基于psbA-trnH序列的十种棘豆属植物分子系统学研究

选择内蒙古28个样地采集的10种棘豆属植物56个单株,提取样品的基因组DNA,对其叶绿体psbA．trnH序列进行扩增、测序,所得序列利用ClustalX软件进行对位排列,并用MEGA5．0软件采用最大似然法构建系统发育树。结果显示：（1）10种棘豆属psbA．trnH序列的变异位点50个,信息位点36个,种间碱基差异百分率为3．4％,GC含量变化范围在23．18％～25．72％之间。（2）棘豆属与黄芪属各为一支,自展支持率达99％,这10种棘豆属植物可能为单系起源。（3）系统树中小叶小花棘豆与小花棘豆的样本独立成一支,支持将小叶小花棘豆作为小花棘豆的变种来处理。（4）多叶棘豆、砂珍棘豆和黄毛棘豆的样本相互混杂,表明亲缘关系很近,支持《内蒙古植物志》将三者归入真棘豆亚属轮叶棘豆组的观点。（5）缘毛棘豆与薄叶棘豆的样本聚成一支。支持将二者归入矮生棘豆组。研究表明,psbA-trnH序列可为棘豆属下种间系统发育关系研究提供分子证据。     

基于psbA trnH序列的十种棘豆属植物分子系统学研究

选择内蒙古28个样地采集的10种棘豆属植物56个单株,提取样品的基因组DNA,对其叶绿体psbA trnH序列进行扩增、测序,所得序列利用ClustalX软件进行对位排列,并用MEGA50软件采用最大似然法构建系统发育树。结果显示：（1）10种棘豆属psbA trnH序列的变异位点50个,信息位点36个,种间碱基差异百分率为34%,GC含量变化范围在2318%~2572%之间。（2）棘豆属与黄芪属各为一支,自展支持率达99%,这10种棘豆属植物可能为单系起源。（3）系统树中小叶小花棘豆与小花棘豆的样本独立成一支,支持将小叶小花棘豆作为小花棘豆的变种来处理。（4）多叶棘豆、砂珍棘豆和黄毛棘豆的样本相互混杂,表明亲缘关系很近,支持《内蒙古植物志》将三者归入真棘豆亚属轮叶棘豆组的观点。（5）缘毛棘豆与薄叶棘豆的样本聚成一支,支持将二者归入矮生棘豆组。研究表明,psbA trnH序列可为棘豆属下种间系统发育关系研究提供分子证据。     

基于5.8SrDNA/ITS序列的内蒙古棘豆属植物分子系统学分析

对12种34个地理种群的内蒙古棘豆属植物核糖体ITS区段和5.8S基因序列进行比较分析,并采用Maximum Likelihood法构建系统发育树.结果表明:支持棘豆属植物为单系起源,支持《内蒙古植物志》将黄毛棘豆(Oxytropis ochrantha)、多叶棘豆(O.verticillaris)、二色棘豆(O.bicolor)和砂珍棘豆(O.racemosa)归入真棘豆亚属(Subgen.Euoxytropis)轮叶棘豆组(Sect.Baicalia Stell.ex Bunge)的观点.推测多叶棘豆和砂珍棘豆ITS2区段出现的C/T转换可能是其部分种群混杂在其他物种中的主要原因,但基因转换对于系统发育的影响仍尚未可知.研究不支持传统分类学上对鳞萼棘豆(O.squammulosa)与刺叶柄棘豆(O.aci ph ylla)的划分,系统发育树显示二者聚为一支,而非与传统分类学上界定的同组或同亚属植物形成一支;结合植物地理学研究结果,认为刺叶柄棘豆与鳞萼棘豆为地理替代种.推测刺叶柄棘豆可能为多系起源物种.线叶棘豆(O.fili formis)和东北棘豆(O.coerulea与真棘豆亚属物种构成姐妹群,而非单室棘豆亚属植物.研究认为在物种界定过程中,只将少数几个形态学特征作为主要分类依据欠妥.     

棘豆属一新种

多年生草本, 近无茎, 全株被黄色长柔毛。托叶短, 与叶柄相贴, 卵状三角形, 合生。叶长4~6cm, 被黄色长柔毛。小叶对生4~6 对, 草质, 长2.5~3.5cm, 线形, 上面无毛, 下面具贴伏柔毛, 顶端急尖, 边缘反卷。总状花序近伞形, 具2~6 花, 花序柄与叶近等长。苞片卵形, 长2~3mm, 被白色柔毛。     

青海棘豆属三新种

青海棘豆属三新种吴玉虎（中国科学院西北高原生物研究所，西宁８１０００１）ＴＨＲＥＥＮＥＷＳＰＥＣＩＥＳＯＦＴＨＥＧＥＮＵＳＯＸＹＴＲＯＰＩＳＦＲＯＭＱＩＮＧＨＡＩＷｕＹｕｈｕ（ＮｏｒｔｈｗｅｓｔＰｌａｔｅａｕＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＢｉｏｌｏｇｙ，Ｃｈ...     

中国棘豆属药用植物及其现代研究

通过调查和文献查阅,对中国产棘豆属药用植物种类进行整理,并以化学成分,药理作用和临床应用等方面对其现代研究概况加以介绍。     

棘豆属三种植物体外培养再生植株

PlantletRe郡nerattonfromThreespeciesof山涉oplsInv咖0LIUMing－Zhi（a仲伽响ofeq，Imlz’xlho，LnNz～xl730000）1植物名称棘豆属：黄花棘豆（Oxytropisochrocephala）、甘肃棘豆（O.kansuensis）和宽苞棘豆（O.latirateata）。2材料类别由种子萌发的无菌苗下胚轴以及子叶的切段和切块。3培养条件使用B5和MS及改良的MS培养基[MS大量元素的CaCl2·2H2O、MgSO4；·7H2O、KH2PO4不变，改变NO3和NH浓度及比例。因此，在培养基中除加入不同比例及不同量的KNO3和NH4NO3外，还添加适量的氯化钾和柠檬酸按。No：NH分别为0：6…     

棘豆属一新变种

本文发表了棘豆属一新变种,即白花长白棘豆Oxytropis ane-rtii Nakai var.albiflora Zh.J.Zong et X.R.He var.nov.     

基于cpDNA trnL-F序列的胡黄连保护遗传学研究

胡黄连为特产中国-喜马拉雅特有高山植物,作为常用中、藏药材,受到灭绝性采挖,作为濒危和二级保护植物亟待科学的保护。该研究以云南和西藏7个野生居群91个个体为材料,基于 cpDNA trnL-F 非编码序列测序分析胡黄连的遗传多样性和遗传结构,分析显著进化单元,确立优先保护居群并提出科学的保护策略。结果表明：胡黄连 trnL-F 序列长度为871~876 bp,根据序列的核苷酸变异共鉴定出5个单倍型,西藏占有2个单倍型,云南占有3个单倍型,西藏和云南2个地区的所有单倍型均不共享。胡黄连具有较低的单倍型多样性(Hd ＝0.43419)和核苷酸多样性(Dij ＝0.00466)。种群间分化度(Fst ＝0.864520)和基因流(Nm ＝0.04)、居群间的遗传分化水平(GST ＝0.916)、AMOVA 分析(0.78％的遗传变异发生在居群内,60.97％的遗传变异发生在地区内居群间,38.25％的遗传变异发生在地区间)均表明,胡黄连居群间存在明显遗传分化。多数一致性树将胡黄连划分为3个进化分支(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ),这3个分支均与地理相关,分支Ⅰ分布于横断山区的4个居群,分支Ⅱ是分布于东喜马拉雅的一个居群,分支Ⅲ是分布于喜马拉雅中段的2个居群。3个分支分属于3个“进化显著单元(ESU)”。这3个 ESU 中白马雪山、茨中、定日、波密、聂拉木五个居群都需要保护,建议现阶段应优先保护的居群是云南白马雪山和西藏波密居群,以就地保护为主。     

基于ITS和trnL-trnF序列的草木樨种群遗传多样性研究

以白花草木樨(Melilotus alba)和黄花草木樨(Melilotus officinalis)18个地理种群植物为材料,用ITS序列和trnL-trnF序列研究了2种草木樨不同种群间的遗传多样性。结果表明:(1)trnL-trnF序列对位后长度为459bp,其中包括6个变异位点,6个简约信息位点,G+C含量为33.1%;ITS序列对位后长度为714bp,其中包括5个变异位点,3个简约信息位点,G+C含量为48.9%。(2)在基于trnL-trnF序列构建的系统发育树中,2种草木樨能够形成单系分支,说明trnL-trnF序列在草木樨中的鉴别能力较强。(3)单倍型多样性以及核苷酸多样性分析表明,黄花草木樨的遗传多样性高于白花草木樨。     

濒危植物宽叶羌活天然居群cpDNA非编码区多态性分析

采用叶绿体DNA非编码区直接测序的方法,对青海、甘肃、四川3个省区内濒危植物宽叶羌活14个天然居群的遗传多样性和遗传结构进行了研究,以明确其遗传背景,为宽叶羌活的保护提供理论依据。结果表明:(1)14个居群138个个体的序列长度介于509~515bp;碱基组成A+T含量较高(平均67.6%)。(2)根据序列的核苷酸变异共鉴定出31个单倍型,其中9种单倍型(H5、H1、H9、H10、H16、H17、H19、H20、H22)为居群所共享,而且单倍型H5分布最广、在10个群体的67个个体中检测到,占总样品数的48.56%。(3)14个居群宽叶羌活具有高水平单倍型多样性(Hd=0.750 3)和较高水平核苷酸多样性(Pi=0.007 11),但31个单倍型没有按地理分布形成明显的族群,各地理单元中的单倍型相互混杂,没有明显的地理分化模式。(4)AMOVA分析、居群间分化度(FST=0.602 4)分析和基因流(Nm=0.330)分析的结果一致,表明宽叶羌活大部分遗传变异(60.24%)发生在居群间,居群间的基因流较低,群体间变异是宽叶羌活的主要变异来源。(5)14个居群的遗传距离在0.000~0.007,平均为0.003,表明居群间的亲缘关系较远,且居群间的遗传距离与地理距离之间无显著相关关系(P=0.143),说明宽叶羌活居群遗传变异的分布没有明显的地理趋势。研究认为,宽叶羌活居群间高的遗传变异可能是由基因流受阻、遗传漂变、地理隔离造成的,并提出了对该物种遗传多样性的保护策略。     

Postglacial population expansion of Dacrydium pectinatum (Podocarpaceae) in Hainan, southem China, based on cpDNA trnL-F nocoding sequence data

This study determined the sequences of chloroplast DNA (cpDNA) trnL-F non-coding regions of individuals of a tropical coniferous species, Dacrydium pectinatum, collected from 12 natural populations located in Hainan Province, southern China. Sequence length varied from 868 bp to 876 bp, indicating length polymorphism. Base composition in the sequences was high in A+T content between 64.17% and 64.95%, and no recombination event occurred (Rm = 0). Thirty haplotypes were identified based on statistical parsimony algorithm by running the TCS program. Populations of D. pectinatum in Hainan were lacking genetic differentiation. Such a deduction was supported by the observed F _ST values (0.00), AMOVA (24.17% of molecular variance attributed to difference among populations, P>0.05), high values of Nm (ranging from 1.92 to 2.50) and the branching structure in neighbor-joining (NJ) tree constructed from haplotypes. A ‘star-like’ pattern was exhibited in the TCS network of trnL-F haplotypes, and majority of the haplotypes coalesced near the tips in NJ tree. Gene genealogies of cpDNA haplotypes proposed a recent population expansion of D. pectinatum in Hainan, which was further supported by the results from Tajima’s D test and mismatch distribution analysis. Our data, in conjunction with geological and palynological evidences, showed that in the Holocene, due to global warming, refugee populations of D. pectinatum in Hainan might experience a range expansion. __________ Translated from Acta Scientiarum Naturalium Universitatis Sunyatseni, 2005, 44(5): 70–74 [译自: 中山大学学报 (自然科学版), 2005, 44(5): 70–74]     

基于ITS和trnL-F以及rps4基因片段的 粗疣藓属分类学地位研究

选择粗疣藓属及相关属样本作为内群,油藓属样本作为外群,选取核基因ITS片段以及叶绿体基因trnL-F和rps4片段进行PCR扩增、测序,运用贝叶斯推论(BI)、最大似然法(ML)和最大简约法(MP)构建分子系统发育树,以明确粗疣藓属的分类学地位。结果表明:(1)用于分子系统分析的基因序列共有1 744个位点,其中747个位点属于核基因片段,997个位点属于叶绿体基因片段。(2)3种系统发育树拓扑结构基本一致,都显示粗疣藓属与毛锦藓科成员聚成一支,支持粗疣藓属应隶属于毛锦藓科的观点。(3)小粗疣藓和粗疣藓的种间界限模糊。(4)小鼠尾藓属的3个种与棉藓属成员聚成一支,支持将其归入棉藓科的观点。     

Phylogenetic relationships within Pappophoreae s.l. (Poaceae: Chloridoideae): Additional evidence based on ITS and trnL-F sequence data

Historically, Pappophoreae included the genera Cottea, Enneapogon, Kaokochloa, Pappophorum and Schmidtia. Some authors consider this tribe as a well-supported monophyletic group; while other evidences reveals Pappophoreae as polyphyletic, with Pappophorum separated from the rest of the tribe. When the latter happens, it can form a clade with Tridens flavus. Molecular phylogenetic analyses of the subfamily Chloridoideae have included few species of Pappophoreae; therefore, further research involving more representatives of this tribe is needed. With the aim of providing new evidence to help clarify the phylogenetic position of Pappophorum and its relationships with other genera of the tribe and the subfamily Chloridoideae, eight new sequences of ITS and trnL-F regions of Pappophoreae species were generated. These sequences were analyzed together with other available sequence data obtained from GenBank, using maximum parsimony and Bayesian inference, for individual (trnL-F or ITS) or combined trnL-F/ITS data sets. All analyses reveal that Pappophoreae is polyphyletic, with Pappophorum separated from the rest of the tribe forming a well-supported clade sister to Tridens flavus.     

Molecular Phylogeny of the Chipmunks Inferred from Mitochondrial Cytochrome b and Cytochrome Oxidase II Gene Sequences

There are currently 25 recognized species of the chipmunk genus Tamias. In this study we sequenced the complete mitochondrial cytochrome b (cyt b) gene of 23 Tamias species. We analyzed the cyt b sequence and then analyzed a combined data set of cyt b along with a previous data set of cytochrome oxidase subunit II (COII) sequence. Maximum-likelihood was used to further test the fit of models of evolution to the cyt b data. Other sciurid cyt b sequence was added to examine the evolution of Tamias in the context of other sciurids. Relationships among Tamias species are discussed, particularly the possibility of a current sorting event among taxa of the southwestern United States and the extreme divergences among the three subgenera (Neotamias, Eutamias, and Tamias).     

基于16S rRNA和rpoB基因的分子系统发育分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用

为对比16S rRNA和rpo B基因分子系统发育分析与传统表型分类法对铜绿假单胞菌的鉴定,评估16S rRNA和rpo B基因序列分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用,用表型分类方法对临床自动微生物鉴定系统鉴定为铜绿假单胞菌的23株分离株进行再鉴定,PCR扩增23株分离株16S rRNA和rpo B基因片段,并测序进行系统发育分析。结果表明,表型再鉴定结果与自动微生物鉴定系统鉴定结果一致。基于两个基因的系统发育分析均显示分离株p22与不动杆菌属序列聚为一枝,其余22株分离株与铜绿假单胞菌序列聚为一枝。因此p22应鉴定为不动杆菌,16S rRNA和rpo B基因序列分析均能准确鉴定铜绿假单胞菌并能较好建立假单胞菌属内种间关系。     

两栖蓼的分子系统学研究

两栖蓼是一种水陆两栖植物,植株在不同生态环境下外部形态差异较大,同时两栖蓼的系统位置存在争议,被归入春蓼组(sect.Persicaria)或提升为两栖蓼组(sect.Amphibium)。该文选取两栖蓼及春蓼组植物12种,以及刺蓼组、头状蓼组、神血宁组、拳参组、萹蓄组和外类群掌叶大黄共23种植物进行研究。植物总DNA的提取采用改进的CTAB法,所测序列以及从Genbank数据库下载的序列,以掌叶大黄为外类群,采用最大简约法和贝叶斯法对核糖体ITS序列和叶绿体trn L-F序列进行了系统发育分析。ITS序列对位排列的长度为735 bp,包括489个可变位点,272个位点是信息位点。简约法得到9个简约树,步长为1 084,CI指数为0.680,RI指数为0.614。trn L-F序列对位排列的长度为1 121 bp,包括427个可变位点,239个位点是信息位点。简约法寻找到9个简约树,步长为551(CI=0.911,RI=0.910)。贝叶斯法和简约法得到的树基本一致。分子序列分析结果显示,trn L-F序列树类似于ITS序列树。ITS序列构建的发育树上,两栖蓼与刺蓼组植物、春蓼组其他植物形成3个并列的分支;在trn L-F序列树上,两栖蓼则与其他春蓼组植物形成两个并列的分支。由此可见,两栖蓼与春蓼组其他植物的亲缘关系较远,成一独立的分支。两个分子证据支持将两栖蓼提升为两栖蓼组的处理意见。此外,两栖蓼的花粉具散沟,与典型的春蓼组的具散孔花粉不一致。再加上两栖蓼水陆两栖的特性,因此支持把两栖蓼提升为两栖蓼组的观点。两栖蓼组的界定为多年生草本,水陆两栖,根状茎横生,生于水中茎漂浮,叶长圆形或椭圆形,生于陆地茎直立,叶披针形或长圆状披针形,托叶鞘为筒状、薄膜质,总状花序穗状,瘦果近圆形,花粉具散沟。