拟杆菌属的分类现状

拟杆菌属的分类现状赵乃昕（山东潍坊医学院,潍坊２６１０１２）拟杆菌属（ＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓＣａｓｔｅｌｌａｎｉａｎｄＣｈａｌｍｅｒｓ１９１９）原先几乎包括全部人和动物有关的革兰氏阴性专性厌氧无芽抱杆菌。但此属菌种在形态、生理、生化、化学组成及ＤＮＡ...     

细菌的数值分类方法

细菌的数值分类方法郭秀花,李爱国,冯丹,张德舜,朴相浩（解放军北京医学高等专科学校,北京１０００７１）数值分类已广泛应用于微生物学、动物学、植物学、古生物学等领域［１］。本文就细菌数值分类进行讨论。１数值分类的概念及发展概况细菌分类方法有：传统分类法...     

根瘤菌数值分类

对56株根瘤菌及3株土壤杆菌进行了200个形态、生理、生化及生物学性状测定,根据Ssm相似性系数及最短距离聚类公式,用电子计算机进行数值分类。试验结果,将快生型根瘤菌、慢生型根瘤穗和土壤杆菌在届的水平上分开,豌豆根瘤菌、三叶草根瘤菌和菜豆根瘤菌三者的相似性很高,合并为一个种。以上结果与《伯杰系统细菌学手册》第一卷中Jordan的根瘤菌科分类系统相一致。此外,紫云英根瘤菌自成一群,包括在根瘤菌属(Rhizobium)中。柱花草根瘤菌独立成群,包括在慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)中。     

内蒙古根瘤菌的数值分类

对63株新分离的内蒙古根瘤菌与6株来自Rhizobiumleguminosarum及Sinorhizobiummililoti的参比菌株一起进行了数值分类。结果表明：所有测试菌株在67％的相似性水平上分为三个表观群,群Ⅰ包括3株Sinorhizobiummeliloti的参比菌和9株新分离的内蒙古根瘤菌;群Ⅱ包括3株RhizobiumLoguminosarum参比菌和37株新分离的内蒙古根瘤菌;群Ⅲ全部由20株新分离的内蒙古根瘤菌组成。在78％的相似     

花生根瘤菌的数值分类

从我国 １１个省、 １６种土壤类型、 ２０多个花生（Ａｒａｃｈｉｓ ｈｙｐｏｇａｅａ Ｌ．）品种上分离到的花生根瘤菌［Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．（Ａｒａｃｈｉｓ）］中选取５０个代表菌株、并与从津巴布韦引进的４株花生根瘤菌及７株慢生根瘤菌常用的参比菌株共６１株菌进行了１２８项表型特征的测定。数值分类的结果表明,全部菌株在７５％水平上相聚,并在７６％和７７％的水平上分别聚成两大群（群Ⅰ、群Ⅱ）,每大群以较高的相似性（８５％- ９４％）各聚成６个亚群。所用数值分类方法不能将花生根瘤菌和大豆根瘤菌在属的水平上分开,但亚群和未归入亚群的菌株可能暗示亚种或种存在,同时本文结果还表现出花生根瘤菌的地域分布差异及其多样性。     

双歧杆菌属天然质粒系统分类

【背景】以往双歧杆菌质粒分类学研究较少,双歧杆菌属质粒系统分类方法缺失。【目的】建立双歧杆菌属天然质粒系统分类和鉴定方法,促进质粒在双歧杆菌生物学研究中的理解和应用。【方法】利用质粒复制起始蛋白进化树和基因组共线性分析方法,对目前所有已测序的双歧杆菌属天然质粒进行系统分类研究。【结果】双歧杆菌所有已知天然质粒可以划分为6个不同类型的质粒家族和3个独特的复合质粒,家族Ⅲ和家族Ⅵ质粒可进一步划分为不同的亚型类群。家族Ⅲ质粒是双歧杆菌属天然质粒的主要类型和优势家族。家族Ⅵ质粒成员亚型分类最丰富。在质粒家族水平,2种方法的分类结果完全一致。【结论】本文揭示了所有分析质粒之间的系统分类关系,建立了双歧杆菌属天然质粒系统的分类标准、方法和体系,可为今后双歧杆菌天然质粒分类和鉴定提供重要的理论参考和分类依据。     

数量分类在南亚热带丘陵地土壤样本分类上的应用

本文将三种聚类策略和二种排序技术应用于南亚热带丘陵地土壤样本的分类，结果表明，平方和增量法与可变法的聚类结果极为接近，并具有较大的合理性。排序技术以欧氏距离的极点排序效果最好，二维图上距离与原来样本间的欧氏距离的相关系数为０．９５１１．同时．极点排序与聚类结果具有很好的吻合世，而主分量分析则效果不佳。文章认为，结合极点排序与聚类分析可以对该地土壤进行有效的分类，它可以克服在排序图上作直接分类时所存在的各种局限性。文章还探讨了排序效果的检验、排序图上样点的分类、排序图形可能存在的局限以及因子载荷量的意义。     

内蒙古仓鼠科动物数值分类的初步研究

以内蒙古地区２８种仓鼠科动物为分类单位,以形态特征为主兼顾头骨结构、牙齿构造和生活方式,列出４６项特征,用系统聚类分析和主分量分析,对这些动物进行数值分类。结果表明,麝鼠以其特异性特征从田鼠亚科中分离出来,单独构成一个亚科,其余各种的分类结果与传统分类处理结果一致。系统聚类分析以不加权的对群成聚的算术平均法（ＵＰＧＭＡ）得出的分类结果最好,主分量分析同时得出各项特征在前三维主分量上的分布图,并根据特征在前１９维主分量上的累计贡献率大小,选取１５个特征构成对所研究动物的数值分类检索表。     

玉米耐冷性的数值分类研究

1928年,Sellschop和Salman研究了起源于热带的若干农作物的耐冷性反应,将其分为抗冷类型、中间类型和敏感类型。玉米是喜温作物,玉米种植受温度制约。随玉米耐冷性研究不断深入,运用多因子试验综合评估玉米耐冷性,为选育耐冷玉米品种提供依据。我们研究了8个玉米自交系的52个耐冷特征,结果表明,玉米自交系可分为耐冷性强、中等和弱三种类型。     

紫金山南坡森林立地的数值分类

森林立地分类是林业生产的重要基础。林业发达国家对此都相继开展了深入细致的研究,许多研究成果已在林业实践中发挥了重要作用。我国森林立地分类研究始于50年代,其间几经中断,近年来又日益受到重视,在“七五”期间被列为国家科技重点(攻关)项目。无疑,这对我国林业现代化将起到重要的推动作用。森林立地分类与评价的方法各异,流派众多,对此作者曾有详细的评介。随着数学     

土壤动物的分子分类预测策略评估

土壤动物类群包含庞大的生物多样性, 由于传统的形态学鉴定技术很难满足该类群多样性调查和监测的巨大需求, 基于DNA等遗传物质的分子层面的鉴定技术(分子分类预测)逐渐登上舞台。然而, 分子分类预测能否在参考分子序列严重匮乏的土壤动物分类研究中实现有效鉴定、如何利用分子分类预测更为准确高效地获取土壤动物的分类信息, 是当下分子分类预测在土壤动物应用中的两大难题。为探究这两大难题, 本文基于宏条形码技术, 对5款常用的分子分类预测软件(VSEARCH、HS-BLASTN、EPA-NG、RAPPAS和APPLES; 前两款基于相似度算法, 其余基于系统发育位置算法)进行了准确性(科和属阶元)、运行速度和内存占用等性能的比较和评估。其中, 预测准确性的评估基于4类土壤动物(弹尾纲, 蜱螨亚纲, 环带纲和色矛纲)和3种分子标记(COI、16S和18S)展开。结果表明: EPA-NG在大部分场合下准确性最高, 尤其是在使用COI标记时, 准确性远高于其他工具。VSEARCH和HS-BLASTN准确性也较高, 基于16S和18S标记时, 它们的准确性和EPA-NG相当。此外, VSEARCH在所有软件中运行速度最快且内存占用最小, 这使得它在16S和18S的应用中比EPA-NG更具竞争力。RAPPAS和APPLES具有较低的假阳性, 但假阴性很高, 相对保守的算法使得它们无法将一些物种鉴定到低阶元。总体来说, 即使是在参考数据库缺少目标物种且小部分物种在分类上存在界定争议的前提下, 5款分子分类预测软件都能极为准确地将土壤动物预测至科级阶元, 因此分子分类预测在土壤动物应用中前景远大。COI标记在土壤动物科、属和种阶元上的覆盖度最广且能有效实现分子鉴定, 在目前最适合作为土壤动物尤其是土壤节肢动物的分子标记。在应用COI标记且参考数据库规模不大时, EPA-NG是分子分类预测的最佳选择; 而在应用16S、18S标记或参考数据库规模较大时, 更推荐使用VSEARCH。     

以23S rDNA一个多变区作为分子标记对致病杆菌属细菌进行分类鉴定

【目的】致病杆菌属(Xenorhabdus)细菌是一类重要的生物杀虫剂,斯氏属昆虫病原线虫的共生菌,建立快速准确的分类鉴定方法,对研究开发这类细菌至关重要。【方法】本研究PCR扩增测序了本室保藏的26株,含20种已定名致病杆菌属细菌的一段845 bp的23S rDNA序列,构建了基于这段序列的致病杆菌属系统树并与基于几乎全长16S rDNA序列的相应系统树进行比较,分析了两者作为致病杆菌属细菌分类鉴定分子标记的优缺点。【结果】结果表明,与全长16S rDNA序列相比,所选择的23S rDNA序列片段所含可变位点、简约信息位点比例更高,遗传距离数值跨度大。【结论】上述结果显示该序列片段可用于致病杆菌属细菌进行分类鉴定,特别适用于对野外资源调查中采集到的大量菌株进行快速鉴定。     

西藏根瘤菌的数值初步分类研究

选取分离自西藏林芝和拉萨地区11种豆科植物的根瘤菌菌株64株,并与6株Rhi-zobium leguminosarum,Sinorhizobium fredii和Mesorhizobium loti的参比菌株一起进行了105项表型特征的测定,数值分类的结果表明,除菌株XZ8-6,XZ47-7和XZ18-1外,全部供试菌株在80%相似性水平上可分为8个表观群,其中表观群1,表观群7分别由13株和7株西藏根瘤菌组成,是不同于已描述根瘤菌种的新表观群,是否为新属种有待于进一步研究。     

人下肠道中拟杆菌属的探讨

用平板活菌计数法分析了30名正常成人粪便标本的4类菌群,结果表明,每克(湿重)标本中的需氧菌数(以Log计,均数土2标准差,下同)为8.47士1．32,肠杆菌数为7．75±1．34,肠球菌数为7．29士1．38,拟杆菌数为10．71士1．08。同时还分析了21名腹泻患者的粪便标本,得到需氧菌数为9．01士1．06,肠杆菌数为s 39士0．94,肠球菌数为6．36 5：1．72,拟杆菌数为10．15：t：0．68。其中5名菌痢患者的粪便标本中福氏痢疾杆菌数为7．66"t-0．60,拟杆菌和肠球菌数明显减少。与正常人的相比,21名腹泻患者粪便标本中需氧菌、肠杆菌数增加(p<0．05),而肠球菌、拟杆菌数减少(p<0．01),差异显著。对分离的25l株革兰氏阴性无芽孢厌氧杆菌的代谢产物,进行了气液相色谱分析,确定4株为梭杆菌属菌株,247株为拟杆菌属菌株(15个种),正常与腹泻时拟杆菌属中种的差异不显著。     

黄杆菌属的一个新种

自水稻根际分离得到M Sm-1612和St-Sm-9021号的两株细菌,其细胞为革兰氏阴性,杆状,以周生鞭毛运动,有荚膜,细胞内有异染粒和聚卢‘羟基丁酸盐的颗粒。产生β-葫萝卜素类的色素,在土豆块培养基上黄色素更明显。氧化性菌,好氧生长,氧化酶阴性。不液化明胶,石蕊牛奶胨化、还原和凝固。在12—37℃中生长,最适生长温度为30℃。用乙炔还原法测定有固氮酶活性。DNA中G+C含量为63．4一63．66克分子％。经鉴定认为这两株菌应属于黄杆菌属的一个新种。定名为稻黄杆菌(Flavobacterium oryzae sp. Nov. Zhou et Wang)。     

中国沙拐枣属植物的数值分类研究

选择了中国19种沙拐枣属（CalligonumL.)植物,共测定及引用了35个形态分类指标,应用单因素方差分析（MANOVA）和主成分分析（PCA）,分别对形态因子进行了单元和多元分析。结果表明,所有的种间形态指标均差异显著,冠幅（BC）,木质枝枝节长度（LKWB）,果实直径（DF）,雄蕊长度（SL）,同化枝枝节长度（LKAS）和同化枝化枝角度（ARAS）指标在沙拐枣属植物的数值分类上,具有很强的差异性分析意义。依据平方欧氏距离,应用类平均法（UPGMA）将19种沙拐枣植物聚为5类,系统聚类结论与主成分分析的三维排序结果基本一致,与传统的形态分类结果有一定的差异。     

十五种叶形吸虫的数值分类研究

本文对中国15种叶形吸虫成虫的12项成虫形态特征进行了聚类分析和主成分分析,结果表明:运用8种不同的聚类方法所得到的谱系分枝图基本一致,即15种叶形吸虫明显地可分为两大亚群,它们分别与Phyllodistomum和Catoptroides亚属相对应。主成分分析所得到的坐标定位图则进一步证实了这一结果,并且显示了在叶形属吸虫中,成虫体形因素、卵黄腺类型及生殖腺相互位置等特征是该属吸虫的主要分类依据。     

性状加权编码在放线菌数值分类上的应用

本文提出了一种新的微生物形态性状的加权编码方式。使用这种加权编码方式及平均链锁法对放线菌游动放线菌属(Actinoplanes)和小瓶菌属(Ampullariella)共116株进行了聚类分析。结果表明:通过性状加权处理可以使游动放线菌属和小瓶菌属得以区分。     

丙酸杆菌属中的一个新种

从沼气发酵液中,分离出几株丙酸菌。该菌为革兰氏阳性、不形成芽孢的兼性厌氧菌。厌氧培养在BPYL培养基上细胞为球形;在BPY培养基上细胞则为杆状。能利用20多种糖和醇产酸,产生丙酸和乙酸。水解七叶苷,还原硝酸盐,过氧化氢酶阳性,不液化明胶,不产生吲哚。不利用D-阿拉伯糖和木糖产酸。该菌株属于丙酸杆菌属中的一个新种,定名为北京丙酸杆菌 Propionibacterium beijingense sp nov。