沙坡头地区根瘤菌DNA同源性及16SrDNA全序列

数值分类和多位点酶电泳分析表明,分离自宁夏沙坡头 地区的12株根瘤菌构成一个独立的表观群。对这一菌群进行了DNA同源性和群内中心菌株1 6SrDNA全序列分析。12个菌株的G+C mol%在56.4～62.2范围内;群内DNA同源性为72.3% ～9.5%,大于70%,属种内水平;中心株N220的16SrDNA全序列与参比菌株的序列比较,从 模拟系统发育树看出,它与三株土壤杆菌、三株根瘤菌的16SrDNA序列同源性在94.8%～99 .2%的相似性水平上构成一个分支,看来沙坡头地区这群根瘤菌是一个独立的新种群。     

超慢生大豆根瘤菌DNA G+C含量和DNA同源性测定

用热变性温度法和液相复性速率法分别测定了超慢生大豆根瘤菌(ESG,extra-slow-growing soybean rhizobia)DNA G+C mol%及与其它根瘤菌间的DNA同源性.结果表明,ESG的DNA G+C mol含量在59.2—63.5%之间,且不同地区不同血清型的ESG代表菌株DNA同源率在70%以上,说明它们是遗传型一致的类群.ESG与在大豆上结瘤的快生大豆根瘤菌(Rhizobium fredii USDA205)同源率为14.8%,与慢生大豆根瘤菌(Bradyrhizobiumjaponicum)三个DNA同源组的同源率分别为20.5%,30.0%,19.4%.测定结果还表明,ESG与其它根瘤菌遗传学的亲缘关系也很远.     

超慢生大豆根瘤菌DNA G+C含量和DNA同源性测定

用热变性温度法和液相复性速率法分别测定了超慢生大豆根瘤菌(ESG,extra-slow-growing soybean rhizobia)DNA G+C mol%及与其它根瘤菌间的DNA同源性.结果表明,ESG的DNA G+C mol含量在59.2—63.5%之间,且不同地区不同血清型的ESG代表菌株DNA同源率在70%以上,说明它们是遗传型一致的类群.ESG与在大豆上结瘤的快生大豆根瘤菌(Rhizobium fredii USDA205)同源率为14.8%,与慢生大豆根瘤菌(Bradyrhizobiumjaponicum)三个DNA同源组的同源率分别为20.5%,30.0%,19.4%.测定结果还表明,ESG与其它根瘤菌遗传学的亲缘关系也很远.     

西藏根瘤菌新表观群的DNA同源性及16S rDNA全序列分析

在前期数值分类工作的基础上,对7株与Rhizobium关系较密切的分离自西藏部分地区豆科植物Trigonellaspp.和Astragalusspp.的根瘤菌所形成的独立表观群,通过DNA同源性测定及16S rDNA全序列分析进行了分类地位的进一步确定。结果表明:该独立表观群菌株的(G C)mol%为59.5%~63.3%,群内菌株间DNA同源性在74.3%~92.3%之间,中心菌株XZ2-3与相关Rhizobium种之间的DNA同源性在0%~47.4%之间,是不同于Rhizobium内各种的新DNA同源群。另外,16S rDNA全序列分析结果也表明,中心菌株XZ2-3占居Rhizobium系统发育分支中的一个独立亚分支,其与临近R.leguminosarumUSDA2370T和R.etliCFN42T之间的序列相似性分别为96.55%和96.62%。根据国际系统细菌学委员会提出的细菌种属分类标准,该独立表观群构成了一个不同于Rhizobium内各种的新种群。该研究结果丰富了现有根瘤菌分类系统,将为国际上现有Rhizobium的14个种中再增添一个新的分类单元。     

胡枝了属根瘤菌的多相分类研究

采用数值分类,全细胞可溶性蛋白电泳分析,ＤＮＡ,Ｇ＋Ｃｍｏｌ％和ＤＮＡ相关性的测定以及１６ＳｒＤＮＡＰＣＲ－ＲＦＬ分析等多相分类技术对来源于不同地区的１６种寄主的胡枝子根瘤菌进行了系统的分类研究,数值分类的结果表明,在６７％的相似性水平上,全部供试菌可以为快生型根瘤菌和慢性型根瘤菌两大群,在８０％的相似性水平上又可分为两个亚群。在此基础上,对各亚群的胡枝子根瘤菌进行了ＤＮＡ相关性的测定,以进一步证     

根瘤菌数值分类

对56株根瘤菌及3株土壤杆菌进行了200个形态、生理、生化及生物学性状测定,根据Ssm相似性系数及最短距离聚类公式,用电子计算机进行数值分类。试验结果,将快生型根瘤菌、慢生型根瘤穗和土壤杆菌在届的水平上分开,豌豆根瘤菌、三叶草根瘤菌和菜豆根瘤菌三者的相似性很高,合并为一个种。以上结果与《伯杰系统细菌学手册》第一卷中Jordan的根瘤菌科分类系统相一致。此外,紫云英根瘤菌自成一群,包括在根瘤菌属(Rhizobium)中。柱花草根瘤菌独立成群,包括在慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)中。     

双歧杆菌的数值分类及代表性菌株同源性的分析

对不同来源的55株双歧杆菌进行了数值分类研究。这些菌包括13株参照菌株和42株新分离物。在这些菌株中19株来源于人体,25株来自动物源,11株分离自污水。有的菌株是从未曾报道过的动物来源分离到的。通过数值分析比较了75项性状（形态、生理生化和对抗生素敏感性等）,以不加权平均链锁聚类的方式进行族群归类。在70％Sm水平上划分成5个聚类群和12个亚群。对这些聚类群菌株间的关系进行了分析。在数值分类树状图谱的簇群归类中,人和动物来源的菌株基本上彼此分开,而分离自污水的菌株穿插在人或动物来源的聚类群中。在数值分类的基础上对各聚类群中的一些菌株的DNA中G＋Cmol％进行了测定。依据16SrRNA可变区序列的分析,以PCR方法合成的生物素标记探针,对某些代表性菌株的DNA片段同源性进行了分析．同种的菌株间与不同种菌株间的同源性显示有差别。     

根瘤菌的系统发育及其分类研究进展

根瘤菌与豆科植物这一共生体系的突出特点是固氮量大,抗逆能力强和为人畜提高高蛋白质营养,在农业生产及固氮生态系统中占重要地位,对根瘤菌系统发育研究作一概述并描述了1997年后正式发表的根瘤菌新属种。     

根瘤菌系统发育分类方法研究进展*

根瘤菌系统发育地位的判断在根瘤菌新属种的确认中起重要作用。其中,16S rRNA序列分析是关键技术。然而,新近的研究对采用16S rRNA全序列推测的系统发育关系的准确性提出质疑。本实验室的工作表明基因组物理结构分析将能更客观反映其系统发育关系。基因组序列分析在帮助澄清某些根瘤菌属种的系统发育地位中也起重要作用。     

花生根瘤菌的数值分类

从我国 １１个省、 １６种土壤类型、 ２０多个花生（Ａｒａｃｈｉｓ ｈｙｐｏｇａｅａ Ｌ．）品种上分离到的花生根瘤菌［Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．（Ａｒａｃｈｉｓ）］中选取５０个代表菌株、并与从津巴布韦引进的４株花生根瘤菌及７株慢生根瘤菌常用的参比菌株共６１株菌进行了１２８项表型特征的测定。数值分类的结果表明,全部菌株在７５％水平上相聚,并在７６％和７７％的水平上分别聚成两大群（群Ⅰ、群Ⅱ）,每大群以较高的相似性（８５％- ９４％）各聚成６个亚群。所用数值分类方法不能将花生根瘤菌和大豆根瘤菌在属的水平上分开,但亚群和未归入亚群的菌株可能暗示亚种或种存在,同时本文结果还表现出花生根瘤菌的地域分布差异及其多样性。     

内蒙古根瘤菌的数值分类

对63株新分离的内蒙古根瘤菌与6株来自Rhizobiumleguminosarum及Sinorhizobiummililoti的参比菌株一起进行了数值分类。结果表明：所有测试菌株在67％的相似性水平上分为三个表观群,群Ⅰ包括3株Sinorhizobiummeliloti的参比菌和9株新分离的内蒙古根瘤菌;群Ⅱ包括3株RhizobiumLoguminosarum参比菌和37株新分离的内蒙古根瘤菌;群Ⅲ全部由20株新分离的内蒙古根瘤菌组成。在78％的相似     

花生根瘤菌在根瘤菌系统分类中的地位研究

用12株分类地位已知的代表菌为对照,采用现代细菌分类学方法,对从四川省4个花生产区的天府3号和地方品种上分离的花生根瘤菌,从系统发育方面,探索了花生根瘤菌在根瘤菌系统中的分类地位。多聚酶链反应(PCR)扩增的16S rRNA的4种限制性内切酶长度多态(PCR-RFLP)以及16S rRNA部分碱基序列测定结果同时表明:四川花生根瘤菌与慢生大豆根瘤菌(Bradyrhizobium japonicum)相似性极高。由此推论它们在系统发育及进化方向上是基本一致的。该结果为研究花生根瘤菌的确切分类地位打下了基础。     

根瘤菌的现代分类及其系统发育

根瘤菌是一类与农业生产关系甚为密切的细菌,它们与豆科植物共生具有很高的固氮效率。根瘤菌的分类因而成为生物固氮和细菌分类学两个领域的结合点,它的发展与这两个领域的发展有着直接的联系。近年来,随着根瘤菌资源的不断挖掘和发现以及新技术的不断发展和应用,根瘤菌的分类也经历了很大的变化和发展。特别是多相分类方法与d（N测序技术的发展和应用,使得根瘤菌的分类及其系统发育研究有了突破性进展。在这些多相分类研究的方法中,数值分类为大量菌株提供了生理学、形态学、血清学等各个表型方面的综合信息;分子技术的应用,如DN…     

从豆科植物的根瘤中直接提取根瘤菌DNA的方法

豆科植物的新鲜根瘤经表面灭菌,破碎后直接加入200μL4mol/L异硫氰酸胍（GUTC）裂解液混匀,离心去掉根瘤残留物,再加入适量RNA酶,37℃温育30min后,加入20μL硅藻土吸附液,室温处理15min离心去掉上清,沉淀经GUTC裂解液二次处理,再分别用洗涤液,室温处理15min离心去掉上清,沉淀经GUTC裂解液二次处理,再分别用洗涤液,70%酒精洗涤,最后,硅藻土沉淀经真空干燥,加入20μL超纯水洗涤硅藻土沉淀,即可获得类菌体根瘤菌DNA,所获得的DNA可以用于AFLP,16SrRNAPCR反应。     

胡枝子属根瘤菌的多相分类研究

采用了数值分类、全细胞可溶性蛋白电泳分析、ＤＮＡＧ＋Ｃｍｏｌ％和ＤＮＡ相关性的测定以及１６ＳｒＤＮＡＰＣＲＲＦＬＰ分析等多相分类技术对来源于不同地区的１６种寄主的胡枝子根瘤菌进行了系统的分类研究。数值分类的结果表明,在６７％的相似性水平上,全部供试菌可以分为快生型根瘤菌和慢性型根瘤菌两大群,在８０％的相似性水平上又可分为四个亚群。在此基础上,对各亚群的胡枝子根瘤菌进行了ＤＮＡ相关性的测定,以进一步证实和确定它们的分类地位,并通过１６ＳｒＤＮＡＰＣＲＲＦＬＰ分析对各亚群的系统发育关系进行了初步研究。     

根瘤菌多相分类的研究进展

根瘤菌可以入侵豆科植物形成根瘤或茎瘤,并可固定空气中的氮为其宿主植物提供必需的氮素营养。根瘤菌的分类系统可分为早期根瘤菌的分类系统和现代根瘤菌的分类系统两个阶段。根瘤菌的多相分类技术包括表型的分群方法和遗传型的分群方法两大类。     

根瘤菌分类研究进展及存在的争议

根瘤菌是一类与农业生产关系密切的细菌。近年来, 现代分子生物学技术的发展和应用使根瘤菌分类研究有了突破性进展, 新的根瘤菌资源的不断发掘, 根瘤菌的分类体系也不断地被完善。文中主要阐述了根瘤菌分类系统的演化历史、目前存在争议及相关的研究进展。     

西藏根瘤菌的数值初步分类研究

选取分离自西藏林芝和拉萨地区11种豆科植物的根瘤菌菌株64株,并与6株Rhi-zobium leguminosarum,Sinorhizobium fredii和Mesorhizobium loti的参比菌株一起进行了105项表型特征的测定,数值分类的结果表明,除菌株XZ8-6,XZ47-7和XZ18-1外,全部供试菌株在80%相似性水平上可分为8个表观群,其中表观群1,表观群7分别由13株和7株西藏根瘤菌组成,是不同于已描述根瘤菌种的新表观群,是否为新属种有待于进一步研究。