基于粪便DNA 的九龙山黑麂种群的遗传多样性

近年来,由于人类活动的干扰使黑麂的栖息地明显减少并呈斑块状分布。因此,深入了解该物种各地理分布种群的遗传现状是制定保护及管理策略的重要科学依据。本研究运用非损伤取样技术在浙江省九龙山国家级自然保护区的黑麂分布区共采集61 份粪便样品、2 份肌肉样品和2 份皮张样品,采用8 个特异微卫星位点对61 份粪便样品中提取的DNA 进行检测,肌肉和皮张样品DNA 的检测结果作为对照,分析了九龙山国家级自然保护区黑麂种群的遗传多样性。经多次重复提取和PCR 扩增后,发现61 份粪便样本中有38 份可被稳定扩增,且不同样本间的条带大小有较大差异,因此我们认为38 份粪便样本来源于38 只不同的黑麂个体。8 个微卫星位点共检测到50 个等位基因,平均等位基因数(A)为6 (5 ～ 8);平均有效等位基因数(Ne)为5. 297 (4.031 ～6.353);平均期望杂合度(He) 为0.817 (0.763 ～ 0.855);平均多态信息含量(PIC ) 为0. 775 (0.709 ～0.822)。8 个位点的平均个体识别率(DP)为0.931,累积个体识别率(CDP)为0.999 9。有1 个微卫星位点(BM1706)极显著地偏离了Hardy-Weinberg 平衡(P < 0.01)。以上结果显示该分布区黑麂种群具有较高的遗传多样性。     

三江源和祁连山国家公园雪豹种群的遗传结构分析

掌握遗传信息对濒危物种的保护和管理具有重要意义。本研究在我国雪豹重要分布区祁连山和三江源国家公园分别采集粪便样品,利用mtDNA的cyt b基因、微卫星多态性位点进行了雪豹的物种鉴定、个体识别和种群遗传结构评估。在采集286份疑似雪豹粪便样品中,成功的对86份雪豹样品进行了扩增鉴定,利用微卫星位点进行个体识别获得41只雪豹个体,其中祁连山国家公园26只,三江源国家公园15只。通过等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量等指标进行种群遗传多样性评估,认为雪豹种群遗传多样性相对较低,但祁连山国家公园雪豹种群遗传多样性相对较高。STRUCTURE进行群体遗传结构分析表明,4个种群可以划分为3个遗传类群,祁连山国家公园的种群（YCW和QLS）与三江源国家种群(DC和SJ)的遗传差异,可能与种群间的地理隔离存在明显的相似性。     

基于粪便DNA的岩羊微卫星引物的筛选及个体识别

贺兰山保护区岩羊Pseudois nayaur种群数量近年来增长很快,为了解贺兰山保护区的岩羊种群的遗传健康状况,从而更好地保护和管理岩羊种群,需要对岩羊种群的遗传多样性进行研究。在其近缘物种中选出36对微卫星引物对收集到的岩羊粪便DNA样品进行PCR扩增。结果发现,有9对引物在岩羊粪便DNA中扩增出了多态性位点。各位点基因杂合度介于0.26~0.95之间,平均杂合度为0.48,各位点多态信息含量介于0.23~0.68之间,平均多态性为0.48。     

利用微卫星标记对种公牛进行个体识别鉴定

利用17个微卫星标记及其荧光标记引物扩增短片段串联重复序列(STR),并通过全自动基因分析仪检测基因型,识别和鉴定了中国荷斯坦种公牛(Bos taurus)的冷冻精液。只允许1个位点有错配作为判别标准,对牛冷冻精液进行个体识别鉴定。结果表明,实验采用的17个微卫星座位的遗传多样性均较高,累积个体识别能力达99.99%,累积偶合率是9.74×10-10,17个微卫星位点适用于牛的个体识别鉴定。     

大鸨东方亚种遗传多样性的微卫星分析

为了探索东方亚种数量正在减少的原因和制定科学、有效的保护措施,利用微卫星DNA对大鸨东方亚种(Otistardadybowskii)的遗传多样性进行了研究。应用3个大鸨指名亚种的微卫星位点和13个波斑鸨的微卫星位点扩增了47个个体的基因组DNA,筛选出8个具有多态性的微卫星。其中有3个微卫星的多态性较低,其余5个微卫星的多态性较高。各位点的观察杂合度为0.0435-1.0000,平均杂合度(h)为0.6595;各位点多态信息含量(PIC)为0.0416-0.8520,平均为0.5497;有效等位基因数(E)为1.04-7.46,平均为3.61。4个位点符合HardyWeinberg平衡,4个位点偏离了HardyWeinberg平衡。多方面比较发现,大鸨东方亚种遗传多样性很低,且低于指名亚种,这可能由于其种群较小、历史遗传瓶颈作用、生境破碎化、分布地域紧缩等原因造成的。     

恒河猴群微卫星DNA多态性的分析

目的　确立一种对恒河猴群个体的遗传物质进行准确可靠、快速简便的遗传检测方法。方法　利用聚合酶链反应 (PCR)扩增技术对 2 0只恒河猴群个体间进行了DNA多态性的分析。结果　筛选出 9个微卫星DNA位点具有显著多态性 ,4个微卫星DNA位点没有多态性 ,还有 2个位点等位基因数目较少。结论　利用这些多态性微卫星位点建立一种对恒河猴群个体进行有效、准备可靠、快捷简便的遗传背景监测方法。     

勐养保护区亚洲象微卫星位点筛选及种群遗传多样性分析

本文以亚洲象肌肉样品提出的DNA为模板,从非洲象31个微卫星位点和5个已知亚洲象微卫星位点中筛选勐养亚洲象的微卫星位点,进而对在西双版纳勐养保护区3年采集到的191 份亚洲象粪便样品中提出的DNA进行特异性PCR扩增、基因分型、检测位点信息和遗传多样性分析.结果表明:36个位点中有14个位点能在亚洲象肌肉样品提出的DNA中成功扩增,且经测序证实为微卫星位点.其中9个多态位点能在185份粪便样品DNA中稳定扩增.勐养种群中,3个位点可能偏离Hardy Weubberg平衡,至少8个位点间无明显连锁存在,平均等位基因数3.78±1.72,平均期望杂和度0.32 ± 0.06,平均观察杂和度0.36±0.02,平均多态信息含量0.28 ,说明这9个位点适用于勐养亚洲象的遗传学研究.根据微卫星位点的杂合度和等位基因频率,相比于其他亚洲象种群,勐养亚洲象种群遗传多样性较低且等位基因频率具有特异性.     

基于粪便DNA的青藏高原雪豹种群调查和遗传多样性分析

基于非损伤性取样,利用mtDNA和微卫星DNA遗传标记,对来自青藏高原三江源国家级自然保护区、羌塘国家级自然保护区和甘肃党河南山地区等地的277 份疑似雪豹粪便样品进行了物种鉴定、个体识别和遗传多样性研究。结果显示：在190份成功扩增的mtDNA cyt b基因片段中,确定有89份属于雪豹;微卫星分析确定其属于48个不同的个体。在48个雪豹mtDNA cyt b基因片段中,共检测出13个多态性位点,定义了9个单倍型,单倍型多态性为0.776,核苷酸多态性为 1.50%, 9个单倍型的遗传距离为 0.009-0.058。研究表明在研究区域均存在雪豹分布,并具有一定的遗传多态性,地理距离分布较远的羌塘国家级自然保护区和甘肃党河南山地区的雪豹样品具有一定的遗传差异。     

微卫星DNA标记在近交系大鼠HFJ和MIJ遗传监测中的应用

目的 用24对引物对近交系HFJ和MIJ大鼠的微卫星位点进行多态性分析,并选用近交系Lewis和F344大鼠作为对照,进行比较分析.方法 用传统的酚-氯仿法分别提取4个近交系大鼠MIJ、HFJ、Lewis和F344 的基因组DNA,选取大鼠24个微卫星位点,通过PCR扩增,扩增产物经过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染,根据电泳结果,比较分析4种品系近交系大鼠之间微卫星多态性.结果 4种品系及品系内不同个体的近交系大鼠在24个微卫星位点上的扩增产物均出现一个条带,MIJ和HFJ大鼠在品系间和品系内均表现为单态性,同Lewis 和F344的扩增结果比较,14个位点显示多态性,有10个位点显示单态性.结论 两个近交系大鼠品系MIJ和HFJ符合近交系要求,筛选出的14个多态性微卫星位点可用于有关近交系大鼠的遗传背景监测.     

利用SLAF-seq技术开发带鱼(Trichiurus japonicus)微卫星标记以及跨物种扩增检测

带鱼(Trichiurus japonicus)是广泛分布于东亚大陆架海域的暖温性近底层鱼类,长期位居我国单鱼种渔获量第一位。自上世纪70年代以来,持续过度捕捞和海洋环境变化导致中国近海带鱼资源基础和遗传多样性受到严重影响,但有关带鱼种群的微卫星DNA标记研究却较为缺乏,不利于该物种遗传资源评估和保护。为此,本研究采用基于高通量测序平台的SLAF-seq技术,从带鱼的195 308个SLAF标签中识别出25 704个二至六碱基重复微卫星位点。经过引物扩增验证,最终筛选出36个具有多态性的微卫星标记。各位点等位基因数4～35,均值14.47。观测杂合度0.214～1.000,期望杂合度0.456～0.979,均值分别为0.620和0.803。所有位点的多态信息含量值均大于0.25。经Bonferroni校正,21个位点符合哈迪-温伯格平衡,且各位点间不存在连锁不平衡。这21个多态性微卫星标记可为带鱼的种群遗传资源研究提供新的有效分子标记和技术支撑。Bottleneck分析结果表明,宁波近海带鱼群体未检测到近期的遗传瓶颈效应,这可能与目前东海区带鱼野生群体数量还比较庞大、遗传变异仍然较为丰富有关。跨物种扩增结果显示,分别有12、16、4和3个带鱼微卫星标记在带鱼属(Trichiurus)、沙带鱼(Lepturacanthus savala)、窄颅带鱼(Tentoriceps cristatus)及小带鱼(Eupleurogrammus muticus)中具有较好的通用性,这些微卫星标记为今后带鱼科相应属、种的系统进化关系研究提供新的分析手段和契机。     

广西龙眼主栽品种丰产园果实及叶片的营养状况

对广西三个龙眼主栽品种"大乌圆"、"石硖"和"储良"进行果实性状和营养成分、叶片N、P、K含量分析,结果表明:各品种果实营养成分之间及其与叶片N、P、K含量之间有一定的相关性;初步提出广西丰产龙眼叶片N、P、K含量范围:"大乌圆"1.5×10^-2~1.9×10^-2, 0.08×10^-2~0.12×10^-2,0.48×10^-2~0.64×10^-2;"石硖" 1.5×10^-2~1.7×10^-2,0.09×10^-2~0.10×10^-2,0.39×10^-2~0.56×10^-2; "储良"1.4×10^-2~1.8×10^-2,0.08×10^-2~0.11×10^-2,0.38×10^-2~0.62×10^-2。     

柑桔实生苗大量增殖研究

将枳和酸橙的实生试管苗上、下胚轴和子叶切割成若干段分别进行离体培养,结果表明,枳的各个切段在添加10^-4或5×10^-5摩尔BA的MS培养基中,不定芽形成率最高,平均每个外植体不定芽发生总量分别达41个和33.5个,其中以上胚轴发生的不定芽最多,占全部不定芽总量的66.6%。在上、下胚轴中,则以第一切段发生的不定芽最多。添加KT的所有处理,不定芽均较少,形成不定芽最多的处理也仅及N₀B₁处理的四分之一。发根量则以添加10^-5摩尔NAA的培养基最多。将枳的不定芽扦插于添加5×10^-6或10^-6摩尔NAA的MS培养基中,15-20天即可发根成苗。在完全相同的各个处理中,酸橙的不芽定形成量明显少于枳。     

毛豆中腈菌唑残留量的气相色谱法测定

采用气相色谱法定量分析毛豆上腈菌唑的微量残留量。样品经乙腈提取,液液分配,中性氧化铝柱层析净化后,以气相色谱电子俘获检测器法(GC-ECD)测定,DB-1701毛细管柱、氮气为载气,柱温150℃20℃/min 260℃(10 min),气化室温度240℃,检测器温度300℃,外标法定量。该方法快速、准确,在0.05~2.00 mg/L范围内线性相关系数r²=0.9998,平均回收率91.1%~99.0%,变异系数1.22%~2.94%,最小检测量1.0×10^-12 g,最低检出浓度5.0×10^-4 mg/kg。     

Patterns of nuclear DNA degeneration over time--a case study in historic teeth samples

The amount of nuclear DNA extracted from teeth of 279 individual red fox Vulpes vulpes collected over a period spanning the last three decades was determined by quantitative polymerase chain reaction (PCR). Although teeth were autoclaved during initial collection, 73.8% of extracts contained sufficient DNA concentration (> 5 pg/ micro L) suitable for reliable microsatellite genotyping but the quantity of nuclear DNA decayed significantly over time in a nonlinear pattern. The success of PCR amplification across four examined canine microsatellites over time was dependent on fragment size. By including data from two different tests for human contamination and from frequencies of allelic dropout and false alleles, the methodological constraints of population genetic studies using microsatellite loci amplified from historic DNA are discussed.     

非损伤采样提取DNA技术在猫科动物调查中的应用

<正>猫科动物广泛分布于世界各地(Johnson et al.,2006),全球现存37种猫科动物,其中25种已被国际自然保护联盟(IUCN)列为濒危和易危,86%以上的种群数量处于下降或未知状态(IUCN Red List,2011)。我国有13种猫科动物,占世界种类的35%(王应祥,2003),其中属于国家一级保护的有4种,二级保护的有8种,然而,对这些珍稀物种的生态学研究并不充分(高耀亭,     

准噶尔盆地荒漠区赤狐的食性分析

<正>赤狐(Vulpes vulpes)隶属于哺乳纲、食肉目、犬科、狐属,广泛分布于欧亚大陆、非洲北部和北美大陆,在我国也广布各地(高耀亭等,1987;马世来等,2001)。国内外有关赤狐的研究主要集中在洞穴结构(Nakazono and Ono,1987;贾竞波和萧前柱,1990;贾竞波等,1991;贾竞波和马建章,1992;周文扬和魏万红,1995;张洪海等,1999)和巢域选择等方面(Nakazono and Ono,1987;周文扬和魏万红,1995;张洪海等,1999;Frey and Conover,2006;Keith et al.,2007),而针对赤狐食性的研究主要集中在森林草原或苔原环境,如瑞典(Elmhagen et al.,2002)、立陶宛(Laima,2002)及匈牙利(Lanszki et al.,2006,2007)等。     

Survival of κ-carrageenan-encapsulated and unencapsulated Pseudomonas aeruginosa UG2Lr cells in forest soil monitored by polymerase chain reaction and spread plating

Abstract A method was developed for direct extraction, purification and amplification of DNA from forest soil. Eighty-two % of the DNA in Pseudomonas aeruginosa UG2Lr introduced into soil was recovered. The detection limit for the strain was approximately 800 cfu g⁻¹ of dry soil based on the polymerase chain reaction (PCR). Survival of κ-carrageenan-encapsulated and unencapsulated UG2Lr was monitored by antibiotic selective and bioluminescence-based nonselective plating and PCR-amplification of a tnsA fragment. After freeze-thaw treatment of soil samples, the unencapsulated UG2Lr declined from an initial population density of 1 × 10⁹ cfu g⁻¹ of dry soil to below the detection threshold of both selective (14 cfu g⁻¹ of dry soil) and nonselective (1 × 10³ cfu g⁻¹ of dry soil) plating. However, presence of nonculturable UG2Lr cells in the soil was revealed by PCR and resuscitation of the bacteria. Population density of the encapsulated UG2Lr increased from 2.7 × 10⁶ to 2.9 × 10⁸ cfu g⁻¹ of dry soil after a 3-week incubation at 22°C and declined to 6.3 × 10⁶ cfu g⁻¹ of dry soil after the freeze-thaw treatment.     

贮存温度和时间对大熊猫粪便样品皮质醇浓度的影响

通过非损伤性取样比如粪便样品监测野生动物受胁迫的水平已成为一个重要的手段,然而针对从野外采集的样品,其运输和贮存温度条件是否干扰分析结果,尚未有过报道。为评估不同贮存温度和天数对野生动物粪便样品中皮质醇浓度的影响,我们将大熊猫的新鲜粪便置于3 种模拟条件(0℃ 、10℃ 和22℃ ),并进行连续6 d的检测分析。结果表明,贮存天数对粪样中皮质醇浓度有显著影响(F _5,107 = 7.501,P = 0.001),但温度则无显著影响(F _2,107 = 1.094,P = 0.366)。粪样在0℃ 、10℃ 和22℃ 条件下贮存6 d,皮质醇浓度与贮存前的基准值之间均不存在显著差异(0℃ :F _6,41 = 1.274,P = 0.290;10℃ :F _6,41 = 2.027,P = 0.084;22℃ :F _6,41 =1.009, P = 0.434)。结果提示在室温条件下短期运输和贮存(不超过6 d),不会引起大熊猫粪便样品中皮质醇浓度的显著变化。该结果对于野外所采集的粪便样品运输和贮存具有一定的指导意义。     

黄土塬区土地利用方式对土壤大孔隙特征的影响

土壤导水率及大孔隙数量是决定降雨-入渗的重要参数,对模拟土壤水分及溶质运移、建立流域水文模型具有重要意义.为确定黄土区土地利用方式对土壤大孔隙特征的影响,本文通过Hood入渗仪及土壤水分特征曲线,比较了该区刺槐林地、草地、小麦地、苹果林地土壤导水率、大孔隙度和大孔隙连通性的差异.结果表明: 研究区刺槐林地、草地、小麦地、苹果林地的平均饱和导水率分别为58.60×10^-6、54.90×10^-6、35.30×10^-6、23.40×10^-6 m·s^-1,存在显著性差异.不同土地利用方式下的单位面积有效大孔隙数目、大孔隙度及大孔隙连通性均依次为:刺槐林地≈草地>小麦地>苹果林地.植被恢复通过植物根系穿插、土壤动物活动等形成大孔隙,可显著提高土壤入渗性能.黄土区应坚持林草植被恢复措施.