N2、H9N2等3种基因型的10株猪流感病毒分离株进行金刚烷胺耐药性鉴定。【方法】流感病毒M2蛋白5个关键位点氨基酸残基(第26、27、30、31和34位)中的任何一个发生突变会导致抗流感病毒药物中金刚烷胺抗药性的产生。本研究利用焦磷酸测序技术对2004-2008年国内分离的10株猪流感病毒M基因金刚烷胺耐药性分子决定区进行了鉴定,并进行抗药性分析。【结果】基于M2蛋白基因保守区序列建立的焦磷酸测序技术能用于国内猪流感病毒的快速检测,且具有较好的特异性和重复性。抗药性分析表明10株猪流感病毒国内分离株中5株H1N1分离株全部耐药,主要存在M2蛋白的V27T、V27I或S31N位点的突变,而4株H3N2和1株H9N2猪流感病毒分离株在M2蛋白5个关键位点上均未出现变异,表明其对金刚烷胺敏感。【结论】基于M基因的焦磷酸测序技术可以用于我国猪流感病毒金刚烷胺耐药性快速鉴定。     

鲍曼不动杆菌的耐药情况及碳青霉烯酶基因检测

了解佳木斯大学附属第一医院鲍曼不动杆菌耐药性及碳青霉烯酶包括苯唑西林酶和金属酶相关耐药基因分布情况,为临床抗菌药物的合理选择提供依据。2013年9月至2014年12月使用VITEK-II全自动微生物鉴定/药敏测试系统筛选出佳木斯大学附属第一医院临床标本鲍曼不动杆菌69株;采用多重PCR方法检测鲍曼不动杆菌携带的碳青霉烯酶相关耐药基因16SrRNA、OXA-23、OXA-24、OXA-51、OXA-58、IMP、VIM、SIM,并对耐药基因扩增的阳性产物进行DNA 序列分析。69株AB对亚胺培南、美洛培南的耐药率分别为36.2%、37.68%,对其他抗菌药物的耐药率均高于50%。6种耐药基因的检测结果为69株(100%)携带OXA-51基因,32株(46.4%)携带OXA-23基因,17株(24.6%)携带OXA-24基因,5株(7.2%)携带OXA 58基因,1株（1.4%）携带IMP基因。25株碳青霉烯类药物耐药鲍曼不动杆菌中,22株(88%) 携带OXA-23,1株(4%)携带OXA-58,10株(40%)携带OXA-24,6株（24%）同时携带OXA-23、OXA-24。 DNA序列分析结果显示：OXA-23、OXA-24、OXA-51、OXA-58分别与NCBI的序列同源性均为99%。产OXA-23型碳青霉烯酶可能是佳木斯大学附属第一医院鲍曼不动杆菌对碳青霉烯酶类抗菌药物耐药的主要原因,另外佳木斯大学附属第一医院存在OXA-24型耐药基因鲍曼不动杆菌的区域性流行。