小细胞肺癌中转录因子E2F1调控的靶基因（英文）北大核心CSCD

本研究组前期研究结果表明,转录因子E2F1在大约95%的小细胞肺癌组织中表达上调,而且与其浸润、转移密切相关,但是E2F1在小细胞肺癌中调控的靶基因未见报道。本研究旨在探索E2F1在小细胞肺癌细胞株H1688中调控的靶基因。染色体免疫共沉淀联合测序(chromatin immunoprecipitation sequencing,Ch IP-seq)结果显示,在小细胞肺癌H1688细胞中,E2F1能够调控5 326个靶基因的表达,其中4 700个是结构基因,626个基因编码长链非编码RNA。基因功能注释(gene ontology,GO)和基因富集图谱(enrichment map)分析显示,E2F1调控的靶基因功能主要集中在3个方面:细胞周期调控、染色体和组蛋白修饰以及蛋白转运。MEME4.7.0软件分析显示,E2F1通过结合6个序列调控相关靶基因和长链非编码序列的表达。以上结果阐明了E2F1在小细胞肺癌中调控的靶基因,为进一步研究E2F1在小细胞肺癌发生、发展、浸润与转移、复发和耐药中的作用提供了实验依据。     

肿瘤转移抑制基因BRMS1的表达分析及机制研究进展

乳腺癌转移抑制基因1(BRMS1)是一个有活性的肿瘤转移抑制基因,参与抑制乳腺癌、黑素瘤、鼻咽癌、非小细胞肺癌、卵巢癌等恶性肿瘤的转移。BRMS1编码蛋白主要通过转录调控转移相关靶基因,参与调节细胞凋亡、细胞通讯、肿瘤血管新生等多种细胞事件。从BRMS1基因的分子结构、表达调控、生物学功能以及转移抑制机理等方面对BRMS1的研究进展做简要回顾。     

猪鼻支原体(Mycoplasma hyorhinis)诱导NCI-H446等小细胞肺癌细胞在FIGNL1沉默时出现S期阻滞

【目的】研究支原体对体外培养细胞基因功能的影响。【方法】利用si RNA抑制DNA双链损伤修复关键基因——FIGNL1在无支原体感染、感染猪鼻支原体及清除支原体污染后的人小细胞肺癌细胞株NCI-H446与NCI-H1688中的表达后,采用定量PCR、流式细胞术等方法检测支原体感染对宿主细胞目标基因表达、细胞周期等影响。【结果】虽然猪鼻支原体感染对si RNA沉默FIGNL1表达无显著影响,无支原体感染及清除支原体污染的H1688和H446细胞FIGNL1表达沉默后,与仅加转染试剂的空白组(mock)相比较,靶标FIGNL1基因的实验组(T1)和阴性对照组(nc)的S期细胞比例均未发生显著变化。但猪鼻支原体感染的H1688和H446细胞相对于空白组,实验组与阴性对照组的S期细胞比例,H1688细胞提高了约1.38倍和0.51倍,H446细胞提高了约1.27倍和0.55倍。【结论】推测由于支原体会对宿主细胞DNA造成损伤,而FIGNL1是DNA双链断裂损伤修复的重要基因,从而导致沉默猪鼻支原体感染的H1688和H446细胞FIGNL1表达时,细胞会出现S期阻滞。鉴于支原体感染对细胞有广泛、显著的影响,在基因功能、肿瘤等细胞生物学研究中,应予以高度重视。     

lncRNA CCAT2调控SIRT1蛋白表达激活Wnt/β-catenin通路影响非小细胞肺癌细胞增殖和转移

该文旨在分析长链非编码RNA(lncRNA) CCAT2通过调控SIRT1蛋白的表达激活Wnt/β-catenin信号通路进而影响非小细胞肺癌细胞增殖和转移的机制。采用qRT-PCR检测肺癌组织及肺癌细胞株中lncRNA CCAT2的表达。利用卡方检验分析lncRNA CCAT2表达与肺癌患者临床病理特征的关系。CCK-8实验、划痕实验及Transwell实验观察敲低lncRNA CCAT2表达对肺癌细胞增殖、迁移及浸润能力的影响。Western blot检测敲低lncRNA CCAT2表达对H1975细胞株中SIRT1蛋白及Wnt/β-catenin信号通路蛋白表达的影响;以及敲低或过表达SIRT1对Wnt/β-catenin信号通路蛋白表达的影响。利用RNA免疫共沉淀(RIP)及RNA pull-down实验验证lncRNA CCAT2与SIRT1之间的相互作用。该研究得出,癌组织及肺癌细胞株中lncRNA CCAT2表达显著较高(P0.05),敲低lncRNA CCAT2表达能够抑制H1975细胞的增殖、迁移及浸润。敲低lncRNA CCAT2表达后,H1975细胞株中SIRT1、β-catenin、Cyclin D1、myc蛋白的表达降低;敲低SIRT1后,细胞核β-catenin蛋白、Cyclin D1、myc蛋白的表达均降低。与非特异性抗体比较,SIRT1抗体呈明显的lncRNA CCAT2富集;lncRNA CCAT2的截短突变组细胞中SIRT1相对表达量明显低于lncRNA CCAT2组。lncRNA CCAT2通过调控SIRT1蛋白表达激活Wnt/β-catenin信号通路进而促进肺癌细胞增殖、迁移及浸润,有望成为新的肿瘤标志物。     

H1启动子siRNA载体的构建及应用

利用双链RNA(dsRNA)调控基因表达已经成为研究基因功能的有力工具。用人H1启动子构建了pBS／H1PS小干扰RNA(siRNA)表达载体,用于在哺乳动物细胞中产生特异性dsRNA转录产物。通过对293细胞中的PSMA7分子进行表达抑制,证明该siRNA载体能够有效产生针对靶基因的RNA干扰(RNAi)效应。     

非典型E2F转录因子对细胞周期的调控及其功能

E2F家族转录因子是细胞周期调控网络中的重要环节之一,对细胞的增殖、分化和凋亡进行调节,并参与多种生理和病理过程。近年来,关于哺乳动物中E2F转录因子的生物学作用研究取得了很大进展,并鉴定出两个非典型的E2F家族成员：E2F7和E2F8。与典型的E2F转录因子相比,非典型E2F蛋白结构中含有两个相同的DNA结合域,对靶基因转录的调控不依赖于二聚化蛋白。非典型E2F蛋白进入细胞核后,通过与经典的E2F靶基因启动子结合,发挥转录抑制作用并调节细胞周期的进程,从而对细胞的大小、多倍化、增殖、分化和凋亡进行调控。随着基因敲除模型的建立和完善,使得进一步研究非典型E2F转录因子在不同组织或器官中的生物学作用成为可能。非典型E2F在胚胎发育、血管发生及造血系统中均发挥重要作用。另外,肿瘤细胞中典型E2F和非典型E2F的表达比例发生改变,说明非典型E2F成员还参与肿瘤的发生发展。该文综述了近年来关于非典型E2F转录因子的表达、调节及其生理病理作用的研究进展。     

初探E2F1 对基因组内跨膜信号转导基因的调控作用

目的:从基因组全局性角度研究E2F1对包括离子通道和G蛋白偶联受体在内的重要的跨膜信号转导基因的调控作用。方法:对从TRED和IUPHAR获取的E2F1靶基因数据和基因组离子通道及G蛋白偶联受体基因数据进行数据联配,获取E2F1调控的离子通道基因(ICG)和G蛋白偶联受体基因,并对调控基因进行家族富集性分析和组织特异性分析。结果:发现E2F1对7个ICG具有调控作用,且具有钾离子通道富集性,调控的离子通道基因具有心脏、脑、消化系统组织表达特异性。获得的11个受E2F1调控的G蛋白偶联受体基因家族富集性不明显,组织特异性表达不一致。结论:E2F1可能通过对钾离子通道基因的表达调控,实现对相应组织的作用机理影响,相应调控作用的紊乱也将导致心脏、脑或消化系统疾病,但难以确定E2F1对GPCR的调控作用效果。     

利用重组荧光素酶报告基因载体研究E2F调控组蛋白H2A的转录

转录因子E2F与细胞增殖、凋亡及癌变密切相关,组蛋白H2A是构成核小体的重要成员之一.研究通过特异性的阻断Rb基因的表达发现组蛋白H2A家族成员:HIST1H2AJ表达下调,再进一步研究转录因子E2F对HIST1H2AJ的转录调控.通过PCR得到HIST1H2hJ的5非翻译区序列,克隆到荧光素酶报告载体pGL3中,然后转染入HEK293,再检测荧光素酶的活性来判断E2F是否调控HIST1H2AJ的转录.研究结果表明:转录因子E2F能够调控组蛋白H2A家族成员之一HIST1H2AJ的转录.     

PVT1在恶性肿瘤发生发展中的作用及机制

长链非编码RNA在调节细胞的生长、分化及其他生物学过程中具有重要作用,且与恶性肿瘤等常见疾病密切相关.人类长链非编码RNA PVT1的编码基因由于位于染色体8q24这一脆性位点且临近癌基因MYC而受到广泛关注.浆细胞瘤可变异位基因1(PVT1)在多种肿瘤中高表达,是潜在的癌基因;PVT1也能因染色体断裂重排而与其他基因形成新的融合基因影响恶性肿瘤的表型;PVT1还可与MYC基因相互作用,通过多种途径参与恶性肿瘤细胞的增殖、凋亡等调控.本文对PVT1在恶性肿瘤发生发展中的作用及其机制进行综述.     

肝癌细胞HepG2中增强子的识别及生物信息学分析

目的:整合增强子特征识别肝癌细胞HepG2增强子,并对其保守性、GC含量、转录因子调控、靶基因功能等进行分析,以期解析肝癌细胞增强子参与的调控网络。方法:通过整合H3K27ac、H3K4me1和H3K4me3组蛋白修饰及DNaseⅠ高敏位点的Chip-seq数据预测HepG2中的增强子,计算每个增强子的平均Phast Cons分数和GC含量,评估整体增强子的保守性与GC含量,整合ENCODE转录因子结合位点数据寻找转录因子-增强子调控,使用GREAT和DAVID分别对增强子和增强子的靶基因进行GO与KEGG通路功能富集分析。结果:共识别2254个肝细胞癌增强子,1432个增强子靶基因,135个转录因子的9983个增强子结合位点;比较随机位点靶基因,发现增强子显著正调控靶基因的表达;保守性与GC含量分析表明增强子具有显著高的保守性与GC含量,并存在C-T/C-T/C-T-G模式的motif;增强子功能分析显示增强子显著富集于蛋白结合、酶结合、转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ结合等已知增强子功能,增强子GO与KEGG通路功能富集分析表明增强子靶基因显著参与细胞增殖、细胞凋亡、细胞周期调控和细胞迁移等肿瘤相关的生物进程与信号通路。结论:识别的肝细胞癌增强子具有显著高的保守性与GC含量,受多种转录因子调控,对其靶基因起正调控作用并且显著富集于肿瘤相关生物学进程与信号通路中。     

原癌基因c-maf在多发性骨髓瘤中的研究进展

人类多发性骨髓瘤是一种难以治愈的B淋巴细胞恶性分化的疾病,其细胞遗传学特征表现在染色体异常.原癌基因c-maf在多发性骨髓瘤细胞中高水平表达,其编码的c-Maf蛋白作为转录因子,通过作用于5个下游靶基因CCND2、ITGB7、CCR1、SPP1和ARK5,与细胞周期调控、肿瘤细胞的黏附性、肿瘤侵袭和转移、血管发生等方面有关.原癌基因c-maf和/或c-Maf蛋白有可能作为治疗多发性骨髓瘤的新靶点.     

长链非编码RNA在肺癌中的研究进展

长链非编码RNAs(long noncoding RNAs,lncRNAs)是一种长度大于200 nt,无编码蛋白质功能的RNA分子。lncRNAs在转录和转录后不同层面调控基因的表达,进而参与细胞的生长、分化和凋亡等生命过程。近年来的研究显示,异常表达的lnc RNAs与肺癌的发生发展密切相关,有望成为肺癌诊断中有效的生物标志物。因此,对lncRNAs的深入研究有助于阐明肺癌发生发展的分子机制,为肺癌的诊断和治疗提供新靶点。     

lncRNA BLACAT1通过抑制miR-374b-5p促进非小细胞肺癌细胞增殖和转移

目的:研究长链非编码RNA BLACAT1在非小细胞肺癌发生和转移过程中的作用机制。方法:starBase软件分析TCGA数据库中肺腺癌及肺鳞癌与癌旁组织之间BLACAT1表达差异;qRT-PCR检测人非小细胞肺癌细胞A549、HCC827、NCI-H1299、NCI-H23和正常肺上皮细胞BEAS-2B中BLACAT1的转录水平差异,筛选BLACAT1高表达非小细胞肺癌细胞系;CCK-8检测BLACAT1对非小细胞肺癌细胞增殖能力的影响;Transwell检测BLACAT1对非小细胞肺癌细胞迁移和侵袭能力的影响;starBase软件预测BLACAT1作用的miRNA,采用qRT-PCR验证敲低BLACAT1对预测miRNA表达的影响,筛选与BLACAT1相互作用的miRNA,双萤光素酶报告基因实验验证结果;CCK-8检测BLACAT1/miR-374b-5p对非小细胞肺癌细胞增殖能力的影响;Transwell检测BLACAT1/miR-374b-5p对非小细胞肺癌细胞迁移和侵袭能力的影响;Western印迹检测非小细胞肺癌细胞转移相关基因的蛋白表达水平。结果:肺腺癌及肺鳞癌组织中BLACAT1表达量显著高于癌旁组织;非小细胞肺癌细胞A549的BLACAT1表达量最高;敲低BLACAT1降低A549细胞活力、迁移和侵袭能力;BLACAT1作为海绵吸附miR-374b-5p;敲低BLACAT1增加miR-374b-5p的表达,抑制非小细胞肺癌细胞增殖、迁移和侵袭。结论:BLACAT1通过抑制miR-374b-5p促进非小细胞肺癌细胞增殖和转移。     

长链非编码RNA与肿瘤的关系及其临床价值

长链非编码RNA（long non-coding RNA,IncDNA）是指长度超过200个核苷酸、具有调控基因表达作用的非编码RNA。近年来研究表明,长链非编码RNA在肿瘤的发生、发展过程中发挥着促癌或抑癌作用,它们参与了细胞凋亡调控、肿瘤浸润与转移等过程;另外,它们还通过表观遗传调控的方式影响肿瘤细胞的生长。它们有希望成为新型肿瘤标志物和肿瘤治疗的靶点,在肿瘤诊断和治疗方面显示出良好的临床应用前号。     

转录因子E2F1抑制CREG表达调控体外培养的人血管平滑肌细胞分化

为探讨转录因子E2F1在血管平滑肌细胞(vascular smooth muscle cells,VSMCs)表型转化中的作用及其对E1A激活基因阻遏子(cellular repressor of E1A-stimulated genes,CREG)表达调控的分子机制,应用生物信息学方法,定位人CREG(hCREG)基因启动子并确定转录因子E2F1在hCREG启动子区的结合位点,PCR方法克隆并构建hCREG基因启动子绿色荧光报告基因载体,以hCREG启动子区E2F1结合位点为模板,化学合成E2F1寡聚脱氧核苷酸(ODN)和错配E2F1ODN,利用转录因子"诱骗(Decoy)"策略,用E2F1ODN转染体外培养的VSMCs以阻断E2F1与hCREG基因启动子区的结合,蛋白质印迹(Western blot)分析检测阻断前后细胞内hCREG蛋白、报告基因绿色荧光蛋白(green fluorescent protein,GFP)和平滑肌细胞分化标志蛋白SMα-actin表达变化.结果显示:分化表型HITASY细胞中E2F1表达下调伴出核转位,而增殖表型的HITASY细胞中E2F1蛋白表达明显增加且定位于核内.进一步应用FuGene6瞬时转染E2F1ODN和错配E2F1ODN于体外培养HITASY细胞中,蛋白质印迹分析发现,转染E2F1ODN后,HITASY细胞中hCREG、SMα-actin和GFP表达均较未阻断组及错配组细胞明显增加.上述研究结果证实,E2F1是hCREG基因转录的重要调控因子,能够直接结合于hCREG启动子区阻遏hCREG表达,参与hCREG蛋白对VSMCs表型转化的调控作用.     

E2F1 介导8-氯-腺苷引起的人肺癌细胞H1299的凋亡

8-氯-腺苷（8-Cl-adenosine,8-Cl-Ado）可诱导人非小细胞性肺癌细胞H1299发生凋亡,但其分子机制还没有阐明．首先用四唑盐（MTT）比色法检测了8-Cl-Ado 对H1299 细胞的生长抑制作用．进一步采用蛋白质免疫印迹法(Western blotting) 检测了8-Cl-Ado 处理H1299细胞后,procaspase-3 的激活情况以及E2F1的蛋白水平．通过用pcDNA-HA-E2F1表达载体和pSUPER-E2F1 RNA 干扰载体分别转染H1299 细胞,研究在E2F1 过表达和RNA 干扰（RNA interference, RNAi）两种情况下对凋亡的影响．实验结果表明,8-Cl-Ado可抑制H1299 细胞的生长,激活凋亡关键执行蛋白procaspase-3,升高E2F1 蛋白水平．当E2F1 过表达后,同时伴有procaspase-3 的激活,而E2F1 表达受到抑制后,与对照相比,8-Cl-Ado 引起的procaspase-3 的激活被明显抑制,说明E2F1 介导8-Cl-Ado 引起的人肺癌细胞H1299 的凋亡．     

MiRNA调控非小细胞肺癌转移的研究进展

微小RNA是内源性的非编码小RNA分子,通过与靶mRNA的结合在转录后水平调控基因的表达,从而参与众多生命活动的调控。NSCLC是严重威胁人类健康的恶性肿瘤,侵袭转移是其主要特征,也是其治疗失败和死亡的主要原因。miRNA可以通过促进上皮-间质转化、金属基质蛋白酶表达,以及血管生成来促进NSCLC转移,而且miRNA在调节肺癌干细胞特性中也发挥着重要作用。转移相关的miRNA已成为肺癌靶向治疗的新靶点。     

microRNA——新的髓系白血病致病因子及临床标物

微RNA(MicroRNA,miRNA)是一类长18～25 nt的非编码RNA,主要通过与靶基因mRNA3'UTR上的互补区域结合后在转录后水平(RNA切割或翻译抑制)负性调控靶基因的表达.现已发现,miRNA参与了多种正常细胞过程以及肿瘤发生的调控.miRNA也在造血链系分化和相关白血病中发挥重要作用.急性髓系白血病...