水稻矮缩病毒基因组第六号片段编码区的cDNA克隆及序列分析

从水稻矮缩病毒中国福建分离物的基因组中分离出第六号片段的双链ＲＮＡ,根据已发表的日本分离物第六号片段ｃＤＮＡ全序列合成了两个寡聚核苷酸引物,经过逆转录合成ｃＤＮＡ,应用ＰＣＲ方法扩增了编码区的基因序列,并将扩增产物克隆到ｐＧＥＭ３Ｚｆ（－）载体上。对重组子进行限制性酶切分析和ＤＮＡ序列分析证明,得到的是ＲＤＶ第六号片段完整的编码序列,进而构建了亚克隆并进行了全序列测定。结果表明,我们所扩增和克隆的     

汉滩病毒A9株强毒和弱毒克隆M基因片段G1糖蛋白编码区核苷酸序列…

采用逆转录－ＰＣＲ方法,用３对引物分３个片段扩增强毒克隆（Ａ９ｖ）及弱毒克隆（Ａ３９ｓ）的Ｍ基因片段ｃＤＮＡ并克隆入ｐＧＥＭ－Ｔ载体中,采用Ｓａｎｇｅｒ双脱氧法测定了Ａ３９ｓ,Ａ９ｖ病毒Ｇ１糖蛋白编码区的全序列,发现二者均由１９７８个核苷酸组成,比７６／１１８株少６个核苷酸,并发现Ａ３９ｓ在Ｇ１编码区有３３个碱基及８个氨基酸与Ａ９ｖ不同,进一步与７６／１１８,ＨＶ１１４的相关序列比较,发现Ｇ１编码     

水稻矮缩病毒基因组第八号片段的cDNA克隆序列分析及在大肠杆菌中的表达

从水稻矮缩病毒（ＲＤＶ）中国福建分离物中分离出基因组第八号片段ｄｓＲＮＡ,经逆转录合成ｃＤＮＡ,应用聚合酶链式反应技术扩增了编码区ｃＤＮＡ,并克隆在ｐＧＥＭ３Ｚｆ（一）载体上。该片段编码病毒外层外壳蛋白。对重组子进行限制性内切酶分析,亚克隆及全序列测定,结果表明,克隆片段全长１３５６ｂｐ,含有一个１２６６ｂｐ的阅读框架,编码一个含４２１个氨基酸的多肽。与日本流行株相应片段比较,有核苷酸和氨基酸水平     

汉坦病毒陈株S基因编码区的克隆,序列分析及表达

从汉坦病毒陈株感染的ＶｅｒｏＥ６细胞裂解液中提取病毒ＲＮＡ,经逆转录ＰＣＲ获得病毒Ｓ基因编码区约１．３ｋｂｃＤＮＡ片段,克隆该片段后进行核苷酸序列测定,并与汉坦病毒７６１１８株进行同源性比较,结果二者核苷酸序列同源性为８６％,推导的氨基酸序列同源性为９７％。将该基因片段插入原核表达载体ｐＧＥＸ４Ｔ１,在大肠杆菌中获得高效表达。表达产物为ＧＳＴＮＰ融合蛋白。ＳＤＳＰＡＧＥ检测表达蛋白分子约７２ｋＤ左右。Ｗｅｓｔｅｒｎｂｌｏｔｉｎｇ和ＥＬＩＳＡ试验结果表明,表达产物可与多株抗汉坦病毒核蛋白的ＭｃＡｂ发生反应,其抗原表位及ＭｃＡｂ反应谱与７６１１８株相比存在某些差异。     

汉滩病毒A9株强毒和弱毒克隆M基因片段G1糖蛋白编码区核苷酸序列的分析比较

采用逆转录－ＰＣＲ方法,用３对引物分３个片段扩增强毒克隆（Ａ９ｖ）及弱毒克隆（Ａ３％）的Ｍ基因片段ｃＤＮＡ,并克隆入ｐＧＥＭ－Ｔ载体中。采用Ｓａｎｇｅｒ双脱氧法测定了Ａ３９ｓ、Ａ９ｖ病毒Ｇ１糖蛋白编码区的全序列,发现二者均由１９７８个核苷酸组成,比７６／１１８株少６个核苷酸,并发现Ａ３９ｓ在Ｇ１编码区有３３个碱基及８个氨基酸与Ａ９ｖ不同。进一步与７６／１１８、ＨＶ１１４的相关序列比较,发现Ｇ１编码区的第６０６、６１４位氨基酸的变异同Ａ３９ｓ病毒的减毒有一定相关。从Ａ３９ｓ、Ａ９ｖ、７６／１１８及ＨＶ１１４４株病毒Ｇ１糖蛋白编码区推导的氨基酸序列亲疏水性资料显示,在位于Ｇ１糖蛋白Ｃ末端的最大亲水区域的６００～６２０位氨基酸区域,弱毒株Ａ３９ｓ同强毒株Ａ９ｖ、７６／１１８、ＨＶ１１４的亲水性有明显不同,而这一差异又主要由第６１４位氨基酸的变异所引起。因此推测,Ｇ１糖蛋白Ｃ端亲水区域同汉滩病毒毒力相关,而第６１４位的精氨酸被谷氨酰胺取代,同Ａ３９ｓ病毒毒力的减弱可能有关。     

汉坦病毒汉滩型特殊新亚型的发现

应用RT－PCR扩增了皖南山区分离株AH09的M和S片段全基因,克隆于T载体,纯化后测定序列。结果AH09株M片段的全基因序列共3625个核苷酸,编码1135个氨基酸;S片段的全基因序列共1724个核苷酸,编码430个氨基酸。M和S片段全基因核苷酸和氨基酸与汉坦病毒各型株的代表株和HTN型毒株的同源性比较表明,AH09株分枝与HTN型接近,与其它各型病毒则相距较远,故确定为HTN型毒株,但AH09株与HTN型毒株的M和S片段全基因序列有差异,其差异分别高达23．6％和20．4％,经种系发生分析,AH09株是迄今为止所发现的HTN型病毒中差异最大的新基因亚型病毒株,AH09株病毒M片段的氨基酸与HTN型相差13．5％至14．8％,而S片段仅相差7％－8．1％,说明AH09毒株的变异主要发生在M片段。而ORF和3‘端的NCR区核苷酸序列分析比较说明,病毒的变异更主要集中在该片段的3‘端的NCR区。     

一株新的狂犬病重组痘苗病毒某些生物学性质的研究

对表达狂犬病毒糖蛋白的重组痘苗病毒ＶＶＭ１１ＫＲＧ株生物学性质进行了研究,该重组病毒的特点是：（１）糖蛋白基因插入到痘苗病毒天坛株基因组ＨｉｎｄⅢＭ片段中;（２）启动子为痘苗病毒天坛株Ｐ１１晚期启动子;（３）不含外源ｌａｃ基因。该重组病毒在ＣＶ－１细胞和鸡胚细胞上繁殖滴渡略高于另一株重组痘苗病毒ＶＶＴＫ１１ＫＲＧ,在鸡胚细胞中繁殖滴度第三天达到最高,在ＣＶ－１细胞中第二天达到最高。温度稳定性与天坛株相比没有明显改变。重组病毒在家兔皮内的毒力比亲本株（天坛株）低。间接免疫荧光和Ｗｅｓｔｅｒｎｂｌｏｔ都证明了狂犬病毒糖蛋白有良好的表达。通过Ｓｏｕｔｈｅｒｎｂｌｏｔ证实糖蛋白基因准确地插入到ＨｉｎｄⅢＭ片段中。重组痘苗病毒启动子与部分糖蛋白基因克隆到ｐＧＥＭ３ｚｆ（－）质粒上,对该段ＤＮＡ序列分析表明不会产生移码和融合蛋白,从而为该重组病毒的使用提供了明确的基因背景资料。     

不同来源HBV病毒株基因的同源性分析

目的研究不同来源HBV病毒株的基因同源性。方法在CenBank中调取中国各地递交的HBV病毒株的全基因序列24个,使用ClustalW1．83生物软件,对各HBV病毒株的全基因序列进行同源性比较,并建立基因进化树,分析其特点。结果不同地区的HBV病毒株的全基因序列并不一致,同一地区来源的HBV病毒株的全基因序列亦并不一致,甚至差别很大。结论不同地区间和地区内的HBV病毒株的全基因序列具有很大的异质性。     

番茄花叶病毒外壳蛋白基因及3′端非编码区的克隆、序列分析及其表达

根据已报道的番茄花叶病毒Ｌ株系（ＴｏＭＶＬ）序列人工合成引物,经ＲＴＰＣＲ扩增并克隆了我国番茄花叶病毒分离物（ＴｏＭＶＳ１）的外壳蛋白ＣＰ基因及３′端非编码区。序列测定结果表明,所得ｃＤＮＡ共长６８２个核苷酸,其中ＣＰ基因含４８０个核苷酸,编码１５８个氨基酸,３′端非编码区含２０２个核苷酸,其核苷酸序列与ＴｏＭＶＬ株系具有９９．５％的同源率。将该基因片段克隆到ｐＧＥＭＥＸ１载体中,转入Ｅ．ｃｏｌｉ后诱导表达,经Ｗｅｓｔｅｒｎｂｌｏｔ检测证明,该基因已在大肠杆菌中正确表达。这是我国首次报道ＴｏＭＶＣＰ基因序列。     

苜蓿丫纹夜蛾核型多角体病毒(AcMNPV)大立方形多角体突变株的分子生物学研究

利用空斑技术,从既能形成多角体又含ＴＫ酶基因的苜蓿丫纹夜蛾重组核型多角体病毒ＡｃＭＮＰＶ－ＴＫ中,纯化了一株形成大立方形多角体的病毒突变株ＡｃＭＮＰＶ－ＴＫｍｔ５１３。用ＥｃｏＲＩ、ＰｓｔⅠ、ＢｇｌⅡ及ＫｐｎⅠ等限制性内切酶对它做了酶切分析,并克隆了多角体蛋白全基因及其侧翼部分的片段。对所克隆的部分全序列测定结果,发现在多角体蛋白基因读码框内只出现了一个碱基的突变,导致了第２５位的氨基酸密码子由ＧＧＴ变为ＧＡＴ,该位氨基酸由甘氨酸（Ｇｌｙ）变为天冬氨酸（Ａｓｐｑ）还利用ＰＣＲ技术扩增出突变了的多角体蛋白基因部分片段,并将它克隆入转移载体质粒ｐＥＶ５５,与不形成多角体的重组病毒ＴｎＮＰＶ－ＨＢｓＤ４ＤＮＡ共转染Ｓｆ９细胞,结果产生同样的大立方形多角体病毒。     

我国肾综合征出血热疫苗生产株LR1株的全基因组序列分析

为测定我国肾综合征出血热疫苗生产株LR1株的全基因组序列 ,了解该株分子基础 ,从提取的细胞总RNA逆转录PCR扩增 ,产物纯化后克隆T载体纯化后测序 ,结果证明 ,LR1株全基因组序列由L6 5 33、M36 16、S片段的16 92个核苷酸组成 ,依各自读码框架分别编码 2 15 1、1135、42 9个氨基酸。序列同源比较分析表明 ,LR1毒株与国外HTN型毒株高度同源 ,属同一亚型 ,尤其与HTN代表株 76 - 1183个片段同源率高达 99 3%～ 99 8% ,而与国内的HTN型病毒差异较大 ,同源率仅为 79 4%～ 84 6 %。氨基酸比较也显示了同样的结果。     

汉坦病毒HTN261株S基因片段的核苷酸序列测定及分析

黑龙江省是肾综合征因热（HFRS）的重疫区。近年来HFRS年的发病人数曾超过万人。流行病学和血清学研究表明黑龙江省HFRS疫区主要是姬鼠型,但目前尚缺乏病毒的分子生物学资料。我们对从疫区捕获的宿主动物－黑线姬鼠肺中分离的汉坦病毒HTN261株的S基因片段的全基因序列进测定和初步分析。结果如下,HTN261株的S基因片段的全序列长为1697nt。只有一个主要的编码N蛋白的ORF,起始位置为第37nt,终止于1326nt,编码的蛋白长为429aa。没有发现存在ORF2。HTN261株的S基因片段核苷酸序列与HGTN型中的病毒株的同源性很高,而与汉坦病毒其他型的同源民生较差,从种系发生树分析来看,HNT261株归结于汉坦病毒的HTN型。在HTN型之内,HTN261株和HTN76－118株在一个分枝内,就其核苷酸和蛋白的同源性说,HT N261株和HTN76－118株的同源性分别是89％（全S基因）和98％（蛋白）。而与中国境内发现的其他汉坦病毒株Z10,HU,Chen4,NC167等基因和蛋白的同源性相对较差,汉坦病毒除具有其宿主的依赖性外,还具有其地理的簇集性。HTN261株和HTN76－118株之间S基因和N蛋白序列的变异性的差异分别为11％和2％,表明HTN261株和HTN76－118株还有不同,可能是不同的亚型。不过,尚有待于进一步研究证明。     

汉坦病毒HTN261株S基因片段的核苷酸序列测定及分析

黑龙江省是肾综合征出血热(HFRS)的重疫区。近年来HFRS年的发病人数曾超过万人。流行病学和血清学研究表明黑龙江省HFRS疫区主要是姬鼠型,但目前尚缺乏病毒的分子生物学资料。我们对从疫区捕获的宿主动物-黑线姬鼠肺中分离的汉坦病毒HTN261株的S基因片段的全基因序列进行了测定和初步分析。结果如下,HTN261株的S基因片段的全序列长为1697nt。只有一个主要的编码N蛋白的ORF,起始位置为第37nt,终止于1326nt,编码的蛋白长为429aa。没有发现存在ORF2。HTN261株的S基因片段核苷酸序列与HTN型中的病毒株的同源性很高,而与汉坦病毒其他型的同源性较差。从种系发生树分析来看,HTN261株归结于汉坦病毒的HTN型。在HTN型之内,HTN261株和HTN76-118株在一个分枝内。就其核苷酸和蛋白的同源性来说,HTN261株和HTN76-118株的同源性分别是89%(全S基因)和98%(蛋白)。而与中国境内发现的其他汉坦病毒株Z10,HU,Chen4,NC167等基因和蛋白的同源性相对较差。汉坦病毒除具有其宿主的依赖性外,还具有其地理的簇集性。HTN261株和HTN76-118株之间S基因和N蛋白序列的变异性的差异分别为11%和2%,表明HTN261株和HTN76-118株还有不同,可能是不同的亚型。不过,尚有待于进一步研究证明。     

汉坦病毒中国疫苗株Z37M片段的克隆及序列分析

汉坦病毒Z37株是从褐家鼠体内分离到的,用于生产双价肾综合征出血热疫苗的病毒毒株之一,血清分型为SEO型。利用RT-PCR方法扩增Z37株M基因片段cDNA,克隆入质粒载体,进行核苷酸序列测定及分析。Z37株M基因片段由3651个核苷酸组成,只有一个开放读码框架,共编码1133个氨基酸。与HTN型病毒(76-118、A9、HV-114)的核苷酸和氨基酸同源性分别为71.8%～72.1%、76.2%～76.7%,与SEO型(R22、L99、80-39)的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.3%～96.1%、95.3%～98.9%。这一结果的获得进一步从分子水平确定了Z37株的型别,并为研制M基因片段重组疫苗打下基础。     

1株梅花鹿源狂犬病街毒株全基因组测序与分析

对1株梅花鹿源性狂犬病街毒株(DRV)进行全基因组克隆,对全长cDNA进行测序分析.RT-PCR扩增克隆覆盖全基因组9个重叠基因片段,基因组3'和5'末端采取3,-RACE和5'-RACE方法,9个重叠基因片段序列拼接得到DRV全基因组cDNA序列,共11 863个核苷酸.DRV毒株全基因组构成与其他狂犬病毒基因组构成相似,由5个编码区组成,基因起始位点和终止位点高度保守,在核蛋白和糖蛋白的重要抗原位点有个别氨基酸发生变异,对已完成全基因组测序的几个基因1型毒株分别进行了N、P、M、G、L基因核苷酸及氨基酸的同源性比较.与其他具有代表性的毒株进行N基因序列比较建立的系统进化树表明,DRV毒株属于基因1型,与中国人用疫苗株3aG同源性最高为94%,与分类位置未确定的北高加索毒株(WCBV)的同源性最低为71%.本研究结果可为狂犬病毒各项分子生物学研究提供理论参考.     

Complete nucleotide sequence of a mumps virus SP strain isolated in China

The complete nucleotide sequence of the mumps virus SP, which was isolated in China, was determined. As with other mumps viruses, its genome was 15 384 nucleotides (nts) in length and encoded seven proteins. The full-length nucleotide sequence of the SP isolate differed from other strains by 4%-6.8% at the nucleotide sequence level. Due to variations of amino acids over the full genome (including the HN and N genes), this isolate exhibited significant variations in the antigenic sites. This report is the first to describe the full-length genome of a genotype F strain and provide an overview of the diversity of genetic characteristics of a circulating mumps virus.     

汉滩病毒西安分离株84FLi的L片段核苷酸序列测定以及分析

采用逆转录 聚合酶链式反应 (RT PCR) ,分节段扩增汉滩病毒 84FLi株的L基因片段cDNA ,纯化的PCR产物片段直接用于序列测定或克隆入 pND18 T载体中进行测序。结果表明 ,84FLi株的L片段cDNA由 6 5 33个核苷酸组成 ,四种核苷酸的比例分别为A33.39% ,C16 .4 3% ,G2 0 .74 % ,T2 9.4 4 %。GC含量为 37.17% ,AT含量为6 2 .83%。推导出的最大开放读码框架为从 38到 6 4 93,共编码 2 15 1个氨基酸。序列同源性分析表明 ,84FLi株核苷酸与HTN型国际标准毒株 76 118的同源性为 83.7% ,差异性为 18.8% ;而与中国株A9的同源性高达 97.6 % ,差异性仅为 2 .4 %。与SEO型代表Seoul80 39的同源性为 75 .2 % ,6 6 .1%～ 6 6 .5 %。L片段的氨基酸比较分析表明 ,L片段与HTN型间的同源性为 97.5 %～ 98.0 % ,而与SEO型的同源性为 83.5 %～ 85 .5 %。与PUC、TUL、SN和AND等其它型汉滩病毒的同源性仅为 6 8.6 %～ 6 9.6 %。结果表明 84FLi株属于HTN型 ,并与分离自国内的HTN型病毒高度同源     

黑龙江省大林姬鼠中汉坦病毒的分离及其S基因序列分析

为了研究黑龙江省大林姬鼠携带汉坦病毒(HV)的分子特征,对黑龙江省大林姬鼠分离株NA33的S基因进行了扩增和序列分析。结果表明,NA33株S基因全长由1 693nt组成,TA含量丰富,编码N蛋白的ORF起始于37nt,终止于1 326nt,编码的蛋白长429aa,符合HTN型编码。与HV参考毒株进行比较,NA33与Amur类汉坦病毒同源性最高,与其它HTN型相对较低,与SEO等同源性更低。N蛋白进化树分析表明,NA33位于Amur类病毒所在支系,并且与俄罗斯远东和吉林大林姬鼠分离株亲缘关系更接近,体现了一定的宿主依赖性和地理簇集性。序列分析发现,NA33的N蛋白具有Amur类汉坦病毒保守的氨基酸位点。黑龙江省大林姬鼠携带Amur类汉坦病毒,是重要的传染源。